4FZXC

Exonuclease x in complex with 3' overhanging duplex dna
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 38
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzxC00
4DFPA 1RTDA 3DRSA 1J54A 3K5LA 4DSFA 4OPKA 3OYEA 5KGXA 1ASVA 4DQSA 2DTUA 3SV4A 4OKJA 3NF6A 3AA4A 3QEWA 3DOLA 2HVHA 3V81A 3DMJA 2KZZA 1RTHA 4C8KA 4M3WA 2B4JA 3LWLA 4O44A 4C8NA 2VWKA 5CYQA 3OY9A 3C95A 3PX6A 2Y1IA 4FLZA 3SUOA 1BL3A 4PY5A 2HVIA 3SYZA 1G15A 2VG6A 4CJPA 4FCYA 3S3OA 4B9TA 1KCFA 1VSHA 4CF9A 4L8RB 1U04A 1T8EA 1XWLA 4NYFA 3SQ4A 5DK5A 4FM2A 1NK8A 3RR7A 4B9VA 1TK5A 4EZ9A 3HT3A 4DTPA 4GVMA 1WSGA 4CJWA 3AVJA 1JLEA 1S6QA 4DTOA 2G8IA 1UWBA 4AHTA 4EZ6A 1IO2A 2YNIA 2P1JA 2IGIA 4GW6A 4AHCA 4CIFA 1NK6A 2G8HA 1ZBUA 2PYJA 3AVBA 4DS5A 4FK4A 1C6VA 2F96A 4KI6A 4B3OA 1BQNA 3O3HA 3NGZA 3OVNA 1QS4A 3SCXA 1LAWA 4KFBA 2A1SA 4ZHRA 4FLXA 4DTUA 1SKWA 4CGHA 4M3YA 3SJJA 3SPYA 3HVTA 4HUGA 1BIUA 3K59A 5HRRA 5J2PA 4LY7A 1RBVA 4CJ4A 3S3MA 1KLMA 2KFNA 4M3TA 1ZBIA 5SWMA 4FJKA 4BACA 4LH5A 1KSPA 3DLRA 4FZXC 1W9HA 4JRPA 1WN7A 1ZYQA 3ZSWA 5C24A 4DF8A 4J2AA 4LSNA 3O4QA 1S9EA 3SZ2A 4KHSA 5K14A 2X6NA 4FK2A 4KHWA 1BI4A 3IRXA 4DQPA 2BGGA 1RCHA 4E7JA 1JLQA 4M3RA 3OYDA 3MEGA 4KKOA 4Y1DA 3SUNA 4BE1A 1Q9XA 3HXMA 1SUQA 2YNHA 2HB5A 3P83D 4CEQA 1UA1A 4RW8A 2YKNA 3LZIA 3NH0A 2HNYA 4DWIA 1RDDA 4LSLA 3AV9A 1YVUA 4CF1A 4DFMA 2OYQA 4KB0A 4FJJA 3QESA 4DSIA 4FLUA 3OYLA 5E41A 3U3YA 3IAYA 4JS4A 3K5OA 2XY5A 3C94A 4OGCA 4DSLA 3QIPA 4DS4A 4OJRA 4FLWA 3TAQA 4FJ9A 1B9DA 3TANA 4Z4CA 2QXFA 3KJVA 5KRTA 3AVNA 4CJVA 4KHNA 1NKCA 4QAGA 4CJRA 1TK0A 4DTXA 2Z1IA 5FRMA 4E7LA 1MU2A 3TARA 2G8WA 3AVAA 1C1CA 2ZE2A 1GOAA 1IKYA 3AO2A 3QETA 1QHTA 3C6TA 4CJSA 2Z1JA 2PYLA 3L8BA 4DSEA 1RT1A 3IS9A 4FVMA 4LD0A 3ZT1A 5J2MA 2OPQA 4YFUA 3U6FA 3AVKA 5DMRA 4F4KA 3I8DA 2FBXA 2OPSA 1RT3A 3NE6A 3SQ0A 2BE2A 4CHOA 3B6PA 4M45A 2DFFA 1U48A 2D0BA 2Z1HA 2DFHA 1BISA 3NAEA 4ZTFA 1SKSA 2HHWA 1C1BA 3KK1A 2P5GA 1N5YA 2FBTA 2LSNA 1WSFA 1VSIA 1WSEA 3OYBA 4KTWA 3LDSA 3LPTA 1S1TA 2XY8A 4DTNA 2BDPA 4F3OA 3NHGA 2B6AA 2YNGA 3AVLA 3T19A 1HMVA 4DLEA 1Y97A 4LH4A 2XY7A 4JRQA 1X9SA 