4FLGA

Hiv-1 protease mutant i47v complexed with reaction intermediate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Capturing the Reaction Pathway in Near-Atomic-Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4flgA00
2OHSA 3BVBA 3DV1A 2QZXA 5P6PA 3NU9A 1M43A 3GGXA 5P1HA 1FF0C 5P0XA 2WF3A 1Z1RA 5P3JA 5P0GA 5OZAA 5P6BA 4PZWA 5P83A 5P6VA 1HXWA 1W51A 4EXGA 5P4BA 5OZTA 5SZ9A 5P07A 1EAGA 4ZPEA 5P7IA 1PSNA 3EKVA 1EPPE 1QDMA 2HB2A 3TNEA 4AA8A 5P6LA 1T3RA 5P2OA 3EM6A 3SFCA 5P1FA 5P0YA 5DQ4A 1A30A 4K4QA 2P3BB 1AAQA 1HIVA 4GJ5A 1AZ5A 4J5JA 3VLAA 4EHCA 3QVCA 4GZFA 5CONA 5P4YA 1HBVA 3TL9A 4YD6A 3GGUA 2I4XA 4I0FA 1PSOE 3QVIA 4FIVA 3RU1A 3VFAA 1EPQE 5OZ8A 2G26A 3UDJA 1K6TA 3IGBA 2ASIA 4Y5PA 1KJFA 5P55A 5OZZA 4Y3JA 1D4HA 3R1GB 2PC0A 3N3IA 2FS4A 2ANLA 5P0IA 4J1CA 5P5NA 3S43A 1WKRA 4DJXA 4MC2A 1FG6C 5P71A 5DGWA 1GNOA 3HD8A 1MT9A 3VV7A 5DQ1A 1YT9A 1UH7A 2OHNA 3I7EA 5P3QA 2VIEA 1BDLA 1LYBB 1K2BA 4EXHA 3T7QA 5HU1A 2V13A 1GVUA 2HS2A 4YHQA 1ZSRA 4Y3XA 3PHVA 1TCXA 4ZEAA 2PYNA 5DR7A 3INHA 4B70A 1FFIC 3MSJA 3EKPA 2QNNA 1K6VA 3VEUA 3FNSA 3SA3A 1MTBA 2UY0A 3UFLA 5P3XA 3WZ6A 1AIDA 4FM7A 4YA8A 5OZ1A 2HIZA 3HDKA 3EC0A 4ZSMA 4X2LA 5P5DA 3S53A 3TOHA 4JP9A 4QLHA 4APEA 5P74A 3PMUA 5P4IA 5P15A 5P7ZA 3LIVA 2APRA 5P7FA 2ER7E 2P83A 4PHVA 5P80A 3PBDA 4FAFA 2G1SA 3VUCA 5OZ7A 3D20A 3CIDA 1LS5A 3KFNA 4FRJA 5P1WA 4ZSQA 1SIPA 1YM2A 5P4CA 3L5CA 4RCEA 3QPJA 4EPJA 5P3VA 5OZLA 1FG8C 2FGUA 5P4SA 3ER3E 5OZCA 5P5KA 5OYUA 4DPIA 2ZJNA 1BILA 5OYSA 4CMSA 1ZP8A 3NUOA 4RYCA 5P8RA 3LPIA 4ACUA 3SABA 4E43A 3L58A 3SA4A 5OZSA 2Q63A 4Y3SA 2G1OA 2QAKA 4FE6A 5P75A 3K5FA 2ZHTA 3PBZA 5P8EA 2O40A 2BBBA 3OQFA 1W50A 2B7ZA 4J1IA 5P0DA 5P7RA 1W6HA 1NH0A 4Y4ZA 4DJVA 2RKFA 5P87A 1DW6C 1PPLE 5OZYA 2V00A 