4FK2A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dg
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk2A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk2A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk2A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk2A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk2A03
1KVCA 1JKHA 3ZT3A 1I39A 1ZBIA 4M45A 1HYZA 1VSIA 2KQ2A 2VG6A 3LANA 3OYDA 4Z4CA 5DK5A 4FZZA 3QERA 3VQ6A 1RBTA 2WOMA 4LY7A 3AVLA 3B6PA 4N5SA 4KTQA 1BQMA 4OKKA 4DMNA 3K5NA 1KFSA 4DSKA 3AA3A 2E6MA 3RRGA 4E1NA 1A5VA 1GOCA 2GUIA 3TAQA 1W0HA 3AO3A 4J2EA 1SL2A 2HVHA 1JLGA 3OVNA 2VWJA 5FROA 2XY5A 4CK2A 3K5OA 4ID5A 2YHAA 1WSFA 1YT3A 3C6TA 3K2PA 1EETA 3QIPA 3RRHA 2XHBA 1RTIA 2QXFA 1NJXA 4FJIA 4OPJA 3NHGA 1UOCA 3PX6A 1JLFA 4CF9A 1G15A 1S1TA 4B9TA 3LAMA 1WAJA 3KLHA 4FYDA 1ZBUA 4DU1A 3THVA 3L3VA 4DTMA 3CFOA 3SCXA 3A2FA 1TAQA 1VRTA 3H08A 2OZMA 4CEZA 1J53A 4B3OA 4FJ5A 2EX3A 4HHTA 3IRXA 1LWEA 4DSEA 4ZTJA 1WSHA 1BI4A 4KB1A 2P5GA 1BIZA 3SV3A 1WLJA 4KKOA 2P1JA 1TK0A 4N76A 4DLGA 3NGIA 1VSLA 3AA5X 3ZSYA 1IH7A 2OPSA 3VQ7A 1XI1A 3TI0A 4B9VA 3HO1A 1IKWA 3JSMA 2P5OA 2YNHA 4CJFA 4E3SA 3VQPA 4BE2A 1TKDA 2HMIA 2XY6A 3HXMA 4KPYA 3DM2A 1RDCA 3T19A 1X9MA 3AVGA 4GVMA 4ELVA 3S9HA 3RMBA 4DTRA 4IBNA 4BDYA 3V9SA 4DU4A 4I2PA 1B9FA 4H4OA 3RR8A 2A1RA 2DY4A 1S1VA 4DQIA 1NK7A 4Z4FA 3OS2A 2IC3A 4M3RA 3HL8A 1U49A 1XWLA 1RBRA 3IG1A 3KJVA 4CGIA 4E89A 1L3UA 4B9UA 2HVIA 4YNQA 1HYVA 1VSEA 3AVFA 4TSXA 1LWCA 4FZYA 4C8LA 4CJEA 1X9WA 1T7PA 4KHUA 3TR8A 3HVRA 1GOAA 1FKPA 2KFZA 3UIQA 1ASWA 1RT5A 2YKNA 3VQAA 4CJPA 1KRPA 1Q9XA 1RTHA 2E4LA 5K14A 1GOBA 4CE9A 4CJLA 3HSTB 3HT3A 4IG0A 1X1PA 4CFAA 4FJHA 4EP5A 2DFFA 4DTPA 1BI4B 3V6DA 4CGGA 1NK5A 2D0AA 4FJJA 3OYHA 4DQPA 3HJFA 3SUQA 3VA3A 3RTVA 4LH5A 4KHSA 2BGGA 3U3YA 3ZSZA 2OA8A 1L3TA 1SV5A 3KTQA 2YNGA 5E41A 3QEXA 4JRPA 4FK0A 4KTWA 5KTQA 4DQQA 3V1RA 4Z4IA 1IO2A 3V9XA 4YFUA 