4FGXA

Crystal structure of bace1 with novel inhibitor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fgxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fgxA02
5HTZA 2G69A 5C9FA 5P13A 3MSJA 5HE4A 3TPRA 2F3EA 4DV9A 4WY6A 2P83A 1BAIA 1MT7A 4HDFA 3VG1A 1EPOE 3JVYA 1EPPE 5P3LA 3QN8A 2WKZA 4Y3QA 3ZL7A 3C9XA 5DGUA 4Y38A 4HZTA 3DK1A 4D85A 4QJAA 2G21A 3QRMA 1BV9A 1SDVA 4FL8A 4Y5LA 5KQZA 5P0BA 3QBFA 5I3YA 1HVHA 5P79A 1AVFA 2FIVA 5P6HA 4B78A 2VIYA 1IZHA 4Y5GA 4Y5KA 1PSNA 1HOSA 5P27A 1A8KA 4TRZA 1EC2A 3EL9A 4M8YA 5P7DA 2VA7A 1MTRA 3K1WA 3NU4A 3DUYA 3SA8A 4Y44A 1NPAA 3L59A 1HVLA 4IVSA 5OZNA 2AOFA 2AVMA 2NNKA 2QMDA 5UPJA 4EQ0A 4Q5MA 4I8WA 3ZKXA 3QRVA 1JLDA 3F9QA 5P5VA 2RSPA 3O9BA 5P2TA 4ZSRA 2NXMA 3EKYA 1FF0C 4Y3NA 2JJIA 4DQHA 2Q54A 5P8LA 2WF4A 4RGHA 1AAQA 1FQ7A 3SM1A 1D4JA 3EKPA 4J54A 2Q63A 2QU2A 5P0FA 5P31A 4CPWA 3CYWA 5AH6A 4H1EA 1HXWA 4I0DA 3TNEA 3UQPA 4J1CA 4ZPFA 6APRE 2XFIA 2QI7A 1C6ZA 4TRYA 3UDRA 5OYWA 5P5HA 2OF0A 4Y4XA 1OEWA 4Y51A 3PLDA 5OZIA 5CLMA 5P6VA 4H3JA 5P7TA 5P2CA 5P4ZA 1UPJA 5P3ZA 3U71A 2IEOA 3FV3A 3A2OA 4BELA 5P8IA 1MIQA 2QD8A 1K6CA 4YOAA 4D88A 4ZSMA 4DQBA 1T7JA 5P2BA 5P5PA 4Y3GA 3K5CA 1FQ8A 2IRZA 5P1WA 5KR1A 1Q9PA 4APEA 2WJOA 4NJTA 4K4PA 5COKA 5P85A 5P1YA 2I0DA 1A8GA 3S2OA 4RYCA 3TOHA 2ER0E 3VV8A 2VS2A 1HIVA 1D4SA 4B00A 4I0EA 5P30A 2V00A 5P87A 3BHEA 5P6UA 4J0YA 5P81A 3BXRA 4H3FA 1TCWA 1QBRA 3L5BA 2JJJA 1YM4A 5P2OA 1RQ9A 1SIVA 1LS5A 3ZPTA 5E5KA 3EKXA 1GVVA 4JPEA 5P74A 3QRSA 2RMPA 2R38A 5P4KA 4FM7A 3BUGA 3ZPUA 4GJ5A 2AOJA 2BKTA 4L7HA 5P7YA 1HIHA 3OWNA 3LPIA 5P5DA 2QI5A 3PMUA 5ISJA 1YTGA 2PWRA 4CPQA 1CPIA 2FXEA 3Q6YA 4LL3A 5OZ2A 3OUAA 1APTE 5P5RA 5P1FA 2G1SA 3UQWA 5OZQA 3EL4A 3S7LA 3ZKNA 5P17A 3SPKA 4NJVA 5P70A 5P5GA 1Z1RA 4ACUA 4Y3ZA 2PYMA 3CKRA 5P3EA 3QVIA 4J1EA 5P1EA 2XYFA 4DPIA 3OXVA 5P57A 3PWWA 5P54A 1PPME 2R5QA 2ZHUA 4DJXA 3S56A 1YT9A 5P0OA 3OQ7A 3BC4A 1HVCA 3S8IA 4DQFA 5DGWA 4CKUA 1BXQA 2HAHA 5P4RA 1DMPA 2O4KA 1EBZA 3NLSA 