1MUIA 4YBFA 1HVLA 3KM4A 4Y35A 8HVPA 5P44A 3UDNA 3D1XA 4K4PA 3HVGA 2AOHA 2F80A 2AZCA 3SA9A 2FNTA 4Y3NA 4RCFA 2ZYEA 4Y5BA 2ZJIA 2RKGA 1C6XA 1LV1A 2Q64A 5P2MA 1G35A 3VYEA 3D3TA 2FDPA 3HW1A 4A6BA 2HAHA 1B6KA 5P3FA 3EKTA 6UPJA 4DJRA 2VA5A 5P7PA 4OBHA 3QRVA 2V0ZC 3B80A 2QMDA 3HVPA 5P5OA 3PM4A 4R5NA 4Y3DA 5KQFA 5P3GA 5KR8A 3MSKA 5P0PA 4U7VA 3OK9A 4TRWA 4PEPA 4I0DA 3OOZA 5P7YA 2BPVA 3UDHA 1RPIA 3LINA 2VA7A 3KA2A 2V10C 3KT2A 7HVPA 1ZSFA 5P89A 4D8CA 3OU1B 3PSGA 5OZEA 2AODA 5P1AA 5P41A 5P7VA 3OXWA 5P67A 2PH6A 3Q5HA 1KJ7A 5P5IA 2AZBA 3N4LA 4J1KA 3VCMA 3O9BA 1XDHA 4JOOA 3PB5A 2OHPA 2FXDA 1PFZA 3ZPTA 5P78A 4COEA 3CIBA 1MPPA 5KOQA 4YE3A 4GYEA 4Y56A 3VF7A 5HE7A 5EZZA 5P0RA 3EBZA 4HE9A 4GJ6A 1YTGA 1PROA 5DPZA 1SBGA 5P8KA 1HVKA 3QRSA 5KR1A 1HWRA 1E82E 5IVRA 5P20A 5DR3A 5P42A 4DPFA 4NJSA 4M8YA 5P53A 4L6BA 3OY4A 1RNEA 2HPEA 1SDUA 4RYGA 1BV9A 1MSMA 3UQWA 1FB7A 5P0VA 4L1AA 2VA6A 4B05A 1EEDP 3UPJA 4QJ9A 5P8SA 2I4QA 2Q3KA 5P5BA 5P05A 5P3ZA 1GNMA 3SACA 4DJWA 5COPA 3NU4A 2QZLA 1HXBA 5P3PA 2Q55A 3NUJA 5P35A 3QIHA 2ER6E 3ZKMA 1MERA 1K1TA 1IDAA 4Y53A 3HZCA 4DI2A 2J9KA 2I4WA 4Q1XA 2PMAA 4NKKA 3OUDA 1A8GA 5P82A 4Y5AA 1D4JA 1K1UA 2NMZA 3UTLA 3TOGA 5P6CA 5OYVA 2B8VA 4OBKA 5IVSA 4CPSA 5P28A 3KF0A 5P7OA 1ZPKA 3PWWA 3QBHA 4Y3WA 4QJ2A 5P1YA 1LF2A 2ER0E 4FCOA 4Y4XA 4AZYA 4FS4A 3RSVA 5P0WA 1EBYA 3GI6A 5P7KA 1B6JA 1W5XA 1SP5A 1UH9A 3TPLA 1YM4A 4YBIA 5OZFA 1MT8A 5P2KA 4Y3FA 3DJKA 5P4OA 2OHRA 3Q6YA 4TRZA 1FQXA 4D83A 5C9BA 5P85A 5P3IA 5P19A 2IQGA 3O9IA 4I8WA 4Y5LA 2AOGA 5E5JA 3IXKA 5P1ZA 1APWE 3TTPA 4Y57A 3BXSA 5OZNA 5OZPA 2H6TA 1QBSA 2ZJJA 5P18A 1ZLFA 4DQEA 4XX4A 5P5LA 2AZ8A 1YTJA 1G0VA 1NPWA 4FRIA 2B7FA 2OHUA 1SDVA 4HDFA 5P00A 5P45A 4Y38A 3LPJA 3OXCA 3HAWA 4J0ZA 3INFA 3BHEA 4Y36A 5I3VA 