4FO0A

Human actin-related protein arp8 in its atp-bound state
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
593
structure length
502
Chain Sequence
GPLVPESLQEQIQSNFIIVIHPGSTTLRIGRATDTLPASIPHVIARRHKQQGQPLYKDSWLLREGLNKPESNEQRQNGLKMVDQAIWSKKMSNGTRRIPVSPEQARSYNKQMRPAILDHCSGNKWTNTSHHPEYLVGEEALYVNPLDCYNIHWPIRRGQLNIHPGPGGSLTAVLADIEVIWSHAIQKYLEIPLKDLKYYRCILLIPDIYNKQHVKELVNMILMKMGFSGIVVHQESVCATYGSGLSSTCIVDVGDQKTSVCCVEDGVSHRNTRLCLAYGGSDVSRCFYWLMQRAGFPYRECQLTNKMDCLLLQHLKETFCHLDQDISGLQDHEFQIRHPDSPALLYQFRLGDEKLQAPMALFYPATFGIVGQKMTTLQHSLFEGKALGLDKAILHSIDCCSSDDTKKKMYSSILVVGGGLMFHKAQEFLQHRILNKMPPSFRRIIENVDVITRPKDMDPRLIAWKGGAVLACLDTTQELWIYQREWQRFGVRMLRERAAFVW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin-related protein 8
publication title Structure of Actin-related protein 8 and its contribution to nucleosome binding.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Gene regulation
total genus 167
structure length 502
sequence length 593
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.90 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4fo0A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A04
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4fo0A03
4CI6A 4BRQA 1NGCA 3HI0A 1GLFO 3VENA 4M63C 3MN6A 4PKIA 5FPNA 5AFUH 3LM2A 4H5VA 1XQSC 4IO8A 4H5WA 1Q18A 4O8KA 3QBWA 5E26A 2GELA 1DKGD 4H0VB 4MO4A 4BR7A 2NLXA 3A8YA 1P8ZA 3KZBA 5AQJA 5AQXA 3D2EA 2VWBA 2A3ZA 4DQ8A 3TU5A 3ULEB 3BEXA 3VEZA 4EHUA 3CERA 5AQIA 3SMSA 3C7NA 3LDNA 2Q0UA 2PAVA 5BN9A 3UKUA 3CI5A 3J8AA 3B8AX 5BREA 2NZTA 5F1XA 5E84A 4PKHA 2ZGYA 4GY2B 3EZWA 4IWVA 4CZLA 5JICA 3O6WA 1NM1A 5KPRA 4YDUC 1S3XA 2BUPA 3O1BA 1HKBA 1RFQA 4CZEA 3FZMA 2ZWHA 2CGJA 1D4XA 5EY4A 4F9OA 2GTDA 3BP8A 1HX1A 2E2OA 3LM9A 3A5OC 5BPLA 5LJWA 1S22A 4BVPA 4BRLA 4FWRA 2QWOA 4A61A 4PL7A 1JCEA 4FL9A 2KHOA 4BR5A 2F9TA 1DGKN 4O5FA 1NGHA 3SLCA 3C0BA 3ZETB 2A40A 2CH5A 4WQ4A 2QWRA 3FZLA 4NB4A 2PBDA 2IVNA 1QZ5A 2D0PA 3JXUA 