4FL8A

Hiv-1 protease complexed with gem-diol-amine tetrahedral intermediate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Capturing the Reaction Pathway in Near-Atomic-Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fl8A00
4X2LA 2HB3A 5OZVA 5P8RA 4Y3XA 3ST5A 1N49A 3GI4A 3APRE 3IXKA 4NPUA 5P4AA 5P5SA 6FIVA 4Z50A 2XFKA 3QBHA 3S54A 3EKQA 5P5VA 2FGUA 3FIVA 3D20A 4GJ8A 5P2GA 5P35A 1XN2A 2HIZA 5OZ2A 5DPZA 2ER0E 1YG9A 2OHTA 3IXOA 1AIDA 3R4BA 4EJDA 1SMEA 3LZVA 5OZ7A 4ACXA 2G26A 5OZDA 5P1IA 3KFNA 3L59A 1MT7A 4I1CA 1BAIA 3D1XA 4APRE 3OQFA 1DW6C 2BPYA 3S56A 4Y3JA 1HVJA 3MSLA 4L6BA 3HBOA 5P29A 3L5BA 2BPVA 1ZBGA 2G1RA 2PYNA 4CMSA 5P7DA 5IVSA 3BUGA 2PWRA 1EPME 2QMFA 5AHBA 4ZSMA 5P2DA 4BELA 2QHCA 4LXMA 4J1HA 2QI6A 1EC0A 4FSEA 5P4SA 5P4DA 1AJXA 3D3TA 2OHPA 1ZPAA 1ZSFA 4EHCA 4EXHA 4Y4DA 1NPWA 5P3HA 1SDTA 1W5VA 5P0VA 2VIYA 5P1QA 3UQUA 3U71A 3LINA 4XXSA 4B72A 2FNTA 2P3CA 2QNPA 1Q9PA 4I0ZA 3OHHA 3VG1A 5P01A 5DR0A 3KM4A 5JFUA 1FG8C 4J1IA 5OZFA 3O99A 4Z4XA 3IN4A 1ZSRA 2IEOA 1HTFA 3BC4A 5P1UA 4Y5NA 5HE7A 5P69A 3GGUA 3JVWA 4Y3HA 5P06A 3ECGA 1B6KA 2VA6A 5P1NA 1WKRA 3QVIA 3PMUA 5P4OA 1RNEA 2AOEA 1PSAA 3PCWA 4L1AB 2WF3A 4K4QA 5P6TA 2APRA 4EYRA 5OYTA 5P54A 4Y9WA 5P07A 3QI1A 5P6IA 4Y5AA 4YDFA 3VUCA 5P0UA 5P0OA 4M8YA 4Y5PA 4FLGA 4E43A 3EC0A 4I11A 4Y35A 3OXVA 5P1CA 5P5KA 4J5JA 4EJKA 3NSHA 3VFAA 4HEGA 5HDZA 5TOLA 5P17A 8HVPA 1AM5A 3T7QA 4Y41A 4Y47A 2QZKA 2VJ6A 5P45A 4BFDA 3OU3A 5AH6A 5OYRA 2O40A 3HLOA 5P4GA 3SA3A 1KJGA 4GYEA 5P0EA 4GIDA 6UPJA 3SA7A 4OC6B 5COKA 4GZFA 1QDMA 1VIJA 2PMAA 3PGIA 4F76A 5AHCA 3ZKXA 5P48A 3U7SA 1BDLA 5P05A 4Y4BA 5P1SA 1GVTA 5B18A 3MWSA 4RYCA 4N00A 2R9BA 2AQUA 3PEPA 3FSMA 5P8FA 2ASIA 3BGCA 5P7IA 1DMPA 5OZ3A 4EQJA 1D4YA 2WF0A 5P4LA 5IVTA 5JFPA 4AUCA 1EC1A 1M0BA 5P4KA 2ANLA 5P6DA 3QN8A 1K1TA 5P6QA 5P7EA 5AH9A 2AZBA 