4FM8A

Crystal structure of bace with compound 12a
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Spirocyclic sulfamides as beta-secretase 1 (BACE-1) inhibitors for the treatment of Alzheimer's disease: utilization of structure based drug design, WaterMap, and CNS penetration studies to identify centrally efficacious inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fm8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fm8A02
4OBGA 5P7KA 4DV9A 3IAWA 6FIVA 2P3BB 1B6MA 3UCBA 4BELA 1MVPA 1UH7A 3K5DA 5P8UA 4B00A 5P7WA 4FM8A 3PI0A 3UFNA 1HXBA 4H3JA 1YTIA 4LHHA 5P4EA 4Y48A 4BFDA 1HPVA 1TW7A 4DJXA 1FG8C 4BFBA 5P27A 3O9HA 5OZ2A 3BVAA 1C6YA 2OHMA 1HTGA 3OQKA 4H3GA 2AVVA 4YA8A 1Z1RA 7HVPA 5P8DA 2BPWA 2QMFA 2OHUA 1MSNA 1C6XA 2VJ7A 2OHKA 5P30A 2R5QA 2NPHA 2R43A 3PWRA 5P5PA 3OUDB 3BGBA 5OYTA 5P08A 3EM6A 2Q54A 5P87A 4PPHA 5OZFA 3VEUA 3M9FA 1FQXA 2QU2A 4I0GA 3ZKIA 3OADB 3BGCA 2O4PA 2ER0E 3BC4A 5P7YA 1NH0A 4Z50A 1OEWA 5P0RA 5P6PA 1KJHA 3G70A 2HIZA 5HDZA 1GKTA 5P14A 3TLHA 1META 5PEPA 1T7JA 4EQJA 3SPKA 5P1IA 5P3RA 4AUCA 1HVSA 4Y4BA 1W6IA 1HTFA 3O9GA 3K4VA 3OU4B 3OQ7A 3LZYA 5OZZA 4B1DA 3K5CA 5ENKA 2O4SA 5P7OA 2ZE1A 5KQFA 4ACXA 5P8OA 5KOSA 1TSQA 4Y4EA 1E81E 4NJTA 2HC0A 3GI0A 1D4IA 5APRE 3VSXA 5P2EA 4TVGA 4Y3FA 1XN2A 5P6QA 4CPXA 4D88A 5P6DA 5P3IA 5HE7A 5DGWA 2VNMA 3HVGA 3RU1A 2G1RA 4NPTA 3OAGA 5P34A 5B18A 5P2QA 5P23A 5P3JA 5P88A 5P1SA 5P12A 4LAPA 2A4FA 5P3PA 1LZQA 5P2DA 5P71A 5P0ZA 3KFNA 5P4RA 1YT9A 5JFUA 3C9XA 4RCFA 2AVQA 4OBZB 4YHQA 5OZLA 5P2TA 4B72A 1EBWA 2HB2A 5P1NA 2HPFA 5P6BA 5P39A 1VIKA 5P7TA 1W6HA 4GZFA 1PPME 1IZIA 1TCXA 4Y37A 1LYWA 1TQFA 5P19A 5P4ZA 3NU5A 2PC0A 5AHAA 2AZ8A 5P1VA 5P7BA 4DPIA 5OYYA 2BPYA 2B7ZA 2Q15A 3N3IA 5KOQA 5P1TA 3GI4A 4EWOA 5HVPA 1G0VA 1EPOE 2I0AA 2RENA 5P59A 2RKFA 