4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
5F5QA 3I4IA 1CONA 3FFZA 4AVVA 4YZ1A 1Q8VA 1B09A 4HZXA 4P9WA 3N7KA 5DZFA 4XILA 2YA4A 4FPEA 4GDJA 3OGGA 4K3YA 4M3CE 2VXRA 3WDXA 3TI5A 1LGBA 2F11A 4CRQA 2HT8A 1SLBA 3VKMA 3SALA 3DUIA 1OKQA 1N1TA 4FPFA 3QLQA 5GZEA 1FNZA 2DV9A 2F0ZA 5BYNA 2VK7A 2GN7A 2C5DA 2P3JA 1QNWA 1AX1A 2ZHMA 5E89A 1W6QB 4MC7A 2W08A 3JU4A 2UU8A 1LGNA 4K1IA 3RQ0A 4FVVA 1V6JA 1CESA 2ZMKA 1BZWA 1JBCA 4AGGA 1QU0A 3ILRA 2BATA 3TIAA 4Y24A 3BIWE 3D6EA 4FP3A 3ILNA 1WW4A 5DZEA 2A70A 1NSCA 3V0BA 1SBDA 1IVDA 1WW6A 3M2MA 3QCWA 1WLWA 4FPHA 2WT2A 1LENA 4XJRA 4WA5A 3T2TA 2ZB5A 4XXAA 1CR7A 3WNXA 1G86A 4F83A 3POYA 4R9DA 4WZFA 3WG4A 1V0FA 1DIMA 5IK4A 3K3AA 2PHUA 1CJPA 3IN9A 4CPYA 3O12A 2QWEA 3SNMA 4FPLA 1MS3A 1DYPA 3T1MA 1LCLA 4XZPA 4GWNA 4M3CF 1QOTA 3GVLA 2F12A 4BLJA 2HT5A 3LSDA 3T1EA 3H71A 3MW3A 1IS6A 4YZ2A 5JOXA 3T1LA 4QN5A 2R49A 3AXDA 4Y1XA 3TB0A 1UAIA 4P14A 3N7JA 3A4UA 2JDZA 4BQ1A 2XG3A 3B9CA 4XMAA 1U0AA 1NCAN 4FOWA 2VW2A 1DQ4A 1C1FA 5T5PA 3OYWB 3VKLA 4QN7A 2NM1A 2A5ZA 3SLIA 3AX4A 3A71A 3FLTA 4HZWA 3WDUA 1NCBN 3ZXEA 2E7QA 2JD4A 1QF3A 3IPVA 2I2SA 1S0DA 1LOGA 1Z4XA 2GNDA 1FYUA 3UK9A 3HMYA 1G8WA 1KRIA 2F26A 3BEQA 1INGA 1INXA 3ZVXA 1LHVA 4M3MA 2JECA 4BMBA 4YG6A 1F9KA 1GNHA 2DU0A 3O0WA 3K39A 2XZKA 1BXHA 1V3CA 2ZZJA 1EUUA 4W65A 1DQ1A 3WG1A 1W20A 1SFYA 3PVNA 4H52A 5T55A 1UN1A 4BMEA 1PZ8A 3VUOA 1URXA 3A0NA 4WV8A 1DQ6A 3OY8B 3R4SA 3NV4A 2HTUA 2CWMA 3OBRA 4B7MA 3LCPA 1S0EA 3W59A 1N3QA 2RKCA 1CIWA 1IS5A 1FATA 4Y1YA 1XQNA 4FPJA 1YYNA 3Q9OA 1A3KA 3RG0A 5HUNA 2QWGA 1OQ1A 2YY1A 4U36A 1IS3A 1E8VA 4FOYA 4IQPA 2YROA 4GWMA 2X9MA 4PBPA 1DQ5A 5IUQA 5GZGA 1H9PA 2F24A 5GZCA 3A0KA 2R1BA 4MWRA 4HZZA 4C1XA 3TI3A 4MZAA 1UZYA 1V6MA 2W39A 2LTNA 2OUJA 1A4GA 1MS5A 1LOBA 1INFA 4MWLA 4NC5A 3BOPA 3TI8A 3AFKA 3AZVA 1LHOA 1S1AA 1I1EA 1W6MB 5GLWA 1GLHA 3ZXKA 