4FJ8A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dt
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj8A03
1S1XA 2XO7A 3U3GA 1RT2A 3K5MA 4HCBA 3C94A 4KPYA 1R0AA 1DTTA 3NF8A 1W0HA 4CJPA 3QEPA 2HHQA 4NCAA 3D45A 2Z1HA 1HRHA 4BDYA 1JLQA 1S9EA 4I9LA 5CZ1A 5KRSA 4B3OA 3VQ6A 1TL1A 1T03A 1Z26A 4W5QA 4CCHA 3VQPA 4CF0A 2ZD1A 1NJWA 4C8LA 2LSNA 1RT5A 4KFBA 1KRPA 4RW6A 3SJJA 1RDAA 5KRTA 3C6UA 3ZSYA 4Z4HA 4CF2A 4FJJA 2G8IA 3KK2A 2D0CA 4ID1A 4CJFA 4FM0A 3F9KA 1BISA 4FLYA 5KGWA 3O3GA 1QSYA 4M3YA 3L2VA 4Q0BA 2HHVA 4M45A 3OYMA 3KLGA 1J54A 1X1PA 2ZE2A 1XC9A 5KI6A 1RTDA 4B08A 4FYDA 3T1AA 4N47A 4L8RB 1RILA 1ZBLA 4HCCA 3SUQA 3V81A 3DRPA 5D3GA 2XY8A 3RWUA 1RBSA 3B6OA 4E3SA 4ID5A 3TAPA 1C0TA 2Z1IA 4IG0A 3VN5A 1C6VA 4CEEA 4CJLA 4Z4GA 3LDSA 5HROA 1KTQA 3O3HA 1WAJA 4R5PA 1N5YA 2OPQA 4CJWA 4OPJA 4DLEA 4IKFA 3L2UA 2GV9A 1WSIA 3AO5A 2PY5A 1IO2A 4KHWA 1HQUA 1YT3A 1UA0A 1B92A 3V1QA 2D0BA 3KLIA 2QXFA 4CFCA 4PUOA 4RG8A 2B4JA 4E7JA 3MXIA 1BL3A 1LAVA 3KD5E 1FXXA 3L2RA 1NKCA 1QSSA 4M3ZA 4E1MA 1G15A 2DFHA 4I2PA 3QETA 1YTAA 3CFRA 5EU7A 3U3YA 4RW9A 3QNOA 3AVMA 3CM5A 4Y1CA 2D5RA 5KTQA 3K59A 4CGDA 4DFMA 1JLGA 1CZBA 3ALYA 4CHQA 1KVBA 1NK0A 1Q9XA 4DTSA 1B9FA 1T8EA 3LPTA 3HJFA 1WLJA 2BDPA 3QO9A 1IKVA 3LANA 1HNVA 3QINA 3V9WA 1VSFA 5J2QA 4FZXC 3P5JA 3L3UA 1NOYA 4IFVA 2X6NA 4PA1A 3SYZA 2XHBA 1S1UA 4CECA 5T7BA 4W5NA 1WSGA 3I8DA 1RTHA 4FXDA 4AILC 3KKRA 2GUIA 3NGYA 4RW7A 4CGFA 1KCFA 1U48A 3VQDA 4CHNA 3SNNA 4ELTA 4Z4FA 4FJ9A 3SQ1A 1T7PA 5JS2A 3AO1A 1VSJA 1XWLA 1XI1A 1UA1A 3MEDA 1ZYQA 2G8FA 1BCOA 1BQMA 1BQNA 2XRIA 3ISNC 2HNZA 4O5BA 4Z4CA 4JS5A 3SV4A 5J2PA 1DTQA 4CJ4A 2ATQA 3M8RA 3ULDA 2Y1JA 3MAQA 2W42A 3HP6A 4IBNA 4DSFA 2HHSA 2DTUA 3E01A 3MXJA 1CXUA 4QAGA 4CF1A 4HTUA 3SV3A 1RT1A 2OZMA 1VK0A 3VQ8A 5CYQA 4EP4A 3K58A 4CEBA 