The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
150
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structure length |
150
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Chain Sequence |
GHKLAFNFNLEINGSDTHSTVDVYLDDSQIITFDGKDIRPTIPFMIGDEIFLPFYKNVFSEFFSLFRRVPTSTPYEDLTYFYECDYTDNKSTFDQFYLYNGEEYTVKTQEATNKNMWLTTSEFRLKKWFDGEDCIMHLRSLVRKMEDSKR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| molecule keywords |
CPXV018 protein
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| publication title |
Crystal Structure of the Cowpox Virus-Encoded NKG2D Ligand OMCP.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Cowpox virus
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| total genus |
39
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| structure length |
150
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| sequence length |
150
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| chains with identical sequence |
Y, Z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-06-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 | MHC class I-like antigen recognition-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1X7Q A; 2P5W A; 3ARB A; 4F7T A; 3CZF A; 4PJ7 A; 4L4V A; 1L8J A; 3D2U A; 4O2C A; 2Q7Y A; 1BZ9 A; 4JFF A; 2VLK A; 4MX7 A; 3V5H A; 1YN6 A; 1LEG A; 1T7Z A; 5H94 A; 3X11 A; 4CVZ A; 5E8O A; 1A1O A; 3GSO A; 4NQC A; 1Z5L A; 1CE6 A; 4MJI A; 1QSF A; 3E3Q A; 3MRR A; 2GIT A; 3V5D A; 3VRJ A; 1QSE A; 3T1F A; 4U6Y A; 4JFQ A; 2BCK A; 3OV6 A; 1KTL A; 4U6X A; 4NT6 A; 1S7T A; 5BXF A; 4PRA A; 3L3J A; 2X4R A; 3BGM A; 3TZV C; 3HCV A; 4QRT A; 3P9M A; 4N0F A; 1T22 A; 1ZT1 A; 1TVH A; 1CG9 A; 1SYS A; 3BO8 A; 3MRK A; 3DMM A; 3FT2 A; 5L2K A; 2BNR A; 3QFD A; 4Z77 A; 2HLA A; 1AKJ A; 3PWP A; 3GSW A; 3GIV A; 5EO1 A; 4JQV A; 2GUO A; 4MJ5 A; 5C0A A; 4L9L C; 4QOK A; 2ZSW A; 3RL1 A; 4NO0 A; 1G7P A; 3VWJ A; 4G59 A; 1DUZ A; 1KJ2 H; 2BVP A; 3FQN A; 3QDJ A; 5F1I A; 3MYJ A; 3SJV A; 4NNY A; 4IRJ A; 5D2N A; 3VXP A; 4D0B A; 3GSX A; 2HN7 A; 4WW2 C; 3UPR A; 2VAB A; 2WY3 A; 5D5M A; 1CD1 A; 4PGE