4FRIA

Crystal structure of bace1 in complex with biarylspiro aminooxazoline 6
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
388
structure length
372
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure- and Property-Based Design of Aminooxazoline Xanthenes as Selective, Orally Efficacious, and CNS Penetrable BACE Inhibitors for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 372
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4friA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4friA02
4GJCA 5P3WA 5OZMA 3UDKA 2QZXA 4LXMA 4YDFA 1BVGA 5DR7A 1EBWA 4Z2ZA 1RV7A 3CKPA 4GJ6A 2NMYA 5P1QA 5KQXA 3PJ6A 3EM6A 1LYWB 2QMGA 1HIVA 1LYAB 1T6EX 2PK6A 3LPJA 5P6ZA 4QJ2A 3SQFA 4TRYA 4Y3RA 1EPPE 1G35A 2I0AA 2FIVA 1HVLA 4EWOA 1LF3A 3IXOA 3OUAA 5P8GA 5P3MA 4DJWA 1LYWA 4RLDA 4EQ0A 5P46A 5P3IA 5P79A 4I0EA 3IVHA 1LYAA 1PPKE 4I12A 2NPHA 1HRNA 4Y4GA 1W5VA 1IVPA 3KM4A 1A30A 2VA7A 3CYWA 1T7KA 4X2LA 5P4JA 2RKFA 2ANLA 3S53A 2F3EA 1KJ4A 2OAHA 4GJ8A 3VF7A 1HPOA 1HEFE 3OOZA 5P28A 4YCYA 4Y3XA 4ER1E 4Y4ZA 3O9DA 5P5NA 3NU9A 3PSYA 3QS1A 4YD7A 1Z1HA 7HVPA 3JVWA 2QI6A 3KDBA 3GGVA 5P4YA 5P00A 2PSUA 1PSNA 2FDPA 3QP0A 3QRMA 3EXOA 4J5JA 5OYVA 5P5CA 1VIKA 4K4QA 5SZ9A 5OZ6A 5P0XA 5P2WA 3VYDA 5OZRA 3NDXA 2AIDA 5OZLA 1TCWA 3MXDA 1D4IA 5P88A 4R92A 3TKGA 2AZBA 3AIDA 1PPLE 5HE7A 3S7LA 1G0VA 3UDPA 4PHVA 1JLDA 4FSLA 2P3DA 2VJ7A 1ZP8A 2HB2A 3EKPA 5P3CA 4ZPGA 3PLDA 4QJ6A 1FKNA 3IXJA 4I0IA 4GB2A 5P1YA 2FGVA 3CIBA 3BRAA 4FS4A 5P6PA 2HS2A 4RYGA 1AJVA 1PPME 1D4JA 1HVKA 3EL9A 3VFBA 2WEAA 2ASIA 4Y9WA 4RROA 4B05A 3VYEA 1K1UA 2UPJA 3UCBA 4QJ9A 5OZEA 2B60A 3GW5A 3INFA 4Y5EA 5ENKA 4MC1A 4NJUA 5P72A 3DV1A 3KDDA 4Y37A 2CEJA 1FEJC 1LS5A 5P49A 5P1JA 1YTGA 4HDFA 4J17A 1MPPA 4NJTA 5P4LA 3D91A 5P5AA 3H5BA 2AVOA 5DR1A 3L5BA 2JXRA 1K6CA 4Y5CA 4QGIA 