4FJ5A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj5A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj5A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj5A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj5A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj5A03
3OYDA 4CCHA 4DTNA 3ULDA 1NKBA 4LY7A 1SL1A 3HT3A 2G8KA 1B9FA 4ZHRA 3TAGA 3SQ1A 1IO2A 3K5LA 4N41A 3DOLA 1ZBHA 4O0IA 3OYBA 4F3OA 2QKBA 2WOMA 4QOZB 4KTWA 4MQ3A 1BQNA 4B9NA 1NJZA 2PY5A 4N47A 4F8RA 3V6DA 4M3ZA 3K2PA 1S9EA 1HQEA 2E6LA 4RW7A 1VSHA 5T7BA 3V9XA 2HB5A 3HPOA 1U49A 4CEZA 4CFCA 1A5WA 3NE6A 2A1SA 4I9LA 2YHAA 3AV9A 3E01A 3MXJA 4DFKA 1KCFA 1W0HA 4MFBA 3ZSOA 1DTQA 4AHTA 1TKZA 3QINA 3JYTA 4OKJA 3TI0A 4CHYA 3OYMA 2P5GA 3NGIA 2G8VA 5DMRA 3TAPA 3FFIA 4NYFA 2OZMA 3EY1A 1D5AA 4CGGA 4CHZA 4CEAA 3SYZA 5C42A 1R0AA 2G8HA 1RCHA 3AVFA 3VQ9A 2BE2A 3OS1A 1VSDA 1NK6A 2Q3SA 4HHTA 2YNGA 4FCYA 1U48A 4E7IA 2XRIA 4DSEA 3EZ5A 1ASVA 2D5RA 3PX0A 1RILA 3ZSXA 2G8WA 4ID5A 4J2EA 1S1TA 4B9SA 4B08A 5DK5A 4ICLA 3ZSRA 4CF1A 1NK4A 3OYEA 3VQCA 2Z1IA 3TAMA 4CJVA 3LAMA 3T3FA 3CM5A 3ZCMA 3V1RA 3SQ2A 4RW4A 3NF6A 3HP9A 1SKWA 3IAYA 3SQ4A 4NCAA 2OZSA 3VQ7A 4FJNA 3AVBA 4HCBA 3V4IA 1ZYQA 3SNNA 4B8AB 4E1NA 5J1EA 1NK5A 1GOBA 4B9UA 2VWJA 1RTDA 4C8LA 3MEDA 4CJQA 2B4JA 3KK2A 3L2VA 3WNHA 3ZSZA 4HTUA 4CEEA 2GV9A 2GBZA 3IRXA 1GOAA 1D9DA 4CJ4A 3NGZA 4CJ3A 3KD1E 1S1UA 5I42A 4Q0BA 1A5VA 1REVA 1UAXA 4KHUA 3NH2A 2HW3A 2HHVA 1NJWA 5K14A 4FJKA 2HNYA 4CGJA 1XC9A 4AHRA 4CHOA 4CJLA 3CFOA 4O55A 4Z4CA 4B9LA 4H4MA 4IFYA 4PUOA 3DLKA 4PA1A 5FRNA 1YVUA 4OGEA 1EP4A 4FK0A 1S9GA 2YHBA 4E19A 3OYJA 3AA2A 3VQDA 4KRFA 2O4IA 2FBYA 2KW4A 3L2QA 1VSFA 3QEIA 1CXQA 1UOCA 4O5BA 3L2WA 4E7JA 4PY5A 1C0UA 3B6PA 1XHZA 3DYAA 4O0JA 4CIEA 4HCCA 2YNHA 4CJPA 3QNOA 4I2PA 3SV4A 4LH4A 4DLGA 2IC3A 3OYKA 3V1QA 4W5QA 1TK8A 4DSJA 3ZSYA 4M3WA 4CFAA 3MAQA 4CFBA 4K8ZA 3O4QA 4ID1A 1W9HA 3MXIA 5JS2A 3OYHA 3NF8A 3AA4A 4FJJA 4FZXC 4WE1A 2KZMA 3MXMA 3THVA 1C1BA 3C6TA 4AHVA 4DFMA 1N6QA 1J5OA 5J2QA 4OJRA 3NF7A 1ZBLA 4FJLA 4R5PA 4DTPA 3ZT3A 4QAGA 3OYLA 4FJGA 2OA8A 2BANA 4AHCA 5CY4A 2KQ2A 4CIGA 3MEEA 4OKKA 