4FJGA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dc
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjgA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjgA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjgA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjgA03
1EETA 3PUFA 4DSEA 2E4LA 5CZ2A 1C1AA 4KREA 2WOMA 3RTVA 4DSLA 1QQCA 4IBNA 4CESA 4LH5A 4CJ4A 3HVRA 1UA0A 1SL2A 2R7YA 1KSPA 4CHNA 4M3UA 2LSNA 1HQUA 2FC0A 3DOLA 4QOZB 2HHTA 4M3XA 5KGXA 1L3TA 1HMVA 4CFCA 2Z1IA 3AO4A 4OGCA 1L3VA 4FJ9A 4NYFA 4FJ8A 4CJUA 3OY9A 3SV3A 1WSGA 3VQBA 3S3NA 3HP6A 1J54A 4DTPA 1QE1A 2BE2A 3C95A 1BISA 4OPKA 2IDOA 4N5SA 4LD0A 3UIQA 3FFIA 3ITHA 1VSIA 4BWJA 4JS4A 3KTQA 3PO5A 4FW2A 3V9WA 5J2QA 3D45A 3B6PA 1JKHA 2OZSA 4IFYA 2HNYA 4DLEA 4KTQA 3SPYA 4FM0A 1BHLA 1TV6A 4O0JA 4AHVA 1EP4A 4M42A 4FLUA 4HUGA 3SZ2A 1TVRA 1WNSA 3HJFA 2IGIA 4DG1A 3AVNA 4CJLA 3OS2A 1UA1A 1SL0A 1LWCA 3AO5A 3RRHA 1NK8A 4IG3A 3THVA 5FRMA 4I9LA 4GVMA 3CFRA 1BCMA 2GBZA 2RN2A 1WSFA 3L2VA 1SKRA 4CGGA 1A5XA 1HYSA 3CYMA 3DLEA 3ZSVA 3NH0A 4RW8A 4DF8A 4Z4IA 4CHPA 4CJPA 1WSHA 3MEGA 3QEIA 3M8RA 3HM9A 3RRGA 4NCAA 1RT4A 3AVBA 3ZT2A 1JLBA 3TANA 4M3YA 2FBTA 4W5QA 3LP2A 3TAEA 4UQGA 4E7IA 1WLJA 2G8KA 5JS2A 1ASWA 5C42A 4CJFA 1ZBLA 4CK3A 4N76A 3SI6A 2BDPA 3ZT1A 3HPGA 3OYFA 3LWLA 1K6YA 4C8OA 4DSIA 1CXUA 1TKXA 3VQ8A 4FK4A 3LWMA 2G8WA 2KW4A 4E7JA 3AV9A 4CJWA 4E1MA 4Z4EA 5KTQA 3NF7A 3PY8A 4Z4GA 4M3RA 3SQ0A 5T7BA 1QSSA 4C8LA 3KLIA 2XRIA 4H8KA 3AO2A 4CK2A 3SPZA 2IOCA 4CEZA 3OYAA 1T8EA 3DLHA 3B6OA 4F3TA 1ZBFA 3DM2A 3I0RA 1S1VA 1X1PA 1BQNA 4BWMA 3K59A 1TKTA 3AA2A 4LSLA 4KHNA 4O0IA 4E1NA 4DQRA 1C0MA 3TR8A 3AVAA 3O3GA 3AO3A 3QO9A 3TWHA 4C8NA 4ZTFA 2ZD1A 2VG6A 1LV5A 4DTUA 1CZBA 3LP0A 2HVHA 1QHTA 4FJNA 4AILC 4KV8A 3MXIA 2IS3A 3LZJA 4FJMA 1BL3A 3E01A 3C6UA 5DK5A 2YHBA 4CCHA 3P83D 4OLBA 3AA5X 1I3AA 3K2PA 3M8QA 4DLGA 3QETA 3AVKA 4DSKA 1LWEA 2FBYA 4BDYA 1RT6A 3VQEA 4JS5A 1HNVA 4EP4A 4B9NA 3DRRA 3EZ5A 3MXJA 4HVJA 1HNIA 2F96A 4RW9A 2O4IA 4FM2A 1BIZA 1HPZA 2D0AA 1RT3A 1S1XA 2YHAA 1XI1A 3SYZA 4B9SA 4FJIA 4CGFA 4M3TA 3HXMA 3AO1A 4CGDA 3NGYA 3ZSYA 5HP1A 1LWFA 