4FPKA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpkA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpkA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpkA02
5NN9A 2A3XA 2VH9A 4H53A 4YW5A 3A71A 4FQZA 4RA0A 1S0IA 3WG1A 1V6JA 4GZPA 1JN2P 1Z4WA 2YDPA 1LOAA 4YG6A 5IK8A 4AVVA 4DQAA 5GLTA 1A14N 1VIWB 2D3SA 2HTVA 3V65A 1A4QA 1QDOA 1SLBA 4M3MA 1SCSA 4Q27A 2QWFA 4QN5A 1LEMA 1W6OB 2AGSA 4KS3A 1H9PA 2WT2A 3IM0A 4GWNA 4GEZA 4JC1A 4AWDA 4B7JA 2F10A 4PBOA 3TI5A 1EUSA 4WEFA 1YI7A 4GZOA 2VK6A 2SILA 2XG3A 3WCRA 3TICA 2OW4A 2XZIA 1I3HA 1RINA 1V3BA 1KQRA 4XZPA 1BJQA 3N36A 3PVOA 3UJQA 4M00A 3TI3A 4ISRA 1F8BA 1WLCA 2VVZA 4XJZA 4X6KA 3OY8B 4HZXA 1S0BA 3WVJA 1SLCA 3OBRA 3H0OA 1FV3A 1VAMA 1H30A 1QMJA 5CB7A 2CTVA 3UK9A 1W6MB 1INVA 1GV9A 2W20A 4CPYA 4AGVA 1A4GA 3AYCA 3K37A 5E89A 4Q1PA 5F5QA 4XOGA 3W09A 4XDQA 3MW2A 2DV9A 3O9KA 3NV1A 4AYUA 3AZWA 3NSSA 4QN3A 4X47A 4K1IA 4K20A 2A6YA 3AZVA 1LOCA 4CPZA 2BQPA 4TYSA 2R1DA 5JOXA 3V0AA 3PMEA 2GNBA 3WLUA 2GN3A 3AX4A 1C57A 5IK7A 1UN1A 4YZ5A 4KBBA 5GLVA 4XJQA 1HQWA 2H0BA 2GNDA 3LCPA 3VKOA 3T1EA 3AYDA 3WDWA 2CY6A 3TIAA 2F13A 1Z4VA 1LOGA 5CNAA 1APNA 1GSLA 1ULGA 3D12A 1QOOA 3JUUA 4MWYA 4CPLA 1NNBA 4UW3A 1CIWA 1V00A 1MS4A 5GALA 3WOGA 1BQPA 3T2TA 2VSKA 1INXA 2ZGTA 2D6NA 4M4UA 4FPLA 4MZEA 3PVNA 4H55A 2ENRA 5F9TA 1EUUA 2D3PA 2VK7A 5B2CA 3SH4A 2CWMA 1G9FA 1YYNA 4GKYA 4XTMA 2HTQA 2JJ6A 1INGA 2ZKNA 1C4RA 4MWUA 2ZB5A 1MS3A 4BPZA 1V0EA 1GLHA 4Q26A 3N7JA 5H9QA 3DUIA 5FREA 3MPPG 5HUMA 1N3OA 1MVEA 1QGLA 4P14A 3RRDA 3SISA 1X50A 5EYYA 2PHUA 4GDJA 1LGNA 1A3KA 3TI8A 1BYHA 1KRIA 4XXPA 5JYYA 1E8UA 1DQ0A 1LOFA 7NN9A 1G7YA 5DG1A 4KS1A 3ZYRA 1S0FA 3USUB 4IQPA 1ZA4A 5IT6A 1CJPA 3WV6A 1IVBA 3R05A 1LHOA 1NCCN 1IS4A 4GZQA 3B00A 3WG3A 1W8OA 4MWVA 1B9SA 2E53A 5IK4A 3SLIA 4XMAA 4BBWA 4YGDA 5E88A 1IS5A 1DHKB 4NN9A 1VLNA 4KS5A 3AZYA 4DRVA 1ONAA 5FRAA 2P3JA 