4FO0A

Human actin-related protein arp8 in its atp-bound state
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
593
structure length
502
Chain Sequence
GPLVPESLQEQIQSNFIIVIHPGSTTLRIGRATDTLPASIPHVIARRHKQQGQPLYKDSWLLREGLNKPESNEQRQNGLKMVDQAIWSKKMSNGTRRIPVSPEQARSYNKQMRPAILDHCSGNKWTNTSHHPEYLVGEEALYVNPLDCYNIHWPIRRGQLNIHPGPGGSLTAVLADIEVIWSHAIQKYLEIPLKDLKYYRCILLIPDIYNKQHVKELVNMILMKMGFSGIVVHQESVCATYGSGLSSTCIVDVGDQKTSVCCVEDGVSHRNTRLCLAYGGSDVSRCFYWLMQRAGFPYRECQLTNKMDCLLLQHLKETFCHLDQDISGLQDHEFQIRHPDSPALLYQFRLGDEKLQAPMALFYPATFGIVGQKMTTLQHSLFEGKALGLDKAILHSIDCCSSDDTKKKMYSSILVVGGGLMFHKAQEFLQHRILNKMPPSFRRIIENVDVITRPKDMDPRLIAWKGGAVLACLDTTQELWIYQREWQRFGVRMLRERAAFVW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Actin-related protein 8 and its contribution to nucleosome binding.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Gene regulation
molecule keywords Actin-related protein 8
total genus 167
structure length 502
sequence length 593
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.90 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4fo0A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A04
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4fo0A03
3OHRA 3DXKA 2FXUA 3L0QA 1MA9B 3WXLA 2NRHA 2P9UB 1IG8A 3AAQA 3ENHA 5AQOA 4FO0A 3EKSA 3M6GA 3A5OC 4DHYA 3B8AX 3O80A 4MLEA 2E2OA 5FPMA 3D2EA 5AZJB 3IDHA 4FWQA 3CIPA 2EWSA 3GDQA 4J8FA 1E4FT 4BROA 5AQGA 2HOEA 3WQTA 2ASOA 3QFPA 1TUUA 4CZIA 3L4IA 1MWKA 3CETA 5AZIB 4HTLA 4JHDA 4O5FA 1U6ZA 3IMXA 3VF6A 1MDUB 5FPDA 3VF4A 4CZHA 4I6MB 3MDQA 4BG9A 3GE1A 4RTFD 2IVPA 2J4RA 2ASPA 4BRCA 3VGLA 1QQNA 2E2QA 4PL8A 3FZFA 4B1YB 5JLHA 4FWPA 5BRHA 3IFRA 2GEMA 4FPBA 4FPAA 5F2RA 3UE5A 2I7PA 1S22A 1YVNA 2D0PA 1SQKA 3WXIA 3FZKA 4H0PA 1ZBSA 5F0XA 4QS9A 4IWVA 4A62A 3JXUA 4CD1A 2P9NA 4K25A 3ULEA 4BC2A 2ZF5O 3MCPA 2P9PB 4AM6A 1HX1A 3AAPA 4BQZA 2ASMA 5FPEA 3VEYA 1T44A 2YJFA 5AQIA 3UKRB 3TU5A 1NGHA 3WUHA 3HTVA 2FSJA 4FL9A 3L6QA 4O8KA 3ZX0A 2ITMA 5AQTA 1LCUA 2D0OA 1GLEG 3EZWA 3MN5A 4JAXA 1XQSC 3ZX3A 3ZEUA 3HZ6A 4EHTA 2YJEA 3IUCA 4JD2A 4BRQA 1HJOA 4DCHA 2YHWA 3HI0A 5E84A 4PKIA 5KQ8A 2ZGYA 2P9UA 1HKBA 3DAWA 3QB0A 4BRPA 4BRAA 3QBXA 3FGUA 5ADXH 1S3XA 