1LOTB 1GLLO 4JHDB 3ULEA 3QFUA 3H45C 1BG3A 3MN5A 3QBXA 3IUCA 2P9NA 3VF4A 4BRMA 4BG8A 2P9UB 2I7PA 3U9ZA 4B1WB 1NGEA 4AM7A 2IVPA 2E2QA 3MMVA 5KQ8A 1WOQA 4FPBA 5BN8A 3VGMA 2Q36A 5JLHA 1H1VA 3VEWA 1RGIA 3WT0A 4ISGA 2P9LB 5EVZA 1NGJA 4BR0A 1GLAG 2QWPA 1U6ZA 1IG8A 4M7YA 2QW9A 3DXKB 3O4WA 1Z6RA 4CD3A 5AQQA 1XUPO 4B1ZA 4B1YB 1DEJA 5EOYA 1E4FT 3DAWA 4A2BA 3QICA 3MCPA 4EIAA 1YAGA 5AQLA 5F0XA 2P9IA 3IDHA 4AM6A 4CZJA 1YUWA 5AQHA 2ASPA 5AQZA 1NMDA 4K41A 4I6MA 3CJCA 4RWTA 1BA1A 4QS8A 3AARA 5KPZA 4IZ9A 4A62A 4FWQA 3OHRA 1Y64A 2ASMA 3FZFA 3RSEB 5LY3A 4IJAA 1GLBG 2V7YA 3EN9A 2P9UA 1ATNA 3WXKA 4CZGA 4BC5A 5EXWA 3CQXA 2A41A 5AQMA 4BREA 2CGKA 3VEVA 1U2VB 1ZXOA 2E2NA 2E1ZA 3CQYA 5BRFA 3MN9A 4FPAA 3AAQA 3MDQA 3VESA 2FLOA 1T6DA 3R6MA 2P9LA 2VCPA 4K43A 5AQUA 4BRFA 3CJAA 2VYPA 1R59O 3VEYA 3D2FB 2FSJA 4BRHA 2Q97A 3DXKA 4DB3A 3L4IA 1G99A 2V51B 3KVGA 3LDQA 1WUAA 4BG9A 3FFKB 3H6EA 4CZKA 2W41A 1SZ2A 4DCHA 1BOTO 4B9QA 2HF3A 1NLVA 3FLCO 5BPNA 3S41A 4RCHA 1X9JA 4E1JA 2A5XA 1T44A 1QZ6A 5AZJB 1TYQB 2QWNA 2QWLA 3MK6A 3LDLA 4BRKA 4BQLA 1BO5O 2AA4A 1GLDG 4KBOA 3L0QA 2P9SB 3D7EO 3VEXA 2ITMA 1NGDA 5AQNA 3P4IA 4FWLA 4XH1A 2CH6A 2QXLA 4H0OA 1NBWA 4BROA 5CE3A 3BF1A 4LC9B 3ENHA 5ADXA 2YHXA 5B8HA 1ESVA 5KPTA 2QWMA 5AQPA 2DPNA 2GEMA 3SJHA 4CBWA 3UB5A 4J8FA 1KAYA 5BR9A 3VEOA 4EFHA 4CZMA 4CZIA 5EX5A 3WXIA 3UKRB 4BRGA 1IJJA 2E20A 2Q2RA 3D2FA 1NGBA 3ATUA 3WEEB 3UE5A 3FZKA 3H3NO 5AQRA 3GBTA 3HSCA 2J4RA 3F9MA 2ASOA 3ZX3A 2NRHA 4BC4A 2YJEA 4PKGA 3QB0A 2D0OA 3ATVA 4BVOA 2P9PB 1KXPA 5AQOA 3QMLA 3M6GA 4FWOA 3JS6A 3CJBA 4YDUA 3IFRA 3VF6A 2D4WA 1ATSA 1TYQA 5I9EB 1NGGA 1BUPA 2GWJA 4WQ5C 3VGKA 4BRNA 2YHYA 3EO3A 4H5RA 5JMVA 2P9SA 1RDWX 2IVOA 3AAPA 4BR2A 5JLFA 1NGIA 1MWKA 1OKJA 3U9DA 4CJ7A 4CBXA 1V4TA 3ID8A 3SMPA 4MO5A 2CGLA 4BRPA 1YXQA 4L3QA 2E88A 4FOIA 2GWKA 2F9WA 3FZHA 4K42A 3HZ6A 4FWNA 1HKGA 4NO7A 5AZIB 3ZETA 4B1VA 3CJ9A 5ADXH 3CJ7A 4B1XB 1BU6O 2E8AA 3U8XA 3H1VX 2Q1NA 4JHDA 1HUXA 2Q0RA 5AQFA 1QHAA 1X3NA 1SAZA 1JCFA 