4FPKA 1FX5A 4AVSA 2F24A 3POSA 3H72A 4B7MA 4XYXA 1LHWA 1NSBA 2YROA 2AEPA 2YA5A 4FOWA 2ERFA 4FPGA 3RQ0A 4FP3A 5H9SA 2HT5A 2DVFA 3ASIA 4U2AA 1WW7A 3BODA 3HN1A 2G4IA 2EF6A 4FP2A 1MZ5A 1KITA 4WA4A 5T55A 3AK0A 2VU9A 1AXYA 2OUHA 2QWHA 5EWSA 2HT7A 1NNAA 3FBYA 1W6QB 3VKNA 3OPZA 1V3CA 3JU4A 4HZYA 2R0FA 1DFQA 1MVQA 2VWDA 3OY8A 3N7KA 1G9DA 3NV4A 2CYFA 1AJOA 1NN2A 5DUUA 1LJ7A 2YY1A 1N1YA 1VCJA 3SNMA 6NN9A 4I30A 1V0ZA 3N7LA 2ZMNA 4RL7A 2OUJA 3HR9A 2HYKA 1VCUA 2P3IA 4D69A 2V5YA 4LBQD 1LU2A 1CESA 3M3CA 3H73A 1IOAA 4GZTA 1NMCA 2A3WA 4DFSA 1AZDA 2GN7A 4ATEA 2EAKA 3AP9A 2DUOA 3JU9A 2DTYA 1GZWB 4YM2A 2JDZA 4R9AA 2EXHA 4M3CF 4HZVA 4ITCA 4MWQA 1Q8OA 4FPFA 1GICA 4KS4A 4M3CE 4W65A 1WD3A 1C1LA 3BTAA 4M4VA 5T50A 3H6JA 2JE7A 2UU8A 3IPVB 4MC7A 4WVWA 2YDTA 2QWCA 1QNWA 4M3CA 1N1VA 3V64A 1JYIA 2JE9A 4ATFA 4NO4A 1FV2A 1A78A 3OYWA 1UX6A 5EXOA 2X9MA 2A70A 2UWCA 4Z8BA 2HTYA 1LODA 2Q5TA 1ENSA 2D6LX 2DYCA 3ALXA 4XE9A 1KDMA 1O4YA 1QOSA 1BKZA 4FPOB 2NMOA 3FUOA 3O9JA 3A0NA 2BATA 3O5SA 4X49A 2P2KA 4P9YA 1F31A 3RMXA 3VKMA 4YW2A 1W6NA 2EXKA 1BZWA 1ULDA 3VKLA 4GDIA 1LCLA 4R9DA 5HX0A 3W59A 1URXA 4U36A 3W58A 1S1AA 2SBAA 5H9PA 4HIZA 4XBLA 4YGBA 3UJOA 4YW4A 4LBQB 4XMIA 1OFSA 1SLLA 3B9CA 4SLIA 5KXEA 3AP5A 4J9TA 4Y1UA 5GZGA 5DUWA 3K38A 4OZXA 2BERA 3POWA 1G86A 1DIMA 3ILNA 5L73A 2ZZJA 2QWDA 3ZSJA 3AYEA 4HL0A 3WDUA 3QLQA 4DGRA 1V6IA 1GYKA 4QN7A 2HU0A 1Q8SA 5HUKA 1H9WA 1GNHA 4DS0A 1WD4A 3D4KA 1W21A 2A6XA 4B7RA 5SV8A 1HKDA 3SALA 4UW5A 1USRA 4XJ9A 4HANA 4LBKA 1A8DA 2JECA 2A6WA 1F8EA 3MW4A 4Y20A 2SLIA 3KQRA 1LHUA 5JOWA 1IVDA 1SACA 1IVEA 4YLZA 2NZ9A 2DURA 4UW4A 3ILFA 2D3RA 4PBPA 2E7TA 5HCFA 4XJUA 2BZDA 4GZWA 2DVBA 2W08A 1W6PB 3RMYA 2FHRA 1DQ2A 4B7QA 5KXCA 4X4AA 1MS9A 4ZKTB 2YZ4A 3IKWA 3PJQA 5CBLA 3WDXA 1G9CA 4YM1A 2DTWA 3ZXFA 2R16A 3M1HA 2VW1A 3L2YA 3AZXA 2VXRA 1WLWA 2VY0A 4Y1XA 3LSEA 2D7FA 3IMNA 1FATA 2TEPA 1LESA 