4FPFA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpfA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpfA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpfA02
4YW2A 4HZZA 2CY6A 3HN1A 2DTWA 3WCSA 5IK7A 2GNDA 4B7QA 4XJ9A 1S0BA 4CPMA 1IVCA 2CL2A 1Z0HA 2DYCA 3RS6A 4XJ8A 4R9AA 1WW5A 1NN2A 4QN6A 4X47A 1QOSA 1OQ1A 1AVBA 3I4IA 4PBOA 4JC1A 1L7HA 1S0GA 1UKGA 1JYIA 4ZXKA 3IN9A 5JYYA 1MZ6A 5SV8A 3OBTA 2VK5A 3KQRA 1FYUA 3JU4A 1JUIA 3PVOA 4YM3A 1IVEA 4GB1A 3WDXA 1MS0A 1ENQA 2I2SA 2QWBA 1YYNA 2FHRA 1A8DA 4GZPA 1MS4A 1BXHA 2ZGMA 3ILNA 5T5PA 4DRVA 4PBPA 2ARBA 5T54A 4XTMA 5GZEA 3CKZA 4MWXA 1LHOA 2YA5A 3TI6A 2GN7A 1CR7A 1V0EA 2AEPA 4H52A 3USUB 2EIGA 4GZOA 4DS0A 4C1WA 1ONAA 2YDPA 2ZHNA 1D0HA 3W58A 1WCSA 2DVBA 2C5DA 4I30A 3OYWB 2ARXA 4AVSA 1USXA 4PF5A 2VU9A 3BODA 2DTYA 2RHPA 3VUOA 5E88A 4GZQA 5AVAA 3MW3A 4XTPA 2VW2A 2ZMLA 5DZFA 3NWKA 5LK5A 5KXEA 4ASMB 3H6JA 1MS5A 1C4RA 4WVWA 2YZ4A 1V6KA 4FVVA 3H72A 1BZWA 3L2YA 5JOYA 3O9KA 3VKLA 4R9BA 3AZVA 1JOJA 1LU1A 1LEMA 1O4ZA 1LOGA 1INVA 2PHRA 4R9DA 4KS4A 2F13A 3BOPA 1DQ4A 4YGBA 3K37A 3LSEA 1NCBN 2FMDA 5GLVA 2XZIA 2E53A 2W68A 2R16A 3UK9A 1WW4A 1CONA 1VCJA 4GZWA 1N3PA 4M3CF 2VH9A 1SLBA 2QWHA 1QF3A 1F8BA 4FOQA 3ZSKA 1V0FA 1AJKA 4XOGA 4Y1UA 3U4XA 1W6PB 2C4AA 1FATA 1SLCA 4LBNA 1GBGA 1A4GA 2R1DA 4Y1XA 2DU1A 3K39A 3M2MA 2AREA 4FP3A 1DQ1A 1ULDA 1V3BA 3MW4A 2D6NA 4FVKA 4XJRA 4PCRA 2AR6A 4X6KA 1IVGA 2JD4A 4YW4A 5BYNA 1NCDN 2SILA 1GZWB 1F8DA 2BATA 1FNYA 4M3CA 4J9TA 2W5OA 1S0IA 1NCCN 2XG3A 4GA9A 1XOEA 2KM2A 1C1FA 1WLDA 1YXWA 4D69A 3TI5A 1GKBA 2AENA 3WG4A 1CIWA 1QNYA 2LTNA 3RSJA 4K20A 3GVJA 3VKNA 1V3CA 2GDFA 1NMBN 3N7JA 4YG0A 4Q8KA 2C4LA 1JW6A 2V5YA 4DQAA 2G4IA 3WHUA 3AZXA 4BMBA 1V6NA 5CNAA 1FAYA 4CTEA 3WDTA 1O4YA 1SLTA 1LOFC 3H0OA 4MWVA 1R1ZA 1BJIA 5F5QA 4GDJA 1WLCA 3D4KA 2A6XA 5CAZA 1SBDA 4UF7A 3GALA 3OY8A 4FPCA 1GNZA 3H73A 2R0FA 1AX2A 2ZHKA 4GKXA 4XZPA 5JOZA 1MVQA 3AP9A 4XE9A 3M3OA 3IM0A 2DVDA 4JCKA 1W6NA 5GLUA 2BQPA 1UPSA 2ZHMA 3FFZA 1F9KA 4Y1VA 5T5JA 5GM0A 4KBBA 3AJYA 1SCSA 3CYEA 3HR9A 1G9AA 2WSVA 2HYKA 1GLHA 