4FO0A

Human actin-related protein arp8 in its atp-bound state
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
593
structure length
502
Chain Sequence
GPLVPESLQEQIQSNFIIVIHPGSTTLRIGRATDTLPASIPHVIARRHKQQGQPLYKDSWLLREGLNKPESNEQRQNGLKMVDQAIWSKKMSNGTRRIPVSPEQARSYNKQMRPAILDHCSGNKWTNTSHHPEYLVGEEALYVNPLDCYNIHWPIRRGQLNIHPGPGGSLTAVLADIEVIWSHAIQKYLEIPLKDLKYYRCILLIPDIYNKQHVKELVNMILMKMGFSGIVVHQESVCATYGSGLSSTCIVDVGDQKTSVCCVEDGVSHRNTRLCLAYGGSDVSRCFYWLMQRAGFPYRECQLTNKMDCLLLQHLKETFCHLDQDISGLQDHEFQIRHPDSPALLYQFRLGDEKLQAPMALFYPATFGIVGQKMTTLQHSLFEGKALGLDKAILHSIDCCSSDDTKKKMYSSILVVGGGLMFHKAQEFLQHRILNKMPPSFRRIIENVDVITRPKDMDPRLIAWKGGAVLACLDTTQELWIYQREWQRFGVRMLRERAAFVW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Actin-related protein 8 and its contribution to nucleosome binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 8
source organism Homo sapiens
molecule tags Gene regulation
total genus 167
structure length 502
sequence length 593
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.90 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4fo0A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A04
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4fo0A03
3ID8A 4CBWA 5AQRA 5AQOA 3WQUA 4XEIA 1NGDA 1QQMA 3O08A 4MO5A 5EX5A 5KPZA 4FWSA 3VEWA 1TYQA 5AQXA 3FZFA 4IWVA 1TYQB 4WQ5A 1NM1A 3ZX0A 4A61A 2V7ZA 4BGAA 5AQFA 1WOQA 4H5VA 2VCPA 4O8KA 4B1ZA 1S22A 2GWKA 3BP8A 1WUAA 3CJAA 4GNIA 4H03B 1NGHA 4I6MA 3L0QA 4I6MB 5E84A 4MO4A 1DEJA 3HTVA 2A5XA 4BRFA 3CJ1A 4BRKA 2I7PA 1RDWX 3GBTA 3O1WA 3VOVA 4FPBA 4BRCA 1MA9B 3ULEA 3WQTA 5ELZA 3ULEB 3VF4A 3SK3A 4M63C 5EOYA 5BRHA 3ENHA 5JICA 1GLJO 3EL2A 4PL7A 1XC3A 4IZ9A 4B1UB 3W0LA 2HOEA 1ATSA 3RSEA 1HPMA 1LOTB 2A3ZA 1MWKA 4PKGA 1P8ZA 3RSEB 4FWPA 4QS9A 4MLHA 3VF6A 5JLFA 3LDNA 3D2FA 3SLCA 2NLXA 3DWLA 2YHYA 3D2FB 4FPAA 5JLHA 1ATNA 3M6GA 2GWJA 4O5FA 4IJNA 3VEVA 5BN8A 5AQLA 4BC5A 1NGFA 1BDGA 4YDUA 1QQNA 3WXJA 2P9UA 5F1XA 4EHTA 1KXPA 2P9UB 3GDQA 1X9JA 1U6ZA 5BPMA 5AZIB 1ZBSA 2P9SA 2E1YA 4HTLA 1D4XA 1BA1A 3LM2A 4H5RA 3VESA 3CIPA 4ISGA 3CJ7A 3WT0A 4AM7A 4CI6A 2GTDA 2W41A 3CJCA 1GLCG 1Y64A 2ZGZA 4XH4A 3O80A 5B8HA 3VENA 4K41A 5AQPA 1J6ZA 5BREA 4H0VB 