4FIR | Genus

Total Genus 117

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	333
structure length	333
Chain Sequence	MDKLKIIMEKGTERLKRGFAKMVKGGVIMDVTNAEQARIAEEAGAVAVMALHKVPADIRKAGGVARMAPVEKIQEIMDAVTIPVMAKCRIGHEAEARILEALGVDMIDESEVLTPADPFFHIYKKKFTAPFVCGARNLGEAVRRIWEGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRLVNENIRLIQRMTDEEIYGVAEKFAEPYLRLAFSVKEISGLPKRVLENEPIYEGFTYREIVEDIYKILLEIKKLGRLPVVNFAAGGVATPADAALMMAMGMDGVFVGSGIFKSSNPPKMARAIVEAVNHWDEPDVLAEISREIGEPMRGQAIEELQVRMEER

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Pyrococcus horikoshii
publication title	Crystal structure of pyridoxal biosynthesis lyase PdxS from Pyrococcus horikoshii. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
total genus	117
structure length	333
sequence length	333
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2012-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family
A	PF05690	ThiG	Thiazole biosynthesis protein ThiG

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4firA00

1EX5A 3MHFA 1EP3A 3NAVA 2Z2UA 4LNYA 3NEVA 1MEHA 3GZ3A 3QFEA 3DH7A 4K7YA 3UWZA 4BWLC 3QMTA 2ZTJA 1NVMA 1H5YA 2EKCA 2V30A 3P82A 3TNOA 1TSIA 4UFJA 3N19B 3NPVA 1GTEA 3OG3A 5FF2A 1A5CA 2QUUA 3N9RA 5KINA 4XTIA 3NYZA 2Y7EA 3E96A 3WK1A 3QZEA 4NX5A 4CNOA 3G1YA 3G1XA 3QH2A 5I3GA 4QITA 2VXNA 3F4NA 2YPIA 3G0XA 1QAPA 3BW4A 1OJXA 1KBJA 4IWWA 4NU7A 3NZRA 4TMCA 3P60A 4YMZA 1DJQA 4DO6A 3T40A 3NQ2A 2E09A 3SECA 5H91A 4MOZA 3L5LA 4WXZA 2QCFA 3TQVA 2DZTA 3W22A 4OQVA 4M6PA 3HQ1A 3WFAA 3O07A 3HPZA 5F4SA 3C2RA 2W6RA 5AN7A 2XN0A 3W7LA 1W3IA 3IRDA 2HS6A 3O15A 4IMEA 1H7RA 1I2NA 1H7XA 4QNEA 1XBXA 1F7BA 2C13A 4X2RA 2ALDA 4CQ9A 3NQCA 1QPQA 5CPLA 2BXVA 4XBKA 3O06A 2WSYA 3MUXA 4JTIA 1W3TA 1SR9A 1W5MA 3CHVA 4UTMA 4FB7A 1I2PA 3LCHA 3B0VC 4IMGA 3KOFA 5D38A 4HNVA 4K8EA 4CLMA 1DQWA 1B4EA 1V5XA 1VPXA 4NX0A 4JTFA 3NQFA 1QFEA 2V2CA 3PAJA 3LHZA 5CGQA 