4Y5NA 4ER4E 5P7GA 2VKMA 3IVIA 5IS4A 3UQPA 3OUAA 5P84A 5P0NA 2O4PA 4Z4XA 4F76A 1GKTA 2AVOA 5DR8A 3UDKA 5P65A 3R2FA 1DMPA 3WZ7A 4GJAA 4F74A 3FIVA 4GJBA 1HSIA 4ZPFA 1DIFA 5P4VA 5P3CA 5P6MA 5DR1A 4X7IA 2IL2A 3KDDA 4L7JA 4NJVA 1N49A 5HDZA 5P2WA 3CICA 1K2CA 2IS0A 5P29A 5P2SA 3HLOA 2BPXA 1NPVA 5P02A 3ECGA 3ZL7A 5P8IA 5BS4A 3DOXA 2R43A 3TPPA 3ZLQA 1FKNA 3SLZA 3UF3A 2EWYA 5P1DA 5P3HA 2WF4A 4J1HA 4JPCA 4FAEA 2R9BA 3L5FA 5ENMA 3WB5A 2AVMA 5P4ZA 3CKTA 3CYXA 3EKWA 4I12A 5P2XA 3H0BA 1F7AA 1SIVA 4CPXA 1T6GA 3UHLA 4LP9A 3PMYA 2B8LA 5P8LA 5P3LA 5I3XA 3Q70A 1HSGA 1JLDA 1GNNA 5P14A 3ZKSA 5P72A 3BUHA 2NXLA 3EM4A 1HPSA 5KQZA 4CP7A 1EC1A 4B77A 5P7HA 5P2RA 1B6PA 5P2QA 5P47A 3QRMA 1SMEA 5P6IA 5P8AA 4B72A 4F73A 5P8UA 2ZHSA 5P7XA 1KJ4A 1C6YA 2R8NA 5HVPA 2ZHUA 5P4RA 1D4YA 3INEA 3KN0A 3IXOA 2AQUA 2WEBA 3O9GA 3OHFA 5P6AA 2VJ7A 2I0AA 3T6IA 2VNMA 4D85A 5P70A 1META 5P5FA 2G94A 2IKOA 5OZQA 3KFRA 5P8OA 2R5PA 5P11A 3R4BA 3URJA 4OBZA 5P3AA 4AUCA 3G70A 4Y3ZA 1LYWA 2HC0A 3LIZA 2WKZA 5OZMA 2B42A 5P1CA 5P86A 1T7KA 5P0HA 3EXOA 5P1QA 5P6JA 5KQXA 3S2OA 1QBUA 2UPJA 3OUCA 4B1CA 2BJUA 3TPJA 3LITA 1HVSA 4AMTA 3KMYA 5P4PA 5P0UA 4I0ZA 5P5HA 3S56A 4RLDA 5P2BA 2P4JA 4B00A 3BUGA 3PI5A 3VFBA 4I0EA 3BGCA 3GI0A 4QJAA 5SY3A 4DFGA 1ZTZA 3KFSA 3KYRA 4BELA 4GJCA 1LYAA 4WTUA 5P7AA 5P5PA 3ZKNA 5P32A 1AM5A 2V16C 5IE1A 3TLHA 1PPKE 5P77A 3G6ZA 1ZPAA 2HS1A 4FSEA 3JW2A 5CLMA 2Q15A 4FRSA 5P31A 2XYFA 5P0LA 5P6FA 2QHYA 5HDUA 5P0TA 4LAPA 3EL0A 4TRYA 2QI5A 4Y39A 2PK5A 1QBRA 4J54A 5P5XA 3S54A 5BRYA 1BV7A 2NXDA 2WEZA 5APRE 3LZUA 1BXOA 1SH9A 5SXNA 1OD1A 3S85A 5P2TA 5OZDA 5HU0A 1SMRA 5P2EA 1EPLE 3NR6A 5IVQA 3VV6A 5P6TA 1F34A 5P34A 1GVVA 3S43B 1KJHA 1MRXA 3BC4A 5OZ0A 3D1ZA 3UDPA 5P1KA 3OU4A 1IVPA 1D4LA 4OD9A 3LZSA 2F8GA 