4FPHA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-fluorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fphA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fphA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fphA02
1JXNA 3GALA 5KXDA 4FVKA 3KQRA 1W0PA 2JJ6A 4R9CA 1F8DA 3TI4A 4PQ9A 3AP4A 1ENQA 3AX4A 2G4IA 5JOYA 4XJ9A 4YZ1A 1H9PA 3WVJA 1W21A 2VK6A 2YA5A 5GLUA 1V3BA 1WLDA 4Y1XA 1MVEA 2CMLA 1W6MA 3MW4A 4ATFA 4NOTA 1MACA 2W20A 3WG3A 2A5ZA 4LBJA 3GNEA 3ZSLA 2VXRA 1LOFC 1DHKB 2TEPA 1JW6A 1G7YA 1G9BA 2WT0A 4FPOB 4QN5A 1B9TA 4M3CE 2WSVA 2BATA 4FZHA 1RITA 1Z78A 2P34A 4FQ4A 4FVVA 1Q8OA 3R4SA 4WA4A 1CJPA 1LCLA 4BLJA 2D43A 2ERFA 3N3HA 4HANA 3NN9A 4MZAA 1GLHA 3T1LA 2GALA 1DILA 3HN1A 5JMCA 1E8UA 2PHXA 4XBNA 2ZZJA 2F24A 4AYUA 1ULDA 4HZYA 3DUIA 2D44A 1YYNA 1NNAA 4P9YA 1W6QB 3GVLA 2F28A 1QKQA 2A70A 1C1LA 4I00A 2VW2A 1FATA 4UW5A 3Q9OA 2ZMLA 2UURA 4MWYA 1WW5A 5GZDA 3U4XA 2FHRA 4YZ3A 3TICA 1WUVA 4MYEA 1JUIA 5EYXA 1SLIA 1IVCA 3B69A 3RMYA 1LHWA 2SILA 2NP0A 3N7MA 4Q1PA 2DVFA 4WVWA 1USRA 1V6KA 2DTYA 5H9SA 3WNXA 1FV2A 2DTWA 1TEIA 3AZYA 3INAA 1G9DA 3QCWA 4CPNA 4K1IA 5KXBA 1JBCA 4MWXA 4SLIA 1BYHA 4XIKA 4Y20A 4Y20B 3M3EA 5HUNA 1V00A 2F25A 1B9VA 4XBLA 4U2AA 1V3DA 4Y1YA 1FYUA 2ARXA 3RRDA 3V64A 3FUOA 3UL2A 1AX1A 3ZXJA 1MVQA 2A3WA 1NSDA 3TIAA 1D2SA 2AYHA 4H52A 1CR7A 3MPPG 4XMAA 1ZA4A 1RIRA 1ZM1A 1VCJA 4Q27A 4AGGA 1ULFA 3ZXFA 4XHBA 3POWA 1D0HA 3NSSA 4FPKA 1V0EA 2PHTA 2PHWA 1QNWA 2D6OX 2GNDA 4RL7A 2H0BA 1CONA 4FPEA 4GDIA 1SO7A 1SLBA 4XMIA 4QN7A 3W58A 4MC7A 2RKCA 4YW3A 1V6LA 4XXAA 3O5SA 3RMXA 4KS5A 4R9DA 3SITA 3CL2A 4DRRA 2E53A 4Y1UA 2WT2A 1UAIA 3ASIA 2NZ9A 2ZB6A 2D6KA 4DFSA 2ZHLA 5HUKA 4X47A 2HTQA 1E8TA 1MZ6A 1N1SA 2W5NA 1V6OA 1BJQA 1OFSA 1V0ZA 2UWAA 4WVVA 3VUOA 2A3XA 2D6NA 5M1ZA 4GZWA 1Q8PA 3MW2A 1NMAN 1QDCA 1R1ZA 2D6MA 5F5QA 3UJOA 5IT6A 1INXA 1Q8QA 1S0GA 2DVAA 1B9SA 2E6VA 3N7LA 