4WOQA 4KWVA 5AFDA 4FNRA 1OF8A 1F6PA 1WYIA 3EWYA 1RV8A 3DAQA 3PSWA 1TTJA 3JR2A 3W07A 1SZFA 3HF3A 4LVAA 3Q58A 3T55A 1DV7A 1X1OA 1WV2A 2Q8ZA 1JCLA 4GUJA 3W74A 5HINA 4IMCA 2DJLA 1NSJA 3TXVA 3DHDA 3NVTA 4E2DA 1FUYA 1N8FA 2NX3A 1KW1A 1D3GA 2RFGA 3FKKA 3LV6A 3O16A 1EPXA 1VYRA 3W7MA 2FFCA 4JX4A 4O19A 3CIXA 1FCVA 1QPRA 2A4AA 2VENA 2Y88A 1Z44A 3PG8A 2CLFA 1H1YA 4MFEA 5D32A 4OHQA 3W1RA 3N9SA 3S1UA 3NQMA 4XUGA 1A5BA 2VC6A 1H61A 4DF2A 4UTWC 1P0KA 4DXVA 2J27A 2XFWA 2ZZ6A 3B04A 4NNAA 5LNVA 2Z0IA 4NXSA 3O8AA 3M16A 1DL3A 1R2RA 1DHPA 1GJPA 5HWJA 5I3FA 2TYSA 1WQ5A 1K7FA 5BMXA 3U8GA 4AHQA 1DORA 3KX6A 2WNNA 3JS3A 3R8RA 2YDAA 1ICQA 3W7KA 2F7FA 1TIMA 2JGYA 1P5BA 1PCWA 3A5FA 5FF0A 2WSQA 1TYGA 4LVBA 1TCDA 3NOEA 1MEIA 4UFHA 3S5YA 3WJSA 5TBOA 1AW2A 3L0GA 5FEZA 1XCFA 4JN6A 2GUUA 4FF7A 3HOJA 1AW1A 2ZRWA 3HO8A 3LTSA 1TPWA 4PTNA 2YZRA 3W2LA 1K7XA 2NUWA 3W86A 2NXHA 4LOCA 3HJZA 4UR7A 3RLUA 4DPQA 3TROA 4MY1A 3IEBA 3NXFA 1KTNA 2V2HA 3WJWA 1T96A 1MZHA 4K37A 2Y85A 4JGDA 2ISVA 3N14A 4HNNA 4JS3A 1SPQA 1DJNA 1G7VA 3ATYA 4UTKA 3QPZA 4YWIA 1LRTA 4XKYB 3G0SA 3G0UA 3NGJA 3G1FA 3BO9A 4HIBA 5HWNA 2OX1A 4P2VA 1KV5A 3L9CA 1XBVA 1KM1A 1X6UA 3RFAA 3KVMA 5TIMA 1YPFA 1L2UA 1W5OA 2YCEA 4JTEA 3HBLA 3G18A 3LCWA 2E68A 3M7WA 2YW4A 3RLVA 2ISWA 4ZQCA 2DZVA 3KRZA 4UMBA 1SW0A 3PY2A 3W7HA 4DBDA 1TB3A 1TV5A 4N2YA 1GTHA 3P62A 4AWTA 4HHPA 1WOAA 1GT8A 3PB0A 3UYCA 3G1HA 1KM6A 2CWNA 1NF7A 1W8SA 3HG2A 3NQGA 1H51A 2QCGA 3EXSA 1HFBA 4ADTA 1ZAJA 1M7OA 4FX6M 1G6CA 4GUHA 4MKNA 2A1YA 1UBSA 1B57A 3DFNA 3MYOA 4WXYA 3W1LA 3P5YA 2GVGA 3TFXA 3FS2A 3W1XA 5D33A 1O5KA 1GYNA 2WV8A 4PL2A 3W9ZA 1H62A 4UMAA 3QW4B 3MBDA 4R34A 1SW7A 1W31A 3EWXA 3W23A 4DBEA 2G95A 4N9BA 3CLMA 2FLIA 3H55A 4H6KA 5L6UA 1A5SA 2RDWA 4DO5A 2C16A 4NNBA 4GBUA 1JJKA 1ZCOA 3BW2A 3THQA 4N02A 3DU0A 3CQ0A 4AWSA 4I7WA 1VR6A 2GOUA 1JCYA 2A6LA 3W70A 1UJPA 1ZAHA 3MYPA 3VCRA 4H4IA 3LXAA 3NQAA 3G1SA 5HULA 4PODA 3USBA 