4FRJA

Crystal structure of bace1 in complex with aminooxazoline xanthene 9l
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
387
structure length
373
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure- and Property-Based Design of Aminooxazoline Xanthenes as Selective, Orally Efficacious, and CNS Penetrable BACE Inhibitors for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 373
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4frjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4frjA02
2Q54A 4PHVA 1EC1A 3DCKA 1EBKC 4YBIA 3L5EA 3OU3A 5AHAA 4I11A 5P3QA 1MTBA 3D3TA 1EPRE 2FDPA 3VYDA 4DJRA 2Q11A 3OHFA 2AOJA 3BC4A 2IL2A 4DPFA 4I0FA 4K4RA 6FIVA 1DPJA 3DV5A 2HS2A 4RRSA 3OQDA 2XYFA 1MT7A 4OBJA 1N49A 4LXAA 5DR7A 5B18A 3VFBA 3D1ZA 1LYWB 1HVKA 3FV3A 1QBTA 4QLHA 3GGVA 1HIIA 5HCOA 2CEJA 3CIBA 5P7CA 3OU4A 1BBSA 5P62A 2NXDA 4Y51A 4H1EA 5I3VA 1KJ4A 3SFCA 2XFKA 3C9XA 4TRWA 1YTJA 5P2HA 3KN0A 2PC0A 4CPSA 3OWNA 5KR2A 4CPQA 2ZJHA 1F34A 4CPTA 5HU1A 1HEGE 5P3BA 5P3NA 1LS5A 3HZCA 5DQ1A 4YD3A 4AZYA 4EWOA 3BXSA 5ISJA 3TL9A 2O4PA 2P8HA 4LXKA 1WKRA 2QCIA 4NJSA 1RV7A 2QI1A 4J0YA 1QDMA 2VJ9A 4Y3PA 4DJOA 1PPKE 2Z54A 5P4MA 3ZMGA 3WB4A 2VJ6A 1BV7A 3VV8A 4CPWA 5P4XA 4Y3FA 4LC7A 2P3DA 1AM5A 1AXAA 1FLHA 3OADB 4OC6B 2QNNA 1HSGA 5P79A 4ZE6A 4I8WA 5ER1E 3EMYA 2WHHA 1D4LA 2AQUA 5OYTA 4LAPA 2RKGA 2I4QA 5P7TA 3KMXA 5P8QA 5OZXA 1HRNA 2CEMA 5I3XA 2JYSA 3UQXA 5P4CA 3SO9A 1FMXA 1G6LA 5P5AA 2R5QA 3VEUA 5P0EA 5P4RA 4GJBA 2QHCA 1K6CA 1EPLE 3INDA 3PHVA 1FFIC 2AZBA 4DH6A 2ZJMA 4FAFA 2JE4A 3T6IA 4JP9A 4F73A 5DGWA 5P54A 3NSHA 4FE6A 5IVSA 4HDFA 2JJIA 5P1GA 4DJYA 2WEAA 5P6HA 3IVIA 4RCEA 5P87A 3K4VC 2PYNA 2OF0A 1IVPA 3KA2A 1SBGA 2QD6A 5P27A 3G72A 1CZIE 4L1AB 3UHLA 5P8HA 1ZSFA 2G94A 4J1FA 1ODYA 4DQCA 4U7QA 5P0JA 5P5XA 4UPJA 4K8SA 