4YG0A 2ZHLA 4MJVA 5DXDA 3GALA 4CPNA 2V73A 1QDCA 2UURA 2F11A 3UL2A 2XCYA 3M3EA 3A0KA 1DQ5A 2ZABA 3ZXEA 1V6LA 5KXBA 4Q6KA 3I8TA 4XJ8A 3TAYA 5DZEA 1GNZA 4GXLA 3TI6A 1N1TA 2GMMA 2E6VA 1PZ8A 1QF3A 4P9XA 3B01A 4YZ4A 1U0AA 3CYEA 1I1EA 3DGTA 2B8HA 4LBNA 3CKZA 4FPYA 4JCKA 1ULEA 4K1ZA 4MX0A 3TIBA 5GLZA 2W39A 1G8WA 3N35A 3C2UA 1DZQA 4XHXA 2AH2A 4GA9A 1NCBN 2OVUA 3WG4A 1E8TA 4NC5A 2W38A 1AX1A 2A75A 1CPNA 5IK5A 2QWKA 3R4UA 1MS8A 4MJUA 3NV3A 5HCAA 2E7QA 3ZXKA 1E8VA 2ZGOA 4M4NA 2I2SA 2DWRA 1LENA 5T5JA 4WV8A 3T1LA 3FLPA 5JMCA 2ZB6A 4YFWA 4GZXA 1JXNA 1DYPA 4K1HA 3GVKA 1NXD1 2XZJA 2QWBA 1WBLA 4GZSA 4WEGA 2RKCA 2NN8A 5CA6A 5BYNA 2HTRA 2A3YA 2A5ZA 2YA6A 1SBFA 1JYCA 5IUQA 1VAVA 1KDKA 4FPCA 1V6MA 1JBCA 1WLDA 1AJKA 3WNXA 5LK5A 1SBEA 3V0AB 3WDYA 1IS3A 2Z42A 3N3HA 1UL9A 3D11A 1Y7BA 2ZA9A 1EPWA 1W6OA 1FYUA 3T1MA 1KJLA 1S0DA 1V6KA 2ZMLA 3Q9OA 3WZ1A 4D8SA 3AXEA 4H52A 3O0XA 4XJAA 1IKPA 3VV1A 1OQ1A 1NSCA 2XZKA 1DLLA 1LGCA 2ZGNA 3ZSLA 5DUXA 4LBJA 1G9AA 1SLTA 4YFZA 4ISQA 1QU0A 2RHPA 4ZXKA 1LOFC 2VUAA 3GVLA 4HZWA 4MYEA 4XXAA 5GZEA 3AP6A 1F8DA 1LECA 1VALA 2ZHKA 4FZHA 1IS6A 2A71A 2QWEA 4K1JA 1JUIA 1SCRA 3K36A 2ZGPA 1W6MA 1JHNA 2ZAAA 1SLIA 1LTEA 3AP4A 3B7EA 1PZ7A 2XB6C 1DILA 1MS1A 2P34A 3ZVXA 1INWA 3ZSMA 1QNYA 5KXDA 2D44A 2AYHA 1F8CA 2DUQA 2ZGRA 1BXHA 4UW6A 4K21A 5AVAA 3K3AA 1WUVA 2DVDA 4LBMA 4XHBA 1Z0HA 1N47A 2ZHNA 5B2DA 2UWBA 1CR7A 2YXSA 3I4IA 1F9KA 2CMLA 1LOEA 1W0PA 1MR5A 3SANA 4FQ4A 1W0OA 4K3YA 1NNCA 2EIGA 2PHFA 3ZXJA 1V6NA 4BMEA 4YZ1A 1WCSA 4Q2FA 1W6PA 3RG0A 1QOTA 2EXJA 1S0EA 3FLRA 4UF7A 4DPNA 4BLIA 1PZ9A 2F27A 1LGBA 2ARBA 1L7FA 1W1XA 1WW4A 4YW3A 2VSMA 2ZGUA 4XIOA 2WT1A 2NM1A 1Q8PA 4XJRA 2DVGA 4FPHA 3MW3A 3SH5A 1MZ6A 5CAZA 4Y22B 1D2SA 4FPJA 3ZYPA 5T52A 1INYA 4NCSA 1V3EA 2ZGSA 2ZHMA 2YMZA 1AXKA 2C4AA 4YZ2A 2WJSA 4KS2A 4Y1YA 4XBQA 3ALWA 1Z4XA 3WHUA 2HT8A 4FVKA 2ES3A 2PHXA 1V0FA 4F83A 