4FPYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-bromobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpyA02
4XBNA 1W6OB 1VALA 4FPKA 1N1SA 1S0GA 1RINA 1NSBA 3M2MA 3AZVA 1SNTA 1QDCA 3OYWA 3HN1A 1V00A 4R9DA 1NMAN 4YG0A 1INGA 4XMAA 4CPMA 3NSSA 1HKDA 4M3CF 4HZWA 3B00A 4K1ZA 4M4NA 1ULEA 1YI7A 3WHTA 4HIZA 4KS1A 1UPSA 5HUNA 3ZYPA 3A0KA 2ZBJA 1GICA 4BQ1A 4M01A 5DG2A 4MWLA 1CJPA 4FPHA 4LBLA 3AK0A 3L2YA 3TB0A 1DQ4A 4K21A 1E8TA 5T54A 4GZTA 1WLCA 1BZWA 1SCRA 1VAMA 1QOTA 4Q27A 3FBYA 1W6NA 5GZCA 2I2SA 2PHRA 5IT6A 5EYYA 4GKXA 1R1ZA 3AZXA 4WEFA 1Z4XA 3B3QE 2YY1A 3FUQA 2ZMKA 5T55A 4MYEA 2SBAA 2AREA 2F12A 5DUXA 3BTAA 2F28A 3MW4A 3WUCA 1MWEA 1W6PB 1LOFA 1SFYA 1VCUA 1CN1A 2F29A 5CAZA 4L8QA 4FVKA 1V0ZA 2D6OX 2W20A 4U2AA 4CPZA 3ALWA 2C5DA 3WDVA 4YW5A 4XOGA 2XZKA 2A75A 1QNWA 2OVUA 1H9WA 4FPFA 5DZGA 1W8OA 4H53A 2VW2A 2UU8A 5H9PA 4LBQB 3TIBA 2A3XA 2DUQA 5JOXA 3POYA 3PVOA 1W0OA 2ZGNA 1DGLA 2E6VA 1ULGA 3D11A 1NSCA 2GALA 3SH4A 3A0NA 1V3EA 1UL9A 2HYKA 1GKBA 4MWJA 4GA9A 2QWGA 3AX4A 3OPZA 5GM0A 1Z4ZA 3NV1A 4B7QA 1G9BA 3ALXA 1W6QB 5GJ6A 1JW6A 1VLNA 1WD3A 2ZA9A 1IVCA 5DUUA 4AWDA 3K36A 4FOWA 3TIAA 5LK5A 2SIMA 4XXAA 1C4RA 4YZ3A 3VUOA 2KM2A 1A8DA 4XJ9A 1WBFA 1GZCA 4YLZA 1OQ1A 3TI6A 3CL2A 3WLUA 2ZGSA 2ZMNA 3SANA 2E53A 4SLIA 2PHUA 5CNAA 3ZVXA 3U4XA 1LOCA 2D43A 2AUYA 2VXRA 1LGCA 5JLVA 1APNA 1IKPA 3VV1A 1GLHA 2NZ9A 1GBGA 4AVSA 4AVTA 2CWMA 3SISA 4Y26A 1BXHA 2VSKA 4MWWA 2NM1A 2A3YA 1L7FA 2DVFA 2AGSA 4JC1A 2ERFA 4K1KA 2F10A 1YYNA 2PHWA 1ZA4A 1HQLA 1SLBA 1LECA 1HLCA 1LHNA 3IN9A 1DILA 1MS0A 1GYKA 2EXIA 3MW2A 5DZEA 4PQ9A 2V73A 1IVBA 4YW4A 4YM0A 1N3OA 1AJKA 4FPYA 4UF7A 2WT1A 2YA6A 1DYPA 3A4UA 4WEGA 3V0AA 2ZB6A 1WW7A 2EALA 3MW3A 1G9AA 4DQAA 4R9CA 2AYHA 2YDPA 3WDXA 1LU1A 1W6MA 3TI3A 4UW5A 1LOGA 3OJBA 1UMZA 1GANA 1V6MA 3O9KA 3W09A 5T5JA 1NNAA 5GLVA 4U36A 3AJZA 1IS3A 4MWQA 