4FJ8A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dt
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj8A03
3B6PA 4CF2A 4ID5A 3OYIA 3QEVA 1HYZA 1RDBA 4KTWA 2EX3A 4KREA 2A1SA 3S9HA 2E6MA 5KI6A 1ASUA 4BE2A 3F73A 1WAJA 2PY5A 5T7BA 1NKBA 2OYQA 1QSLA 1BQMA 3M8PA 1JLBA 3P5JA 3DRPA 4NYNA 1JLQA 2F8TA 5CYQA 4NCGA 3QIOA 4CEDA 4DQPA 3ZCMA 1UWBA 5SZTA 4F2RA 2B4JA 3C6TA 3S3MA 3LAKA 2YNFA 5CY4A 1QHTA 5JS2A 4W5RA 3KTQA 2E4LA 1TL1A 1GOBA 4KHSA 4M41A 1BI4B 4CHZA 3KKSA 3ZSYA 5KGXA 4DU4A 4PUOA 5KGWA 4F8RA 4FK0A 1VK0A 4IFYA 1WSGA 4B8AB 3TWHA 4CHQA 1XC9A 4NYFA 1RTDA 4FLUA 1ZBFA 1BHLA 3C95A 1RBRA 2HNYA 1RT7A 4DTMA 4H8KA 4CF1A 1TKTA 4E7IA 3JYTA 4CJVA 1ZBUA 4Z4EA 1B92A 3VQ4A 3SPYA 4Z0UA 2XO7A 3HK2A 2DFEA 3HPOA 5D3GA 3K2PA 4J2AA 2X78A 3M8QA 4CFAA 3V81A 3LZIA 4FJIA 4FJGA 1LW0A 4DQRA 3SQ1A 1EXQA 1JXEA 3QINA 1TK8A 1TV6A 4K8XA 4CJWA 4FXDA 2G8VA 4AHRA 1CXQA 3MEGA 3VQAA 4DWIA 1QS4A 4BE0A 3K5OA 1CLQA 3K59A 1WNSA 3V1RA 4JS5A 4NCAA 3AVGA 1ASVA 3SUPA 2KW4A 3TAQA 4CK1A 1RDDA 1VSKA 2B5JA 3TARA 3RMDA 4FM0A 1J5OA 1WLJA 4KTQA 1R0AA 4GVMA 4FLTA 3HPGA 4E7LA 4DTXA 2XY6A 1RT5A 3O3FA 3DOLA 4QOZB 3ITHA 4CJSA 4BACA 3AVLA 3DI6A 3O4NA 3B6OA 4F2SA 4ZHRA 4KHUA 5HRNA 3MXIA 1B9FA 3RRHA 2ATQA 3K5NA 2YKNA 2EHGA 2P5OA 1XWLA 2R7YA 3DLEA 5J1EA 1GOAA 4KTZA 4N5SA 3DMJA 3VQEA 4CIGA 3IRXA 4CEZA 4BDZA 2DFFA 4Z4FA 4OKEA 2HHUA 4ZTJA 2X6SA 3H08A 2D0AA 2VG6A 4YNQA 4C8LA 3SJJA 1SL1A 4FLVA 3I0RA 4CHOA 3HP6A 1NJZA 4Z4GA 1IH7A 3TR8A 2HNDA 4CJPA 5HLFA 2DFHA 1F21A 4O5BA 3QO9A 4E19A 3PO5A 1NJXA 1SL2A 2G8HA 2KTQA 3AVKA 3OYBA 1I39A 4E0DA 3K5LA 4MFBA 1MU2A 2ZE2A 2ETJA 5HRSA 3QETA 3OYAA 2KQ2A 3L2QA 4BE1A 4FLXA 5J2MA 2OPRA 3HP9A 1HYSA 4B9MA 4EP4A 3VQPA 5K14A 1XHXA 3CFRA 4BDYA 2O4IA 1FKOA 4LSNA 4DQSA 2HNZA 3TAFA 2Q3SA 1NOZA 3MXJA 4B9NA 4FJJA 1RT2A 