5EU7A 1CZBA 3BDPA 3HL8A 5C24A 2R7YA 1T8EA 3LP0A 2NUBA 3VQ5A 1BCMA 3QO9A 3KK1A 3M8SA 4F2RA 4FM1A 3OYAA 4IBNA 3NF9A 1C1CA 3HP6A 4E7KA 1DLOA 4RW8A 1TK0A 1WSJA 4LSLA 3DOKA 4DFPA 4DS4A 4KREA 1YTAA 1S1WA 2IS3A 2X78A 3KJVA 3L3VA 5CYQA 1HQUA 1Z26A 4EZ6A 3AA5X 3VQ6A 1JXBA 3QESA 1RBUA 3RRHA 3AO2A 3V9ZA 1JL1A 3ZT1A 2JGUA 1F21A 1NOYA 3QLHA 3VQ8A 2KZZA 4CK1A 1QSYA 3O3FA 2I5JA 1S1VA 4JS5A 4CK3A 3VN5A 3RRGA 1BQMA 4Q5VA 3HYFA 2G8IA 3V81A 4B8CA 2JLEA 3C95A 3MECA 3AVLA 1J53A 1VSMA 3DLRA 3K57A 2Z1GA 3M8QA 5KGXA 1JLCA 3CFPA 2DFFA 2ZQBA 1WSIA 3KLHA 4TSXA 1IH7A 2Y1IA 3TAEA 1XHXA 1TKDA 3WNGA 4C8OA 3LANA 3TABA 1L3VA 4FLYA 3LWMA 3AA3A 1U04A 1S6QA 1LV5A 3HSTB 3ZT2A 1KRPA 4CEOA 3SJJA 5KRSA 4BDZA 1C6VA 1QE1A 4KHYA 1BIUA 2HNDA 3QERA 2QKKA 2AJQA 4FZYA 1BIZA 1XWLA 4CESA 4J2DA 4Y1CA 4FYDA 2RPIA 4CF8A 1RT6A 1I3AA 4KB1A 5CZ2A 4DU3A 4H4OA 4DTJA 2OPSA 3D0PA 1MU2A 3AVKA 2P5OA 3VA0A 4F4KA 1LWEA 1VSLA 3DLEA 1UWBA 4NYNA 2XO7A 4DTUA 2XY6A 3KLIA 3SUOA 3O3GA 4CIFA 3H08A 3S3NA 2OPRA 4K8XA 1J54A 1L3TA 3HJFA 3SQ0A 4IFVA 2QK9A 3RMDA 1SL0A 1RT7A 1RNHA 4OPKA 2P1JA 1JLBA 3BGRA 1I39A 4BE2A 3RR7A 3VQPA 2PZSA 1QS4A 3V9UA 1JLAA 3IS9A 1JXEA 3NFAA 1SKRA 4FLWA 4CHNA 1HNVA 3DRPA 3KK3A 4KTZA 3LPUA 2HHUA 3HPGA 4CHPA 4CHQA 1VSIA 4CJ5A 4BDYA 4KAZA 4UQGA 1ZBFA 2YKNA 1WN7A 1RBVA 2E6MA 4LSNA 3OS0A 4JLHA 4YNQA 4FJ5A 1LWFA 4FJMA 1J9AA 1LAWA 1RDBA 5KI6A 3RMAA 4OLBA 1IG9A 1ITGA 3L3UA 4I7FA 2HVHA 4FJHA 1N5YA 2XY7A 1L5UA 3DRSA 4G1QA 4DF8A 3OY9A 1RT1A 2IDOA 4B9VA 1HYZA 2HHSA 1WAFA 4CGFA 2LSNA 4M42A 4O44A 4FLUA 1WSFA 4C8NA 3K5MA 1S5JA 1KFSA 4ELTA 3QEPA 2FC0A 3CG7A 3HM9A 4KV8A 1XI1A 2D0AA 5KRTA 4FM0A 2PYJA 2F8TA 4CJWA 4CEQA 1B9DA 2FBXA 3KTQA 3V9WA 3LZIA 4C8MA 1HPZA 4ZTJA 4IG0A 4AHUA 1HJRA 4E1MA 1Q8IA 4CF9A 4LD0A 1RT4A 3ASMA 3KIOA 1FK9A 4E7HA 4NCBA 1SL2A 4DLEA 4FM2A 4OKEA 4DTMA 4I2QA 4CE9A 4B9TA 1S1XA 3SCXA 4EZ9A 1TL3A 4CJSA 2A1RA 2GUIA 2D0CA 1D9FA 1YT3A 2YV0X 4C8KA 4DMNA 3ZT4A 3ALYA 5HLFA 5J2PA 2RN2A 2ITGA 3S3OA 1KSPA 4B9MA 3KKRA 4FLXA 4AILC 2G8UA 1BI4A 4E3SA 4KPYA 3NBPA 4KHWA 2DFHA 3AO5A 5E41A 1RBSA 3QEWA 1S6PA 2YKMA 3NHGA 3JSMA 2XY5A 4Z4FA 3AVNA 4RW6A 