4FO0A

Human actin-related protein arp8 in its atp-bound state
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
593
structure length
502
Chain Sequence
GPLVPESLQEQIQSNFIIVIHPGSTTLRIGRATDTLPASIPHVIARRHKQQGQPLYKDSWLLREGLNKPESNEQRQNGLKMVDQAIWSKKMSNGTRRIPVSPEQARSYNKQMRPAILDHCSGNKWTNTSHHPEYLVGEEALYVNPLDCYNIHWPIRRGQLNIHPGPGGSLTAVLADIEVIWSHAIQKYLEIPLKDLKYYRCILLIPDIYNKQHVKELVNMILMKMGFSGIVVHQESVCATYGSGLSSTCIVDVGDQKTSVCCVEDGVSHRNTRLCLAYGGSDVSRCFYWLMQRAGFPYRECQLTNKMDCLLLQHLKETFCHLDQDISGLQDHEFQIRHPDSPALLYQFRLGDEKLQAPMALFYPATFGIVGQKMTTLQHSLFEGKALGLDKAILHSIDCCSSDDTKKKMYSSILVVGGGLMFHKAQEFLQHRILNKMPPSFRRIIENVDVITRPKDMDPRLIAWKGGAVLACLDTTQELWIYQREWQRFGVRMLRERAAFVW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Gene regulation
source organism Homo sapiens
publication title Structure of Actin-related protein 8 and its contribution to nucleosome binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 8
total genus 167
structure length 502
sequence length 593
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.90 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4fo0A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A04
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4fo0A03
3B8AX 1BA1A 2E20A 1IJJA 2QWPA 3BP8A 1V4SA 4PKGA 4BR7A 5EXWA 3S41A 2FSJA 1YAGA 4BR4A 3W0LA 2CH5A 5EVZA 3A8YA 4EIAA 2V7ZA 1XC3A 4BC4A 2NLXA 2E2QA 3CHWA 1GLEG 3A5NC 3MN5A 3O08A 5AFUH 4BRDA 4AM7A 3SMPA 3FZFA 1RDWX 2F9WA 2WUSA 2AA4A 2UYTA 1MWKA 2PBDA 4JN4A 4Z94A 3ATUA 5KQDA 1HX1A 3O80A 2ZGYA 3L4IA 4BROA 4FPBA 3EN9A 4BRNA 1ZBSA 1NGEA 5AQQA 1C0FA 3CJ9A 3M3ZA 5AZJB 4B1VA 1NGDA 2P9LA 1NLVA 1D4XA 5E26A 3WXKA 4BGAA 1BA0A 2P9KA 1NGGA 5AR0A 2ZWHA 4H0YB 4FWNA 1IG8A 3DXMB 5AQLA 2P9IB 5JICA 3VENA 1BU6O 2A40A 1WUAA 2ASOA 3LM9A 1EQYA 2OANA 4H5WA 4IJAA 4BR2A 3HSCA 4BRAA 1KXPA 1NGCA 3IDHA 3HZ6A 1GLFO 4H0VB 2Q2RA 4BG8A 4BRPA 2EWSA 5FPDA 1BO5O 3WEEA 5AQIA 5EX5A 4BC5A 2HMPA 5F1XA 2NRHA 4JD2A 3QFUA 2IVPA 4H5TA 5AQNA 2E1YA 4B1ZA 3VOVA 4K43A 3GBTA 2QWNA 4A62A 4CZGA 3A0IX 5BN8A 1HJOA 4CZKA 1SAZA 3VESA 3LDPA 4BG9A 2Q0UA 3R9PA 3P4IA 3ULEB 3C0BA 3FZHA 1NGJA 1NGBA 3DWLA 3VGMA 4BRIA 3FZKA 2YHWA 4MO5A 4H5VA 1Z05A 4BRGA 2QW9A 4WYBA 