2QWAA 1UZZA 5DZFA 4KS1A 2HTUA 2R1BA 2ZB5A 4FPFA 3I4IA 3KM5A 1AX2A 4R9AA 5H9RA 4FOVA 1UKGA 4KS3A 3O0VA 4ISRA 4DPNA 5CAZA 3WDWA 2A6VA 2OW4A 4WV8A 2NM1A 2R16A 4XBQA 1DYKA 4BMEA 1USXA 4MWVA 1VCUA 4CTEA 2W08A 1UL9A 2V73A 1AXKA 1GNZA 4MJVA 5T52A 2YA8A 3AYDA 1AJKA 1G9CA 5JOWA 1IS3A 3WUDA 2VY0A 5FRAA 3AZXA 1W6PB 3LSDA 3B9CA 3L2YA 3APBA 3I8TA 4BBWA 5GZGA 1Z4YA 3ILFA 4M4UA 2NMOA 2ZA9A 2ZHNA 4YG6A 4QN4A 2W38A 3D5OA 4FPHA 2UWCA 1A4GA 1W6NA 2LTNA 1W6OB 4XJ8A 1DQ2A 5H9QA 1QGLA 4MWRA 1FX5A 1F9KA 2WKKA 2C9AA 2UWBA 2D3RA 4JRAA 3WV6A 3WDUA 1HQLA 1XOEA 1IKPA 1JHNA 1SLLA 4M3CA 4M3CB 4LBMA 1LOCA 3ZXLA 1APNA 2A6ZA 1A4QA 2F10A 1J1TA 4PF5A 1S0IA 5GLTA 3T2TA 5B2DA 1H30A 2VU9A 3AZZA 2DV9A 4MWJA 5DG1A 4MX0A 1CIWA 3VKFC 1MS9A 1SCRA 1GICA 3IKWA 3M1HA 4YGDA 3GVKA 2WSUA 1YIFA 3T1MA 5JOXA 5JYYA 4AWDA 4FPYA 1BXHA 1EURA 2EXJA 1RINA 1F8CA 4MJUA 2P2KA 1QNYA 1DQ5A 4B7QA 3ZVXA 3WCRA 1NSCA 3CYEA 4Y1ZA 5GZFA 3FLPA 2E7TA 4FOQA 1W1XA 5GJ6A 4HZWA 2E51A 1FNZA 3LSEA 2W68A 3ILRA 2ZGOA 1WBLA 4M3CF 2E7QA 2VWDA 1KITA 3SH3A 5B2CA 4FJ6A 1S0BA 2HU4A 3IMNA 2HT5A 1V6NA 1LESA 3H6JA 5GALA 4B7NA 1JYCA 1WBFA 1VALA 2ZGMA 2BERA 1LHUA 2ZGRA 1ULGA 1LECA 3OPZA 1AJOA 3WCSA 2ZMKA 1F8EA 4I30A 1ONAA 4Q1RA 3CL0A 1GANA 4DRVA 2RHPA 4H53A 3WUCA 2OUJA 2QWDA 4NC5A 4CPOA 3WDTA 4GZSA 2ARBA 4K1YA 4YGCA 1FV3A 1O4ZA 1G86A 4XJQA 3TB0A 2D7FA 2D6LX 4MZEA 1I3HA 2CTVA 5HCAA 4X6KA 5IK4A 4MWUA 4X4AA 1UZYA 1QF3A 3H71A 1LEMA 1DQ6A 1V0FA 1C1FA 2UU8A 1W6QA 2I2SA 2NN8A 4QN3A 1WCQA 2C4AA 5AVAA 2EIGA 4M4VA 1MR5A 1Y7BA 1H9WA 3TI6A 4YW4A 4LBNA 1WLWA 1INGA 2QWHA 2GNMA 3H0OA 1V6IA 1GKBA 3A72A 4Q2FA 1ENSA 2AEQA 1N47A 1AZDA 3K37A 3BIWE 2VW0A 1LHNA 2A3YA 4XJAA 2LALA 2D3PA 5HUMA 1EPWA 4AGVA 3WDYA 4GKYA 3PMEA 4MWLA 4YG0A 1HDKA 4FQZA 2B8HA 3VKOA 1DBNA 4F83A 3B7EA 4NO4A 2YDTA 3FLTA 1IS6A 1LOAA 4IQPA 1QOOA 1W20A 4GZQA 2CL2A 2DU1A 3ZSJA 4DGRA 5FREA 3OBTA 3B00A 2XG3A 2VK7A 