4FK2A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dg
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk2A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk2A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk2A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk2A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk2A03
4FLXA 2PY5A 3SQ0A 4QOZB 3PO5A 5J2NA 3K58A 1D5AA 5C24A 1WN7A 3OVNA 3NDKA 4J2DA 1FKPA 2YKNA 3CM6A 4CF8A 1W0HA 3OS0A 4AHRA 1A5WA 3OYGA 3OYFA 2D0BA 4CGHA 3HPHA 4HVJA 4KB0A 4Z4HA 3RMAA 3K5OA 5J2QA 4DTSA 3ZT3A 3KJVA 4FLVA 4LSLA 3VQ9A 3U3GA 1CZ9A 1R0AA 3HO1A 4KKOA 3LZJA 4CHOA 4CIEA 2P1JA 3HVRA 1LV5A 4KTQA 1Y97A 4FVMA 3LDSA 3QEPA 3VN5A 3AVKA 3V9XA 4E0DA 4CGIA 5JS1A 3BGRA 4FJKA 1UA1A 3QINA 4RW9A 3CM5A 4B9VA 3DRRA 3NHGA 1CLQA 3HL8A 1C0MA 3HP9A 1QHTA 3DOLA 4KTWA 4E89A 5KGXA 1EP4A 4ZHRA 4CK3A 1SKSA 3QIOA 3S3NA 4FM1A 1C1BA 2QXFA 1K6YA 3O3FA 3AVHA 3NH2A 2I5JA 4RW6A 3A2FA 4E7JA 4DQPA 1RT6A 3KD5E 2OZMA 3AVGA 1D9DA 3TR8A 3VQEA 1DLOA 4GMJB 1NK7A 5E41A 3SQ1A 3IRXA 4C8MA 2IC3A 1U45A 2DFEA 1KSPA 4F2RA 1W9HA 3P83D 4DSEA 4LSNA 4EZ9A 1T03A 4FJ5A 4PA1A 5HRRA 4OLAA 4B08A 1EXQA 1TL3A 2HHVA 3VQ4A 4RG8A 1FKOA 3K5LA 1S1UA 1FXXA 4J2BA 1GOCA 1UOCA 3SPZA 1VSLA 1N6QA 4KREA 1NJXA 3V9UA 1SV5A 1TVRA 3MXJA 3LWLA 3PV8A 3C6UA 3I8DA 4LY7A 3T1AA 3F73A 1TAUA 1WNSA 5FROA 1NOYA 1L3UA 1T7PA 4CF0A 3IS9A 4MQ3A 1Q9YA 2Z1GA 3SCXA 1HJRA 2X6NA 3AA3A 3M8PA 4CF9A 1RBUA 1QSYA 4CEFA 4O0IA 3ULDA 3TWHA 4G1QA 1T8EA 4B8CA 3TABA 3K5NA 1RT7A 3AVLA 3L3VA 3WNEA 2G8HA 3AO1A 4DMNA 4AH9A 4Z4GA 4HCCA 2WONA 1U49A 1U4BA 3EZ5A 1KFSA 3ZT2A 3HPGA 5CYQA 4AHSA 4FK4A 1LAVA 4E19A 4DTRA 1JL2A 1RDBA 3WNHA 1LWEA 3KLGA 2HMIA 4I9QA 4BDYA 3HK2A 2LSNA 2B6AA 3D0PA 3C6TA 2QKKA 1XC9A 4F4KA 4E1NA 3AVAA 4EP5A 1YTAA 1TV6A 4ZTJA 3NH1A 3V9WA 1ZBHA 3QETA 3CYMA 4XIUA 4OKJA 4B9MA 3QEXA 1CXQA 