3AZZA 3NWKA 4M4VA 3AJYA 3IM0A 2GNBA 1UZYA 2ES3A 1N1VA 1YO8A 3Q9OA 4YGBA 3R05A 4B7MA 1LEMA 4R9AA 2X9MA 1F8CA 1LOBA 4MJUA 2QWFA 2EXKA 3NV4A 2YDTA 3NV2A 5DZFA 2ARXA 1C1FA 2CMLA 1DQ5A 4FP2A 3N7MA 4MWXA 1SLAA 1W6PA 1G9FA 2P3IA 1WCSA 4JCKA 2P37A 3BOPA 3B9CA 4GZPA 1RIRA 2DURA 4ITCA 1N1YA 1S0DA 1J1TA 4UW3A 4LBJA 4Q1RA 4P9XA 1LHWA 1LOEA 1VCJA 4Y1UA 4X4AA 2UURA 1USRA 1SBDA 3NV3A 4NCSA 5CA6A 4YM1A 1AXZA 1IS6A 1HQWA 4XZPA 1G8WA 1EUSA 3M1HA 1WW4A 1NCAN 4DGRA 1A78A 2NMNA 3ZXFA 3WG3A 2DU1A 2QWKA 2D6NA 2YZ4A 1V6LA 2OW4A 4CTEA 2F27A 1W6QA 1WBLA 1S0FA 2VUAA 5HCFA 4ATEA 4PBPA 1Q8PA 3WZ1A 4CPNA 3IPVA 4YGDA 3WDYA 1BJIA 1H30A 1NN2A 2BATA 1Z0HA 3B69A 5HCBA 3SALA 3JU9A 4I30A 5HUGA 3IKWA 4BMEA 4WVVA 4J9TA 4FPOB 2VU9A 3KQRA 4M3CA 2VK6A 3K37A 4GDJA 3N7JA 3RS6A 2WQZC 3O0VA 3VKFC 2SLIA 3WG4A 2VY0A 2E51A 4FPCA 1S0CA 2D3RA 1A3KA 4FPLA 2DUPA 1E8UA 1IOAA 2A6ZA 3OY8A 1LHUA 1GNZA 1Q8VA 2XZJA 3ILFA 2QWCA 1WD4A 5EWSA 3RSJA 1CR7A 1ULDA 1W0PA 1DFQA 3AXEA 1D2SA 2W68A 3M3CA 1GV9A 3V0AB 2Z42A 3FFZA 3SH3A 2D3SA 1W6MB 1BYHA 3N36A 5JMCA 3M3EA 2DVGA 4X6KA 1VAVA 5GLTA 1G7YA 1W8NA 2AEQA 4CPLA 3CKZA 2DV9A 3UJOA 6NN9A 1DIMA 1INYA 4FPJA 1IKQA 3MPPG 4M3CE 1V3BA 1L7HA 5H9RA 1FV3A 2F25A 3T1LA 1G9CA 1NNCA 2D3PA 3N7LA 3POWA 3T1EA 1JOJA 3AYAA 1PZ8A 1LHVA 3ZXJA 1L7GA 3JU4A 1LHOA 1USXA 1GNHA 1NCBN 5EYXA 1DQ2A 4XILA 1V0EA 3INBA 4NO4A 2DVAA 1INVA 4MWVA 4MJVA 4Y1YA 2R1BA 1ENRA 1ONAA 5AVAA 4YFZA 1VIWB 1NXD1 4XHBA 2BQPA 4KS2A 3FUOA 2AR6A 1Q8OA 2P3JA 3M3QA 4CZSA 1MS4A 2UWCA 1WLWA 2NMOA 2WSUA 2NN8A 3V0BA 3B7EA 1MZ6A 4P14A 4I00A 2OUJA 3WDTA 1ULCA 1GZ9A 2R16A 4FPEA 1F8BA 1PZ9A 5GZEA 1ULFA 2GMPA 1IVFA 4XJUA 4XXPA 4YFWA 4RA0A 1SACA 2WLQA 2A71A 4K1JA 2P34A 2YA8A 2UWAA 2VW0A 2AENA 2CL2A 3ZXEA 4ZXKA 2GMMA 1WW6A 2F24A 2QWDA 4JF7A 1GZWB 1IVGA 4GZXA 1OKQA 4AGGA 2XZIA 1UN1A 1C1LA 4PBOA 4K1IA 2A6WA 1B9VA 1S0IA 2DUOA 