4FOQA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-aminoethanesulfonic acid
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4foqA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4foqA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4foqA02
1BKZA 1B9SA 1NNCA 3MW2A 2BZDA 2UWBA 3WCRA 4HZZA 5L73A 4Y22A 4P9WA 5BYNA 1ONAA 3BTAA 2R1BA 1D0HA 2W20A 1QDOA 2W68A 3AXDA 2AR6A 1SLCA 4ZXKA 2NM1A 2UU8A 3NSSA 3BEQA 3RG0A 4JCKA 3JUUA 4QN4A 4J9TA 5JMCA 5SV8A 1LHNA 3CL0A 2KM2A 3VV1A 2ZBJA 3IPVA 4H53A 1N1SA 1FATA 1EUSA 2JE9A 1W20A 3V0BB 1YIFA 1IVBA 1G86A 1QF3A 1GZCA 4PBOA 3A72A 4CTEA 1MR5A 2GMEA 1MS5A 2JKBA 1V0FA 4P9YA 2OUJA 2HT7A 5DZEA 3QCWA 2JD4A 3CYEA 4CPOA 1SFYA 3B01A 1W6NB 5AVAA 2NMNA 5JOXA 1V2IA 1W8NA 4YZ2A 1QNYA 3WHUA 2QWCA 4YLZA 4LBNA 4CPZA 3B7EA 1RINA 2VH9A 1DZQA 1LHVA 1WW6A 1S0GA 2XG3A 1AX0A 2ERFA 3OBRA 1UN1A 4GJTA 1LTEA 2H0BA 4HZWA 3SLIA 3C2UA 3N3HA 2SBAA 4BPZA 3UJOA 5JOWA 1Y7BA 2GMMA 2JJ6A 3AZYA 3FLRA 1UMZA 2HTWA 1CIWA 4YM0A 2ARXA 5IK5A 1GV9A 2AREA 3NV4A 4K20A 3AZWA 4YZ1A 1MS0A 2YA7A 4ISQA 3WDVA 4ZKTB 3WDWA 1JXNA 4FOQA 5GZCA 1G9BA 1SLTA 1J1TA 4XJWA 2BERA 1UL9A 5GLZA 1C4RA 1NSBA 1QGLA 2NN8A 3AXEA 1SLIA 3HN1A 4KS5A 3H0OA 3N7MA 2ENRA 1DLLA 3VKMA 4XJUA 5DUXA 1JYCA 2V73A 1VLNA 1GZWB 5HUNA 1DQ2A 2NYYA 1UZYA 1Z4ZA 4AYUA 3AJZA 3I4IA 2EIGA 3WUCA 2CMLA 1KDMA 3AYEA 3IMNA 4F83A 4Q6KA 3O5SA 4YW2A 1GLHA 1LGCA 5EWSA 4K1IA 3DUIA 5NN9A 1LEMA 3ZVXA 2VY0A 2YY1A 1APNA 4GB1A 4FPEA 2E53A 4YGDA 1YI7A 2DVDA 3OBTA 3TB0A 3UL2A 4MWUA 3K38A 2DTWA 3M3EA 4FPJA 1KJRA 4JRAA 2YV8A 1NSCA 1Q8SA 2AENA 2ZGMA 3LCPA 1WCQA 4GA9A 4FZHA 2JDZA 2DTYA 5HUKA 2E51A 3OJBA 1LOEA 3B00A 3T1EA 2GNDA 4MWRA 3RS6A 2QWEA 5T55A 2P2KA 1TEIA 1AX2A 4GZTA 4XTPA 4XJQA 2XB6C 1OFSA 1G9FA 3MW4A 2WJSA 1IVGA 2JECA 1Z0HA 2NMOA 4Y1ZA 2AH2A 4H52A 4HZXA 2ZHLA 3ZXEA 2P3KA 2TEPA 1CJPA 3V0BA 1VAMA 1LOCA 2ZHMA 4AVSA 1MACA 5GJ6A 1AXYA 4GWNA 3WV6A 3ZXJA 1CESA 1V6NA 3WOGA 1WLDA 3AZVA 2DVFA 2ZAAA 3A71A 1LHUA 4M4VA 3OGGA 1DQ5A 2GNMA 2ZB6A 1W6NA 4Q8KA 4FPLA 1H30A 1JUIA 4WEGA 2A6ZA 4Y26A 1INFA 4HZVA 1MWEA 4LBQB 4GZWA 3V0AB 