3ZT0A 4CERA 5HRPA 4ICLA 5KTQA 2DTUA 3M8QA 4I7FA 2B4JA 1S1WA 3QLHA 1HRHA 3F9KA 4DSLA 3AA4A 2XO7A 4RW8A 1UA0A 4KHYA 4OKKA 4E7KA 4ELTA 1NKCA 1S5JA 1D9FA 3OYIA 2O4IA 2KZMA 1X1PA 2OPSA 3NGIA 3MXIA 4DLGA 1VSIA 3ZT4A 1RT2A 1L3TA 3OYBA 1C0TA 1LW2A 3K59A 2D5RA 2YNFA 3BDPA 3ZSZA 2IDOA 5C25A 2FBTA 3RRGA 4Z4IA 1YTUA 4B3OA 3TAPA 2RN2A 3MXMA 1IG9A 2X74A 3ALYA 3VQ6A 4FLZA 4NYNA 4DSFA 2EX3A 4IDKA 5KRSA 4R5PA 1WSJA 5JS2A 2HHXA 3NF8A 1S1TA 1RTHA 2D0CA 1Z26A 4CEOA 1WSEA 4DQRA 1B9DA 4C8OA 2X78A 4CHNA 3AA2A 4FJ9A 1BCMA 1VSFA 1WSHA 2F96A 2IOCA 4CFAA 3JYTA 3AVFA 1VRUA 4ELVA 4FLWA 1RILA 3DYAA 4CIFA 3FFIA 4CHQA 4FM0A 2ZE2A 5KRTA 1HPZA 3IG1A 4DQQA 1QSSA 1DTQA 3CQ8A 3IAYA 3AVNA 4CHPA 3T19A 3L8BA 1RBVA 5I3UA 1NK0A 3LZIA 4N47A 3M8SA 1NOZA 4TSXA 3L2VA 3QEWA 2PYLA 3NCIA 1GOAA 1KRPA 2FBYA 1TK5A 4DLEA 1NK4A 3P1GA 4M3TA 1TK0A 3WNFA 1S6PA 3K2PA 4O44A 3QEVA 2HHTA 3ZCMA 3ZT1A 5C42A 1C1CA 4FJLA 2HNZA 3V1QA 5FRMA 1X9WA 4DG1A 1CXUA 2XY7A 4K8ZA 4HHTA 3V81A 3TAQA 2IAJA 1JXEA 4J2EA 1G15A 1NJZA 1YT3A 3VQAA 4JRPA 4CEAA 1SUQA 1WLJA 3VQ8A 2BDPA 3LP1A 3TI0A 4FXDA 4HUGA 3S3OA 5CYMA 4C8KA 2PZSA 4QAGA 3PX0A 3UIQA 4DSJA 4NCBA 4CJKA 3O3HA 4FJMA 1ZBIA 1NK6A 3RTVA 1NJWA 3MAQA 2Q3SA 4M45A 4DU4A 1J5OA 1KFDA 3V9ZA 2KFZA 3SQ2A 1TGOA 4M41A 1XWLA 5HP1A 3CG7A 4EZ6A 4KRFA 2AJQA 4FLYA 2KFNA 4FM2A 3VA0A 3VQ7A 1EETA 1ASVA 1C1AA 3KKRA 3G10A 1C6VA 1MU2A 1RBTA 4W5NA 3SZ2A 1RT5A 3CFOA 3AVIA 3ZSRA 3L3UA 3OYMA 3DI6A 4E7LA 2Y1JA 1WSFA 2W42A 1HQUA 2Y1IA 2G8WA 4PUOA 4FLUA 2XY8A 1A5VA 4ID1A 4FW1A 4MFBA 2G8FA 5HBMA 3OYHA 1VSEA 3NGYA 2E4LA 4M3YA 1ZBLA 4E3SA 5DK5A 5KI6A 3SUNA 4KI4A 4FZXC 4LD0A 1LW0A 4DQSA 3NF6A 1XHZA 2YHAA 1NKEA 2HHSA 4N56A 4JS4A 4HUEA 4PY5A 1BGXT 3ASMA 3L2WA 2BGGA 5HROA 1F21A 4DFMA 3OY9A 2XY6A 4CFDA 5FRNA 3D45A 4IBNA 1VSJA 4F8RA 2FBVA 3AO5A 3O4QA 3LP2A 2G8UA 3VQDA 1BL3A 4RW4A 1KVAA 1Q9XA 3L2UA 3SV4A 