2D1KA 2A42A 2P9PA 2YJFA 4H0YB 4EAHD 3W3DA 2HOEA 2FSNA 4Z94A 5FPEA 1Z05A 2WUSA 4FWPA 1XC3A 2FSKA 3G25A 3SK3A 3R8EA 4BQZA 4PL8A 2HF4A 2ZF5O 1ATRA 1YVNA 4A2AA 4HWIA 3LDPA 1MA9B 5BRHA 4DHYA 1TUYA 1NGFA 4BRCA 2GUPA 4CD1A 3GG4A 5AQSA 3LDOA 1HKCA 4Y0WA 5LJVA 4ISEA 3FE1A 1SQKA 3DJCA 3M1FA 2QM1A 3GL1A 5AZIA 3HM8A 4BRIA 5AQKA 4C23A 5TKYA 3MN7A 3VPZA 1ZBSA 3FR0A 3GE1A 1BDGA 4H03B 4FSVA 4HTLA 2Q31A 3I8BA 4QS7A 1QQMA 3O5BA 3DWLA 4H5NA 2V7ZA 3RSEA 4MLHA 3QDKA 4WQ4C 3BF3A 3QFPA 3EL2A 4H0TB 1ZC6A 2OANA 2P9NB 1BWFO 3O8MA 3WXJA 4BC3A 3CETA 5ELZA 1KAXA 3A5NC 4JAXA 1GLEG 2UYTA 4RTFD 5AQVA 3A5MC 3TPQA 1KAZA 1QQNA 1U2VA 4ISFA 4CZHA 5FPDA 4FWSA 1C0FA 2IIRA 4XH4A 3GDQA 4XEIA 3ZEUB 2E1YA 1T6CA 2FF6A 5FPMA 1E4GT 3M3ZA 3CHWA 3DXMB 3EKUA 4BC2A 3WXLA 3WUHA 1TUUA 3O1WA 2P9IB 4IXCA 3EKSA 2QWQA 1X3MA 2YI1A 3U4LA 4MLEA 4JNEA 3VERA 5AZJA 1MWMA 4FO0A 3H46O 2P9KB 3WQTA 4I6MB 3ZX0A 3VF2A 4BRAA 4QS9A 5AQWA 2FF3B 4JD2B 3VGLA 1NGAA 1V4SA 2ZGZA 3GOIA 4CZFA 1NWKA 5AFUA 1K8KB 4H0XB 1HPMA 2V52B 3O08A 4M7XA 4CBUA 3H1QA 4BRDA 3BUZB 1MDUB 4WYBA 2YCHA 1J6ZA 4FWMA 4EHTA 2YHWA 3ZX2A 3CIPA 4GNIA 4BR4A 1GLJO 3L6QA 3H3OB 1C0GA 1BA0A 2A6AA 5BPMA 3UKRA 3ZEUA 5F2RA 3A0IX 5AR0A 1LCUA 3A5LC 3WEEA 2BTFA 2H3GX 3WQUA 4FWKA 5AQGA 4H0PA 2HMPA 3R9PA 1QQOA 3HTVA 3D2EB 3DXMA 4BGBA 4IJNA 3O80A 1HLUA 3FGUA 3W0LA 4H5TA 5AQTA 4K25A 4XH5A 2AP1A 3C7NB 3AY9A 5AQYA 4FOEA 2EWSA 3HBTA 4WQ5A 3VOVA 3KHYA 1HJOA 3UKUB 3VETA 1CZAN 2E2PA 4JN4A 4B1UB 5BRDA 2P9KA 3ENOA 3LL3A 3I33A 3IMXA 4JD2A 4BR9A 5KQDA 2FXUA 2I7NA 1GLCG 2W40A 1JCGA 4BGAA 3CJ1A 1K8KA 1EQYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OPQA 4JKCA 3D45A 1M1KO 2EX3A 4LF6K 3DLHA 2E5LK 4CCHA 3HT3A 2UXBK 3VENA 3CCMN 4M63C 5FPNA 4CHOA 4O55A 4IBNA 2HVHA 4CEDA 3QBWA 5E26A 4BDYA 4H0VB 4MO4A 1SKWA 3BGRA 4M3TA 4CEZA 4KHQA 5AQJA 2A3ZA 3QLHA 5A2QO 3CERA 3VN5A 5AQIA 1P90A 4FVMA 3U6FA 2HMIA 1XNQK 2FBYA 4KTWA 2PAVA 3C6TA 5BN9A 1QTMA 3UKUA 3CI5A 3B8AX 5F1XA 1NNEA 4KB1A 3KJVA 1Q9XA 