2QD8A 5DGUA 4D89A 3CKRA 2F3FA 5P0TA 4R5NA 3NYGA 3R4BA 4TRZA 5P4GA 3OUBA 6APRE 3OUAA 4Y5PA 4ZEAA 3QRVA 2XFJA 5P1HA 5P1QA 5P3OA 3O9GA 4MC9A 3U6AA 5IVRA 1K6PA 1T7JA 4L6BA 4FSEA 2WECA 2XFIA 1BXOA 5P19A 3HVGA 3K5CA 3VYFA 4DQEA 2NPHA 1HPVA 4ZPGA 5P8TA 1HIVA 5OZGA 5E5KA 3EL0A 1K6TA 2Q5KA 4Y4UA 1ZSRA 5P49A 1E82E 3MXDA 4XKXA 1SGZA 4NKKA 1YG9A 2G27A 1FG6C 4NJTA 3APPA 2V0ZC 4RLDA 1RQ9A 1PPLE 3GI5A 3L5CA 5P18A 5CONA 1CMSA 2ASIA 5BS4A 1QBRA 3SA3A 2BPXA 1UH8A 5HDZA 3CKTA 2UY0A 1BWAA 4YCKA 2FS4A 2QI7A 4Q1WA 3K4VA 4Y3WA 2ZHSA 5P5HA 4YBFA 2QNPA 5P31A 4MC6A 3QBFA 5P4TA 5P14A 5P23A 2G22A 3O9CA 5P0PA 2I4VA 5P2MA 4XXSA 5OZ2A 2OHLA 1YTGA 4I0EA 3VG1A 2RENA 1YTHA 3GI6A 5I3YA 3OQ7A 1GNMA 3OOZA 5P1UA 1LYWA 3ZPSA 3SPKA 2G1RA 1ZTZA 4Y3NA 2HS1A 2V12C 5P7HA 3DOXA 4RVXA 4DJPA 1W50A 1G35A 4NJUA 4Y5EA 1W6HA 3DJKA 5P3HA 1XN2A 4HDPA 4DQFA 1HTRB 4Q1XA 5ER2E 1HPSA 3TTPA 1E5OE 4Y3XA 5P7NA 3R0WA 4YE3A 1W5YA 5OZOA 4RYGA 1MSMA 5P5MA 3LPKA 2PSVA 4GMIA 5P4PA 4BELA 4EP3A 3TKGA 1OEXA 2RKFA 3BGBA 3EL4A 1ZAPA 1C6YA 4J1EA 3T3CA 3T7QA 1HOSA 4DJXA 2BPVA 1RL8A 5OZDA 5P56A 5P6OA 2F81A 5P32A 5T4SA 4GB2A 5P6FA 3KT2A 2V11C 2VIZA 3I7EA 5P2OA 3OADA 4OC6A 4JOOA 1T7IA 7UPJA 3WZ7A 1YM2A 3NXEA 5P6KA 1NPVA 3UDYA 1GVTA 3L5DA 2QHYA 1APVE 2EWYA 5DPZA 2NR6A 5P40A 2IDWA 5P2ZA 1RNEA 5P7PA 5P4FA 2VNNA 3VLAA 2IRZA 1LV1A 4COEA 3EKPA 4ER4E 5OZJA 5P0XA 4EJKA 3D20A 2Q64A 5P0CA 3H5BA 2J9JB 4LP9A 3NWXA 5P0OA 5P75A 5P8JA 5P5BA 5P8NA 4DUSA 4B77A 3QP0A 4I0GA 3PSYA 2WF1A 5OZCA 3OTSA 1A94A 3I2LA 3ZL7A 4HLAA 4M8XA 1FQ6A 2RSPA 3NU4A 1VIJA 3PBZA 2A4FA 5P3DA 4F75A 2SAMA 3DCRA 3NU6A 1B6KA 2PH6A 9HVPA 4J54A 3S54A 5P1DA 1EBZA 5EZXA 2PQZA 1IZIA 3KFNA 3QRMA 4L1AA 2VA5A 1K2CA 5P5NA 5JFUA 4QJ2A 3QBHA 4I1CA 5P2AA 2BPZA 2HB2A 3QROA 3TNEA 4GJAA 4YOBA 4XX3A 5P45A 5P5ZA 1B6LA 3MWSA 5P77A 1HEFE 