4FJXA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dg
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjxA03
1VSMA 3OS2A 4OPJA 4FVMA 1KFDA 3HVTA 5HLFA 1U47A 3PO5A 1TKZA 1YTUA 4CGDA 4J2DA 3F73A 3HXMA 4DF8A 1HNVA 3DI6A 4ICLA 3C94A 4OKKA 3QETA 3TABA 3IS9A 1GOBA 3RRHA 4IKFA 3TAQA 4FW1A 1FKPA 3HP6A 3AVNA 1C6VA 3OS0A 4HUEA 2OZMA 4KHQA 3MAQA 2Z1JA 3NF9A 4C8MA 1ZBLA 3BGRA 1HYVA 1I3AA 3ASMA 4DFKA 3EZ5A 1WSGA 2GBZA 4CGFA 3L2UA 1T7PA 2FBXA 4W5QA 4I2QA 2QK9A 1S6QA 2RN2A 1QHTA 1YVUA 4AHRA 1SL0A 3U3GA 1NK4A 2GV9A 4KTWA 3O4QA 4RW8A 2Y1IA 1C1BA 4B9NA 1A5VA 2YKMA 1RBRA 3AVIA 4Y1CA 4M42A 2KZZA 4XIUA 3QERA 3CYMA 1JXEA 4AH9A 3K5MA 4IBNA 5CY4A 3DYAA 4DG1A 1LWFA 3TWHA 1UAXA 5JS2A 1SKRA 2X6SA 2O4IA 4BDPA 2BGGA 3IG1A 1SUQA 2IC3A 4B08A 1LWEA 1TK8A 1REVA 3OYEA 3M8PA 3HT3A 2KFZA 3LAMA 4CGIA 3L2VA 4CEDA 2XO7A 2DY4A 5KGWA 1LAWA 4CF1A 4IFYA 1X9WA 3NH1A 4DF4A 4DQPA 3RTVA 4PA1A 1KVAA 3VQAA 4KTQA 3SPZA 4KAZA 2Z1GA 4H4OA 3VQ8A 1SV5A 4GVMA 4IG3A 3K59A 1S1TA 5CZ2A 4F2SA 3AVBA 1TAQA 2A1RA 5HRRA 4M3ZA 1U49A 4M3XA 1KFSA 2FBVA 4E7IA 1U48A 2LSNA 4ELTA 2VG6A 3TAEA 1TAUA 2VWJA 4FZZA 1DTTA 1ZBUA 4FJXA 4DTJA 2DTUA 1RDBA 4KHSA 1ASWA 2QXFA 3DMJA 3LAKA 3I0SA 4CJKA 3O3HA 1U4BA 1HRHA 1JLAA 4MQ3A 1S1UA 5DK5A 4QAGA 3SZ2A 4NYFA 1O1WA 3P1GA 3QINA 4RW6A 1RBSA 1RT6A 4RW7A 3VQEA 1NK9A 1TK0A 1S9EA 3S3NA 5FRMA 1EKEA 3O3FA 4OPKA 4KHUA 3DLGA 4CK1A 3BDPA 4DSLA 4CJFA 1RT1A 4CECA 1TL1A 4CHNA 3OJUA 3HL8A 4M3TA 2D5RA 4NCBA 4ZHRA 2HHWA 4FJGA 3NH0A 3I8DA 3V9XA 3VQCA 4HUGA 1R0AA 2VWKA 1NKCA 3RMCA 4CJRA 5KRSA 4NCGA 3V9WA 3VQBA 3KD5E 3KD1E 1XC9A 3QLHA 4N5SA 1U45A 4KB0A 4FZYA 1ZBIA 3AA5X 4FZXC 2XY8A 3VQ5A 1BGXT 2WOMA 3MXMA 4Z4GA 3ITHA 3U6FA 4N76A 1NK8A 2G8UA 1EETA 1RTDA 3ZT1A 4FJHA 3S3MA 1TL3A 2HB5A 4HCBA 4FK2A 1B92A 1IG9A 3OY9A 4CEBA 3V9ZA 1BIUA 3AA3A 1WLJA 3QESA 3OYKA 3EY1A 4LSNA 4O4GA 1NJYA 1KCFA 2HMIA 3NGIA 4KB1A 