3SA7A 5P17A 5I3VA 1ZJ7A 3CYXA 3HAWA 4GJ5A 1XDHA 2NXMA 2A4FA 4YD5A 4A6BA 1UH9A 3EMYA 2OHLA 5P3JA 5P3DA 5P4VA 2O4KA 2VKMA 3S45A 1TZSA 3IN3A 1EAGA 5P4CA 5P8CA 2BKSA 4RRSA 4YDGA 3FSMA 1AAQA 4OBKA 3PRSA 5P8PA 4M8XA 1HPVA 3INDA 4ZSMA 5IS4A 1DPJA 5OZSA 5P5GA 2QZKA 3NDUA 4BFDA 5P1ZA 4EJ8A 1IVQA 5SY3A 2QZLA 5DGWA 5P0MA 2IGYA 1XE6A 1J71A 2G69A 4J1KA 2R3WA 2ZE1A 3BXSA 2AVSA 3FNSA 3MSLA 3U6AA 2UXZA 3KFNA 5P0GA 4I0FA 4XX3A 4EP2A 5P8TA 2OHPA 1A9MA 3PWWA 4DJXA 3PM4A 5I70A 2B42A 5P3RA 5P81A 3N3IA 5P6TA 2HC0A 1YG9A 4Y3FA 1N49A 4HDBA 3HBOA 4J54A 4L7HA 5P65A 2V13A 4CPUA 3NXEA 4Z50A 5P7SA 5P7XA 3UQRA 5P0CA 1ER8E 1META 6APRE 1IBQA 5P7EA 3JW2A 2G22A 3PCWA 5C9BA 5P5YA 3T3CA 3NUJA 4I11A 5P6QA 3DV5A 4QJAA 3PSGA 4DQHA 2XYEA 5OZ1A 4LXKA 1GVXA 2CEMA 4B1EA 1DAZC 5B18A 4OBZA 3QVIA 2MIPA 5P1TA 3G70A 2QU3A 4A4QA 4DQFA 2G1RA 5P7WA 5P2ZA 2Q54A 5P38A 3KMYA 3QBFA 5COPA 5P2YA 2VIEA 5P5LA 2PH8A 3PMUA 3BUGA 2XFKA 5P6JA 3RTHA 4IVTA 4NJSA 5P56A 3APRE 2QHZA 4OBGA 2QHYA 3OK9A 5P6RA 5FIVA 4YBIA 1EPOE 5P53A 3RSVA 1EPQE 5P34A 1DW6C 3FX5A 5P5IA 1KJGA 4DVFA 5DR3A 5P8JA 5P2OA 1ZLFA 2R38A 1K6TA 3ER3E 1HWRA 4Y5NA 4KE1A 4EYRA 3KT5A 2QP8A 2FDDA 4FRKA 1YT9A 5AH6A 5DQ2A 5P0JA 5P6XA 1SDTA 5P1XA 5P1UA 4I8WA 2Z4OA 1HEGE 3R4BA 2I4XA 5OZ0A 4GJAA 1DP5A 1LYBB 3OQFA 4FRJA 4WY6A 2VIJA 2H6SA 5P23A 4GJDA 4HVPA 5P0YA 4Y3MA 4LAPA 5P1AA 4Y44A 3L5DA 2CENA 5KQFA 2QI4A 4AA9A 3PWMA 1B6JA 3PWRA 5P4MA 3TLHA 8HVPA 4Y38A 4JPCA 5OYUA 5P51A 2PYNA 5KR2A 5P0DA 3OGQA 2WEZA 3OU3A 5F00A 4RVXA 5IVTA 5P6OA 3S56A 5AHCA 5OZAA 4UPJA 5P3KA 4B1CA 3D1XA 3ZOVA 4K4RA 1SGZA 4Y4WA 2QHCA 4XX4A 4QJ8A 5P5EA 1EBZA 1ENTE 1FGCC 1YTIA 3ZPUA 3SA6A 1HVRA 2J9JB 2G24A 1EC3A 5HCTA 1SIVA 2I4VA 3BUFA 4Y4TA 4DQEA 2XFJA 5P1OA 5JFUA 3PCZA 2ER6E 4ZPFA 3SABA 1NPVA 1RL8A 4HZTA 3PGIA 2J9JA 4HA5A 1EPRE 2IRZA 2B8VA 