3I8DA 1VRTA 1KTQA 4FLZA 5I42A 1C1BA 3QEIA 3AVJA 3OYKA 1BIZA 2BGGA 3M8RA 5KTQA 1NJWA 4I2QA 4CGDA 1YTUA 2AJQA 1A5VA 1Y97A 2GBZA 4CHPA 4GMJB 3V6DA 1JLEA 3MEDA 3OS1A 3KIOA 3WNGA 1S6PA 1NK4A 4E7KA 2HMIA 4CJQA 1FKPA 3T3FA 4KI6A 4N41A 4CF8A 1B9DA 3SQ2A 1RT1A 3DRSA 3TABA 4DLEA 4CEBA 3OYDA 4DTSA 1KFSA 3LP0A 3VQ6A 5DMRA 4M3UA 1L5UA 4FJNA 3OYHA 1IKWA 4L8RB 4AHSA 4PY5A 4DFPA 1J9AA 1HNIA 2OPSA 3KD1E 3HJFA 4LD0A 3ULDA 3QNNA 1BQNA 1HQEA 4RW6A 4CJ3A 4CJTA 2XY8A 3C6UA 3KJVA 1NK9A 4DTOA 1VSIA 4HTUA 1WSHA 4PA1A 4Q0BA 2O4GA 3NH0A 1C6VA 4QAGA 3HYFA 2FBXA 3V9ZA 4RW4A 2QKKA 3PO4A 1KCFA 4FZYA 3NH1A 4FJ5A 1HQUA 4HHTA 4CESA 5DK5A 2X6NA 1ZYQA 3ZT4A 4Z4IA 1WAFA 3OYLA 4DSLA 4CEQA 1BIUA 2Z1JA 3ZT2A 1X9SA 3ZT3A 1BISA 1C0TA 1CZ9A 1JLCA 1IKXA 2GUIA 3QESA 2G8IA 3NAEA 2BANA 4E7HA 2F8SA 1NOYA 1EKEA 4GW6A 1X9WA 1JLGA 3V9SA 4M3TA 4CFCA 4EZ9A 2WOMA 1C0MA 1WSIA 3P83D 4DTUA 4AHCA 1HPZA 4CJ4A 3M8SA 4CCHA 1T03A 1TL3A 4KB1A 5I3UA 4CK3A 1SUQA 4E3SA 4AHVA 1SKSA 3DLKA 4DTNA 4B9UA 3AVMA 5KRTA 1U48A 4FW1A 4CJFA 1RT3A 3TAPA 5JS1A 3P1GA 3KLHA 4B9SA 3DYAA 3MAQA 4F4KA 1U04A 3ZSXA 3HSTB 1RBTA 1RT6A 2F96A 4O0IA 4FVMA 4OKJA 3DLBA 4FK4A 3QIPA 1N6QA 3TAEA 2QKBA 2HB5A 3NFAA 3ZSVA 3U6FA 3CQ8A 2PZSA 4CHYA 4BDPA 3ZSRA 4KKOA 1KRPA 5CZ2A 4CEEA 2XRIA 4FCYA 3NDKA 4J2BA 4WE1A 2KFZA 3AV9A 3RTVA 3RMAA 1SL0A 4C8OA 3VQQA 4KRFA 1TKXA 5CZ1A 2VG5A 1NKEA 2OPQA 5FDLA 4M42A 4OKKA 2WONA 1UA0A 4E89A 3LDSA 1JLFA 1S1XA 1TVRA 4BWMA 3AO4A 4FJMA 1DLOA 2RN2A 3VQ9A 4I7FA 4R5PA 3NF7A 3K58A 1U4BA 3V4IA 3NF6A 4CGFA 1C0UA 1Q8IA 4QCLA 1C1CA 1YT3A 4FJHA 1BI4A 1FXXA 2D0BA 2BE2A 1RTJA 1U45A 4FJXA 3VA0A 4OPJA 4LY7A 4Y1DA 1TK0A 4I9QA 4I2PA 5CYMA 4IBNA 3OYMA 2LSNA 4B08A 4ELVA 3NH2A 2P51A 4DU1A 3VQBA 3VQDA 1ZBHA 3UIQA 4O44A 5C25A 3TI0A 1L3SA 3LWLA 2VG7A 2RKIA 3AO3A 3CG7A 4CERA 1UAXA 