1HQLA 2D6LX 3WUCA 4GZSA 1MS9A 4NN9A 1Z50A 4FPGA 2P34A 1N47A 3ZXFA 3K36A 1Q8SA 1INHA 4XMAA 4GZXA 1W20A 4XJQA 2OVUA 5KXCA 2ZZJA 4ITCA 3GVLA 2UWCA 1D2SA 4FPYA 5GLZA 4M4NA 3W59A 3OBRA 1GNHA 1LHUA 3Q9OA 3VV1A 2ZGSA 2P3JA 3INAA 2DUPA 1GANA 3O0XA 1QU0A 3O9JA 3AP5A 3AZWA 2EF6A 5DUXA 4AYUA 4SLIA 3PJQA 2ZGPA 2HTUA 2AEQA 1LHVA 2VW1A 4XJAA 1W6OB 3AYDA 5EWSA 3AYAA 2JKBA 1MVEA 1WUVA 1J1TA 3WUDA 3TI4A 1IKPA 4B7RA 2ZGKA 2VUAA 1LEDA 5T5OA 2ZGUA 5HUNA 3AZYA 3ALWA 1NMCA 1WBFA 3FUQA 2W08A 1LJ7A 3ZSJA 4LBQD 2WNEA 1L7GA 1B09A 4FPHA 2W52A 3INBA 3DGTA 2YA8A 1LCLA 1VALA 4YW3A 1EUSA 4GZTA 1AX0A 2VW0A 1PZ9A 2AUYA 3SH4A 4BLJA 1GZ9A 1WW7A 4XJWA 3TB0A 1LENA 1MR5A 1IOAA 4Y26A 2A71A 4M3MA 4BLIA 1INWA 1BJQA 1EPWA 1NMAN 1UL9A 2C9AA 4K21A 3SH5A 3USUA 1V3EA 4YM2A 4MC7A 1CPMA 1SLAA 3M1HA 5T50A 3POSA 1AXYA 2QWCA 2ZB5A 4AGGA 3ZXLA 1UAIA 4FPKA 4H55A 3T2TA 4XXPA 1DYPA 3TI3A 4DGRA 4U2AA 3RMYA 1LU2A 1DQ0A 1IS4A 1V00A 2GMMA 1GSLA 3SLIA 4KS2A 2PHUA 2WQZC 5HX0A 3OYWA 2A5ZA 4BM8A 3SALA 1CN1A 1QOTA 4K1JA 2D3PA 2A6YA 4MWYA 3O12A 2D6OX 5GZFA 4FPFA 4H53A 2HU4A 2VWDA 1RINA 4RA0A 1LOFA 1HDKA 4GXLA 4YZ4A 5DG1A 4MWUA 3N36A 4MWLA 4HZVA 1C1LA 2E51A 4TZDA 3B01A 1IKQA 3ZYPA 3POWA 1IVDA 4Y20B 1WCQA 2H0BA 1BYHA 4B7MA 2HTWA 4W65A 1DBNA 4Y1YA 1HQWA 2ZABA 1YRZA 4CRQA 3T1LA 5IK5A 1JHNA 2PHXA 4FPEA 4XMIA 3N7KA 1Q8OA 2SIMA 5GJ6A 2ES3A 4KS5A 1N1VA 3APBA 2EXJA 1G9BA 1Q8VA 4M3CE 5HCFA 1DZQA 4QN3A 1U0AA 2NYYA 4LBQB 2JECA 4DRRA 4CPZA 1A4QA 2F29A 1MS8A 2LALA 2W39A 3VKOA 2E6VA 4P14A 1EUUA 2UURA 3FLRA 3GNEA 4HANA 2OUJA 3I8TA 5JDBA 3BIWE 2HT8A 2AYHA 4MWQA 2ZGOA 2A3YA 2F10A 4WA4A 1DGLA 2B8HA 2P3IA 4UW6A 1LTEA 2ZMNA 4YGCA 1A78A 4WEGA 4UW3A 4YW5A 1N1YA 1G9CA 1GZWA 4ISRA 5JMCA 5IT6A 4HZXA 3IPVB 2F28A 4FOWA 3LSDA 2ZBJA 3C2UA 2CYFA 3V64A 3AXDA 1AXKA 2GMEA 1S0JA 3N3HA 4MWRA 1AJOA 5HCBA 1W8OA 1W6MB 4QN7A 1DILA 5JLVA 3OGGA 3ZSMA 3O0WA 3D6EA 5GLWA 5B2DA 1DFQA 2YMZA 1W21A 2X9MA 2NM1A 3TICA 1IVFA 5IUQA 1EURA 2XB6C 5H9SA 4WA5A 1Y7BA 3GVKA 2DUOA 3AZZA 1WD3A 4KS3A 5T55A 4K1HA 2A3XA 1PZ7A 4YZ3A 3K3AA 2ZHLA 5F9TA 1UZYA 3SH3A 