3RF9A 3TUUA 2NWSA 3E9AA 3W7GA 4AMAA 3HGOA 3W84A 1KM2A 3BG3A 1D3HA 1M5WA 4UFIA 4UNLA 3N34A 4YCPA 1G4EA 4LS0A 3GR7A 3BLFA 1EEPA 1H7OA 4NXKA 3N73A 1XI3A 5D03A 4GFSA 1R2SA 1UASA 4DO4A 1B3OA 2V81A 3P80A 4TU1A 5CZ0A 1VS1A 3MJYA 3TMQA 1KA9F 1I45A 1J4EA 4ALDA 3C2FA 4HNTA 6TIMA 3L21A 5EPDA 3NPUA 1R2TA 4RK8A 5KITA 3FJLA 2ZRVA 2ZRXA 1QOQA 1CW2A 4FX7A 3STEA 4UTTC 1ZENA 5AOUA 5D04C 4M6QA 2RDUA 5F1VA 3W7JA 4M5PA 1RVGA 3NQ8A 5AHNA 4O15A 3G1AA 4EVZA 3C2VA 1W54A 3LI1A 4GNJA 1XUUA 2J9ZA 3PG9A 3B0PA 1Q6OA 3TJXA 1LBFA 4CNNA 1KTCA 4X3ZA 4UIOA 3S1XA 4BR1A 2QJIA 4RLIA 2X2GA 1C8VA 2R8WA 1FWRA 3BLEA 2YGYA 4MY8A 2OMAA 2TSYA 4MZYA 1TJPA 3MWAA 4FIRA 1U83A 2GQ9A 5LSMA 5CPMA 4OBTA 5BMWA 2HMCA 4O10A 1R30A 2RKXA 3IGUA 2G97A 3AO0A 5L9FA 3CEPA 3MP5A 4LW7A 4MZ8A 3V1PA 3UWQA 1YTDA 4NJJA 1FWNA 1RZMA 4IUOA 3NL2A 4OV4A 1LOLA 2E5DA 5F4XA 5G2IA 3MI6A 3ZWTA 4M7SA 1J2WA 1IIHA 4JYDA 4N9CA 2J6XA 1VHCA 4AHOA 4FNPA 1K3UA 1ZNNA 3DFPA 2CLHA 4JY9A 2ABAA 4O0ZA 1TQJA 4TO8A 3UXAA 3Q94A 5K7JA 4ADSA 5G4EA 1YPIA 1RR2A 3GNNA 2A7NA 2GJLA 3W7OA 3PF3A 3I7SA 1S5WA 1TMHA 3BVJA 1JQXA 1EB3A 4UTIA 5EYWA 2ZCGA 4Z0SA 1R47A 3TH6A 2J88A 4MJMA 3IVUA 1IXOA 1ICSA 4K8HA 2NX9A 3GXNA 4JICA 3LXCA 3D0CA 3G22A 1AMKA 1I8JA 1OFEA 2Y6ZA 3FLUA 2JKEA 1I4NA 3DFOA 3UXDA 3BGJA 4EWND 1DVJA 1OFPA 2WNZA 5DN1A 5K3VA 4LU0A 2C1HA 5AYXA 1G4SA 4EF9A 5HQEA 3MBFA 3TC6A 4MZ1A 4HPJA 5DBUA 2O7SA 1QR7A 2OJPA 3W76A 5KMYA 1HO4A 4LS1A 3EWUA 3EX6A 3T78A 3G8RA 4HT3A 2V82A 1CI1A 1VQTA 1WBJA 2EAWA 2WJZA 4W9TA 1ZALA 4OU1A 3NQDA 4QJ1A 3TXZA 3SGZA 4AHPA 1TPC1 5D2VA 1JQVA 2ZTKA 4BI7A 1T8XA 3IIXA 3N3MA 2FQIA 1ICPA 3HGRA 3Q37A 3G3MA 4UMCA 1XC4A 4FNSA 2Y89A 4XTDA 3W75A 5HJLA 3P5ZA 4FEZA 1QPOA 5FESA 1LTDA 3BW3A 3YPIA 4O1CA 4UTLA 1KLYA 3CC1A 4A2RA 1VCGA 4WOZA 3ZFHA 3G3DA 3GAKA 4O11A 3NO5A 3W72A 3W1PA 5HUPA 2BZNA 3DBPA 1OX5A 3WK0A 4A29A 5F4WA 4ML9A 5LNWA 3NQEA 3WK3A 4GE8A 4O4WA 3W2JA 4JDYA 3NPXA 3QSTA 4WUIA 5G4WA 