The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
123
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sequence length |
527
|
structure length |
513
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Chain Sequence |
VKYVVPSFSAGGLVQAMVTYEGDRNESAVFVAIRNRLHVLGPDLKSVQSLATGPAGDPGCQTCAACGPGPHGPPGDTDTKVLVLDPALPALVSCGSSLQGRCFLHDLEPQGTAVHLAAPACLFSAHHNRPDDCPDCVASPLGTRVTVVEQGQASYFYVASSLDAAVAASFSPRSVSIRRLKADASGFAPGFVALSVLPKHLVSYSIEYVHSFHTGAFVYFLTVQPASVTDDPSALHTRLARLSATEPELGDYRELVLDCRFAPGQPYPVLQVAHSAPVGAQLATELSIAEGQEVLFGVFVTGKGVGPNSVVCAFPIDLLDTLIDEGVERCCESPVHPGLRRGLDFFQSPSFCPNPPGLEALSPNTSCRHFPLLVSSSFSRVDLFNGLLGPVQVTALYVTRLDNVTVAHMGTMDGRILQVELVRSLNYLLYVSNFSLGDSGQPVQRDVSRLGDHLLFASGDQVFQVPIQGPGCRHFLTCGRCLRAWHFMGCGWCGNMCGQQKECPGSWQQDHCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal Structure of the Sema-PSI Extracellular Domain of Human RON Receptor Tyrosine Kinase.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transferase
|
source organism |
Homo sapiens
|
molecule keywords |
Macrophage-stimulating protein receptor
|
total genus |
123
|
structure length |
513
|
sequence length |
527
|
ec nomenclature |
ec
2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase. |
pdb deposition date | 2012-07-02 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF01403 | Sema | Sema domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 | ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ERY A; 3EU7 A; 3AL8 A; 4R7A B; 5HYN B; 5IGQ A; 4Z7N B; 4CC9 A; 4UI9 R; 5FXY A; 4JSN C; 2Z2O A; 2I3S A; 2P28 A; 2P9N C; 4O1Q D; 4WK0 B; 3MZK A; 2IAA A; 3AL8 B; 4J84 A; 4FAV D; 3FCU B; 3MMY A; 3RFG A; 2QC5 A; 5TEE A; 3IIY A; 4BH6 A; 4GGA A; 2P9U C; 1B9Y A; 5CYK A; 4A0B A; 4LGN A; 3IIW A; 1ERJ A; 1SSL A; 2IUR A; 5B4W A; 5CXB B; 4J79 A; 5EAP A; 4BL0 A; 3FRX A; 2H6K A; 5FKS A; 5CYK B; 3F3P A; 3KRW B; 4U1E I; 3ZE1 B; 4FAN D; 3V9F A; 4A0B B; 3RRM C; 2CO0 C; 3P4F A; 4AEZ A; 1PGU A; 4LG8 A; 2H68 A; 4MK0 B; 3UVM A; 3E0C A; 5H1M A; 3L4O D; 5I5M A; 2CN3 A; 2PM9 A; 2P9I C; 3FGB A; 5AFU 3; 1PBY B; 3NVX A; 3UVO A; 1MG2 A; 4J77 A; 3OL2 A; 4WK4 B; 1A0R B; 4OWR A; 2AH1 A; 2CO0 A; 3OKT A; 3J80 g; 