4DPNA 1N3QA 1SLIA 3QLQA 4MZEA 2D7FA 4XYXA 5DZGA 4B7JA 1AXZA 1F8CA 3IKWA 1YO8A 4XHXA 5KXDA 4YGEA 1LOBA 1Z78A 1G9FA 3NV2A 2SBAA 4WA3A 2W38A 4Q27A 5T52A 1INGA 1Z4XA 4FPLA 2D44A 3NV1A 3W09A 5DXDA 3HMYA 1V6LA 4P9WA 2F11A 4Y1ZA 1ZM1A 4K1IA 1QDCA 4QN4A 4Y22B 4QN5A 5GZDA 1SACA 3V0AB 1QOOA 2B7YA 1LECA 1QKQA 4AVTA 4ATFA 2EXIA 2HT7A 4NOTA 1G9DA 5CA6A 4CPOA 2PHFA 2UWAA 1UMZA 3UJQA 3SITA 4K3YA 5L73A 1Z4ZA 2D3SA 2VK6A 3AYCA 3LCPA 1V0ZA 2CWSA 3NV3A 5E8AA 3TAYA 4I00A 1NNCA 4AGRA 3K38A 2ZGLA 1GZCA 3A72A 4XHBA 4GWMA 4YZ2A 2P37A 2XZKA 4XILA 4WV8A 2DVAA 3AP7A 4BPZA 1USRA 4XIOA 2F0ZA 1YIFA 4HZYA 1JBCA 2ZGRA 4NCSA 1CPNA 1H30A 2ENRA 3WOGA 2WT0A 2VVZA 3N7LA 1MZ5A 2NZ9A 3B9CA 5EYXA 4GJTA 1KJRA 4YW1A 1A14N 4YG3A 3CNAA 3TIAA 1KDMA 4YLZA 1BKZA 1E8VA 3SNMA 1V6IA 3AP4A 4WVVA 2AGSA 2XCYA 2BERA 3B00A 3AXEA 1GICA 1SBEA 1AZDA 2RKCA 1W8NA 4MYEA 2ZKNA 2CNAA 1W6QB 1NSBA 2UWBA 1WD4A 1LOAA 4LBLA 2QWJA 3WDWA 3ZPYA 2E7QA 3ILRA 5HUMA 3A4UA 2DVFA 1RIRA 5GLTA 2A3WA 1ULGA 3VKMA 3MW2A 1ULEA 5B2CA 4FJ6A 3WG2A 1V3DA 5GZGA 1KRIA 2YA7A 2A75A 4R9CA 1NNAA 2UU8A 4X4AA 1LULA 4BQ1A 4Q1RA 1DQ6A 1JXNA 4XXAA 3WDVA 4HIZA 4QNPA 1FV2A 1HLCA 1MACA 3JU9A 5DG2A 4YG6A 1DIWA 5DZEA 2YDTA 1DQ5A 3ENRA 1LHWA 1V2IA 2GALA 3FLPA 3V0BB 3FBYA 4FOYA 4DFSA 3AFKA 1Z4YA 2YROA 1LHNA 2EXKA 2YA4A 3UJOA 1V6JA 5H9RA 1G86A 4D8SA 3RQ0A 4M4VA 1NLSA 1KITA 3ASIA 2ZMKA 4YFWA 4AWDA 2F27A 4Y20A 1LGNA 1S0DA 1B9VA 2A6WA 3B7EA 3N35A 3QCWA 1AX1A 2JJ6A 3T1EA 1KQRA 4GALA 4GKYA 2HT5A 1SCRA 1QMJA 2OUHA 1L7FA 2GNTA 2YV8A 1LOEA 1QNWA 1Z4VA 2E7TA 4AGVA 1SBFA 1E8UA 2CTVA 3POYA 1NXD1 1F5FA 2DUQA 1ULCA 1I1EA 3SISA 2TEPA 3VKFC 1KJLA 4Q26A 4UW4A 1APNA 1NNBA 1URXA 2R0HA 3CL2A 2JE9A 4LBQA 1XOGA 1NSDA 4LBJA 3WNXA 2HTQA 1QGLA 2ZGQA 4JRAA 2D6PA 3M3CA 2YXSA 2ZA9A 2HU0A 2VSMA 2QWIA 4B7NA 1MS3A 4Q6KA 4K1ZA 1AF9A 1SFYA 4BOWA 2W20A 7NN9A 2HTVA 1S0EA 2WSUA 1I3HA 2D6MA 4P9XA 4NO4A 3RMXA 2A70A 3IPVA 1JN2P 2NMNA 5HUGA 1LGBA 5JOXA 5E89A 4L8QA 5JOWA 2WLQA 1KDKA 2A7AA 1UN1A 1N1TA 1W6MA 4FPOB 2OW4A 1GYKA 1ENRA 4XIKA 3A0KA 2Z42A 4M01A 4MZAA 1W1XA 3CL0A 1SO7A 2BZDA 