5P73A 5P39A 5P3ZA 5P2IA 1RPIA 4Y5GA 3S85A 1D4YA 2OHPA 2FDEA 3LIZA 4Y53A 5OYVA 1FMUA 1LYBB 1ZBGA 4OBZB 5DR4A 3O9BA 1FEJC 2RMPA 3NUOA 5P1PA 5KOQA 5P2FA 3JW2A 5P1AA 4B00A 3SA9A 4Y44A 1ODWA 1HWRA 2OAHA 1EBYA 1MPPA 5P5OA 5P7MA 3WZ6A 4EP2A 1PROA 5P0NA 5P65A 3LNKA 5P3YA 4RZ1A 5P6JA 5P0ZA 5P0GA 4Y5NA 2APRA 1HVRA 4NPUA 5P1SA 5DR1A 2O4LA 3OQAA 3EM4A 2R43A 4DJVA 5P08A 3OK9A 1GVXA 4QJAA 3OHHA 4HZTA 5P4QA 5P7RA 3PGIA 3G6ZA 1FKNA 3RVIA 3FSMA 4RCDA 1MUIA 3HVPA 3TPRA 4EYRA 3IGBA 1UH9A 1PSOE 4BFDA 2J9KA 5DQ5A 5P64A 3UDKA 2O40A 1HBVA 5OZQA 4JPCA 5P5YA 3LPJA 4TVHA 1QRPE 5P7OA 3VF3A 1K1TA 4OBHA 4JPEA 4I10A 4LBTA 4Y39A 4Y4DA 3UQPA 2ER7E 4DI2A 5P6SA 2OHUA 4Y3SA 5P7IA 3VCMA 2ANLA 2WEDA 3SAAA 4CPRA 4Y48A 3EKYA 2H6TA 4TRYA 4B1EA 4Y3QA 5OZFA 5OZ6A 3EKXA 2PWRA 1KZKA 2QI0A 4Y56A 4AMTA 3PWWA 5APRE 4Y4TA 2HIZA 2AOCA 1D4IA 4R92A 2R38A 1U8GA 5P7YA 3RTMA 1AJVA 4Y4EA 5P8IA 2HPEA 5P5QA 3KM4A 5P3SA 1APUE 5P5FA 5OYRA 5HDVA 3S43B 4EQ0A 4CPXA 2VA7A 3L3AA 5OZ8A 3OXWA 3D91A 4Z4XA 1SDVA 1W5VA 5P69A 3FX5A 1MIQA 3AUPA 5P41A 1XS7D 2OHQA 4HVPA 3VYEA 3EBZA 4Y3ZA 5P3CA 1GVVA 3O9HA 5COPA 4XX4A 4DJQA 4B1CA 4Y5BA 3IXOA 3UFNA 1LYAB 5P4VA 2I4XA 3IAWA 5P4AA 2QZXA 4DJUA 4HE9A 3KFSA 5P07A 4Y4BA 3KDCA 3LIYA 3RSXA 5P7JA 5P2RA 2BKSA 1EAGA 3EKQA 2R8NA 1G0VA 2PSGA 1WBMA 2G1OA 4Y35A 5P1KA 5P5WA 2OHSA 4QJ7A 2FNSA 3GI0A 1CPIA 2AZ8A 5OZYA 1D4HA 4QJ9A 5P4BA 2J9JA 3K1WA 3ER5E 5P6CA 3WB5A 1DMPA 4E43A 1BV9A 4GJ9A 3UQUA 4Y3GA 1AVFA 1Z1RA 1BDLA 2G24A 4R95A 3PM4A 1MEUA 4Y3RA 5P80A 2BKTA 2PYMA 1YM4A 2ZDZA 3O9FA 3LITA 2XYEA 3GW5A 4Y9WA 5P63A 3TOGA 3O99A 3WSJA 3O9AA 5P1JA 1DAZC 5P5VA 4Y3YA 3MXEA 1W6IA 1ZPAA 3HLOA 5HE7A 3BUGA 5ENKA 2F8GA 3BUFA 5P2DA 3B7VA 2HC0A 5P3WA 1IVQA 3VFAA 2FXDA 1FQ7A 2HPFA 5P6EA 2WF3A 1FGCC 4OBFA 4J0TA 5P6GA 3CMSA 3LINA 4EJLA 3MSLA 1EPOE 2ZHRA 5HU0A 1BVEA 