7UPJA 2ZJIA 5P8VA 4Y5CA 2B7FA 2ZHUA 4H3IA 4JPEA 5P8SA 5P09A 4K4PA 5P1DA 4DQCA 1K2CA 1ODYA 5P2VA 1HVRA 5P83A 3O9IA 5P3WA 5P3DA 2I4XA 5P3FA 5P6ZA 2JXRA 3NLSA 4J1KA 1AZ5A 2G27A 3D1YA 3HLOA 3NXNA 4QJ6A 5P62A 1AIDA 5P0MA 1BV7A 5P5OA 4LXMA 5DR1A 3NWXA 5ENMA 4M8XA 1TSUA 1W50A 5P1YA 4AMTA 2QI6A 2AOGA 1IZHA 2J9KA 5OYVA 3OHHA 2QD8A 3Q6YA 2G20A 1HEFE 2QI0A 5P1AA 5P37A 2WEDA 5OZUA 2OF0A 2F8GA 5P4LA 3N4LA 4FM6A 2JJIA 5I3YA 4RRSA 3FV3A 1B6PA 1FQ5A 2VJ6A 5P06A 4U8WA 3IXJA 2F3FA 1DIFA 5P1ZA 1BAIA 3UDHA 5P5ZA 4OBFA 1SMEA 5P6AA 4L7JA 1B5FA 3PMUA 1HRNA 3U6AA 3ZKQA 4RYGA 5P0XA 2G1OA 3QS1A 2F3KA 3LZSA 5P41A 3PWWA 5KR0A 4GJCA 4J0VA 5CLMA 3VYDA 5P26A 5OZ8A 4Y3JA 5P5TA 1ER8E 5P85A 1MPPA 4Y3QA 1ODXA 2QZWA 3PM4A 4QJAA 5P1EA 4EJKA 5P6XA 5OZ5A 4DJOA 3A2OA 3SA5A 5P3KA 3CICA 5P4SA 3APRE 3HVPA 4Y6MA 5AH9A 3DUYA 2Q64A 5DQ1A 3DCRA 1KJFA 3PSGA 5P35A 2QP8A 5HU0A 4YE3A 4ZE6A 5P5LA 4Y54A 2WF3A 5P7AA 3DV5A 5P1WA 4LXKA 2QZLA 1BVGA 3OTYA 5HE5A 5P22A 4Y5BA 3DM6A 3O9CA 3IVIA 3VF5A 1EBKC 5P46A 3QVIA 4MC2A 2IKOA 4I8WA 4DFGA 5OYUA 4Y5KA 3LINA 1IVQA 4EHCA 5AHCA 5AH7A 5P84A 1YTGA 2O40A 1YTJA 4YCTA 2BPXA 5P73A 3WB5A 3O99A 5OZJA 5P65A 1F34A 3CKRA 1BBSA 5P2JA 3O9BA 4CPSA 5P2SA 1M4HA 3ZKSA 2O4NA 3NU6A 4TVHA 4Y3DA 3DCKA 4Y3MA 3TOFA 5P53A 4FIVA 1MUIA 3GGXA 3HAUA 3UDPA 3UF3A 2QK5A 3IN4A 5P7CA 5P47A 1D4LA 3FX5A 1YM2A 3PVKA 4N00A 6UPJA 1LYBA 2WHHA 3D1XA 4Y36A 5KQXA 3S7MA 3PCWA 5P6VA 3FKTA 2UPJA 4HDBA 5IVRA 5P4CA 3OTSA 1IZEA 5P6HA 5P8BA 3NSHA 4ZIPA 3JW2A 4D89A 5ER2E 1WBKA 5JG1A 4NKKA 4Y41A 1BVEA 5OZ4A 4I10A 2FXEA 5P45A 3SFCA 1QBUA 5P4JA 1AAQA 2MIPA 5P6GA 3KT2A 3OXVA 3BVBA 5P5NA 9HVPA 1E5OE 3MXEA 3EKWA 4Y3RA 4CPQA 1AVFA 3OQAA 2B42A 4DJUA 2I4VA 1IIQA 4U7QA 4I11A 4JP9A 4EP3A 5P0LA 4TRYA 3INDA 4QJ8A 3I7EA 3LPIA 3NDUA 3R0YA 5P61A 3CIBA 2IRZA 2ER9E 