5GZGA 2YV8A 4NOTA 4Y1VA 4IQPA 1LU2A 2OUHA 4H55A 1N3QA 2R0HA 2D6KA 1QKQA 1MACA 2W39A 2D7FA 2EAKA 1I1EA 3ATGA 3ZSKA 3IPVB 1LULA 1DBNA 4CPYA 1Q8SA 1Z4VA 1XQNA 2JKBA 5KXCA 4Y22A 1A14N 2WJSA 1QNYA 1LODA 3ZSLA 2HU0A 2GDFA 3AZWA 1Z4YA 2B7YA 2A70A 4M3CB 2WT0A 3WOGA 2QWJA 1XOEA 1CONA 3APBA 3H71A 5JOYA 4ISRA 4GKYA 1CESA 1AX1A 4Q8LA 1QMJA 4DRVA 1MS8A 1UAIA 4Y20B 4LBMA 3AFKA 1V3CA 2GNTA 3LCPA 2W38A 1V6KA 1JXNA 3WG2A 3OY8B 3ZSMA 5CBLA 2JJ6A 3I8TA 5H9SA 4XJ8A 2XCYA 3WDUA 3D5OA 3TICA 4FP3A 3V65A 2ZACA 3RMYA 2W5NA 1SBEA 4BM8A 1NMBN 4XBLA 3ENRA 4BOWA 1EPWA 4XDQA 4B7NA 4FOVA 1INHA 4XJWA 4XJRA 3AYDA 1YIFA 2GNMA 4FQ4A 1HDKA 3W59A 4WA5A 3WDWA 4GALA 4XIOA 2VH9A 1AXYA 5L73A 1NLSA 4CPOA 1V6NA 1CPNA 2F0ZA 2F11A 2UWBA 1URXA 3ILRA 4BBWA 2ZHNA 3OGGA 2D6MA 2ZGRA 4LBQD 4HZYA 3FLTA 4GDIA 3CYEA 4KBBA 5T52A 4F83A 4YW2A 1B09A 2HT8A 1IS4A 1AX0A 2EF6A 4LBKA 4HZXA 1LGNA 4QN6A 4FOYA 5T5PA 2P3KA 5FRAA 4M4UA 2YROA 3N3HA 2W08A 2E7QA 4CRQA 3VKLA 4X47A 4Q6KA 4XTMA 2DWRA 4YZ2A 5JDBA 1AF9A 1KJRA 4MZAA 5T5LA 5E8AA 3O12A 1IVEA 4YM3A 3V0BB 3QLQA 3NN9A 1N3PA 2A6YA 4FZHA 1KDKA 2ZHMA 2G4IA 3CNAA 4ZKTB 1F31A 3TAYA 3O0WA 1YRZA 4AVVA 5SV8A 4XJZA 2PELA 3VKNA 4YG3A 5NN9A 3TI4A 1EUUA 3IMNA 4GEZA 5GLZA 2ZGTA 4OZXA 2RKCA 1Y7BA 4Z8BA 1CQ9A 1QGLA 1EUTA 3WCSA 1FNZA 1JN2P 4BPZA 1GZWA 4Q26A 4QN7A 2JDZA 3RMXA 2ZGUA 5GLWA 5HCAA 3PJQA 4D8SA 3R4UA 4YZ1A 1DYKA 3WHUA 3SNMA 2VWDA 2CTVA 2B8HA 1V6IA 4K3YA 4XIKA 1JBCA 4B7RA 4Y22B 1AX2A 2WT2A 5T5OA 4WA4A 1ENSA 3QCWA 2A7AA 3UK9A 3JUUA 1SLTA 4W65A 1NCDN 2EIGA 3AP6A 4UW6A 1Z78A 2XG3A 1G9DA 2JD4A 2BZDA 1V3DA 2ZGKA 1Z4WA 4K20A 4ATFA 1SBFA 1INXA 4YGCA 1C57A 3PVEA 2AH2A 1LJ7A 5DXDA 2NYYA 1CIWA 2R49A 1SLCA 2VK5A 4GZSA 3DUIA 4XTPA 3AZYA 2JE9A 2DTYA 1DQ6A 3OBRA 5T50A 2A5ZA 4Y20A 1MS9A 4YM2A 5B2CA 3WVJA 3UL2A 4FQZA 1KJLA 2HTWA 1WW5A 2ZGMA 1FATA 2DVBA 3V64A 3GVLA 3ZXKA 