4FJ5A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj5A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj5A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj5A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj5A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj5A03
3QNNA 3AVFA 1YTUA 3MEDA 1ZBUA 1CZBA 2OPRA 3A2FA 1JLBA 4CJ5A 3VQDA 3VN5A 3JSMA 2YHBA 4KHYA 1ASVA 4DTRA 3V9WA 4HCBA 3SUNA 4CEBA 4I9QA 1VSEA 2DY4A 3C6UA 3VQCA 3NH2A 4CFBA 2HVHA 4M42A 5KRTA 1C1CA 3SZ2A 1ZYQA 4BDPA 1J54A 2HHTA 2D0CA 1VSFA 1TK8A 4DSIA 4W5OA 1BHLA 1WSEA 4FLXA 1LV5A 3RRGA 3LWLA 3OYEA 5HROA 4I2QA 4OPJA 1J5OA 4KI4A 1HQEA 3DRSA 4B9SA 2E6MA 1U04A 2IC3A 1JLFA 4NYNA 3MXIA 2B5JA 4FCYA 3VQPA 3SUOA 4E7IA 2BDPA 4FZYA 4Y1DA 2ITGA 2P5OA 1KFSA 1S5JA 3O3GA 4BACA 1C0UA 3QESA 4EZ9A 1EKEA 3LP3A 2Z1GA 4LH4A 3OJUA 2Y1JA 2YKMA 1XC9A 1TVRA 2HNZA 3C94A 3O3FA 3OYKA 4HUGA 4ZTFA 4IFYA 1EP4A 1LAWA 2X6SA 3DYAA 1L3UA 4CJVA 2KW4A 3HPHA 4H8KA 3LWMA 1BCMA 3NF6A 1RTJA 3HT3A 1TAQA 4CHNA 4LSLA 4PA1A 4FM1A 3MXJA 3L2UA 4JRQA 3PX4A 3KK1A 1QS4A 3IG1A 1CZ9A 3K5MA 3PY8A 3AVLA 3OYIA 1C0MA 4DS4A 3ZT2A 3L2WA 3VQ8A 3PX6A 2PY5A 2KZZA 3KKRA 4DFJA 3MEEA 3QO9A 4CJ3A 1FK9A 3LAMA 1TKTA 1VSHA 4ID1A 3QEIA 1BCOA 4FLVA 3S3MA 2JGUA 2EX3A 2ZE2A 4E1NA 1C0TA 4CGIA 5D3GA 3KIOA 3NGZA 4OKEA 4KV8A 3CFPA 3UIQA 1IKYA 4W5QA 3QNOA 2QXFA 4C8NA 3WNEA 2BANA 3MECA 4ZHRA 3OYBA 5CYQA 4ELTA 4CGHA 5FRMA 2DTUA 1W0HA 4FJGA 1HJRA 4J2BA 1LWFA 1BISA 3T19A 1S1XA 3AO3A 4WE1A 5HBMA 1EXQA 1HNVA 2D0BA 1T05A 4JS5A 2ZD1A 3OYGA 2YNIA 1IO2A 1TL3A 4DWIA 4FJNA 5CY4A 4KREA 4AILC 4J2AA 3M8QA 1X9WA 4E19A 3EY1A 1B9DA 3TABA 4FJ7A 4K8XA 1S1VA 3U3YA 4R5PA 5K14A 2WOMA 4OJRA 1T8EA 5JS2A 3SPYA 1A5WA 3K58A 2FBVA 2JLEA 4IG0A 5J2MA 2IDOA 4Z4CA 4KHNA 3DLBA 1BGXT 4FW1A 1HMVA 3V1QA 4YNQA 1VSIA 4L8RB 2KZMA 1D9DA 1KVBA 2Z1JA 3OYMA 3KJVA 1GOAA 1Z26A 4KB0A 1BI4A 4DSEA 4M3WA 1JXBA 1RCHA 4I7FA 4CEEA 5DK5A 1L5UA 1BL3A 4GMJB 4KTWA 2P5GA 4OKJA 1SV5A 4QAGA 3OYAA 2XO7A 1F21A 1NKCA 2QKKA 2GUIA 3LZIA 5J2QA 2HNDA 2G8UA 3TI0A 4FJ8A 4Z4IA 2Q3SA 2LSNA 3K5OA 3PX0A 4B9NA 4QOZB 3DM2A 1Y97A 3TAGA 3NFAA 1VRTA 5HRRA 