1N6QA 1KVAA 4K8XA 3LWMA 3TI0A 2HNZA 3M8RA 4CGFA 1I39A 4CEAA 2ITGA 1TAQA 4KAZA 1TL3A 4H4OA 3PX0A 4H8KA 4CJQA 3KLFA 1BQMA 1LW0A 1RBSA 1RT2A 1WAFA 3QIOA 4G1QA 4WE1A 3WNHA 4HCCA 4FK0A 1D9FA 2JLEA 2ZQBA 3I0SA 2IOCA 1NJXA 1ZBFA 3OS1A 2OPPA 3RMAA 4CESA 2OZSA 3QINA 4I9LA 3AVIA 4I2QA 3EYZA 3K5NA 3DLBA 3DLEA 4O5BA 2RF2A 3SUQA 3QEXA 2EHGA 3E01A 3MECA 4CEOA 2HMIA 3ITHA 3SI6A 4ICLA 4CE9A 4O0IA 1TKXA 3T1AA 3I0RA 1SV5A 3OYKA 1O1WA 3L2QA 4KREA 3JYTA 4FM0A 4FJGA 4M3UA 1I3AA 1B9FA 3KIOA 2GV9A 4E3SA 3QNOA 4FLTA 2O4IA 5JS2A 2YHAA 4CGGA 1UA0A 4B9UA 3WNFA 3ZT0A 4KHUA 3CYMA 3DLGA 4RW6A 4DFJA 2XRIA 3ALYA 3HSTB 3L3VA 1WNSA 4DQIA 4M42A 3KK2A 3EY1A 3VQDA 1NK7A 1T7PA 5HRNA 3A2FA 3K5MA 2G8VA 4J2EA 3KLIA 2ETJA 4NYNA 4DMNA 1RTIA 4E7KA 1TKDA 1QTMA 1EETA 2OA8A 4AH9A 1LV5A 4CHZA 4QCLA 2Z1GA 3RMDA 1QQCA 1KVCA 5HBMA 1U49A 4FXDA 1S1WA 2JGUA 3PX4A 4AHRA 5I3UA 4C8MA 1NK0A 4B8CA 1JL1A 1HYSA 1A5XA 3IG1A 4N5SA 3L2RA 1NK5A 2OZMA 1JLAA 2RKIA 3SV3A 3PO5A 4FJXA 4QOZB 2KTQA 3OYMA 1LWCA 2HHXA 4B08A 4IG0A 3AVFA 3CM5A 3SQ2A 1QSSA 2D5RA 4C8OA 3CG7A 2KW4A 1L3UA 1DTTA 3HPHA 3MXMA 4CF2A 3AO4A 3D0PA 4E7IA 4CEFA 3ZSOA 3HYFA 3OYIA 3NF9A 4CECA 4DU3A 4CEEA 4CFAA 3HJFA 4B9MA 3QLHA 4BE0A 4N47A 3ZT4A 1U4BA 1ZBLA 3G10A 4E0DA 4HHTA 1EXQA 3V9WA 3L2UA 2HHVA 3SPZA 1WSHA 3NFAA 4EP4A 2P51A 3ZCMA 1D5AA 3D45A 4ID5A 2WONA 1UAXA 3OJUA 4CJUA 5KTQA 4KO0A 1T05A 2E6MA 4ELUA 3SQ1A 4CEZA 2QKBA 3KK3A 3DLKA 4NCAA 3CQ8A 1NJWA 1RTJA 3MEDA 3V4IA 4KTQA 3VQ4A 4HCBA 4AILC 1S1XA 1QSYA 3BDPA 3RRGA 4Z0UA 2DY4A 4CK2A 3ZSYA 4Z4IA 1C0MA 3U3GA 4E1NA 3RMCA 4CGJA 2FC0A 5KGWA 2X74A 4DLGA 1EX4A 3ZT3A 3HO1A 1LWFA 3MXIA 1S9GA 1B92A 4I7FA 1SKRA 4BWJA 4J2BA 2IDOA 1RDCA 4MFBA 4E7HA 1X1PA 3NGIA 3LP0A 3LP3A 1CZBA 5CY4A 3OYGA 5J2NA 3KTQA 3TAPA 1LWEA 1C0TA 2F8TA 1VSKA 3RMBA 3DYAA 4CGIA 3MXJA 3VQEA 4B8AB 3B6OA 3HP9A 5KRSA 4W5QA 4K8ZA 1HQEA 3K58A 3LP2A 3HVRA 1JL2A 2AJQA 4Z4HA 4AHSA 3VQ8A 4HTUA 3OS2A 1HYVA 3LAMA 3OYNA 3C6UA 1NJYA 4M3XA 2GBZA 1QSLA 1WLJA 1YTUA 3SUPA 4OLAA 1TAUA 3AO1A 4W5TA 3TWHA 1XI1A 2DFEA 3H08A 1VSLA 1VRTA 2FBVA 3DLHA 5C25A 1Q9YA 3O3FA 5HROA 4E1MA 