3K4VC 5P1XA 2AODA 4EQJA 3QVCA 5P8OA 2I4VA 3VF5A 2ER7E 3RSXA 1KJHA 5P49A 5P76A 2G1YA 2WF3A 4GJ6A 4LXKA 1BBSA 1HPSA 3LZVA 4OBKA 3AIDA 5SZ9A 5P80A 5DR1A 2Q15A 2F81A 4HE9A 1MPPA 2QI6A 4B1DA 3OOTA 5OZ6A 1EBWA 4EJKA 4QLHA 1B6KA 5P0DA 5OZOA 5P2AA 1MEUA 5DQ1A 3KFSA 4A6CA 4RROA 5HCTA 1U8GA 5P24A 5P67A 5AHCA 4B0QA 4Y3XA 2QHYA 5P5YA 3HVGA 5P6QA 4D83A 5OZMA 3LZYA 1FQ5A 4E43A 3D20A 1SBGA 1HHPA 5P4UA 5P3UA 5P1GA 4OBZA 3PLLA 4EXGA 4F74A 2UXZA 2QNPA 1FFIC 3UDPA 1BILA 1MT8A 3HW1A 4HA5A 2Q3KA 4Z2ZA 3ER5E 3PRSA 5OZVA 4CPRA 4YBFA 5P7QA 1T6GA 5P8NA 2G27A 1ZJ7A 1ZBGA 3S53A 5OYVA 5P7ZA 3EXOA 5P8TA 1FB7A 5P3DA 4Y35A 4NJSA 5P7JA 5DQ4A 5P7VA 2AZ9A 2ZDZA 2Q55A 5P5XA 5OZLA 4YHQA 3NDTA 4B1CA 1B11A 2BJUA 2IKOA 3K5DA 5P0LA 2CEMA 2ER9E 3IVIA 3QIHA 2AQUA 3QS1A 4HVPA 1NPVA 3KT5A 4Y4JA 5IVTA 2V13A 2HPFA 4B05A 5P8PA 1CMSA 4ACXA 3KFPA 2IGXA 2BBBA 3EKTA 2J9JB 1LV1A 3H5BA 5AHBA 3SABA 3GI0A 5P4NA 3ZKIA 1TQFA 5P15A 5P3KA 2FNSA 5P6SA 5P1DA 1J71A 1FMXA 1EPLE 5P2SA 4GJ7A 1MRXA 5E5JA 2HB3A 2F80A 1K6VA 1F7AA 5P5MA 3LIZA 2RENA 1RNEA 5P0QA 4Y3PA 2BPVA 3SO9A 2B7ZA 1FQ4A 3Q3TA 4OC6B 3UQUA 4MC6A 2QNNA 1BWBA 5P3QA 1HTFA 1LYBB 3UDNA 1HSGA 4CP7A 4ZE6A 2PMAA 4QJ8A 1BDQA 2PK5A 2I1AA 3NDXA 1MUIA 3QPJA 3APRE 5F01A 4Y5CA 4DJWA 2ZJJA 4GJAA 3G70A 4LC7A 2HIZA 1D4KA 1YX9A 5P25A 2OHSA 1SMRA 3NUOA 1WBMA 4Y5BA 4YCTA 2HB2A 3TOGA 5P63A 4GIDA 3VLBA 2G1RA 2ZHSA 1FMBA 3D1ZA 5CONA 5P07A 4YD5A 5HDVA 5P0SA 4Y9WA 3VV7A 2ZJIA 1IIQA 2VA6A 4EJLA 3GW5A 5P14A 5P73A 2AOEA 5ENMA 5P1HA 2NTRA 4Q1WA 1BXOA 2PSUA 2WEZA 1EEDP 3BUFA 5P8FA 3OUDA 1G6LA 3HD8A 1MVPA 2OHUA 1W51A 5OZKA 4RCFA 2B42A 3K5GA 3GGXA 2UPJA 2NNPA 4J1HA 4R8YA 5P75A 1T7IA 1ZTZA 4B77A 2MIPA 3AUPA 5P6EA 3LIXA 5P5KA 4Y4GA 3CICA 3KDCA 5P04A 1FLHA 4XKXA 2Z4OA 1N49A 1OEXA 3LZSA 2QHCA 2QD6A 3FKTA 3OOZA 5P4XA 1G2KA 4DJRA 3ZKQA 4I0FA 3EMYA 5SY3A 4Y3LA 4L7JA 3D1YA 4GJCA 4LXMA 5P0CA 2ZHVA 1HXBA 2PSVA 2QZWA 1SH9A 3WZ6A 5P4BA 3S54A 2QI1A 3CIDA 3O9GA 5P56A 5HDUA 4Y3JA 