4H3IA 1HXBA 3QAAA 2A1EA 5JG1A 1LYBA 5P2XA 3EL5A 4I0JA 1DP5A 4OBZA 4ZPEA 3VSWA 3PB5A 1HSIA 4IVSA 4DJWA 1BDRA 5P53A 4FCOA 2QZKA 3SLZA 4F76A 5P1TA 2PK6A 4J55A 4Z2ZA 4YD4A 1KJGA 1AAQA 5P26A 5BRYA 1HVSA 3EM6A 4J1CA 2FXEA 5P7XA 3ZKIA 1TQFA 1SDUA 5IVQA 3PWMA 5P2JA 3PJ6A 4TVGA 3BXRA 5P34A 3ZOVA 5P8LA 1TSUA 3Q6YA 5P5CA 5KOSA 2ER6E 5P2NA 4HEGA 3K5GA 2G1NA 3EKTA 5P3FA 5P3PA 5P76A 5OZ5A 3CYWA 2WL0A 4ZSMA 2P3AA 5OYYA 5P0LA 2G21A 1ZPKA 4FRJA 2FLEA 2UXZA 3LIQA 1SMRA 4Y50A 5P5EA 4I12A 4IVTA 2PH8A 1META 4KE1A 3NXNA 5OZAA 1K1UA 1MERA 3BRAA 1EC3A 1MSNA 1FMBA 5P0HA 3LZSA 3ZKQA 5P1OA 1JLDA 5P7LA 5P6LA 5AHCA 5P8MA 3URLA 3PSUA 1K2BA 4ZSPA 3U71A 5P51A 5P66A 3NWQA 4H3FA 3QVCA 2B60A 5F00A 3UTLA 5P0RA 4J0PA 1ER8E 2QZLA 5P4LA 2JJJA 3ER3E 4Y5KA 1MT9A 5P4SA 5BWYA 3SA6A 4JECA 5P8RA 4B1DA 5P43A 5OZLA 5P52A 4B05A 3OQFA 5DR0A 3UCBA 1BAIA 5P1ZA 4FL8A 5OYXA 4LXMA 2R9BA 5OZIA 5P6UA 3S43A 1ME6A 4Y3LA 5CLMA 5P5UA 5P2TA 3ZLQA 4F74A 6UPJA 4ACXA 5P1BA 3PMYA 4K4QA 2AOFA 3HBOA 5P02A 5P2KA 5OZ4A 3VLBA 5P3VA 3ZKNA 4QGIA 3HD8A 5P86A 5P4HA 1NPAA 1LYAA 3WZ8A 2QAKA 3QVIA 3ZKMA 1B11A 4FS4A 4Y47A 5P7VA 2VNMA 4FIVA 2ZHUA 5ENMA 3OXCA 4YDFA 7HVPA 5P74A 5P4JA 2JXRA 2AOHA 1E80E 4J1KA 1NSOA 3ZKSA 1T6EX 5P10A 2BPWA 2QI5A 1UPJA 3UDRA 5DR8A 3IN4A 5P8CA 5P4NA 5P1FA 5PEPA 2OHKA 4FSLA 4Y3EA 3PSGA 5P71A 5P5JA 3T11A 4Z22A 1HPOA 5E5JA 4B70A 3OUDB 5P2YA 2AVSA 4AA9A 1IZHA 3DK1A 3LHGA 1GKTA 2NXLA 1BILA 2QHZA 5OYWA 1BVGA 2R3TA 3LZUA 3URIA 1IZEA 3ZPUA 4Y4XA 5DQCA 5KR1A 5P2VA 4ER1E 4YCTA 5AH6A 1BWBA 3QI1A 4BFBA 5OYZA 5HDUA 5P3IA 1LF3A 3I8WA 1EEDP 3UDMA 5AH7A 3TH9A 2Q3KA 2G20A 4EXGA 4Y38A 5F01A 1ENTE 1HXWA 1TZSA 4PEPA 4OD9B 1FIVA 4GJ8A 2I4WA 2B8VA 1A9MA 2QD7A 2VIYA 2VJ7A 5P4OA 2O4SA 4Y37A 2VKMA 4J1IA 4L7JA 3QS1A 3TLHA 5P4IA 3INFA 5HD0A 3EL1A 5P6XA 1FQ4A 4I0HA 2ER0E 2P3CA 