1ITGA 3EZWA 4CZLA 1NM1A 5KPRA 4DR6K 4YDUC 3LP0A 4OJRA 1S3XA 3RRHA 1RFQA 5T7BA 5M1QA 4WF9L 3QERA 3ZSOA 4CIEA 1D4XA 1IKYA 5EY4A 1XMOK 1GOCA 3HL8A 5GINA 3A5OC 1S22A 5CYQA 2QWOA 1JCEA 1LAWA 4FL9A 3OYEA 4AHUA 3TTFA 1Z26A 5KGXA 3I0RA 3J7ZO 4FM2A 4ELUA 3VTHA 3HJFA 2PBDA 3TAEA 3TR8A 3CM5A 2IDOA 4OVLA 4IFYA 1KQSM 3QBXA 3IUCA 2P9NA 4LY7A 3CCQN 3LZJA 1RTIA 1SL0A 4FLUA 3MMVA 4IKFA 1WOQA 5BN8A 1DLOA 1UA1A 4JEPA 4O5BA 2W42A 3WT0A 2P9LB 1B92A 1S1TA 4JKFA 5AQQA 4CJKA 3D0PA 2D0BA 1WAFA 4KTQA 3IG1A 4CJ4A 3AGKA 1E4FT 4DV3K 2WTUA 1TL1A 2KFZA 1WLJA 2P9IA 4EZ9A 3THWB 4OKJA 3OYNA 1FKPA 3DLRA 4CECA 3AVLA 1RT1A 2YNHA 3SI6A 4I6MA 1CZBA 4QS8A 4AHSA 4IZ9A 4NYFA 1Q8IA 3E1YA 3ZT4A 4FWQA 3OHRA 1O13A 4CJQA 3J80O 4QOZB 3RR8A 2QA4N 4FJ5A 5EXWA 4LF5K 4KREA 4BREA 1X9MA 1NK0A 1ZXOA 3CQYA 5BRFA 1J5OA 4CF0A 2DFHA 2FLOA 3R6MA 3CJAA 3VEYA 1JL2A 3D2FB 1KFDA 4UY8O 1LAVA 3QESA 2JWLA 2ZJRL 2V51B 3LDSA 3CC4N 1RDCA 4NCBA 1B9FA 3TABA 4DCHA 2HF3A 4IOXA 2A5XA 3U3YA 4WCEL 3TAFA 4JI6K 1GLDG 4DTJA 3L0QA 3D7EO 3S9HA 3CCSN 3VEXA 1C0UA 3O9UA 1BQNA 3P31A 4DR1K 2O8FA 2X6NA 4DV7K 4FZYA 5C10A 3K0SA 2BGGA 4HUGA 4LC9B 1FKOA 5KPTA 3UB5A 4HHTA 4JKAA 4IDKA 1NGBA 1RBSA 3ATUA 3CCRN 4WFBL 3WEEB 5FLXO 1QQCA 2D0AA 3GBTA 3KLFA 3F9MA 4CGDA 3THXB 1N34K 1I94K 4PKGA 3AVHA 1BISA 1W97L 1BCOA 4FLZA 3MWPA 3THYA 3JS6A 1Q82O 4KPYA 1GOAA 3JSMA 2FBTA 5EU7A 3HYFA 4DTPA 3VGKA 1TK5A 2YHYA 3EO3A 3IS9A 5JMVA 2VG7A 5DK5A 1HQUA 4BR2A 1TAUA 4JI8K 3M8SA 3U9DA 1V4TA 3QEPA 4B3SK 1VSLA 2O4GA 4FM0A 3KTQA 1HR0K 1RBRA 2FC0A 4FOIA 3L2VA 4YFUA 4GV9A 3VQ9A 4M42A 4NO7A 4IG0A 1HKGA 3ZETA 5C15A 1EXQA 4AILC 2XY6A 3SBGA 4Z4GA 4CJWA 4JS4A 2WOMA 2XY5A 1KD1O 4BE0A 3TWHA 2Q1NA 3CCJN 4F8RA 3CCUN 1HUXA 2Q0RA 4B9MA 3NBPA 2D1KA 2A42A 3QIPA 4H0YB 2F96A 4EZ6A 1Z05A 4ZTFA 3TAPA 2PFUA 3NVMA 2UU9K 3G25A 3K2PA 3N4QA 3PX4A 3B6OA 5JENA 2ZF5O 1YVNA 3LDPA 3V9XA 2UUCK 5BRHA 4DHYA 3TSQA 4DKWA 5I3UA 5AQSA 1HKCA 4Y0WA 4DR2K 3QEVA 5DM7L 4ISEA 3FE1A 3V1QA 5CHIA 4DV0K 1FW6A 2KQ2A 4NLBA 