4FPCA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpcA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpcA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpcA02
3T1LA 4MWQA 2ZACA 4MZEA 1CPNA 1A8DA 4M4NA 1LOGA 1UN1A 4WV8A 1C1FA 1JUIA 4Y1XA 2CY6A 4HZWA 1YRZA 4XJRA 3WV6A 5CA6A 4JC1A 1YXWA 2QWKA 4LBJA 4AVVA 3TI6A 1NCBN 2HT8A 3GVKA 4MWUA 1Z50A 1KITA 1LJ7A 5GZFA 4R9CA 1Z4YA 4XTPA 4B7JA 1UL9A 2DU1A 3KM5A 1APNA 3HR9A 2HTWA 1INFA 2YY1A 3WVJA 4CPOA 4WA3A 3IM0A 3B69A 1SLAA 3K36A 3FUQA 3FUOA 1S0GA 4K1HA 2XZJA 2ZGLA 3DUIA 1MS9A 3N7KA 4MWVA 1S0EA 4MJVA 3V0BB 1Z4ZA 3WNXA 3ALWA 2DTYA 2DVDA 2E53A 1IS5A 5E88A 1H9PA 5DZFA 1GICA 5DUUA 2WSUA 4DRVA 4FOVA 4YG6A 3OYWA 3N7LA 5JDBA 3R4UA 1J1TA 5GJ6A 3O0XA 5E89A 4W65A 3R4SA 2VH9A 3NN9A 4YZ2A 5T5LA 3V0AA 1N3QA 1G8WA 1DZQA 4K20A 4CPZA 1S0DA 4Y22B 1WLCA 3N36A 1DQ6A 1V6MA 2DVBA 3A71A 3SH5A 1WW4A 4Q2FA 4HZVA 4LBQB 5FREA 1GZCA 3BIWE 3CL0A 3CYEA 4GKXA 3IPVB 2R1DA 1AX0A 3DGTA 4H55A 5GLZA 2PHXA 4R9AA 1LOCA 4P9WA 2B7YA 2F28A 4U36A 4XJAA 1JW6A 3AP5A 1GNZA 1H30A 4XMIA 3SH4A 3HN1A 3ILRA 1MS0A 3FFZA 5IK7A 5JMCA 3ASIA 5JOYA 4JCKA 2AENA 1Q8PA 1KDKA 4ISRA 4FJ6A 1D2SA 4HZXA 2YA7A 2F11A 5T52A 2E51A 2ARXA 2NP0A 2QWIA 1LESA 4YW5A 1MVEA 3ENRA 1Z4VA 2DUQA 3AFKA 1WW7A 2R49A 2HT7A 2R0FA 4FPFA 2XZKA 1LODA 3UJOA 4QN7A 2EALA 2UU8A 2YMZA 4K3YA 1GBGA 1UZZA 3N7MA 3POSA 5HX0A 4BLIA 4FOQA 1E8UA 4WEGA 1AJOA 4FPLA 4XHXA 2WLQA 2WQZC 3WG3A 1LTEA 5FRAA 2QWHA 1XOGA 1W21A 2AGSA 4Y24A 1G9BA 2JDZA 3ZXEA 4KS2A 4NO4A 4HZZA 4Q6KA 3BEQA 4XBLA 4XE9A 4YZ5A 4XXPA 4XDQA 2C4AA 2YA5A 1NSCA 2HTUA 1MS5A 4M3CA 1AXYA 4GXLA 1SBDA 4Q8KA 3JUUA 1VIWB 1W20A 4YZ3A 2D6LX 4FPGA 2ZGSA 3C2UA 4DS0A 3ZXFA 3NV4A 4GJTA 1CPMA 5T5OA 1PZ7A 3M1HA 4UW5A 3WDVA 5L73A 1MS4A 1DQ4A 1NSDA 1Q56A 5H9QA 2SILA 3IKWA 3MPPG 2DV9A 2XZIA 2DTWA 1CN1A 3ATGA 3WG2A 2ZABA 2PHUA 1OFSA 4OZXA 4XJ9A 1IKQA 1AVBA 