3K5NA 3AVMA 3L2RA 1U04A 4CIGA 3JSMA 2HVIA 2OYQA 2X78A 1XI1A 4H4MA 2XY7A 1SL2A 4BE2A 1ITGA 3OVNA 3HK2A 4O55A 4E1MA 3DRRA 3P5JA 4Z4HA 4CGHA 3PX4A 2NUBA 4CE9A 3KLFA 1LWCA 1VSDA 1WNSA 1BCMA 1C0TA 3KLHA 4E3SA 4W5OA 3V1OA 2BE2A 2IS3A 2YHAA 3QIOA 4F4KA 3F9KA 3V1QA 2JGUA 3OYDA 3MECA 2IDOA 3QEVA 4W5NA 4F2RA 3NE6A 3CM6A 4FCYA 1WAJA 4CIEA 4M3RA 3SUOA 2HNZA 2ITGA 3SQ2A 5J2NA 4OGEA 1X1PA 3P83D 3NF8A 1A5WA 3AA2A 4DSFA 5J1EA 3OYNA 3QEXA 3K5LA 3QNNA 3SUNA 1S9GA 5C24A 1RDDA 1EXQA 3VQDA 4DWIA 5T7BA 4DSIA 4E7HA 3AO4A 4CF8A 1DLOA 4F3OA 1TKTA 2E6MA 3IAYA 3L8BA 2ZD1A 2DFFA 4E0DA 3LWMA 3TANA 2YNIA 4EZ9A 4IDKA 4J2AA 1TGOA 1Q9YA 1IKWA 1XWLA 1J5OA 4O0IA 2HHXA 4DSEA 1HYSA 3MEDA 3LP1A 4Z4IA 4IG0A 5KTQA 5E41A 3ZT3A 2KQ2A 4FM0A 4FJ7A 4DTNA 4FJ9A 4HVJA 3RMDA 4ZTFA 3ZSWA 4CGJA 2OPRA 1I39A 4CJUA 3NH2A 3ALYA 2HHQA 1BI4B 3V81A 3WNGA 1W9HA 3KIOA 4M41A 4C8KA 4CEQA 3HSTB 2VG5A 2Z1IA 1QSLA 2HHVA 1IKYA 4BE0A 4Z4EA 1NOZA 3T3FA 3VQ9A 3D45A 1NKBA 3ZCMA 4CJLA 2PYJA 4DFJA 3AVHA 1A5XA 4EP4A 4J2EA 4GW6A 4B9SA 1VRUA 1XHXA 2YHBA 5FDLA 2IAJA 4KI6A 3M8QA 4RW4A 1WAFA 3NBPA 1QSYA 1D8YA 2G8IA 4CJEA 3L2QA 2ATQA 2F8TA 4CCHA 1BCOA 4FLZA 1C0UA 4CJ3A 1L5UA 2PZSA 1S1XA 3VN5A 4Q0BA 5KRTA 3LPUA 3LP3A 3SQ0A 3SQ1A 3DOKA 4CESA 3SPYA 3UIQA 4K8XA 1HYZA 4GMJB 2IGIA 3AVCA 3D0PA 3SV4A 2P5GA 5DMRA 4KKOA 1HQEA 2YNGA 4FJ8A 2YV0X 2BDPA 2OZSA 1RBTA 2ETJA 2ZQBA 5KI6A 2HHUA 3HPHA 1QS4A 4CJTA 4CEZA 1RBVA 1LW0A 2FBTA 3CM5A 1S1WA 3L3UA 3AO5A 3WNHA 4Z4CA 5HROA 1TKXA 3QEWA 3KKSA 1JL2A 1TV6A 1VSEA 4KI4A 3AVKA 3HP9A 1B9DA 3LALA 3CFOA 1BL3A 3DLHA 4PY5A 3ZSYA 2RKIA 3ZSXA 1LW2A 4CFBA 1UWBA 1TVRA 1VSKA 2EHGA 4B9UA 4OLAA 4KHYA 3C6TA 4I7FA 2XY6A 4LH5A 3AVJA 1NK0A 2OA8A 4B9VA 4JS4A 2KZMA 3U3YA 4ELUA 4B9LA 3K2PA 4JRQA 3VA3A 1VSFA 3E01A 2KW4A 3O3GA 2B4JA 3SI6A 3NGYA 2XRIA 3TAGA 2HNDA 3NHGA 3CG7A 4CFAA 3RR7A 1S5JA 1Y97A 4F8RA 3OYAA 5I42A 5FRNA 3ZSRA 4HUFA 