1W8NA 4YZ5A 4YFZA 4XTPA 1VAMA 2HTWA 1NMBN 1YO8A 4C1WA 1CPNA 2YROA 1BQPA 2QWGA 4B7RA 1L7GA 4FPLA 2W52A 1IVEA 2F29A 4P14A 2QWEA 2DUOA 5GLZA 1NMCA 4BM8A 4ASMB 1G8WA 3WOGA 4K1JA 1QDOA 2YA4A 3O0XA 1WW6A 3FBYA 4UW3A 2ZGNA 2GDFA 4GWNA 1HKDA 3PJQA 1MS1A 3K3AA 5JVVA 1GZ9A 3WG4A 1NCBN 5EYYA 5HX0A 3AFKA 5KXEA 1N3OA 5E89A 1YRZA 1S0FA 4HZXA 4J9TA 1NLSA 2YXSA 2WT1A 1S0JA 1IVDA 1AX0A 2DUPA 3ZXEA 1INWA 4W65A 3VV1A 1LENA 1LULA 1NN2A 2EXKA 4K21A 3ALXA 1NNBA 3BODA 4LBOA 1BZWA 3GVJA 1V6MA 1N1TA 3OY8B 3OY8A 3JU4A 4Y26A 1A14N 3FFZA 1U0AA 4GZOA 1V2IA 2PHUA 5T54A 3PVOA 1UMZA 1Q8SA 1GV9A 2R49A 1NXD1 5DUUA 3UJQA 2SLIA 3JUUA 5GLVA 1G9FA 1INFA 1KJRA 4K20A 4UW6A 2ZABA 2HT8A 2A6YA 1WD4A 2D6PA 4D8SA 4K3YA 3AYCA 3SH4A 1LU1A 4FOYA 2C5DA 4H55A 4CRQA 2Q5TA 4GEZA 4YW1A 4CPYA 1XOGA 1YI7A 1OQ1A 4Q26A 2R0FA 4HIZA 1LGNA 1C57A 5JDBA 3AXEA 3WZ1A 3NV3A 1X50A 1A78A 3NV2A 4M4NA 1WW4A 3AJYA 2V5YA 5DXDA 4XJUA 3D4KA 4GA9A 2AEPA 2EAKA 4M01A 2ZACA 3N36A 4YM2A 2F26A 3POYA 4YFWA 2JE9A 3JU9A 4GZTA 5CNAA 3AP6A 1W6PA 2AGSA 2VK5A 2DU0A 3SH5A 1MWEA 3M3CA 1PZ8A 3MW3A 1GZCA 4WA3A 5IK8A 1MS0A 4R9BA 5DUVA 3TI8A 2WNEA 4YM1A 1W6OA 1INHA 4XILA 5EXOA 4XDQA 4HZZA 3B01A 4TYSA 3WG2A 1LOGA 4BPZA 2GNTA 4XXPA 5KXCA 1BJIA 1QMJA 3V0AB 2SBAA 2CNAA 2DWRA 4XTMA 3UK9A 1SLCA 3VKNA 2F0ZA 3WDXA 1Z4WA 4TZDA 1EUUA 3IM0A 2HYKA 2ZHMA 4GWMA 4FP3A 1VLNA 1XQNA 1SLTA 4PBOA 3N7JA 2XZJA 2ZKNA 3M2MA 2VSKA 1LHOA 1CESA 1LEDA 2JDZA 3OGGA 2F12A 5IUQA 2ZHKA 1Z4ZA 1HLCA 2F13A 4LBQD 4K1HA 3C2UA 1IVFA 1DQ1A 1NCAN 3WDVA 1LU2A 4B7MA 5T5LA 1LOFA 4JC1A 2A6XA 2ZGSA 3TI5A 4Z8BA 1UPSA 1V3CA 3K39A 2ZGTA 6NN9A 2A7AA 4AVSA 2NMNA 2PHFA 1O4YA 1KDKA 4ITCA 1ULCA 1F5FA 1EUTA 1GSLA 5JLVA 1KDMA 2F27A 4FPGA 2BQPA 4XJZA 4HL0A 1QOTA 1DIMA 3R05A 1DQ4A 4XYXA 1C4RA 3V65A 3ZPYA 4ZXKA 5HCBA 3RQ0A 2Z42A 2A75A 1LHVA 5T5JA 1W0OA 1JYIA 4BQ1A 4K1ZA 2SIMA 1FNYA 1CVNA 1V3EA 4YW2A 1Z0HA 3BOPA 