1LESA 1W6PA 4X49A 1IS5A 3SILA 3TI8A 4MX0A 3A71A 2DWRA 4FQ4A 2JE7A 3JUUA 3DUIA 3B69A 4U36A 1W0OA 2GN3A 3O0VA 3ZXKA 3V65A 3WHTA 1UZZA 3WLUA 4MJVA 1H9WA 2YY1A 3WZ1A 3ZYRA 1BQPA 1C57A 4FPJA 1HKDA 4PQ9A 1IS3A 1JYCA 4K1KA 4ISQA 1IVBA 2HTRA 5T5LA 1NCAN 1ULFA 1MWEA 1OFSA 4BMEA 1G8WA 3NN9A 1A3KA 3OJBA 1UX6A 1VCUA 4Q8LA 3AX4A 1LOCA 3D12A 5HUKA 4MWWA 2F25A 4WEFA 3PVEA 4Y22A 4Y24A 3V0AA 2GMPA 4F83A 4YZ1A 4OZXA 3AYEA 1VIWB 3WG3A 4YM0A 4FOVA 2NN8A 5CB7A 1CESA 1N3OA 4RL7A 2DVGA 5HCAA 2ZGNA 3RG0A 2Q5TA 4M4UA 3D5OA 4K1YA 1NSCA 1V6OA 3OPZA 2SLIA 2R49A 2P2KA 1SNTA 4XDQA 2P3KA 2D43A 3R4SA 2VSKA 2F24A 4TYSA 4XBQA 1F8EA 5FREA 1FNZA 1Z4WA 4Z8BA 1CJPA 4GEZA 2VK7A 4FZHA 3ZXJA 3NSSA 2PELA 2GNBA 1ZA4A 4MJUA 1PZ8A 2F12A 1VAMA 3TIBA 2QWDA 1G7YA 2NP0A 1YI7A 1DQ2A 1X50A 4MWJA 4NC5A 2QWFA 5FRAA 4HL0A 1B9SA 5EXOA 3D11A 1GV9A 2A6VA 1WLWA 1S1AA 5NN9A 2W5NA 4GWNA 3R05A 1RITA 1W6QA 1B9TA 1DIMA 6NN9A 5H9PA 4M00A 4WZFA 4CPNA 2ZAAA 3UL2A 3AK0A 1F31A 2WT1A 3NV4A 1Q56A 1TEIA 2CWMA 3WDUA 2PHWA 3FLTA 1Q8QA 4AVVA 5M1ZA 2DURA 3WCRA 3ZXEA 2DU0A 3AP6A 3PVNA 1W6OA 1IS6A 4XJZA 2ERFA 4FQZA 3O5SA 4XJUA 4ZKTB 4M3CB 4IQPA 1N1SA 1VLNA 2R1BA 4UW5A 1V6MA 1INFA 3SANA 3WVJA 3V0BA 5H9QA 1LODA 3KM5A 2JDZA 4C1XA 5KXBA 2D3RA 2GNMA 5EYYA 4CZSA 3B3QE 4FP2A 3AJZA 4YFZA 1VAVA 4XBNA 2WKKA 1LGCA 4YGDA 1ENSA 1FV3A 1W0PA 4BBWA 3FUOA 4CPYA 3WV6A 3R4UA 1XQNA 4ATEA 2NMOA 2VXRA 2WJSA 3PMEA 2QWKA 1FX5A 2PHTA 2F26A 2QWEA 3WDYA 4XBLA 3RRDA 1H9PA 4Q2FA 5GZCA 5CBLA 3OY8B 1DHKB 5DUUA 2VY0A 2CMLA 1Q8PA 2AH2A 3N7MA 1CVNA 2XZJA 4CPLA 2EALA 5GALA 3M3QA 3MEPA 2EXHA 4LBKA 3BEQA 1QDOA 1W6NB 4LBOA 2YA6A 3T1MA 4KS1A 1E8TA 1S0CA 2ZGTA 3H71A 1EUTA 3IMNA 1INXA 3ZVXA 1S0FA 1MS1A 5DUWA 2ZACA 4GDIA 1INYA 2QWGA 4HZWA 5JVVA 3MPPG 2EAKA 4YM1A 3ILFA 3BTAA 2DV9A 1SLLA 1CQ9A 2V73A 4JF7A 2A6ZA 2HTYA 5IK4A 2D6KA 3A0NA 4YZ5A 1DLLA 2BF6A 1OKQA 4LBMA 1WBLA 4Q1PA 2QWAA 3ALXA 1WW6A 1DYKA 2WT2A 3ATGA 5IK8A 5DUVA 2ZB6A 4P9YA 3ZSLA 3WG1A 3M3EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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