1HQUA 2KZMA 4NYNA 1TK8A 2IS3A 3DRRA 2HB5A 3O4NA 3SYZA 4KI4A 3EY1A 2RKIA 1IKYA 2G8HA 4C8KA 3SQ4A 1IKVA 3HPGA 4F3OA 2Y1IA 1QSLA 4I2QA 4QCLA 4DTJA 4LSLA 3VQQA 4DF8A 2X78A 3V9UA 1KLNA 1B9DA 4KRFA 2GBZA 1C0TA 1U04A 3LAKA 2D0CA 4W5TA 1SL0A 4F3TA 3SNNA 3D45A 1L5UA 3CQ8A 1LW0A 4CERA 3SQ0A 2Z1IA 3OS1A 4Z4GA 3NH1A 3OYFA 4CEAA 3O3HA 3SQ2A 5HBMA 3CM5A 4KHYA 1X9SA 1RDAA 1FKOA 1RT2A 1RT3A 1L3SA 3OYCA 1NKCA 2WONA 3TAEA 4CHQA 1XHZA 3M8QA 4M3TA 4CGFA 4FW2A 5C24A 1N5YA 2HHWA 4FJ8A 5T7BA 4J2BA 1RT4A 3AVHA 1LWFA 4RW8A 5HP1A 4NCAA 2YV0X 3AVIA 1QQCA 4FW1A 4OPKA 3QEPA 4I9QA 4CIGA 3NGZA 3OYIA 4DLEA 2YHBA 4E7KA 2PZSA 2OPRA 5KGXA 4BDPA 1S9EA 4CEOA 1RT6A 3OJUA 4FCYA 3PO5A 3KKRA 1BCMA 3VQ4A 1WN7A 4FLZA 3AO5A 4CESA 3DI6A 4BE0A 4OGEA 5I3UA 1YTAA 4W5NA 4NCGA 1EXQA 4CHOA 4CHNA 2QKBA 1EX4A 3C95A 2GV9A 2X6SA 3SUNA 3AVAA 3O3GA 4Q0BA 3LALA 5CYQA 4W5RA 2IOCA 4CECA 1NK9A 4PY5A 1JLQA 3MXJA 3V9WA 4CJKA 3HM9A 3HYFA 1SKSA 3L2RA 1YTUA 1D9FA 1CXUA 4DQSA 2RPIA 2HHVA 1C1BA 3OYBA 4CF8A 3NE6A 3NCIA 3QEWA 4E19A 3PUFA 3K58A 2YNFA 3DRSA 4E7HA 3V4IA 4OGCA 3M8PA 4EZ9A 3LZJA 4CFCA 1C1CA 3IS9A 4K8XA 1RTJA 2B5JA 4KREA 4C8NA 5HRRA 1TKZA 4CEQA 3CFRA 1L3VA 2XRIA 3QEVA 3WNHA 5CY4A 1LAWA 4W5OA 3HPOA 3ZSQA 1XC9A 1SKRA 1JLCA 1TL1A 4KHNA 2XY8A 4AHVA 3F9KA 4CHZA 3O3FA 1TVRA 5J2QA 2XY7A 4DG1A 4JS5A 1SKWA 2ZE2A 2E6LA 1HMVA 3NF8A 4CK1A 3I0RA 3KKSA 4CIEA 5SZTA 3OYEA 3ZSRA 3V9ZA 3TABA 1RT7A 3U6FA 2HW3A 2B6AA 4K8ZA 2P51A 4CEFA 1NK8A 3VQEA 2ATQA 1J54A 3ASMA 1SL1A 4LH4A 3QETA 4PQUA 3L2UA 4ZHRA 1LW2A 3AVMA 1K6YA 1T03A 4CJUA 4BACA 4M3XA 3TAMA 4IG3A 1RBUA 1C6VA 2FBYA 4BWJA 3L2WA 1LV5A 1D9DA 3AA4A 5SWMA 3NDKA 1S5JA 4BE1A 1WSIA 3SPYA 1U47A 1RDDA 2FBTA 3ZT4A 4E1MA 4M3UA 1HPZA 1RBSA 2IAJA 4JS4A 4FZXC 4H4MA 3AV9A 4CJTA 4AHTA 4CF2A 1QSYA 4KTZA 4DSJA 4CJ3A 4DTNA 3AVNA 4FLWA 3ISNC 3LWLA 1ZYQA 3OYGA 3EZ5A 5C42A 1S1WA 1TKTA 3RR7A 2KFNA 1IKXA 3OY9A 3OJSA 2Y1JA 1BL3A 4MQ3A 1HQEA 