2F81A 5P28A 4FRKA 2AZCA 2F3FA 3EL9A 5OZRA 2QZXA 2P3DA 1Z1HA 5I3XA 5OZNA 5P37A 1APWE 5P1JA 5P5GA 5P2KA 4Y3EA 2IDWA 1F34A 3ZLQA 3SFCA 3TKWA 5DQCA 2QI1A 1GNMA 5P83A 3RTHA 1G2KA 1TCXA 4DH6A 3GGAA 4Y58A 4Y4ZA 4NJTA 5P3SA 1MRXA 3NU4A 4ZPFA 5P19A 2FS4A 4D85A 3EM3A 1TZSA 4B00A 5P7YA 5P4YA 2WEAA 3OGPA 5OZBA 3DCRA 5P4TA 5P1GA 1RV7A 1EC3A 3QP0A 2AOCA 3FNUA 2G22A 1D4SA 1SP5A 3I7EA 4J1EA 5SY3A 2BPXA 1FMXA 5DGWA 1AAQA 5P63A 3UPJA 3ZPTA 1EPNE 4YCYA 1YTGA 5P6YA 2VJ7A 4FAEA 5P6RA 2NR6A 1UH7A 3R2FA 4KE1A 2V10C 1CZIE 5P50A 3BVAA 5P4NA 5P04A 3LNKA 2QNNA 4JOOA 3KMXA 1C6YA 4K9HA 4R91A 5HTZA 3SABA 1AVFA 3KT5A 1SGUA 4B1CA 4Y3FA 2IQGA 5OZYA 2ZJNA 3ZOVA 3DM6A 3UFLA 5AHAA 4QJAA 2VIZA 2WL0A 2H6TA 5P2UA 1IZIA 5AH8A 3CYWA 4PYVA 5P0JA 1EPRE 4MC1A 4OBZA 3IN3A 2PK5A 5P4HA 5KR2A 4F73A 5P08A 5P5CA 2OF0A 1Z1RA 1FMUA 4XKXA 4D89A 1HOSA 3OWNA 3PRSA 1FQ6A 2QI3A 1PPME 3EKYA 4ZSPA 3Q6YA 1CPIA 3UDKA 3OUDA 1OHRA 5DR1A 3UDHA 5P22A 2RKFA 3PSGA 3NR6A 1FB7A 3SACA 5P84A 3FNTA 4Y3PA 5OZ8A 3K5FA 3CIDA 4B05A 1HVHA 2ZHRA 4RZ1A 5OZIA 4KE0A 1B6PA 2UPJA 4I0GA 1ZAPA 2FDDA 4Y5LA 1W50A 5P5TA 5J25A 5P3TA 4HE9A 5P77A 4XX4A 5P3ZA 4ZEAA 3O9AA 5P8KA 3OTYA 5COOA 3INFA 3EL0A 2JXRA 5P4CA 3BUHA 4YBIA 5P14A 5P1VA 3RSXA 4APEA 3OOTA 3OQKA 1A8KA 5P6WA 4DJXA 5P03A 4Y3MA 5ENKA 3NDXA 2FXEA 4Y3AA 1G0VA 5OZOA 1BV7A 3UDJA 2JJJA 1GNOA 5P8BA 4J0ZA 1FQ4A 3O9LA 2PSVA 3TOHA 2G1NA 3LIYA 2G21A 3QRVA 5P5OA 4ZE6A 1T6GA 3QVCA 2WEDA 1C6ZA 1T6EX 4R5NA 2PWCA 1MSNA 2R38A 1SIVA 4FM7A 3CMSA 1APVE 3EXOA 5P44A 5IS4A 1D4HA 1T7KA 4J54A 4RLDA 4ER4E 3SA9A 4F75A 1YTIA 1LF3A 3O9DA 2G94A 3VEUA 2BBBA 4CPTA 5P8AA 1DAZC 4BFBA 3PM4A 2F3EA 2R3TA 2Z4OA 4Y44A 3TOFA 2QD6A 5P3RA 4FCOA 5P2HA 2ZHTA 1D4KA 5ISJA 1T3RA 4J1FA 3VSXA 5P8JA 3H5BA 5OZHA 5P4QA 3ZPUA 5P8CA 5OZXA 5P6ZA 1RQ9A 4Y3LA 5P0MA 1JLDA 3T6IA 1BBSA 1META 1ZTZA 2NXLA 