3VF4A 2ZF5O 4PKIA 2P9LB 5BPMA 3W3DA 1ESVA 1ZXOA 4A2BA 2GWJA 4A2AA 1SZ2A 3R6MA 1T6CA 4QS8A 3LDQA 1Q18A 3FE1A 4BC3A 3CJ1A 3EO3A 2P9SA 3UKRB 1HPMA 2IVOA 1XQSC 3SJHA 4EAHD 3CJBA 3VEWA 3QICA 1RGIA 5F2RA 2ZGZA 1QZ5A 3WQTA 2E2NA 5KPZA 3CJCA 5ADXA 2FXUA 2NZTA 2A5XA 4I6MA 3O1WA 1V4TA 3QFPA 2E2PA 1GLCG 3D2EA 2D4WA 5AFUA 4BRMA 1E4FT 1X3NA 4QS9A 2IIRA 2HF3A 4FO0A 1JCGA 4JD2B 4GY2B 2P9NA 3MN7A 3IFRA 3DJCA 1Y64A 2I7PA 2VCPA 3TPQA 4DB3A 3SMSA 3SK3A 3ENOA 2Q97A 3HBTA 2IVNA 4FWQA 1ZC6A 5AQGA 4H0PA 4FL9A 4XEIA 1X3MA 5LJVA 1BWFO 2Q31A 2PAVA 3C7NA 1MDUB 5AQJA 3VEYA 4AM6A 4BRLA 1H1VA 1OKJA 1T6DA 3MK6A 3AARA 5BN9A 4BREA 3J8AA 3CJAA 1E4GT 3VERA 4CZMA 2QWQA 3WUHA 3RSEB 1NGAA 3KHYA 3BF3A 4CBUA 2GEMA 3DXKA 1DGKN 3BF1A 4H0OA 4FWPA 3VF6A 2HF4A 3UE5A 4K25A 3GG4A 4FWSA 1G99A 5AQXA 5AZIA 4BVOA 4F9OA 4RCHA 3ZX3A 4FSVA 5AQSA 2FF3B 1NGIA 2P9SB 4LC9B 3ZX0A 2HOEA 1GLLO 2GUPA 1NGHA 4CBXA 3BEXA 4BR5A 1HKBA 3VGLA 5FPMA 4FWOA 4H03B 1TYQA 4BQLA 2YI1A 2ASPA 3M1FA 1NMDA 3ATVA 1TUUA 1MA9B 4CI6A 3O1BA 3JS6A 4FWLA 2J4RA 3UKUA 2FSKA 2F9TA 3ZETA 4IO8A 3L6QA 3FR0A 4CZHA 4QS7A 4B1XB 1CZAN 5E84A 3FLCO 4L3QA 3H3NO 4CZEA 3CERA 4JAXA 3H46O 2VWBA 1QZ6A 2BUPA 5AQHA 1LOTB 1DEJA 1R59O 2FSNA 5EY4A 2KHOA 5I9EB 3LM2A 3O6WA 4H0XB 3AAQA 4EHUA 5AQRA 4YDUC 1KAZA 5AQTA 3H1VX 5BRHA 1ATNA 4GNIA 5BPNA 2P9KB 4WQ4C 2FF6A 2QWLA 3EZWA 4FWKA 5FPNA 2ITMA 5BR9A 3VPZA 3I33A 5AQZA 2VYPA 5BRFA 1S3XA 3M6GA 3BUZB 3H45C 1QQOA 5ELZA 4Y0WA 1GLJO 2V7YA 4WQ5C 1GLDG 3HM8A 3QB0A 2P9UA 4M63C 3QBXA 3IUCA 3D7EO 1ATSA 3DAWA 3EL2A 2Q36A 2CGLA 1TYQB 4MLEA 4BQZA 3WQUA 3U9DA 5F0XA 1HKCA 5FPEA 3FZMA 1ATRA 3CIPA 5LJWA 3WT0A 2A42A 3WXJA 3JXUA 4B1WB 1C0GA 5AZJA 3FGUA 4CZIA 3D2FA 3ZETB 5KQ8A 3ZX2A 1BOTO 4NB4A 4IWVA 3WEEB 1YVNA 4K41A 4IXCA 4B1YB 2CH6A 4BR9A 1KAYA 3KVGA 1U2VA 5CE3A 4HTLA 1HLUA 3QDKA 2GTDA 4K42A 4YDUA 4E1JA 4MLHA 3VEOA 1RFQA 4RTFD 2QWOA 2CGKA 4FPAA 3HI0A 4H5RA 1NWKA 4WQ4A 1QHAA 4ISEA 3GL1A 1Z6RA 5B8HA 1QQNA 1WOQA 2Q1NA 3VGKA 3KZBA 4WQ5A 4CZLA 3GOIA 4BRFA 3I8BA 4CZFA 3OHRA 5ADXH 3A5OC 4O8KA 1X9JA 4FOEA 4H0TB 5AQOA 3IMXA 1NM1A 2AP1A 3O4WA 4JHDA 2CGJA 3ZEUA 3CJ7A 1NGFA 2Q0RA 3AY9A 5AQFA 1JCEA 4M7XA 1HKGA 1LCUA 4EFHA 3FZLA 1MWMA 2P9UB 3H1QA 5AQWA 5JLFA 4XH4A 