4FJGA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dc
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjgA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjgA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjgA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjgA03
4N5SA 4QOZB 3RMCA 4Z4GA 3U6FA 4ELUA 3VQ8A 4HUEA 1D9DA 1FXXA 4TSXA 1IKWA 3DOLA 2R7YA 3LALA 3QESA 3NFAA 5HRRA 4O5BA 4K8XA 3RMBA 1XWLA 4CJEA 3KLEA 4NCBA 3OYGA 1K6YA 3AVJA 1BCMA 3AV9A 3HK2A 1G15A 4O0JA 3VQ9A 5KRTA 3ZSOA 4J2EA 1GOBA 3PX4A 3ITHA 3HVTA 3CM5A 1SKSA 4FZXC 2DTUA 3C95A 3QETA 5KI6A 4CGGA 4M3UA 1EETA 2XRIA 4E1MA 5C25A 3K5MA 3I8DA 1TK5A 1YTUA 1UWBA 4M42A 3KIOA 3M8RA 4IKFA 5KRSA 1CZBA 1JL1A 3NH0A 1XI1A 1NKCA 2QXFA 3HPHA 1UA0A 2VWKA 1Z26A 3F73A 4DS4A 1XC9A 1J5OA 4Q0BA 2G8KA 3OS2A 2HHTA 1TAQA 3LANA 2HHVA 2VWJA 1KCFA 4DSIA 1UA1A 2XY7A 4C8OA 2HHSA 5SZTA 4CFCA 2JLEA 4DLGA 3HJFA 4FJ5A 2YHBA 4BACA 1WN7A 5J2MA 4E7KA 2HHQA 4N41A 1UOCA 1X9MA 3HM9A 3TAMA 5HRPA 2KZMA 3EY1A 4F2SA 4E0DA 1RT6A 4AHRA 4K8ZA 2Q3SA 4E89A 5E41A 4CIEA 3O3FA 4DFKA 5FDLA 2DFEA 4GVMA 4M3TA 3KK3A 4F4KA 2W42A 1ASVA 3OYHA 2XO7A 3VQDA 3P1GA 4Z4IA 4H8KA 4HTUA 1LWEA 4DS5A 3P83D 1KVAA 3KLGA 3B6PA 3DLEA 4OKEA 3OS0A 1SUQA 4BE1A 3PY8A 4CEEA 3VQ7A 2F8SA 4Z0UA 2DY4A 1JLBA 2D5RA 1RDAA 3QO9A 4DQSA 4KRFA 5JS2A 4MFBA 3SPZA 1QSLA 1XHXA 3KD1E 3AO4A 4WE1A 4CK1A 1A5VA 4FM0A 4CHZA 1RBRA 1S1VA 3V9SA 2YKNA 3QEVA 3V9ZA 3SQ1A 4XIUA 1ITGA 1LWCA 3SI6A 3OJSA 4CECA 1KRPA 1NKEA 1J9AA 4F3OA 1FKPA 1QQCA 4FYDA 3SUOA 2GUIA 4O55A 3LWMA 3MEGA 2Z1IA 3L2QA 4AHVA 3TARA 1JLCA 1HNVA 1GOAA 2E4LA 3AVAA 4CEBA 5SWMA 3ULDA 3I0RA 3S3MA 4BWJA 4CEQA 3RR8A 2FC0A 4KHUA 1C0MA 4B9MA 4E7LA 2RKIA 2X74A 4Y1CA 4ZHRA 4BDZA 1NJYA 4DSJA 4LY7A 3TANA 2KZZA 1BISA 3MXJA 3QEWA 1S9GA 3OYKA 2IC3A 4ID5A 1KFSA 3AVMA 2ZE2A 3SV4A 1L3UA 4DTSA 3OVNA 2JGUA 4FVMA 4OKJA 3VQAA 4FJ7A 1I39A 2NUBA 3C94A 3C6TA 4IBNA 4DLEA 3MEEA 3WNFA 4O0IA 4KHSA 1VSKA 1TV6A 1B92A 1RTIA 3IS9A 4HHTA 3JSMA 4CHYA 3LZJA 4CJ4A 3VQ5A 4DFMA 3KLIA 4E3SA 4FK0A 3RWUA 3SV3A 1RTJA 2OPRA 1GOCA 1RNHA 3O4NA 1U45A 2D0BA 1NK6A 3CQ8A 2X6SA 1B9DA 4NYFA 