4FOYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-(benzylammonio)ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4foyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4foyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4foyA02
5JLVA 2W39A 4BOWA 2AUYA 1LU2A 3H0OA 5JMCA 5F5QA 2ES3A 2XCYA 4FPEA 1HDKA 4FVKA 2VY0A 2ZHLA 4U2AA 5E8AA 2XB6C 3K36A 2ENRA 2P3JA 2P3IA 2F13A 4FOYA 2VK5A 2CY6A 4HL0A 1GSLA 5T55A 3AXDA 4Q6KA 4RL7A 4Y1XA 3ZXEA 4BM8A 2HU0A 4R9AA 1QDCA 2DVDA 3M2MA 5DUUA 2F27A 2HYKA 1KITA 2JE7A 5DXDA 1R1ZA 5AVAA 2YZ4A 2D6KA 1AF9A 3FUOA 3OGGA 2B7YA 3PVOA 2A6YA 2GDFA 4GXLA 3RMXA 7NN9A 3WCRA 4XJ8A 4UW4A 1WUVA 1L7GA 1BJIA 2YA8A 5GLTA 1BQPA 1NNAA 4P9YA 5BYNA 1JW6A 1X50A 1CPMA 1WW4A 3WOGA 3O0VA 3L2YA 4BLJA 2P2KA 1VAMA 4FP3A 2TEPA 1V3EA 4JC1A 6NN9A 3FBYA 1MVQA 2E7TA 2QWHA 3ILFA 4XBQA 1V00A 1Q8OA 2QWJA 4Y20A 1V6IA 1YXWA 1AXKA 4KS5A 2OW4A 2WT2A 4GDJA 2ZZJA 1HQLA 1MS0A 4WV8A 2DU1A 1INXA 3AZZA 2AYHA 4Z8BA 1JYCA 3OJBA 3W58A 1OQ1A 5B2DA 3AP7A 1V6LA 1INFA 2WQZC 2WT1A 2C9AA 3ZXFA 1LGCA 1W6NA 1Z4WA 2I2SA 2PHRA 1AXZA 1VIWB 3AJZA 3ZYPA 4W65A 4GZQA 5CNAA 1UZYA 4NO4A 4B7RA 2DURA 1FV2A 3AP9A 5CB7A 1QDOA 5IK4A 1BJQA 2GMEA 1V3CA 1VALA 5HCAA 4C1XA 3OY8A 3FLRA 3GVKA 2W20A 1INHA 1MS9A 1SCSA 3W09A 2CNAA 1MZ6A 1W6PA 2DTWA 2R0HA 2VWDA 3ZSMA 1KRIA 5KXBA 3UK9A 5JDBA 1YO8A 1FX5A 1LESA 1IS4A 4HZYA 1W6OA 2ZGRA 3O5SA 2EXHA 1HLCA 4QN5A 3ATGA 3MW4A 4FPOB 5CAZA 3TI6A 4NC5A 1KJLA 4XJUA 4OZXA 4XE9A 2VVZA 4XXPA 1NCAN 1A78A 2R0FA 3N7JA 2PHWA 2GNTA 3ZXLA 4DFSA 2A71A 5JOYA 4YLZA 5T52A 1EUTA 1V6NA 1GNZA 2ZGLA 1O4ZA 1ULEA 4FOWA 1AX2A 4GZPA 1G9CA 3ZPYA 3WHTA 3A4UA 1SBDA 1D0HA 4HIZA 1B9SA 2QWBA 4MWUA 1VLNA 5H9QA 1GBGA 1XOEA 1IVCA 2EXKA 2Q5TA 5GLUA 1CN1A 1G9BA 3JU4A 3V0AB 4P14A 2A6ZA 3B69A 1Q56A 4XIOA 4ATFA 4PBPA 4MZAA 4YG0A 2RHPA 2WLQA 1Z4XA 3ILRA 2A75A 1FYUA 4K20A 3FUQA 4MWYA 2AEQA 4AWDA 2VK7A 2ZMNA 