3CQXA 5F0XA 3I33A 4WQ4A 4KBOA 3MN5A 4Y0WA 2NZTA 4FL9A 4BG9A 2ITMA 4PKIA 3P4IA 5AZJA 3ZETA 4K25A 5AZJB 4M7XA 1KAYA 2H3GX 3ZETB 2ASOA 4AM6A 3ZX3A 4FWRA 5AQIA 2A41A 2P9PA 1ZC6A 3H3OB 4FSVA 1G99A 2FF3B 4CJ7A 4CZEA 1NWKA 2P9PB 3AARA 3ZX2A 1BA0A 1NMDA 2Q36A 5E26A 1EQYA 3QB0A 1BO5O 3VERA 1QQOA 1XUPO 1KAZA 2HF3A 4H0OA 2NRHA 5EXWA 3H1VX 4ISFA 4WQ5C 4BROA 4QS7A 2QW9A 3BEXA 4B1WB 4K42A 3O4WA 1MDUB 3UE5A 2UYTA 2HMPA 3IUCA 3J8AA 3U4LA 1SAZA 3SMPA 3FE1A 3ATVA 2E2PA 3MCPA 3CJBA 2IIRA 3FFKB 4H5NA 3WXLA 3QBXA 5FPEA 3D7EO 5KPTA 1BUPA 1GLLO 3LDOA 4BRAA 3VGKA 4H0TB 5FPNA 4A2BA 4EAHD 1H1VA 1ATRA 1HKGA 3FZKA 3OHRA 4JD2A 4BVOA 2KHOA 2CGLA 4JD2B 4CZKA 4IJAA 2CH6A 4CZJA 2A42A 1IJJA 3GG4A 4A2AA 1MWMA 1LCUA 1HX1A 2Q97A 3DJCA 5AQMA 2QWMA 5AQZA 5KQDA 2F9WA 5BPLA 4FWKA 3FR0A 3FLCO 4BR4A 2A6AA 3EO3A 2FSJA 3H6EA 4H0YB 3TU5A 3O5BA 4DB3A 1T6CA 2FLOA 4EFHA 4RWTA 2I7NA 2YHWA 2IVPA 2PAVA 3IMXA 4FOIA 4H0XB 1NGJA 4XH5A 3FZLA 3WUHA 3A8YA 1NGIA 2F9TA 2CH5A 4BQZA 1NGAA 5FPDA 2ASPA 3GE1A 5AQUA 4BRPA 1YAGA 3L4IA 5AQVA 4DHYA 5LJVA 5TKYA 2VWBA 4B9QA 1SQKA 1Z6RA 4BGBA 4BRLA 5JMVA 3IDHA 3CETA 4YDUC 1V4SA 4CZGA 5AQKA 1Z05A 3UKUA 4DCHA 2D1KA 3LDPA 3UKUB 5AZIA 5F2RA 4BQLA 2ZF5O 3H1QA 4IO8A 4J8FA 3EN9A 4BRIA 3QBWA 4WYBA 3B8AX 4F9OA 4CBUA 1JCFA 2ZGYA 2QWLA 2QWRA 5AQHA 5AFUH 2WUSA 3QDKA 1GLBG 3HI0A 3R8EA 2QWNA 2OANA 3AAPA 3CJ9A 3WEEA 4BR7A 3WEEB 1X3MA 3VPZA 1RFQA 5I9EB 3LL3A 5AQSA 2FF6A 2E8AA 5BRDA 3ENOA 1BWFO 1QZ5A 2E2QA 1TUUA 3MN9A 1GLAG 3LDQA 3QICA 3AAQA 3U9DA 4C23A 4B1VA 1GLFO 4BREA 5AQQA 4A62A 4CZIA 3KVGA 3SMSA 1RGIA 2GEMA 1DKGD 1JCGA 3U8XA 1BU6O 1T44A 3CHWA 3HZ6A 3DAWA 3MN7A 4XH1A 5KQ8A 3WXIA 2E2NA 4PL8A 2CGJA 3MN6A 5ADXH 4FWLA 3UB5A 4CZFA 5BRFA 4EHUA 3ZEUA 4JAXA 5BR9A 1HLUA 3VEXA 3ZEUB 3A0IX 2QWQA 2QM1A 4BR5A 3M3ZA 4BR2A 4ISEA 2VYPA 2YJEA 2ZWHA 3BF1A 5AQYA 1SZ2A 2GELA 2P9LA 3I8BA 2V51B 3HSCA 1GLDG 1Q18A 2P9LB 3SJHA 5KPRA 4RCHA 1K8KA 2E1ZA 4CZHA 1K8KB 1HKBA 2W40A 4JHDA 2QWPA 5FPMA 3EZWA 3VGMA 5AQTA 3VETA 2HF4A 4BC3A 4B1YB 4JHDB 1YXQA 4B1XB 1CZAN 5AQNA 2CGKA 5AR0A 4CBXA 3U9ZA 5BN9A 4BR0A 1BOTO 3KZBA 4BRNA 4CZMA 4H0PA 3VEYA 2P9KA 5LY3A 1V4TA 3WXKA 2P9KB 3R9PA 2ASMA 2QXLA 3LDLA 3UKRA 3VF2A 1C0GA 1T6DA 1KAXA 2YJFA 