2E88A 4MO4A 4BGBA 3QBWA 2D0PA 1GLBG 2P9PA 2W40A 3O8MA 1TUYA 3H6EA 3ULEA 2QWMA 3F9MA 5KPRA 5KPTA 4PKHA 3MN6A 3GE1A 4H5NA 3VEXA 3AAPA 2QM1A 4I6MB 4IJNA 2YHYA 1JCFA 4ISGA 3U4LA 5AQPA 2A3ZA 3G25A 3MMVA 3D2FB 4ISFA 2D1KA 3D2EB 5AQUA 4CJ7A 3L0QA 4XH1A 3HTVA 4A61A 4JNEA 1U2VB 3MN9A 3A5MC 2P9NB 2QXLA 3LDNA 3UKRA 3MCPA 2A41A 2FLOA 5BPLA 1QQMA 2I7NA 3LDOA 3EKSA 3H3OB 4FOIA 1XUPO 4PL7A 3C7NB 4DQ8A 4HWIA 4BR0A 1U6ZA 3TU5A 1K8KA 3UB5A 2A6AA 2YCHA 4C23A 4BVPA 4CD3A 3VETA 4DCHA 1GLAG 3U9ZA 4BRHA 2YJEA 2V52B 3DXKB 3QMLA 1YUWA 2BTFA 4JHDB 3VEVA 3ZEUB 2YJFA 4CZJA 5AZIB 3WXIA 3ID8A 1S22A 4J8FA 2GELA 4FWRA 4XH5A 1HUXA 4BRKA 3ENHA 4M7YA 5BRDA 2P9PB 4BC2A 2W41A 4RWTA 5EOYA 3VEZA 1SQKA 1J6ZA 3CQYA 1BG3A 5AQMA 1YXQA 4BRCA 3U8XA 2DPNA 4DHYA 4IZ9A 4O5FA 3VF2A 4B9QA 3CETA 3EKUA 3RSEA 2QWRA 2ASMA 3R8EA 2V51B 1KAXA 1BDGA 1NBWA 5JLHA 3CI5A 2E1ZA 1P8ZA 1DKGD 3UKUB 4KBOA 5TKYA 3O5BA 4FWMA 5AQYA 5LY3A 5JMVA 1BUPA 3MDQA 4EHTA 3GDQA 5AQVA 3SLCA 3LDLA 2E8AA 2GWKA 1T44A 4NO7A 5AQKA 3DXMA 4B1UB 2P9IA 2E2OA 3A5LC 4CD1A 3WXLA 5BREA 2YHXA 3LL3A 2D0OA 4CBWA 3CQXA 1K8KB 4PL8A 4BRQA 2H3GX 3FFKB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KI6A 1S9EA 2QWPA 3BP8A 1SV5A 3AV9A 3P38A 4M3RA 1N36K 1LWEA 3VQ6A 1HNVA 3T1YK 2FSJA 2RF2A 1YAGA 1JXBA 3KK1A 4HUEA 4KHNA 3TR8A 2CH5A 5EVZA 4EIAA 1RT1A 3C6HA 5J2NA 2E2QA 1YJWN 3CHWA 4BRDA 1HQEA 4O55A 4AM7A 1BIZA 3FZFA 4KHPK 4JKFA 3V1QA 3QEIA 1FKOA 3AGRA 3JYTA 5LMUK 1NOZA 2AA4A 3O4QA 4CJFA 3NCIA 2G8UA 1P90A 1LV5A 4JN4A 2GBZA 3PO5A 3DLKA 4A5AA 4W5QA 3NMUA 1HX1A 3O80A 1NKCA 3VQ5A 4BROA 3EN9A 4CJ5A 3MXMA 1C0FA 5AZJB 2VWKA 1NGDA 5E26A 1D4XA 2HHTA 4DTNA 3J7ZO 4F8RA 1IG8A 1W7AA 1GOAA 5GIPA 4FJ5A 1X9WA 4KTWA 1F21A 1HNIA 1IKVA 4M3XA 3LM9A 2VG5A 2ZE2A 4N76A 2F96A 2HHQA 5M1FA 1HYVA 3L2VA 3QEWA 1N6QA 5GAEP 2EWSA 3QNOA 3NAEA 4GMJB 5AQIA 5EX5A 2G8KA 4BC5A 4IDKA 4DU4A 2W00A 5I42A 1RDAA 4Y1DA 3V9WA 3VA0A 4CZKA 1BCMA 3RMAA 5GAHP 2Q0UA 4BY9C 1NG9A 3OYEA 3AO5A 3VGMA 1NGJA 3FZKA 4KHUA 3VA3A 1Z05A 3C6TA 1YIJN 1YTAA 4BRGA 2QW9A 2YNGA 3VF4A 2ZF5O 2R7YA 4CF8A 4IFYA 2FBTA 1ZXOA 2GWJA 4FXDA 1T6CA 2XY5A 1IG9A 3CCQN 3FE1A 1XNQK 1RT2A 3EO3A 2IVOA 3C6AA 1DTQA 1TV6A 3CJBA 3CPEA 4KFBA 4FJNA 3WQTA 1D8YA 