1N1SA 3MW2A 2GN3A 4LBMA 3BODA 1NNAA 4YZ1A 1VAMA 3POYA 4QN4A 3SANA 1F8DA 3AJZA 4XIKA 1DLLA 1AX2A 4MJUA 4GZXA 3OY8A 1I3HA 4WVWA 4ITCA 3SALA 1BXHA 5B2DA 5EYXA 3R05A 2CYFA 3NV3A 1R1ZA 5CBLA 2NMNA 1IVEA 3OPZA 2EF6A 4YG3A 3NWKA 2ZB5A 4YG0A 3CL2A 5IK4A 1O4ZA 2VWDA 2A5ZA 2DURA 2EIGA 1G9DA 4HZYA 2PHRA 1N1YA 2D3RA 4GEZA 1V6KA 1INHA 3W09A 1NNBA 1F8CA 3WZ1A 1V0FA 3M2MA 4FPOB 4MC7A 2A6WA 1LULA 2ZGPA 4Y22A 1IKPA 5DUVA 4I30A 4K1ZA 1F8BA 1N47A 2GNTA 2ZHLA 3QCWA 2A3WA 3H6JA 4XILA 3RQ0A 4UF7A 2R1BA 4Y1ZA 3O9KA 3ZSKA 1W1XA 4LBQD 2FMDA 3FLPA 1BJIA 4M4VA 1WW5A 2AYHA 4GZOA 1L7HA 1NCCN 1CONA 2D7FA 3IPVA 2NN8A 3OJBA 1YO8A 1VALA 1Q8VA 5HUMA 4MX0A 2AEPA 4GZSA 1QF3A 1QGLA 2VW0A 3A0NA 1JBCA 1Z0HA 4Y26A 4DPNA 3RSJA 3V65A 1MZ6A 3A0KA 5IT6A 1GV9A 1NN2A 1F5FA 1CVNA 2C5DA 2SLIA 1A4GA 1LHNA 1EUSA 3INBA 4BLJA 1LOFC 1RIRA 1G9CA 1CESA 1MACA 3T1EA 2CWSA 2QWFA 4KS1A 4P9XA 5JOXA 4D8SA 2YZ4A 1DBNA 1LOEA 1I1EA 3O12A 1W6NB 5GM0A 1GANA 3TI3A 4Y20B 1S0CA 4Y1UA 1A14N 4YFZA 1B09A 2JE7A 5T54A 2D44A 4FPEA 2D6PA 1G9AA 4UW6A 5GZCA 3FBYA 2DWRA 4ATEA 4PBPA 4JRAA 1Y7BA 4ZKTB 4YW1A 1MS3A 1QU0A 4UW4A 2JD4A 1E8VA 1MVQA 4BM8A 3WDXA 1INYA 2E7QA 1WCQA 2VVZA 5KXEA 3ZSMA 1QKQA 5EYYA 1FYUA 1N1TA 1EUTA 1LU1A 2AR6A 3WG1A 4K1KA 3SLIA 2QWEA 4PCRA 4PQ9A 4MWLA 1AXKA 1UKGA 2W38A 2WNEA 3SH3A 3NV1A 5JYYA 4XYXA 1SO7A 1FAYA 2HTQA 3JU9A 1LOFA 1USRA 1W6PB 1WBFA 1LHWA 1B9SA 5IK5A 5H9PA 4XXAA 2JJ6A 2YA4A 1Q8SA 3M3EA 1OQ1A 3SISA 3O9JA 2WKKA 4HANA 3W58A 3WUCA 3VKMA 1W0OA 5JVVA 5KXCA 4GZPA 2UWCA 3W59A 1BQPA 2GALA 1DHKB 4FPCA 2AH2A 2A3XA 1W6MB 3AXDA 3B01A 1VAVA 3L2YA 2ZGUA 3AZWA 2C9AA 1KDMA 4M00A 1AJKA 3T1MA 1GNHA 2A3YA 2VSMA 1W6QB 3WG4A 4XZPA 5HUNA 3GVJA 1V6OA 2BATA 3TAYA 4H52A 4NC5A 4MWRA 3K39A 4M3MA 4YLZA 3D5OA 1UPSA 2XB6C 3BTAA 2AUYA 4MWJA 4GB1A 1V6NA 2TEPA 1N3PA 1LHUA 4KS5A 4XJWA 5GLVA 2VK6A 4CZSA 2BZDA 2V5YA 1INGA 4M4UA 4MWWA 2W08A 