4FJ8A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dt
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj8A03
4B9VA 1RILA 4RW6A 1X1PA 3SPYA 2EHGA 1J9AA 3MXIA 5CZ1A 2HVIA 4KAZA 3VQ6A 5HRRA 4PWDA 3PX6A 3S3MA 5FRMA 3P83D 3ALYA 2XY5A 1KTQA 1F21A 2GUIA 2NUBA 2D0BA 1RBRA 4M41A 3SPZA 1ASVA 1HYZA 4H4OA 1SL1A 3DLHA 1DTQA 1UWBA 2X6NA 3DMJA 1RDDA 4OPKA 3RRGA 2HMIA 3V9ZA 1Z26A 4FJIA 5DMRA 3NGYA 3ZSQA 1TV6A 4CJ5A 5JS1A 4FLYA 1I39A 1REVA 2KW4A 1KFSA 1SUQA 3RMAA 3QEVA 1ZBHA 4W5OA 3OYCA 1RTDA 4ELUA 1LWFA 4KHUA 4KB0A 2G8KA 1IG9A 1JKHA 2YNGA 1LW2A 1U48A 3NE6A 1SL0A 2QXFA 4KI4A 2KZZA 1KLNA 1HQUA 3T19A 1KVAA 1NK0A 2XY7A 4YNQA 4PUOA 3OYEA 3DM2A 1WAFA 2HHUA 1XC9A 4FJLA 3V1QA 3KD1E 3IG1A 4F3TA 3HVTA 4QOZB 3VQAA 2P1JA 1UOCA 3CM5A 5C42A 1RT6A 1ASUA 2VG7A 4ICLA 3ZSVA 4AHVA 1X9WA 3V1RA 3KLGA 1S1TA 4CF2A 4OVLA 1B9FA 3C95A 3O3FA 3DOLA 4OPJA 1UA0A 1NJZA 3ZT1A 2ZD1A 3AV9A 3NH1A 4ID5A 3TAEA 3TAGA 4MFBA 4FJ9A 3UIQA 1YVUA 4KHYA 1RNHA 2Z1GA 4OGCA 1FKOA 4CGFA 4CF9A 3TABA 4DF8A 4M3WA 2FBVA 3NBPA 1NKEA 1T7PA 4DSLA 1WSHA 3QIOA 4E7JA 1B92A 1SL2A 3G0ZA 4FXDA 3KTQA 4KB1A 3DOKA 3NAEA 2DY4A 4K8ZA 2BANA 2VWJA 3QETA 3AVCA 1IKVA 4FW2A 4KKOA 3HT3A 2OPQA 3LWMA 3TI0A 3AVGA 1TL3A 4F3OA 4AHCA 2RPIA 4M3UA 3VQ4A 4F4KA 3CYMA 3TR8A 1JXBA 3OYDA 4KRFA 2X6SA 3AA4A 4CK1A 3RWUA 4E7KA 1J5OA 4CF8A 3VQBA 4FLXA 1YTAA 1S1WA 4DG1A 3S3OA 3RMCA 4N76A 4RW7A 4AHTA 4CJTA 2HHQA 2P5GA 1JL2A 5CYMA 3IS9A 4CEOA 4CJLA 4KFBA 4CHOA 2HHWA 1L3TA 4M42A 4C8KA 1N6QA 3AVHA 3LAMA 3AVIA 3O4QA 3IRXA 4IG3A 4N5SA 3VQQA 3VQEA 3PX4A 4DSEA 1KLMA 4O0JA 4Z4EA 4AHUA 1A5XA 4KHSA 1UA1A 3U3YA 2YNHA 3BGRA 1TK5A 3T3FA 3RR7A 4DFKA 3OVNA 4BDZA 4PQUA 3NH2A 2G8VA 4BACA 4B8CA 3CFPA 4DTSA 4CJRA 2JGUA 4FM1A 4IDKA 4AHRA 5HP1A 2ZQBA 4I2QA 4CJSA 2DFHA 3OYLA 2ZE2A 4EP5A 1NJYA 3NF6A 4QCLA 3MEEA 5J2QA 2GV9A 1UAXA 4CHNA 1S6QA 3K5MA 1EP4A 4CGGA 4CK2A 3WNFA 4CGJA 3A2FA 4EZ9A 4BDPA 3CFOA 1CZ9A 1C0UA 2HNDA 3ZSOA 3MAQA 1WSFA 3PX0A 2P51A 3AVBA 3LPUA 4DTPA 3BDPA 5FDLA 3C6TA 4BE0A 4FJ8A 1NJWA 4M3RA 3CG7A 3ZSXA 4NCAA 1HJRA 2Z1IA 1U04A 2HVHA 