5E89A 5IUQA 3HR9A 1ZM1A 3ZSJA 4QN3A 1X50A 1V0FA 3WCRA 2VSMA 2H0BA 2YXSA 2A6VA 3DGTA 2W52A 4HZZA 2SILA 3GVKA 5EXOA 3N7KA 2YMZA 2HTUA 3AP4A 1QOOA 2ARBA 3GVJA 4YW1A 5F5QA 4YZ4A 3ZYRA 4TYSA 4MWUA 1PZ7A 3O9JA 3WUDA 2WKKA 1F5FA 2D6LX 1AZDA 3C2UA 3A71A 4NC5A 4DPNA 1FX5A 2ENRA 1BQPA 5KXDA 5FREA 2ZHKA 4MWYA 4RL7A 1W21A 3AXDA 3SH5A 1D0HA 2GNDA 1UKGA 2DTWA 2JECA 3AYEA 2F26A 5JVVA 4K1YA 2GN3A 3BODA 2PHXA 1O4ZA 2CWSA 3K3AA 3LSEA 3ASIA 3H72A 1DQ1A 3B01A 4UW4A 5CB7A 2JE7A 4YW3A 2PHTA 4DS0A 4P9YA 1AVBA 3AYCA 1S0EA 2EXHA 2F13A 2TEPA 3UJQA 2GN7A 5IK7A 4XHXA 4GZWA 2HT5A 4GZOA 1LTEA 4FVVA 4AYUA 1KRIA 3POSA 2HTQA 3SLIA 4FJ6A 4HL0A 5IK4A 2QWHA 2XB6C 2ZABA 1JUIA 1NMCA 3RQ0A 2P2KA 4MZEA 5DG1A 4DRRA 1FYUA 7NN9A 2HT7A 2ZGPA 2ZMLA 3KM5A 1MVEA 3FLRA 1JYIA 5B2DA 3SITA 1LEDA 3FLPA 4XYXA 1U0AA 2RHPA 1AJOA 2ZKNA 4YGEA 4DFSA 1QOSA 4Y1ZA 1KITA 3VKOA 3USUA 3O5SA 4H52A 3A72A 1DZQA 1RITA 1JYCA 3OBTA 1SCSA 2WSVA 1YXWA 1WLDA 3AP7A 1MVQA 1WUVA 3INAA 3O0XA 1BKZA 1QDOA 4Y1XA 4KS4A 2LALA 4Q1PA 4QN5A 4Q8KA 3TI8A 2FMDA 3RG0A 4WZFA 4BMBA 1JHNA 1MS3A 1QU0A 4YZ5A 1INWA 2A6XA 2QWBA 2CYFA 1G86A 1XOGA 4PCRA 4XBQA 4GB1A 4C1XA 3BIWE 1LCLA 3LSDA 2DVDA 1H9PA 4Y24A 4QN4A 3OYWB 4AGRA 1SLLA 1W6OA 4YG6A 1DLLA 4GXLA 5JOWA 3D12A 5F9TA 1MS5A 2V5YA 1A4QA 1S0BA 2HTVA 2ZHLA 4C1WA 3RRDA 1DQ0A 5GZDA 5IK8A 3H6JA 2CNAA 4XE9A 2DYCA 4BLIA 3BEQA 4ASMB 3ZPYA 1F8DA 1V6OA 4MWRA 4TZDA 1DIWA 3GNEA 2QWEA 2HTYA 5H9QA 3VKMA 2BERA 4JRAA 4WVWA 3K39A 1NSDA 2CY6A 4GJTA 2VW1A 1GSLA 1B9TA 1FAYA 4MC7A 1LGBA 2D6PA 2YA5A 1W6NB 1O4YA 4LBOA 3WV6A 1DHKB 5DUWA 2LTNA 2R0FA 4B7JA 3K38A 3ZXLA 2A3WA 1I3HA 2ZGQA 1UZZA 1MS1A 5KXEA 4XMIA 1LENA 2HU4A 1MR5A 5KXBA 5E88A 1W20A 5JOZA 2YA7A 2C9AA 5IK5A 2DU0A 4AGVA 3HMYA 1QF3A 3R4SA 3T1MA 4KS5A 4HANA 4D69A 4HZVA 1TEIA 4KS3A 5GLUA 3I4IA 4R9BA 1IVDA 2R1DA 2Q5TA 1LESA 3N35A 1CVNA 3D6EA 3H0OA 2BF6A 