4NO7A 4B1UB 2V7ZA 4IXCA 5LJVA 2AP1A 1NGEA 1GLFO 2W40A 1X9JA 2GELA 4LC9B 5AQJA 5AQLA 5F1XA 2P9IB 4JNEA 4M63C 1ESVA 4BC5A 3P4IA 4H5TA 1K8KA 4JN4A 5AQKA 5LJWA 1NGBA 3O1WA 1NLVA 4EIAA 5JICA 2Q31A 3LDPA 1C0FA 2FSNA 4CZEA 2Q0RA 1NGJA 1Z05A 4A61A 1WUAA 4H0OA 3U8XA 3FZMA 5BREA 3GOIA 3F9MA 3H3OB 4H03B 4B9QA 1QZ5A 1KAZA 3ID8A 5AQFA 5AQQA 3SJHA 4BC3A 4XH5A 3CHWA 1BG3A 3CJCA 4K41A 3U9DA 4E1JA 2Q2RA 2FSKA 3H1VX 3GG4A 3M1FA 3FZHA 4B1ZA 3O08A 4EAHD 3SMPA 1YAGA 3R9PA 4XEIA 4WQ4C 4QS8A 2CH5A 3KVGA 1RDWX 4BR7A 2GWKA 2Q36A 1JCFA 3QICA 4M7XA 4CBWA 3QFUA 2A5XA 3CERA 4BR9A 2UYTA 4XH1A 3TPQA 2HF4A 3HBTA 2QW9A 3CJ9A 1HUXA 1OKJA 3HSCA 4PL7A 2P9PA 1DGKN 3UB5A 3J8AA 1NMDA 5CE3A 4HWIA 3HM8A 3R8EA 4CD3A 4BR5A 1J6ZA 4BVPA 5AZJA 5BPNA 5BPLA 1RGIA 3WEEB 2F9TA 4RCHA 5BR9A 2DPNA 4H0VB 2V52B 3DXMA 1IJJA 4DQ8A 1QQMA 3C0BA 4JD2B 3O4WA 2ZGZA 3DXKB 4K42A 1ATRA 3EL2A 3FE1A 4JHDB 4BQLA 3ATVA 1C0GA 4BGAA 3U4LA 1JCEA 4NB4A 1K8KB 4IO8A 5FPNA 5AQPA 4GY2B 3DWLA 1GLCG 3VOVA 4BG8A 3VETA 3A5MC 4PKHA 2FLOA 3A5LC 4BRLA 2Q1NA 3EN9A 3D2FA 1BOTO 2PBDA 1YXQA 1NGGA 3A8YA 3H3NO 1Z6RA 5KPTA 2I7NA 2W41A 1CZAN 2NLXA 1DEJA 3FLCO 3ENOA 2QWLA 2CH6A 2H3GX 1JCGA 4YDUC 3CJBA 2GTDA 1NGIA 4BRKA 2E8AA 3BP8A 3CJ7A 1E4GT 3WEEA 3UKUB 3LM9A 5AQWA 4CZGA 2IVOA 3H45C 5AQSA 3I8BA 3VGMA 4CZKA 3JS6A 2VWBA 4FOIA 5JLFA 3SMSA 5LY3A 2E2NA 2F9WA 3MN9A 2P9SA 1HKGA 2Q0UA 4FWSA 4B1VA 4BVOA 1EQYA 3WXJA 2A42A 1TYQB 2YHXA 3BEXA 5I9EB 3DJCA 2CGLA 2YHYA 4FWKA 5KQDA 3EKUA 1H1VA 2E1YA 3QBWA 1GLBG 1LOTB 5BN9A 1D4XA 1T6CA 1ATSA 2QWRA 1QHAA 2FF3B 1BWFO 2VYPA 2V51B 3LM2A 3VENA 2BUPA 3BUZB 3RSEB 3ULEB 4ISFA 4A2AA 1NBWA 5AQHA 1V4SA 4F9OA 5KPZA 1GLLO 3EO3A 2IIRA 1Q18A 3VEVA 2QM1A 1X3NA 1Y64A 1WOQA 2E2PA 4H5WA 4RWTA 3VERA 3RSEA 3ZEUB 4BR4A 1QQOA 4BREA 2BTFA 4KBOA 4WQ4A 1U2VB 3D2FB 2KHOA 4H0YB 5EX5A 4MO5A 5AZIA 5EY4A 4CJ7A 4IJAA 3VGKA 2YI1A 4CZFA 2P9IA 4IZ9A 4FWMA 3LDOA 2GWJA 2A3ZA 3LDQA 4BRGA 4BRMA 1TUYA 3D2EB 1GLAG 5BRFA 3FFKB 1GLDG 1BO5O 4C23A 4BRNA 4EFHA 5EVZA 3CJAA 3W0LA 2YCHA 1ZXOA 5AQZA 4FWLA 3SK3A 3U9ZA 5AQVA 5EOYA 3LL3A 5AQRA 1V4TA 1KAXA 1BDGA 4BRHA 4B1WB 4I6MA 1XUPO 4K43A 3ZX2A 1BA0A 1XC3A 2IVNA 3UKRA 2WUSA 1ATNA 2PAVA 2E88A 4ISGA 3ATUA 2ZWHA 3FZLA 4A2BA 