4EP5A 4KHWA 1KVBA 1D9DA 4AILC 2FBYA 2JGUA 4IFVA 4CE9A 4PQUA 2OPPA 1JL2A 3TAGA 3MXMA 1L3VA 4YFUA 3RMCA 4KHYA 4CGHA 4HUGA 3L2UA 3DM2A 2X74A 1SKRA 4M3RA 4CF9A 3OJUA 2PYJA 3CM5A 3L3UA 2P5GA 1DTQA 4ICLA 4F3OA 3SQ0A 1IO2A 1EX4A 2A1RA 3CFPA 4E1MA 5SWMA 4OVLA 1KLNA 1NK7A 3NF8A 4DQQA 3BGRA 2Y1IA 3QEWA 4JLHA 3JSMA 4B9TA 1S1VA 3OYCA 1QQCA 3NGIA 2Z1IA 2I5JA 1RBSA 3AVAA 3PX4A 2IGIA 3TAMA 2KZZA 4C8NA 4W5OA 2GV9A 2NUBA 4KO0A 3T19A 2Z1HA 4MQ3A 5E41A 1SV5A 4ZTFA 2VWKA 4UQGA 3AA5X 4LH4A 3V1QA 4DFJA 4OLBA 1J54A 1HYVA 3WNHA 4DF8A 3HT3A 4CFBA 4DSFA 3L2RA 3OYFA 1VSLA 2XHBA 2HHSA 2ZD1A 3PV8A 3OVNA 4B9LA 4F3TA 4E7JA 3WNEA 1IKYA 1S1UA 3LP2A 3WNFA 3DLGA 1Q9XA 1X1PA 4Z4CA 2HHTA 2HHVA 4DS4A 4DTPA 1C1AA 4FLYA 3A2FA 2HVIA 4DFMA 3S3NA 5HROA 4M3WA 3ALYA 3T1AA 1RBVA 1KVCA 3SCXA 2YV0X 1XHZA 1KLMA 2YNHA 3F9KA 4Q5VA 2HHQA 1GOCA 4KHQA 2QXFA 4KI4A 4JRQA 4DQIA 2HHWA 3RR7A 1VSFA 3AVNA 4OGCA 1S6QA 1RILA 1CXUA 4DS5A 3ZSWA 1U49A 5J2PA 2FBVA 4CGJA 3O3HA 4W5TA 1NK8A 4B3OA 2FBTA 2IDOA 2G8WA 4ID1A 3KLFA 4FW2A 2YHAA 3MECA 4JRPA 4LH5A 4AHUA 1DTTA 1VSHA 4HUFA 1JKHA 4M45A 4FJ9A 4XIUA 3NHGA 3KLIA 3ZSZA 3V1OA 4FJKA 3EYZA 1LAVA 4KHNA 1A5XA 3OJSA 3KK2A 3RRGA 4CGIA 4PWDA 1RCHA 3THVA 3V9XA 2IAJA 4DSIA 4FM1A 1L3TA 2IC3A 3KLGA 3VQ5A 3ZT1A 3LWMA 4OPKA 3CFOA 1TAQA 3AVBA 2ZQBA 3PUFA 4W5QA 3HVRA 4M3XA 1S5JA 2P1JA 4DLGA 2FC0A 4DSKA 1D5AA 3SZ2A 1LAWA 3LALA 4CGGA 4FYDA 1XI1A 3AO5A 1HMVA 1QTMA 4DFKA 4N47A 1Z26A 3HM9A 4IDKA 1T7PA 4CJEA 5J2QA 3DOKA 1SKWA 3ZSOA 4HCBA 4NCBA 5HBMA 1FK9A 4BWJA 4Z4HA 3AA4A 4Y1CA 2HW3A 5HRPA 3OYJA 4DMNA 3G10A 2D5RA 3KK1A 3SI6A 1IG9A 3ASMA 4M3ZA 4KPYA 1TGOA 2XY7A 3AA3A 4G1QA 1VRUA 3NE6A 1VSEA 3C94A 1VSDA 4KV8A 3VN5A 1X9MA 1TAUA 2RPIA 1IKVA 2B6AA 3HVTA 4J2DA 1G15A 4OLAA 1EP4A 2IS3A 2DY4A 3PX6A 1RT4A 2HVHA 4O55A 4CJ5A 3DLRA 