4K1HA 5HX0A 3PVNA 2HTRA 4NN9A 4XJQA 3WNXA 1EURA 1F9KA 3T2TA 2NP0A 2ZGLA 1NNBA 1E8VA 1SLIA 1V2IA 3W58A 1A4GA 2ZGOA 4WV8A 1W1XA 1LOFC 2GMEA 2C4LA 5GZFA 1CPMA 5HUMA 1N47A 1FNYA 1LOAA 1KDMA 3M3OA 1FV2A 1MZ5A 2PHFA 1F8EA 4XJAA 1AXKA 3TI5A 5JYYA 3ILNA 1OFSA 2EXJA 4LBQA 2ZAAA 2YA4A 4QNPA 2FHRA 2C4AA 1NCCN 1IS5A 1WCQA 3D4KA 2ZZJA 2VVZA 1Q56A 3AP5A 2E7TA 3CL0A 4FPGA 4GZQA 3MEPA 4LBNA 3USUB 4ISQA 5DUVA 5M1ZA 2QWIA 1SO7A 4PF5A 1INFA 1KQRA 3PMEA 4X49A 1S1AA 2WNEA 4M3MA 2D44A 1BJQA 4P9WA 1B9SA 4MX0A 4M00A 2AEPA 1ENQA 4GWMA 2W5OA 3WG1A 5GALA 3SILA 2ZB5A 1N1TA 1S0JA 3GALA 3H73A 2QWAA 4WA3A 1V6JA 1UX6A 3AP9A 4Q2FA 4BLJA 4GWNA 1Q8QA 5HUKA 1Z50A 4FOQA 5BYNA 2VK7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2VOV A;  2G9F A;  2ZOE B;  1OOP B;  4IND A;  4XBN A;  1W6O B;  1VAL A;  4MET A;  3H1Y A;  4FPK A;  4CYD A;  4RHV 2;  1X8E A;  1N1S A;  1S0G A;  3VBR A;  1O91 A;  5D8A B;  1RIN A;  3RYR A;  1RUO A;  1NSB A;  2Y0I A;  2YC0 A;  4JGY B;  3M2M A;  1PGW 2;  3AZV A;  3FFQ A;  1SNT A;  1QDC A;  3OYW A;  2P17 A;  4HKO A;  3HN1 A;  4FXG B;  1CAX B;  1V00 A;  3ZXG A;  4XFB A;  1AR7 3;  4R9D A;  4A7Z A;  1NMA N;  4YG0 A;  1ING A;  3GHN A;  1X82 A;  4XMA A;  4CPM A;  4PJY A;  1RVF 3;  3NSS A;  3CJI C;  2HWC 3;  1BVP 1;  4EN7 B;  2ZCW A;  1HKD A;  4M3C F;  4N53 C;  5LK7 B;  1I6X A;  4HZW A;  3B00 A;  4K1Z A;  4M4N A;  3LGR A;  5CU1 A;  3I59 A;  2C1F A;  1R09 1;  4Q0U A;  1ULE A;  2XKO A;  3RPQ A;  3WP4 A;  2VUJ A;  1YI7 A;  1F8V A;  5JIA A;  3WHT A;  2BVB A;  4HIZ A;  4KS1 A;  1L3J A;  3PHM A;  1UPS A;  5HUN A;  3ZYP A;  3A0K A;  2ZBJ A;  5EJ3 A;  1U5Y A;  5ABJ C;  2H2N A;  1GIC A;  1R1A 2;  4BQ1 A;  4LUM A;  4M01 A;  5DG2 A;  1DGW X;  4MWL A;  4HPK A;  4XF1 A;  4YVS B;  1CAU A;  2PHD A;  4XEZ A;  4C91 A; 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