4XJAA 2UURA 3IM0A 1F8BA 1JOJA 2YXSA 1G9AA 1NXD1 1Z50A 1VAVA 4KS4A 3APBA 2HTWA 2TEPA 1AXZA 2YA8A 1DLLA 1YRZA 4X49A 2GDFA 1MZ6A 1GV9A 1GICA 2JJ6A 4ISRA 2ZGRA 2SLIA 1XOEA 1DZQA 1VIWB 1AJOA 3WCRA 1FNYA 2OUHA 3AXEA 4D8SA 1ULGA 3NV1A 4K21A 1LHUA 3NSSA 1WW7A 1NNAA 3N36A 1LTEA 2ZGSA 3IMNA 4GZWA 2W5NA 5GLZA 1MS1A 4YZ3A 2VSKA 1GZWA 4M4UA 4Z8BA 2A3YA 1WD4A 1W8NA 1PZ7A 5HCFA 1G9FA 1H9WA 3KQRA 2ES3A 4M4VA 3UL2A 1C4RA 1G7YA 1VCUA 1USXA 1ONAA 3AJZA 1LHNA 2AEPA 4XHBA 2CWSA 1ULCA 4ZXKA 2ENRA 5KXDA 2AGSA 4HL0A 1W1XA 3C2UA 4B7QA 3UJQA 1Z4ZA 1TEIA 3KM5A 3WUCA 2DVFA 3AYDA 5AVAA 3V0AB 5T5OA 2YMZA 4TZDA 1KQRA 1LGCA 1Q8SA 2W20A 3B3QE 4WVWA 5JLVA 2WLQA 4FVKA 4Y20B 3WHTA 1V3DA 3SISA 1GZ9A 1LHWA 5FREA 2W5OA 2D3PA 4ATEA 2VW0A 1Y7BA 3M3CA 2W68A 2D6MA 4KS3A 4XIKA 3INAA 2ZGMA 3K36A 1BJQA 1Q8QA 4B7JA 2F10A 1LODA 3AZXA 5T52A 5DG2A 1ENSA 3W58A 2P3IA 1SNTA 1GZCA 4Q8KA 3VKFC 1AX2A 3N7LA 5DG1A 4X47A 1V6LA 2NMNA 1W8OA 1AX0A 1VLNA 3RMYA 1YO8A 4WEGA 4MJUA 4WVVA 1W6PB 2VH9A 4M00A 4HIZA 4M4NA 2UWCA 3AK0A 1IKPA 4YM0A 1X50A 4XE9A 1SCSA 4DFSA 3WVJA 4CPLA 1G9CA 2A6XA 1FAYA 2QWDA 2XZJA 2OVUA 1CQ9A 3TICA 5DUWA 4ITCA 3TIBA 5T5LA 2F25A 4YW5A 3O5SA 4Y22A 4PBOA 3V64A 1G9BA 2D6OX 4CTEA 2DTWA 4OZXA 1QDCA 1C57A 3R05A 4AGVA 2A3WA 4XBNA 4XJ9A 4H53A 1D0HA 2PHTA 2DURA 2XZIA 4WA4A 1B9VA 2YA7A 2CL2A 2ZA9A 3ZSLA 2W38A 5GM0A 4LBQB 5EYYA 5L73A 2DYCA 1V6KA 3OYWA 2DVGA 3GALA 1F5FA 2ARBA 3MW4A 5IT6A 3FLRA 4FZHA 5HCBA 2VK6A 4PCRA 4GJTA 3AYAA 3OBTA 1USRA 1V6IA 4XTPA 4LBJA 4MWUA 1CPMA 2HTVA 4MWXA 1S0IA 1Q8OA 4AVTA 4YGBA 4X6KA 1JXNA 1WLDA 2ZGKA 1R1ZA 5JOZA 1KITA 5DUUA 3AP4A 3B69A 2B8HA 4J9TA 2GMMA 1F31A 1I3HA 1JYIA 5CNAA 1VALA 5GLTA 1GANA 1B9SA 2GN3A 5DUVA 3SH5A 5JMCA 2SILA 4LBQD 3ZYRA 5HCAA 2PHWA 3ZSMA 1EURA 1FX5A 3JUUA 4M01A 3MW2A 4HZYA 2D6PA 4XOGA 1LJ7A 4R9AA 4PF5A 4YW1A 4M3CB 5B2CA 1LECA 1MS0A 3MEPA 