4GV6A 3KLHA 4V19S 2X74A 2R7YA 2NRVA 4E7LA 3MN7A 3VPZA 4FLYA 3HVRA 3S3MA 1RT5A 3ITHA 4DFPA 1M90O 3KLIA 3DWLA 4CHQA 3RSEA 2ITGA 2P5GA 3EL2A 4OPKA 2OANA 4BC3A 4FXDA 3CETA 5ELZA 1KAXA 4JI5K 3K9KA 2JWKA 4JAXA 4HCBA 4C1NI 5AQVA 3JYTA 1ZBLA 5BR8K 1IBKK 4M3ZA 5FPDA 1ASVA 4XEIA 3EE8A 2O8EA 1HMVA 4CEFA 4Y1DA 3THVA 1LV5A 5FPMA 1T3VA 3NF8A 4CJEA 3M3ZA 4BC2A 3I0SA 5KRTA 2O8CA 3VQ5A 3UIQA 2DTUA 1WAJA 4DQSA 4HUFA 3CMEN 4FO0A 3QO9A 3CFPA 1C0MA 1W9HA 3VF2A 3NF9A 4QS9A 5C25A 3K59A 4XJXA 4DV1K 4Z4IA 1LW0A 3GOIA 4CJFA 1S6QA 4H0XB 1VAZA 4E1NA 1VQ4N 2IC3A 2P1JA 4FLXA 4M3YA 1CXUA 3RVCA 3DRPA 1MDUB 2YCHA 1J6ZA 3T69A 4FWMA 4U7BA 1YI2N 3ZX2A 4B8CA 3CIPA 4BR4A 3L6QA 3H3OB 1D8YA 3VQ4A 1BA0A 4QAGA 1J54A 1NJIO 3VQ8A 3ULDA 3WQUA 5LMUK 2YKNA 1WSIA 2HMPA 5SWMA 3BDPA 3R9PA 3ZYYX 3HTVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4BY9 C;  2KFN A;  4IXC A;  5FRO A;  2NRR A;  5GAG P;  4MLE A;  5J2P A;  4JYA K;  4RW9 A;  4RW8 A;  1LWE A;  2WFB A;  3RTV A;  1MWM A;  3WQT A;  2P9K B;  3RMC A;  4BRA A;  2IOC A;  3ZSW A;  4JD2 B;  3VGL A;  1OH5 A;  3AVA A;  1NGA A;  1RDA A;  1V4S A;  1YF5 L;  2ZGZ A;  3VMF B;  4CZF A;  1S1U A;  1K8K B;  1YIJ N;  4DFK A;  1HPM A;  4JS5 A;  4CIF A;  2OYQ A;  4FJH A;  4MQ3 A;  4Z4H A;  4AQY K;  4AF1 A;  4BRD A;  1WSH A;  3E9O A;  4CK1 A;  4LF4 K;  1HYZ A;  5HBM A;  3WNG A;  3C6U A;  3OYH A;  1IH7 A;  1C0G A;  5FRN A;  1RTH A;  2A6A A;  1EX4 A;  1I3A A;  4FK0 A;  3UKR A;  1ZBH A;  1LCU A;  1D5A A;  3VQ6 A;  2P5O A;  4MDB A;  1BIU A;  5AQG A;  3V9U A;  2NUB A;  1J5E K;  3LAL A;  1HJR A;  3K5N A;  2QKK A;  3DXM A;  2OPP A;  4DSJ A;  4DS5 A;  3OYI A;  1VRU A;  2AP1 A;  3C7N B;  4O8U A;  4FOE A;  4CEQ A;  3VOV A;  1KLN A;  3SCX A;  4DLG A;  4B1U B;  1NK6 A;  1VSF A;  2HND A;  4X64 K;  2XO7 A;  3PX6 A;  5KQD A;  4BR9 A;  4F3T A;  3LPU A;  4DR3 K;  4BEB A;  1XMQ K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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