4FK2A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dg
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk2A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk2A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk2A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk2A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk2A03
4I9LA 3LP0A 5JS2A 4CJPA 2FBVA 5T7BA 1D9DA 4EZ6A 3NH2A 1K6YA 3PX0A 1WLJA 1HJRA 3DLRA 3L8BA 4C8MA 4CHZA 1J9AA 3KIOA 1UAXA 4Y1CA 2HNYA 1IG9A 5I3UA 2OPQA 4FJHA 1X1PA 4JRQA 3AO4A 4WE1A 4DLGA 4BDZA 4FW2A 1HPZA 4IG3A 3D45A 4XIUA 1UA1A 4BDPA 3V1OA 4FZZA 2WOMA 3MAQA 1YVUA 4KI6A 4DTPA 3SQ2A 3TABA 1VSIA 4PWDA 5DK5A 1RT4A 1TGOA 2VWKA 1CXUA 1KLMA 1JXEA 2XRIA 3KLIA 4CHYA 3SZ2A 4ELTA 2XY8A 1RBTA 3K59A 5J2QA 4KAZA 4B08A 1L5UA 1QS4A 2ZD1A 4MFBA 1TVRA 2YNFA 3RR7A 3HSTB 4CHPA 1F21A 3QLHA 4CFCA 1VSLA 1IKVA 5DMRA 1RTHA 4N5SA 4Z4IA 1VRTA 4E89A 3V4IA 3ALYA 2YKNA 3MEEA 4QCLA 1RTIA 3TAQA 3WNFA 4W5NA 1HNIA 3ULDA 4FJIA 3HPHA 2IOCA 3HPOA 4FCYA 4E1MA 2RF2A 2YKMA 3ZSWA 3L2WA 3HO1A 4ICLA 3ZT0A 3SQ0A 1L3SA 1RBSA 4OGCA 2AJQA 4DSFA 2E6MA 3QESA 5FRMA 3HL8A 3V9ZA 1ZBIA 3CM6A 1FKPA 4KKOA 2F8TA 3HT3A 1NJXA 1RT3A 4L8RB 3MXMA 3NGYA 1VSEA 4N56A 5HRPA 1DTTA 1JLFA 3ZSVA 4W5RA 1TK8A 3QEXA 3ZSZA 1LWEA 3DM2A 2KFZA 3SQ1A 4CHOA 1XHXA 4J2BA 2ZE2A 4DF4A 2PZSA 4M41A 4KHYA 3SI6A 1D9FA 3AVIA 2OZMA 1BL3A 1YT3A 3HVTA 4CJKA 4LH4A 3F73A 1S6QA 4RG8A 1VSDA 1XWLA 5K14A 3MXIA 1FXXA 4E7KA 1HRHA 3VQCA 3KD5E 3TI0A 4FJKA 4LSNA 2P51A 5JS1A 3HPGA 3VQ7A 1QSYA 4W5OA 2DFHA 3LP3A 4AH9A 3BGRA 4E7LA 1N6QA 3LDSA 4KPYA 1NK6A 4CEFA 2HHVA 4CJUA 3S3MA 4CHNA 3HXMA 2I5JA 3TARA 4M3RA 4DTOA 4CJ3A 4DU3A 3OYGA 1SV5A 4K8XA 4GW6A 2D0BA 4BE0A 5SWMA 4FJ5A 1NKEA 2G8KA 3ZSRA 3VQAA 3CM5A 4B8AB 3QIOA 1WN7A 3VQ6A 3A2FA 3AO5A 4CJRA 3KJVA 3RMCA 1HQEA 2IAJA 3AVCA 1GOBA 3U6FA 1Z26A 1ZBHA 1Y97A 1LAVA 3OJSA 1T8EA 1L3VA 2YHAA 3SNNA 1BIUA 4DU1A 2F96A 4NCGA 3L2QA 3S3NA 4HUEA 3I0RA 1X9WA 1U47A 4DMNA 4YFUA 4JRPA 4FK2A 1ZBFA 3RTVA 1TK5A 4UQGA 2HMIA 2DTUA 3OYIA 1QTMA 4CGJA 1J5OA 4CF1A 1TV6A 3ZSYA 4FLVA 3V1QA 1KVBA 3DLBA 4RW4A 1KRPA 4IG0A 2PYJA 2F8SA 4DFMA 3PO4A 