A; 1KPU A; 3QDG A; 2OI9 A; 1YN7 A; 1U58 A; 3JTT A; 5FDW A; 5FKP A; 3ILP A; 3P4O A; 1EFX A; 3E6H A; 1OGA A; 5EOT A; 1K8D A; 4U1H A; 3SKM A; 4V3D B; 1G7Q A; 1TVB A; 4NNX A; 1N59 A; 3RWH A; 3BUY A; 1RJY A; 1IM9 A; 5E6I C; 4PRN A; 4HUW A; 1RK0 A; 3FON A; 5D9S A; 5BJT A; 3TVM A; 1JPF A; 1S7V A; 2H26 A; 2HJK A; 3CDG A; 2X4O A; 3VFT A; 1P7Q A; 3QFJ A; 3WS6 A; 5BS0 A; 3VWK A; 1A9B A; 3QQ4 A; 4CW1 A; 1UXW A; 1FZO A; 2FYY A; 1T21 A; 3O8X A; 2VLR A; 4PRH A; 3TBY A; 5B38 A; 3W39 A; 3GMP A; 2ESV A; 5D2L A; 5FA3 A; 4PRP A; 1LD9 A; 4PJ5 A; 1HSB A; 3GSN H; 4PV9 A; 5HGH A; 3DX6 A; 3AU1 A; 1INQ A; 5HHQ A; 1E27 A; 1A9E A; 3KWW A; 3O3D A; 1A1N A; 3BZF A; 5E9D A; 3VFS A; 4Y4K A; 3QI9 A; 1T1X A; 1ZSD A; 2E7L E; 4NQV A; 1W72 A; 1B3J A; 1QRN A; 2BNQ A; 3MRQ A; 4MNG A; 1HHJ A; 2CKB H; 3BVN A; 3TID A; 2VE6 A; 5C07 A; 1XH3 A; 1BII A; 4G8I A; 4PJF A; 1ZS8 A; 4X6C A; 4L8C A; 3MRO A; 1ZHB A; 3DBX A; 3TPU E; 4D0C A; 3CH1 A; 3TJH A; 3BZE A; 1LEK A; 4G9F A; 1T1Y A; 1BD2 A; 3L3G A; 3PWV A; 1AGE A; 1QEW A; 3OXS A; 3MRH A; 3HLA A; 5EU5 A; 2VAA A; 1JF1 A; 3MRF A; 3TBW A; 1T7X A; 3HUJ A; 3MRC A; 5EO0 A; 4PG9 A; 3SDD A; 1B0R A; 1ZT7 A; 2AV7 A; 4UQ3 A; 1RJZ A; 2HJL A; 4PG2 A; 4PV8 A; 3FT4 A; 3GMM A; 3KXF A; 5IND A; 3SDX A; 3QUX A; 4L3E A; 1IM3 A; 4IHO A; 1QR1 A; 1QVO A; 4Y16 A; 4K7F A; 4NQX A; 4XXC A; 4ZUV A; 3JTC A; 5HGA A; 3TA3 A; 1R3H A; 3KLA A; 3QEQ A; 5J1A A; 3FTG A; 3HE7 A; 3MV9 A; 5C0E A; 4QRU A; 3I6K A; 1S7Q A; 1S9W A; 3KPO A; 4JFE A; 1AGF A; 3PQY A; 3ERY A; 3MGT A; 1LQV A; 1QLF A; 4MXQ A; 4WDI A; 3PWJ A; 3MA7 A; 3REW A; 5IEH A; 1WBY A; 1MI5 A; 4CVX A; 3MRL A; 4PDC E; 3RZC A; 5HYJ A; 4U1I A; 3WUW A; 4S0U C; 3TO4 A; 4U1J A; 5IRO A; 4F7P A; 1DE4 A; 3ROL A; 1FZK A; 3ROO A; 4QRP A; 5GSV A; 3LKP A; 3CVH A; 3ARE A; 3SDA A; 5J6G A; 3NFN A; 3QZW A; 2FIK A; 3HG1 A; 4WO4 A; 1T7Y A; 3GMQ A; 5ISZ A; 4U1M A; 3VXR A; 1MHC A; 1S8D A; 1ZHN A; 3MRD A; 3KPL A; 4NSK A; 4LHU A; 4PJE A; 4NQD A; 5C0D A; 4E5X A; 5EU3 A; 4JFO A; 4FFE X; 4F7C A; 5D7L A; 5ACZ A; 1MWA H; 4PJG A; 4Y4H A; 1SYV A; 3MRB A; 4PRI A; 4QRS A; 2CLZ A; 1AGD A; 3MV7 A; 2GTZ A; 4FTV