3OUCA 4AZYA 5OZCA 5P3GA 2V16C 5P3TA 3PJ6A 3NU3A 5KQXA 5P8UA 5P1SA 3UCBA 4DJQA 4X7IA 3IN3A 4Y4WA 3TPPA 1TZSA 1Z1HA 5P08A 4I10A 4R92A 5P2RA 1EPQE 3FNUA 4H3IA 3INDA 4UPJA 5P4IA 5P2NA 3DCKA 1MRWA 3OADA 3CKPA 3URLA 5P3NA 4Y50A 3VLAA 2ZJLA 5P60A 2QD7A 4FCOA 1KJ7A 5P0KA 3BUHA 3SA7A 3URIA 4RLDA 4DJOA 3OU1A 3GI4A 2R8NA 5P2QA 5P4DA 1IVQA 5P6CA 5DR4A 3VSWA 5P5NA 5P4LA 2HS1A 4Z50A 2FGUA 5P4HA 4PZWA 5HVPA 4YE3A 5PEPA 1A94A 3R0YA 5P4AA 5P1BA 2ZGAA 1EPME 2O40A 1MSNA 4D8CA 5AHAA 2B60A 2IL2A 1K2CA 1APWE 1MT9A 3T6IA 5OZPA 1E5OE 5P2EA 3S85A 5P11A 5P18A 1XN2A 3KA2A 2I4XA 1FFFC 4APRE 2QI4A 1HWRA 4DVFA 1FEJC 4WY1A 5P3SA 1YM2A 1SDTA 4Y5MA 5P6JA 1XS7D 2FXDA 2O4LA 1ODWA 1EC3A 2OHPA 5P4VA 1E81E 5P2JA 4Y3YA 3RTNA 4TVHA 3ECGA 3KF0A 5P3WA 5P6ZA 3OAGA 4QJ6A 3IXOA 5P3IA 4RCEA 2J9KA 5P88A 4COEA 3SACA 3OQAA 3HLOA 4QJ7A 1W5VA 5OYTA 3PI5A 4B72A 4Y3TA 5P8AA 2SAMA 3VCMA 5P51A 3GI6A 3OU4A 4Y56A 4GJDA 1FG6C 3INFA 3ER3E 2PSGA 3PEPA 4L7GA 1IZIA 4HLAA 1W6HA 2WEAA 5P34A 4J55A 2WL0A 3OY4A 5P7UA 3I7EA 5DR8A 2JXRA 3R1GB 4M8XA 5P3VA 4Y4AA 1ODYA 1BIMA 3PWRA 2WEBA 1UH7A 2XFKA 1AM5A 4I1CA 1SGZA 5P01A 5P28A 5P6RA 1YTIA 2APRA 3MXDA 1W5XA 1PPKE 2QZKA 4YDGA 2EWYA 3KDDA 5P5FA 4FE6A 2ER6E 1W50A 4NKKA 2I4UA 4NPUA 3SKGA 5P20A 2VJ6A 2QI3A 1NH0A 1FQ6A 1ZSFA 5P10A 5P35A 4K9HA 5OZSA 5P0AA 2G22A 4L6BA 2CEJA 5P1JA 3VV6A 1C6XA 3TPLA 1LF2A 3LHGA 4J0PA 1C6YA 1B6LA 5P6LA 5P5EA 5OZ1A 5OYQA 2Z54A 3O9LA 3EKQA 5P8MA 5P44A 3RTMA 4BEKA 4Y3DA 3O99A 5P43A 1RL8A 5P8SA 4Y3RA 5P02A 2V11C 1CZIE 3SM2A 5I3VA 5P06A 5P3CA 2ZYEA 1BWAA 1ZLFA 4K4RA 5P32A 5C9DA 4EWOA 2I4DA 5P7LA 3CIBA 3PCZA 5P7FA 1A30A 2BQVA 5T4SA 5P4TA 2VIJA 2HC0A 1EC0A 3D1XA 1TSQA 4GZFA 4CPTA 5P3AA 4Y4BA 5P2UA 5P7GA 3VYDA 3DV5A 3NDWA 1AXAA 4MC2A 1SDUA 3CYXA 3L58A 5P7CA 5P1LA 2RKFA 4OBZB 2PQZA 2P3BA 5P55A 1DIFA 5P4SA 4FSLA 5P0TA 4A6BA 5P16A 1XL5A 3PBDA 3LNKA 5P77A 3OHFA 1GVUA 4KUPA 3ZKMA 2QMFA 3L5CA 5P5OA 5IE1A 3FIVA 4Y3MA 1RPIA 4EJ8A 5IVQA 1EAGA 1K1UA 3WB4A 