4FZXC

Exonuclease x in complex with 3' overhanging duplex dna
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 38
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzxC00
1KTQA 3SUQA 4B8AB 4Z4HA 3NHGA 1R0AA 1TK0A 5D3GA 1CZBA 1RT7A 1HQEA 4B9LA 1TK5A 3AVKA 3NGYA 4AHRA 4CJ5A 1S1TA 5C25A 2RKIA 3ASMA 2Z1IA 4N5SA 2XY6A 2G8HA 4KHQA 3HPGA 1TVRA 3DLGA 1KCFA 4CFAA 1BL3A 3ZT2A 2OPQA 2YV0X 3L8BA 3MXJA 1CXUA 2B6AA 4GVMA 1LWCA 1L3UA 1UAXA 3NH1A 1U48A 2VG7A 4JRQA 4KAZA 1QHTA 4JS5A 3QEIA 2F8TA 1NJZA 1FXXA 4H4OA 5CZ1A 4IG0A 3JSMA 1Q9YA 4DU4A 1U47A 4Q5VA 4CEEA 1WSEA 1JL2A 3AVCA 1IKVA 3QLHA 4CGHA 4CFDA 1L3SA 4F2SA 3TAMA 4M3YA 1ZBUA 2VG6A 4TSXA 3AVGA 4HVJA 4GW6A 3JYTA 4DTUA 3QERA 4K8ZA 3NF9A 2R7YA 1DTTA 4B08A 3TAEA 4M42A 3L3UA 3SNNA 4CFCA 4FJ8A 4PUOA 3K59A 1C1AA 1Q8IA 3FFIA 4CERA 4DF8A 1BIUA 4CEQA 3TANA 1JXBA 4FJGA 4C8KA 1JLCA 3MECA 3O3FA 1T8EA 2KTQA 2DTUA 3CFRA 4FJXA 3ZT0A 2KW4A 1IKYA 2HHSA 4IFYA 2D0AA 4DS5A 3PV8A 4F3OA 3VQCA 4MQ3A 3O4NA 4F8RA 4EP5A 2OYQA 4OLBA 1VRTA 3SV3A 4Z4CA 3V9XA 4OPJA 3DLRA 3AVMA 4I2QA 3QETA 3D0PA 1X9WA 3LZIA 2IC3A 4F3TA 1C1BA 2HHXA 4E7JA 4DTRA 4K8XA 2WONA 1JL1A 4DLEA 1N5YA 5I42A 1NK7A 3HXMA 4FJLA 2Q3SA 4AHVA 1YTUA 1WSFA 4CF2A 4CJEA 4M3XA 1SUQA 2KFZA 4KB0A 3HPOA 1NKCA 3AVBA 3K58A 3ALYA 3NGIA 1J54A 3B6PA 1KLNA 2HB5A 5HBMA 3CQ8A 3NCIA 1RDBA 2Z1HA 4ELVA 4ICLA 4CJKA 3ZCMA 4FJHA 4B9MA 2HMIA 3PX6A 3CG7A 4JS4A 2HHQA 1L5UA 1QQCA 3OYFA 2D5RA 3OJUA 4Z4GA 4LSLA 3QEWA 3KK3A 3DM2A 4CJ3A 4FK4A 1B9DA 4OKJA 2HHTA 3SI6A 3TWHA 1QSLA 4OLAA 3D45A 4KO0A 5I3UA 3HVRA 1CZ9A 1WAJA 3C6TA 4YFUA 3DRPA 4LD0A 4E7HA 3PO4A 4FZYA 2BDPA 3AO2A 2KFNA 1VSMA 2YNGA 4RW9A 1HYVA 5JS1A 1SKSA 3OYMA 1A5XA 3L2WA 4PA1A 2DFEA 4QCLA 3MEEA 1JLFA 1T03A 1QTMA 4MFBA 1KFSA 4KB1A 4BDYA 3OYGA 2A1SA 4ZTJA 3ITHA 4DTNA 2YKNA 4OKKA 2W42A 5DK5A 1VSFA 3CFOA 4CJQA 1WSGA 1LWEA 4CJWA 3OYEA 3V4IA 1VSDA 4M3ZA 2HW3A 4O44A 4E7KA 1TKTA 1HPZA 2XY7A 5FRMA 2ETJA 2O4GA 1UOCA 4LSNA 4CJPA 3HM9A 3V1RA 