2WNEA 2WSVA 1GLHA 2HU4A 3VKFC 2ZHKA 1Q8VA 4YG6A 3OBTA 2DUPA 4XHXA 1N3QA 4R9CA 3CKZA 3OYWA 4WZFA 4MWVA 5HCBA 4AVSA 4LBOA 4YM3A 4Q2FA 4JF7A 2D44A 2NMNA 2JE9A 1INYA 1GZCA 3GVLA 5HUNA 2KM2A 4PBOA 1NMAN 1NN2A 1IKPA 5JYYA 3WV6A 1LJ7A 4GWNA 3WDTA 2A6WA 2SLIA 4GEZA 2GMPA 4YW1A 1V0ZA 1AX1A 4YGCA 4DPNA 5KXDA 1G9DA 2CWMA 2UU8A 1S0DA 4MWLA 1IKQA 2C4LA 1BYHA 3AYEA 3VUOA 5H9SA 1FV3A 2F28A 2A3YA 4ZKTB 3TI4A 3SITA 4M4VA 3PJQA 4GDIA 5GZEA 4J9TA 1GV9A 4AGVA 1BKZA 4QN7A 2HTQA 1NCBN 3IM0A 1KDKA 3M3EA 2P3KA 4HZXA 3A71A 3WNXA 4GZXA 4FPGA 1EPWA 4B7QA 5GZGA 3O12A 1V6OA 3AZWA 1JBCA 5EWSA 1LHNA 4LBJA 4YGEA 1DQ5A 3D5OA 2LTNA 4YZ3A 1C1LA 2GN3A 4QN3A 3O9KA 3GVJA 1INVA 3IMNA 1WD4A 1UPSA 1QF3A 4GJTA 3SLIA 3USUA 1S1AA 3PVEA 3GALA 3T1MA 4M3CA 1HKDA 2CWSA 5SV8A 2D7FA 4CPMA 2ZAAA 1SLIA 4DGRA 3R4UA 1JHNA 1GYKA 3JUUA 3NV1A 4XJZA 1RITA 2YMZA 1PZ7A 2D43A 1UAIA 2GMMA 1S0IA 2QWCA 4AGRA 1SO7A 4MWRA 1JYIA 1F8BA 4MWQA 3QLQA 2ZGPA 4MYEA 3N7LA 1RIRA 1QNWA 5EYYA 4LBQA 1AZDA 3NV2A 1WLDA 2VSMA 2A6VA 4YW4A 5GZCA 1GKBA 2YROA 3TICA 3MPPG 1N47A 4GZTA 4KS2A 4CRQA 1CR7A 1GZWB 2NMOA 1LGBA 3AP4A 3LSDA 1DQ2A 3MW2A 3ALWA 2BERA 2VW2A 5FRAA 4YFZA 1JN2P 4FPKA 4BLIA 1DQ4A 1Z50A 1FNYA 3CL0A 4Y24A 5JOWA 1W8OA 3K37A 2DWRA 2EXJA 4JCKA 1WLWA 1ENSA 2DVAA 1APNA 4GB1A 1W20A 4B7JA 5DUWA 4XIKA 1H30A 5HUGA 2UWBA 4X6KA 3TAYA 3AP6A 1Z4ZA 1S0GA 2OUHA 2EIGA 4YFWA 1USRA 2WSUA 2UWAA 2D3SA 3ASIA 3M3QA 2CMLA 4M00A 1AJKA 4PF5A 1WLCA 2BQPA 4LBNA 4KS1A 3O0WA 4DQAA 4R9DA 1YYNA 4XZPA 1L7FA 2GNBA 2QWDA 3WZ1A 2PHFA 4M3CF 2CL2A 1W6PB 2A6XA 1S0JA 1E8TA 3NV4A 2B8HA 3OPZA 3AYAA 4AGGA 1N1SA 4P9XA 1SBEA 2D3RA 4C1WA 1QNYA 3TI5A 5JVVA 4K21A 1IVDA 5EYXA 5HCFA 1WW6A 1ZA4A 3A0KA 3NN9A 2ERFA 4XJQA 1LEMA 4YW5A 1SNTA 4XBNA 5H9PA 1ULFA 4WEFA 1DLLA 5CBLA 2YDTA 5KXEA 4Q27A 1MS8A 2D6NA 3N3HA 2QWAA 3B9CA 1E8UA 2AREA 4X49A 4YM1A 1GNHA 2DUQA 1MACA 1DYKA 2W52A 3H72A 1W8NA 2XZJA 