4GJ7A 2OHLA 4L7HA 1K6PA 1PROA 5C9FA 1RL8A 5P1TA 1NPVA 5P7WA 5P0FA 5OYUA 1K6VA 3T3CA 3SO9A 3I2LA 2QHYA 5OZMA 1W5YA 2A4FA 3MXEA 3BRAA 3PLLA 4TVGA 3WZ7A 4GJ6A 5P0KA 1TSUA 2QI0A 4TRWA 2NXMA 4FGXA 5P8GA 5AGZA 1MESA 5P0LA 5P27A 5P7VA 2EWYA 2AVSA 1G35A 2R5PA 2XYEA 2QI5A 3VV7A 5P18A 4RVJA 5P2VA 1FGCC 1FMBA 3OXXA 5P56A 3A2OA 5P0ZA 5OZUA 1MRWA 5P1RA 5P0HA 5P0AA 3GI0A 5EZXA 5KQZA 2RENA 5I3YA 4JPEA 3NDUA 4QGIA 1FQ8A 2HM1A 1KJ7A 5P74A 2ER7E 3INEA 5P78A 2O4LA 2FGVA 3ZMGA 1UH8A 3CICA 5P6VA 4DJQA 1BXQA 5P8PA 4J0VA 4ER1E 2V16C 1KZKA 1FQ5A 4Y4UA 2QHZA 2IS0A 4PHVA 2JJIA 1XE6A 5P39A 3SKGA 1W6HA 3VYDA 4Y3GA 1HPXA 5P6HA 3OUBA 5P2OA 3TPRA 3T7XA 3N3IA 4B77A 5P3VA 4WTUA 3QAAA 5OYXA 4Y50A 5P5BA 1FF0C 4CPXA 4NKKA 5P1XA 1E81E 5HDVA 5HE4A 3WZ8A 3UDRA 4Y57A 3S43A 2HS1A 4Y53A 5P68A 4AA9A 1HSHA 3QPJA 3EKPA 4YD7A 3K5GA 4YD5A 4Z22A 2AODA 2BQVA 1LEEA 2P83A 4GJBA 5P7AA 1WBMA 2J9JA 2PH8A 2ZYEA 4Y3ZA 2UY0A 2IL2A 2AZ8A 3TNEA 2OHRA 2OHKA 2R3WA 4I0DA 1GVXA 3PLDA 4RROA 4QLHA 2NNPA 4Z2ZA 3WB5A 4ZPGA 1B5FA 5P0QA 3I6OA 3CIBA 2V00A 3NXNA 4Y4EA 2FXDA 5P3AA 3VF3A 4GJ9A 5HE5A 5T4SA 1W51A 5P3PA 1IVQA 2P3BA 1E80E 5P5JA 3PSUA 2ZHVA 3S43B 4K8SA 2J9KA 5F01A 3EM4A 5SXNA 3PHVA 3SKFA 4B78A 3LIVA 3BUFA 5P86A 3JVYA 3OUCA 1EEDP 4I12A 2WJOA 3LPJA 3NLSA 4OBFA 4DQCA 4Y3DA 4Y3TA 1HIVA 2XYFA 3NYGA 1XN3A 3UFNA 4ZSRA 4LXKA 1MVPA 5CONA 5P7CA 1B5FB 4GJAA 3QIHA 5P2BA 5P1AA 4DI2A 5KOQA 4Y5GA 5P1MA 5P2QA 4I0JA 3EL1A 4Q1XA 1DP5A 5P5FA 5P7PA 3ZL7A 4MC6A 2P4JA 5OZAA 1HVSA 3MSKA 1HHPA 1HIIA 1HVLA 2VIEA 5P7XA 1LZQA 2BPWA 5P4UA 4F74A 1M4HA 3OOZA 2WEZA 3IVHA 3GI5A 4GJCA 5P5HA 4FRJA 2HC0A 2BPZA 3VV8A 3SA8A 2IRZA 3K1WA 1G6LA 1D4JA 5P0XA 3DJKA 1FFIC 5P12A 2HS2A 5P2WA 4Y39A 3L5EA 1EC2A 1FG6C 4Y5KA 3O9GA 3S45A 5P3KA 2OHSA 3OAGA 2FLEA 4RGHA 2PYMA 3PSYA 2R8NA 3HD8A 3OGQA 4Y38A 3VYEA 3EKTA 3U6AA 4FM6A 