1TEIA 4BOWA 1MS5A 2AUYA 1EUTA 1Q56A 3AP7A 2C5DA 2WNEA 4YG3A 1CN1A 2HTWA 2QWGA 2GNMA 1NMAN 3OGGA 3CL0A 2FMDA 2NYYA 4M01A 4FJ6A 4TZDA 2HTUA 1MWEA 2F0ZA 2YV8A 1XQNA 1WCQA 1SFYA 1R1ZA 3WUCA 2JKBA 1NCAN 1LOBA 5T5LA 1AX0A 2GMEA 4AVTA 1FAYA 3CNAA 1YIFA 3USUA 1UMZA 5HCBA 4FOVA 1Z78A 4CPMA 1MS0A 2A6VA 1B9VA 3D6EA 4DRRA 5JVVA 1UKGA 5DG2A 5DZGA 3K39A 3N7MA 3AJYA 4BMBA 4YZ3A 2VW0A 2GDFA 3B3QE 3V0BB 3APBA 2KM2A 2ZGMA 4C1WA 3FLTA 4XJWA 1W20A 4FVVA 4HZZA 2DUPA 4CZSA 3PVEA 4Y1ZA 1Q8QA 5GJ6A 5GZFA 5T5PA 1HLCA 4XIKA 1N3QA 4Y24A 3BOPA 4LBLA 2ZBJA 2NMNA 1D0HA 1DQ6A 1Z50A 2A7AA 2W5OA 4MWRA 1AXZA 3VKFC 1C1FA 2EALA 1UAIA 3WUDA 1S0GA 3BEQA 3TB0A 1SLAA 2ZGLA 1ULCA 1CPMA 4MWLA 1Z4YA 1N1SA 3AYAA 2QWIA 2LALA 1YO8A 1JOJA 3R4SA 1USXA 1V3DA 4GALA 1IVCA 3GVJA 1ENQA 3OBTA 3CL2A 4M3CB 3ZPYA 3NWKA 1GANA 1GZ9A 1GBGA 1Q8VA 5DUVA 3M3QA 4LBOA 5GZDA 4XBNA 4PQ9A 2R49A 4Y26A 1V2IA 2BF6A 3OYWB 4YM3A 1F5FA 1CQ9A 3MEPA 4K1KA 4QN6A 1GZCA 2PHRA 1L7GA 1G9BA 2W5NA 1W6QA 4CRQA 1XOGA 2C4LA 4YGCA 2WSUA 2LTNA 3GNEA 2GMPA 4MWJA 1QKQA 1SO7A 3WDVA 5JOYA 3SILA 3OJBA 1W6NB 1DYKA 1INHA 3D5OA 5GM0A 5GZCA 3WG2A 2A6ZA 5GLUA 4WVVA 4BQ1A 3ZSKA 4L8QA 3A4UA 3H71A 4I00A 1N3PA 2ZGKA 1LHNA 2F29A 1UZYA 5HUNA 4GWMA 1YRZA 4GB1A 4GKXA 1NLSA 1WBFA 4P9WA 5JOZA 3WCSA 1SNTA 4CTEA 1DQ1A 3U4XA 3O0VA 5T5OA 2VK5A 3NN9A 1OKQA 1UZZA 4MWXA 2DU0A 5JLVA 4JRAA 2E51A 4YM0A 1WW5A 1GZWA 2YA7A 3O12A 2CWSA 5E8AA 1CVNA 1RIRA 4MZAA 1EURA 1AVBA 3NV2A 2C9AA 1INFA 3RS6A 3AXDA 1L7HA 3A72A 3SITA 3IPVA 4R9BA 4CPOA 2D6KA 2UWAA 4XILA 4YGEA 1AF9A 1DQ4A 5EYXA 3ENRA 3ATGA 1IKQA 4Y20B 4BLJA 2WT0A 4AGGA 3INBA 2QWAA 3QCWA 1S0JA 5DZFA 2DVAA 2F26A 4WZFA 2W68A 4B7NA 3TI4A 1IVFA 2DU1A 2PHWA 2D43A 2GNTA 4Y22A 2PHTA 1NCDN 4K1YA 2ZGQA 2R0HA 4GJTA 4QN4A 3ILRA 1V6OA 2HU4A 1O4ZA 3AFKA 2SIMA 2WKKA 2JD4A 1Z4ZA 1LU1A 2ZACA 5M1ZA 3B69A 3M3OA 4WA3A 4PCRA 1RITA 1GKBA 4LBQA 3AZZA 