4YW2A 4XJRA 4WVWA 1AX0A 4XTMA 4YG3A 4K3YA 1MS4A 3HN1A 1MVEA 1CQ9A 4FVVA 4FPHA 1UN1A 3IPVB 1TEIA 5GLZA 3WDUA 2E53A 1N1YA 2PELA 3WDYA 1DHKB 1CJPA 4HANA 2D6PA 3JU9A 2P34A 3ENRA 1LOBA 1A3KA 1S0EA 2AGSA 4HZVA 1WBFA 2W38A 2VW0A 2DV9A 4YM0A 1Z0HA 1DZQA 4Y22B 3AX4A 2ZGNA 5CA6A 4Y26A 1LOEA 1L7HA 2YV8A 1BZWA 1LHUA 1Z4YA 2E7QA 1W6MA 2HTVA 3SALA 4XBLA 1N1VA 4DRVA 3NWKA 1QOSA 4YZ4A 1H9WA 1WCSA 4L8QA 2AR6A 3ZSLA 3POWA 3T1EA 4Y1YA 2BATA 4TYSA 3POYA 4WA3A 2D6LX 2CYFA 3AZVA 3BOPA 4CZSA 2Z42A 4QN6A 3WVJA 3D11A 1LOFA 2R49A 3V0BB 5EXOA 1UMZA 4WEGA 3N7KA 4LBKA 2X9MA 3D12A 4YZ1A 1LHOA 4QNPA 2NZ9A 4MWXA 4M3MA 4XILA 1WD3A 2FMDA 4MWWA 1ULGA 1C57A 5FREA 1Z4VA 2QWIA 3SANA 1NCDN 3INAA 1ULDA 1A14N 3FLPA 5T5OA 2OUJA 1LODA 3WUCA 4PCRA 1LEDA 2F26A 1C4RA 1DQ6A 2NN8A 1SLBA 3WLUA 2HTRA 2XZIA 4FJ6A 4MC7A 4JRAA 3AZYA 4FP2A 4XDQA 4UF7A 2ZB6A 2FHRA 4AVVA 3RMYA 2JDZA 1MR5A 1DQ1A 2AEPA 1LHWA 3N36A 3W59A 1SLCA 4ISQA 1USXA 4MJVA 4ATEA 1V3DA 3WDVA 1XQNA 5DUXA 2R16A 4CPNA 3LSEA 5T5PA 2ARXA 5IK5A 1S0BA 1SCRA 2WJSA 3KM5A 5GJ6A 2VU9A 2YA6A 5GZDA 3N35A 2SILA 4BQ1A 3H71A 1W0OA 2AENA 2W5NA 1NNCA 4PQ9A 4XOGA 2VK6A 4Q8KA 4Q8LA 2V73A 5LK5A 2ZGOA 2XG3A 1IVFA 1JXNA 3V0AA 2JJ6A 2EALA 2E6VA 2V5YA 1G8WA 5F9TA 1W1XA 2DTYA 1W6QB 3HR9A 3ILNA 3SNMA 2HT7A 2EF6A 5H9RA 1WBLA 3VKOA 2NYYA 4H52A 2NM1A 2C4AA 4GKXA 2GNDA 4WA5A 5IK8A 1V6JA 2ZKNA 4BMBA 2HTYA 2F12A 1D2SA 2F24A 4GZSA 4Y1ZA 5T5LA 4LBQD 3SH4A 3WG3A 3C2UA 3VKMA 4XJ9A 2RKCA 3K39A 1WW5A 5GM0A 4H53A 5DZFA 3RSJA 4DRRA 5NN9A 1LU1A 3DUIA 3I4IA 4K1ZA 4XXAA 4K1YA 4ITCA 1LOGA 1B9TA 3D6EA 3B01A 4I00A 4ISRA 1UX6A 1IS3A 5DG2A 1F9KA 1CESA 4XJWA 4XMIA 2JECA 1KJRA 4Y1VA 4NOTA 4B7MA 2D6MA 1NNBA 3WG1A 4FPYA 4R9BA 1F8CA 1IS6A 3TI3A 1MS5A 4GZOA 4BPZA 1F31A 2ZGQA 5T50A 2YA4A 5JOXA 3FLTA 2GALA 1LCLA 1YI7A 1INGA 1MS3A 1GICA 4AVTA 1LHVA 2E51A 3ZYRA 1V3BA 4B7NA 2LALA 2ZABA 1HQWA 5HUMA 3MEPA 1PZ9A 2ZGKA 