3RRDA 2A70A 1N1VA 3KQRA 5CNAA 3PVEA 1NNCA 3ZSJA 3BOPA 2GNBA 1NMBN 2F0ZA 2YA8A 1AF9A 2CMLA 3PJQA 2F27A 2ARBA 3VUOA 3B00A 1SNTA 2HU4A 1V00A 2YXSA 1YIFA 1Q8OA 1ULEA 7NN9A 1S1AA 2DUOA 1SACA 2WT1A 5F5QA 1IVBA 1MZ5A 4KS4A 4B7RA 4XJQA 1IS3A 2P34A 2EAKA 1KJRA 2ZGRA 3TI8A 2H0BA 3H0OA 2D6NA 5DG2A 1V0EA 1G7YA 5JOZA 1EUUA 2F13A 5NN9A 4YGDA 2GNMA 5HUKA 3WLUA 2ZBJA 1GZWB 4MYEA 1W0PA 3H72A 2ZKNA 4YW3A 2LTNA 1UZYA 2OW4A 5HCBA 2W68A 2VSKA 1IS4A 3AZXA 4YFWA 3O0VA 3K3AA 4CPNA 3WDTA 4K1JA 4XMAA 5EXOA 1WUVA 3WDYA 4PBOA 3TB0A 2A75A 1DQ1A 4QN6A 1USXA 1WCSA 2A71A 4M01A 2ZMKA 3ZVXA 4YGBA 1DQ2A 1FATA 1IS6A 3ILNA 1Z4XA 3VKLA 4Y1YA 4FVKA 4YGEA 2ERFA 4F83A 5GZDA 1V3DA 2QWGA 1SLIA 1IVDA 1FX5A 5SV8A 2ZMNA 3ZYRA 2P37A 5GZGA 1W8NA 1B9VA 2VW2A 6NN9A 2CNAA 2ZAAA 1HLCA 1SBEA 2ZGKA 1PZ9A 4DRRA 5CB7A 2BERA 5M1ZA 1EPWA 3AJYA 1LHOA 3K37A 3AXEA 2E7TA 3GALA 2HYKA 4SLIA 1SFYA 4RL7A 2A6ZA 2ZGTA 3AP4A 2I2SA 4XJZA 4CTEA 2FHRA 2P3KA 3TICA 3GNEA 1GKBA 1INWA 5B2CA 4XTMA 4Q1RA 3I4IA 3OBRA 4X6KA 1A3KA 2JE9A 2DUPA 1NLSA 1MS8A 5DUXA 1QMJA 2VK7A 4FP3A 3PVOA 3UL2A 3T2TA 4FQ4A 4B7MA 3VKFC 3WUDA 1MWEA 1VLNA 1LOAA 1GYKA 3UJQA 1BKZA 4IQPA 2P2KA 4K1IA 4NN9A 3V0BA 1WBLA 5AVAA 2CTVA 1TEIA 1S0FA 1SLTA 2VXRA 1AX1A 4HIZA 4P14A 1NMAN 5DXDA 4XIOA 3LSEA 3D4KA 1GZ9A 4AGVA 5GZEA 5DZEA 3N3HA 1F8EA 1S0JA 4CPMA 4QN5A 3N7JA 5LK5A 5HCFA 4AYUA 1NMCA 2E6VA 1Z78A 1Q8QA 2P3IA 1JN2P 3AK0A 2HTVA 3ZXKA 4FQZA 2W5NA 4NOTA 1W6QA 2NMOA 1QNYA 1VCUA 4FOWA 1N3OA 1E8TA 1INVA 1NSBA 3B3QE 3USUB 2PHFA 1V6JA 4LBQA 5T5PA 1V2IA 3ALXA 3SITA 5F9TA 1LCLA 4XOGA 1LOBA 2ZZJA 1VCJA 3RS6A 1C1LA 1G86A 4FVVA 4GWNA 1WD4A 1U0AA 2RHPA 2Q5TA 2W5OA 1S0IA 4YGCA 1HKDA 4Q27A 1A78A 2ES3A 4Y1VA 2VUAA 2QWAA 2JECA 1G9FA 4GZWA 2SBAA 1UAIA 1PZ8A 3U4XA 1W6OB 1DFQA 1L7GA 2ZGMA 3NSSA 1NXD1 1MR5A 3AP9A 4GWMA 2CL2A 1LEMA 5GLUA 3B9CA 1IVFA 1WW6A 1C4RA 3UK9A 4FPJA 1QDCA 4WEFA 