1VSLA 1ITGA 1HRHA 5KRTA 2KQ2A 1IKWA 4FZZA 3P1GA 3KKSA 4DWIA 4FLWA 1S5JA 3TABA 3DMJA 4CERA 4DFMA 3TI0A 4JRQA 4OKEA 1XC9A 4JLHA 3VQAA 4DQPA 2KZZA 3V4IA 3VA0A 5J2MA 4ICLA 4BE1A 2OPQA 2F8SA 2AJQA 1NK4A 3IRXA 2PY5A 1NOZA 3I8DA 3SCXA 1RT7A 4FW1A 4Q0BA 1JL1A 3ASMA 3QIPA 1NJWA 5KRSA 1Z25A 3PX0A 1ZBUA 4AHTA 1ASVA 2HB5A 3ZSOA 3NH1A 3OYIA 3JSMA 1JLEA 3LZIA 2HHUA 1KLMA 2G8UA 3AVMA 3MECA 4FJHA 1U4BA 2X74A 3NDKA 1VSDA 4AHUA 3PO4A 1DTQA 2KTQA 3OYEA 1T03A 3EYZA 3KJVA 1IO2A 4BE2A 1RDDA 3HPOA 4KB1A 5HBMA 4KHUA 4YFUA 1NK6A 5D3GA 3SQ2A 2HNZA 1FKOA 3NF9A 3VQCA 4AHRA 3KLFA 1KVBA 2DFFA 4N41A 3TAGA 1WAJA 1HYZA 3VQPA 4KTZA 4IFVA 4DQIA 3CFOA 1IKXA 3OYMA 2G8VA 1W9HA 1LAVA 1U48A 2Y1IA 3NAEA 4KFBA 4CJQA 1SV5A 3SUOA 4OLAA 1IKVA 5E41A 2OA8A 1FKPA 4ELTA 3PX6A 3TAPA 1BQMA 2OPPA 3KD1E 2JGUA 3OYDA 1NK9A 3AVIA 4DTSA 4CGHA 4DS4A 2HHXA 1LAWA 4O44A 4J2DA 3T1AA 5J1EA 4FK0A 4FM1A 3DLGA 1RTIA 3LAMA 3OS1A 3V1OA 4DQSA 4OPJA 3CQ8A 2FBXA 3QEWA 4DTXA 3M8SA 4FVMA 4DU1A 1RTJA 4ZHRA 1U45A 1TAQA 3F73A 1J5OA 2XHBA 3OVNA 5K14A 1JLFA 3SUPA 3QEPA 3F9KA 4FJXA 5FDLA 3D0PA 1TKZA 4FXDA 3L8BA 1N5YA 4FLXA 3V1RA 3SNNA 3L2WA 5J2PA 3QEVA 4KRFA 3OYHA 4OGEA 3H08A 1U49A 1LW0A 3TARA 3HO1A 1Q9YA 1YT3A 3S9HA 1W0HA 3NH2A 1SUQA 3NFAA 1VSMA 1NKEA 1VSEA 4RG8A 2OYQA 3BGRA 4KHYA 4RW7A 4KHWA 2BANA 3OYNA 2A1SA 4PA1A 1L3SA 3VQ7A 1D8YA 4B9LA 2YNIA 3AVCA 4CFAA 5SZTA 3P5JA 2IC3A 4CEDA 4L8RB 2X78A 2Q3SA 1RDCA 5HRSA 3NCIA 1C1BA 4EZ9A 2E6LA 4CIFA 1GOCA 4E7LA 4H4OA 3DLRA 1REVA 3DYAA 5DMRA 1JXBA 1L3UA 4DTOA 3NGZA 3KLEA 3VA3A 2RKIA 3C94A 4E89A 4LH4A 1KTQA 4B9MA 1JXEA 4JRPA 4E7KA 1XHZA 4TSXA 1VSFA 2P1JA 3ZSWA 2G8IA 2HNDA 1NJZA 3ZSXA 2X6NA 4HTUA 1ZYQA 2GUIA 4PWDA 4CEAA 3ULDA 2YV0X 1KVCA 2Z1JA 4HHTA 4DU4A 1RNHA 4B8AB 4E19A 1RTDA 1WAFA 4K8ZA 4MQ3A 4B9TA 2P5OA 1D5AA 1BI4A 4IG0A 4ID1A 4CJ3A 2EHGA 1F21A 4J2AA 1TAUA 4BE0A 1TK5A 4AHCA 1EXQA 2HHSA 4N56A 1A5WA 2NUBA 3WNGA 4Z0UA 2G8HA 4FJKA 4CEFA 1CXQA 3K5MA 4OVLA 1QS4A 3QINA 4M3WA 1UAXA 3L3VA 3KLGA 3VQ5A 4CHOA 4BDZA 1NOYA 1S1UA 3TAQA 1TK0A 3HK2A 2XY5A 2ZQBA 4B9UA 3HYFA 4CIEA 1ZBHA 1D9DA 3ZT4A 4ID5A 1C6VA 2D5RA 5C24A 1VSKA 5C25A 