3WDVA 4FQ4A 5H9PA 1SCRA 2B7YA 5GLVA 2AR6A 1W0OA 1ULEA 5KXEA 3AP7A 1SLAA 2HTQA 1F8DA 2VVZA 1DIWA 3RS6A 1V6NA 2WQZC 1ENRA 1JN2P 3NWKA 1L7HA 1ZA4A 2FMDA 3CNAA 2WT0A 1CPNA 1BYHA 2HU4A 2R1DA 1NMBN 3A72A 2E53A 1UL9A 4BOWA 4P9XA 3RSJA 5IK5A 3TI4A 2QWAA 3POSA 3AZYA 2D6KA 1SO7A 2P37A 1GNZA 1E8TA 2DVDA 4ATFA 2YV8A 2ZHKA 3H73A 3IKWA 1ENQA 4Q1PA 4MJVA 2A71A 3D4KA 4MWQA 2C4AA 1W6MA 1IVCA 4UW5A 3BTAA 1N3PA 2P34A 2EAKA 3AYCA 3AP6A 3NN9A 4KS5A 2V73A 4YZ5A 2DVBA 1QOSA 1A8DA 1GKBA 3PVOA 3WZ1A 4MWYA 4XJQA 4NCSA 3PMEA 1Z0HA 2A6WA 2ZGNA 1Q8PA 5CAZA 4YW4A 2R0FA 4UW4A 2GNBA 4Q26A 1W6NA 5H9QA 3SH3A 2D3SA 2P3KA 5E8AA 2P2KA 1UKGA 2ZGPA 1SLTA 4Q2FA 2QWKA 2A6VA 2XB6C 1NCCN 4K1YA 3AZZA 4K1HA 3ILFA 2ZB6A 4NOTA 4MX0A 4LBNA 2V5YA 1YI7A 5B2DA 1UMZA 2Q5TA 1NNCA 4I30A 1APNA 1AJKA 2F13A 2YZ4A 1SLCA 3FBYA 3H0OA 4YGCA 4Q8LA 3WG3A 1BJIA 1W21A 4FPYA 2DWRA 1C1LA 3USUB 1VAMA 2HYKA 3N3HA 3CYEA 1IVFA 4MWVA 1DBNA 4AYUA 2YDTA 1NMCA 1L7FA 5JYYA 3PJQA 4LBOA 3V0AA 2BZDA 5LK5A 2HTRA 4P9YA 4FPOB 1S0GA 2YA5A 4GZOA 1UX6A 1Z4YA 4QN3A 4BM8A 3V65A 4YG3A 4MWWA 1KDKA 4YM2A 3D11A 2NMOA 4CPZA 2DTYA 2FHRA 1QNYA 3H72A 2PHRA 1S0BA 4GZSA 4YZ4A 2VWDA 3HN1A 2ARXA 2PHXA 4GB1A 2WT1A 4GZPA 1NLSA 1N1SA 1YXWA 2ZMNA 4XBLA 1N47A 1N3OA 1LEDA 4KS1A 1V3EA 1INYA 5T54A 1NCDN 1DILA 4JF7A 1HQWA 5EXOA 3L2YA 1EUSA 5JDBA 3WV6A 6NN9A 2EXIA 2G4IA 1H30A 3CL2A 2ZGTA 2A7AA 4DPNA 3FLPA 1NN2A 1LOFC 1V0ZA 3ZYPA 4CPOA 3TAYA 1GSLA 1NSBA 3POWA 1LOFA 4BBWA 2ZMLA 3WHUA 4U2AA 3AJYA 3ALXA 3B7EA 1W6QA 2ZHLA 1Z4VA 3WUDA 1MWEA 3WOGA 1UPSA 1MVQA 2EF6A 4GEZA 4GXLA 2ZACA 1CN1A 4XXPA 1XOGA 4FJ6A 4Y26A 3R4UA 1GYKA 3N7MA 4SLIA 5H9SA 2UWAA 3BODA 3ZPYA 3SITA 4GA9A 5CA6A 4DRRA 2ZBJA 4YG0A 2DU1A 4FP2A 2YDPA 1WD3A 1WUVA 4YW3A 3U4XA 5JVVA 2PELA 1LULA 4XDQA 4RL7A 2C4LA 4LBQA 5NN9A 4YM3A 1DGLA 2ERFA 5H9RA 4FPCA 7NN9A 2RHPA 1W6OB 1SACA 2HU0A 1JYCA 