1LOFC 1Z4VA 2DU1A 2B8HA 3CL2A 4X4AA 4B7JA 1V3BA 2F24A 4UF7A 4XHXA 3JU9A 2EALA 3ZYPA 2B7YA 5H9SA 1BYHA 1LGNA 2QWIA 4MWQA 1F8BA 2C5DA 4DGRA 4Y1XA 4XDQA 2WSVA 4PBPA 1Q8PA 3RMXA 1A78A 2W38A 4YZ5A 2ZACA 1NN2A 2PHTA 2WNEA 1Q8QA 4YW4A 5HCFA 1WLCA 1YXWA 3SANA 1S0CA 1VIWB 1QNWA 3B9CA 2F11A 3WDUA 2F27A 5LK5A 5T5LA 4K1JA 1PZ8A 3AYCA 3USUB 1KJLA 3K39A 5JOYA 5H9PA 4GKXA 3B69A 2GMPA 2ZZJA 4X49A 1LCLA 3M2MA 1INWA 4R9DA 2ZGPA 4GZPA 2F0ZA 4DS0A 1GZWA 4WVWA 5GZFA 2F29A 1OQ1A 1WUVA 2YROA 2DU0A 6NN9A 2YDTA 4BMBA 2AGSA 1KITA 1RIRA 4XXPA 1V6KA 3M3OA 1O4YA 1MS4A 2R16A 1FNZA 2AUYA 3KM5A 4K1KA 4UW3A 3IN9A 1KDKA 2A5ZA 2GALA 3R4UA 1Q8OA 3SH4A 4FPOB 3DGTA 1GKBA 4WA5A 2HT5A 4XBQA 5DUUA 2DV9A 3WCSA 3VKFC 2NP0A 2QWBA 5T5JA 1NMAN 1CR7A 4WA4A 1BZWA 3AFKA 1W1XA 1NCAN 2QWGA 2VVZA 2YXSA 1LOBA 3VUOA 5FREA 5DXDA 1DILA 1LENA 3UJQA 3MW3A 1BJIA 2D3PA 2WSUA 4XJAA 2CYFA 2F25A 3WG3A 4HANA 1F8CA 2A6VA 4YFZA 4ASMB 3OYWB 3ILRA 2XZIA 3TIAA 2EAKA 2CWMA 3H6JA 4H55A 4YM3A 4RL7A 1O4ZA 4RA0A 2UWAA 1AXKA 4XJ9A 4FPYA 4KS2A 4MWVA 2ZMLA 4FPFA 4GZOA 1ENQA 3O12A 4WA3A 2C4AA 1CPNA 5KXDA 4UW5A 2ZB5A 2ZGLA 4AVTA 1QOSA 1MS9A 4NC5A 4K1HA 3K36A 3D5OA 4AGVA 4BLJA 1CPMA 1IOAA 3TI6A 5CBLA 1GYKA 3VKNA 1YO8A 1W8OA 1FNYA 2F26A 1LODA 5GZGA 3POSA 1INXA 1N1TA 2ZGUA 2D6KA 4WV8A 1DIMA 1JOJA 4MYEA 2SLIA 5HUGA 1URXA 1X50A 2QWFA 4YFWA 1N3OA 2D6MA 4MX0A 2QWJA 2F13A 4LBQA 2EXJA 3V0AA 1FAYA 3INAA 4K1YA 2HU0A 4YZ4A 1NCDN 3TIBA 1LOAA 4C1WA 2NZ9A 2W5NA 2HTUA 3W59A 4TZDA 1N47A 2AYHA 4CPNA 1A8DA 2XZJA 1HKDA 1A14N 2WQZC 2PELA 1BJQA 2P3IA 1HQWA 1IKQA 5E89A 3TAYA 1U0AA 4U2AA 4P9XA 5JLVA 5H9RA 5GLVA 4NCSA 1UPSA 2ZGRA 5IT6A 5IK8A 3VKOA 1DIWA 2AEPA 4FP3A 1NMBN 4MZEA 4M4UA 2A3XA 1LEDA 4YM2A 3SH5A 4K1ZA 4YW1A 2UURA 4YZ3A 4ISRA 1GICA 4M4NA 3IM0A 1CONA 4LBQD 3SITA 1F8DA 2WLQA 4GZXA 1B9VA 2D3SA 2BATA 2VW1A 2DUOA 4PCRA 5GLUA 2QWDA 3T1MA 4Q27A 3NV1A 2ZHNA 2DYCA 1ENSA 3HR9A 3SH3A 2A70A 2C4LA 4I00A 1UKGA 5GLWA 2DVBA 3ZSMA 3GVKA 2OVUA 1S0IA 3D4KA 1DQ0A 2CNAA 1OKQA 1MVEA 2QWKA 1GBGA 4FQZA 3AX4A 1INVA 3L2YA 2ZGTA 1DHKB 3H72A 2ES3A 2ZGOA 3T2TA 2AEQA 5CB7A 3WZ1A 