5E41A 3TI0A 3DOLA 2VWJA 3KLFA 3AVNA 3P83D 3LAMA 3LWLA 4B9MA 4BDPA 3OJUA 1FKOA 3V1OA 3VA0A 1ZBHA 3PX4A 4CJQA 4CFDA 3FFIA 3VA3A 4OPKA 1KLNA 3KJVA 2HHUA 3RRHA 4OKKA 1KFDA 4CEOA 1TK5A 2KFZA 3SCXA 4H4MA 4M3TA 2IOCA 5SZTA 4AHRA 4ZTFA 3SQ4A 4GMJB 3TAFA 1NJZA 3CYMA 3RTVA 3NHGA 2YNIA 4CJ5A 3LWMA 4EZ9A 3EZ5A 4K8ZA 4DU4A 1XHXA 1IH7A 2Q3SA 4MFBA 4FM2A 3VQ5A 1WSEA 3S9HA 1JKHA 4DQIA 4BWMA 3NAEA 2YHAA 2EX3A 4RW8A 3HM9A 4DQQA 1K6YA 1VSKA 4O4GA 1QTMA 4E7KA 4BDZA 3RMDA 4DSEA 2G8VA 3AV9A 4B8CA 4CHZA 4KTWA 3M8SA 3QEIA 4FLZA 1S5JA 1KLMA 4AHUA 3V9XA 4ICLA 1HJRA 1JLCA 4GW6A 4KHSA 3SI6A 2P51A 1RBVA 2G8UA 3OYBA 3ZSRA 1WN7A 3CFPA 1RT6A 4KTQA 2KTQA 4FM1A 2VG7A 1RTIA 3CQ8A 3AA2A 4LSNA 3ZT2A 4CE9A 4CK3A 4DF8A 5HP1A 3CM6A 3AA4A 3A2FA 3OY9A 3RR8A 2KQ2A 1EP4A 2O4IA 1JXEA 4LSLA 3ZT4A 1A5WA 4F3TA 1U04A 2YKNA 3D0PA 1VRUA 1TKXA 1CXQA 3HT3A 1RBUA 1KFSA 3SPYA 4GVMA 4QOZB 1TL3A 4FW1A 1J9AA 3ZT3A 1ASUA 1RT3A 4FJMA 3UIQA 3V9SA 2ITGA 1SKWA 1QSLA 1L3UA 1EX4A 3OYFA 4H4OA 1NK5A 2KFNA 4CJKA 1GOCA 3TABA 4I7FA 4C8NA 3KLEA 2G8KA 4EZ6A 4F2SA 4KREA 4YFUA 2YNFA 5JS1A 4HHTA 3TARA 3QLHA 4E0DA 3IS9A 4CJ3A 3OYDA 2OPSA 3LP0A 1QHTA 4CGIA 1BIUA 4CEQA 3DOKA 3AO2A 4M3UA 4DU1A 3NGZA 1SKSA 4M41A 4PQUA 2QK9A 4CEZA 3OS1A 4HUEA 4KHYA 2ETJA 1LAWA 3AVJA 3EY1A 4Y1DA 4CJUA 1JLBA 3K2PA 1HNIA 3VQEA 2FBXA 2QKBA 1HMVA 4N56A 1WSJA 3K57A 1NK6A 2JGUA 2X6SA 4AH9A 3QERA 3SUPA 3VQ9A 4FJ8A 2F8SA 3P1GA 4DU3A 4DSJA 4J2DA 4FJ7A 2E6MA 3THVA 3AVLA 3RMAA 4KHUA 1A5XA 4JRPA 3LAKA 3QEVA 1X9SA 3HVRA 3AVFA 1VSDA 4DQRA 4ZHRA 2OZSA 4DLGA 2PYLA 1IG9A 3O4NA 4CGHA 4CIFA 1W9HA 4B9UA 4J2AA 2IGIA 3AO4A 3HVTA 4F8RA 4BE2A 3WNHA 4FLXA 4LH4A 1RTJA 3V9ZA 4E19A 3LALA 2ZQBA 3OYKA 1BCMA 1SL0A 4DTMA 4CIGA 3KD1E 4CJEA 3TAQA 2FBTA 3CFOA 2KZMA 2HHWA 2F96A 3NFAA 2YKMA 1VRTA 1RDDA 2PYJA 5DMRA 3AVIA 