5KI6A 1BHLA 1Q8IA 2FBYA 3P5JA 4IFVA 3KLHA 4Q5VA 1WSJA 2HHTA 3LAKA 3TAEA 1FXXA 3TR8A 3ZSXA 1UOCA 1RT4A 1SL0A 3CFOA 2OPRA 4CJTA 1RDBA 1TKTA 4BDPA 3SNNA 3OYCA 2XY6A 3UIQA 1KVBA 3VQQA 2VWJA 4CFCA 1KFDA 4KV8A 4N41A 4CHNA 1RT5A 4JLHA 3VQAA 4TSXA 4CJ3A 1S6PA 4DF4A 1KLNA 1NKEA 4C8LA 4PQUA 4FJ5A 4BDYA 2X78A 4FZZA 2BANA 2I5JA 4N56A 2IS3A 4W5OA 1KTQA 4FJMA 3MEEA 4HVJA 1CXQA 3F9KA 2E6LA 4PA1A 3VQBA 4ZTJA 3M8PA 1EKEA 1XHXA 1J53A 3L3UA 4CHQA 3HK2A 1RT6A 3ULDA 3RWUA 4BE2A 1L3VA 1FKOA 1HQUA 4CJ5A 4DG1A 4CERA 3OYJA 2YHBA 5HP1A 5SZTA 4CCHA 1LAVA 3QEIA 3V1RA 1A5VA 3V9ZA 2QK9A 3HPOA 4W5NA 1TVRA 1YT3A 2E4LA 5EU7A 1KFSA 1YTAA 3AVGA 2D0AA 1IH7A 3VQ7A 2KFZA 5T7BA 4UQGA 2PY5A 1KRPA 3ZSVA 1TK8A 3ISNC 1S1UA 4NCGA 4FW1A 3HM9A 4RW9A 4RW7A 4W5RA 2P5OA 1C1AA 3CFRA 1WAJA 5JS1A 2XO7A 3M8SA 3NCIA 1NOYA 1SL1A 3PO4A 3F73A 1TL1A 3ZSRA 3VQPA 4JS5A 1IKWA 3QERA 3THVA 3T3FA 4OVLA 1NK4A 4M3ZA 4B9NA 4N76A 3QO9A 4CFDA 3MAQA 3DOKA 2G8UA 1BGXT 2QKKA 1JLGA 4OLBA 4FW2A 3WNGA 4CHPA 1BCMA 4CIGA 1L5UA 1Z25A 2R7YA 4IKFA 2Q3SA 2XHBA 1L3TA 2D0CA 2YNFA 4O55A 1HNIA 4CFBA 1NKBA 4ID1A 1NOZA 4DTSA 4DFKA 1S1VA 2KZMA 3NF7A 5FDLA 1HYZA 3AVCA 5J1EA 3FFIA 4HUFA 2X6SA 2VG5A 3RTVA 2WOMA 3PY8A 4IG3A 3K57A 1RNHA 4DU1A 2PZSA 1J5OA 3OYHA 1CLQA 1REVA 2YKMA 1L3SA 3KD5E 4CF0A 1RT7A 1S5JA 4OKKA 1HJRA 1IKVA 4M41A 4FM1A 4B9LA 4KB1A 1IKXA 3QNNA 4FJ8A 5HRSA 4ELTA 4DQRA 2F8SA 3OYFA 1HPZA 3DRPA 3VN5A 1ASWA 4DTRA 2HHSA 4KPYA 2GUIA 2IC3A 3AVHA 4CJFA 4BDZA 4KI4A 1TGOA 4CGDA 3V1OA 1ITGA 3O3GA 1IG9A 5I42A 1VSMA 3NGYA 3AO5A 1BIZA 3NDKA 4AHUA 1D8YA 1JLFA 1A5WA 3RR8A 4DTMA 3NBPA 2B5JA 1SL2A 5D3GA 3AA5X 1VSEA 1HRHA 1VSJA 3AO3A 3QEVA 1D9DA 4B9SA 4FLYA 4FYDA 3V9UA 2ZD1A 4Q0BA 3AA2A 4IDKA 3VQ6A 2HW3A 2Y1JA 1X9MA 4KHQA 4NCBA 4KHYA 1TKZA 4AHVA 2RN2A 1DTQA 3CM6A 4KTZA 3ZSQA 3KD1E 2G8FA 3VQ5A 1ASUA 2O4GA 1F21A 2W42A 4DTJA 4Z4EA 1XHZA 1GOCA 4O4GA 3S9HA 4DSKA 1WSIA 4ELVA 3OYAA 4DU4A 1FKPA 4R5PA 3LALA 4RW4A 5CYMA 4EP5A 4RG8A 4PWDA 2HNDA 3VQCA 3HP6A 3L2VA 3LP1A 1XC9A 4CJEA 3QEPA 3LPUA 3L2WA 3TAMA 5FRNA 4FJIA 3NH2A 4IBNA 3TABA 1Z26A 1HNVA 4XIUA 5HLFA 