3NDTA 1LF2A 1IDBA 2QNQA 5P8AA 1GVWA 1KJHA 4S1GA 2ZHTA 3CICA 1APTE 3R1GB 5P6MA 5P36A 4DQHA 2V16C 4CPUA 5KQXA 3PCWA 3R0YA 5P0VA 5P7EA 5KR8A 5P1RA 3O9EA 1HTEA 5P1MA 3HW1A 1QS8A 5P44A 3NU9A 5P4UA 5P8BA 3UDHA 3INEA 1SH9A 2HAHA 5P7WA 4R91A 3RTHA 3GI4A 4D83A 4Y5CA 5HE5A 5P0DA 2QMDA 1FF0C 5KQFA 5P1WA 3LIXA 3I6OA 4YOAA 3VF7A 5DQ4A 5FIVA 5P6VA 1NPWA 4QJ6A 1C70A 5P8OA 1IIQA 2PWCA 1GNNA 2PSUA 2O4KA 1TW7A 4PPHA 4GZFA 5OZ1A 5P12A 5P11A 1SIPA 5P33A 3OUCA 5DR3A 3KFRA 4GJ6A 1E81E 3TPLA 4A4QA 1GVUA 2V13A 1KJ7A 3ST5A 3FNUA 5HE4A 2P83A 1TCXA 4D8CA 2I4UA 5HTZA 4I0DA 1F7AA 3N4LA 5P3EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q54 A;  4PHV A;  1EC1 A;  3DCK A;  1EBK C;  4YBI A;  3L5E A;  3OU3 A;  5AHA A;  4I11 A;  5P3Q A;  1MTB A;  3D3T A;  1EPR E;  2FDP A;  3VYD A;  4DJR A;  2Q11 A;  3OHF A;  2AOJ A;  3BC4 A;  2IL2 A;  4DPF A;  4I0F A;  4K4R A;  6FIV A;  1DPJ A;  3DV5 A;  2HS2 A;  4RRS A;  3OQD A;  2XYF A;  1MT7 A;  4OBJ A;  1N49 A;  4LXA A;  5DR7 A;  5B18 A;  3VFB A;  3D1Z A;  1LYW B;  1HVK A;  3FV3 A;  1QBT A;  4QLH A;  3GGV A;  1HII A;  5HCO A;  2CEJ A;  3CIB A;  5P7C A;  3OU4 A;  1BBS A;  5P62 A;  2NXD A;  4Y51 A;  4H1E A;  5I3V A;  1KJ4 A;  3SFC A;  2XFK A;  3C9X A;  4TRW A;  1YTJ A;  5P2H A;  3KN0 A;  2PC0 A;  4CPS A;  3OWN A;  5KR2 A;  4CPQ A;  2ZJH A;  1F34 A;  4CPT A;  5HU1 A;  1HEG E;  5P3B A;  5P3N A;  1LS5 A;  3HZC A;  5DQ1 A;  4YD3 A;  4AZY A;  4EWO A;  3BXS A;  5ISJ A;  3TL9 A;  2O4P A;  2P8H A;  4LXK A;  1WKR A;  2QCI A;  4NJS A;  1RV7 A;  2QI1 A;  4J0Y A;  1QDM A;  2VJ9 A;  4Y3P A;  4DJO A;  1PPK E;  2Z54 A;  5P4M A;  3ZMG A;  3WB4 A;  2VJ6 A;  1BV7 A;  3VV8 A;  4CPW A;  5P4X A;  4Y3F A;  4LC7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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