1SKRA 1TAUA 3KK1A 1A5VA 4CK2A 3WNFA 1NK4A 2KW4A 4DTOA 4FK4A 3H08A 4CIEA 4CESA 4DTPA 3JYTA 1IKWA 1JXBA 4KHNA 1C0UA 3LP2A 3L2WA 5SWMA 3KLHA 4Z0UA 1ASVA 4OJRA 3VQAA 3OYIA 4C8KA 3NF7A 1CZ9A 3QIPA 1VSMA 1F21A 3ZSQA 3O3FA 4C8OA 2AJQA 2P5GA 4M42A 3BGRA 1Y97A 4DG1A 2YNGA 3L2QA 4ZTJA 1U45A 4N41A 4FCYA 4RW4A 4I9QA 4CJTA 5I3UA 4DTNA 2A1RA 3RMBA 2XY6A 1HQEA 2Y1IA 1TV6A 1QS4A 3ZSZA 4ELVA 4HVJA 4C8MA 1UOCA 2HB5A 3NH2A 3PX6A 4F4KA 1YTUA 1S6QA 3NF6A 1L3VA 1JLAA 4Z4EA 1BI4A 4OLBA 4CK1A 3MEEA 4NYFA 2HNDA 3TAMA 3V4IA 3PUFA 2P5OA 3V6DA 1U47A 2HMIA 4OLAA 4H8KA 3TAGA 4DSKA 4FJNA 3V1RA 1S1TA 3S3MA 2Z1JA 1EETA 5FROA 5KGXA 4MQ3A 4OKEA 1IKYA 2G8HA 3V9UA 3NH1A 4K8XA 1BI4B 1O1WA 5HBMA 3OYCA 2QKKA 1ZBIA 1RCHA 1RNHA 4BACA 4DTJA 3PO4A 3NDKA 5FDLA 4G1QA 1JL2A 4FW2A 4HUGA 3QEWA 4DQPA 2RN2A 3G0ZA 3KTQA 4AHCA 2EHGA 1LW2A 4KKOA 4CJSA 1TAQA 2PZSA 4KI6A 4N5SA 3AVBA 4NCGA 2P1JA 3VQ4A 1NK8A 3TR8A 4FJGA 1I39A 1BIZA 3DLEA 4E89A 1SV5A 2HNYA 3OYAA 5I42A 3SQ0A 4FK2A 5C25A 1CLQA 3TAEA 2OPRA 4CGGA 2OA8A 1RDCA 4PWDA 3HPHA 1SL1A 3K5NA 4JS4A 4JRQA 3OYJA 4F2RA 2YHBA 3L3VA 4M3WA 4O0IA 3JSMA 1S9GA 1QE1A 4WE1A 4O55A 2WOMA 3NF9A 2GBZA 3AVAA 3G10A 2IS3A 3SQ2A 2BANA 3VQCA 2KZZA 4DMNA 1WSHA 5CY4A 4YNQA 4FJIA 1S1WA 3PX0A 3EYZA 1C1AA 3KKSA 1VSEA 3ZSOA 3ZT1A 3ZSVA 5C42A 2JLEA 1KSPA 3OS0A 1TK8A 1WAFA 1MU2A 3NBPA 1HPZA 1RDBA 1C0MA 3ASMA 4AHVA 2I5JA 3SZ2A 1ZBFA 4Q5VA 1LW0A 1D8YA 3RRGA 3PY8A 5CYMA 3S3NA 3ZSXA 4F3OA 3NE6A 1WNSA 4O0JA 1C1CA 3AVKA 4TSXA 4BE0A 3T3FA 1VSIA 4O44A 1L5UA 4FVMA 4IG3A 4BWJA 3LP1A 3OYNA 4DFPA 3TANA 4N76A 2NUBA 1GOAA 3DLKA 3L8BA 3HYFA 3BDPA 4KRFA 4IDKA 4CERA 4B9SA 3C6TA 3IRXA 3PV8A 1S1VA 2XY5A 1L3TA 1FKPA 1KVAA 2OPPA 4B9TA 1UAXA 3HXMA 1BGXT 3DM2A 4UQGA 4QCLA 4KAZA 4IFYA 4LH5A 1IKXA 4FLUA 3NCIA 1RT7A 2YNHA 5CZ2A 3DLHA 3S3OA 