4OJRA 4M45A 3SJJA 2YNIA 3LZIA 3MAQA 4DTXA 4O4GA 3ZT3A 3HP9A 3F9KA 4DQIA 3VQQA 4B9LA 1RDDA 3BGRA 4CGIA 4F8RA 2O4IA 3KTQA 2YNHA 2X6NA 1BQMA 3V4IA 4PY5A 3O3HA 4DQPA 1BQNA 1HYVA 4CJQA 4FW2A 4CGHA 1Q8IA 4N76A 1WAFA 3TAPA 3WNGA 1YT3A 3AA3A 3ZT2A 2B5JA 1NJWA 4CHQA 1BGXT 3DYAA 4W5TA 1JKHA 3T3FA 1EKEA 1KVBA 5CYMA 1YVUA 4DTUA 2QKKA 1BIUA 4G1QA 1LAWA 3TI0A 1WLJA 4KHQA 4J2AA 3V1QA 4KTZA 1NK5A 1QHTA 1TKDA 1YTAA 1NK9A 4M3XA 2D0AA 5DK5A 4CEOA 3BDPA 4FLTA 4CFBA 1HYSA 3PO5A 4B08A 3DM2A 1MU2A 3AO3A 5FROA 2Y1JA 4KPYA 3DOKA 4N56A 1ZBUA 4CJSA 3L2RA 4I9QA 4FLZA 1J53A 4YFUA 1ZYQA 4CJUA 3QEXA 3VQBA 4E7IA 3S3OA 2E6LA 4C8KA 4CJ3A 3PX6A 1U47A 2VG6A 3L8BA 4KHYA 4C8LA 3HPGA 1NK8A 1S6QA 1O1WA 1VRTA 3SZ2A 1A5XA 3DLGA 4DMNA 3LAMA 4R5PA 2RF2A 2PYLA 4QCLA 3DI6A 3CFRA 3ZT1A 1T03A 3VQPA 1LAVA 5CY4A 1NJZA 4CK2A 4YNQA 3MXMA 4W5OA 4Y1DA 2FBXA 2Z1GA 5KTQA 3QIPA 5FRMA 4FLUA 3DRRA 3IG1A 1RT1A 3ZSVA 4CJPA 1REVA 1S5JA 3CM6A 4LH5A 2OA8A 4BE2A 4CEZA 1TKZA 4Z4CA 1IKYA 3EZ5A 3HT3A 2VG5A 3K5LA 3AA4A 2XY5A 4F3TA 3TAEA 3CFOA 1RTHA 3M8QA 3QLHA 3IAYA 4CJTA 3AO5A 4DWIA 4OVLA 4M41A 1VK0A 4CIGA 3OY9A 3AVIA 1NOYA 5C24A 1VSEA 1JXBA 5FRNA 4FLWA 3ZSWA 2LSNA 2YNGA 3DMJA 1WAJA 3CYMA 2GBZA 3NF9A 2AJQA 5HRNA 3ZSQA 3D45A 4MQ3A 4FJHA 5T7BA 2ZQBA 3V9XA 2BE2A 4RW6A 4M3YA 3KK1A 2HHUA 1NOZA 2YHAA 1TL1A 3B6OA 1KSPA 1I3AA 4NYNA 4E1NA 2HNYA 3RTVA 3DRSA 5CZ1A 1R0AA 3K59A 2BDPA 1DLOA 3CG7A 4E7JA 1HQEA 4FJGA 3TR8A 4M3WA 4B9UA 3NF7A 4AHSA 4M3ZA 3OYEA 1BHLA 4E19A 3K2PA 4JRQA 3HP6A 4FJIA 2KFNA 4FJ9A 4FLXA 2BGGA 4CJKA 3QERA 4FJJA 1SKRA 4PQUA 4QAGA 1C0TA 3TAFA 4AILC 1FK9A 3VA0A 3TAQA 5I3UA 4FZZA 2HVIA 4B8AB 3KJVA 5JS1A 1BI4B 3TABA 1UAXA 1SL2A 4C8MA 3NGZA 3WNEA 4DFPA 2F96A 3ZCMA 2Y1IA 4EZ9A 3AO2A 4GMJB 3U3YA 3S3NA 1T8EA 1IG9A 3QEPA 3AVBA 5C42A 3KLFA 2EHGA 2OZMA 2IAJA 4AH9A 4CJWA 2FBYA 4CHNA 4CHPA 3AVLA 1U4BA 1D8YA 4OLBA 1JL2A 4I2PA 3DLBA 1VSDA 1RILA 3V1OA 3VN5A 3OYLA 4HCCA 4L8RB 1CZ9A 2KFZA 4CJ5A 4CCHA 1TK8A 3LP1A 4CF2A 2OZSA 1VSFA 1RT2A 4NCGA 4DQQA 2YV0X 1NK0A 1A5WA 3G10A 1TKXA 5HP1A 4DG1A 4DU3A 3LDSA 4CEDA 4DTMA 2RN2A 1RT3A 1TL3A 3EYZA 1D5AA 4O44A 4DTJA 3LP0A 