3PUFA 4ZHRA 1S1WA 3RMAA 4FJ7A 1DLOA 4CK1A 4KV8A 3ZT3A 3AA2A 3CM5A 3M8PA 4BE2A 2JGUA 3OYKA 3LDSA 1B9FA 4AHSA 3QNOA 3AVAA 1RT2A 1NJYA 4Q0BA 1J53A 3VQQA 3RMDA 1RTHA 1SL2A 4NYFA 3H08A 3T1AA 2X78A 1RT5A 4CE9A 2ZQBA 3OJSA 3ZSZA 3HT3A 4O4GA 4FLWA 2DY4A 3DRSA 3PX0A 4CGJA 1D9FA 3VQPA 1RT1A 1J9AA 3TAPA 5T7BA 1WNSA 1G15A 3O3HA 1X1PA 4ZTFA 3PX4A 2O4IA 2PYJA 3EY1A 1BQNA 4KHWA 4M3UA 3QNNA 1RBUA 2GBZA 2IGIA 5SWMA 4DFJA 4FK2A 3CM6A 3IRXA 3KK1A 2YHBA 4B9NA 4KI6A 1Z25A 3KLGA 4FXDA 4KFBA 1D9DA 2E6MA 2EHGA 2ITGA 3DOKA 5HRPA 3SZ2A 4HTUA 4FLVA 4B9UA 2XY8A 1IKXA 4HCCA 1HYSA 4F4KA 3NF6A 2F8SA 2IDOA 4EP4A 4IDKA 1NK9A 3F73A 3K2PA 1T7PA 2G8WA 4KKOA 5KGXA 4LH4A 3AVIA 3TI0A 2OZMA 4I9QA 3LANA 1B92A 4FLYA 4DQPA 1U45A 2XY5A 4BDZA 4C8OA 1HRHA 4CGGA 2PZSA 2FC0A 3PO5A 1LWFA 3HPHA 1NJWA 3T19A 4FZXC 2FBVA 4G1QA 1RBRA 3K57A 2HHVA 3HK2A 3AVLA 4ELTA 3V6DA 3HO1A 3SPYA 1MU2A 3ISNC 3SQ0A 4O55A 3AV9A 4CEOA 3KLHA 2BGGA 4DSFA 2HHWA 5EU7A 4DQQA 4KHYA 4IFVA 2WOMA 1EXQA 3LAKA 3OYHA 4CJLA 4CHQA 3L2RA 3CFPA 3HL8A 4DQRA 1HJRA 3IG1A 2G8IA 3VQAA 3VQ8A 3WNGA 5KI6A 4J2DA 4KHSA 3M8RA 2YNIA 1UWBA 1WAFA 1DTQA 4CHYA 3EYZA 3DOLA 3ZSWA 1RT4A 3SCXA 2X6NA 3VQDA 4DFPA 1KRPA 1TGOA 3DMJA 4DF4A 2FBTA 2HNYA 3CYMA 1EP4A 2NUBA 3AVNA 4E89A 3L2UA 3V9ZA 4FVMA 3LP3A 3K5OA 3OYJA 2HNZA 4KI4A 3OS2A 4Z4EA 1ASWA 1VSLA 3I0RA 1WSIA 5J2MA 3K5MA 3QESA 2Y1JA 4NCBA 3NH0A 3RRHA 1ZBIA 3S3NA 3KK2A 1X9MA 4CHPA 1NKEA 3M8SA 2PYLA 2E4LA 3V9UA 1JLBA 5KRTA 4DTPA 3QEPA 1UA1A 1C0MA 1FK9A 1RTDA 1KVAA 1RTIA 4AHTA 5HRRA 2BE2A 4H4MA 1IG9A 1ITGA 4BDPA 2KQ2A 1VRUA 4BWMA 4M3RA 4R5PA 4E0DA 4HUEA 4CGDA 3SQ1A 4B9VA 5CYQA 1HMVA 2Z1GA 3KJVA 3M8QA 3V1OA 1RDAA 3U3YA 3QIPA 1BISA 4DFKA 2XRIA 1TKDA 2QKKA 3KTQA 2GV9A 3BDPA 2BANA 3NGZA 1ASUA 3ZSYA 3VQBA 1HQUA 4CF1A 4CIEA 5C24A 4DTJA 1HNIA 4IBNA 3S9HA 3MXIA 1TK8A 4N76A 2D0CA 3K5LA 4CK2A 4DSJA 4Z4FA 4CHZA 3HSTB 1A5WA 2QK9A 3P1GA 4LH5A 5K14A 5SZTA 1NK0A 1KSPA 1VSJA 1KVCA 4CF0A 3G0ZA 3KLEA 1NK8A 2P1JA 