3KM5A 5HUGA 4AGRA 2AREA 1MACA 2R1BA 2AR6A 1JW6A 1B09A 2CL2A 3INAA 3WDTA 1NSDA 3BIWE 4Q8LA 5GLWA 3LSDA 2P3KA 1ULFA 1LEDA 1NMBN 2NP0A 3M2MA 1ZM1A 2F12A 5H9RA 2D6OX 4Q8KA 3RSJA 3HMYA 1AX2A 2EXIA 5T54A 1S0CA 1J1TA 4XTPA 4C1XA 1BJIA 2F28A 4WA5A 2P37A 3SH3A 3AJZA 3FUQA 2B7YA 1XOEA 1KJRA 4FOYA 2ARXA 4Q1RA 1CONA 2WLQA 1W8NA 2YA4A 3IN9A 1UPSA 2VW2A 2WSVA 1FNZA 3V0BA 2D6PA 4FPEA 1DIWA 1DBNA 2PELA 3WHTA 4Y1VA 3VUOA 1ENRA 2AEQA 1WW6A 4QNPA 1IVGA 4JF7A 4BM8A 4MWWA 3FFZA 1YXWA 4NOTA 1B9TA 3POYA 2CNAA 2GALA 4R9CA 2YA8A 2AENA 4YW1A 2F25A 2QWJA 5JDBA 1HDKA 2ZMKA 3O0WA 1LHVA 4FOQA 1FNYA 1LULA 2D6MA 2WQZC 4PF5A 1SBDA 4ASMB 1HQLA 2W52A 1DGLA 3ZXLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CVRA 3WQ7A 5NN9A 1F4AA 2A3XA 2VH9A 4AI8A 2BJSA 4H53A 4D3WA 4YW5A 5KR7A 3C7FA 3A71A 3J9SA 4FQZA 1ZBE1 1Q43A 4PJYA 4RA0A 3VD5A 3LPGA 1JZ8A 1ND3C 5C4WB 1S0IA 4HSLA 4N53B 3WG1A 3RZLA 1UWWA 1CZSA 1V6JA 4MXWA 4Q4V2 3KMHA 2K46A 4GIQA 1JN2P 3ZO0B 4A4AA 4DB5A 4GZPA 3I3MA 1Z4WA 1WA4A 2I74A 2YDPA 2ZS6B 4YVWB 1LOAA 2LROA 4YG6A 4K3UA 5IK8A 5JR7B 4AVVA 1H8TA 4DQAA 4Q4V3 5GLTA 2IAQA 1A14N 1VIWB 4BE3A 5CIRA 3KLSA 1UY4A 3PMSA 5I91A 1VBB1 2D3SA 4N7IA 3ZN6A 4AI2A 4BXSV 1PGL2 2IFRA 5F3EA 3WNLA 3ZYGA 5A6ZA 1NOVA 1V0AA 4CEYB 2HTVA 3V65A 2J1RA 5FO7B 5FO9B 1A4QA 4AR2A 3IMMA 1R092 2W1SA 1UOFA 4KI5M 5IVCA 4MXVA 1QDOA 1SLBA 4HG6B 4AQTA 4M3MA 4AI1A 4XMBA 1QXPA 3ZIXA 1SCSA 3NNGA 5FYZA 4GNCA 1PVC1 4Q27A 2QWFA 4CA9A 4QN5A 5J96B 4RQPC 1LEMA 5FXZA 3TN92 1W6OB 3THCA 5CFCC 2AGSA 4E4SA 1H9PA 2WT2A 3BU7A 3IM0A 1GUIA 4D6SA 4ET7A 1O3SA 4KS3A 2VOTA 2WR9A 4GWNA 5FZ9A 3QACA 3L6VA 4JC1A 4GEZA 4ASCA 4FTBA 3C8XA 4MHUA 4AWDA 4CXYA 1BLZA 2IWGB 4B7JA 2F10A 5F1RA 2YHJA 4D7YA 1W0NA 1RYYA 1DZTA 4NHMA 4PBOA 1JZ6A 3TI5A 1EUSA 4WEFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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