5CZ1A 4CEBA 3PX4A 1QTMA 3DLGA 1TAQA 1XHXA 1U48A 4FJ8A 4QCLA 1RNHA 4Y1CA 4KB1A 4CJVA 4LH5A 3OS1A 4GW6A 3SV3A 4I9LA 4M3UA 1U04A 5K14A 4PWDA 4CEZA 2OPQA 4CK2A 5EU7A 3QERA 4NCAA 4FJJA 1BISA 4KV8A 4DTJA 4B9LA 3CFRA 1ZBUA 3OYDA 2O4GA 5CY4A 2RF2A 1JXBA 4BWMA 4FJNA 1BI4A 4Q5VA 2HHUA 3TANA 3O3GA 3L2QA 3DLKA 4H8KA 3KK1A 4F2SA 1L3VA 1ASWA 1JLBA 1JLGA 3AO3A 1NK9A 3KIOA 1UWBA 4DFPA 1C0UA 4M3XA 2ZQBA 3ISNC 4FZYA 5DMRA 4FYDA 4HUFA 2HW3A 3AO4A 1HNVA 4DS5A 3EYZA 3LAMA 2IGIA 3TAMA 4JS5A 1NJYA 2Z1IA 2JLEA 4GVMA 4N41A 4CEEA 1BQNA 4CEQA 3SUQA 3U3YA 2YNHA 3NBPA 2VWKA 4AHCA 4AHVA 3OJSA 3DLEA 2EHGA 4AILC 1QQCA 4KAZA 4AHUA 4KHSA 3VQ5A 4DTNA 4OKEA 4H4OA 3QESA 3KKSA 4DF4A 5T7BA 1RDCA 1Z25A 2ITGA 3LANA 4CF1A 4CIGA 3U6FA 1ASUA 1LAWA 3TAEA 1JLCA 3P5JA 1RTIA 3TAGA 3TAFA 2A1SA 2YNIA 1VSMA 4CESA 3HT3A 1IO2A 1JLFA 2BANA 4CGDA 2HB5A 4OLBA 3ZSYA 2JGUA 4CEDA 4F3OA 2VG7A 1A5XA 2DFFA 2E6MA 1SKWA 4O0JA 3M8RA 5HRSA 4FLTA 1B92A 1SL2A 3AVJA 3B6PA 4DS4A 1IKYA 1BIZA 2XY5A 4WE1A 4OGEA 3SI6A 5SWMA 2R7YA 1NKBA 3HVTA 4M3WA 4NCGA 4CCHA 3SUOA 1QE1A 4KHUA 3S9HA 1U47A 4KO0A 2GV9A 1RBSA 3T3FA 1HYSA 4B9SA 1TKXA 3LAKA 4FJGA 3NFAA 3NF7A 1X9MA 4DQIA 2WOMA 4E7HA 2Z1HA 1RT3A 4BWJA 4FJHA 4CHZA 3VQPA 3OYKA 4L8RB 2KZZA 3OS2A 3TARA 4ZTFA 1RCHA 3DM2A 1KVCA 3PUFA 3HPOA 1SL1A 3QNOA 1SL0A 1HNIA 4N5SA 3KLIA 3QO9A 1KCFA 1EX4A 2G8KA 3ZSQA 3AVCA 1T05A 4Q0BA 4CE9A 1S9EA 2VG5A 2IS3A 4DSKA 4I2QA 1ZYQA 3SQ4A 2A1RA 1TK8A 4KHWA 2HVIA 4CK1A 3KK2A 3DRPA 3ZSXA 4Z4CA 4BE2A 1J53A 1IKXA 4IG3A 3SJJA 2XRIA 4OVLA 4E1MA 3DMJA 4CJSA 2DFHA 4CJ4A 3RRHA 1QS4A 2P51A 4HTUA 3RMCA 3HXMA 3PY8A 1I39A 1TL1A 3ZSVA 3RR7A 4E7IA 4BACA 3RMDA 4DTXA 1RDAA 3SPYA 4FW2A 2P5OA 4CJRA 2F8TA 4BE0A 1L3SA 3RWUA 1IKVA 2QK9A 4RW7A 4DFKA 3SUPA 4CHYA 2ETJA 2GBZA 2KTQA 4EP4A 3DOKA 1NK5A 3KD1E 2BE2A 2HHWA 2KW4A 3B6OA 2ATQA 3V4IA 4DWIA 2QKBA 3NH0A 3V1RA 4CJWA 