1TAUA 1G15A 3NGYA 1UA0A 2Z1JA 4J2BA 4W5OA 4FLTA 3IG1A 3RR8A 1NKCA 2O4GA 3QEXA 4DU4A 5HRPA 3K59A 3LP2A 3PO4A 5HRSA 4Y1DA 1KVAA 3O3HA 1KFDA 4HUGA 4N5SA 1X9SA 2RKIA 4CFDA 1SUQA 4BACA 1NK7A 2EHGA 1NK9A 2BDPA 3QEVA 3LP1A 3V9SA 1ASUA 3NH1A 3LWLA 1U45A 3LALA 1BI4B 3VQQA 3OYNA 1X1PA 3F73A 3HO1A 3RMBA 2Y1JA 1EETA 2X74A 3QIOA 3MEGA 1TAQA 1K6YA 4FJ7A 4CK2A 3PV8A 1RT3A 3WNFA 3OYFA 4M45A 1IKXA 4DG1A 3WNEA 4CEFA 2XHBA 3AVMA 5SZTA 4CF0A 4GMJB 4CGIA 4DTSA 4KHSA 2ETJA 5KGWA 2OYQA 4AH9A 1LW2A 5HP1A 3NCIA 3NAEA 3TAFA 1NKEA 1X9MA 1VSJA 4CECA 1T7PA 3QETA 4KI6A 2VG5A 3A2FA 3U3GA 4YFUA 3K5NA 3AVIA 4Z4GA 2D0BA 1FXXA 3OVNA 2KFNA 1HYVA 4CGHA 4B3OA 3QIPA 4W5TA 1FKOA 1TKTA 4DSKA 1HYSA 2XY8A 1LW0A 3I8DA 3U6FA 4F2SA 4DTOA 1VSKA 3AVHA 3KD5E 3LPTA 1WSHA 4DQPA 1A5XA 3AVGA 4DWIA 3CFRA 2KTQA 4DF4A 4KI4A 2F96A 4FJ9A 4FXDA 3RTVA 1T03A 2HVIA 3SV3A 4FJIA 1QSLA 1BISA 1TGOA 2EX3A 1RDAA 3P83D 4CEDA 4ZTFA 3HXMA 2WONA 2HHWA 3KKSA 3CQ8A 4M3TA 5CYMA 4OVLA 4HVJA 1WSGA 4CJRA 3VQAA 1NOZA 1Z25A 4BWMA 4DS5A 3OS2A 2W42A 3DLBA 3HK2A 1TK5A 1JKHA 1RTHA 3KLGA 4L8RB 4J2AA 1CLQA 1EXQA 3DM2A 1GOCA 1QQCA 4QCLA 1D8YA 2IAJA 1C0MA 3AO1A 3O4NA 4O4GA 4W5RA 5SWMA 3LZJA 5FDLA 1WAJA 4F3TA 4DU1A 1CXUA 3DMJA 2P51A 1C1AA 1IKYA 4M3RA 5FRMA 5D3GA 1EX4A 3U3YA 1Q9XA 3SZ2A 3LDSA 4FLZA 1WLJA 3HVTA 4CEBA 3DI6A 5JS1A 5CZ1A 4E89A 4W5NA 3VQBA 3P1GA 1VRUA 4I9QA 1O1WA 3SPZA 3L2RA 1VK0A 1Y97A 2RF2A 4FK4A 3TAQA 3NDKA 5KTQA 1IKWA 3LAKA 4DSFA 3ZT0A 1NJXA 3AO4A 4E0DA 5HBMA 1VRTA 3OYIA 3OYGA 4HUFA 4DTRA 4PWDA 1T05A 1RTIA 1BL3A 4IDKA 4Z0UA 4M3XA 4CERA 3K58A 4FK2A 3AVCA 4BE1A 2HMIA 2IGIA 2F8SA 1RDDA 5HRRA 4JRPA 3TARA 2HNZA 4FVMA 3K5OA 4N56A 4IKFA 1BGXT 3HPHA 3AO3A 3L8BA 3VA3A 4Z4EA 2OPQA 1BHLA 2VWKA 2DY4A 4Z4IA 2ZE2A 3AVAA 1QTMA 3SUNA 1HMVA 3SI6A 1TKXA 1JLEA 3SUQA 2FBVA 4CF2A 4BDPA 3NH0A 1L3UA 1FKPA 1SV5A 1JLFA 4OLAA 1KTQA 4N76A 5HRNA 4DSIA 1U4BA 4DQQA 4FLVA 1TV6A 4LH5A 3D45A 4M3YA 4GVMA 2FBTA 4DSLA 4OPJA 1KLMA 3T19A 3HVRA 1IKVA 4FW2A 4FJXA 3T1AA 1C0TA 4DQRA 3TANA 3S9HA 2B5JA 3CYMA 4IG3A 4OGCA 5J2NA 4ELUA 1ASWA 4NCGA 1JLQA 1RT2A 2Z1HA 1U47A 1QSSA 3DLHA 1EKEA 2ATQA 2QXFA 