A; 3BEV A; 4PJB A; 2BST A; 1S7R A; 1N5A A; 1T1W A; 1NEZ A; 4U1L A; 4K71 B; 3VCL A; 5IB2 A; 1GZP A; 3P4N A; 2XPG A; 5L2J A; 4MQ7 A; 3D3V A; 5E00 A; 1M6O A; 3VFR A; 1QQD A; 1BQH A; 1AGB A; 3D39 A; 2VLL A; 3LKO A; 5D7J C; 5SWZ A; 1A1M A; 1I7R A; 2X4U A; 3FQX A; 3VFV A; 3FRU A; 4PP8 C; 2F54 A; 1FFN A; 1K5N A; 3CPL A; 5MER A; 5MEN A; 3JVG A; 4IRS A; 1ZHK A; 1FFO A; 1JFM A; 3MGO A; 1P4L A; 1UXS A; 3BXN A; 2MHA A; 3FOL A; 4X6F A; 4ZFZ A; 4HUV A; 4I4W A; 4ZAK A; 1T20 A; 1YDP A; 3P9L A; 3L3D A; 5INC A; 3RGV C; 4N5E A; 1VAC A; 2CLV A; 3VFW A; 1XR8 A; 3SKO A; 5SWQ A; 3V5K A; 2YPL A; 3O3A A; 3TN0 A; 3UTT A; 2YPK A; 2X4T A; 4LNR A; 3RL2 A; 1T7V A; 3GML A; 4JFD A; 5HHO A; 1KCG C; 1I1Y A; 1JUF A; 2VLJ A; 3E2H A; 4G8G A; 5MEP A; 3QQ3 A; 3H9H A; 1KJV A; 3RTQ A; 1KPR A; 1OGT A; 4QRQ A; 1KPV A; 1N2R A; 4X6D A; 3VXO A; 1I1A A; 1PQZ A; 1HSA A; 4GKN A; 2AXG A; 3ARD A; 4PJC A; 4O2F A; 1Q94 A; 3FT3 A; 5C0G A; 1VGK A; 2GJ6 A; 2RFX A; 3KPR A; 3RWG A; 3GSQ A; 3VJ6 A; 3FFC A; 3MR9 A; 1LK2 A; 3L3I A; 2GT9 A; 3ARF A; 4PJX A; 4PGB A; 3ILQ C; 3S6C A; 1HHK A; 4HUU A; 5C9J A; 2ZSV A; 2BVQ A; 3LKQ A; 4JQX A; 5C0B A; 3PWL A; 4JRY A; 1ONQ A; 2AXF A; 1QO3 A; 1ZT4 A; 1T80 A; 5C0J A; 5JHD A; 1HHH A; 2BVO A; 2CLR A; 3G08 A; 1VAD A; 3BEW A; 2AV1 A; 3QDM A; 3U0P A; 2PO6 A; 1JHT A; 3QUK A; 5F7D A; 3C9N A; 3GMN A; 5DDH A; 5HGB A; 5IEK A; 3VXS A; 4ONO A; 1FG2 A; 1MHE A; 5C09 A; 1XR9 A; 4PJ8 A; 3FQW A; 3KPQ A; 4L3C A; 3OX8 A; 5MEQ A; 1HHG A; 2X4Q A; 4Z76 A; 3WLB A; 4NO5 A; 2ZOL A; 3GSR A; 3L3K A; 3TBV A; 4F7M A; 4U1K A; 4E0R A; 4EUP A; 1WBX A; 5AD0 A; 1G6R H; 1C16 A; 3GSV A; 3SCM A; 3AM8 A; 4Y2D A; 4PRE A; 2V2X A; 4MS8 A; 5E8P A; 3DX8 A; 3KYO A; 4MVB A; 4Y4F A; 5HHN A; 4HX1 A; 5F1N A; 4HWZ A; 3WL9 A; 5IB1 A; 1EEY A; 3BH8 A; 3H7B A; 3QUZ A; 4ZUS A; 1HOC A; 3QUY A; 4NHU E; 3M1B A; 3QUL A; 3VRI A; 4I48 A; 2OL3 H; 5B39 A; 3L9R A; 4JFP A; 4EN3 C; 4UQ2 A; 4F7E A; 2J8U A; 2BSS A; 2AKR A; 3X12 A; 3H9S A; 1FFP A; 3GMR A; 5DEG A; 3LKR A; 3UBX A; 1I4F A; 3B6S A; 4WU7 A; 5BRZ A; 1ZHL A; 3VFU A; 1I1F A; 5IVX A; 2A83 A; 3C8K A; 4U1S A; 3GMO A; 1KBG H; 4IIQ C; 