4DPNA 1HDKA 5HCBA 1QOTA 1V0ZA 4MWLA 1H9WA 4BQ1A 4XTMA 3PVOA 3GVLA 4GWMA 1JYIA 4B7QA 3OPZA 4YGCA 1QMJA 3BOPA 4XIKA 4BLIA 1Q56A 4QN5A 1W21A 4CPYA 1QDCA 3WG4A 3OYWA 2R49A 2FMDA 3R05A 2OW4A 1WW7A 4XHBA 2SIMA 4FPHA 2FHRA 1W6OB 3W58A 5M1ZA 3WG2A 1Z78A 1XQNA 3INBA 3FLTA 4SLIA 2BQPA 2WKKA 1HQLA 3PVEA 1DQ4A 1F8EA 2F12A 1F5FA 3TI4A 1W6QB 5E8AA 3FUQA 3NV2A 1W0PA 2F28A 4KBBA 2EXHA 4U36A 1QU0A 4CZSA 3LSDA 3SILA 1W6PB 1JBCA 2VK6A 3WDTA 1DYPA 4K21A 2C9AA 1LGBA 1WW4A 1NSDA 3AJYA 1IVCA 2RKCA 1MVQA 2VSMA 4XOGA 3VKLA 1B9TA 4BMEA 4XJRA 2P3JA 4AVVA 4XBNA 2Z42A 2HTYA 3M1HA 3MEPA 2VWDA 1WW5A 5T5PA 1INYA 1SCSA 1N1VA 4M3CB 1MZ6A 3Q9OA 1MS8A 4B7RA 2ZGQA 2ZMNA 2ZGSA 1W6MB 5CA6A 4YM1A 2D6NA 3A4UA 4WEFA 1INGA 4JC1A 2A7AA 4R9CA 3BIWE 4WVVA 4MWWA 1F9KA 2R1DA 1LOGA 3PJQA 1AVBA 4P14A 4MWYA 1S0EA 1IVDA 2YA5A 4GDIA 2A75A 5IK7A 2GNTA 3ZPYA 4FOWA 2HU4A 3ILNA 1GSLA 2A3YA 3WNXA 3ALWA 2OUHA 2VSKA 2VK7A 3A0NA 4Q1PA 4M3CF 1JHNA 3FBYA 4XJ8A 1R1ZA 3W09A 1AJKA 1V6MA 1AX1A 3ENRA 3APBA 2YA8A 1S0FA 5E88A 5B2CA 1SBEA 1WD4A 3ATGA 1NNBA 1VCJA 2BF6A 1IS5A 4FPCA 3ZSKA 2W08A 4GEZA 3AP6A 1ULGA 1UX6A 3ASIA 4Y20B 4Z8BA 4XILA 4YG6A 1NCCN 5KXBA 1V3CA 4XJZA 3D6EA 2ZABA 5T52A 1G9DA 3WDYA 4AGRA 3UK9A 1I3HA 2D6OX 4ATEA 4CPLA 4UW4A 3AP5A 1Z4WA 4UW6A 4XMIA 1S0BA 2CL2A 3RSJA 2EXIA 4MZAA 3AZZA 1CN1A 1SCRA 4BM8A 1L7GA 1ULEA 5KXEA 4MWJA 1S1AA 4HZYA 2VW0A 2QWHA 4Q8LA 4XZPA 5IUQA 1CVNA 4Q1RA 1Q8VA 4K3YA 2E7QA 1DQ6A 3WUDA 1W6OA 2X9MA 4HIZA 5F9TA 3AP7A 2PHFA 1LU1A 5GZEA 3CNAA 5HCAA 2SILA 1W6QA 1E8TA 5DG2A 5EXOA 1AJOA 1KRIA 4GZQA 1W6PA 2D3RA 1ZM1A 3POWA 1A3KA 3FFZA 3TI5A 5EYYA 4XYXA 2JE7A 4X47A 7NN9A 5DZFA 3GALA 1C57A 2A6XA 3N36A 1AXZA 2YZ4A 3HMYA 3H71A 3WG1A 2VK5A 1N3QA 2RHPA 3D11A 4Y24A 2YA4A 1CQ9A 3AK0A 1WBLA 1IS4A 4M3CA 1LECA 4Y1VA 2XZKA 1W6MA 5H9QA 5GZDA 2YA6A 3AZXA 2W39A 2PHWA 4Q2FA 5JYYA 4XE9A 3B3QE 1V3EA 1UAIA 1IS3A 1SBFA 1G9CA 1LJ7A 1C1LA 1C1FA 4W65A 1WD3A 2D6LX 2CWSA 5CNAA 3GNEA 1ENRA 2PHRA 2EXKA 2P37A 1V0EA 4M01A 2G4IA 2A3WA 1GZ9A 5GLTA 2DURA 3AP4A 3LSEA 3D12A 1UZZA 4FVVA 4FPKA 3RQ0A 3WDXA 3QLQA 3N7KA 2DUPA 1WLWA 1V6JA 