3S8IA 3TOFA 2G1NA 1FQ8A 3BGBA 4RVIA 3UQRA 2IENA 2F3KA 3O9AA 3NWQA 3PSUA 4LBTA 1EC2A 4R92A 2O4SA 1EC0A 1E81E 5ISKA 1HVJA 5OZWA 5P0ZA 5P6WA 4ZSPA 5P4DA 3LIYA 1LF3A 1U8GA 1ZBGA 5OYRA 5P58A 2QZKA 2NPHA 2QI4A 4EQJA 1TSQA 4YOAA 4YD5A 5HE4A 5P17A 4OBGA 4PPHA 2P8HA 5P69A 2PWRA 5P0KA 2R38A 3OOTA 3M9FA 3O9HA 5P5CA 3SM1A 3S7MA 3NU3A 2PH8A 1OEWA 4CPRA 3LIXA 4YCKA 2Z4OA 2IGYA 2XFKA 5JFPA 1BWBA 3VYDA 1SGUA 2BB9A 4L7HA 3OADA 2OHKA 4Z50A 2WEDA 1T6EX 3TKWA 4CPTA 4RRSA 5P7MA 1M4HA 5P1SA 4BFBA 1C70A 6APRE 5P6DA 1T7IA 5FIVA 4GJ8A 5P5JA 3VLBA 1TQFA 3UQXA 1FMXA 4Y41A 2JJIA 5P5EA 4XXSA 5P04A 2WEAA 1HOSA 5P6NA 1XL2A 3IN3A 4Y6MA 2QI1A 5I3YA 2AVSA 1DAZC 5P3BA 4Q1NA 3DK1A 4HZTA 1EPRE 5P6RA 2ZJMA 4B0QA 1ZAPA 4LC7A 2XFIA 3PI0A 4YD7A 4Y4DA 3ZPSA 4FM6A 5P48A 1IBQA 5ER2E 5P5RA 2QZWA 2I4VA 3I6OA 2J9JA 3VYFA 3LIQA 3OWNA 5OYWA 3VF5A 5EZXA 4YDGA 5P0MA 3PWRA 5P4UA 4Y54A 5PEPA 1BIMA 3D1YA 1BWAA 5P2JA 2QNPA 5P57A 2NMYA 1XS7D 4Y4GA 1FQ4A 3PWMA 4Y43A 4WY1A 2BKTA 4I0HA 5F00A 3JVYA 2QMPA 5B18A 4LL3A 2RENA 1EBWA 2VIYA 3SAAA 2UXZA 4I1CA 5P6XA 4N00A 1BDQA 5P13A 1W5YA 5P3WA 2OHLA 1HHPA 5P5MA 2AOEA 1IZDA 3OU3A 4Y5CA 5P22A 2JYSA 5P2NA 2BPZA 2QD7A 3A2OA 2PWCA 2PSVA 5AHBA 2RMPA 1FQ6A 2O4KA 1HRNA 4RCDA 2R5QA 1Q9PA 3L5EA 4Y3TA 4F75A 4YD3A 5P8PA 4DQBA 5P01A 1BVEA 1UH8A 1XN2A 5P27A 1HTGA 4DJUA 3PLDA 5P5WA 3FX5A 5P6EA 1D4IA 2VJ9A 3UDMA 5AH9A 2WJOA 5P81A 3ZPUA 5OZIA 5P8JA 3TKGA 5P6HA 4HA5A 1FGCC 1APUE 5BWYA 4QJ6A 5P8GA 3OXVA 2I0DA 4H3IA 4I10A 4WY6A 5P1UA 3NXEA 1FQ7A 2PYMA 5P39A 4PZXA 3WZ8A 5P7CA 2WHHA 5P4TA 3QBFA 2FDDA 5P1RA 5P76A 4EJ8A 4OBFA 2HB4A 5P6QA 5P73A 4RRNA 3JVWA 2QMGA 5P2YA 1LEEA 5P68A 1AJXA 3O9LA 4A6CA 4HDBA 5P2ZA 3PSYA 4D88A 5UPJA 3SM2A 2QU2A 2QMFA 3DCRA 2QI0A 3SKFA 4LHHA 4L7GA 3PLLA 