2HB3A 3INHA 5P47A 3EKVA 5P15A 5APRE 1GKTA 5P6BA 4Z22A 2WF0A 5P7PA 3VLAA 5P5BA 5P25A 5P61A 2VJ6A 1AIDA 4Q1XA 4RCEA 5P2FA 1AM5A 4BFBA 3L5EA 1HVCA 4F74A 5P3YA 2QI7A 5P2DA 2RSPA 3QROA 4Y43A 4D88A 5COOA 5P0FA 4YE3A 5P1FA 2PK5A 1KJFA 2I4QA 3HZCA 1OD1A 2JYSA 3ZKXA 2ER9E 1PFZA 1M43A 2WF2A 4LC7A 4Y57A 3TOHA 1T3RA 3GGAA 3O9BA 2HPEA 1A94A 3T7XA 2WECA 5P04A 1QBRA 3U7SA 1D4KA 2HM1A 3LITA 1QBSA 1PSOE 5P8KA 4Z4XA 3KF0A 5IVSA 5JG1A 2QI5A 5P8BA 3OQDA 5OZPA 1E80E 3RVIA 2HS1A 2FLEA 4Y54A 5P26A 1GNOA 3IAWA 4RZ1A 2O4LA 1BV7A 4FM8A 1GVTA 5P4IA 4JPEA 2I4UA 1GVVA 1NH0A 3TOFA 4Y3WA 5P6NA 2ZHSA 3URLA 5EZXA 1SMEA 1APUE 3FV3A 5P24A 1LV1A 5P7OA 5P0PA 2AOHA 5P2JA 4OD9B 3OHHA 3EL0A 4BELA 1VIJA 3S2OA 2NNPA 3PMYA 2NNKA 1B6LA 4Y5PA 5P3SA 4OD9A 1QDMA 3VG1A 2AOCA 3R1GB 4TRWA 3S8IA 5P5VA 4BEKA 4PEPA 5P0SA 1TCXA 1MEUA 3OXVA 1ME6A 2AVMA 5F01A 4Y58A 1SGUA 4ER2E 4Y3ZA 4GJ7A 3OAGB 3O9AA 1D4LA 2VNMA 4YHQA 4RRNA 5KQYA 3OXWA 5P02A 4K8SA 5IVQA 4H3GA 3UQWA 3OAGA 3ZL7A 5P68A 5KR8A 2R5QA 5P6SA 5E5KA 3UDYA 3KFSA 1PROA 4Y4UA 4E43A 5BS4A 5P3BA 1IDAA 3SACA 2G20A 4DJOA 4CMSA 4FRSA 3IVIA 4PPHA 1BAIA 3IXKA 5P8EA 5P2TA 3LZSA 4QLHA 5P18A 1ZTZA 4DUSA 5HDZA 4DJVA 4Y45A 5HD0A 5HU0A 1HTGA 3AUPA 5I3XA 1HSHA 5P4FA 3INEA 4HLAA 5P4AA 1GNMA 2AOGA 4LXAA 4RYCA 2Q55A 4Y5MA 3OHFA 5P30A 4Y3EA 3K4VA 3TKWA 3ST5A 3EC0A 3LIXA 5P2BA 2OHRA 5P4OA 5OZZA 3VUCA 2QD6A 3B80A 3T7QA 5OZVA 4GJBA 5P0RA 3PVKA 4JP9A 5P63A 4S1GA 5P37A 5P2VA 5P3LA 4YBFA 1BDRA 2NR6A 1YX9A 3JVYA 2ZJKA 5P3PA 2OHQA 4ZLSA 4I10A 1HHPA 4XXSA 4Y4JA 5P5RA 5P8VA 5TOLA 4YCTA 5P0BA 3ZLQA 4B00A 3O9HA 1XE5A 2Q3KA 3CKRA 5OZ9A 1MSMA 4JOOA 4Y50A 4GIDA 5I3YA 2G1YA 5P14A 5P35A 2I4DA 1QRPE 3MWSA 2O40A 5OZFA 1FF0C 5ISKA 1M4HA 3EM4A 4FE6A 4ZEAA 2WF1A 3VV7A 3UDHA 2F3KA 1WBMA 1DIFA 3EKYA 5P7VA 5SY2A 3WZ7A 5AHBA 5OZNA 5P1KA 3IA9A 