4CEDA 4DMNA 2XO7A 1X9SA 3HVTA 4OKEA 4FLUA 3ZSRA 1RDCA 3QIOA 4RW4A 4PQUA 1S6QA 4M45A 3RRGA 4BE0A 1REVA 2XHBA 1IO2A 3OVNA 4RG8A 4CECA 5J2NA 3ZT1A 5J2PA 4B9SA 4FLZA 2DFFA 1BI4A 2IAJA 3MEDA 5KTQA 4CEAA 3NDKA 4W5NA 3ZSVA 2IS3A 4RW8A 4KTZA 4Y1CA 4E1MA 3QEXA 3RMCA 3KD5E 2HVIA 4J2BA 4W5TA 1FKPA 2I5JA 1ASVA 4NCGA 3ZT4A 4FM0A 3SV4A 4DU3A 4M3TA 4E7IA 3TAQA 3AO3A 3QEVA 4F2RA 4I7FA 3OYBA 1C0UA 1XHZA 5CYMA 2RF2A 1ZBLA 2Y1IA 5KGWA 4OJRA 3KD1E 3L3VA 3P83D 4YNQA 4OGEA 4CJUA 5FDLA 3O4QA 3NE6A 1Y97A 4H8KA 4PY5A 1L3VA 4HUFA 1U4BA 2VWJA 4FJ5A 1WN7A 4DSIA 2VG5A 4CJSA 1GOBA 3WNHA 1VSEA 1WSHA 3SUPA 2HNDA 4DG1A 2OPPA 1RT3A 1K6YA 1TKXA 2YKMA 4OVLA 4CGFA 3ZSOA 2X74A 5CY4A 4B3OA 3RR7A 1D5AA 3L2QA 3V1QA 1S1XA 3ULDA 4N56A 3ZSQA 1KFDA 2QKBA 4BE1A 4CIGA 4FK0A 4DTSA 1VSKA 2KZZA 1LAVA 2OPRA 4DTXA 4CK3A 1SV5A 1RCHA 4FLXA 1NOYA 4IKFA 2IOCA 1LW2A 3VA3A 5FRNA 4Y1DA 3OYLA 3IAYA 2YNHA 3SYZA 3OY9A 3DLHA 5JS2A 1JXEA 3KLFA 3VA0A 1VSIA 3HYFA 3OYIA 4RW6A 1LAWA 3L2VA 2VWKA 5HP1A 1UA0A 1L3TA 4DQIA 4L8RB 4PWDA 2YNFA 1RBTA 1HNVA 2A1RA 1NJXA 3TARA 4IG3A 1J5OA 3OS0A 4KTWA 1O1WA 4CF9A 1S1VA 1TL1A 2P5OA 2F96A 1S1UA 3P5JA 3U6FA 1C1CA 3K5NA 3E01A 1CLQA 1GOCA 5FROA 4E3SA 1JLAA 3PY8A 1XHXA 1VSHA 4EZ9A 4AILC 1U49A 4CHNA 4NCAA 2E6LA 3MAQA 3RR8A 2JLEA 3KKRA 5CZ2A 1KLMA 1QS4A 1XC9A 4WE1A 4FW1A 2X6SA 1NOZA 3LALA 4FM2A 4LY7A 4C8LA 4CCHA 1T05A 1QSYA 3HP9A 2G8UA 3TAFA 4DSLA 3UIQA 4CGIA 1YTAA 4I2PA 2G8FA 3BGRA 1EETA 4JLHA 1D8YA 4DWIA 4M3WA 3KIOA 4CJ4A 2AJQA 4O5BA 1TV6A 4DFMA 3DYAA 3VQ4A 3VQ6A 1WSJA 1I39A 3C94A 2DFHA 3QO9A 4XIUA 3AA5X 2FBXA 1RT6A 4AHUA 4UQGA 3B6OA 4W5QA 1C0TA 1N6QA 2G8KA 1CXQA 1GOAA 1XI1A 2P51A 4W5OA 3U3GA 1NK5A 2LSNA 1WLJA 4KHNA 3VQ9A 3C6UA 4JRPA 4CFBA 1NK4A 3SQ4A 4E1NA 4DTMA 3NAEA 2OA8A 3EZ5A 3RTVA 2ATQA 4I9LA 1RTJA 4HCBA 3NF7A 3DLBA 4ID5A 2PY5A 4CEFA 5HLFA 2OZSA 3TAGA 1VK0A 4M41A 1RILA 4FM1A 3AA4A 3V9SA 2FBYA 1QE1A 5E41A 4CIFA 3IS9A 2Z1JA 3AVJA 4FJMA 4B9TA 3AO5A 5HRSA 1TAUA 3THVA 