1C1AA 4FJMA 2FC0A 3VQDA 4GW6A 5DMRA 4OKEA 4O55A 4DF4A 3VQ5A 1J5OA 1VSMA 4CJ5A 1ASUA 1RTDA 4W5QA 4ELUA 4FLXA 1NKEA 1HRHA 3QINA 4CFBA 1VK0A 1QTMA 1DTQA 4FJGA 3CFPA 1QHTA 1JXEA 4G1QA 4O4GA 2G8KA 4DWIA 3HP9A 3NH0A 2Z1GA 3HK2A 2D5RA 2IGIA 3AA2A 4CEDA 5KRTA 2I5JA 3MAQA 3TANA 1UA0A 3TWHA 1TAUA 1JLEA 5I42A 1QSSA 3OYKA 4DSFA 3ZSXA 1RILA 4Z4HA 2G8WA 3NFAA 4IFVA 1U45A 5C25A 2HHQA 4FVMA 3ZSVA 1B92A 3QLHA 4O5BA 4PA1A 1WSJA 4RW6A 3PO4A 4B9LA 2Z1HA 1TGOA 1FK9A 3L2VA 2G8IA 3S3MA 3ZCMA 3D0PA 4CF1A 5FDLA 3TAGA 2OYQA 4KI6A 4FM1A 2XO7A 3QIOA 1S6PA 2ZQBA 4CJVA 4H8KA 3RMCA 4KFBA 2G8FA 4CEEA 3ZSWA 1JL2A 2Z1JA 1JLBA 2DFEA 5HLFA 3MXIA 2OZSA 3KLIA 1DLOA 4ID1A 4CK3A 4CCHA 1CLQA 4FK4A 3QEIA 4CGJA 4BDZA 1CXQA 3MECA 4CGDA 1N6QA 3T1AA 1A5WA 4RW7A 2HHSA 2PY5A 3O4QA 1KCFA 2D0BA 4B8AB 4C8MA 4FXDA 3M8SA 1SUQA 4LSNA 4RW9A 3NF6A 2ITGA 1Q9YA 1BGXT 1HJRA 1S6QA 1ASVA 1RCHA 1VSJA 3ZT2A 5HRNA 1NOYA 4E7JA 4E7IA 4F8RA 3LPUA 4FJ7A 1QS4A 3NF7A 1S9GA 2VG7A 3VQCA 2O4IA 4DFPA 2DFHA 4M3YA 1ITGA 2JGUA 1MU2A 1RDBA 1UWBA 4F2SA 3QNOA 2HHTA 2PYJA 2A1SA 4DFMA 3ZT0A 4RG8A 4CJWA 1KVBA 3WNFA 3AVKA 4J2AA 1NJWA 5FRMA 1RBVA 5KI6A 4C8OA 1HYSA 2AJQA 4Y1CA 1CZBA 2KW4A 2Q3SA 3KK3A 5D3GA 1WAFA 4FK2A 2VG5A 2HNZA 2X74A 5J1EA 3OS0A 1ZBHA 2BE2A 3DRPA 3I8DA 3L8BA 4ICLA 3KLEA 3CG7A 3QNNA 4OVLA 3VA0A 1KSPA 3MEEA 1JLAA 1S1XA 1ZBFA 4Z4EA 1Z25A 3RWUA 4OKJA 2KZZA 1REVA 3C94A 2ZD1A 4JRQA 5FRNA 4O44A 4M41A 4ZTFA 3KK2A 3CYMA 4IDKA 4HTUA 5J2NA 1YVUA 2G8UA 3WNGA 3DYAA 4L8RB 2JLEA 1EP4A 4AILC 3QO9A 2QKKA 3DLEA 3PX0A 4HUEA 3DMJA 4N56A 1NJYA 3HPHA 3VQBA 2HHXA 2VWKA 4DU3A 3MXMA 1Z26A 3LPTA 3ZSOA 1I3AA 4AHSA 1TK5A 2HHUA 4NYFA 4FJKA 4M3WA 4DTXA 1VSFA 2X6NA 3P83D 1WSGA 3AVJA 4KHWA 4OJRA 3EYZA 1TKXA 2YNIA 3KLGA 1BCOA 4CHYA 3DLRA 2FBVA 2BANA 4WE1A 3PV8A 3SI6A 3SUOA 1O1WA 3C6UA 3B6OA 3VN5A 3PX4A 3OYNA 4I9LA 4QAGA 4N47A 1Y97A 1A5XA 1UAXA 5HRSA 3VQ9A 3T3FA 4FJ9A 4CJ4A 4XIUA 5HROA 2FBXA 