5T5JA 1ENRA 2ZMKA 1NSDA 2QWKA 4Y20B 1DILA 1U0AA 4Q1RA 3D4KA 2ZGSA 1VCJA 3NSSA 4FPCA 1WW7A 1I3HA 3B3QE 5DZEA 3AZXA 3AYCA 1JUIA 1S0FA 1IVGA 1Y7BA 2SBAA 5GLWA 3AYDA 3WUDA 3O0XA 1MZ5A 3WHUA 2H0BA 4AYUA 4K1KA 1W6NB 4XHBA 2DVGA 2ZHMA 3NV3A 1EUSA 3A0NA 4DS0A 5KXCA 4LBLA 2BF6A 4D8SA 1YIFA 4QN4A 1INWA 4FOQA 5DG1A 2VXRA 1NMCA 1Q8PA 3OY8B 5T54A 1MS1A 3ZXKA 1YRZA 3RG0A 4XYXA 2GNMA 3V64A 3WCSA 3R4SA 2F0ZA 1DIWA 3RRDA 1DGLA 4WVVA 3INBA 1IVBA 2YA5A 2VH9A 1CONA 4F83A 4NCSA 1W6OB 4ASMB 1GZWA 4YW3A 3CYEA 2A70A 2YY1A 3TIBA 1QU0A 1G9FA 2HT5A 1V6MA 3SH3A 2AH2A 3AP5A 2C5DA 2ZGTA 1QGLA 1DBNA 1MWEA 3N7MA 1G7YA 4KBBA 3WDXA 2P37A 1W6MB 3IKWA 1AJOA 5GZFA 1LOAA 4FPJA 1OKQA 2PHXA 2R1BA 1CPNA 4UW3A 1NCCN 3WG4A 2HT8A 3AFKA 1BXHA 1B09A 2VUAA 3KQRA 2DYCA 4CPYA 4H55A 3TIAA 1F8EA 1EUUA 4CTEA 2NP0A 2A5ZA 2ZB5A 1ONAA 4D69A 1WCQA 2VSKA 3Q9OA 1N1TA 1DYPA 1Z78A 3VKLA 3ZVXA 3AXEA 3K3AA 1W0PA 1UZZA 4GA9A 2ZGMA 2ZBJA 1LOCA 1URXA 1ENQA 4X47A 2VW1A 3OBRA 4SLIA 1A4GA 1PZ8A 4KS4A 3A72A 3M3OA 1QKQA 3B7EA 2F10A 3I8TA 1RINA 3RQ0A 3SH5A 3TI8A 1KQRA 3K38A 3BEQA 3T2TA 2DUOA 3ZSJA 3LCPA 4FZHA 4RA0A 3OYWB 1LECA 3UJOA 3M1HA 2WT0A 5GLVA 3WG2A 3CNAA 5M1ZA 1UKGA 2DU0A 4Q1PA 4MZEA 2HTWA 5HUKA 5IT6A 4CPOA 2R1DA 1N3OA 4M01A 5HX0A 2ZACA 1CVNA 4Q26A 4U36A 1ZM1A 2F25A 2ZHNA 1QOTA 3BTAA 4M4UA 1A8DA 2G4IA 4MWJA 4NN9A 2HTUA 4YGDA 1GANA 4MJUA 3AJYA 1V6KA 2F29A 3IPVA 4TZDA 5GALA 3H6JA 4MX0A 2A3WA 2A7AA 1DIMA 2UWCA 1J1TA 3V65A 1EURA 1LGNA 1LTEA 2F11A 4BBWA 4UW6A 3GNEA 4YZ5A 1V0FA 4FQZA 4K1JA 1IVEA 3PVNA 1SACA 2QWEA 4Y22A 3IN9A 3BODA 2A3XA 2JKBA 3AK0A 1B9VA 2YDPA 2CTVA 2ARBA 3R05A 2XZKA 4BMEA 4KS3A 2WKKA 4GZWA 2QWFA 1UL9A 5E89A 2ZMLA 1KDMA 3QCWA 1CIWA 5B2CA 4FPFA 3POSA 1H9PA 1SLAA 1DQ0A 2W08A 4FQ4A 3USUB 1NMBN 1GZ9A 3FFZA 5JOZA 3ZSKA 2PHUA 3B00A 4M3CB 4FOVA 4YGBA 3DGTA 1XOGA 2BZDA 3V0BA 1OFSA 4I30A 4UW5A 5E88A 2D6OX 4YM2A 5IK7A 4XMAA 1V0EA 