5P4KA 5P2NA 5P4PA 1APTE 4RCFA 4Y35A 5DR8A 4GMIA 7UPJA 4NKKA 2O4NA 4EQJA 3TL9A 2BPXA 5P7RA 5P7DA 3TPRA 5P36A 5E5JA 1SIPA 1HTRB 5P1RA 3DOXA 5P6KA 1TSUA 4CPRA 3L58A 5OZJA 3KN0A 2HIZA 3O9CA 5P2UA 3T7PA 4Y39A 3Q5HA 3L38A 4OBHA 3LHGA 5OZHA 2QD7A 2PH6A 4FIVA 5P0HA 5P89A 3FKTA 3UHLA 1F34A 1ZPAA 1GVUA 3ER5E 2FDEA 3TNEA 5P8AA 5HE4A 5DR4A 4QJ7A 5P1GA 3LZVA 4DFGA 2R5PA 3QBHA 3O99A 4OC6B 5P7ZA 5P0QA 1AVFA 5P4TA 3OUDB 5P44A 4ZSRA 3GI6A 1Q9PA 5HTZA 5P7NA 3QRSA 4Y3AA 3ZKMA 4OC6A 2RKGA 2VNNA 2FNTA 4IVSA 3NDWA 5P55A 3OUDA 5HDXA 5OZTA 3S54A 2P3BB 2P3AA 5P6YA 2IDWA 5P5HA 5HVPA 2P3CA 3I7EA 5OZ4A 5P8NA 2QK5A 3UDJA 3ZKQA 1FQ5A 5P0LA 4EPJA 1PSAA 1MSNA 5AH7A 5OZXA 4B1DA 4COEA 5P3OA 4RGHA 5JODA 1AXAA 3LZUA 4R93A 3U71A 2P3BA 4FLGA 5P52A 2BKTA 5J25A 4I0JA 1HVIA 4YOBA 1HVHA 5P85A 3RU1A 5P71A 1D4HA 4RVJA 5P6FA 4U8WA 5OYRA 5P2MA 3MXEA 4GZFA 3EKXA 2QZWA 1MIQA 3LZYA 4B77A 3D20A 3HDKA 3NWQA 4Y3HA 5P8LA 4ER4E 3LPKA 5P1SA 5P22A 3TPJA 4J1CA 2F81A 4NPTA 3WSJA 1LZQA 3HVGA 5P1IA 3TPPA 1MESA 5P6UA 3WZ8A 1NPAA 5P6HA 1YTHA 3Q70A 4ACUA 1B6KA 3UDMA 1TW7A 4DV9A 4U7VA 4OBZB 5P57A 3K5DA 4Y4AA 1FQ4A 3EKWA 3G72A 1GNNA 4I0ZA 3GI4A 4TVHA 5P80A 3IGBA 1SMRA 1FIVA 5P66A 3EKTA 2WL0A 4OBFA 2ZDZA 4ZSPA 2EWYA 1E82E 2NXDA 4HEGA 1B5FB 3PBZA 3K5GA 2P8HA 5P7AA 3ZKGA 4Y3QA 2WF3A 3I8WA 4H3FA 2QMDA 3I25A 1XS7D 4NJVA 3KA2A 4GJ9A 1B5FA 4ACXA 2AOIA 4B78A 3ZKSA 4Q1YA 2Q15A 5P84A 4EXHA 4YA8A 3HD8A 2OHSA 3D1YA 1FQ8A 5P4RA 5P20A 5JFPA 1T7JA 1RQ9A 1TQFA 3GGXA 5P2SA 1B6PA 1SBGA 4ZPEA 1KJ7A 3OY4A 5P07A 2IGXA 5P33A 4R91A 5P5ZA 1WKRA 5P4QA 2Q5KA 3SO9A 4Y3TA 3ZPTA 2G21A 5P5SA 1HVJA 5HDUA 5P5OA 5P5DA 2ZJLA 2ZJHA 2VS2A 1B11A 2PC0A 1MERA 3UDQA 2VA6A 4APRE 2AVVA 5AH9A 3HVPA 3RSXA 3QAAA 2P83A 1XL2A 4I1CA 3I6OA 3S7MA 1NSOA 5P7HA 1HPXA 5C9DA 4J1HA 3ZPSA 1ZPKA 4YD4A 1ODYA 1SP5A 5BRYA 2VIZA 