4FO0A

Human actin-related protein arp8 in its atp-bound state
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
593
structure length
502
Chain Sequence
GPLVPESLQEQIQSNFIIVIHPGSTTLRIGRATDTLPASIPHVIARRHKQQGQPLYKDSWLLREGLNKPESNEQRQNGLKMVDQAIWSKKMSNGTRRIPVSPEQARSYNKQMRPAILDHCSGNKWTNTSHHPEYLVGEEALYVNPLDCYNIHWPIRRGQLNIHPGPGGSLTAVLADIEVIWSHAIQKYLEIPLKDLKYYRCILLIPDIYNKQHVKELVNMILMKMGFSGIVVHQESVCATYGSGLSSTCIVDVGDQKTSVCCVEDGVSHRNTRLCLAYGGSDVSRCFYWLMQRAGFPYRECQLTNKMDCLLLQHLKETFCHLDQDISGLQDHEFQIRHPDSPALLYQFRLGDEKLQAPMALFYPATFGIVGQKMTTLQHSLFEGKALGLDKAILHSIDCCSSDDTKKKMYSSILVVGGGLMFHKAQEFLQHRILNKMPPSFRRIIENVDVITRPKDMDPRLIAWKGGAVLACLDTTQELWIYQREWQRFGVRMLRERAAFVW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Actin-related protein 8 and its contribution to nucleosome binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 8
molecule tags Gene regulation
source organism Homo sapiens
total genus 167
structure length 502
sequence length 593
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.90 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4fo0A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A04
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4fo0A03
2VYPA 3F9MA 3WXLA 2UYTA 4H5TA 3UKUB 3U4LA 3AAPA 2ZWHA 4FWMA 4FL9A 5AQIA 1HJOA 1NMDA 5JICA 4FSVA 1BO5O 2V7YA 4CBWA 4B9QA 2QWQA 3CJCA 3DJCA 3ATUA 4Z94A 3O08A 5CE3A 2ZGYA 2P9LA 2A5XA 3GBTA 1QQOA 4QS8A 3DXKB 4BQZA 2E2PA 3MDQA 4PKGA 1WUAA 3H46O 5AQNA 5AFUH 3TPQA 4BRMA 5EX5A 2CGLA 1T6DA 5AQYA 1U6ZA 3VETA 4BG8A 2P9UB 4H0PA 4CZHA 3H45C 4ISGA 4PL8A 5F2RA 3VGKA 3VEZA 5BRHA 3RSEA 3J8AA 3U9ZA 2IVNA 3H3NO 5F0XA 1V4SA 4DCHA 3VENA 3MN6A 1HKCA 4K42A 4BVPA 1K8KA 4FOEA 4E1JA 4NO7A 2PAVA 4BRNA 2FXUA 2HMPA 3KVGA 4H5VA 4DQ8A 1GLEG 1KXPA 1YUWA 3HM8A 1DGKN 3EN9A 1QQNA 1JCFA 5AQJA 5TKYA 5KPZA 1MWMA 3D7EO 1HKGA 3VOVA 2Q0RA 2HF4A 2GELA 2D4WA 4C23A 4XEIA 4O5FA 3DXMB 4H0OA 5E26A 3MN7A 1GLCG 4FWKA 2NRHA 4BC4A 3BEXA 1QQMA 1ATSA 3VPZA 4BC3A 2P9NB 4ISFA 4BROA 4RCHA 4K25A 1C0GA 1HPMA 1TYQA 2QWOA 5FPMA 3SJHA 4JD2B 5LJWA 1P8ZA 3CQXA 3O8MA 2ITMA 1Q18A 3EKUA 5AQSA 1HX1A 2E20A 2A6AA 2FSNA 4J8FA 3IUCA 4PL7A 1V4TA 3A5LC 2IIRA 2BTFA 4YDUC 1HKBA 5AQRA 