3ASMA 3DLKA 4E7IA 4MQ3A 1HYVA 4F2RA 1S1XA 1JLFA 5T7BA 3KLHA 1BIZA 1C0MA 1TKDA 3K5LA 2FBTA 3V9UA 1I3AA 1Y97A 3QESA 4FLWA 3B6PA 4CECA 3AO2A 4CIFA 1CXQA 1FK9A 3HM9A 2HHTA 4KTWA 3ZT0A 3VQ8A 4FZZA 2X74A 1KFDA 3DRRA 3P1GA 3SUOA 1NK6A 4RG8A 1A5VA 1G15A 2YHBA 3ITHA 2E4LA 2LSNA 5HBMA 3S3NA 4DS4A 1L3UA 4B9SA 1LAVA 2ETJA 5CY4A 3L2QA 4HVJA 3K58A 1QHTA 4CFAA 4DSFA 1RCHA 4JLHA 1NK7A 5HLFA 3ZSYA 4B3OA 2KTQA 3F73A 3VQ9A 1JLAA 3QINA 3QEIA 3K59A 3RRHA 2PY5A 1TVRA 3HPGA 4ZTFA 3OYFA 3SYZA 2F8SA 1C1CA 1EKEA 3MECA 1WSJA 4OKJA 4CJVA 4W5RA 4HUFA 1BHLA 1VSLA 2DFEA 2I5JA 3V9WA 4IG0A 2HB5A 1IKYA 1C6VA 2D0AA 4Z4FA 3SUQA 1W9HA 4FLUA 3VQPA 4LD0A 1BIUA 3JYTA 4CCHA 3F9KA 1RTHA 2O4IA 1RBUA 1JLCA 2GBZA 3EYZA 5KTQA 4J2EA 1IO2A 3M8RA 4CESA 1RDBA 3HXMA 4W5TA 3K57A 4ZTJA 1FKPA 3DRSA 4NCBA 4BDYA 4CJ4A 2IC3A 4CEBA 3L2VA 1N5YA 3H08A 4DQRA 3MXJA 1TAQA 3LZJA 4M3ZA 3VQCA 1VRTA 1WSIA 4GW6A 4FLZA 2YNIA 1LWEA 2X78A 4DU1A 1VSKA 1RT3A 4FJNA 3VN5A 3OYGA 3SQ2A 4B08A 1VSEA 2XO7A 1RT5A 4DSJA 4CEAA 4ID1A 4HCCA 4FJXA 3NGIA 4JS5A 1SKWA 2OPSA 3M8QA 4JRPA 2Y1IA 3I0RA 4YFUA 2JLEA 3NDKA 3KD5E 4DFMA 4TSXA 1D5AA 3DLBA 5HRPA 4Q0BA 1MU2A 1S6PA 2Q3SA 1KVCA 3P5JA 5DK5A 4CHZA 4CEZA 4DMNA 1X9SA 4CFCA 3O3GA 3AVAA 4J2BA 4Z4CA 4CJ3A 2HHVA 4AILC 4FJMA 4GMJB 3VQ5A 4B9NA 4DSKA 1T8EA 4FK0A 1QSSA 4ZHRA 2WOMA 4KO0A 4M3XA 3AVJA 2HHXA 3KKRA 3AO4A 3NF9A 4OGEA 1HNVA 3OJUA 5KRSA 3PUFA 4FJGA 4BE1A 1NK8A 3T1AA 2YV0X 1VSDA 2A1SA 4IBNA 4C8LA 4M45A 3RTVA 2G8FA 4LSNA 2E6MA 2Z1JA 4DTXA 4BE2A 1JLGA 3HVRA 4I9LA 4FK2A 3HPHA 3V9SA 1NK4A 2FC0A 2PYLA 2FBYA 4E1NA 4AHSA 4LH5A 5KGWA 3D0PA 1KVBA 1NKBA 4CE9A 3DYAA 5E41A 4FK4A 3SUPA 3ZSRA 3DLRA 1ITGA 3SCXA 1JL1A 1ZBFA 2FBXA 4CJEA 1HYSA 1BQNA 2HW3A 2AJQA 5J2MA 3SI6A 3LP0A 3OYBA 4C8NA 1S5JA 4O4GA 2HHSA 4QAGA 4HHTA 4E7HA 1U4BA 4FM0A 3HSTB 4KHNA 3AA3A 3MEDA 4DQQA 1ZYQA 3VA3A 1ZBUA 3VQDA 3NCIA 4DF4A 4Z4GA 4CJQA 2G8IA 3L2RA 2XY8A 4Y1DA 4CGIA 3C94A 1KRPA 4CHQA 3V1OA 1WN7A 3C6UA 3L3VA 4RW4A 1NKCA 3HO1A 1S1UA 2IDOA 4NCGA 1T05A 2B5JA 4DLEA 3QERA 3LP3A 1LAWA 4I2PA 4DU4A 1NOZA 1W0HA 3AO5A 