1JLCA 3TAGA 1GOBA 4J2DA 2G8KA 1VRUA 1RILA 4I2PA 1K6YA 3HL8A 1NJZA 4FJNA 3AVMA 3G0ZA 3M8QA 3JSMA 4Z4FA 4CJKA 2RPIA 4CHYA 4FJ7A 3PUFA 3ZT2A 3V1QA 2KQ2A 3OS0A 5CZ2A 1JKHA 3KKSA 1U47A 3BGRA 1T03A 1CZ9A 4GMJB 2HHQA 1RDAA 1BCOA 1VSDA 4BWMA 1LW2A 3VA0A 3V6DA 4I9QA 3WNEA 3NF8A 4Y1CA 2VG7A 3HPGA 4FJLA 1TV6A 4CK1A 4CEDA 5C42A 3O4NA 1VK0A 1FK9A 1QE1A 1R0AA 3VA3A 1JLBA 3KLEA 3V9XA 3RRHA 2ATQA 4F2SA 4FJHA 3DI6A 1EP4A 1RBRA 3KKRA 3DRRA 3CFPA 3PV8A 4OGEA 4F2RA 4PUOA 3ASMA 3LANA 4E89A 2YV0X 1VSFA 2EX3A 5HRPA 1ZBHA 1JXBA 3KLGA 2IAJA 1J9AA 4OKEA 4CEBA 4OPJA 1DLOA 4FLVA 3V9SA 1BI4B 4F3TA 3DM2A 3P1GA 1NK9A 4FZYA 4E19A 1U45A 3S3NA 4F8RA 5J2QA 2A1RA 4DSJA 3NH1A 4IFYA 4CIEA 3EZ5A 1JXEA 4DQQA 2NUBA 4HUEA 4Z4GA 3VQ9A 1RBTA 5CZ1A 4CF8A 3LZJA 2HHUA 1RBUA 4MQ3A 3AA3A 3TAFA 4H4MA 1W0HA 4O0JA 4CK3A 4YNQA 5FROA 1C0UA 4KRFA 3ZSZA 1CXUA 4CJLA 3OJSA 1X9WA 3K2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZIA 3DRSA 1J54A 5KGXA 4DQSA 3DXKB 3QEWA 5AQVA 3AA4A 3PSIA 3DOLA 2HOEA 2KZZA 1VQ7N 3FZKA 1Z6RA 5CYQA 3OY9A 1Q86O 2Y1IA 3J80O 4BR4A 3SUOA 5KQ8A 3O5BA 1BL3A 4PY5A 3OHRA 3T69A 3SYZA 1G15A 3S3OA 2OANA 4BRQA 5AZJA 4DTPA 4MO4A 4GVMA 1WSGA 4CBWA 4CJWA 3AVJA 4DTOA 2G8IA 1DKGD 4EZ6A 2IGIA 4GW6A 4AHCA 4CIFA 1C6VA 1BQNA 2F4VK 4FJNA 1SKWA 1LAWA 4WQ5C 4FLXA 2AA4A 4WYBA 3SJJA 3HVTA 4HUGA 1BIUA 4JHDB 4U67L 2Q36A 2UXBK 1XUPO 3VPZA 1E4FT 3RSEB 2KLAA 5FPMA 1GLLO 3DLRA 4FZXC 1WN7A 3CCQN 4LSNA 3AY9A 1LOTB 4KHSA 4H0OA 1T6CA 4C1NK 4DQPA 4E7JA 1Q9XA 2YNHA 3Q7CA 1UA1A 2WUSA 4B1ZA 2Q97A 3O80A 4CF1A 3QESA 1Z05A 1YHQN 3K5OA 4CBUA 3QIPA 1SAZA 2PAVA 4OJRA 2Q2RA 3P4IA 1B9DA 4KH6A 4YOWA 2NRTA 3CCJN 3TANA 1IBMK 3AVNA 2P9NB 4CJVA 5FRMA 4EHTA 5AQJA 2QA4N 3TARA 3IMXA 2ZE2A 3QETA 3WXKA 1QHTA 4CJSA 3JXUA 4A2AA 4FVMA 1WBBA 2OPQA 4YFUA 3R9PA 2ZF5O 1YJNN 3NE6A 4M45A 2DFFA 5AQRA 3CC4N 2P5GA 1N5YA 3P31A 1VSIA 3EL2A 4XH5A 2WTUA 4F3OA 1N33K 4B3MK 4DLEA 1Y97A 4LH4A 4BRDA 3VEVA 3O08A 4JRQA 4LFAK 2HNZA 2ITGA 4KAZA 3CMAN 4LF6K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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