1JLFA 3M5RA 3O9RA 5ADXA 2VGNA 4WFBL 3MAQA 4I6MA 3HXMA 4DSJA 2ZD1A 4V19S 1NK9A 2E2PA 4F2RA 3VMFB 1GLCG 4JK9A 1LAVA 3D2EA 2D4WA 2ITGA 5J2MA 2HF3A 4FO0A 1JCGA 1EWRA 2P9NA 4GY2B 2VCPA 2OPSA 1T05A 1WSHA 2IVNA 1ZC6A 4LF4K 4CEZA 1S9GA 5LMNK 4FK2A 2Q31A 1VK0A 4KREA 1H1VA 1OKJA 3SI6A 1T6DA 4W5OA 3MEGA 3AARA 3OY9A 5BN9A 4FLWA 2RN2A 5M1QA 2ZJRL 2W42A 4BE0A 3KHYA 3CC7N 4FJ7A 1WAFA 3CMEN 1JL1A 3I56N 3QESA 1RT3A 3N4PA 1DGKN 3ZSRA 3BF1A 4CGGA 1A5VA 4H0OA 3VF6A 1HMVA 4ID1A 4X62K 3UE5A 2BH1A 4K25A 2QKKA 4FWSA 3QIOA 1G99A 4FK4A 2ETJA 4F9OA 4RCHA 1XHZA 5AQSA 2FF3B 2C1IA 1NGIA 1I39A 3ZX0A 2HOEA 5HLFA 5J1EA 4DUYK 3OYMA 1U48A 4BR5A 3AA4A 4EP4A 4LF6K 5FPMA 5C15A 3VQCA 1TYQA 3SUPA 1DTTA 1TKZA 2YI1A 5HRPA 3FFIA 2JWLA 3HJFA 2HHWA 4JKGB 3UKUA 3RRGA 4YOTA 4JS4A 1UWBA 2O8EB 3I0SA 3ZETA 4FJ9A 4PUOA 3FR0A 1HNZK 2IS3A 4OPHA 3FLCO 4L3QA 5DK5A 4CESA 3ZT1A 3CERA 3S3OA 4JAXA 4DR7K 3H46O 2VWBA 1QZ6A 2BUPA 3PLAA 3HP9A 1DEJA 1VSFA 4DSIA 4J2BA 1VQ4N 4J2EA 4H0XB 3HM9A 2QA4N 3M8RA 4GNIA 4DQQA 4CIFA 5FRNA 2QWLA 5FPNA 3LDSA 4Z4EA 1FW6A 4FYDA 4O44A 5AQZA 3TAEA 1S3XA 3M6GA 4J2AA 3ZSXA 1QQOA 4Y0WA 4WQ5C 2YNIA 1GLDG 3HM8A 4M45A 2P9UA 3IUCA 3LP3A 3PX6A 1ATSA 4B3RK 5GADP 1TYQB 3PY8A 4BQZA 1WSEA 3MCAB 4E1NA 5FPEA 3CIPA 2WC9A 1JXEA 3HO1A 3WT0A 4FJIA 4FJMA 4B1WB 1FJGK 3CCRN 4B3OA 3HVRA 2QI2A 3HSTB 3ZETB 4Z4GA 4HCCA 3NDKA 4C8NA 4BR9A 1J54A 4IXCA 1HLUA 4IG0A 5CYMA 3E9OA 3WNHA 4M3UA 1RBUA 4MLHA 5KI6A 3VEOA 1U04A 4RTFD 2X78A 3HI0A 1NWKA 4WCEL 5B8HA 1A5WA 4PWDA 3DRRA 2Q1NA 3KK2A 3SUOA 3HOTA 3VGKA 4OLBA 3LZIA 4E3SA 4OKKA 1X9JA 4FOEA 4K0KK 4CIEA 4JHDA 3P39A 1LW2A 2CGJA 5C12A 1N5YA 1KVCA 1TK8A 4B3TK 3PX0A 3TSPA 1HKGA 1MWMA 3QIPA 2P9UB 3H1QA 4ELUA 2OZMA 1RTJA 4MO4A 4U7BA 4JV5K 4KHQA 4ILJA 1VSIA 4AF1A 2P9PA 2W40A 4DR5K 1TUYA 1NJYA 3ULEA 5FDLA 4RG8A 3N4QA 3AAPA 3RMCA 3AVIA 2YHYA 3K5OA 5AQPA 2A3ZA 3G25A 4DV2K 2FBXA 4B3MK 4CK2A 4Q0BA 5KRTA 1BHLA 1Q8IA 3MN9A 3A5MC 2QXLA 4RW4A 1I94K 3B6PA 1HR0K 2B4JA 1D5AA 4C1NK 5SZTA 1QQMA 3HPGA 2I7NA 4CHQA 4IFVA 3F5TA 4FOIA 4FJ8A 3C7NB 3ZCMA 3LPTA 4B08A 2UXDK 1XMQK 1ASVA 3TU5A 4O5BA 2G8VA 1VQ6N 2VWJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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