3D7EO 4FSVA 5AQXA 4CZLA 4EHUA 4FWNA 1KAYA 1X3MA 1U2VA 1NGCA 1SZ2A 1TYQA 4H5RA 3LDNA 3O6WA 1DKGD 4WQ5A 2OANA 2HF3A 3FR0A 4PKGA 5JMVA 1BU6O 3H1QA 2Q97A 4YDUA 5KPRA 2E1ZA 5ADXA 2QWQA 3CJ1A 5AFUH 3QMLA 3WXKA 2AA4A 3MN6A 2FF6A 4M7YA 2A40A 4ISEA 5TKYA 2D4WA 2D1KA 1T6DA 3AARA 5AQYA 3MK6A 4H5NA 2HMPA 1QZ6A 5EXWA 4IJNA 4WQ5C 2A41A 3DXMB 4BRDA 4Z94A 3SLCA 4MO4A 4WYBA 3ZETB 4BRIA 1NGAA 1SAZA 1YUWA 3A0IX 5BN8A 5AFUA 2P9KA 1NGDA 3GL1A 3VEZA 1HPMA 3AY9A 3VPZA 2V7YA 4GNIA 4BGBA 4XH4A 5AQMA 5AQNA 2NZTA 3ZETA 4MLHA 3W3DA 1RFQA 3I33A 3O1BA 2E20A 1HLUA 2QWNA 5ELZA 4CI6A 2QWMA 2P9KB 3MN7A 4CBUA 4H5VA 2P9LB 1ZC6A 5B8HA 2VCPA 4DB3A 3LDLA 3VEOA 2A6AA 2CGJA 4QS7A 3QDKA 4FOEA 1KXPA 3MMVA 3A5NC 3BF3A 3WT0A 1HKCA 3UKUA 4BR2A 1G99A 1NGFA 4BC4A 3VESA 1MWMA 3O5BA 2P9LA 1R59O 3H6EA 3C7NB 1NWKA 5BRDA 3O8MA 4L3QA 5AR0A 1GLJO 4H0TB 2P9NB 3VEXA 4BRFA 3GBTA 1P8ZA 2QXLA 2P9SB 4BR0A 3M3ZA 4H0XB 3G25A 4CBXA 1BUPA 3H46O 2QWPA 3BF1A 4FWOA 1BA1A 4FWRA 5BPMA 3VEWA 5E26A 3C7NA 3WQUA 2QWOA 4B1XB 1NM1A 2CGKA 4CZMA 3CQXA 3KZBA 3CI5A 3CQYA 3KHYA 5AQUA 3VF2A 2GUPA 4AM7A 4CZJA 4Y0WA 3R6MA 3S41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S3OA 2JWLA 1S72N 1IG8A 3SV4A 1GOAA 2D0CA 2A1RA 3RWUA 2E6MA 3O80A 4CGJA 2E2OA 5AZJB 5JS1A 3CIPA 3LZIA 3GDQA 4J8FA 3K57A 4DV3K 4NCAA 3M8QA 4MDBA 4DR5K 1L3SA 1JL2A 1WNSA 4X62K 3HL8A 3QFPA 4DU4A 1LW0A 3AVHA 4CZIA 4DV2K 1W7AA 3J80O 4AHTA 3L4IA 3CXCM 4NXNK 3NH2A 1M1KO 4OLAA 1WSEA 2OTLN 3VF4A 4DTNA 4YY3K 1OH7A 4IOCL 4BRCA 4JI7K 4FJIA 5HBMA 3KK7A 1QQNA 2ZJPL 4FWPA 5BRHA 3KIOA 5TKWA 5LL6Z 1RT7A 5CYMA 2OA8A 4DTRA 3WXIA 4J2AA 1J53A 5F0XA 4KH6A 1CLQA 2P9NA 1HX1A 3I0SA 3AAPA 3RMCA 3CCUN 3G0ZA 3ZYYX 2JGUA 5AQIA 3RMDA 3THWB 4KI6A 1NGHA 4CHNA 1RTHA 3HTVA 4RW6A 4DFJA 2O4IA 4O8KA 2D0OA 1GLEG 3ZX3A 3AVMA 3NE6A 1DT9A 4EZ6A 4WCEL 2YJEA 3ZSWA 2W00A 1HYSA 4JI5K 4DU1A 4OPJA 1HKBA 1BGXT 4KHSA 3QB0A 4BRAA 3FGUA 3CFRA 1N6QA 4NO7A 3IKMA 3OYCA 1RNHA 4B1UB 5SWMA 3ZSZA 5LJVA 3PUFA 2AP1A 3CCVN 5AQJA 4KAZA 4O5BA 5F1XA 4Z4IA 3QLHA 4M63C 3CC4N 4R5PA 1C1BA 1ESVA 4H5TA 1TK5A 4JN4A 5AQKA 5LJWA 3CCRN 1NGBA 4DLEA 3ID6A 3O1WA 2UU9K 5C2DA 2FSNA 5C10A 1ILYA 3CQ8A 1BCMA 1Z05A 3GOIA 1QZ5A 1ASWA 3ID8A 5AQFA 3SJHA 4BC3A 