4Y4TA 4ZSQA 3S7MA 4NJUA 2AVQA 2I4QA 2QAKA 3BRAA 5P1RA 3DM6A 4RZ1A 3TTPA 2AIDA 5P50A 3PCWA 4Y4UA 5P0JA 1KJFA 3EKVA 5OZ7A 5P8HA 3K4VA 2OHNA 5P6IA 4AA8A 3QI1A 5P1PA 3PSYA 3ZLQA 2BB9A 5OZEA 1VIJA 5P05A 3ZPSA 1KJGA 5P52A 5P8DA 2AOIA 1D4HA 1A9MA 3DV1A 4RRSA 5P1MA 4BFBA 5KQYA 3MWSA 3G72A 4ER2E 2ZHRA 4TRWA 5COOA 5P2KA 4RCDA 4Y5PA 1LYAA 3RTHA 2FLEA 2BPYA 3OTYA 4XX3A 5P1OA 3INEA 2R3TA 4Q1NA 3KFRA 3SQFA 4CPSA 2WECA 2VIZA 2NMYA 5ISKA 2IS0A 4LBTA 2HB4A 2FDEA 5OZXA 1YTJA 4S1GA 5AH9A 5OZZA 4EP3A 4B1EA 2G1OA 5SY2A 1EPRE 1EBYA 4AMTA 5P6AA 3SA5A 2CENA 4RVJA 5P64A 4Y4ZA 5P42A 5P7PA 3UDHA 5P2MA 3MXEA 2R5PA 5P8RA 1OHRA 4KB9A 5P40A 4Y54A 1XDHA 4Y3WA 1OD1A 4A4QA 2ZJNA 1G0VA 3HVPA 4D89A 2AVOA 2O4PA 3HAUA 5P5IA 4J0ZA 1ZPAA 4FRSA 2NXLA 5P1NA 3S45A 5P4FA 5P6FA 2AOCA 3PHVA 4L1AA 3VYEA 1M4HA 4QGIA 4LHHA 4U8WA 4Y45A 4OD9B 3OTSA 1K6PA 3OUDB 4FSEA 5P62A 1LF3A 5OZFA 1APUE 4ER4E 3CKTA 4RYGA 5P69A 8HVPA 2VA5A 1VIKA 2OHTA 1AIDA 4X2LA 5P1CA 1YTHA 2O4NA 2R9BA 3DCRA 1SIPA 5P1QA 5OYUA 1HPXA 3KMYA 5BWYA 1IDBA 5P0IA 1B5FA 3TKGA 1LYWB 3O9FA 1DPJA 3UDKA 3VYFA 1XE6A 3ZKGA 4RVIA 1W5WA 3UQXA 4JECA 4YA8A 5P2WA 3PB5A 3QBHA 4YD4A 2QMGA 1HEGE 4Y3AA 5OZGA 5P1ZA 9HVPA 1RV7A 5P46A 5DPZA 2R43A 5P7NA 1C70A 3MSKA 5J25A 4Y3EA 1DAZC 1FGCC 4Y5AA 2QP8A 1META 5P7HA 4DFGA 3WZ8A 2G1NA 4OBFA 4ZPGA 5P3JA 3UPJA 4JP9A 1GKTA 2IGYA 5P66A 2PC0A 5P0HA 5P3FA 3KDBA 3O9CA 2V12C 4R95A 4OD9A 4DUSA 3I2LA 4LP9A 5OZ9A 2FDDA 1M0BA 1TSUA 3GGAA 3OADB 2QU3A 2WEDA 3QAAA 1QS8A 1GNOA 1IDAA 2FDPA 2VKMA 5P36A 5P0NA 2HPEA 2P4JA 2XYEA 4LXAA 5JG1A 3RSVA 5P1TA 4YD3A 5HE7A 5P7AA 4Y5EA 5P48A 5DR7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HTZ A;  2G69 A;  5C9F A;  5P13 A;  3MSJ A;  5HE4 A;  3TPR A;  2F3E A;  4DV9 A;  4WY6 A;  2P83 A;  1BAI A;  1MT7 A;  4HDF A;  3VG1 A;  1EPO E;  3JVY A;  1EPP E;  5P3L A;  3QN8 A;  2WKZ A;  4Y3Q A;  3ZL7 A;  3C9X A;  5DGU A;  4Y38 A;  4HZT A;  3DK1 A;  4D85 A;  4QJA A;  2G21 A;  3QRM A;  1BV9 