2O4GA 1U48A 4HCCA 3JYTA 4DQRA 3V81A 3LP0A 3CM6A 1WSEA 1BISA 4DFJA 1NJZA 5CZ1A 2EHGA 4HUGA 4FLTA 4R5PA 1BHLA 1C0MA 3U3GA 4EP4A 5JS2A 4B9SA 2F8SA 4DTOA 4M42A 2LSNA 3OYMA 4F4KA 2DTUA 4BWMA 4JLHA 4CJRA 2QK9A 4J2DA 3ULDA 3HVTA 4DSIA 1WNSA 3DOLA 1NK6A 3KK1A 1UA1A 3K57A 3V1QA 3FFIA 4ELTA 4OLAA 3LP3A 3DLKA 4CJSA 3V1OA 4AHCA 4Z0UA 3IAYA 4KV8A 3S3NA 1C0UA 3SPZA 4FJLA 3AVBA 3QESA 2HNYA 1D8YA 4DTUA 1NKBA 4N41A 4FJXA 1IG9A 2B4JA 3SJJA 2ETJA 4GMJB 3PY8A 3P1GA 3LZIA 4FM2A 3SV4A 4CJQA 3KIOA 4B9MA 4E0DA 2RF2A 4B9NA 3AVCA 3TAPA 4PUOA 4FJNA 3K5MA 4CHPA 3VQ8A 1VSDA 4CFDA 1LAVA 4B08A 3RMAA 4FLVA 3S3OA 3BGRA 4CIFA 3KD5E 3F73A 1T8EA 3LDSA 3ZT1A 4DFKA 3L3UA 4AHUA 3LP1A 4LD0A 1F21A 3SQ1A 1NOZA 4FLUA 1RNHA 5CYMA 1TV6A 3RMDA 1T05A 1ZBLA 4KO0A 3TAFA 4FLYA 4AHRA 4KB0A 3SUPA 3AO1A 4MFBA 1DTTA 2KTQA 4KAZA 4CEBA 3WNEA 3NGYA 3MEDA 2R7YA 3OYAA 4DSLA 4EZ6A 4F2RA 2BDPA 3LWMA 4PWDA 3K59A 4I7FA 2W42A 1NK0A 2PYLA 3NAEA 1J9AA 5KGWA 2IDOA 3DLBA 3ALYA 4QOZB 2NUBA 3L2QA 1JL1A 3E01A 1EKEA 4RW4A 1KVAA 5CZ2A 1NK4A 1KLMA 2RN2A 2HNDA 4DS4A 1BQNA 2F96A 4UQGA 3LP2A 4HUFA 2YKMA 3BDPA 1D5AA 2F8TA 4Y1DA 4OLBA 3HP6A 4AH9A 4HVJA 1CZ9A 3KLFA 3DLHA 1QE1A 4CGHA 4Q5VA 5J2MA 5J2PA 2G8VA 3NH2A 1FXXA 1HNVA 3G10A 3G0ZA 3AO4A 3ITHA 3AO2A 4O0IA 5EU7A 4CF0A 3KD1E 3K5LA 3TARA 4HCBA 1VSKA 4NCBA 5HRPA 4FM0A 3NF9A 4B8CA 1R0AA 3DOKA 1RT1A 3DLGA 4IFYA 3OYJA 4E7LA 1U4BA 2OPPA 1HNIA 1JXBA 1TL3A 5JS1A 4KHQA 3I0SA 4DS5A 1S1UA 4DTSA 3MEGA 1KTQA 1W9HA 3NBPA 1Q8IA 1KFDA 1XHXA 2OPQA 3P5JA 1BIUA 4M3ZA 3SZ2A 5KRSA 1VSHA 4O0JA 3M8RA 1VRUA 3OYLA 4IKFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2UXBK 4X66K 4I6MA 4BC5A 4CEAA 4ILGB 1XC3A 3CM5A 4KHYA 2E5LK 1NG9A 1RDAA 1FKOA 1RT3A 3OYCA 4M3TA 5C24A 2HHWA 4MDBA 4FJ8A 4MO4A 5F2RA 1LWFA 3TJYA 4B9QA 2YV0X 4WCEL 1FYZE 3AVIA 4IOXA 4IEIA 5AQRA 2OPRA 4BDPA 2Q31A 4FO0A 1S9EA 4B3MK 4FCYA 3QMLA 4BRGA 3DI6A 3GE1A 3FZMA 4V19S 4JHDB 1EX4A 