1C0TA 3HT3A 2G8FA 1GOAA 3OJSA 4DTJA 1U04A 4FCYA 4DQQA 2XY7A 4DFKA 4FZXC 3AA3A 1YTAA 3S3MA 1YVUA 1L5UA 2Z1HA 4RW6A 3OYCA 3HP9A 2XO7A 1Z26A 4FJ7A 3U6FA 2HMIA 4Z4CA 1QTMA 2GV9A 5EU7A 4CJVA 1X9SA 4BDPA 3OYJA 4QAGA 2YNFA 3VQ9A 4KI6A 4KAZA 1EKEA 1S9EA 3SUQA 4CFDA 2FBVA 1RCHA 3QIOA 3U3GA 2YNGA 4FLTA 3C6TA 2HHWA 1NKBA 3OYGA 3ZCMA 3RR8A 3DLKA 3V1QA 4E7HA 4DU3A 1LW2A 4E0DA 1YTUA 3DLBA 3A2FA 4CF2A 3K57A 1KRPA 3WNFA 3L3UA 4RW4A 4C8MA 3VQQA 4F4KA 3MAQA 3V9ZA 3U3YA 3ZSZA 3K58A 4FK2A 1VK0A 3PX4A 4DSJA 1S6QA 3VN5A 2Z1GA 4CJKA 1SL1A 4CFBA 1NJXA 4I9QA 3V9XA 3VQ4A 4PUOA 3HL8A 1QSYA 4CJ5A 3DOKA 3DRSA 3SJJA 3V9UA 4OJRA 4B9VA 4I7FA 1G15A 1KFDA 4CHQA 1SKSA 5CYMA 4NCBA 1VRTA 4CJRA 2IAJA 1ZBIA 2HW3A 1TL1A 4FJLA 3RWUA 3CFPA 3HPHA 3WNHA 2YKMA 4O5BA 3L2RA 1T7PA 1I39A 2B6AA 3VQDA 4HCCA 5SWMA 4CHZA 3QLHA 1Q8IA 4KI4A 3KK2A 2WONA 3AVLA 5HROA 1WSEA 1VSJA 3RR7A 3IAYA 3ZT0A 4YNQA 3S3OA 4CIGA 4ZTJA 2D0BA 1SKWA 2DFHA 1Q9XA 3RMCA 4Y1CA 3VQ6A 4DFJA 3T19A 4QCLA 1IG9A 1S6PA 3M8PA 2P51A 4CK1A 1EX4A 1BIUA 3QNOA 2B4JA 1KFSA 4FJJA 1UOCA 4DTRA 3V81A 4EP5A 4Z4HA 4DTMA 1RBTA 3QNNA 1VSHA 4CHYA 1GOBA 1RBVA 2YNHA 4BACA 1T05A 4F8RA 4DTNA 3KK3A 2B5JA 4HUFA 3MXMA 3OS0A 2DY4A 1NKCA 4ELUA 5CZ1A 3L2QA 3TAMA 4M3ZA 4R5PA 5CYQA 4CEBA 4XIUA 1S9GA 2I5JA 5I42A 3AA4A 3KLHA 3RMAA 1A5VA 3KIOA 5HRPA 3DI6A 4B08A 5I3UA 4CF8A 4ELVA 3HVTA 1RTHA 2QXFA 4C8KA 4KHSA 2ATQA 3ZT3A 3V9SA 3RMDA 1O1WA 3MEEA 3WNEA 4F3OA 3I0SA 4F2SA 2DTUA 1HYVA 2KFNA 4B3OA 1S1TA 3K5OA 3CG7A 1HJRA 5J2NA 5KGWA 2A1RA 4KTWA 3QERA 3AVGA 4FYDA 3CM6A 1J9AA 4G1QA 4H4MA 4OKKA 4AH9A 1D9FA 4CGJA 2QKBA 1DLOA 3K5NA 3NE6A 2F8TA 1QSLA 4FLZA 4PQUA 2HHQA 2OZMA 5HRRA 4FLVA 3LAKA 1HQEA 4CJTA 2RF2A 2YKNA 4KO0A 3OYBA 1U47A 4DS5A 1UWBA 4J2BA 1CLQA 2XY8A 1RBUA 3T3FA 1FK9A 3CM5A 1FXXA 3O4QA 3PV8A 2E6MA 3RMBA 4KB0A 1J53A 2BGGA 1NK5A 2VG5A 4AHSA 1B9DA 4CF9A 1DTTA 4DSFA 4KKOA 1TK8A 3ISNC 4Q5VA 4KPYA 1IH7A 4GMJB 5HLFA 1KVAA 4NYNA 3QESA 5HRNA 3KK1A 2HVIA 1WSJA 3LDSA 3ZSQA 1B9FA 1R0AA 1NK0A 2HHVA 5FRNA 1RDBA 4FZYA 4W5TA 2XY6A 3SUNA 3DRPA 4O55A 3TAFA 1JLQA 2EX3A 3NF8A 4N47A 1C0UA 2Y1JA 3LPUA 1RILA 3LPTA 4MFBA 