1QS4A 2Z1HA 4H4MA 2IS3A 2XHBA 4O55A 4DQPA 3DI6A 3OYJA 4CK3A 4DQSA 3G10A 4K8XA 3AVFA 3AO1A 2EX3A 3EY1A 2YKMA 3KJVA 4FYDA 4FJHA 1IKWA 1FXXA 4G1QA 3LP2A 5EU7A 1GOBA 1O1WA 3AA5X 3ZCMA 3ZSZA 4CJUA 4CEEA 5KGXA 4PA1A 3O3HA 3OS0A 1KSPA 1RDAA 2HNYA 3OYNA 2DFFA 1QSLA 1YTUA 3QNNA 3KK3A 5C24A 4HCBA 4OKEA 4E19A 1RTJA 3L8BA 1S9GA 2BDPA 4KTQA 1L3VA 3RMBA 4CJPA 4WE1A 4C8MA 3NGZA 4DS5A 3JSMA 3LALA 3LANA 3M8PA 1TL1A 4LY7A 5HRSA 5FRNA 3SZ2A 3I8DA 4F8RA 2IOCA 2G8HA 1X9MA 2F96A 1VSHA 4KV8A 3AVNA 4CEFA 2PZSA 3TAMA 2OZSA 1NK5A 3K2PA 1C1AA 1QE1A 1VRUA 4LH4A 1L5UA 4OLBA 5FROA 1GOCA 4W5NA 1ZBLA 1TKTA 3LP1A 1BI4A 3KIOA 4DLGA 4B9LA 4DWIA 3KLFA 4DSIA 4CJFA 4JRQA 2OZMA 2Y1JA 4FZYA 2O4GA 3NH0A 4NYFA 1WNSA 3RMDA 4N41A 1BISA 1B9DA 4IFYA 3OS2A 1VSFA 4W5QA 4Z0UA 4FVMA 2BE2A 1BGXT 2WONA 1SKRA 3OYAA 3DRPA 3DLEA 2A1RA 1RDCA 4DU3A 1HMVA 3QNOA 2G8WA 2KZMA 1CXUA 3OY9A 4FJJA 1NK9A 1JLBA 4E1MA 5I3UA 5J1EA 3L3UA 1EX4A 2VG6A 5CZ2A 3SNNA 4B9MA 3K5OA 4N56A 3TAPA 2D0CA 4J2DA 1BQMA 4FW1A 4IKFA 3KK2A 1DTTA 1EXQA 3HP9A 3OYHA 4ELVA 1VSJA 1TGOA 3AVMA 4IFVA 4DFJA 2KFZA 3B6OA 3HK2A 2B4JA 3MXMA 4M3TA 4FJKA 4DTNA 3THVA 3KLIA 1Q9YA 4E89A 4F2SA 3PO4A 4M3YA 1GOAA 3ZSWA 4E3SA 1JLQA 1TKXA 3E01A 2PYJA 5D3GA 1DLOA 3D45A 5K14A 4B8AB 3HL8A 4DQIA 5C25A 4XIUA 4LSLA 4DTJA 2YHAA 3SUNA 4CGHA 2KQ2A 5CYQA 3L2UA 4B9TA 1HPZA 5I42A 3OYIA 5KRTA 2BGGA 3AA2A 3HYFA 4RW8A 4CFBA 4DTRA 1TAUA 4I9QA 4DFPA 3HPOA 4E0DA 4O44A 5SZTA 3ZT4A 3QO9A 1WSGA 4OLAA 3KK1A 3SQ1A 3SJJA 4DTOA 1Z25A 3FFIA 3LAKA 1VK0A 4RW9A 4Z4IA 1Q8IA 2QK9A 4CF0A 3U3GA 4BWJA 3EZ5A 4OJRA 1L3SA 1IH7A 3AVLA 2OYQA 1C0TA 4GVMA 3TAFA 1RT4A 2ATQA 1QQCA 2YNFA 1Q9XA 3ZT3A 1YT3A 1VSIA 4CJWA 2G8UA 1U45A 5JS2A 3QEWA 4CGDA 4J2AA 2ITGA 4CF1A 3KKSA 2B6AA 4CHPA 1XWLA 1BL3A 1SV5A 1CZBA 1C1BA 4CIEA 1S9EA 3K5NA 4BWMA 3NF8A 3NFAA 4AH9A 2DTUA 1A5WA 3LPTA 1LV5A 4H8KA 1XI1A 1JLEA 4CIGA 4N47A 3OYKA 3ISNC 1U47A 3PY8A 3CFRA 3CM6A 3OJSA 4CHYA 1NJXA 1D9FA 2R7YA 1D9DA 1ZBIA 4FM2A 3S9HA 3SV3A 1HQEA 3WNGA 1BI4B 2RKIA 4KTZA 1R0AA 4UQGA 1TK0A 2QKBA 4FJ5A 1HNIA 1KCFA 3LDSA 1WLJA 4Y1CA 