2YHAA 1QTMA 3LZJA 4FK0A 2OPSA 1HYZA 1W9HA 3ZSYA 4FJXA 2OPQA 1DTQA 3ULDA 3OYLA 1LW0A 4O5BA 3HVRA 1NOYA 3TAQA 3V1OA 2FBXA 4N47A 3VQ5A 1UA1A 3NF8A 2B4JA 4O55A 2W42A 4DFPA 5EU7A 3ZSVA 5HRPA 2WONA 3SQ0A 1BI4B 3BGRA 4MFBA 3HXMA 3FFIA 2BGGA 4HUFA 1S9GA 2XY7A 1VSLA 5C42A 3KLIA 5FDLA 3VQQA 2IS3A 4RW7A 3O3HA 1SL2A 4FLTA 2ETJA 3AO2A 4DLEA 5HLFA 1TAUA 4CEZA 3OJSA 3KLEA 3B6OA 4FJKA 2O4GA 2ZQBA 4ICLA 4BWJA 5KI6A 4AHSA 4E7LA 3HO1A 1MU2A 3D45A 3OYCA 4Z4FA 3VA0A 4DTNA 4OPKA 1NKEA 1D5AA 4BE1A 1RDDA 4CGGA 4DSFA 3P83D 4E1MA 3RRHA 4B9TA 2DFHA 4CESA 1RT7A 4AH9A 4CJLA 2G8WA 1ZBHA 1UA0A 1NK4A 2G8KA 3PV8A 3DRRA 4DTJA 4CF0A 1N6QA 2O4IA 4GW6A 3O4QA 1BIUA 3HSTB 1NJWA 3VQEA 3ZT4A 3KLGA 3M8SA 3ZSQA 4I9LA 4DTMA 3SUPA 1FKOA 5J2PA 1UWBA 4KO0A 2HHSA 1RBUA 4FK2A 4M41A 4FM0A 4YFUA 3NCIA 1HRHA 2YNHA 5KTQA 3THVA 1NK6A 3TAEA 1WSGA 4W5TA 4LSNA 2YNFA 4CFAA 3ZSWA 3OYHA 2OZMA 1SL0A 4DSLA 1Q8IA 4CJQA 4EZ6A 2HW3A 2ATQA 4CJ4A 2HHXA 3LP2A 1SKSA 1JL2A 4CGDA 1JLQA 4CEFA 1J53A 2GV9A 3RMAA 4DTUA 4M3RA 4J2DA 2FBYA 3LP0A 3VQ6A 3BDPA 3HJFA 1LWCA 5SWMA 2PYLA 1EETA 4CGFA 2PZSA 3NDKA 4FLWA 1RDBA 1S1WA 1WNSA 2HMIA 4DFKA 4PUOA 4H4MA 3EZ5A 2I5JA 4PY5A 1YVUA 2D5RA 3QEVA 4E7HA 3OS0A 2A1SA 3KTQA 1RDAA 1JXEA 3AVGA 4FJHA 5I3UA 4E3SA 4CEOA 3S3OA 4CIFA 2VG6A 2X6NA 1YTAA 3G0ZA 2HHVA 1RT4A 3TAFA 4N56A 4CJPA 1GOBA 1UOCA 1WLJA 4LH5A 2OPPA 3V9XA 4DTOA 3AO1A 1RTHA 3LALA 1A5XA 3SV3A 4M3TA 3AVMA 4DLGA 1NJZA 4PWDA 4Q5VA 4DFMA 1KFDA 4FJIA 4RG8A 2KFZA 3DI6A 4M3XA 3K2PA 4O44A 3NHGA 2QK9A 3DLHA 3LPTA 2VWKA 1KCFA 3SNNA 2XHBA 4FLUA 3G10A 5KGWA 4I2PA 2OZSA 3OVNA 3DOKA 3AVBA 4DQPA 3SCXA 4B9UA 4FZXC 3LPUA 2EHGA 3WNHA 4TSXA 3VQAA 4CIGA 5HRNA 2RKIA 3ALYA 2OA8A 3OYFA 1RNHA 1RTIA 3TANA 3SPZA 3DLKA 4CJWA 3VA3A 1T03A 1L3TA 1WAJA 3NAEA 1HQUA 3IS9A 4N5SA 3AVIA 1IG9A 1NKBA 4K8ZA 3HK2A 5SZTA 3OS2A 4OLBA 3LANA 3QEXA 3SQ1A 3PUFA 4KKOA 4DQIA 4ID5A 3ITHA 2F8SA 4O0JA 4EP4A 2RPIA 4DSJA 3ZCMA 3U3GA 3VQBA 4OGCA 3VQ4A 4DU3A 1GOCA 4CJRA 3KD1E 2XY8A 1SL1A 1RT3A 2QKBA 3K5NA 4BWMA 3SV4A 3V9SA 1VSKA 2NUBA 2VWJA 3TAMA 4J2EA 3C6TA 3RR7A 3C95A 5T7BA 1TGOA 3O4NA 2HHUA 3B6PA 1ITGA 1K6YA 4KHSA 