4DV9A 3ZKIA 3CKTA 5P47A 2QNQA 5P1PA 3Q5HA 1A30A 3HAWA 3OU4A 4TRYA 1MUIA 2Q3KA 2Q55A 3D1YA 5P24A 3PVKA 5P1KA 4QJ2A 3MXDA 5OZKA 5P25A 1GVWA 3ZPSA 3O9EA 3M9FA 4R95A 5P4JA 4DJRA 2AOIA 1ODXA 4XX3A 5KR0A 1FLHA 2AIDA 4PPHA 3WSJA 5P7OA 5P3GA 5P72A 3KYRA 5JG1A 4Y3YA 4I8WA 4U8WA 3ZKGA 4YE3A 1KJ4A 4HZTA 4I0EA 2ZJJA 2R5QA 1XDHA 3QROA 2VA5A 1EPQE 4J55A 1A94A 5P1HA 2WF1A 3L5FA 1E82E 5JODA 4FL8A 3BVBA 1HPVA 5DGUA 2NMZA 3PBZA 3IA9A 5P33A 1TQFA 3EKVA 5P53A 5P5RA 4CP7A 1HRNA 3PJ6A 3S8IA 2WHHA 5OZ5A 1AJVA 1ZLFA 5P4RA 3O9IA 5P5DA 2AOGA 2HPFA 3HAUA 3KDDA 5HD0A 1E5OE 4QJ7A 3CKPA 3EMYA 4B1DA 4HDPA 3H0BA 9HVPA 1AXAA 5P0SA 3EL4A 2QZWA 4CPUA 4R92A 1MT8A 5DQ1A 2G1OA 1WBKA 2B60A 3UDNA 2IKOA 1HBVA 4DQHA 3OUAA 2G20A 5P75A 1FFFC 5P1LA 5UPJA 3O9CA 3UDMA 2QD7A 4YBFA 4JECA 5OYZA 5F00A 5OZPA 1HTEA 3CKRA 5P2XA 5DR3A 1BDRA 1HVIA 3FX5A 3L38A 2OHUA 3N4LA 5P6FA 5OZ9A 4FSLA 2RMPA 4Y4WA 2AOFA 1ZPKA 5P2ZA 4ZLSA 4GMIA 1B11A 4Y4JA 2OHNA 1LF4A 5P59A 5KQYA 5ISKA 3KFPA 3KF0A 3NWXA 1ME6A 2PQZA 5KQFA 4TRZA 5P34A 3G72A 4WY1A 4J0TA 1FEJC 4LAPA 3RTMA 1K1UA 5P73A 1HXBA 1ODWA 4QJ9A 1SH9A 5P57A 4OBZB 5OZ0A 3OHFA 1PPKE 1K6CA 5OZJA 2Q63A 1D4LA 4CKUA 3EKXA 5P81A 3BHEA 4D83A 2G69A 1YM2A 1YTJA 5OZ4A 2BKTA 4OBGA 4DQEA 5BS4A 4GB2A 5P7HA 1LYWA 4Y5CA 3ZKMA 3VF7A 3WZ6A 4DJYA 2I4VA 3QRMA 2AZ9A 2HPEA 1MTBA 2NPHA 3OUDB 5P8HA 3URJA 1BDQA 4Y56A 5P49A 5HCOA 2WF2A 5P6CA 4KUPA 3LZYA 1MSMA 2IKUA 5P67A 4B70A 1HEGE 5P6AA 4HDBA 3TPPA 1EPLE 5P4XA 3DCKA 3L3AA 4RYGA 2HB2A 4LP9A 1HSGA 5BRYA 1QS8A 5P1EA 3K5CA 1GKTA 1YT9A 5OYQA 1GVUA 5P5QA 3TL9A 4FS4A 1XL2A 4LL3A 3UDQA 1LYWB 2B7FA 1OEXA 3URLA 3LIQA 4WY6A 5P8MA 3TKGA 1A9MA 4Y43A 5P2SA 3ER3E 3OTSA 4PZWA 1SBGA 2Z54A 3VLAA 3R1GB 4MC2A 4Y51A 5P6JA 5P2TA 3PB5A 1IZDA 1B6JA 4OBJA 4J0PA 3EKWA 4RVXA 3O9LB 5P26A 4H1EA 4TVHA 3ZKSA 2PH6A 2IGYA 4B1EA 1BWAA 3EL5A 5P6EA 