5HRNA 5KI6A 4CEQA 1SKSA 3TARA 5J2NA 2F8TA 3QEPA 4Z4HA 3TANA 3NHGA 3SQ4A 1BCOA 4EZ6A 1K6YA 3HJFA 3SQ0A 4FJ7A 1RTIA 4CFDA 2XY6A 4ELTA 4E7LA 3O4NA 2OPRA 1RT1A 4NYNA 3TWHA 4KPYA 1QTMA 1HRHA 4PY5A 2D5RA 2XRIA 4KHQA 4R5PA 2YKNA 4FZXC 2E6LA 3AO3A 4B9UA 4O5BA 2P5OA 2IGIA 2RN2A 4CJKA 3QIPA 1BCMA 2VWKA 3WNHA 3VA0A 3TAQA 4FLVA 3ZT2A 2OPPA 4HUGA 3PO5A 1RBSA 4C8OA 1ASWA 2W42A 3V9XA 3VQ7A 3ULDA 3PV8A 2QKKA 3WNEA 3V81A 4CEDA 1WAJA 4KHWA 3RR8A 5J2PA 3V6DA 1S1VA 4EP4A 3MEGA 1RBTA 4Q5VA 3U6FA 1RT2A 1RT7A 1WSEA 4KI6A 1TKZA 4L8RB 1NOYA 3CQ8A 1J54A 3LWLA 1VSMA 4FCYA 1U49A 4FLTA 1QSYA 4I7FA 4OKKA 2OA8A 3DLGA 3KLEA 3V4IA 1JXEA 2IAJA 5SWMA 1RBVA 4HTUA 1D8YA 3QLHA 2RF2A 1EETA 2VG5A 3QEXA 4HUEA 3NF7A 4O0IA 1T03A 3M8SA 4DTUA 1CLQA 1XHZA 3I0SA 3L2WA 1TK8A 2KFNA 3IAYA 3OS1A 4KREA 1IKXA 4CERA 3LZIA 3OYMA 3HP6A 4JS4A 5HROA 1LWCA 1XHXA 1J53A 1LW0A 2HNZA 4DTMA 3AVKA 3SV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CZF A;  5AFU A;  3SPY A;  5TKY A;  5AZJ A;  3MXI A;  1XQS C;  5CZ1 A;  2HVI A;  4NLC A;  3P83 D;  1IG8 A;  3DXM A;  3P38 A;  3VPZ A;  4M7X A;  3ZSQ A;  2FXU A;  4FLY A;  3RMA A;  1RTD A;  4KHU A;  1U48 A;  3NE6 A;  2HF3 A;  1SL0 A;  4JI0 K;  3L4Q A;  5M1P A;  1NK0 A;  3DM2 A;  4CZE A;  4FJL A;  3V1Q A;  3VEV A;  4F3T A;  5C42 A;  1ASU A;  4ICL A;  3CJC A;  3ZSV A;  2JPN A;  2UXC K;  4DV4 K;  4H5T A;  3KLG A;  1KAZ A;  1JCE A;  5AQT A;  1B9F A;  3C95 A;  3DOL A;  1NJZ A;  3ZT1 A;  3FLC O;  3AV9 A;  1WB9 A;  5KQ8 A;  4WQ5 C;  3FR0 A;  2HBJ A;  4KHY A;  1RNH A;  3FZM A;  4CF9 A;  4YOV A;  3WXM B;  1NKE A;  5F0X A;  1FS1 A;  1NBW A;  1B92 A;  1MHZ G;  3G0Z A;  3KTQ A;  4MDB A;  3NAE A;  4K8Z A;  4CD1 A;  3QET A;  1IKV A;  4EHU A;  3HT3 A;  2OPQ A;  5IT9 O;  4GAM C;  3O08 A;  3M5R A;  4F3O A;  3A0I X;  3R6M A;  1RGI A;  5FPE A;  5BRD A;  3E4Y A;  1JXB A;  1J5O A;  4WQ4 C;  3VEO A;  2PBD A;  4JV5 K;  3ZX3 A;  3MCP A;  5C2F A;  3IUC A;  3S3O A;  3RMC A;  4N76 A;  4CJ7 A;  4JK7 A;  4PL8 A;  2P5G A; 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