1BQMA 1YT3A 3OS1A 4GVMA 1L3VA 4F2RA 1S1UA 5HRSA 3OYNA 1D9FA 1KTQA 3PO4A 4FJ5A 1DLOA 1QSYA 3V1RA 4KAZA 4M3ZA 1REVA 2DFEA 4ZTJA 1CXQA 1WAFA 3NF9A 3RMBA 1WN7A 4CJUA 3L2RA 5CZ1A 1KVCA 4CE9A 2E6LA 3CG7A 1HPZA 2G8HA 4CHPA 3CM6A 1B9FA 3K57A 4E0DA 1NK9A 4FLYA 3IAYA 3JYTA 3KKSA 1IH7A 1FXXA 1RT5A 2X78A 3M8PA 4FZZA 4KTQA 4OVLA 4H4OA 3M8RA 3HPGA 5E41A 2OYQA 3H08A 3D0PA 3LAKA 3E01A 3NGIA 4ELVA 2YV0X 1VSJA 1KLNA 3V4IA 1RDCA 3CFOA 2HVIA 3V9UA 4DG1A 3AA4A 3OYJA 4F3TA 4AHCA 1I3AA 4DU1A 1SUQA 2KTQA 1T7PA 1JLGA 1Q9YA 4E7KA 4BDZA 1RBTA 3S3NA 2Z1HA 3VQ7A 3QIPA 4C8LA 4QCLA 4FJMA 4C8OA 1HYSA 3CQ8A 4M45A 2P51A 3CM5A 4FW2A 4CJEA 4CIEA 4CK3A 5J1EA 4XIUA 4IG3A 4JS4A 1IKXA 3SQ2A 1JLAA 2HHQA 2FC0A 3QINA 3ZSOA 2BE2A 1ASWA 4LY7A 1B92A 3AO4A 3DOLA 1BIZA 2XY5A 3HL8A 4RW9A 3L8BA 4CGJA 3S9HA 4CK2A 4IKFA 1RBVA 4KHUA 4M3UA 3MEGA 1X1PA 1TKZA 5C25A 3AA5X 3NH1A 3P5JA 2VG7A 3KLHA 3AO5A 3AVAA 1X9MA 3AVKA 4CJTA 4B9LA 1TV6A 1ZBFA 2P1JA 2B6AA 4N76A 1XHZA 3AVJA 3ISNC 4DQSA 3L3UA 1D8YA 2R7YA 4DF8A 1U45A 3SUQA 1ASUA 1JLEA 1DTTA 2HNYA 4F4KA 3I8DA 4RW8A 3QIOA 3WNFA 4Z0UA 2E4LA 3SYZA 4B08A 4KPYA 1S9EA 4O4GA 4LD0A 4CF1A 3T3FA 2G8IA 4DTXA 3ZT3A 3AVHA 1RT6A 1QQCA 3DMJA 5DMRA 4OGEA 4UQGA 1ZBLA 2GBZA 3OYDA 1NK8A 3CFRA 2KQ2A 2YNGA 4CHOA 3AA2A 1TK0A 2KFNA 4NCBA 3QEPA 4KI6A 3SJJA 3MAQA 1KRPA 4FXDA 1EX4A 4DTSA 3I0RA 1WSHA 4DS5A 5J2NA 4BDYA 3U6FA 1NJXA 4PQUA 1QHTA 1VK0A 4CECA 2G8FA 4IFVA 5JS1A 4CK1A 4B8CA 2YKNA 4FVMA 4CEDA 4CCHA 4B3OA 3QETA 3NF7A 3ZT0A 4OLAA 1I39A 1X9SA 4EP5A 1WSJA 3L2QA 3AVCA 1RT1A 3NGYA 3T1AA 4FJJA 1FKPA 1XHXA 4AHUA 3RMDA 4HTUA 1C6VA 4C8MA 4B8AB 1S6PA 2RF2A 2IGIA 4DTPA 2A1RA 1IKVA 3K5LA 1WSIA 1TK5A 3KLFA 4DQQA 1U47A 2XRIA 1ZBIA 4IBNA 1O1WA 3TAPA 2F8TA 2D0AA 3DRPA 1Z25A 4G1QA 3HPOA 3F73A 5I42A 4FJLA 1JKHA 2PYJA 2IOCA 4BE0A 3MXMA 4O0IA 1TL1A 2VG5A 4E7JA 3SQ4A 1SKWA 5FRNA 1NJYA 4CEAA 2X74A 4DU4A 4M3YA 4HUEA 1RBRA 3KD5E 4C8KA 4HHTA 4KHQA 1TKDA 4FLZA 3F9KA 1RTDA 3LDSA 4CJFA 4OKKA 2XY6A 4KHWA 1U49A 3WNGA 3ZSRA 4KRFA 3ZSXA 3HYFA 4NYFA 4DMNA 3ZT1A 3DLEA 4IDKA 4DQRA 3QERA 1U48A 4FK4A 3NH0A 1NK7A 2Y1IA 1RBSA 4KTZA 4F2SA 1HYVA 2HHWA 