1CZ9A 3LAMA 3ZT2A 5SZTA 3HM9A 1C1AA 3AVGA 3DRSA 3VQPA 4DFKA 2HB5A 3AVKA 4CGIA 3OYKA 3CQ8A 4CCHA 3PO5A 3L3UA 3V9WA 4JS4A 5CZ2A 4ZHRA 3ASMA 4CGGA 2XY7A 1C0UA 3T3FA 1R0AA 1A5XA 3VQ8A 1S1TA 1NK4A 4B9TA 3OS0A 1MU2A 4RW6A 4M3WA 4NYFA 3LALA 3LZIA 3AA3A 3ZT1A 3MEGA 1BQNA 4O44A 3EZ5A 1JLCA 3V9UA 3VA0A 1BIZA 2P1JA 3NH0A 1UOCA 2VG6A 2Z1HA 1KSPA 2Y1IA 3DLGA 2OPRA 3SUPA 2VG5A 2GBZA 4DTSA 3SUOA 3QINA 3TAPA 4IBNA 4HHTA 5C24A 2D0CA 1NKCA 1HYVA 4I2QA 4TSXA 1RDBA 4KHQA 5FROA 4KB0A 2BGGA 3NF9A 4EP5A 1RDAA 1O1WA 3ITHA 4DTUA 3K5NA 3QEIA 1IKXA 4W5TA 1NOZA 1RBRA 1JKHA 3OYLA 3KTQA 3O4NA 1HYZA 3I8DA 3VQ4A 3L3VA 4F2SA 3G10A 3ZT3A 1CXQA 4CIFA 1BI4A 4AILC 3SUQA 4I9QA 1Z25A 3K58A 2NUBA 3PUFA 3OYMA 4DQSA 3JYTA 3V9SA 4IFYA 5HRRA 5HRSA 1RDDA 4O5BA 1U49A 3OYFA 1WSJA 3F9KA 1WSEA 4OKJA 4BWMA 2OYQA 4CGHA 1W9HA 1JL2A 4FJXA 3U3GA 4DSIA 3QEWA 3NAEA 1C0MA 3AVLA 2R7YA 4DF8A 1LW0A 2LSNA 1TL1A 5KGXA 2ATQA 3AVBA 3NBPA 4H4OA 4CJ5A 2PY5A 4FLWA 2E4LA 1NKBA 2ITGA 3O3GA 4O4GA 4DU4A 1VSKA 4RW9A 3OYBA 3AA4A 4E1NA 3NHGA 1RBVA 3SQ4A 1WNSA 4J2AA 2GV9A 1NOYA 1S1VA 2Z1JA 3AVAA 4B9LA 1J54A 1T03A 2Q3SA 4I2PA 3SYZA 1FK9A 1TKDA 1EXQA 4AHCA 1S6PA 4HCBA 3HP9A 4K8ZA 3RMDA 3EYZA 1SKRA 4DTNA 1TAUA 1JLGA 1T7PA 4M42A 4NCAA 3DLHA 3QEVA 3B6PA 4OLAA 1JXBA 3AA2A 3AO2A 1JLAA 1LWCA 1WAFA 4GMJB 3K5MA 2G8IA 4RW8A 2FC0A 2XY6A 3DYAA 4F3TA 1KTQA 3ISNC 4FW1A 2HVIA 2A1RA 4FLTA 1LAWA 4PY5A 3DLEA 4B9UA 4O0JA 1NK8A 1LWFA 1RDCA 1S1XA 3CFRA 4FJLA 3OS1A 3SV3A 4NYNA 1ASWA 3B6OA 2DFEA 1SL1A 2EX3A 1SUQA 4FJJA 1VRUA 4M3TA 2B4JA 3FFIA 3K2PA 3M8PA 3K57A 3IAYA 3S3OA 2BDPA 5CYQA 4H8KA 4O55A 3M8QA 4CERA 4HCCA 1J53A 2HHXA 3QETA 4OLBA 3UIQA 3IS9A 3NCIA 2P5GA 2YNIA 1NJWA 2D0AA 3AVFA 2XY5A 1D8YA 3JSMA 4IDKA 1YTUA 2KFNA 1I39A 1RTDA 4E19A 4OGEA 4CEOA 4DSJA 2QK9A 1KCFA 4G1QA 4B9NA 1KVAA 2OPSA 1EX4A 3MXJA 4CF2A 1S1WA 3CG7A 1B9FA 3C94A 1ZYQA 5HLFA 4AHTA 3ZCMA 2O4IA 1NJZA 4HVJA 3PX4A 2IS3A 4CFAA 3O4QA 1X9MA 3AV9A 4FLZA 3NE6A 4I7FA 2Z1GA 4PA1A 1TKZA 1NK0A 2HNDA 4CESA 4J2EA 4CECA 4CJFA 3OYNA 4C8NA 4E7IA 4CF8A 1RTJA 5HRNA 1HYSA 3VQEA 2FBXA 2X6SA 4B8CA 3NF7A 4AHSA 3LP1A 2ETJA 1VSJA 4M3ZA 3RMAA 3CFOA 