3ATUA 4RTFD 3EKUA 3R6MA 3UKRB 5AQJA 3VEZA 1S3XA 3GL1A 4PKHA 3VGLA 2V7YA 2AP1A 3CQYA 2IVOA 2AA4A 1HKCA 2A40A 3HBTA 3A5NC 3MK6A 3IFRA 3DXMA 4L3QA 1DGKN 3DXMB 4NB4A 3A5LC 3EKSA 3S41A 4DQ8A 2PBDA 5CE3A 1NLVA 2BTFA 3JS6A 3A5MC 1HJOA 2Q1NA 1ESVA 1HUXA 5BPNA 3CERA 3HM8A 2QWOA 5EY4A 1OKJA 2GUPA 2BUPA 3D2EA 3FZMA 2YCHA 3D2EB 4E1JA 5AQGA 3O6WA 3BF3A 4BRQA 5AFUA 1XQSC 1NGBA 2DPNA 5EVZA 1NGGA 3H46O 4BC4A 4M7YA 3BUZB 3W3DA 1X3NA 4MLEA 3C7NA 3CI5A 4FWMA 4BVPA 2FSNA 3C7NB 5LJWA 3G25A 4H5TA 4EIAA 4H5WA 4GY2B 3MMVA 2D0OA 4QS8A 1TUYA 3FGUA 2J4RA 5AQWA 3O8MA 4JNEA 4CZLA 2D4WA 1QZ6A 4BRGA 3A5OC 1QHAA 3LM9A 2E88A 3M1FA 2YHXA 3AY9A 4WQ4C 4Z94A 4BRHA 1YVNA 2E2OA 4HWIA 2FXUA 3H3NO 2IVNA 2P9SB 3C0BA 3QFPA 3QMLA 1E4FT 3DXKA 3GOIA 4FOEA 3VEOA 2Q0UA 1NGEA 3DXKB 4FO0A 2YI1A 3TPQA 4FWOA 1U2VA 1BG3A 4JN4A 4FWQA 5ADXA 1U2VB 3FZHA 3H45C 4CD1A 3KHYA 2D0PA 4NO7A 1IG8A 1YUWA 3O1BA 1ZXOA 2Q2RA 1C0FA 2P9NA 1JCEA 1E4GT 3L6QA 3QFUA 2P9NB 2E20A 1GLEG 1R59O 2Q31A 1NGCA 2Q0RA 2EWSA 4CD3A 4LC9B 4BG8A 2P9IA 4BR9A 3F9MA 4FWNA 2P9IB 3MDQA 4BRDA 3JXUA 4IXCA 1NBWA 4K43A 4BRMA 2FSKA 2V52B 4BC2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PY8A 3MEGA 4LY7A 2ZJPL 1M1KO 3O3GA 3WQUA 4BEBA 1OVQA 4XEIA 4FLTA 3TSPA 3TTCA 1ITGA 2O8EA 5EX5A 4CEQA 5KPZA 3KLHA 5CZ1A 4W5OA 3D0PA 1IO2A 4IWVA 1QSSA 4RW8A 1S1UA 3V81A 1BL3A 1S1XA 1KVCA 2Z1GA 3L4QA 1VQNN 3CJAA 1N5YA 1T8EA 4H03B 3HYFA 1LWEA 4MO4A 1LAVA 1VQ4N 4BRFA 4W5RA 4BDZA 2C1IA 4FPBA 4MDBA 1SL0A 1N6QA 4AH9A 1YTAA 2RKIA 4IG0A 4BRCA 2OZSA 1MA9B 1SUQA 4HUFA 3ULEB 3AA2A 1JLBA 1VSEA 1J5OA 5EOYA 4I7FA 1YIJN 3AVGA 3F9KA 3ENHA 5GADP 1XC3A 2E6LA 1UAXA 4B1UB 1DT9A 4MQ3A 1RNHA 1ATSA 4CJLA 1LOTB 2A3ZA 1EP4A 5DK5A 4FWPA 1NOYA 4OGCA 4DQSA 2YHYA 4FPAA 1NJWA 5JLHA 4XJXA 2GV9A 4CK1A 4JRPA 2GWJA 1B9FA 3VEVA 4CJFA 4JKAA 5AQLA 4DWIA 5C15A 3ZSYA 2F4VK 2FBXA 4YDUA 1NK0A 1QQNA 1HJRA 3C65A 3HPGA 4GVEA 2P9UB 3MAQA 1TL3A 2BDPA 4CF1A 5BPMA 1QVGM 5AZIB 3AVHA 4NCBA 4PHTX 1BA1A 3LM2A 1WSJA 4O0JA 4JI6K 4DUZK 3CJ7A 2OA8A 1YJNN 1OH7A 1RDBA 2W41A 2WFBA 3L3VA 4JKGA 5KTQA 3V1QA 1UA0A 4XH4A 1FKOA 3VENA 4K41A 1J6ZA 1LW0A 5BREA 3CCMN 2QXFA 3CQXA 5F0XA 1C0UA 3I33A 4CF2A 3MN5A 2FBTA 4FL9A 4BG9A 2ITMA 3RWUA 4JS4A 