3H08A 4FJKA 3LP3A 4FK2A 1ZBHA 4DSKA 2OPPA 3L2UA 4KREA 1U49A 4CFAA 4OLAA 3P5JA 2KW4A 4DSEA 1HQUA 3SNNA 3OS1A 1L3TA 1RDBA 4KHWA 4N47A 3NGIA 2XHBA 4CERA 1X1PA 3VQ6A 4W5NA 5CZ2A 4FLVA 3TWHA 3FFIA 4B9TA 4JS5A 1U48A 1IKVA 3HSTB 3NCIA 1CLQA 2XY6A 4BE0A 1Q9XA 3RMDA 4FJMA 3AA2A 1LW0A 5D3GA 4PWDA 3NHGA 3HPOA 3M8PA 4FW1A 1KLNA 4FXDA 1LWFA 4I9LA 2KTQA 1C0UA 3G0ZA 4NCAA 4CF9A 3LWLA 1JLGA 3OYMA 3AVGA 1SL1A 4KI4A 3V9WA 3L3UA 3ALYA 1Y97A 2I5JA 3TAGA 1BCOA 1RT7A 4PA1A 4DQRA 4DU4A 3NBPA 3NF6A 5HRSA 1U04A 3RRHA 1LV5A 4UQGA 4AHCA 4B9NA 1S1XA 4CEFA 4RW7A 3SPYA 1CXUA 2Z1JA 5CYQA 2F8TA 2OPSA 2ETJA 4OPKA 1HJRA 5J2PA 2ITGA 1VRUA 2IDOA 4Q5VA 3AA5X 4EP4A 2YNFA 1KVCA 2OYQA 2X78A 3AO1A 4IG3A 4OGEA 2GV9A 1WSFA 5HROA 3HYFA 4DFJA 2G8FA 3OYBA 2G8UA 4CE9A 5J1EA 4FK4A 4CJLA 2P5OA 3QEIA 3L3VA 4DSFA 3JYTA 3IRXA 1HRHA 2B6AA 3UIQA 1B9FA 2BANA 3QIOA 2ZD1A 2P1JA 4OKKA 5HBMA 4BWMA 4AHUA 3QNOA 2HNZA 4DTPA 1QE1A 2HHWA 1BL3A 1RBVA 4HUGA 1VSMA 1EP4A 1F21A 3OYJA 3RR7A 3NAEA 1NJXA 4B8CA 2IS3A 4DF4A 1WSIA 1RT4A 3NE6A 3S9HA 1ASUA 1BI4A 1TVRA 3C6UA 1JLEA 4I7FA 4IFYA 3PX0A 5J2QA 1JLQA 4KV8A 1RBTA 3O3GA 2HHXA 4B3OA 1N6QA 3D0PA 3K57A 4F2RA 3OYIA 3ZSRA 1HMVA 3O4QA 1RCHA 2PY5A 4CF1A 3HXMA 1S1UA 4PUOA 3V9UA 3ZSYA 4H4OA 3QNNA 2A1RA 5KGWA 3ASMA 4JLHA 4ID1A 4KB0A 4FJNA 3AVHA 3OYDA 4CJVA 3LPUA 1NKBA 4FCYA 3NH1A 3LP2A 4IG0A 3NH2A 5HLFA 4ELVA 4W5QA 3T19A 3PV8A 3VQEA 1ASWA 3U3GA 5K14A 4CF0A 3SUNA 2QKBA 1J54A 5DMRA 4KO0A 3ZSXA 2HVHA 3A2FA 2DFHA 3KK2A 3VA3A 4M3RA 2D0CA 4GW6A 3L2WA 4OGCA 2IGIA 2IOCA 3ZT4A 3OJUA 2E6MA 1SL0A 1HYZA 4DTOA 3VQCA 4E7HA 4FM1A 3OYAA 4CK3A 2Z1HA 1X9SA 2WOMA 3VQ4A 4J2DA 3DLHA 4ICLA 1QSSA 3K58A 4DU1A 1S6PA 4C8NA 1ZBIA 4KI6A 2P5GA 1CXQA 3RMAA 1SKWA 1C1BA 1C1CA 3PO4A 1JXEA 1VSLA 1L3VA 2G8VA 3MEDA 2QK9A 1W0HA 4IFVA 4FJ8A 4ELTA 4B9VA 1HNIA 1S1TA 1TAUA 4LSNA 2G8WA 1WSJA 2FBTA 1VSHA 2ATQA 1W9HA 4AHTA 3SQ2A 1RDCA 1TKTA 4RG8A 2WONA 3V1RA 3OYFA 4CHOA 4LSLA 5I42A 4RW4A 1JLAA 2P51A 4Z4EA 4DTNA 4W5RA 1WSEA 3KD5E 1JLFA 1KFDA 4H4MA 3ZSZA 3WNHA 3THVA 1TK0A 2PZSA 2HB5A 3NF8A 3AVKA 4EP5A 2DFFA 3NGYA 3HL8A 3L2VA 2YKMA 4ZTJA 1DTQA 3RRGA 1HPZA 