3PAB A; 1FZJ A; 3FQR A; 3RWC A; 3DX7 A; 4PJD A; 3MRJ A; 5J6H A; 2NW3 A; 1AO7 A; 4PJ9 A; 4LCY A; 2C7U A; 3I6L D; 3MV8 A; 3BP4 A; 3MRI A; 2CIK A; 4QRR A; 4LCC C; 3M17 A; 3LKS A; 1DDH A; 3DTX A; 5EU6 A; 5IB3 A; 5IB4 A; 1S7W A; 3OXR A; 4L8B A; 1S7S A; 4LCW A; 1P1Z A; 3HAE A; 4L4T A; 4EI5 A; 2GTW A; 3MRN A; 3TIE A; 1I7U A; 4L8S C; 3KPS A; 5C0C A; 5EFI A; 2GAZ A; 2JCC A; 3KPM A; 3TBS A; 3CC5 A; 1HHI A; 4GUP A; 3RUG A; 3TF7 A; 3O3E A; 1T0M A; 5IB5 A; 2V2W A; 5HHP A; 5FA4 A; 4HS3 A; 2X70 A; 5HHM A; 2FO4 A; 1E28 A; 1S9X A; 3BP7 A; 4HUX A; 4U1N A; 4WJ5 A; 2CII A; 2X4P A; 3VXM A; 5C0I A; 3FOM A; 2BSR A; 3ARG A; 3TFK A; 2F74 A; 2X4S A; 1B0G A; 4HV8 A; 4PJH A; 5SWS A; 3BH9 A; 4PJI A; 3SPV A; 3CCH A; 1LDP H; 2XFX A; 3TO2 A; 3D18 A; 3VFN A; 3W0W A; 4Z78 A; 3RWE A; 3I6G A; 1S9Y A; 1OF2 A; 5D7I A; 3KYN A; 3B3I A; 3MRG A; 5EU4 A; 1FO0 H; 3HE6 A; 4G9D A; 2YEZ A; 4X6E A; 1A6Z A; 3D25 A; 5IM7 A; 3BW9 A; 5F9J A; 4L8D A; 4PGC A; 1ZAG A; 3VFO A; 4WUU A; 2AK4 A; 3UTQ A; 3L3H A; 4PRB A; 3VXU A; 3P77 A; 3WS3 A; 4N0C A; 4MJ6 A; 4APQ A; 1T1Z A; 3VH8 A; 5DEF A; 2H6P A; 4HKJ A; 1DUY A; 3RWJ A; 3P4M A; 5ENW A; 5GSR A; 4PGD A; 4PJA A; 3TBT A; 3VFM A; 3BHB A; 2FZ3 A; 4G43 A; 5EUO A; 4L29 A; 1WBZ A; 4GKS A; 2NX5 A; 1TMC A; 4MNQ A; 3VFP A; 3O4L A; 3KPN A; 1JGD A; 2FWO A; 1OSZ A; 3O3B A; 1XZ0 A; 1FZM A; 1NAM H; 3SDC A; 1M05 A; 4NQE A; 1JE6 A; 2UWE A; 3ES6 A; 2F53 A; 3FQT A; 1JGE A; 3GJF A; 5C0F A; 3RWI A; 5E8N A; 3HPJ A; 3PWU A; 4V3E B; 4ZUT A; 1KJ3 H; 1HYR C; 4ZUU A; 3DXA A; 5MEO A; 2P5E A; 1T0N A; 1W0W A; 4JRX A; 1EXU A; 4NO3 A; 3BWA A; 3IT8 D; 1T7W A; 4G42 A; 3FQU A; 3LKN A; 4WU5 A; 3MRP A; 4D0D A; 3IXA A; 3PWN A; 2D31 A; 1KJM A; 3MRE A; 1S7X A; 4O2E A; 3LV3 A; 1ZVS A; 1ED3 A; 1UQS A; 2DYP A; 4N8V A; 3E6F A; 1I7T A; 3LN4 A; 1LP9 A; 2ZOK A; 1EEZ A; 4PRD A; 1RK1 A; 1AGC A; 5HGD A; 3T8X A; 4NO2 A; 1GZQ A; 1S7U A; 2PYE A; 3RWD A; 3GSU A; 1YPZ A; 1JPG A; 4WWK C; 5C08 A; 3ECB A; 3UTS A; 3X14 A; 4ZUW A; 3X13 A; 3LN5 A; 3KPP A; 1N3N A; 3P73 A; 3O9W A; 3MRM A; 1NAN H; 3JTS A; 4PR5 A; 3VXN A; 4ELM A; 2X4N A; 3RWF A; 1W0V A; 