3W73A 4JY8A 2CZEA 4RR4A 4J9JA 1TTQA 2C18A 2VFGA 3M0ZA 3NPWA 3PULA 4MYXA 4EIVA 5MHBA 3PC0A 2H90A 4Z0JA 2QJGA 4Z1AA 3FYOA 4GUGA 3TU9A 2HSAA 4UFMA 3S0CA 3LGEA 2Q8LA 1OFQA 1M6JA 5G2HA 5AYYA 1OHLA 1EWEA 2BX7A 3M43A 2HTMA 4S1FA 3LM7A 1EWDA 1H7WA 1DBTA 1P1XA 4MVAA 1SO6A 3AJXA 4H3DA 1MXSA 3M41A 5D2YA 3TSDA 3ATZA 2YFNA 3SZ8A 3PUDA 4KFNA 1S5VA 3LHUA 4LC8A 2VEPA 1LLZA 2CLMA 4HSNA 1X1ZA 3GDRA 3IIOA 1TREA 1UUMA 1XM3A 3THAA 3TR2A 4OV9A 2DU2A 1OX4B 4YXGA 3UNDA 3MHGA 2XN2A 1GVFA 2Y62A 2X1TA 1QO5A 2C6QA 1K8YA 1VYSX 3I68A 2Q3RA 1BWKA 4AAJA 1EP2A 2GQ8A 2VKZG 1QCWA 2CLLA 1GG1A 4QISA 4NVTA 4GRSA 1YDVA 2CLEA 1KFLA 5CPOA 3P8IA 1H7PA 3SR7A 4QAIA 1VZWA 3LRLA 2AAMA 3HG3A 1SZNA 3QJAA 4XKYA 3DHFA 3L2IA 1VRDA 1DQXA 3CPRA 3PBUA 3ELFA 4NJHA 4O1DA 3DENA 4O50A 1LROA 3QMSA 4PC8A 3P67A 4DQWA 3M47A 1Q45A 2FJKA 3PSVA 5KZDA 1BWLA 2XN1A 1RQBA 5I3IA 3O05A 3ABQA 1PS9A 4P61A 4ADUA 2I1OA 2YSWA 4JX5A 5A5WA 3GDMA 1B4KA 5FEXA 3C2EA 3TA6A 2A5HA 1IXNA 2ZQ0A 1SFLA 3W7NA 1JCMP 1DOSA 1IIGA 2CLOA 1A50A 2I9EA 3NA8A 4YCOA 3M5VA 2GJNA 2NV2A 4R7JA 1DKWA 1SZEA 1IGSA 4KFPA 2QKFA 4OGZA 5D09A 3C0JA 1NAL1 1QPNA 3RK8A 3A24A 4U4MA 1TO3A 2Z6JA 3ABSA 8TIMA 1JR1A 1ADOA 3GAYA 3TE9A 1EIXA 2YFOA 3QYQA 5D05A 1G69A 2CFFA 1F5ZA 1BTMA 4CQAA 1G7UA 1ZFJA 2QCDA 1B9BA 4O8RA 1S5TA 4FX8A 3OA3A 1QOPA 2QDHA 3CIWA 3IVSA 3WJZA 3C52A 1G4TA 4AXKA 4LVFA 5C5YA 3EWWA 4A21A 3BV4A 3TK7A 5DLCA 4LUIA 4R53A 5G5IA 2V5BA 3LERA 3C61A 4ZQRA 2YR1A 3LCXA 4O13A 3CU2A 4BFAA 4NJGA 4E0CA 1OVDA 5LNUA 1VCFA 3LCGA 4NJKA 4GXMA 5KTLA 3KRSA 3NQVA 5U4NA 3B06A 3O63A 4B5NA 2HS8A 2W0UA 1PIIA 1WA3A 5G1YA 3PB2A 4O54A 3MI2A 2A6NA 4UTJA 2EHHA 4NNCA 3L68A 4CCEA 3TX9A 3W2NA 2Y61A 4MUZA 2A7PA 3NL5A 5DCBA 4RZ6A 3CTLA 2QJHA 3C6CA 4A2SA 3SSJA 4TMBA 2JKAA 1HO1A 4O12A 1QWGA 4GUIA 4DPPA 2E5BA 4E38A 2X1SA 3NNTA 5EL1A 4Z1BA 3TAOA 2VOMA 5KZEA 5EMUA 1WAUA 2NUXA 2DZXA 1RQEA 3ABRA 2C14A 4JTGA 2OZ0A 2QCDB 3QM3A 2VFFA 3G8EA 5DXYA 