3ALWA 4KBBA 4K1ZA 2A3XA 3ZXFA 5IK7A 2CMLA 1AZDA 1W0PA 4Q27A 3D12A 4CZSA 4LBLA 2EXHA 4B7NA 4TYSA 4YW2A 5DXDA 4ZKTB 1J1TA 1SBFA 4H55A 4B7RA 4PQ9A 4C1WA 3M1HA 4MWJA 2CYFA 5DZGA 3N35A 3ZSJA 4XYXA 1INWA 3M3EA 4K20A 2AREA 4XJWA 1V6OA 1LOCA 4RA0A 2VUAA 4L8QA 2GNTA 2H0BA 4FPGA 2DVAA 1EUTA 1WBFA 3I8TA 5GALA 2SIMA 4GZXA 4XTMA 4MYEA 1MS8A 1A14N 4M3CA 4WA3A 4DS0A 5CBLA 2AENA 2ZGLA 1A4QA 2EIGA 4I00A 5CB7A 4UF7A 1QMJA 2D6NA 1GBGA 1BQPA 2WKKA 1MZ5A 4ASMB 3WDWA 4CPNA 1FV2A 2AH2A 3MPPG 2ZKNA 3K37A 1LU2A 1LESA 3INBA 2HT7A 1RIRA 5DUXA 2F28A 4CPMA 2JE9A 3OPZA 2D44A 4FOQA 4JC1A 1Z4WA 4Q1RA 1UZZA 2D3RA 2SBAA 5SV8A 2CY6A 1PZ9A 1IVBA 2ZGOA 3AP9A 2QWJA 4Y22B 4AWDA 4BLIA 2GALA 4AVSA 3OY8A 1V3BA 3V0BB 4XBQA 4R9CA 4DGRA 1AF9A 2D6LX 2E51A 4K1KA 1KJLA 1LOEA 2D7FA 3GVKA 2JE7A 1DFQA 2GMEA 1MVEA 4ISQA 4UW3A 3SILA 2JKBA 4Y1VA 1N1VA 2QWCA 1INHA 4WEFA 1HQLA 4GZTA 4YLZA 1JW6A 1O4ZA 3AP5A 1NMAN 4DRVA 1WCQA 3HR9A 3WCSA 2EALA 3WDYA 4BPZA 5JOYA 1NNBA 1ZM1A 1FV3A 3ATGA 4Q6KA 4R9BA 1LOAA 3GVJA 1V2IA 1IOAA 4FPKA 2DUOA 4YM1A 4LBMA 1LU1A 2ZGUA 2NP0A 4QNPA 1B9TA 2A75A 3GNEA 3D5OA 2KM2A 2F29A 3ZSKA 1JHNA 1E8UA 3WDTA 2CNAA 1QDOA 2UWBA 3LSEA 5HX0A 5IK8A 3NV2A 4FOVA 4YFWA 1D2SA 2HTYA 1ULDA 2QWFA 3O0VA 1MR5A 5JOWA 1WBLA 3IPVB 4QN4A 2WSUA 1Z78A 4XIOA 5HUKA 1F8EA 2NZ9A 3USUA 1KJRA 1A78A 4GALA 1BKZA 2R0HA 5GZDA 2F27A 2EXKA 4GZQA 1S0JA 5KXBA 4HANA 1S0FA 2CTVA 2R16A 1LEMA 1IKQA 5HUMA 3ASIA 1Q56A 1SLIA 4Y1UA 3UJOA 4GDIA 4AGRA 4XJUA 4NN9A 1MACA 4D69A 1MS4A 2PHFA 2VSMA 2ZGQA 1INVA 1HKDA 2NN8A 4QN6A 3ZXLA 4XJ8A 3FUQA 3OJBA 5FRAA 3SH4A 4YGEA 1V0EA 1ULFA 2AUYA 3WG2A 4X4AA 2VY0A 5KXCA 3SANA 1RITA 1MS9A 2D43A 2ZABA 4XJZA 2BF6A 5T50A 2ZHNA 1SBEA 1IVEA 2WSVA 4KS2A 2ZAAA 1RINA 2DUQA 1HLCA 4GKXA 2E6VA 4FQZA 2EXJA 2W52A 3VKNA 3RMXA 3O0XA 1WW5A 2AEQA 3B01A 3H6JA 3ENRA 1W6NB 1S0CA 3M3QA 2Z42A 4Y20A 