4MQ3A 4CHYA 3AA3A 3EYZA 1XWLA 4RW6A 2HB5A 3SI6A 1C1AA 1L3SA 1A5VA 3V81A 3ZSZA 3TR8A 5HP1A 3TWHA 1NOZA 1XI1A 4Z4GA 4AHRA 3NE6A 1KVAA 3K59A 1WSFA 3V6DA 4DSKA 3DLRA 2G8VA 4F8RA 4CERA 4F3OA 2RN2A 4ELUA 4B9VA 1CXUA 3IRXA 4JRPA 1IKWA 1UAXA 1HNIA 2F96A 1VSDA 4AHVA 4BE2A 1NK5A 4N41A 1RILA 3RWUA 4Z4EA 3V9ZA 1BQNA 3AV9A 1LAVA 1S1TA 2Z1IA 4CFCA 1C1BA 4Z4HA 1JLCA 1RT2A 3L2VA 4CF8A 1S6QA 4NCAA 4CEQA 4B9MA 3P1GA 1G15A 3HVTA 3RMCA 1VRUA 4AHTA 1TKXA 4CJSA 2FBTA 2AJQA 5C24A 5CYMA 3HP6A 4E89A 3TARA 1QSLA 1LWEA 4CHZA 1U4BA 4Y1CA 5KGXA 4Q0BA 1QSSA 4JLHA 4CFDA 4HCCA 4W5RA 4CF2A 1QE1A 1VSMA 3PO5A 1J9AA 2DFFA 4HVJA 3RR8A 1NK0A 3QEWA 3I0SA 4W5NA 2IAJA 3KK3A 4FM2A 1R0AA 3ASMA 1CLQA 4KB1A 5CZ2A 1KLMA 3AVNA 4FJ9A 3HP9A 4CHQA 4DF4A 3L3VA 3NBPA 1JL1A 3LP1A 4KFBA 3CYMA 4NCGA 4CF9A 3VQ9A 3QLHA 1LW2A 3RTVA 1Q9XA 5FROA 4FYDA 1KSPA 4RW4A 4CJKA 3OY9A 3KK2A 3DLGA 1N5YA 3HM9A 5KRSA 1SKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4JI5K 3PV8A 5EVZA 3O4QA 1VQLN 5AQIA 5GIOA 3ZSQA 3O5BA 4I9LA 3AAQA 3O9QA 4CZFA 1UWBA 4KO0A 3NCIA 2YNHA 1NK6A 3TAEA 1WSGA 5IWAK 4W5TA 2OZMA 1YI2N 1Q8IA 4CJQA 4DV7K 4EZ6A 2ATQA 5H37A 1XQSC 3TSUA 3VGLA 2WBNA 5AFUH 4CEFA 3RMAA 3MWTA 4CBWA 4CGFA 4CZGA 2PYLA 1WNSA 2HMIA 4H4MA 2HMPA 2VGMA 4I6MA 4PY5A 1VQMN 2D5RA 2A1SA 3KTQA 1RDAA 1XMGE 4NO7A 4CZMA 4E3SA 3LDBA 3ZX3A 2UXDK 2K5SA 2VG6A 4A2AA 1RT4A 3TAFA 4CJPA 1GOBA 3V9XA 4I6JB 1NJIO 2ASOA 4JK7A 2E32A 3CMEN 3D2FB 3AVMA 1GLFO 3U9DA 4DLGA 4Q5VA 3S41A 3G6EN 5JVHL 1VQON 4O44A 2QK9A 3LPTA 2VWKA 2XHBA 4FLUA 1OKJA 5DM6L 4NLBA 4OPAA 4JKAA 4JK8A 5KGWA 1N34K 3DOKA 3AVBA 1YHQN 1OH8A 5HRNA 2OA8A 4LF8K 4CD1A 1RNHA 3TANA 3SPZA 2YI1A 4CJWA 3VA3A 1T03A 2FSKA 2DPNA 2E20A 4ILGB 5SZTA 3HM8A 1VQ7N 4ID5A 2H3GX 5IZ7A 3U3GA 3VQ4A 1GOCA 3NVKA 1RT3A 3C0BA 2QWNA 3SBTA 4ISGA 2QKBA 3HSCA 4YOXA 3RR7A 5T7BA 3OW2M 2HD0A 5C10A 3T7ZA 1OH6A 4KHSA 1YT3A 3OS1A 4GVMA 1Z05A 4BRDA 4IJNA 1KTQA 4M3ZA 3THYB 1SZ2A 4X64K 1JCGA 4IO8A 5KQ8A 1CXQA 1WAFA 3SAFA 2P9PA 4FWSA 5E84A 4CE9A 3CG7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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