1HEFE 3O9BA 3NXEA 5OZ1A 5I70A 3HDKA 4DQFA 1ZP8A 5KR8A 4OD9A 1LYAA 5P00A 4FAFA 5P6UA 3K4VC 3T11A 1W5XA 3QBFA 4QJ8A 1T7JA 4CPQA 4J1CA 3D1ZA 4H3JA 5P3MA 2FIVA 3NU5A 3CYXA 4B0QA 3S7LA 4CPWA 3INHA 4ZPEA 4M8XA 5P58A 3VFBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4X2L A;  2HB3 A;  5OZV A;  5P8R A;  4Y3X A;  3ST5 A;  1N49 A;  3GI4 A;  3APR E;  3IXK A;  4NPU A;  5P4A A;  5P5S A;  6FIV A;  4Z50 A;  2XFK A;  3QBH A;  3S54 A;  3EKQ A;  5P5V A;  2FGU A;  3FIV A;  3D20 A;  4GJ8 A;  5P2G A;  5P35 A;  1XN2 A;  2HIZ A;  5OZ2 A;  5DPZ A;  2ER0 E;  1YG9 A;  2OHT A;  3IXO A;  1AID A;  3R4B A;  4EJD A;  1SME A;  3LZV A;  5OZ7 A;  4ACX A;  2G26 A;  5OZD A;  5P1I A;  3KFN A;  3L59 A;  1MT7 A;  4I1C A;  1BAI A;  3D1X A;  4APR E;  3OQF A;  1DW6 C;  2BPY A;  3S56 A;  4Y3J A;  1HVJ A;  3MSL A;  4L6B A;  3HBO A;  5P29 A;  3L5B A;  2BPV A;  1ZBG A;  2G1R A;  2PYN A;  4CMS A;  5P7D A;  5IVS A;  3BUG A;  2PWR A;  1EPM E;  2QMF A;  5AHB A;  4ZSM A;  5P2D A;  4BEL A;  2QHC A;  4LXM A;  4J1H A;  2QI6 A;  1EC0 A;  4FSE A;  5P4S A;  5P4D A;  1AJX A;  3D3T A;  2OHP A;  1ZPA A;  1ZSF A;  4EHC A;  4EXH A;  4Y4D A;  1NPW A;  5P3H A;  1SDT A;  1W5V A;  5P0V A;  2VIY A;  5P1Q A;  3UQU A;  3U71 A;  3LIN A;  4XXS A;  4B72 A;  2FNT A;  2P3C A;  2QNP A;  1Q9P A;  4I0Z A;  3OHH A;  3VG1 A; 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 3OOT A;  3OQK A;  1A8K A;  5P6W A;  4DJX A;  5P03 A;  4Y3M A;  5ENK A;  3NDX A;  2FXE A;  4Y3A A;  1G0V A;  5OZO A;  1BV7 A;  3UDJ A;  2JJJ A;  1GNO A;  5P8B A;  4J0Z A;  1FQ4 A;  3O9L A;  2PSV A;  3TOH A;  2G1N A;  3LIY A;  2G21 A;  3QRV A;  5P5O A;  4ZE6 A;  1T6G A;  3QVC A;  2WED A;  1C6Z A;  1T6E X;  4R5N A;  2PWC A;  1MSN A;  2R38 A;  1SIV A;  4FM7 A;  3CMS A;  1APV E;  3EXO A;  5P44 A;  5IS4 A;  1D4H A;  1T7K