4EXGA 2XFJA 2FDDA 4OD9A 5P0OA 5P0QA 5AH6A 5KR1A 1IBQA 3SAAA 4CPWA 3UDKA 3SM1A 2OAHA 2WEZA 3D91A 2P8HA 1Z1HA 2APRA 2XFIA 5P76A 1SP5A 3S53A 3AIDA 3RTMA 2BPVA 2VA7A 1YM4A 4EJLA 1KJGA 3B80A 5P4YA 5P82A 2VA6A 4OBJA 5OZYA 5KQYA 2XYFA 2B8VA 1KJ7A 2A1EA 1D4YA 2Q11A 4Y4GA 4B1CA 3EL5A 4QGIA 3LIQA 1SDVA 4L7GA 5DR8A 1BXOA 4FCOA 2QMPA 4Y3PA 5P57A 5P5CA 4ZSRA 3K5FA 3I8WA 1MSMA 3RTNA 4Y3HA 2SAMA 3UQUA 3URIA 5P02A 1XL5A 4EJDA 4WY6A 2HAHA 2VS2A 1JLDA 2V13A 5P5HA 2QNPA 4OBHA 2ZGAA 2BBBA 5HTZA 4Y3WA 2BPZA 4ZPFA 1GVUA 5P4DA 4J55A 4L1AB 3R2FA 1EPNE 5ER1E 5P1RA 3G72A 2QI7A 1BDQA 1ZSRA 3O9LB 1GNOA 1RPIA 4Y39A 5P5JA 4Q1YA 3UPJA 4AZYA 1D4JA 4CKUA 2B60A 1WBMA 3Q3TA 4M8YA 1DW6C 5P72A 5P89A 4GJ6A 4Y43A 3QVCA 5OZBA 4RVXA 3DJKA 4RZ1A 5DQCA 3VUCA 5P33A 2ZHVA 5P0VA 1K2BA 5P5YA 3PHVA 5F00A 2QHCA 3HZCA 1IDBA 2QMGA 2ANLA 4DJPA 2WF1A 2V16C 3EL4A 4FRJA 3SACA 3G6ZA 4K4RA 5JFPA 2AVOA 3NUOA 4MC9A 3KM4A 5P3CA 4Y5AA 2VNNA 2OHLA 4I0ZA 1BIMA 5P49A 5P1UA 2AZCA 2ER7E 1BWAA 3T3CA 3NR6A 5DR7A 5P5AA 5HD0A 5P1PA 4B70A 4J0TA 3T7QA 2QU3A 1HIVA 5P7NA 1QBRA 5P6LA 3ZPTA 4Y5EA 3TPRA 4APEA 4Q1WA 3OXCA 4YDFA 5COKA 5P67A 1K6TA 5P3XA 5P4IA 1SGUA 2WEBA 3FNSA 5P4BA 4HA5A 3VSWA 1QS8A 1N49A 4NJSA 2CENA 1PSOE 3EL9A 4WY1A 3QRMA 5P4WA 3SA4A 3DOXA 4PZWA 2JE4A 5P07A 5P3AA 2VIYA 5P3NA 1W5YA 4J1HA 3L5CA 1OEXA 2ZJJA 1LV1A 2NNKA 3GGUA 2WF2A 4DH6A 5SZ9A 3HD8A 3UDYA 4QJ9A 5P43A 3MWSA 4LC7A 5OYXA 3INHA 4OC6A 3NUJA 5DQ4A 2O4KA 1DP5A 8HVPA 3EKXA 5P7JA 2EWYA 3TPLA 4NPUA 2ZHTA 1K6CA 5P0DA 1FQ6A 1HVHA 4NJUA 5P2GA 3I2LA 5P63A 1LS5A 3R0WA 5DPZA 5P5GA 2ZJLA 3EL1A 2PK5A 4J0YA 4B1EA 4XX3A 5OZ6A 2CEMA 3AUPA 3LIYA 5P51A 2VA5A 1HWRA 4YD4A 3UDJA 5P7PA 4Y44A 1FMUA 4J1EA 3GI6A 3IA9A 1HXWA 1NPAA 1GVWA 4R93A 4BEKA 4HDPA 1RV7A 2V10C 5OZKA 5HCTA 2HPEA 5P1GA 5OZSA 5P8PA 4GJBA 