4AGGA 2EXHA 1URXA 2YROA 2QWBA 1ENRA 1BJQA 2EXJA 1V3EA 4BOWA 4WA4A 4XJUA 2ZGOA 4B7NA 1Z4WA 4M3CB 1FNZA 3APBA 5JOWA 4GKYA 4BPZA 1SCRA 3LCPA 4AWDA 1ENSA 5KXBA 1LECA 3TI5A 5JLVA 2F26A 4XJ8A 4FPYA 1X50A 2WT2A 1LGCA 4NCSA 2GNDA 4AVTA 4YW4A 4YM2A 2OUJA 3PVNA 2ZMLA 1KRIA 4Z8BA 4WA5A 1DGLA 4K21A 1LGNA 4Q1PA 1V0ZA 1AXZA 1L7FA 3AP7A 4HL0A 3ZPYA 4LBOA 2DVFA 2BQPA 2EXKA 2D6KA 1GSLA 4YZ4A 3AYEA 3WCRA 1IVGA 1FV3A 2UWBA 1SCSA 2EXIA 1CJPA 3OY8B 2DU0A 2G4IA 4YM0A 1V3CA 1CR7A 1ULGA 3AZYA 2F25A 1OKQA 2AEQA 2W52A 2PHTA 1LEDA 4Q8LA 1UMZA 4YM1A 3INAA 4JF7A 1LHVA 3RMYA 4AGRA 3RMXA 3POWA 2XCYA 2HTYA 3VKNA 3WHTA 1KJLA 1DIWA 2A6VA 2GN7A 2QWJA 1KQRA 3TIAA 1A4QA 3B7EA 4ISQA 1DYPA 4MWYA 1ZM1A 4U2AA 2P3JA 1DIMA 3ZXJA 1W8OA 4FPKA 2GDFA 3H71A 1GLHA 1B9TA 1JYIA 1YI7A 2W39A 4LBNA 2PHWA 4X4AA 5IUQA 4ASMB 1V6IA 4LBKA 2XG3A 1LENA 1AZDA 2AREA 1ULCA 3N35A 2D3PA 3WDUA 2HU0A 4CPLA 3USUA 2PELA 5DUWA 3H73A 4GA9A 5E8AA 3VKOA 2YA6A 1NCDN 3AYDA 2W20A 4FZHA 1JXNA 3AZVA 3IMNA 4XHBA 3TIBA 3PMEA 4QN3A 2WT0A 3AX4A 2KM2A 4CRQA 1SBFA 1FV2A 2D6OX 1BYHA 4UW3A 3VV1A 4XBNA 4M3CF 4TYSA 4YM3A 4GALA 2UWAA 4GZQA 3AYCA 1DILA 1W6OA 4X49A 4ATFA 5BYNA 1WLDA 2A6XA 1EURA 3M3OA 2OVUA 3MW4A 2WSVA 2GMPA 1ONAA 4LBLA 3CNAA 1W6NA 4Y20A 4PF5A 5T50A 1CIWA 3M3QA 2NZ9A 4J9TA 3MEPA 5H9RA 3AP6A 5KXDA 1UX6A 2VK5A 5GLWA 3D6EA 4M3CE 4AVSA 3IN9A 4WZFA 1FNYA 3FLTA 3SNMA 1DQ0A 4R9DA 2YDPA 1XOEA 4DFSA 4K1YA 2Z42A 4QNPA 2V73A 2ZHKA 4ZXKA 4KS3A 2QWDA 4X47A 1ULDA 5H9SA 4I00A 2GMMA 3A4UA 3O0WA 1D0HA 4D69A 3JU4A 1SLLA 2F12A 2A6YA 1SLCA 3WOGA 2ZB6A 4RA0A 1IOAA 3NV2A 2DVGA 4CPYA 4BMBA 1WLWA 5EWSA 4FOYA 1QOTA 1XQNA 4DGRA 2F24A 3GVLA 3CKZA 4FP2A 2DYCA 2WJSA 1W6PA 2D43A 1QOOA 3OYWB 1ZA4A 3TI4A 2GMEA 3V64A 2YV8A 1V3BA 5HUGA 2VU9A 3V0AB 3HMYA 3SILA 5T5JA 1F31A 1ULFA 1IVCA 2F10A 2B8HA 2HT5A 2ZGNA 3ZXLA 4GDIA 5GALA 1RITA 3OBTA 2CWMA 2OUHA 1W6MA 4GDJA 3ILFA 