2W41A 1KAZA 3ZETA 1BUPA 3EZWA 3FZFA 1ESVA 4NB4A 1MA9B 4L3QA 4FWLA 5BR9A 3O1BA 2QWRA 5ADXA 3G25A 1BG3A 2GWKA 3L6QA 5FPDA 2IVOA 4WYBA 5AQKA 1BA0A 3LDLA 5AQPA 2NZTA 3LDPA 2A42A 2CH6A 2A41A 3M6GA 4B1YB 3O80A 1GLJO 3EL2A 5AQLA 1OKJA 5BN8A 4EHUA 3C7NA 5BPNA 2E1ZA 1E4FT 3CJ7A 3I33A 2D0OA 2F9TA 2E1YA 4BGAA 5F1XA 4B1ZA 3QBWA 4MO4A 4FWRA 1NGHA 4JNEA 2YJFA 4EAHD 5AR0A 1DKGD 3LL3A 4BRLA 1QHAA 5AZIA 3DAWA 3GDQA 1BU6O 3VESA 2QW9A 2A40A 3CI5A 2FF6A 4CBXA 2HF3A 3A5NC 3ID8A 5I9EB 3AAQA 3VF6A 4BRQA 1MWKA 3ULEB 1GLBG 1YVNA 3HSCA 3O6WA 3KHYA 1NGAA 3FE1A 2D1KA 1C0FA 4B1XB 5ADXH 4CZKA 4XH4A 3FZKA 3D2FA 2EWSA 2VCPA 3FZHA 4A2AA 3VEYA 5KQDA 3QMLA 3SK3A 1LOTB 1J6ZA 1D4XA 4B1UB 5AQHA 3IFRA 5EXWA 4RWTA 2ASPA 1ZC6A 2Q97A 5EOYA 3L4IA 1NGJA 3BUZB 2W40A 1HUXA 1ZBSA 2P9SA 2WUSA 2QM1A 3FLCO 3H1VX 3D2EB 3ENOA 1U2VB 2P9IB 1S3XA 4IXCA 3H3OB 2QWPA 4EFHA 5E84A 4A2BA 1RFQA 2YHYA 2GEMA 4CZIA 2Q0UA 4BRPA 3WEEA 2V7ZA 2OANA 4FOIA 3FZLA 4XH1A 5AQGA 4CBUA 1QZ5A 4I6MA 3CJ1A 3R6MA 5AQQA 1NLVA 3ZX3A 5AQMA 1NBWA 3UKRA 1NGBA 3C0BA 3AY9A 2KHOA 4MLEA 5JLFA 3W3DA 2Q2RA 4JHDA 3WXIA 4HWIA 5LJVA 3H6EA 4BRHA 3CJBA 1Z05A 2YI1A 2P9PA 1SZ2A 2P9LB 5KPTA 4BRIA 2P9KA 1BOTO 3FR0A 3SMSA 2GUPA 4H0VB 4K43A 2AA4A 3GE1A 1ATRA 1YXQA 5BRDA 3LM9A 5BPMA 3MN5A 4F9OA 4BR0A 3UKUA 3WQUA 4IO8A 3RSEB 3SLCA 3ZX2A 2D0PA 2QXLA 4CZGA 4BG9A 1K8KB 3H1QA 5ELZA 4CD1A 1SQKA 2F9WA 1NM1A 3VERA 1KAXA 1S22A 3CERA 3LM2A 1XQSC 4XH5A 3DXKA 3EO3A 3ZX0A 4B1WB 4CZFA 4WQ5C 1Z6RA 3HBTA 3S41A 2GTDA 4BC2A 1EQYA 4BREA 2ZGZA 2BUPA 4BR5A 2P9UA 1GLFO 5AQFA 1E4GT 2FLOA 3I8BA 2E8AA 3VGMA 4O8KA 3HTVA 3CETA 2E2OA 3BP8A 3D2EA 3R9PA 4ISEA 2J4RA 1T6CA 3CHWA 3FGUA 4MO5A 2QWLA 2Q1NA 4CJ7A 4FPBA 3VEXA 1SAZA 1TYQB 1XC3A 1NGEA 3FZMA 3TU5A 2FF3B 4GNIA 4FWQA 1X3MA 4EHTA 4WQ4C 5B8HA 3VEWA 3JXUA 4BVOA 4BR9A 3M1FA 4BRKA 2FSJA 4BRGA 3DXMA 5FPEA 4H03B 3MN9A 2YJEA 3ZETB 4JN4A 2IVPA 5BPLA 1ATNA 1GLAG 3QFPA 2Q31A 3VEVA 1YAGA 2P9NA 3GOIA 3O5BA 4A62A 4BQLA 3U8XA 3JS6A 4BGBA 2FSKA 5KPRA 4JD2A 3EKSA 1BA1A 1RDWX 4FWNA 1G99A 4BR4A 1MDUB 5AZJB 4BR7A 2NLXA 4YDUA 3W0LA 2E2NA 4IJNA 2CGJA 3VF2A 2V51B 1T44A 3C7NB 4RTFD 3L0QA 2HOEA 3WUHA 3O4WA 1ZXOA 4CZEA 3LDOA 3AARA 4BC5A 3WQTA 1TUYA 1R59O 3A8YA 5AQTA 