2G1SA 1B11A 1SDTA 1XE6A 2QI4A 3BXRA 1GNNA 3PLLA 5DR3A 5P28A 5P1FA 4GJ5A 4RVIA 1OHRA 2AIDA 3PB5A 5AGZA 5AH8A 4GJDA 1SIPA 2Q63A 3S45A 2BQVA 5P7RA 5BS4A 1AM5A 5KQZA 5OZ0A 2F81A 4ER4E 4XX4A 3UTLA 4GB2A 5SY3A 5P32A 5P1JA 3CIDA 4COEA 5P2FA 2IDWA 3OUAA 3PJ6A 1E80E 2JYSA 2FDPA 3GW5A 1ODWA 1EPME 1PSAA 5P86A 2Q5KA 2OHRA 1K1TA 2OHPA 3EKQA 1IVPA 4Y53A 4DQHA 5I3WA 2FXDA 4S1GA 4I8ZA 2HB3A 5P4AA 4PEPA 2QAKA 2WF4A 1PFZA 5P2AA 1MRXA 5P4XA 5P50A 5OZIA 3SA6A 1APUE 3MSLA 1Q9PA 1A94A 5P6CA 4Y58A 4YDGA 1NPWA 1LYWB 3TTPA 4Y3SA 4F76A 2G22A 3KFSA 2PYMA 3OUCA 3LIXA 2AVSA 1UH8A 3EMYA 5IVSA 5P0HA 5P42A 5P81A 3TKGA 3CKTA 5OYWA 5P31A 4RLDA 2UY0A 1UH9A 4IVSA 3EKPA 2IEOA 4I0EA 2NR6A 3VCMA 5P3BA 5P0BA 3OGPA 4Y4XA 5P01A 5P2OA 3NDTA 5P0YA 2V12C 5P4QA 1BDLA 2O4LA 4F73A 1XE5A 3SA8A 2OHSA 3BXSA 3KYRA 5OZDA 5P4HA 2BKSA 5P20A 3S85A 4HEGA 3VV6A 4FRKA 2R8NA 5P48A 2XYEA 2HM1A 2NMYA 4Y5MA 5P15A 4UPJA 5P80A 5P8LA 1HSIA 1FIVA 1FLHA 4X2LA 3VLBA 5P7VA 3TPJA 1GNMA 3OXWA 5I3VA 3ECGA 3Q70A 3WZ6A 4DJYA 4Y3XA 1FFIC 5P0AA 3KA2A 1LEEA 3LZVA 4J0ZA 3BUHA 5P8EA 2I4WA 3UQWA 3MXDA 1HVJA 2ASIA 4GJAA 4YCKA 1HTRB 4CMSA 1APVE 2R3TA 4Y3YA 4Y4JA 3KDDA 3OU3A 5P0NA 3QPJA 4FSEA 3K1WA 3VG1A 4ER1E 4CPTA 3EKVA 1XN3A 2UXZA 3FIVA 5IVTA 3O9DA 1DAZC 1J71A 1B5FB 1ZP8A 5OYSA 5AHBA 4LP9A 1PPKE 5P3UA 3KFRA 3JVWA 4YD3A 3EM4A 4I0DA 3S2OA 2WECA 3PSUA 3RTHA 2AZ9A 5C9FA 4JPCA 5P56A 4DVFA 4Y3LA 5P68A 5DQ5A 1FF0C 1LYAB 5OZVA 4ER2E 4PHVA 2ZHSA 3UQPA 3INEA 4Y4AA 4GYEA 1HIIA 3KDBA 1EC2A 3U71A 3VV8A 5EZZA 2Z54A 4YD7A 1ZBGA 4YOAA 3EXOA 4R5NA 3VV7A 3SLZA 4JOOA 5P70A 3VYEA 5IE1A 1M0BA 3BUFA 5P66A 5P7ZA 4LL3A 3DV1A 3OU1B 2QD6A 5C9DA 3TH9A 3KN0A 4FLGA 2AOJA 3SA9A 5E5JA 4DI2A 3OGQA 1LF2A 2OHQA 5KR8A 3ZKGA 1QBSA 3L5BA 1SH9A 1A9MA 5P40A 3ER3E 5P6UA 2VIJA 5P6FA 1XDHA 3PBDA 4FAFA 3I6OA 