3ZE0 B; 2H6Q A; 4J0X A; 2PM7 B; 1YUK A; 5HQG A; 4H5J A; 3OL2 B; 4A7J A; 4A09 A; 4IMM A; 2HYE A; 2G9A A; 3SBR A; 5E6S B; 3I7K A; 4NSX A; 5FA5 B; 2AGY A; 5TF2 A; 4JSP C; 3UVN A; 4K3I D; 2YNN A; 2GC7 A; 4GGC A; 4PC0 A; 3PSC B; 4AOW A; 2AQ5 A; 1L0Q A; 3SLE D; 4Y5R D; 2AGZ A; 5GXH A; 1OLZ A; 4GM9 A; 2H9L A; 5HE3 B; 4CY1 A; 4CI8 A; 4A08 B; 4XYH A; 3EI3 B; 1PEV A; 3PXW D; 4L3H D; 4BUJ C; 3JPX A; 3K26 A; 1QNI A; 4IA9 A; 4J78 A; 2UZX B; 3DSM A; 4OZU A; 4A0A A; 3ZWL B; 4GM8 A; 2B5N A; 4X63 B; 3NIF B; 3JAM g; 4G56 B; 5I5J A; 3KRX B; 2YNO A; 3RFH A; 3DXK C; 2XL2 A; 3UR4 A; 4D6V A; 1TYQ C; 1YFQ A; 3CFS B; 5E6U B; 3SFZ A; 1RI6 A; 2P9S C; 4ESG A; 4LG9 A; 3W15 A; 5FKT A; 5IJ8 E; 2CN2 A; 3A0F A; 4A2M A; 2GC4 A; 1K8K C; 4D0K A; 4CI1 A; 4H5I A; 4CZV A; 4Z7Q B; 3ORV D; 3VGZ A; 4J81 A; 4HDJ A; 4A11 A; 3N0D A; 2H14 A; 4K3J B; 4ES0 A; 3MXX A; 4ERQ A; 4GMB A; 1SQJ A; 3AL9 A; 4J86 A; 3FM0 A; 4E5Z A; 2B5L A; 3T3M B; 4O9D A; 2VDM B; 4CZY A; 4ZOX A; 2CE9 A; 3BG0 A; 2HJ4 A; 5K19 A; 2O9K A; 4PXW A; 1JMX B; 2P9P C; 3JZG A; 1SHY B; 3RN1 D; 4ZOZ A; 4FA4 D; 5EMM B; 2AGX A; 3NIG B; 5EMJ B; 4GQB B; 3L4M D; 3DXM C; 2BCJ B; 3NID B; 4E54 A; 3I7H A; 2H47 A; 4JD2 C; 5HE0 B; 5CXC A; 3PVU B; 4GM3 A; 1N6E A; 3ODT A; 5GSA A; 4JSX C; 2Z2N A; 2HKM A; 3BWS A; 4EWR A; 5JWZ A; 3PSL A; 5IGO A; 2Q7Q A; 3C5M A; 4KFM B; 5TDH B; 2B4E A; 2VDQ B; 3OKY A; 5CXC B; 4J87 A; 2B5M A; 3CFV A; 3SN6 B; 4Z8L A; 1U2V C; 2PM9 B; 2AGL A; 3EMH A; 3OW8 A; 3RSE C; 4JT6 C; 3EWE A; 2Z2P A; 3F3G A; 4PBZ A; 2GNQ A; 5EAL A; 1XHM A; 4JXM A; 3IKO A; 1MDA H; 4GGD A; 5GXI A; 3ZDY B; 1VYH C; 4UM9 B; 1JOF A; 3I7L A; 2OK6 A; 3PE7 A; 2EBS A; 3ULE C; 4A09 B; 2VDL B; 2P26 A; 4CI3 A; 2VDR B; 1B9X A; 2H9N A; 3C99 A; 2OVQ B; 2J56 H; 3NVQ A; 2XU7 A; 3PXS D; 2I0T A; 3ZDX B; 5FKR A; 3V7D B; 4FA1 D; 2AH0 A; 3GFC A; 1TBG A; 1NR0 A; 3IJ1 A; 3U4Y A; 5EAM A; 3UVL A; 4O45 A; 4O3U B; 2YB8 B; 3IJ0 A; 2J55 H; 2HJB A; 5GMK n; 3N0E A; 3T3P B; 4XYI A; 5HE2 B; 1MG3 A; 2VC2 B; 2H9P A; 2I0R A; 3GRE A; 4CY3 A; 5H14 A; 3IJC A; 4ZOV A; 1XKS A; 3C9C A; 4JT5 C; 5EM2 A; 5AJA A; 3I8C A; 3SHF A; 4A0A B; 4UM8 B; 2H9M A; 2G99 A; 1K32 A; 4PNK B; 2H13 A; 2P9K C; 5TEF A; 3UKU C; 3VH0 A; 