3C95A 2GV9A 4EPHA 4A62A 2X6SA 3AVAA 3O3GA 3LALA 5CYQA 4KBOA 4EAHD 1NK9A 4PHTX 3HM9A 1SKSA 4J8FA 2E8AA 4MLHA 3OYBA 2D0OA 2VYPA 4EZ9A 3LDNA 4DCHA 4GV3A 1TKZA 4DV6K 5CY4A 1Z05A 1LAWA 1XC9A 5H1SQ 1SKRA 5M1FA 1NEXB 4X65K 3O3FA 4JYAK 1TVRA 2ZE2A 3V9ZA 1RT7A 2B6AA 4K8ZA 1W7AA 3FR0A 5GAHP 4PQUA 4LH4A 3QETA 2E2OA 3J7YP 4PKHA 1K6YA 5M1PA 3I55N 3FGUA 1EWQA 4CJUA 1VQ7N 4M3XA 3TAMA 1LV5A 1RBUA 3L2WA 3K9JA 2KHOA 4DUZK 1WSIA 5I9EB 4E1MA 4M3UA 2ITMA 1YHQN 4JS4A 4IT5A 4H4MA 4EFHA 2F9WA 4KTZA 4DTNA 4FLWA 3OYGA 5C42A 1TKTA 3C6PB 2KFNA 2Y1JA 5GAEP 3L2OB 3D6RA 4FJMA 4GW6A 5DMRA 4OKEA 1J5OA 2O8EB 2H3GX 1RTDA 4WYBA 2OANA 4CFBA 1VK0A 1DTQA 4DWIA 4O4GA 1VQ9N 3HP9A 4HTLA 3LDQA 2IGIA 1TAUA 3R6MA 4JKHA 3ZSXA 1RILA 4H03B 1U45A 2HHQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HJO A;  5BRD A;  4LFA K;  4M45 A;  2KQ2 A;  1SAZ A;  3WXK A;  4YOU A;  4Z4C A;  4FZZ A;  1BU6 O;  3VQ6 A;  3BZK A;  3B6P A;  4OKK A;  3VGK A;  4E1N A;  3HI0 A;  4J2E A;  2PAV A;  1JLG A;  3K5O A;  2YHA A;  3C6T A;  3K2P A;  2OA8 A;  1L5U A;  1EET A;  3Q7C A;  2HBJ A;  1NJX A;  3PX6 A;  1O13 A;  2ZGY A;  5GIN A;  3KLH A;  4FYD A;  1ZBU A;  3SAH A;  4LFC K;  3L3V A;  3CFO A;  3SCX A;  1VQO N;  3C6H A;  3H08 A;  4KH5 A;  1XU5 E;  4CEZ A;  4DUY K;  1J53 A;  1BI4 A;  4JK8 A;  2DEB A;  1BIZ A;  1WLJ A;  4DLG A;  4A61 A;  1XI1 A;  3ZSY A;  4QS7 A;  3KVG A;  3ZX2 A;  4QND A;  3HO1 A;  3ZYY X;  2HMI A;  3WSO A;  1TKD A;  4FWL A;  3N4Q A;  1FZ3 E;  3V7D B;  1RDC A;  2YJF A;  3MDQ A;  1X9M A;  4DR3 K;  4BDY A;  4DTR A;  4IBN A;  1Q81 O;  2PBD A;  4A59 A;  3LM2 A;  3F2K A;  1S1V A;  1NK7 A;  4Z4F A;  4IO8 A;  3OS2 A;  3TSP A;  4JD2 B;  5JVG L;  4CGI A;  4YNQ A;  4TSX A;  4C8L A;  4CJE A;  3OGM B;  1GOA A;  2KFZ A;  1OKJ A;  3SLC A;  1RT5 A;  1KRP A;  2YKN A;  3DAW A;  1RTH A;  5M1N A;  5K14 A;  1GOB A; 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