5P2IA 3URLA 2PK6A 1ZPAA 5P2XA 2PSVA 4APRE 1MRWA 4J54A 2F3EA 5P0CA 5P6NA 1FQ8A 4FM7A 1FKNA 1CZIE 1IDAA 2IGXA 3ZKMA 3LHGA 4Q1XA 4LXAA 5P5IA 1T6EX 2QNQA 4KUPA 3HAWA 3KT5A 3TOHA 3GGVA 5P4OA 4YOBA 5P05A 2PWRA 3LIZA 5E5KA 4GMIA 2QD7A 1M43A 5OZAA 1EAGA 3TOGA 3D3TA 1D4KA 5P8NA 1B6KA 1LYBB 5EZXA 3OOTA 4IVTA 5P6KA 5P17A 3PWMA 1G6LA 2QZKA 3APPA 4ZSPA 2VIEA 1NSOA 1A8GA 5P3SA 5OZXA 3IXKA 5OZMA 2Z4OA 3QIHA 1D4HA 1ZPKA 2B8LA 4TRZA 1PSNA 2P3BA 4RRNA 1F7AA 5P2KA 2G1NA 1KJ4A 1BWBA 3L5DA 4ZSQA 1K6PA 2QHZA 5P0SA 4Y5LA 2NMZA 5P3GA 2WF0A 4YBIA 4NJVA 4L6BA 1PROA 5P55A 5P8QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBG A;  5P7K A;  4DV9 A;  3IAW A;  6FIV A;  2P3B B;  1B6M A;  3UCB A;  4BEL A;  1MVP A;  1UH7 A;  3K5D A;  5P8U A;  4B00 A;  5P7W A;  4FM8 A;  3PI0 A;  3UFN A;  1HXB A;  4H3J A;  1YTI A;  4LHH A;  5P4E A;  4Y48 A;  4BFD A;  1HPV A;  1TW7 A;  4DJX A;  1FG8 C;  4BFB A;  5P27 A;  3O9H A;  5OZ2 A;  3BVA A;  1C6Y A;  2OHM A;  1HTG A;  3OQK A;  4H3G A;  2AVV A;  4YA8 A;  1Z1R A;  7HVP A;  5P8D A;  2BPW A;  2QMF A;  2OHU A;  1MSN A;  1C6X A;  2VJ7 A;  2OHK A;  5P30 A;  2R5Q A;  2NPH A;  2R43 A;  3PWR A;  5P5P A;  3OUD B;  3BGB A;  5OYT A;  5P08 A;  3EM6 A;  2Q54 A;  5P87 A;  4PPH A;  5OZF A;  3VEU A;  3M9F A;  1FQX A;  2QU2 A;  4I0G A;  3ZKI A;  3OAD B;  3BGC A;  2O4P A;  2ER0 E;  3BC4 A;  5P7Y A;  1NH0 A;  4Z50 A;  1OEW A;  5P0R A;  5P6P A;  1KJH A;  3G70 A;  2HIZ A;  5HDZ A;  1GKT A;  5P14 A;  3TLH A;  1MET A;  5PEP A;  1T7J A;  4EQJ A;  3SPK A;  5P1I A;  5P3R A;  4AUC A;  1HVS A;  4Y4B A;  1W6I A;  1HTF A;  3O9G A;  3K4V A;  3OU4 B;  3OQ7 A;  3LZY A;  5OZZ A;  4B1D A;  3K5C A;  5ENK A;  2O4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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