4BMEA 1LGBA 1HQWA 1LU2A 2ZA9A 2C4LA 3D12A 2DVAA 4H53A 1O4YA 2BF6A 4C1XA 2VY0A 1ENQA 3RG0A 4KBBA 3QLQA 4C1WA 5IK8A 4DQAA 3LSDA 5HCAA 4B7QA 4P9YA 4MZAA 5DG1A 3WCSA 2HTRA 2D6MA 1NCAN 4TZDA 2F29A 2RKCA 2QWCA 1BZWA 2D3SA 1C57A 2NYYA 2ZHNA 5GLTA 4WVVA 2A7AA 1HQLA 2YDTA 3D11A 2NM1A 3OGGA 4L8QA 1JHNA 1YYNA 3ZSLA 5DZGA 3I8TA 3Q9OA 2SIMA 3MW3A 1H9WA 3A72A 4GZTA 1V6LA 5CAZA 2R0HA 4MWXA 2ZHMA 4XBQA 2VW1A 4YW2A 1RINA 3M3CA 1DQ5A 2ENRA 2ZGQA 2LALA 3O5SA 1S0BA 2UURA 3K38A 4R9BA 5T55A 4FPHA 1GZWA 1INXA 3AZZA 1F9KA 4BQ1A 1HDKA 1CQ9A 3FLRA 1SLBA 1QNWA 1DYKA 1JOJA 1JYCA 3AYAA 1MS1A 2X9MA 4Q26A 3WDWA 2R16A 4BBWA 3WHUA 1QOSA 2JKBA 1WD3A 3ZYPA 1QDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYOA 3C3VA 1ZRIA 2G1MA 3NNFA 5A7WA 1RVF2 5CVRA 4XC9A 3BALA 2WZPP 4QPIA 2XBO1 3T1LA 2P6CA 4CP9A 1PVXA 1OA3A 5C71A 4DXSA 5CZKA 4MWQA 2ZACA 3BGAA 1SG3A 4B4PA 3E5UA 3S5AA 4MZEA 1CPNA 4K7JA 1FT9A 1IG0A 5EPAA 4GNBA 4CXYA 5EHDA 5L9BA 4LA2A 1OT5A 3K4AA 4IV1A 1HN0A 1H4GA 1W04A 1A8DA 4M4NA 3P6BA 4IEXA 1LOGA 1UN1A 3AKTA 1S2BA 3WD5A 1JZ5A 5FZKA 2W8BB 4WV8A 4Q1UA 1C1FA 1FOD2 1JUIA 4PDWA 3RWNA 1RUI2 4Y1XA 2CY6A 1H8TB 2IAWA 4HZWA 5D9DA 5FPZA 1YRZA 3AKRA 5FBJA 4XJRA 4QXBA 2R6QA 1NXMA 4GIQA 4Z92B 5E16A 3KGZA 2GVUA 2GP3A 2ZJCA 5IVVA 2IUWA 3WV6A 5CA6A 3LEIA 5EV7A 3FBMA 4JC1A 3CL1A 3FHIB 4KWLA 4LKSA 1QJX1 1YXWA 2O8QA 2QWKA 4LBJA 5FZOB 4AVVA 1OPMA 3M7AA 4Q4V1 2XL7A 3TI6A 5KBFA 3JD73 3P3NA 1NCBN 3OBZA 4CDWC 2DBNA 1QJY1 3PJYA 5A3PA 2HT8A 4EROA 1Q43A 1RUG1 4AHXA 1GP6A 1UZWA 3GVKA 1Z50A 1HB2A 4MWUA 1H6LA 2RM22 3OD4A 1S2KA 2YC4A 1AYN1 1K12A 1KITA 1LJ7A 1S2EA 4XFAA 2QQMA 3RZJA 5GZFA 2PAEA 4GMP3 4R9CA 1K5MA 1HRV1 1V9U3 3VD4A 4V2VA 4DEVA 3MDPA 1Z4YA 2HKXA 4OI2A 4CH9A 1PIV1 4UBHA 4XTPA 2VTXJ 3POBA 4B7JA 2WL1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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