4M3WA 3V9SA 3MXIA 4QOZB 1XHZA 1GOCA 3KLGA 3EYZA 2P1JA 4AHTA 4DTUA 4RW9A 4DMNA 3A2FA 1JLBA 4DU1A 4I9LA 4CGGA 4FLTA 4LD0A 3H08A 5D3GA 4E19A 4C8NA 1RT3A 4O44A 3LANA 4BWMA 1T03A 1RTJA 1BQNA 5FROA 3KK1A 4DTRA 4OJRA 4AHCA 3TAMA 3TI0A 1L3SA 4C8OA 4L8RB 1Q9XA 2YKNA 3K57A 4J2BA 2Y1JA 4JLHA 2FC0A 4CHZA 2F8SA 3OYGA 1EX4A 1VSLA 4E7KA 3OYIA 1TK5A 1NKEA 4BDZA 4B9MA 1HQUA 1EP4A 2D0BA 1KTQA 4PQUA 1S1VA 5HBMA 1RNHA 2ZE2A 3O4NA 3RMBA 4OGCA 4CEFA 4M45A 3NF7A 4DQQA 4DQRA 4FJ5A 3CFPA 1RCHA 2RPIA 3ISNC 4CJPA 2X6NA 3AO3A 4N47A 3DLRA 1G15A 3OS1A 3JYTA 4JRPA 2GUIA 4E7LA 2A1SA 4DFMA 1NK5A 1CXUA 3SCXA 3SYZA 1TKDA 2O4GA 3T19A 4ELVA 1RTHA 4PWDA 4UQGA 4FJKA 1DTQA 3CFRA 4KREA 5SWMA 1W0HA 4BE1A 2HHSA 1ASVA 1NK7A 2G8KA 2FBYA 3KK2A 4AILC 4ZTJA 1SKWA 1ASUA 1QE1A 4DQSA 3KLEA 4DSKA 4FLVA 3MEGA 3NF6A 3LZJA 1Z25A 3QNOA 1BISA 4OVLA 1VSJA 3DRPA 1IKVA 3RRGA 4CHQA 5CYQA 1QTMA 4KO0A 4E89A 3NAEA 4CF2A 4KHWA 1ZBFA 4CJ5A 3SQ4A 4K8ZA 2RF2A 4DTXA 3V9UA 2KFNA 1CLQA 4OKEA 5J2PA 1IO2A 4O5BA 1KVBA 1L3TA 4JS5A 4CF9A 3PY8A 4AHSA 1JKHA 4KHNA 4CERA 3VQ7A 4FLYA 1RT2A 3WNFA 5C42A 1KLMA 3QEIA 2X74A 1KLNA 4B3OA 4N41A 4LSLA 1KSPA 3AV9A 4FJLA 4F3TA 4CEOA 3L2WA 3LP0A 5SZTA 1T8EA 1NJXA 2BANA 2OPQA 1LV5A 1D5AA 3ZSQA 4Z4FA 1J9AA 1C1CA 4FM1A 4CFDA 2I5JA 5HRNA 3HPOA 1KRPA 2PYLA 3AO1A 2B5JA 4RG8A 1YT3A 4O0JA 4FXDA 4KRFA 1C0MA 3C95A 1WSFA 1Z26A 2JLEA 4CHYA 3SV3A 3V4IA 2PY5A 1L3UA 3VQQA 1CZ9A 3PV8A 4B9TA 3AVFA 3V1RA 4CK3A 1RBUA 3B6OA 4CFCA 1CZBA 4MFBA 4W5TA 1X9MA 2XY5A 4DQIA 3L3VA 4FJMA 4CEEA 3SUPA 1VSIA 3MXJA 1BIZA 3I0RA 4CF0A 3TAFA 3VQ6A 4N56A 2B6AA 3ULDA 4FJJA 1QSSA 2D0CA 2OPSA 1MU2A 3HYFA 2DFHA 4BWJA 3OYHA 4KPYA 4CJQA 5EU7A 4PUOA 3NGZA 4DS5A 5HRPA 2DFEA 3DOLA 3LP2A 1X9SA 3OYBA 2W42A 1IH7A 4CK2A 4Z0UA 3M8RA 3FFIA 2HNYA 4OKJA 2HHTA 4HHTA 4IFVA 4FLWA 4ID1A 3ZSOA 4DFPA 4BDYA 5K14A 4DU3A 4LY7A 4FK0A 4FJIA 4DTOA 1BI4A 4DSJA 5JS1A 