1MRWA 5ENKA 1XE5A 4RGHA 4K9HA 3GGVA 4KB9A 3O9CA 5P23A 5P0OA 3T7XA 3GI4A 5P7QA 4L1AB 1LF4A 5SY2A 3UDYA 1BBSA 3EKQA 3G72A 5P1BA 2P3AA 2G1YA 5P3TA 4ER2E 1HVRA 2FMBA 2R3TA 1HTRB 4Y3GA 5P8DA 1IDBA 2I4DA 5P6YA 5P24A 5P8VA 5P26A 4OC6A 3SA8A 3H5BA 1E5OE 3O9FA 4DQCA 2I1AA 5P66A 3QP0A 4Y9WA 4EJDA 1EBZA 5P09A 5P6OA 5P6ZA 4ER1E 2FGVA 4XKXA 5P62A 3ZKXA 1CMSA 3OUDB 5OZ4A 1KZKA 4Y3PA 4Q1WA 3K5GA 5OZRA 3FKTA 5J25A 5P1EA 1HIHA 3ZKQA 4A4QA 3QAAA 1D4KA 4DJPA 4XX3A 2FDEA 1FMUA 3S7LA 4Y4EA 2CENA 4ZPGA 1B5FA 5P0AA 1ZJ7A 5P4LA 3I2LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHS A;  3BVB A;  3DV1 A;  2QZX A;  5P6P A;  3NU9 A;  1M43 A;  3GGX A;  5P1H A;  1FF0 C;  5P0X A;  2WF3 A;  1Z1R A;  5P3J A;  5P0G A;  5OZA A;  5P6B A;  4PZW A;  5P83 A;  5P6V A;  1HXW A;  1W51 A;  4EXG A;  5P4B A;  5OZT A;  5SZ9 A;  5P07 A;  1EAG A;  4ZPE A;  5P7I A;  1PSN A;  3EKV A;  1EPP E;  1QDM A;  2HB2 A;  3TNE A;  4AA8 A;  5P6L A;  1T3R A;  5P2O A;  3EM6 A;  3SFC A;  5P1F A;  5P0Y A;  5DQ4 A;  1A30 A;  4K4Q A;  2P3B B;  1AAQ A;  1HIV A;  4GJ5 A;  1AZ5 A;  4J5J A;  3VLA A;  4EHC A;  3QVC A;  4GZF A;  5CON A;  5P4Y A;  1HBV A;  3TL9 A;  4YD6 A;  3GGU A;  2I4X A;  4I0F A;  1PSO E;  3QVI A;  4FIV A;  3RU1 A;  3VFA A;  1EPQ E;  5OZ8 A;  2G26 A;  3UDJ A;  1K6T A;  3IGB A;  2ASI A;  4Y5P A;  1KJF A;  5P55 A;  5OZZ A;  4Y3J A;  1D4H A;  3R1G B;  2PC0 A;  3N3I A;  2FS4 A;  2ANL A;  5P0I A;  4J1C A;  5P5N A;  3S43 A;  1WKR A;  4DJX A;  4MC2 A;  1FG6 C;  5P71 A;  5DGW A;  1GNO A;  3HD8 A;  1MT9 A;  3VV7 A;  5DQ1 A;  1YT9 A;  1UH7 A;  2OHN A;  3I7E A;  5P3Q A;  2VIE A;  1BDL A;  1LYB B;  1K2B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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