A;  4J54 A;  4RLD A;  4ER4 E;  3SA9 A;  4F75 A;  1YTI A;  1LF3 A;  3O9D A;  2G94 A;  3VEU A;  2BBB A;  4CPT A;  5P8A A;  1DAZ C;  4BFB A;  3PM4 A;  2F3E A;  2R3T A;  2Z4O A;  4Y44 A;  3TOF A;  2QD6 A;  5P3R A;  4FCO A;  5P2H A;  2ZHT A;  1D4K A;  5ISJ A;  1T3R A;  4J1F A;  3VSX A;  5P8J A;  3H5B A;  5OZH A;  5P4Q A;  3ZPU A;  5P8C A;  5OZX A;  5P6Z A;  1RQ9 A;  4Y3L A;  5P0M A;  1JLD A;  3T6I A;  1BBS A;  1MET A;  1ZTZ A;  2NXL A;  4GJ7 A;  2OHL A;  4L7H A;  1K6P A;  1PRO A;  5C9F A;  1RL8 A;  5P1T A;  1NPV A;  5P7W A;  5P0F A;  5OYU A;  1K6V A;  3T3C A;  3SO9 A;  3I2L A;  2QHY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4Y4X A;  1UPJ A;  4YD4 A;  5P3O A;  5DQ2 A;  1PFZ A;  1B6M A;  3RTN A;  4EQ0 A;  5P3W A;  4AA8 A;  4U7V A;  3TLH A;  5P4V A;  3UTL A;  5P42 A;  5AH7 A;  4EXG A;  1KJF A;  2CEJ A;  1HPS A;  1HTR B;  3D91 A;  2G24 A;  2I4X A;  4YA8 A;  5P5M A;  5P7T A;  5BWY A;  1IZE A;  4CPS A;  1EAG A;  3T7P A;  5HU0 A;  2QD8 A;  2HAH A;  3Q70 A;  5COP A;  5P2I A;  5P0C A;  2AVV A;  4NJV A;  3LZU A;  1MEU A;  5OZL A;  1NH0 A;  5P4E A;  3MSJ A;  3RSV A;  2ER6 E;  5P71 A;  1YM4 A;  5P8I A;  4Y6M A;  5P5L A;  5P5A A;  2PSU A;  3G6Z A;  3BXS A;  5P0Y A;  2G1S A;  3URI A;  2QU3 A;  5OYY A;  3LIT A;  4Y5B A;  2I0A A;  5P7U A;  3KFR A;  1IZH A;  4NJU A;  1QBT A;  3EM6 A;  3TTP A;  5P6K A;  5P2A A;  5P6X A;  5P2E A;  3OAD A;  5P2F A;  4H3I A;  1BWB A;  1K6T A;  1T7I A;  3VLB A;  5P6M A;  5OZ6 A;  5P20 A;  3I8W A;  5P0D A;  5P0G A;  4DPF A;  5E5K A;  3SM1 A;  4LHH A;  4H3G A;  5P30 A;  1LS5 A;  5APR E;  3QRS A;  5P3U A;  2V11 C;  1F7A A;  5ER2 E;  4Y3Q A;  2WEB A;  5P3N A;  5C9D A;  2AOJ A;  3SA5 A;  4YDG A;  4Q1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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