4IG0A 3O3GA 3CYMA 4K8ZA 4I9LA 1D9FA 3LZJA 3SQ4A 1TKZA 4RW9A 3K57A 3I0SA 4ELTA 3QEPA 3BDPA 2OZMA 4HUEA 3PY8A 4OGEA 3RWUA 5C24A 3LPTA 2YHBA 4CFDA 3HPHA 4DTJA 1KVAA 1JL1A 1BCMA 3IAYA 1KSPA 3LP3A 2G8UA 1WSFA 4N76A 2E6LA 4C8KA 1W9HA 3L3VA 2KFNA 1RDAA 1YVUA 2JLEA 1ZBIA 3LP1A 3EY1A 1I3AA 1WSEA 3SPZA 2DTUA 1D8YA 1BGXT 3AO1A 4M3YA 3S3OA 4AH9A 3IS9A 2YNIA 3QLHA 3LPUA 3OYEA 3EZ5A 3SUQA 4DSEA 3O4QA 2PYLA 3SUOA 3QNOA 1L3UA 2Z1GA 3AO2A 1Z25A 4CEOA 4CIEA 1BCOA 1LWCA 3L2WA 1JXBA 2XY5A 1HJRA 5C42A 4FK2A 4HCCA 4CJRA 1VSJA 4CECA 4CK2A 1LW2A 3NCIA 1J53A 3AVIA 1RTHA 5EU7A 3CM6A 3OS0A 3VQCA 1VSMA 4DSJA 1RNHA 3U3YA 1NK0A 3HL8A 4CEAA 1U47A 4E1NA 3SYZA 5FRMA 3KKRA 4O4GA 3KK3A 3TANA 3NGYA 4EZ6A 4IG3A 4CIFA 2VWJA 5HRRA 1ITGA 1HNVA 1S9GA 4AHTA 4LSLA 1LWFA 5KRSA 1WN7A 3OY9A 2Y1JA 1UA1A 1ASWA 1O1WA 1REVA 4C8MA 4N56A 3OYGA 4B9VA 4OJRA 4RG8A 2QK9A 1KFDA 1A5WA 1LV5A 3NF9A 3L8BA 2G8FA 4HVJA 4FJLA 3SV3A 4TSXA 1WSJA 2OZSA 3U3GA 3VA3A 1TKDA 3IG1A 1HRHA 2W42A 2ITGA 3ZSQA 1LWEA 1QE1A 1RDCA 3RMBA 2YKMA 4W5NA 3ZT0A 4CJLA 3G0ZA 4CF0A 2D0CA 1NK5A 1JLAA 3NBPA 4JS4A 4B8CA 1T8EA 4CEFA 4KAZA 3SV4A 3V9WA 2RF2A 3MEEA 2G8KA 3QERA 4DTRA 1N5YA 2IOCA 3VQ7A 1CZBA 2OA8A 5FROA 3LAMA 1TK5A 3D0PA 1QSYA 4J2EA 5J2NA 1BL3A 4DF4A 1W0HA 3K5MA 4RW8A 4FLWA 3SUNA 3HXMA 3PX0A 3DLHA 4FJ7A 5FRNA 3DRRA 3OYNA 5HP1A 4H4OA 1ZBLA 1S9EA 4RW7A 2KZMA 1Q9YA 3AVHA 3KLEA 1QSSA 4DU3A 4IKFA 3HO1A 3D45A 4H4MA 1K6YA 1NJYA 3ISNC 4CJKA 3OS2A 1NKCA 1S1TA 1S1WA 3KD5E 4ELUA 4FZZA 3AVFA 4KFBA 4O0JA 3VQ8A 1NK6A 3FFIA 4FJ8A 3NGZA 1YTAA 4DG1A 4CJUA 2YNGA 3AVCA 4FM2A 4KB0A 1UOCA 3L2VA 3SNNA 3QEXA 2BDPA 3E01A 1RTIA 3RR8A 3AA2A 3V9UA 1T05A 2HHXA 4CHNA 1EETA 1RBUA 4FZXC 3LANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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