2PYJA 1RT2A 4IKFA 4FJ5A 4K8XA 2X6SA 1NK7A 4CJSA 1JLGA 4W5RA 3OYKA 1TGOA 3NHGA 3BDPA 3KD5E 4WE1A 1XWLA 2PZSA 3V6DA 1XHXA 4O4GA 4HUEA 1BGXT 1NJYA 3AVFA 4J2EA 4PY5A 4CF1A 1BCOA 1S1WA 4HCBA 1X9WA 3AVHA 2JLEA 4GW6A 3LP3A 3SQ4A 1ASUA 4F2RA 3ZSRA 2P5GA 3LP1A 3O4NA 2DFEA 1B92A 4LY7A 3JYTA 4KHQA 1MU2A 3K5LA 1RT1A 1Y97A 2D0CA 2PYLA 1IKYA 1WSIA 3NBPA 4B8CA 3KKRA 1TKDA 3G0ZA 5JS1A 3AVJA 1N6QA 4Z4FA 4CEOA 3OYLA 2ETJA 1RBRA 2KFZA 1CZ9A 4Y1DA 4CGIA 1RT5A 4I2QA 4OKJA 3NGIA 4M45A 2RPIA 3MEDA 3IG1A 4CJEA 1RBSA 1RDAA 2O4GA 1WN7A 3LALA 5FROA 1BI4B 2W42A 4LSNA 4W5NA 4DFPA 3O3FA 2ZE2A 3L2UA 1C1CA 3IS9A 4I2PA 1VRUA 3NF6A 3SQ1A 1JLCA 4CEEA 4CECA 2QKKA 1TL3A 2KZMA 1X9MA 1JL2A 3EY1A 1KLNA 4DMNA 4DF4A 3SV4A 2QK9A 3OJUA 1JLAA 4E3SA 4W5OA 4CF0A 2VWKA 3QEXA 4FLYA 2ITGA 2VG7A 4EZ6A 4NCGA 2VWJA 2OPRA 2OPSA 3ALYA 3G10A 4IDKA 4M41A 3HSTB 5KI6A 3LANA 3O3HA 5CY4A 4CEQA 4FJGA 4CE9A 1KCFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1KC8O 4LF8K 3DMJA 3N1EA 3L2OB 1WBBA 4OKEA 2KZZA 5J2MA 4JKGA 4BE1A 5M1QA 3U4LA 4K0KK 3J2PA 1GLDG 1ATSA 4JD2B 3IRXA 2RKHA 1NOZA 4FW1A 1MDUB 4XH4A 1JL1A 2VJ5A 3ASMA 3CCEN 3CPEA 2HB5A 1JLEA 1KQSM 2D1KA 4FJHA 4IO8A 4KB1A 1NK6A 4IEEA 3SQ2A 3NF9A 4AHRA 3TAGA 1HYZA 4JV5K 2E2NA 3P31A 4OLAA 1N32K 2CGJA 5E41A 2F4VK 1BQMA 2OPPA 3OYDA 2P1QB 4DTSA 3B8AX 2HHXA 3MN6A 1LAWA 1JCFA 3KHYA 1KXPA 3HZ6A 5AQIA 4FM1A 3DLGA 2QWOA 1BG3A 3EO3A 4MDAA 1NGAA 4OPJA 1M90O 1YIJN 3QEWA 4DTXA 4DU1A 1TAQA 5FDLA 3F9KA 4FJXA 3V1RA 3PLAA 3L2WA 3ID6A 5CHIA 1Q9YA 4ILGB 3S9HA 1NKEA 2FF6A 1NMDA 2KHOA 3HRGA 2QWRA 2YNIA 1NLVA 4CEDA 1RDCA 5HRSA 2E6LA 4CZFA 3BVOA 3MDQA 4H4OA 3HI0A 3DLRA 3UKRB 3DYAA 5DMRA 4B1ZA 1XC3A 4DTOA 3NGZA 3VA3A 1VQ8N 3C94A 4LH4A 2G8IA 4JKHA 2VIXA 4HTUA 4RL5A 1XU5E 5EVZA 2VGMA 3T1YK 1KVCA 4DU4A 1HX1A 4E19A 1T44A 4DUZK 4B9TA 4MQ3A 1BI4A 1Q86O 1F21A 4J2AA 1TAUA 1TK5A 1EXQA 2NUBA 1LCUA 4L3QA 3K5MA 1O13A 3ZYYX 3KLGA 1NOYA 1S1UA 4B1XB 2FF3B 4Y0WA 3HK2A 4LC9B 3HYFA 3CCLN 4ID5A 1P90A 1GOAA 3AARA 3AA3A 3S3MA 1L5UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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