3AA3A 4CEDA 3SUOA 3AO3A 3DYAA 1SUQA 5DK5A 4CJRA 2VG5A 1UWBA 1TKZA 1HYZA 1LWEA 2G8WA 4B8AB 1RT4A 4FJKA 2YV0X 2BE2A 5HRRA 3IG1A 4M3RA 3MEGA 4FJXA 1Z25A 2HVHA 3LPUA 3VQQA 3ZCMA 1DLOA 4KO0A 1RBTA 4DSIA 1HYVA 1VSHA 2FBYA 1LWCA 4E7LA 2IDOA 2HVIA 3SUNA 3ZSWA 1ASWA 5HRSA 1BHLA 4DS4A 1VSLA 3K5LA 3K5OA 1JLFA 3OS2A 4AHTA 2IC3A 3DLBA 4DTRA 4KV8A 1Q9YA 4CHPA 4CEAA 4E7IA 4XIUA 5J2NA 3F73A 4CJVA 3OYEA 4BE1A 3HL8A 4E7HA 1NKBA 4B9NA 1LWFA 3ITHA 1JL1A 3RR7A 4HUFA 4KB0A 3U6FA 3O4QA 3OYGA 2F8TA 3KIOA 4FZYA 5K14A 1N6QA 1EXQA 4NCBA 4FLWA 2OYQA 1JLEA 3B6PA 4KTZA 1J5OA 1J53A 4AHSA 2FC0A 2B6AA 1D9FA 4KHQA 3AVHA 4CHOA 2X78A 4CHYA 1NK7A 3QEXA 1NJYA 5J1EA 1X9MA 1I3AA 3RMCA 5C24A 2Z1GA 3CG7A 3HK2A 3MXMA 4DS5A 3SPZA 4M3XA 2R7YA 2A1SA 1TVRA 3QIOA 4LY7A 3LZIA 4FJHA 2D0AA 3QESA 3QNNA 1GOBA 3DLRA 4Z4IA 4EP5A 1U4BA 4PY5A 4I2QA 2HHXA 4KI4A 1QQCA 2X74A 4DTXA 4W5RA 3I0RA 4OGCA 5HLFA 3C95A 4FK0A 1TK0A 4FJ5A 3ZT0A 3VQ7A 4E1NA 4DFJA 3WNGA 1LV5A 3HPGA 4J2EA 1B9DA 1REVA 2E6LA 1S6PA 4NYNA 2DFFA 1XHZA 1NJXA 4FLTA 4DWIA 1TKTA 3OVNA 3OYLA 1TKDA 2VWKA 1D5AA 4FZZA 5FRMA 3LZJA 4CGJA 3HP9A 1ZBUA 3HPOA 3OYHA 2E4LA 4OGEA 1D9DA 3WNEA 3KK3A 3DI6A 4JLHA 4CEFA 2B5JA 4CFBA 1T05A 2DY4A 2RF2A 3DRSA 4DQSA 1NOZA 3NGIA 1TGOA 2RKIA 1HYSA 4CF9A 2BGGA 2HHTA 3MECA 1KVCA 5FRNA 3LP3A 4FJLA 3DRRA 4OVLA 3VQBA 4W5OA 2FBVA 4LD0A 4DSLA 3HO1A 4B9LA 1EKEA 1C1BA 1NK9A 1U49A 4FLVA 1ITGA 5HRNA 2O4GA 5HRPA 3M8QA 1L3SA 3TWHA 1RBRA 5J2MA 3HSTB 2DFEA 4DTUA 2XY7A 3IAYA 3DMJA 1WSFA 2HW3A 4ELUA 1SL2A 4J2BA 4KB1A 1FK9A 4B9VA 1YVUA 3M8PA 4OKJA 4W5TA 2RPIA 4DFKA 4DF4A 3PO5A 2VG6A 3DLGA 2WONA 1NKEA 3I0SA 4CFAA 3T19A 2IAJA 3AVCA 3OJSA 3AA5X 3NH0A 1X9WA 1Q8IA 3AVGA 4CF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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