2X74A 3ZETA 5LMUK 5A2QO 5AZJB 1KAYA 3M8PA 4KKOA 2ASOA 1BIUA 1O1WA 3OYKA 4HUGA 4CJ7A 4KFBA 1ASWA 4CZEA 3AARA 3IRXA 3CC2N 3OYMA 1BA0A 1ZYQA 5CYQA 4B3TK 5I3UA 1EQYA 3QB0A 1BO5O 3VERA 2HB5A 4KHWA 2D0CA 3K5LA 1XUPO 1KAZA 3CCEN 3VQ4A 1QQCA 4ISFA 4WQ5C 4QS7A 4CK3A 3V1RA 3NF7A 3UE5A 1T3VA 3J7ZO 4BE2A 3FE1A 4M3YA 3ATVA 4CGGA 3TAQA 3FFKB 3T1AA 3KLIA 2VGNA 3AVKA 5FPNA 4A2BA 1S6PA 5C12A 4LD0A 4FYDA 5C2FA 2HHTA 1KTQA 2CGLA 4QOZB 1QHTA 2KW4A 1ASVA 2CH6A 2A42A 3DLKA 4ID1A 5I42A 3EZ5A 4F3OA 1W0HA 5H1SQ 2F9WA 3FLCO 2O8FB 4BR4A 4LSLA 5HROA 4FJ7A 4CFCA 1JL1A 1T6CA 4EFHA 4C1NK 2YHWA 2PAVA 4QAGA 2O4IA 2W6LA 4CIGA 4KHPK 2F9TA 2CH5A 4E1MA 3SUPA 2VWBA 1TGOA 3QLHA 2BGGA 4YORA 5JMVA 3SUOA 3TTDA 4B3RK 1HR0K 4CZGA 4CK2A 3L2UA 4E1NA 2D1KA 4GKJK 3LDPA 4JKDA 4BQLA 1BGXT 4IO8A 1QS4A 5C42A 4JI5K 3DOLA 1KLNA 1JCFA 2BH1A 2ZGYA 5HRPA 4B9UA 3AO4A 4LFCK 4HCBA 1HNVA 4LF6K 2HSTA 3AAPA 4DSIA 3LP3A 4JEPA 4ZTFA 3WEEA 1YTUA 2QTDA 4B8AB 3LALA 1X3MA 3VPZA 1HNZK 1RFQA 5AQSA 2FF6A 1JLGA 4R5PA 2E2QA 3CCVN 3CMEN 3PSFA 3LDQA 3QICA 3AAQA 4E0DA 3U9DA 3OYNA 2B5JA 4A62A 4FM1A 3BGRA 3VQBA 3P31A 3U8XA 1BU6O 3MWPA 5HRSA 3MX2A 1WBDA 4IEEA 4DUYK 3VA0A 3G10A 4ILHA 4OPAA 4DV2K 4FWLA 3UB5A 2KKZA 4LH4A 5BR9A 4FLVA 4WFAL 4K8ZA 1HLUA 2F8SA 1QTMA 3A0IX 4DV7K 1JLEA 4BR5A 4OPKA 4CJ3A 1KQSM 3E66A 2Y1IA 4DV1K 4RG8A 5MLCQ 3AVLA 4Z4FA 2GELA 4ELUA 3L2VA 3HSCA 4TSXA 5KPRA 2HHUA 1VSDA 4H4OA 4OKJA 1HKBA 4IDKA 5FPMA 3VETA 3VGMA 3QETA 5AQTA 4B9VA 4DSJA 2CGKA 3VMFB 1VQON 1HQEA 4FJXA 4FJGA 1S6QA 3LANA 4CEBA 4LFBK 3E9LA 2OPRA 3CCLN 1WSHA 4OPJA 4DQRA 1JJ2M 4DTOA 3CCRN 2YNIA 3WXKA 4DU4A 3ZSOA 4CGHA 3WXMB 4W5QA 2G8FA 4DU3A 4IG3A 4RTFD 3VEZA 3WNEA 3MXMA 1SKWA 1S3XA 4PKHA 4M3ZA 2AP1A 2IS3A 3AVFA 2KZZA 2A40A 3SUNA 4CF9A 4KPYA 4YOTA 3ZT4A 4NB4A 3K5MA 2GUIA 3A5LC 3EKSA 4DQ8A 3QEWA 3RMDA 1NLVA 2VWJA 3JS6A 3VTHA 3AA5X 3OYGA 1HUXA 1VQKN 2NRRA 1T7PA 2HBMA 2YNHA 2QWOA 3FZMA 3LP0A 4KHNA 2QI2A 1WAJA 4BRQA 1XQSC 2DPNA 4FLXA 3OJUA 3NH1A 1FJGK 3AVNA 1WN7A 2FSNA 5LJWA 1B9DA 1RT5A 3C6AA 3HK2A 1HNWK 3ZSZA 5AQWA 1S1VA 3AVAA 1ZBHA 1XNQK 3TAGA 2D4WA 3CYGA 3M1FA 2E88A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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