1A4GA 1HLCA 2HT8A 3N35A 3PVNA 1S0JA 1WBFA 4FJ6A 1NLSA 4FOYA 2F10A 2I2SA 1USXA 2CY6A 1ULCA 3USUA 4KS4A 4MC7A 4M3CE 4R9AA 1NCBN 1VALA 4CRQA 5EYXA 4BBWA 3AYDA 3JU4A 5CAZA 4FOVA 3SNMA 4D69A 1BQPA 2WT1A 2D44A 5DUVA 1D2SA 3ILFA 4AGGA 2E7TA 1MS1A 4KS1A 3K3AA 1F31A 3ZSJA 5DZGA 1DQ1A 2D6PA 4LBJA 5DG1A 4Y20A 1N3PA 1PZ9A 3GVJA 4DQAA 2R0HA 2GN3A 2UWCA 4XIOA 3TI8A 4GKYA 3NV3A 4HL0A 1LU2A 3U4XA 2A6YA 3RMYA 4D8SA 4NOTA 1YRZA 3AP9A 3IKWA 3V64A 1S0DA 3BODA 3ZYRA 2D7FA 5T50A 4YW5A 2CTVA 3H73A 3ALXA 2HTQA 5B2DA 2E6VA 2VUAA 4Y1YA 1XOGA 2YDPA 3PMEA 2ZGNA 3NN9A 3OY8B 1AF9A 1GANA 3K37A 4MWXA 3CKZA 4IQPA 1VCUA 3M3CA 4KS3A 1SNTA 4XMAA 3I8TA 1FYUA 2V5YA 4FQ4A 4ITCA 4XXAA 4QNPA 3NWKA 2HTVA 1RITA 2DVAA 1INHA 5JVVA 2DVGA 2A71A 2PHUA 2W5OA 1V00A 5HUMA 4Y22B 4JF7A 3SISA 2WT2A 1G9AA 1Z4YA 1EUUA 2PHXA 4YGBA 2DWRA 2HTRA 3AYAA 1SBDA 4C1XA 1W0OA 4MJUA 3SALA 5HX0A 4LBOA 3ZXLA 2ZKNA 1SLBA 1MZ5A 2XCYA 3A0KA 3IPVB 1IVEA 1FV2A 3ZXFA 1N1YA 4B7MA 4LBMA 1ULFA 1B09A 1L7HA 4YGEA 1AZDA 4LBKA 3TICA 4Y1UA 4MJVA 3T1LA 1WCSA 2GNBA 1H9PA 1GNZA 4NN9A 1KQRA 1SLLA 4X6KA 1DYKA 1SACA 1DFQA 2LALA 1Z50A 1SLAA 2A6WA 3FUOA 1LESA 2VW2A 2WT0A 1NNAA 3V65A 2EF6A 5T5OA 1E8VA 1LULA 3WLUA 4WZFA 2ZHKA 1GNHA 4FPGA 4M3MA 1ZA4A 4GXLA 1DBNA 3O0VA 3WHTA 1JW6A 3ZSLA 4LBLA 4L8QA 1LOFA 1L7FA 2W52A 4YG3A 1IS6A 4YG0A 1EURA 1EPWA 4QN6A 2Q5TA 3FLPA 1PZ7A 1MS3A 2GN7A 2YMZA 3RRDA 4QN7A 4GALA 3POYA 1XOEA 5GALA 4OZXA 5JOZA 4DRRA 2R0FA 2ZMKA 1BXHA 1I1EA 2HYKA 1QKQA 1JN2P 3N7JA 4QN3A 4R9BA 2GDFA 4CPMA 3WVJA 1YYNA 4DRVA 3MPPG 1ULDA 4FP2A 1E8UA 5GM0A 4PQ9A 2ZA9A 2QWAA 1G7YA 5F5QA 1V6OA 3R4SA 4PF5A 4M00A 4GZSA 1NXD1 3O9JA 4ATFA 5T54A 1IKPA 1EUTA 5DUWA 1FX5A 1IVFA 3ZXKA 1LHWA 4XBLA 4I30A 1FV3A 4B7NA 4GDJA 3O0WA 5KXCA 4YW3A 5FRAA 2P34A 3O9KA 4Q26A 1Z4XA 1V6IA 2VXRA 3OY8A 4AWDA 3KQRA 3M3QA 1SO7A 1A4QA 1QOOA 5IK4A 1V3DA 4DFSA 2VU9A 3N7LA 1DGLA 2LTNA 1V6LA 1G8WA 3O0XA 1VAVA 1NMCA 2D43A 2DUQA 4BOWA 2ARBA 5JDBA 3TI3A 4TYSA 4NO4A 2ZGKA 4FVKA 1LHOA 1USRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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