2D5RA 3EY1A 1GOAA 3O3FA 4FZXC 3SCXA 4M3YA 2Z1IA 4LD0A 3KLEA 5KGWA 1X9SA 1EKEA 1HMVA 1B92A 1WAJA 4KREA 4CFDA 4OPJA 5D3GA 1GOCA 1NK9A 1RILA 4CK2A 4Q0BA 4FK0A 3WNHA 3RMBA 4CEAA 3S9HA 3VA3A 2HNZA 1KFDA 2FBTA 4CK3A 5E41A 1VSHA 2HW3A 1ZBUA 3QNOA 4MQ3A 4O0IA 4KHUA 4DQQA 4KRFA 4R5PA 2B6AA 2RKIA 3DOKA 4DS5A 2HHSA 1Q9XA 3VQ9A 3SPZA 4DQIA 1S5JA 2JLEA 4IFVA 3K5LA 1L3UA 4N41A 4ELUA 1QE1A 5KTQA 3MEDA 3OY9A 4E7HA 2G8HA 4CE9A 2YHBA 2VG7A 3IRXA 3ZSOA 2QKBA 1IKWA 2HVHA 4ID1A 1C0TA 2YNHA 5J2MA 1NJYA 4FJMA 4DTJA 2XHBA 2IGIA 4OKEA 3TR8A 1NK7A 3V9XA 3BDPA 4DWIA 4FJ8A 4CHQA 4B3OA 4KTZA 1S9EA 4FK4A 3KKSA 2YNGA 5C25A 4DTMA 2BE2A 3OYAA 2QXFA 2G8FA 4F2RA 2KW4A 4CFBA 3TAGA 4F8RA 5J2PA 5J1EA 4Z4FA 1XC9A 3KKRA 1Q9YA 4AHRA 1KVCA 5KRSA 2GUIA 3C6TA 4N47A 5C42A 5KRTA 4PQUA 5J2NA 3SPYA 4J2DA 3O3HA 1XHZA 2X6NA 4M3XA 3DRPA 3QO9A 3NDKA 4CJ4A 3OYJA 3RRHA 1TK0A 1W0HA 3IG1A 3KLFA 5HBMA 2X74A 4CJQA 4FXDA 3HP6A 1S1UA 2DFFA 4KTWA 4B9VA 1YTAA 4Y1DA 4CF9A 3TAMA 4H4MA 3KLGA 5CZ1A 4JLHA 4OJRA 4Z4HA 2QKKA 3LPTA 4CF0A 1RT1A 4CIGA 4B9MA 1TAQA 4DQRA 4NCBA 1VSMA 3K5OA 4CJWA 1T05A 4AHVA 1BGXT 1U45A 1HQUA 1U4BA 3CFPA 4KHNA 4GVMA 4CGFA 4KTQA 4E7JA 4LH5A 4FM0A 4CEQA 3TAEA 4B9SA 1BQMA 2KZMA 3QNNA 1N5YA 3NF8A 3HK2A 4KB1A 1RT6A 2VWJA 4FJGA 2IDOA 4CJLA 4RW7A 3PY8A 3AA5X 4ZTJA 1JLEA 2KZZA 2KTQA 1BI4B 2A1SA 3E01A 1REVA 3LP2A 3MECA 4CEZA 3AVNA 1SKSA 4FZYA 1IKYA 1A5WA 1BCOA 3SJJA 3V1RA 4CIEA 1B9DA 1RNHA 3HYFA 5CYMA 3CYMA 3TAFA 2E6LA 1DTQA 1BISA 1SKWA 4Z4GA 3C95A 1SL0A 4DSKA 1UA0A 2G8WA 3LWMA 1U48A 4DSLA 4PUOA 4W5QA 3HJFA 3LAKA 2W42A 1QHTA 4CEBA 4Q5VA 4HTUA 2HHWA 3RWUA 3AO1A 3SUNA 3KK1A 4BWJA 3P5JA 4FJ7A 4FLUA 3AVHA 4HUFA 4OKKA 2P5OA 1CZBA 4KHWA 1C6VA 4AHUA 4FM1A 2OA8A 1TKTA 1KLNA 3OYHA 4C8LA 1IO2A 4KO0A 3NGZA 2DY4A 4CEDA 3G0ZA 4OPKA 3ZSQA 1TKXA 2HHQA 2O4GA 4KFBA 2RPIA 4E3SA 2PYLA 3OYCA 4CK1A 3AVJA 3TANA 4CJVA 4KI4A 1WSGA 2X78A 3C6UA 4CJSA 2OPPA 1ITGA 1Q8IA 1L3TA 3P1GA 4DSEA 4EZ9A 3QERA 3L2RA 4DFPA 4FJNA 3L2VA 1EETA 4FLYA 4EP4A 4JS5A 2G8VA 4CJEA 1G15A 3THVA 3AVMA 2ZQBA 1VK0A 1QQCA 3LPUA 1ZBLA 1VSFA 3NH1A 3P83D 3QEPA 4CEEA 4M3UA 1HNVA 4KV8A 4LSLA 3VQ5A 3DOLA 