1HG3A 3LRKA 2GVJA 5F2MA 2LLEA 4KFOA 4M19A 3M5XA 1FWSA 4WQ6A 4PH6A 1XKYA 4AB4A 1SZGA 3DFQA 1F2JA 4BI5A 1K7EA 5AHLA 3QQ1A 2A85A 3NL6A 1TJRA 3NL3A 4LV4A 3UD6A 1KFEA 5D37A 3MO7A 2PE4A 4JTLA 1XFBA 4PEKA 1YDNA 1BKSA 1O95A 1XUZA 1TQXA 3P8JA 3KHJA 3VE9A 5HR7A 1QDSA 4HKPA 2CLKA 1YYAA 2C19A 2VFIA 2R91A 3CM4A 3DGRA 4POCA 3KXQA 5HNRA 3LHYA 3EX4A 1GVQA 1JUEA 1IF2A 2CU0A 2ZA1A 4Q32A 4DF1A 4UUIA 1TPUA 2TMDA 3GXPA 2V2DA 1XXXA 2E5CA 4UNKA 3RMJA 3GYEA 5IBXA 3W85A 3WJYA 2ZZ5A 5DBTA 4N6EA 1IXQA 3TDFA 1EA0A 3LBMA 4HN4A 4NQ1A 2TRSA 1UUOA 5LNRA 2IQTA 3LCLA 4CQ8A 3EWZA 4CCDA 2EF9A 1OF6A 3VNDA 5F2GA 1AL8A 3A22A 3QF0A 1TV8A 3BG5A 3FKRA 4ZQNA 2YXGA 1K03A 2EGZA 3L67A 4O28A 4JX6A 1X7FA 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1H60A 4PCFA 1FY6A 3L5MA 3UY7A 4HNUA 3QEZA 1U5JA 3W7EA 3DFTA 4NZJA 1TPH1 2V9DA 5SWUA 3L5AA 1SSDA 1H1ZA 1FX6A 3NM1A 2E6DA 1N55A 1OK6A 1JCXA 1VHNA 3UPBA 1SQ7A 3BARA 4Q4KA 3NQ7A 4RCXA 1YDOA 3W2MA 4AEOA 3Q2DA 1OK4A 4G1KA 2FB3A 2QCCA 3T4CA 4AVFA 1KFKA 3EWBX 3L0NA 3TV8A 4LVGA 5E93A 3KAOA 3QW3A 3UZJA 5TQLA 1KFJA 4AWUA 1KTBA 3ZR4A 3K30A 2TPSA 4O4VA 1OG0A 3FA5A 3I7RA 1NEYA 4WJEA 1O94A 1V7YA 3STCA 3VE7A 1LOSA 1LZOA 4QNWA 1AW5A 4GWEA 5LGXA 3R12A 5I3HA 1THFD 3PWAA 4JDBA 3LCIA 5CKSA 5BW6A 1SW3A 3STFA 3GB6A 1GQNA 3EEGA 2B0MA 2ZFAA 3TMLA 2YX0A 4RKAA 3W88A 1HTIA 4UFKA 5C54A 4Y96A 3TKFA 3M1ZA 4OT7A 5FF7A 4LRSA 2NXIA 2QEZA 2X30A 5LHFA 1VH7A 5E0KA 3S1WA 4MFDA 4JNMA 1FXQA 1C9DA 3F03K 4Y90A 1PE1A 1GVRA 1O5XA 3P61A 4ZQOA 2QDGA 5T26A 4Z08A 1OX4A 2CW6A 2AGKA 2YW3A 4XBSA 1LRNA 3S1VA 4OWGA 4QM1A 4N4QA 4ORIA 2AQWA 5AB3A 5AHIA 2E77A 4MIMA 5FI8A 4TR9A 1FWWA 3E02A 4RXFA 2B4GA 2E6YA 4UC5A 5FEWA 5F1UA 3S5ZA 4U28A 2FPYA 5H2ZA 4OE7A 1W0MA 5FF3A 3UWVA 1T99A 3S6DA 4PFMA 4A3UA 2H3BA 4IX0A 5C2XA 4BF9A 1VYPX 2H8ZA 3R2GA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4FIRA

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