2QWGA 1N3PA 3UL2A 3CL2A 4CPLA 2YA7A 1G86A 1NXD1 4LBQB 2PHTA 1ULCA 2D3PA 1SLLA 3U4XA 1DFQA 4ZXKA 3HMYA 2W68A 4YZ2A 3RS6A 3T1LA 4Y1UA 5DZGA 1AXYA 1VCUA 1AVBA 2SIMA 1Q8QA 1S0CA 4HZZA 5DUVA 1VAVA 4XTPA 2OVUA 3VV1A 1FATA 1JOJA 3ZXJA 1LOFC 3H73A 1FAYA 2YXSA 2EXIA 2EAKA 1LENA 1F8DA 2ZGUA 2DVFA 4CPZA 2W5OA 3SISA 1QOOA 1FNZA 1SBFA 3VKNA 4IQPA 3TB0A 3PMEA 2UURA 1QMJA 1E8VA 4WA4A 3SILA 3M3CA 3BIWE 1C1FA 3MW3A 3UJQA 4K1HA 1NSCA 1V2IA 1F5FA 4GKYA 1G9AA 4LBMA 1IOAA 1Q8SA 1W21A 1O4YA 1SLTA 1SFYA 1NLSA 2GN7A 4XJAA 2JD4A 1IS5A 4M3CE 4GWMA 3WDWA 4P9WA 1LULA 3O9JA 4K1IA 3APBA 1I1EA 1NSBA 4HZWA 4M4NA 5IUQA 1W6QA 2DVBA 1A4QA 2ZA9A 3ALXA 4GALA 4X4AA 4FPLA 5L73A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NHXA 3HBZA 3I2IA 2W39A 5JLVA 3BTYA 1TME2 4ZGCA 1STMA 4QB6A 1QY4A 4S2FA 3LA7A 1CJDA 4JGZA 5FZ9A 2VZTA 4BOWA 1HRI3 4QPGB 1RVF3 5I0RA 2AUYA 1LU2A 3H0OA 5JMCA 1XRUA 4QAWA 3T0AA 5EO8A 1ND2A 4HHQA 2WO1A 5F5QA 4AFCA 2ES3A 2IATA 3TRSB 4HFSA 2FDHA 1JOBA 3FHAA 2XCYA 4FPEA 2VECA 4XDPA 2WFF2 4GN8A 5DDJ2 1HDKA 3FMGA 4FVKA 4W6YA 1ST8A 2VY0A 2ZHLA 4U2AA 1RUOA 1UCXA 5E8AA 2XB6C 1ULPA 3WW3A 3K36A 4EN6B 4RGAA 2ENRA 4UFMA 1YQ2A 4QU1A 4XF4A 2PLV3 2P3JA 2P3IA 2F13A 4FOYA 4QKFA 1ZZCA 2F4PA 3MLJA 1H4HA 4OUMA 4BXFA 1YFXA 1FI2A 1NCQB 2VK5A 4LOSA 1XNCA 2CY6A 5BNOA 5FNUA 1N6EA 4HL0A 3V1SA 1JOPA 5FY4A 1GSLA 2C26A 5T55A 3AXDA 4AEMA 4EQVA 4Q6KA 5J98B 4RL7A 4IEOA 4Y1XA 4NWVA 5JSRA 3ZXEA 4BM8A 4CP9A 4R9AA 4GAZA 5EHDA 2HU0A 3TYJA 1QDCA 1UMIA 3IMMA 2QQMA 5F32A 4DOUA 5ACA2 2DVDA 3P3NA 4AQ2A 2VVDA 3M2MA 5DUUA 1RUG2 4HSJA 1ASJ1 2HYKA 3FC0A 1AHSA 2WNVA 1W8UA 4E4ZA 2F27A 1ZA7A 1VBC1 3J4UH 4GMP1 5HV4A 1KITA 4IDZA 4OHYA 2VZVA 2JE7A 4AW7A 4BIOA 1I6XA 2XDVA 5FUIA 2WZR2 2QE8A 3HVDA 2VNGA 3MFCA 4RHV1 5LY2A 5DXDA 1R1ZA 4ASLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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