4XEI C; 4CY2 A; 5E6R B; 3F3F A; 2HKR A; 4Z7O B; 3AFC A; 4J82 A; 4J8G A; 2OIZ A; 1PI6 A; 5IC7 A; 5C2V B; 3I8E A; 3OKW A; 4J0W A; 4QL1 A; 3JRP A; 4Y7R A; 3EI1 A; 3SXT D; 3V5W B; 2IUQ A; 1GXR A; 4X60 B; 4GQ2 P; 3VI3 B; 1OMW B; 4L3G D; 4A11 B; 4FB1 D; 4J8B A; 4CI2 A; 3J81 g; 3EI2 A; 2IWK A; 3VI4 B; 2H6N A; 2YNP A; 4UM9 D; 1N6D A; 4CZX A; 4E5Z B; 2HXC A; 1U8C B; 3MKS B; 3MZL A; 3EI4 A; 3EI2 B; 2W18 A; 4X61 B; 1R5M A; 5AMS A; 3SBP A; 3JRO A; 5KDO B; 1XIP A; 2YBA A; 5IJ7 E; 3EI4 B; 5I5I A; 2MTA H; 4GQ1 A; 4ERZ A; 2QXV A; 5CXB A; 4CY5 A; 5FKQ A; 2IUP A; 4A2L A; 3VA6 A; 2I0S A; 4N14 A; 3RLM D; 4E54 B; 3EG6 A; 2OJY A; 2IUV A; 3UVK A; 5EMK B; 3PXT D; 5EML B; 3JB9 L; 3ZE2 B; 5THA A; 4U7A A; 1Q47 A; 2YMU A; 2VDK B; 1S4U X; 3C75 H; 3OKY B; 4QT8 A; 2IWF A; 3NVN A; 5FQD A; 3BG1 A; 5H17 A; 4YVD A; 5A2Q g; 2OK4 A; 4WK2 B; 5SXM A; 2VDN B; 1SQ9 A; 1TYE B; 4WJK B; 5C9Z B; 3SWS D; 3HFQ A; 2CE8 A; 5HE1 B; 5K1C C; 2I3T A; 1NEX B; 3PVW B; 3I2N A; 4QQE A; 1FWX A; 2VDO B; 3SVW D; 3SCY A; 4GZ8 A; 4ZOY A; 4QRJ A; 1N6F A; 2PBI B; 5C2W B; 3K27 A; 3B7F A; 2UZY B; 3JZH A; 5IT9 g; 4L9O A; 5FLX g; 4A08 A; 3SJL D; 3AH8 B; 4PSW B; 3EI3 A; 4I79 A; 2VDP B; 5HDB B; 4O3T B; 4PSX B; 3OTT A; 3JZN A; 3I89 A; 2PM6 B; 5EAR A; 4ZN4 A; 3SBQ A; 3DWL C; 3I7O A; 4J73 A; 4FA9 D; 2BBK H; 2AGW A; 2HES X; 1P22 A; 4TZ4 A; 2CNX A; 4PBY A; 3RN0 D; 3SMR A; 1JJU B; 1GG2 B; 5EM2 B; 4FHL A; 3RMZ D; 3I7P A; 4JSV C; 3MKQ A; 1GP2 B; 4FA5 D; 1GOT B; 2XYI A; 2P9L C; 2XL3 A; 2J57 G; 1JMZ B; 3I7N A; 3DM0 A; 4X3E A; 2OVP B; 4FWW A; 2TRC B; 1U4C A; 3UKR C; 3ZDZ B; 3EI1 B; 2OVR B; 2H3X A; 4L1Q D; 3CIK B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JV2 A; 4ERY A; 3EU7 A; 3T3M A; 3AL8 A; 4R7A B; 2VDM A; 5HYN B; 5IGQ A; 4Z7N B; 4CC9 A; 4UI9 R; 5FXY A; 4JSN C; 2Z2O A; 2I3S A; 1GOH A; 5M61 A; 2P28 A; 2P9N C; 3IUN A; 4O1Q D; 4WK0 B; 3MZK A; 2IAA A; 3AL8 B; 4AN1 A; 4J84 A; 1E8N A; 4FAV D; 3FCU B; 3MMY A; 3RFG A; 2QC5 A; 3NIG A; 5TEE A; 3IIY A; 4BH6 A; 4GGA A; 2P9U C; 1B9Y A; 5CYK A; 3ZE1 A; 4A0B A; 4LGN A; 3IIW A; 1ERJ A; 1SSL A; 2IUR A; 5B4W A; 5CXB B; 4J79 A; 5EAP A; 4BL0 A; 3FRX A; 1O6F A; 2H6K A; 5FKS A; 5CYK B; 3F3P A; 3KRW B; 4U1E