1QTMA 2RPIA 1D9FA 4HVJA 4J2BA 4HUFA 2O4GA 4DF8A 5KGXA 1L3SA 1XHZA 4FLYA 2HNDA 4BDYA 3E01A 4KTWA 4FJXA 4CJFA 4LH4A 4CFDA 3KKSA 1S1WA 1Z25A 3I0SA 3SQ4A 4FJLA 1KLMA 3QINA 3SUPA 4B9SA 4CGDA 2G8IA 3HO1A 1C6VA 4LD0A 1QS4A 3OYNA 4DSLA 1RBSA 1N5YA 1WNSA 1RTDA 1RT5A 3AVCA 4HCBA 3OYCA 1C1AA 3SCXA 4CGFA 3CFPA 1FKOA 4CJRA 1WSHA 4RW9A 3KLHA 1VSJA 2G8HA 4FZYA 1RBUA 3V81A 4OPJA 3SUQA 2HMIA 4BDPA 1VSIA 1NK4A 1S9EA 3DLKA 3SQ0A 4KFBA 1IKXA 3AVNA 4RW8A 3MXIA 1EX4A 4Z4FA 2KQ2A 3AVFA 2A1SA 3NDKA 1KTQA 4ZTFA 3ZT0A 4CGJA 4Z4HA 1X9WA 1BIZA 3DRPA 1WSGA 4CIFA 4FM2A 4EZ6A 1NK7A 3HVRA 3KKRA 2B4JA 4KHNA 2OPQA 4KAZA 1IH7A 4KTQA 1TGOA 3DLRA 1L5UA 1SV5A 3ISNC 1T05A 4KKOA 1T7PA 2PYJA 3LPTA 2EX3A 3T1AA 3M8SA 1Q9YA 2FBVA 3MECA 5J2NA 5EU7A 4IDKA 4CF8A 1DTTA 1IO2A 2HW3A 2VG7A 4CEAA 3V6DA 3SYZA 4CESA 1QSYA 3K5NA 4DTRA 1LW2A 4JS4A 3K5OA 1ZBFA 4JRPA 3LAKA 2XY8A 1ZBLA 3PUFA 4I2QA 4KB1A 1EXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4FW2A 2A3ZA 3CJ1A 1NJWA 3AA3A 4CHQA 1YI2N 1JKHA 1ESVA 3CHWA 4IOCL 1Q81O 1KVBA 1N36K 5CYMA 5BRFA 3TI0A 1WLJA 4KHQA 4J2AA 1QHTA 1YTAA 3I55N 4YHHK 1XUPO 5JLHA 4CFBA 1HYSA 4B08A 3DM2A 3THYA 3MN6A 2NNWA 4BR5A 1OH7A 4I9QA 1J53A 3B8AX 4YFUA 4JI5K 4YOTA 1Y64A 3KVGA 1NGBA 1U2VA 2VG6A 3S41A 2IVPA 5JVHL 3MN7A 1O1WA 1VRTA 2HHHK 3CPEA 3DLGA 4A2BA 2IVNA 3HGKE 1XMQK 4QCLA 2HF4A 3CFRA 1T03A 3PIPL 1NJZA 1BU6O 5AQJA 3ZETA 4BR0A 4CK2A 3MXMA 4W5OA 4JI4K 4K42A 2A6AA 5KTQA 4X66K 3LL3A 3I8BA 4PKGA 1IKYA 3H45C 1MHZG 4QS9A 1RTHA 3M8QA 3N1EA 5FPMA 1JCGA 3SMSA 4DWIA 4M41A 4CIGA 3OY9A 2FF6A 1VSEA 5FRNA 4FLWA 1WAJA 1NGJA 2ZWHA 4BRNA 2GBZA 2AJQA 5GADP 3D45A 4MQ3A 1JJ2M 4U7BA 3V9XA 4LFCK 2E88A 4RW6A 3CJBA 5JVGL 3B6OA 2HNYA 1G99A 2BDPA 3N1BA 1HQEA 4DKWA 2OTJN 4M3WA 3NF7A 3OYEA 3MKSB 4JRQA 1RDUA 4CJKA 4IO8A 1C0TA 4LF5K 3VA0A 5I3UA 4FZZA 5JS1A 4LF8K 4DFPA 2F96A 3L6QA 4EZ9A 2IAJA 3ATVA 4CHPA 4I2PA 1VSDA 3VN5A 3QFPA 1CZ9A 2Q97A 4CCHA 2F9TA 2F7TA 4K0KK 2YV0X 3LDNA 1NK0A 5IT9O 4BRDA 1TKXA 2MW2A 5IWAK 3VTIA 2YHXA 4DU3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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