4BDYA 5EU7A 5HP1A 3WNEA 4DS4A 4M45A 1QSSA 3KD1E 4F3OA 1WSHA 4CGDA 4CJTA 3VN5A 3PV8A 3T19A 3QIPA 2HHUA 1LV5A 3OYEA 3KK2A 1UWBA 2IC3A 4F4KA 1JLBA 2EHGA 4LY7A 3U3YA 4QOZB 3T1AA 1S9GA 4Z4CA 4Z4EA 4FJ9A 4DTXA 2B5JA 4YNQA 1QSLA 4QAGA 5FDLA 5KI6A 2Y1JA 1BCMA 1SL2A 3LANA 3OVNA 1XI1A 4FLXA 3LWLA 4E0DA 4Z0UA 4HUGA 2WONA 5I42A 2HHTA 1U04A 4C8KA 4IKFA 4FVMA 3VQDA 1ASUA 3WNGA 3NGIA 1EP4A 1D5AA 1C1BA 4OVLA 3OYDA 2G8UA 5FRNA 3RRGA 2JGUA 3SV4A 1A5VA 4C8OA 3NF6A 1IH7A 1RT2A 3V6DA 4ELVA 4DLEA 3L2UA 4FM2A 3V81A 4N76A 1CLQA 2BANA 1RCHA 3DRRA 4ZTFA 3I0SA 1RT7A 3D0PA 3TWHA 4DTRA 1WSFA 3RR8A 3PX6A 2YV0X 1DLOA 1ASVA 3KLHA 2KQ2A 2XO7A 1NK5A 3VQBA 1FKOA 1LW2A 3HVRA 3M8RA 1I3AA 1JL1A 4BE2A 4DFJA 4KHSA 2OZSA 1WSIA 3M8SA 1KFSA 1TL3A 3ZT4A 3DMJA 3DLKA 3H08A 3OJUA 3KK3A 1BHLA 1JLQA 2RN2A 3ZSXA 3OS2A 4BE1A 3NFAA 5HROA 3LZJA 3AO3A 4DG1A 2FBYA 3DI6A 4ID5A 4DQPA 4BACA 3VQQA 1RT5A 4FYDA 1C1CA 5CY4A 1RBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3K2OA 3CQ8A 2OVRB 1GLBG 3ASMA 1A5XA 5TKYA 3VQ8A 3OS0A 4RW6A 4AM6A 4NYFA 2ZJQL 3AA3A 2F9TA 1IJJA 1BQNA 3MEGA 3I56N 1JLCA 1HJOA 3HRGA 3GOIA 2VJ5A 2KKZA 2Z1HA 3F9MA 2VG5A 2P9SA 3SUOA 3SBGA 1NGJA 3UKRA 3LDQA 2D0CA 2V7YA 4I2QA 4TSXA 1T6CA 4KHQA 1NWKA 1IKXA 3SMPA 3OYLA 3CI5A 3O4NA 3I8DA 1XNQK 1CXQA 1JCEA 2P9KB 4AILC 3SUQA 1Z25A 5BN8A 1NLVA 1FW6A 3THYA 4FWKA 5BPNA 4IFYA 5HRRA 3JXUA 2Q31A 1WSJA 4GV9A 4FOEA 1JW2A 2HBMA 3CIPA 5AQVA 2OYQA 2YHYA 4CGHA 4YOXA 3U3GA 5AFUA 4DF8A 4DV0K 1TL1A 4KH4A 1RDWX 4H4OA 2PY5A 4JKDA 2WC9A 2VGNA 2ITGA 3O3GA 4BRQA 3AA4A 1FZ1E 4E1NA 3NHGA 2GV9A 2I7NA 2Q3SA 4DKWA 4XH1A 4HCBA 4AHCA 1S6PA 1TAUA 2BH1A 1T7PA 4NCAA 2QM1A 3B6PA 1JXBA 4CBUA 1OVQA 2WUSA 4B1XB 2XY6A 1KTQA 3ISNC 2A1RA 4PY5A 4B9UA 4O0JA 4ADOA 1ZC6A 1NK8A 3DXMA 3SV3A 3EN9A 1SL1A 1SUQA 4NLBA 1K73O 4M3TA 3F5TA 3M8PA 2BDPA 5CYQA 4O55A 3VEWA 3IS9A 3AVFA 3ENBA 4BRMA 4IDKA 5GIPA 4E19A 2QK9A 4CEOA 4G1QA 2FYOA 2O8CA 1NMNA 4B9NA 4BRHA 3CG7A 4MLHA 4IEIA 4H5VA 4HVJA 3E66A 4JKFA 3VF2A 4K25A 3AV9A 1X9MA 4I7FA 2Z1GA 1TKZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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