4QS9A 3BF3A 3MK6A 4H5RA 3WXKA 4AM7A 5AZIB 5AQVA 4FWOA 3M3ZA 2YHXA 2QWNA 3UB5A 3ZEUB 4A61A 4WQ5A 2ASMA 2ASOA 1NGIA 4IJAA 4KBOA 3HI0A 4IWVA 4AM6A 3R8EA 4JAXA 4CZMA 1TUUA 5JLHA 5AQZA 3CJAA 1RGIA 3VGLA 4K41A 3OHRA 5FPNA 4BR2A 3DWLA 1BWFO 4DHYA 2I7PA 1GLDG 4BRCA 3D2FB 1JCEA 5BN9A 1NGCA 4H0YB 2GWJA 1BDGA 4LC9B 3GG4A 4BRFA 4FWSA 3MCPA 1H1VA 5LY3A 4BRDA 3B8AX 1X3NA 2YHWA 2P9SB 2YCHA 4H5WA 4M7XA 5AQUA 4WQ4A 1NGGA 5AQOA 3ULEA 2DPNA 2Q36A 3FFKB 5EVZA 3CIPA 3QFUA 4M7YA 5EY4A 5AQWA 3CQYA 1IG8A 3QB0A 4Y0WA 3A0IX 4DB3A 2E88A 5BREA 3VEOA 3ATVA 4PKIA 4CD3A 3P4IA 3LDQA 3HZ6A 1HLUA 3BF1A 2I7NA 3WEEB 1NGFA 4BRAA 4FO0A 1XUPO 4H5NA 3A5OC 2A3ZA 2AP1A 4GY2B 2QWMA 1DEJA 5BRFA 4FWPA 1NWKA 3LDNA 2VWBA 4CZJA 4I6MB 1NGDA 2CGKA 5AQXA 4EIAA 3U9DA 2CH5A 1KAYA 3A5MC 5AFUA 3CJ9A 3KZBA 3WT0A 2PBDA 2E2QA 3IMXA 1GLLO 3QBXA 4PKHA 3UKRB 1CZAN 3ENHA 5JMVA 4H0XB 2H3GX 4FPAA 1X9JA 1U2VA 2P9IA 4H0TB 5AZJA 1Y64A 3QICA 4JHDB 1LCUA 3MMVA 4IZ9A 4MLHA 3IDHA 4HTLA 1WOQA 3UE5A 2V52B 2P9PB 4B1VA 2ZF5O 3VF4A 3GL1A 4CI6A 4M63C 1JCGA 2P9KB 5KQ8A 4QS7A 4CZLA 1IJJA 3SMPA 3O1WA 3WXJA 3QDKA 1QZ6A 3ZEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AV9A 4DV3K 1JKHA 3WXLA 3TI0A 1RBSA 3U4LA 1NG9A 3MEEA 2O8BA 3T1HK 4FSVA 4DTXA 3CJCA 3DJCA 1IKVA 4Z94A 2BANA 3O08A 1RDUA 3EE9A 4QS8A 5HRPA 3DXKB 4PKGA 4DR7K 3HOSA 1HNIA 3E9PA 4DSLA 3SQ2A 3ENBA 4KKOA 3THWB 2NRZA 3V9XA 4PL8A 3VEZA 1YIJN 2ZD1A 4ILHA 3ZSWA 3H3NO 3VENA 3PO5A 4CGFA 1HKCA 4ZHRA 3J7ZO 3HPGA 4FOEA 2HMPA 4DQPA 4F2SA 1NU0A 3WNGA 4H5VA 3OBWA 2OA8A 1Z25A 1KXPA 1YUWA 1YJNN 2VG6A 1LW2A 5J2MA 1YITN 3OTOK 3OYAA 1MWMA 1HKGA 3AO3A 1KLNA 3ZT0A 2HF4A 2D4WA 4C23A 4XEIA 3SQ1A 4O5FA 1IV0A 4CF2A 3MN7A 1U4BA 4FWKA 4C1NK 2VQEK 4BC4A 1QQMA 3U3GA 4ISFA 3VQ8A 4BROA 1C0GA 3J81O 4B8AB 4CJSA 2QWOA 3CMAN 4JD2B 4DSJA 5CY4A 1Q18A 2I5JA 3QNOA 1VQ9N 2E20A 3C6UA 2A6AA 4J8FA 1Q9XA 3O4NA 4PL7A 1RT6A 4MQ3A 4DQSA 1HKBA 3LPTA 4FJ9A 5GAEP 4EP5A 4XJXA 1FK9A 1S9EA 2QWRA 5ADXA 3V9WA 4FJ5A 4FLYA 2IVOA 5HBMA 5AQKA 1BA0A 5T7BA 3V6DA 3LDPA 1VSFA 1JXEA 1VSIA 3M6GA 3M8PA 2QK9A 3O80A 3WNFA 3C7NA 1E4FT 1BCOA 1LAWA 1RNHA 4MO4A 1NGHA 4RG8A 2YJFA 2HNDA 3LL3A 3QERA 3DAWA 4E7JA 2HHWA 1BU6O 3I0SA 2FF6A 3NGYA 2ZQBA 5IWAK 