A;  1SDV A;  4FL8 A;  4Y5L A;  5KQZ A;  5P0B A;  3QBF A;  5I3Y A;  1HVH A;  5P79 A;  1AVF A;  2FIV A;  5P6H A;  4B78 A;  2VIY A;  1IZH A;  4Y5G A;  4Y5K A;  1PSN A;  1HOS A;  5P27 A;  1A8K A;  4TRZ A;  1EC2 A;  3EL9 A;  4M8Y A;  5P7D A;  2VA7 A;  1MTR A;  3K1W A;  3NU4 A;  3DUY A;  3SA8 A;  4Y44 A;  1NPA A;  3L59 A;  1HVL A;  4IVS A;  5OZN A;  2AOF A;  2AVM A;  2NNK A;  2QMD A;  5UPJ A;  4EQ0 A;  4Q5M A;  4I8W A;  3ZKX A;  3QRV A;  1JLD A;  3F9Q A;  5P5V A;  2RSP A;  3O9B A;  5P2T A;  4ZSR A;  2NXM A;  3EKY A;  1FF0 C;  4Y3N A;  2JJI A;  4DQH A;  2Q54 A;  5P8L A;  2WF4 A;  4RGH A;  1AAQ A;  1FQ7 A;  3SM1 A;  1D4J A;  3EKP A;  4J54 A;  2Q63 A;  2QU2 A;  5P0F A;  5P31 A;  4CPW A;  3CYW A;  5AH6 A;  4H1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SP5 A;  3SFC A;  1B5F B;  4Y3F A;  5OZD A;  5P86 A;  2QHZ A;  1K6T A;  5OZW A;  4EXH A;  4EJD A;  1AJV A;  4J1K A;  2Q64 A;  2PWC A;  5P6P A;  2NMZ A;  3Q4B A;  4B70 A;  5P8B A;  3NYG A;  1PPL E;  4KE1 A;  3U7S A;  4JOO A;  3SA4 A;  2R3W A;  1MES A;  4GJ8 A;  4DPF A;  3EKW A;  5ER1 E;  5JFU A;  4EHC A;  5OZH A;  3KT2 A;  5P8G A;  4HEG A;  5P1A A;  5P03 A;  4AUC A;  2OHK A;  5P5L A;  4Q1Y A;  1SME A;  5P6K A;  5OZY A;  2O4S A;  5OZB A;  1PSO E;  1FMU A;  2VNM A;  2IEN A;  3NUJ A;  4DJU A;  3OXX A;  4FRJ A;  3ZOV A;  4EYR A;  4ZPE A;  4PHV A;  5P6W A;  4I0G A;  2P3D A;  5DQ2 A;  5OYZ A;  5P6T A;  5P82 A;  5P61 A;  5P0Z A;  5P5W A;  2PYN A;  5DQC A;  4HDB A;  2UY0 A;  5P4W A;  2PK6 A;  2QMP A;  3BXS A;  1K1T A;  3T7P A;  3TKW A;  2HM1 A;  4MC9 A;  3ZMG A;  1W6I A;  3OQF A;  4FRI A;  5APR E;  4QJ2 A;  5P7S A;  5EZX A;  1KZK A;  5P7E A;  1HII A;  1HVJ A;  3OGP A;  3UDQ A;  5P2X A;  2PH6 A;  5P2Y A;  2FGV A;  1T7K A;  3OK9 A;  5OZ0 A;  5TOL A;  4F73 A;  1GVT A;  5AGZ A;  5P0M A;  2WF2 A;  5P19 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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