4GXLA 1SBEA 4M00A 2P3KA 3BTAA 4DQAA 5LK5A 4C1XA 3FLRA 4XE9A 2WQZC 3SNMA 5HCFA 5DUWA 2JD4A 4QN6A 1E8VA 4GB1A 3SALA 2CYFA 1ULEA 1W6MB 3WG1A 1EUSA 1INVA 1F8BA 3R4UA 4QNPA 3QLQA 1OKQA 1IOAA 1N3PA 3USUA 3USUB 1AXZA 1VIWB 1S1AA 3LCPA 1DFQA 4XJRA 2ENRA 5GM0A 1WCSA 4PCRA 1W8OA 2HU0A 2W39A 1I1EA 1WLCA 2R0HA 4DS0A 3IN9A 4XHXA 2QWFA 4XIOA 1Q56A 5NN9A 1CN1A 4YLZA 1N1YA 2CWMA 5T55A 1DQ0A 1SFYA 3AP5A 1UX6A 4XZPA 4Q8KA 1GYKA 5BYNA 3AYEA 4YW5A 5JOZA 5DUXA 1GZWB 1GZWA 1YXWA 4U36A 4GZXA 2HTYA 1HQWA 4PBPA 3O12A 3PVEA 2GNBA 3TI3A 4B7JA 1F31A 2CWSA 4WA5A 2AUYA 3NV1A 3D12A 4ZKTB 3M3OA 4Y24A 4ISQA 4GDJA 1MS3A 2F11A 3HR9A 4CZSA 3DGTA 3VKMA 2KM2A 4CPZA 3NWKA 3A4UA 2JKBA 5T50A 4AVVA 1QOSA 2ES3A 4MWQA 3SILA 2YA7A 3M3QA 4Y22B 4Y22A 1S0CA 5L73A 1Q8VA 5HUGA 3OBRA 2WJSA 4FOWA 2VVZA 3ALWA 1N1VA 1BKZA 1A8DA 1SBFA 3CNAA 4BLIA 1LOEA 2XCYA 2HTRA 2GN7A 5IK7A 3N7KA 1DIWA 1PZ7A 1MZ5A 3VKLA 5T5OA 3A0NA 3AXDA 4WEFA 3AZWA 4K1KA 2ZGQA 2PELA 3NV4A 4WZFA 3RG0A 1NSBA 4NN9A 4KS4A 1IS4A 1IS5A 1DLLA 2YA6A 2QWJA 1AXYA 3AK0A 4L8QA 4M3MA 2CY6A 4P9WA 4GJTA 5IK5A 2ZMNA 4YZ4A 1IVGA 3H72A 1SACA 4JCKA 4YG3A 4AGRA 3ZSKA 1SBDA 1MS5A 3MEPA 4LBQA 4LBQB 2JECA 3OYWA 3OYWB 1LODA 2B7YA 2QWKA 3SLIA 2FMDA 1Z4XA 1NCCN 1LJ7A 2VW1A 3B3QE 4D69A 2ZGLA 5DZEA 3ENRA 2GMMA 4KBBA 2DVBA 2QWCA 3W09A 2YZ4A 5GLWA 1S0EA 2P3JA 4FPJA 3POSA 4BOWA 1LTEA 3O9JA 2XZKA 5EWSA 1WW7A 3WLUA 2JE7A 5CA6A 3A71A 2EXHA 3AP9A 1LGBA 2D3SA 4FP2A 3SISA 1MS8A 3T1EA 1FAYA 3ILNA 1GBGA 1CQ9A 3INBA 4AVTA 4XOGA 4MWWA 4BMBA 4GALA 3AJZA 5F9TA 2YDPA 1ENRA 3K36A 3AYAA 4GKXA 4YGBA 1V6JA 3AZVA 2QWBA 3O9KA 4OZXA 2VSMA 1AVBA 4UW4A 3WHTA 2VH9A 1MS4A 1NCDN 3BEQA 1WD3A 3D6EA 1Z4VA 3V0BB 3V0BA 3AP7A 1S0DA 4YM3A 4RA0A 4GZPA 2DUQA 2ZGUA 4XJWA 4YGEA 2HT7A 2YV8A 5H9PA 1VAVA 2W5OA 1KRIA 4KS2A 2WLQA 3WHUA 2GN3A 7NN9A 4LBKA 1DYPA 2AREA 2ZBJA 2ZGPA 5CB7A 3ZSMA 3PVNA 2HTVA 4LBLA 1G9AA 3D11A 2YMZA 