1FK9A 4FCYA 4C8LA 3LPTA 3OYNA 4CFCA 4DU3A 4KI6A 4B9NA 1ZBFA 2RPIA 4CJ3A 1JLQA 3C95A 3OYCA 2FBXA 4KTZA 2HVHA 3LPUA 2DY4A 4H4MA 3QNNA 4JRQA 4K8XA 1KVBA 2YNGA 1DTTA 2YKMA 3LP3A 3VQBA 1S9GA 3RR8A 4CJUA 2VG6A 4FJ7A 4UQGA 3G0ZA 5I42A 1JLAA 1VSDA 1RTJA 1VSHA 1LWCA 4W5QA 1UAXA 2YHBA 1RTDA 1KTQA 2OA8A 4I2PA 3QEIA 1J9AA 3OJUA 4BDPA 1WSGA 4LH4A 1XI1A 4M3ZA 4KHNA 1BI4B 2GUIA 2HNYA 4OJRA 1HYVA 4J2AA 1BCOA 2NUBA 3THVA 1X9SA 4DTUA 3ZSOA 1CZBA 4DTPA 4W5RA 1RT1A 3WNGA 4M42A 1WAJA 3L2RA 3O4NA 3ZSWA 4B9TA 2D0AA 3HJFA 3HM9A 2G8IA 4B8AB 4BDZA 4CGJA 1BIUA 3S3MA 3K5MA 1JLEA 1EKEA 4FK0A 1RT4A 1WAFA 4F3TA 1WSIA 3MEGA 3LP0A 4M3RA 3AA5X 2X6SA 1IH7A 3LWMA 1S1XA 2G8VA 1REVA 2Z1JA 4DTMA 4OPKA 3SYZA 3PX6A 4PQUA 4CF2A 2PYJA 3V9SA 5D3GA 3KTQA 1S6QA 3DLRA 4C8NA 2XHBA 2RKIA 3JSMA 1LWFA 3H08A 4B9UA 1HMVA 3I0RA 4N76A 2OPPA 4OGCA 4CJFA 3SNNA 2HNDA 4IFYA 4Z4FA 3LALA 1D8YA 4ELUA 1TKDA 4CGGA 3NE6A 2ZD1A 1TKZA 3NF9A 3V1OA 3OYJA 3V6DA 3E01A 5CZ2A 4KHQA 3OYLA 4W5TA 3HSTB 3NAEA 1KLNA 3HP6A 2OYQA 1GOBA 3C94A 3HYFA 4Y1DA 3VQCA 4OPJA 5KGWA 4O55A 4YFUA 4DF8A 3AO2A 4NYFA 3DLBA 1SKRA 3K57A 3EY1A 4CJPA 4CJTA 1B9FA 5HRNA 3ITHA 4W5OA 4IKFA 4KPYA 1O1WA 1VK0A 5SZTA 2VWJA 1NK8A 4ID5A 4DSIA 5J2MA 1VRTA 4YNQA 4Z0UA 4CFBA 3KK3A 4DFJA 4FZZA 3KLHA 3KLEA 3MEEA 2P5GA 1KLMA 3QIPA 5HLFA 1S1VA 4FJXA 3AV9A 3AVMA 3CFPA 1HQEA 3VA3A 3MEDA 1IKWA 1VSKA 3AVBA 2FC0A 1N5YA 4CECA 2HHQA 4CJQA 2OZSA 4O4GA 4CJLA 5J1EA 1BQMA 1ITGA 1TKTA 3I0SA 4IFVA 4AHTA 3DRSA 3KLFA 1L5UA 2B5JA 2YV0X 5J2PA 3PO4A 4HCBA 4CGFA 4FK2A 4DTOA 3DLHA 2KQ2A 3OYAA 5FDLA 4FJIA 1I3AA 4IG0A 1YVUA 1RDDA 2E6LA 2OPRA 2F8SA 3VQQA 4JLHA 3MECA 1BHLA 1JL1A 1HYZA 4O5BA 4Z4EA 1J54A 4KFBA 3OYEA 4BE1A 1QSLA 4CJEA 3RMBA 1Q8IA 4CJ5A 1JKHA 4DU1A 1RBRA 3NGZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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