1DQ2A 4GKYA 1NSDA 3O9JA 2QWBA 4YGDA 3NV3A 2QWHA 5T5JA 1AVBA 2GMPA 3W09A 5M1ZA 3B00A 3JU9A 2BERA 1KDMA 2A6YA 5E88A 2DUPA 1DYKA 2YA6A 1AXKA 1WCSA 4JCKA 4XMIA 3RRDA 5F9TA 2VK5A 1L7GA 1SLLA 5HUGA 4YFZA 2C9AA 3O9KA 4NO4A 2E7TA 5EYXA 2XCYA 1DHKB 4DQAA 3AZWA 1IVGA 3VKOA 3WLUA 3AYEA 4UW6A 3PVEA 4MZEA 1AXYA 1G9DA 2LALA 3TI6A 4LBKA 1W6PA 2WNEA 5GZFA 3VV1A 1W6OA 5GJ6A 3K38A 2OW4A 1DQ0A 3DGTA 1IS4A 1EPWA 1JUIA 1N1YA 2NYYA 1O4YA 2WJSA 4K1JA 1QGLA 5EWSA 3ZXJA 1OFSA 1GZWB 1HDKA 1QOOA 3CL0A 2VW1A 4HZVA 2A6ZA 3M3OA 2BQPA 3CKZA 1YIFA 1VCJA 1CVNA 1V00A 4Y1ZA 1QKQA 1F8CA 5GLUA 2AYHA 3FUOA 2VU9A 4JRAA 2GNMA 1WLCA 2QWIA 4XHXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F5QA 2Q8CA 4WBBA 5HBAA 1PK6B 3Q8FA 2HWE1 3I4IA 1CONA 3FFZA 4A6OA 4AVVA 1HN1A 2DFCA 4YZ1A 1ZRRA 2YB7A 1Q8VA 4LO7A 3N9MA 4AEDA 2GC1A 1W2AX 4HN0A 1B09A 3HEIA 4QX3A 4QX2A 5FAXA 3UETA 4P9WA 4ARXA 1DU3D 4EE2A 4HZXA 4CEYA 5CGJA 3N7KA 5DZFA 4DB5A 3WXPA 5FY8A 1GWLA 2HWE2 1RUJ1 1E5RA 1DYOA 1HJGA 1WZXA 3I2GA 4XILA 4IEYA 1UX7A 2YA4A 4J25A 5FZ6A 2FDHA 3WQBA 4FPEA 1W8WA 4GDJA 3OGGA 1U5XA 4BJ0A 3WF0A 4BIOA 4KMQA 2RM23 3PNAA 4K3YA 4M3CE 1S2BA 2ORZA 1PIV1 4QKFA 2VXRA 3B5LB 4CPBD 4Q4X2 3WDXA 3TI5A 2OXBA 2RS33 3KSCA 2PLV3 4ZY9A 1C8NA 1UWWA 4JAAA 3MO4A 3FC0A 1LGBA 4EZHA 2F11A 4CRQA 4DUVA 4M4RA 2HT8A 1OH4A 3KGZA 2G1MA 1SLBA 3VKMA 3SALA 1J1LA 3MBWA 3FJSA 1STMA 1VBA2 3DUIA 2VAUA 2HWC3 1OKQA 2ET1A 1O5UA 1REDA 1N1TA 4OQ8A 4FPFA 2VXJA 1MEC1 1GNYA 1UYZA 3HQUA 4UF0B 4URAA 1RMU2 4P08A 3QLQA 1O3RA 3PMSA 5GZEA 3LFIA 4Z82A 2H2UA 3MLLA 1FNZA 2DV9A 2VCAA 2DCTA 1OA3A 2F0ZA 1W8ZA 3ZFFB 5BYNA 2VK7A 1TME1 4MGKE 1OI6A 2FDGA 2FMYA 2D5HA 4MGSA 3RZKA 2GN7A 2C5DA 2P3JA 1OUSA 1AX1A 1QNWA 1YC61 2OZJA 4GAZA 1UW8A 1EYBA 2GSYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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