1IKQA 4Q8LA 2DVDA 5DZGA 2EALA 2X9MA 4WEGA 1Z50A 4X49A 3K38A 5GZCA 3ZYPA 2DYCA 3TIBA 3IPVA 3IPVB 2NYYA 1JN2P 3A0KA 2YY1A 2BZDA 2A71A 3RSJA 2ZAAA 4NCSA 1W6NB 3OJBA 1PZ9A 3TAYA 4CPLA 3V0AA 2OVUA 1NNCA 1L7HA 2C4LA 2A6WA 4JF7A 4Q6KA 1SNTA 2XB6C 2EXIA 1LOBA 1IVBA 2QWIA 3H73A 1CPMA 2VUAA 5DG2A 5GZEA 2BF6A 1URXA 3FUQA 5E8AA 4YM0A 1UN1A 1INYA 4Y1VA 2OUHA 4ATEA 2AENA 3RS6A 2DVGA 3CKZA 1QU0A 2AH2A 3SANA 3W59A 1B09A 1L7FA 2XZIA 1SLAA 4CPMA 5SV8A 2GMEA 3N35A 3HMYA 5CBLA 4P9XA 4HZVA 1AF9A 3ATGA 1DGLA 2EF6A 2ZGKA 1A3KA 1KJLA 5E88A 3ZXKA 4FPCA 2P3IA 3ZYRA 1GNHA 2AR6A 1SCSA 1DZQA 2PHRA 1N3QA 5T5PA 4YZ2A 2DURA 2GMPA 1LGCA 1KQRA 4UF7A 3O0WA 2R1DA 2P37A 1JOJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JXNA 3GALA 4NHKA 5KXDA 1OA4A 4A3XA 4S2GA 2PXJA 3I59A 4IGQA 5FZHA 4BCUA 3IT8A 1BBT2 4FVKA 4COYA 3KV6A 1Z7S1 3VD3A 4CXYA 5A6YA 4CP2A 3VBUA 3VBUB 3VD9A 2IUWA 5FXVA 5JSPA 2J1TA 3KQRA 1W0PA 2JJ6A 4LNVA 4R9CA 1RUNA 2R6QA 4O7XA 4GD4A 5FPBA 3M8LA 2XBO1 3TI4A 4PQ9A 2Y34A 4ORFA 3AP4A 4AOCA 3PTYA 1ENQA 1RB8G 3AX4A 1COV3 1QJY3 1VBE3 2G4IA 2K0GA 4YZ1A 4XJ9A 1FMD3 1W8WA 2VZRA 4OZOA 4ZZ5A 5FNTA 4W6XA 5J98B 5CKQA 5A32B 1H9PA 1ODMA 1W8HA 5C5UA 1EPZA 1K5JA 4QWNA 3WVJA 3GHMA 5JUVA 5CKNA 1ZI0A 5JIAA 2VK6A 1RUD2 3WNPA 1W21A 2UY9A 2YA5A 5JMOA 2R061 5GLUA 2JIJA 5C3PA 1V3BA 5FYIA 2DFCA 5A3LA 4UBHA 4X6RB 1O5UA 3BPSA 1WLDA 4Y1XA 5FKBA 1RUI1 1LB2A 5I8SA 4M4UA 4HPKA 1IPSA 1MVEA 2WFF1 3MF9A 2CMLA 2ZPXA 4RHV1 5JI7A 1W6MA 2Y6LA 1NG0A 3VBFA 4CEYC 1G6NA 3MW4A 3MBWA 3BTYA 3C7HA 4X8PA 4BQ4A 2VZQA 2YB7A 2RE9A 4ATFA 3PU8A 3B9IA 3ADEA 4NOTA 5FYUA 3WWAA 1MACA 1W9WA 1NX9A 2CGOA 1YWKA 3HEIA 4IEXA 5DAVA 1F4AA 2LS6A 3MUY1 1LNSA 4JGZB 2W20A 4AAPA 3I3MA 3WG3A 2A5ZA 4KWUA 4LBJA 2B8MA 3GNEA 3MIDA 3TEZA 1NCRC 1QWRA 3ZSLA 3NO0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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