3HVRA 3CJCA 1BIUA 1S9EA 4K41A 3H1VX 3SMPA 4FW2A 4QS8A 3BZKA 4E1MA 2CH5A 3KVGA 1RDWX 1JCFA 3DLEA 4O8UA 4OKJA 3NF8A 3CERA 3TPQA 3HBTA 1HUXA 1VSFA 1RDAA 2ZD1A 4UY8O 4CHPA 3SJJA 3SAGA 1YJ9N 4HWIA 4HUGA 2Z1GA 3R8EA 3V9SA 4CD3A 3CFOA 4DTMA 4JRQA 5AZJA 5BPLA 1RGIA 3WEEB 1KC8O 3LPUA 4QOZB 1C0UA 1GOBA 3U3YA 2C1IA 2RHKA 2PFUA 3DXKB 4H4MA 3DRSA 3Q7CA 4BQLA 2XY7A 3ATVA 4BGAA 4OLBA 1VK0A 1B9DA 1K8KB 3IS9A 3VTHA 1YIJN 3DLKA 3P31A 4CJPA 1NK0A 3DWLA 4OKEA 4OPKA 4E1NA 1EETA 2G8FA 3EN9A 3D2FA 1MU2A 2PBDA 3ZLJA 1YXQA 3A8YA 4BDYA 1VQ8N 2I7NA 2W41A 1CZAN 3SQ1A 4W5OA 2WBNA 2VWKA 1UA0A 3ENOA 3S5TA 1EX4A 1JCGA 2OZSA 4CIGA 1NGIA 4BRKA 1SKSA 3UKUB 3HPGA 5AQWA 4FLZA 4DQPA 2O8DA 3H45C 3KWGA 1ASVA 1TKDA 3JS6A 4EP4A 4JK8A 4FJ5A 1TL3A 3SMSA 4B9NA 3CYGA 2F9WA 3OYDA 4FWSA 1EQYA 3WXJA 2HHWA 1TYQB 4KH5A 3J7ZO 2YHYA 2BANA 3NAEA 1H1VA 3RRGA 3MWPA 3K5LA 1GLBG 2Z1JA 4F2RA 1WAFA 3TAEA 4CIFA 2BUPA 1VSHA 3P38A 4I2PA 3ENBA 4KB0A 3THYA 1OH8A 1HR0K 1V4SA 3NGYA 4DSEA 4DTXA 3TARA 3VEVA 2E2PA 4H5WA 3E66A 2YHBA 3V1QA 1SKWA 3A2FA 3EZ5A 1O13A 1IKWA 4MDAA 4RWTA 3AVLA 3MXIA 4LF9K 3L4QA 3CPEA 1NJIO 3SQ0A 3SAFA 1U2VB 4BACA 4H0YB 4MO5A 4IJAA 2YX6A 2YI1A 3MEEA 3SI6A 4BRMA 1TUYA 3NBPA 4YFUA 4CHQA 4FJ8A 3FFKB 5M1NA 4DU3A 2O8CA 4EFHA 3LDSA 3CCSN 3W0LA 1QHTA 2YCHA 4NLCA 4JS5A 4FWLA 2E5LK 5AQVA 3HP9A 5FRMA 4BDZA 4JK7A 5M1QA 1V4TA 1BDGA 3CM6A 1W2BM 1VHXA 3O3FA 4OPHA 4I6MA 2FC0A 4K43A 3QEIA 5CR4A 5JS2A 4DSKA 1A5WA 1ITGA 3KD1E 1C1AA 3OYFA 2WUSA 2ZWHA 4A2BA 5FLXO 5AQXA 3AO1A 5CZ2A 1OVQA 4FWNA 1HNIA 3NF7A 2ZE2A 2HHVA 1NG9A 1DKGD 3OYEA 1D8YA 1NJWA 3P5JA 4MQ3A 4B9SA 2QWQA 5AFUH 2AA4A 2KKZA 3DM2A 3V9WA 3V9ZA 3VN5A 4CW7B 5C24A 4JKHA 3O3HA 3AVNA 4CFCA 1IH7A 3AARA 2KFZA 3BZCA 4C8LA 4J2EA 2HMPA 3V1RA 4M3TA 4RG8A 5M1PA 5HROA 1HNXK 3VQ5A 4WYBA 1NGAA 5HRSA 1YUWA 4IO9L 5BN8A 5GIOA 4A57A 3THVA 1KSPA 3AVBA 1HPMA 4FJHA 5CY4A 1SKRA 3HVTA 1TVRA 1S9GA 3E9OA 1LWCA 2BH1A 1YVUA 1NK5A 1ZBLA 5AQMA 2QA4N 1KFSA 4JKCA 1OH5A 3ZT4A 3I33A 2E20A 2QWMA 2O8DB 4BECA 5M1KA 3TAPA 4KO0A 1U45A 1ZC6A 1W9HA 1BQMA 5B8HA 3HOTA 1WLJA 4DB3A 1HYZA 5HRPA 1RILA 2A6AA 2CGJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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