2J9KA 2AZCA 3VFAA 4I8ZA 3B7VA 5C9FA 2AOFA 4MC2A 4R95A 5P41A 5P7FA 4FM6A 4I0DA 5P10A 2QMPA 5P1HA 1OEWA 2RENA 2APRA 4DPFA 5OYTA 4TVGA 5OZ7A 2B7ZA 4MC9A 5P3XA 3NSHA 1AZ5A 3URJA 2Q63A 5P8IA 5P5XA 5P27A 5P6LA 3SM2A 3SPKA 4KB9A 3DUYA 4WY1A 5P86A 2WF4A 5P1BA 1EC0A 2WEDA 3L5CA 4Y3NA 3KT2A 5COKA 1MT8A 2PSVA 4L7JA 1T6GA 5P0WA 2O4SA 3SA9A 3CKTA 5P3TA 3QVCA 5P03A 2JE4A 5IE1A 5P64A 4TRZA 5P45A 5P78A 4AZYA 2FXEA 3M9FA 3UFNA 5P6IA 3SFCA 1XL5A 4Y4BA 3QPJA 3KDCA 3NWXA 1D4SA 4FSEA 4LBTA 5OZ3A 4DI2A 2ZHTA 3T11A 2QNPA 4Y3DA 5OZDA 5P0TA 1SDVA 2Q11A 1FQ7A 2PSGA 1MTRA 2PWCA 2QU2A 3UF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJC A;  5P3W A;  5OZM A;  3UDK A;  2QZX A;  4LXM A;  4YDF A;  1BVG A;  5DR7 A;  1EBW A;  4Z2Z A;  1RV7 A;  3CKP A;  4GJ6 A;  2NMY A;  5P1Q A;  5KQX A;  3PJ6 A;  3EM6 A;  1LYW B;  2QMG A;  1HIV A;  1LYA B;  1T6E X;  2PK6 A;  3LPJ A;  5P6Z A;  4QJ2 A;  3SQF A;  4TRY A;  4Y3R A;  1EPP E;  1G35 A;  2I0A A;  2FIV A;  1HVL A;  4EWO A;  1LF3 A;  3IXO A;  3OUA A;  5P8G A;  5P3M A;  4DJW A;  1LYW A;  4RLD A;  4EQ0 A;  5P46 A;  5P3I A;  5P79 A;  4I0E A;  3IVH A;  1LYA A;  1PPK E;  4I12 A;  2NPH A;  1HRN A;  4Y4G A;  1W5V A;  1IVP A;  3KM4 A;  1A30 A;  2VA7 A;  3CYW A;  1T7K A;  4X2L A;  5P4J A;  2RKF A;  2ANL A;  3S53 A;  2F3E A;  1KJ4 A;  2OAH A;  4GJ8 A;  3VF7 A;  1HPO A;  1HEF E;  3OOZ A;  5P28 A;  4YCY A;  4Y3X A;  4ER1 E;  4Y4Z A;  3O9D A;  5P5N A;  3NU9 A;  3PSY A;  3QS1 A;  4YD7 A;  1Z1H A;  7HVP A;  3JVW A;  2QI6 A;  3KDB A;  3GGV A;  5P4Y A;  5P00 A;  2PSU A;  1PSN A;  2FDP A;  3QP0 A;  3QRM A;  3EXO A;  4J5J A;  5OYV A;  5P5C A;  1VIK A;  4K4Q A;  5SZ9 A;  5OZ6 A;  5P0X A;  5P2W A;  3VYD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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