3LWLA 3RWUA 3HPGA 4KTZA 1LAVA 2EX3A 1NJWA 3IRXA 3TAPA 4G1QA 4DLGA 3HVRA 3ZT4A 3OYFA 3M8SA 2Q3SA 3SNNA 4CHPA 4FK4A 1JL1A 2WONA 3SJJA 3NFAA 3AVLA 3PUFA 3SUQA 1JLEA 2E6LA 2F96A 4LH4A 3VQ4A 4CJWA 1K6YA 2XHBA 4CIFA 5CZ1A 1GOAA 4AHVA 3ZSVA 1RTIA 2G8HA 1ZBHA 2HW3A 3VA0A 3NDKA 5I3UA 3CQ8A 4YFUA 1T05A 1NOYA 1B9FA 4FJNA 1D9DA 1BHLA 4CJ4A 4M3YA 4TSXA 3KKRA 3OYMA 3NCIA 3PX6A 4C8LA 4W5RA 1KVCA 4DS4A 3K58A 4CEAA 2E4LA 4DTSA 4ID5A 1RDAA 3AO2A 3S9HA 3KK3A 4FYDA 3OYLA 3HJFA 4FW2A 3OYJA 4DLEA 2G8VA 3PO4A 3AVAA 1FKOA 1WSHA 3DLEA 1HJRA 1CXQA 1SKSA 4YNQA 3PX0A 2G8WA 3C6UA 1RT7A 1RT4A 4FM2A 1JLCA 4I2PA 1HNIA 3HO1A 3QIPA 5HRSA 2R7YA 1FXXA 3TR8A 3OJSA 1QQCA 1F21A 3KLIA 4HTUA 5HP1A 5C25A 3B6PA 3HM9A 1J54A 1YTAA 2AJQA 1WSIA 3G10A 1FK9A 4OLBA 4M3UA 1WN7A 3K5OA 3S3OA 1WSEA 1SL1A 1UOCA 4AHUA 3THVA 4I9QA 3OYCA 4DTPA 3DM2A 3G0ZA 4NYNA 4EZ6A 1RT5A 4DU4A 2YNHA 4R5PA 1WSJA 3V6DA 1VSHA 1HPZA 1VRTA 1JLFA 4FLXA 3ZT2A 1RDCA 2QKKA 2KTQA 2YNFA 1BQMA 3ZT0A 1N5YA 2Z1HA 3DRSA 4CJSA 4DTMA 4Q5VA 3T1AA 1JLQA 1ZYQA 3DLBA 1S6PA 2D0AA 4E7JA 2OPPA 5J2MA 3KJVA 1JLGA 3KTQA 3RMAA 2QKBA 1UA1A 2HVHA 3LZIA 1D9FA 5KGXA 4BACA 3TARA 4WE1A 1JXBA 1VK0A 4B8AB 4Y1DA 1RILA 2VG7A 4B8CA 1NJZA 4E1NA 3VQPA 3DLKA 1J53A 1C1AA 2P5OA 3AVGA 2G8FA 3QO9A 4NCAA 4QCLA 3AA4A 3RR8A 2P51A 1N6QA 5CYMA 1HMVA 1IKXA 1NK6A 1L3VA 3QEPA 4EP5A 4KV8A 1UA0A 3LPTA 4CJVA 4CHOA 4H8KA 5J2QA 4KFBA 3WNEA 2IOCA 3MEEA 1Q8IA 3LDSA 4FLUA 4HCCA 3ZSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1WBBA 4R79A 4CE9A 1VSDA 3AGRA 5B8HA 2WFBA 3QIOA 3BZCA 3V1QA 4CZFA 2K5SA 4CIEA 3CQXA 3NF8A 3ENOA 2IIRA 2HSTA 5J1EA 4GNIA 3K5LA 3SUNA 1S9GA 2VWBA 4LF4K 3R1XA 5BN8A 2E6MA 1NNEA 2DFFA 3U9DA 2ZF5O 3J80O 2YNIA 2FSNA 4J2AA 3UO3A 1YJNN 3LP1A 1HLUA 4JI8K 3Q7BA 4DTNA 4BY9C 1DGKN 1KAYA 4HVJA 4YOWA 3EE8A 1FZHE 4CGJA 2OPRA 5AQOA 1BI4B 1T3VA 3WNGA 1YJ9N 3TSUA 4CEQA 4BE0A 3CHWA 