2B6AA 4KO0A 3PY8A 4GW6A 3L2UA 5J2MA 3G10A 2YNIA 3EYZA 3UIQA 1RTJA 4XIUA 4EP5A 4JRQA 1KLNA 3PX6A 3QNNA 4EP4A 3PX4A 1RT5A 4CJTA 3PO5A 4KHQA 3G0ZA 3P5JA 4M41A 1TL1A 3VQEA 3OJUA 3ZSQA 1VSEA 2VG7A 3OJSA 4CJFA 3S3MA 1YTUA 4KB0A 4RW9A 4FJ8A 4DTXA 1RBRA 4KFBA 1SKSA 3PUFA 3VQ4A 4BE0A 3SPYA 2OPPA 4BWJA 1X9WA 1L3SA 3ISNC 3KLEA 1DTTA 3DLGA 4E7LA 2HHTA 1BCOA 1WNSA 2E4LA 4RG8A 1Q9YA 4ELVA 3CM6A 3F9KA 1QHTA 2YNFA 2ZD1A 5FROA 4CJEA 2KFZA 2G8FA 4KKOA 3C94A 4AHSA 1LAVA 4H8KA 4M3UA 3ZSVA 5HROA 1UA1A 2PYLA 1HNIA 1JLGA 2VG6A 4CJUA 1NK8A 4DQSA 3RMCA 3LP3A 4Z4HA 2X6SA 5C25A 4PQUA 3ZSWA 1RBTA 4DQIA 4KHNA 3B6OA 2BGGA 3I0RA 1NK0A 1RDCA 1CZ9A 3C6UA 1B92A 1JL2A 4FW1A 4CJKA 3RWUA 3M8PA 1KVCA 1ZBIA 1HRHA 1WSEA 4JS4A 3M8RA 3ITHA 3V1OA 1ZBUA 3OYCA 3SUPA 4DFJA 3KLFA 4KTQA 4HUEA 3DRRA 3TWHA 2DTUA 1LWCA 1NJYA 3AVJA 3I0SA 3TR8A 4FZZA 2HHQA 2X6NA 1KVBA 5I3UA 2HHXA 2IOCA 2DFEA 4CGDA 1TVRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3QO9A 4X62K 1YI2N 3OYAA 4IBNA 3HP6A 4RW8A 4DFPA 2MMBA 4DS4A 4B1YB 3KJVA 3DXKB 3L3VA 3TSQA 1KXPA 3AA5X 4R79A 2O8FB 3EO3A 3ZT1A 1NOYA 3VQ8A 3UKRA 3CCLN 1GLDG 3WXLA 4U67L 5IT9O 1YHQN 2JLEA 5FPMA 1XU3E 4YORA 1Y64A 1JLCA 4WQ5A 4CBXA 2QEXN 1D4XA 1IH7A 4BR5A 4C8OA 4LF6K 3LWMA 3CERA 3WXJA 3HSTB 4NLBA 1NNEA 2FSJA 4CEOA 3WQUA 4LC9B 4KHYA 2QKKA 2ASOA 3UKUA 3BZKA 2OPSA 1MU2A 3L6QA 2VQEK 1MHYG 4F4KA 4JK7A 4DTUA 4BRPA 2VJ5A 3HOTA 1CZAN 3SBTA 3SAHA 3HJFA 4K8XA 1J54A 2Q0UA 4A57A 1NGGA 1RNHA 4JK8A 3VQPA 3V9UA 3IS9A 1JXEA 4FLWA 3VPZA 3CCVN 4KTZA 2YHYA 1VSIA 4CJ5A 2NRZA 4UQGA 1ZBFA 4CW7B 4LSNA 2E6MA 3OS0A 5KI6A 3RMAA 3HGLA 4I7FA 2GWJA 4AKIA 3VEYA 4CZGA 4G1QA 4DF8A 4B9VA 2IDOA 2AP1A 2LSNA 3WUHA 4O44A 4ELTA 4C8NA 3SK3A 3QEPA 4MO5A 2JWKA 3CG7A 4PY5A 1XI1A 4NB4A 4CJWA 3ZX3A 3KTQA 2PAVA 5EY4A 5FPDA 2P1PB 4C8MA 4ZTJA 1HJRA 1E3MA 4LD0A 4KH6A 1JCEA 4EHTA 4EZ9A 3HZ6A 2YV0X 2KHOA 4C8KA 4DMNA 3ZT4A 1YJ9N 2ZGYA 1KSPA 3S3OA 4NLCA 4FLXA 4FWOA 2XY5A 1TAUA 3LDOA 4G9ZA 4RW6A 1NGHA 4J2BA 3T1YK 3IG1A 3P38A 2CGLA 5KPZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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