4N0U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1X7Q A; 2P5W A; 3ARB A; 4F7T A; 3CZF A; 4PJ7 A; 4L4V A; 1L8J A; 3D2U A; 4O2C A; 2Q7Y A; 1BZ9 A; 4JFF A; 2VLK A; 4MX7 A; 3V5H A; 1YN6 A; 1LEG A; 1T7Z A; 5H94 A; 3X11 A; 4CVZ A; 5E8O A; 1A1O A; 3GSO A; 4NQC A; 1Z5L A; 1CE6 A; 4MJI A; 1QSF A; 3E3Q A; 3MRR A; 2GIT A; 3V5D A; 3VRJ A; 1QSE A; 3T1F A; 4U6Y A; 4JFQ A; 2BCK A; 3OV6 A; 1KTL A; 4U6X A; 4NT6 A; 1S7T A; 5BXF A; 4PRA A; 3L3J A; 2X4R A; 3BGM A; 3TZV C; 3HCV A; 4QRT A; 3P9M A; 4N0F A; 1T22 A; 1ZT1 A; 1TVH A; 1CG9 A; 1SYS A; 3BO8 A; 3MRK A; 3DMM A; 3FT2 A; 5L2K A; 2BNR A; 3QFD A; 4Z77 A; 2HLA A; 1AKJ A; 3PWP A; 3GSW A; 3GIV A; 5EO1 A; 4JQV A; 2GUO A; 4MJ5 A; 5C0A A; 4L9L C; 4QOK A; 2ZSW A; 3RL1 A; 4NO0 A; 1G7P A; 3VWJ A; 4G59 A; 1DUZ A; 1KJ2 H; 2BVP A; 3FQN A; 3QDJ A; 5F1I A; 3MYJ A; 3SJV A; 4NNY A; 4IRJ A; 5D2N A; 3VXP A; 4D0B A; 3GSX A; 2HN7 A; 4WW2 C; 3UPR A; 2VAB A; 2WY3 A; 5D5M A; 1CD1 A; 4PGE A; 1KPU A; 3QDG A; 2OI9 A; 1YN7 A; 1U58 A; 3JTT A; 5FDW A; 5FKP A; 3ILP A; 3P4O A; 1EFX A; 3E6H A; 1OGA A; 5EOT A; 1K8D A; 4U1H A; 3SKM A; 4V3D B; 1G7Q A; 1TVB A; 4NNX A; 1N59 A; 3RWH A; 1RJY A; 3BUY A; 1IM9 A; 5E6I C; 4PRN A; 4HUW A; 1RK0 A; 3FON A; 5D9S A; 5BJT A; 3TVM A; 1JPF A; 1S7V A; 2H26 A; 2HJK A; 3CDG A; 2X4O A; 3VFT A; 1P7Q A; 3QFJ A; 3WS6 A; 5BS0 A; 3VWK A; 1A9B A; 3QQ4 A; 4CW1 A; 1UXW A; 1FZO A; 2FYY A; 1T21 A; 3O8X A; 2VLR A; 4PRH A; 3TBY A; 5B38 A; 3W39 A; 3GMP A; 2ESV A; 5D2L A; 5FA3 A; 4PRP A; 1LD9 A; 4PJ5 A; 1HSB A; 3GSN H; 4PV9 A; 5HGH A; 3DX6 A; 3AU1 A; 1INQ A; 5HHQ A; 1E27 A; 1A9E A; 3KWW A; 3O3D A; 1A1N A; 3BZF A; 5E9D A; 3VFS A; 4Y4K A; 3QI9 A; 1T1X A; 1ZSD A; 2E7L E; 4NQV A; 1W72 A; 1B3J A; 1QRN A; 2BNQ A; 3MRQ A; 4MNG A; 1HHJ A; 2CKB H; 3BVN A; 3TID A; 2VE6 A; 5C07 A; 1XH3 A; 1BII A; 4G8I A; 4PJF A; 1ZS8 A; 4X6C A; 4L8C A; 3MRO A; 1ZHB A; 3DBX A; 3TPU E; 4D0C A; 3CH1 A; 3TJH A; 3BZE A; 1LEK A; 4G9F A; 1T1Y A; 1BD2 A; 3L3G A; 3PWV A; 1AGE A; 1QEW A; 3OXS A; 3MRH A; 3HLA A; 5EU5 A; 2VAA A; 1JF1 A; 3MRF A; 3TBW A; 1T7X A; 3HUJ A; 3MRC A; 5EO0 A; 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