3T3FA 3CJBA 3OW2M 2JWLA 2P9LB 1A5XA 5FDLA 5LL6Z 4RW4A 2A6AA 1QSYA 1D8YA 2G8IA 1QZ5A 4CJEA 1KC8O 4BRQA 3PIPL 4FLZA 1C0UA 1S3XA 2ZWHA 3U4LA 2PZSA 3VN5A 4XH1A 5KRTA 3LP3A 3SQ0A 1HYZA 4K8XA 4CD3A 4O8UA 3AVCA 4U67L 5H37A 4FWLA 2YV0X 5AQJA 1SZ2A 3WQUA 3HPHA 1ZC6A 1QS4A 4CJTA 1W7AA 5AQYA 4BR9A 1S1WA 3VF6A 3AO5A 4Z4CA 4PHTX 1LDKE 1NU0A 2HD0A 2Q97A 3D2FA 4K42A 3ZX3A 4AM7A 4KI4A 1MHZG 3HP9A 3CFOA 3DLHA 5F0XA 3VEWA 5C0YA 2RKIA 5JLHA 4CFBA 3GOIA 1TVRA 1VSKA 2EHGA 2OA8A 4LC9B 4DR1K 4JS4A 2QI2A 4JRQA 2W41A 5AQIA 2NZTA 4JKBA 2HMPA 3NHGA 4AKIA 3RR7A 3UKRB 5KPZA 1TYQB 3P39A 3WXKA 4QOZB 2YI1A 1GOCA 3MMVA 2P1JA 3H1QA 1WBDA 3A2FA 1JLBA 2BUPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2W6L A;  4NLB A;  2V7Z A;  1VSM A;  3OS2 A;  4FVM A;  1NEX B;  2P1N B;  3CME N;  3OA9 A;  3U8X A;  1Y64 A;  1QQM A;  2P1P B;  1GOB A;  3IS9 A;  1QVG M;  3HP6 A;  1C6V A;  4CI6 A;  3PIO L;  3OS0 A;  3SJH A;  3H1V X;  3O80 A;  3ASM A;  4GV9 A;  4DFK A;  3CF5 L;  2GBZ A;  4CGF A;  1T7P A;  5AQX A;  2E8A A;  3E1Y A;  1QHT A;  3HTV A;  5GIP A;  1YIJ N;  1SL0 A;  3U3G A;  4LFB K;  2GV9 A;  4QND A;  4B9N A;  1ATR A;  4Y1C A;  2QWM A;  1M1K O;  2UXB K;  3CYM A;  1JXE A;  3K5M A;  3MN9 A;  4EHT A;  1VAZ A;  1BWF O;  4JK8 A;  1LWE A;  3CJ9 A;  4JKA A;  1XVG E;  4CED A;  3WXI A;  1YIT N;  3CC2 N;  2P9I A;  5A2Q O;  4PA1 A;  5HOO A;  3SPZ A;  1T6C A;  1FZ6 E;  2Z1G A;  3VQ8 A;  4IG3 A;  5AJ3 K;  1XVC E;  1S1T A;  1P90 A;  4CZH A;  1TAQ A;  1YHQ N;  4FVU A;  1SQK A;  4B3S K;  3KHY A;  4FO0 A;  1DTT A;  3HRG A;  5BR9 A;  3LAK A;  1HNZ K;  3BUZ B;  1JLA A;  1S1U A;  3CER A;  1GLC G;  4IO8 A;  1NM1 A;  1MWK A;  4RW6 A;  3VQE A;  1TK0 A;  4H0X B;  5ADX H;  1EKE A;  3DLG A;  2D0P A;  4DSL A;  4CJF A;  4CEC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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