I; 3ZE1 B; 4FAN D; 3V9F A; 4A0B B; 3RRM C; 2CO0 C; 3P4F A; 2VDQ A; 4AEZ A; 1PGU A; 4LG8 A; 2H68 A; 3O4H A; 4MK0 B; 3UVM A; 3E0C A; 5H1M A; 3L4O D; 4WK4 A; 4QAM A; 5I5M A; 2CN3 A; 2PM9 A; 2P9I C; 3FGB A; 5AFU 3; 1PBY B; 3V4V A; 4BP8 A; 3NVX A; 3UVO A; 3ZE0 A; 1MG2 A; 4J77 A; 4NBM A; 3OL2 A; 4WK4 B; 1A0R B; 4OWR A; 2AH1 A; 1C9L A; 5E6S A; 4UM9 A; 2CO0 A; 3OKT A; 3J80 g; 3ZE0 B; 2H6Q A; 1VE6 A; 2EIC A; 4J0X A; 2PM7 B; 1YUK A; 5HQG A; 4H5J A; 3OL2 B; 4A7J A; 4A09 A; 4IMM A; 2HYE A; 1UOQ A; 2G9A A; 2QZP A; 3SBR A; 2VDR A; 5E6S B; 3I7K A; 4NSX A; 5FA5 B; 2AGY A; 5TF2 A; 4JSP C; 3UVN A; 4K3I D; 2YNN A; 2GC7 A; 4AMY A; 4GGC A; 4PC0 A; 3ZDX A; 3PSC B; 4AOW A; 2AQ5 A; 1L0Q A; 1UTC A; 3SLE D; 4Y5R D; 1UOP A; 2AGZ A; 3IUR A; 5GXH A; 1OLZ A; 4DNV A; 4GM9 A; 2H9L A; 5HE3 B; 4CY1 A; 4CI8 A; 4A08 B; 4XYH A; 4MMY A; 3EI3 B; 1PEV A; 3T3P A; 3PXW D; 4L3H D; 4BUJ C; 3JPX A; 2VC2 A; 3K26 A; 5M5U A; 1QNI A; 4IA9 A; 3IVM A; 2QR5 A; 4J78 A; 2UZX B; 3DSM A; 3NIF A; 4DNU A; 4OZU A; 3O4J A; 4A0A A; 3ZWL B; 1H2W A; 4GM8 A; 2B5N A; 4MMZ A; 4X63 B; 3MVD K; 3NIF B; 3JAM g; 4G56 B; 5I5J A; 3KRX B; 2YNO A; 3RFH A; 3DXK C; 4RE6 A; 2XL2 A; 3UR4 A; 4D6V A; 1TYQ C; 1YFQ A; 2EIB A; 3CFS B; 5E6U B; 3SFZ A; 1RI6 A; 2P9S C; 4ESG A; 4LG9 A; 3W15 A; 5FKT A; 5IJ8 E; 2CN2 A; 3A0F A; 3EQ8 A; 5M5R A; 4A2M A; 2GC4 A; 1K8K C; 4D0K A; 4CI1 A; 1I2M B; 4H5I A; 4CZV A; 4Z7Q B; 3ORV D; 3VGZ A; 2VZ1 A; 3DDU A; 4J81 A; 1QFM A; 4HDJ A; 3O4G A; 4A11 A; 4O02 A; 3N0D A; 2H14 A; 4K3J B; 4ES0 A; 3IUQ A; 3MXX A; 3O4I A; 4ERQ A; 3VI4 A; 4GMB A; 1SQJ A; 3AL9 A; 4J86 A; 3FM0 A; 4E5Z A; 2B5L A; 1U8C A; 3T3M B; 4O9D A; 2VDM B; 4CZY A; 4ZOX A; 2CE9 A; 3BG0 A; 1K3I A; 2HJ4 A; 5K19 A; 2O9K A; 4PXW A; 1JMX B; 2P9P C; 3JZG A; 1SHY B; 3NID A; 3RN1 D; 2WQ8 A; 4ZOZ A; 4FA4 D; 5EMM B; 2AGX A; 4JHN A; 3NIG B; 4G55 A; 5EMJ B; 4GQB B; 3L4M D; 3DXM C; 3GD1 I; 2BCJ B; 3NID B; 4E54 A; 3I7H A; 2H47 A; 4JD2 C; 5HE0 B; 5CXC A; 1QFS A; 3PVU B; 2HU7 A; 4GM3 A; 1N6E A; 3ODT A; 5GSA A; 4JSX C; 2Z2N A; 2HKM A; 3BWS A; 1GOG A; 4EWR A; 4G1E A; 5JWZ A; 3PSL A; 5IGO A; 2VDK A; 2Q7Q A; 3C5M A; 2EID A; 4KFM B; 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