3A2FA 4FLUA 2UXCK 3MECA 4BRQA 4HVJA 3EY1A 3QEWA 1SV5A 1Z26A 3ITHA 3CCJN 3KK2A 5TKWA 4BWJA 1NGAA 5DM6L 3FE1A 3MEGA 4B1XB 1OVQA 4E7KA 5ADXH 1HYZA 4XH4A 2P5GA 4CGJA 3D2FA 3FZKA 2EWSA 4A2AA 3VEYA 3P83D 3OA9A 1Q8IA 3PX4A 1J6ZA 4IFEA 3THVA 4AQYK 2HBKA 1NGJA 3AA5X 4ICLA 1HNZK 2QWPA 3TTFA 1ZBIA 1UA1A 3SYZA 2GEMA 3T19A 4CZIA 3DLHA 4DU3A 1RT3A 4I7FA 4AHTA 4YOVA 1VQKN 4CJUA 4FJLA 1E3MA 5GINA 2X74A 4FOIA 2GUIA 3ZT2A 3CCVN 5AQGA 1YTUA 1QZ5A 4B9MA 3CJ1A 1NLVA 2NNWA 1UOCA 1RDCA 4DV5K 3L2QA 5JLFA 1M1KO 3W3DA 2VG7A 4FLWA 4A57A 4JHDA 4BRHA 3CCRN 2G8VA 4CJPA 2P9PA 4LY7A 5J1EA 4R5PA 4LFBK 3SUPA 3VQQA 1BL3A 3SMSA 4EZ6A 4B3OA 4CFAA 4DFPA 1WSHA 2HBLA 2ATQA 3K5LA 4JI6K 5CYMA 2JLEA 5FROA 3LM9A 5BPMA 3SAGA 3MN5A 4OPHA 3UKUA 4BY9C 4CK2A 4ID1A 3SPZA 3SLCA 4FLZA 1KFDA 2QXLA 4BG9A 1K8KB 1WSEA 5CHIA 4B9SA 3OYCA 2F9WA 1NM1A 3CERA 1S22A 3ISNC 2YKMA 5LL6Z 4M3ZA 4XH5A 3B6OA 1SL2A 2VGMA 3HBTA 2ZGZA 3NGZA 2D0BA 3I8BA 3I56N 2E8AA 1QVGM 4KHSA 3CETA 3DLEA 3PIPL 4CJ4A 3M8RA 1NJXA 4DTSA 1I94K 4DV4K 2O8CB 4NXMK 4JS5A 2NRVA 3CF5L 4MO5A 1VQ5N 4CJ7A 1JLBA 1LV5A 2PFUA 3T1YK 3CXCM 4IOCL 1TYQB 4CHYA 5H1SQ 2BDPA 1XC3A 1NGEA 4DV2K 2FF3B 5CYQA 4FZZA 1T7PA 1X3MA 4JI0K 3ZSYA 1YVUA 1K73O 3L2WA 3JXUA 1QHTA 4M3RA 2KFZA 1JLCA 1VSKA 1QSYA 2HHUA 3ZSXA 2G8KA 2DFEA 3DXMA 4KHPK 4YHHK 1WSJA 5CZ1A 4IDKA 4OKEA 4JN4A 4HUEA 3QIOA 3TSPA 2Z1HA 1YAGA 1NK0A 1HR0K 4A62A 4G1QA 3RWUA 3WNHA 2VG5A 1FKOA 3JS6A 1WSIA 2HVHA 1G99A 3KLFA 3F73A 3E9OA 1B92A 4YDUA 2CGJA 3OYKA 4O0IA 1T44A 3NCIA 3L0QA 4OO1J 2HOEA 3SJJA 3O4WA 4CZEA 5SWMA 3TAGA 1U48A 5HLFA 3A8YA 3IS9A 3BF3A 4JI4K 4DSIA 3ZSQA 3L3VA 3C94A 4GVMA 3O3GA 3OYMA 5AZIB 2DY4A 2QWNA 3LPUA 2XO7A 2ASOA 1NGIA 3DI6A 3HI0A 4KO0A 1I3AA 3KLHA 3KD5E 4AM6A 1DT9A 2E4LA 4CZMA 4FK0A 2YHAA 4DV1K 5JLHA 5AQZA 4R79A 3QESA 4KREA 4A5AA 3PX0A 2O8EA 4G9ZA 3CC2N 1BDGA 5C0YA 4O55A 4DSKA 4KFBA 4FWSA 4AHRA 3SUQA 3RR7A 4FLXA 1NJWA 2GV9A 5CZ2A 4BRDA 2FC0A 1NKBA 3U3YA 4H5WA 2E5LK 3VMFB 1NGGA 2IC3A 2Q36A 3L2VA 3HL8A 3QFUA 3HO1A 1BISA 2Y1IA 2D0CA 1N6QA 1IG8A 3A0IX 3NBPA 1J9AA 2FBYA 3LDQA 3HZ6A 4CD3A 1C0UA 2I7NA 1NGFA 4BRAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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