3MEGA 2YHAA 4FW2A 3TR8A 5HROA 1S6PA 4BACA 4DQSA 4B8CA 4OGCA 1JLQA 1BIZA 1SL1A 3DI6A 3G10A 2QXFA 2OPSA 4C8NA 1JLGA 3WNEA 4FCYA 1ZBHA 2B5JA 3AVFA 4CJVA 4BWJA 4CESA 4FZZA 1U04A 1JKHA 3HJFA 3SQ2A 4CF8A 3VQ5A 2HHUA 4O0JA 3VQEA 3LWLA 3QINA 2KZMA 4KHUA 4CJFA 3OYAA 1TL3A 5J2QA 3NBPA 1RBVA 4AHCA 3KLIA 3LZJA 3OYCA 4FJJA 4J2EA 5KRSA 1BI4B 4E19A 3LPTA 3I0SA 3A2FA 3SUNA 3SUOA 1NKBA 4NYNA 3LP2A 4RW7A 4DLGA 4N47A 4DSKA 3V9WA 4HHTA 4ELUA 4ID1A 3SJJA 5C42A 3MXMA 3NH2A 4FJNA 1LW0A 3LP0A 2RN2A 4DSEA 2HVHA 1BHLA 1BQMA 1YT3A 5DMRA 1EKEA 1F21A 2B4JA 3WNFA 3RWUA 1ZBFA 3S3OA 1IH7A 1Q9XA 2G8VA 5J1EA 1JLEA 1W9HA 4GMJB 3LAMA 4N41A 1A5VA 1S5JA 4OPKA 4W5RA 3SPZA 4J2AA 1YVUA 3OYDA 3OYNA 1W0HA 3LWMA 1S9GA 1S9EA 3DRRA 4E7LA 4DTOA 3TABA 1NK6A 3NFAA 3V81A 3KKSA 4CEBA 2ZE2A 4CEZA 3ZSXA 4FJKA 2D0BA 3C95A 4C8MA 4DS4A 1TKZA 2RPIA 3LP1A 4DU1A 1C6VA 2ZD1A 3AO1A 3AO4A 4O0IA 1SL0A 4FJIA 3T3FA 4EZ6A 4FLTA 1SKWA 4KREA 1HYZA 3F9KA 4Z4IA 4FYDA 3HP6A 1XWLA 4CJTA 4KPYA 1TAQA 1SKRA 1ZYQA 3I8DA 4FJ9A 3DLEA 3O3GA 3AA3A 1RNHA 3AVHA 2GUIA 4HUGA 1KVBA 3VQ7A 1FKOA 3NF8A 2EX3A 1EX4A 3DLKA 4QOZB 4KTQA 3LPUA 1I3AA 4Z0UA 3RMBA 1BGXT 1LV5A 4KRFA 1QSSA 4CHOA 1BCMA 4QAGA 5HRNA 3OS1A 2P5GA 1IKWA 1Z26A 4CJRA 3S3MA 1BCOA 4AH9A 1RDDA 1RBSA 3VN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GUPA 1FJGK 2FLOA 2I7NA 3RSEA 1IBLK 1TK0A 3ENBA 1RT7A 3DXKA 4AHRA 2KKZA 2RKIA 1Q7YO 1HKBA 2XY6A 4KHQA 3BF1A 1TVRA 3DLGA 1KCFA 2YV0X 1U2VB 3L0QA 3L8BA 3AGRA 1LWCA 3LDQA 3O80A 1VQNN 3VTHA 2HF3A 3JSMA 2HBMA 3EL2A 1JL2A 5KPRA 3C7NA 1QZ5A 2VG6A 4TSXA 4HVJA 4GW6A 1KAYA 4K8ZA 3ID6A 3L3UA 3J7ZO 4H03B 5BPLA 2F4VK 3TSUA 1Q8IA 4CERA 4DF8A 5C10A 4C8KA 3FFKB 3O3FA 2UXBK 3KHYA 5ADXA 4WFAL 3CCEN 4DS5A 3PV8A 3VQCA 3O4NA 2VQEK 4F8RA 3SV3A 4Z4CA 3V9XA 4OPJA 1YITN 4JI7K 2YHYA 4FWRA 2IC3A 3LZIA 1C1BA 2HHXA 4K8XA 1K9MO 3HXMA 5M1QA 3F5TA 5B8HA 1YTUA 3HTVA 4M3XA 1SUQA 4KB0A 3HPOA 1EQYA 1KLNA 2HB5A 4ELVA 4CJKA 4FJHA 3CG7A 2HHQA 3SBTA 1L5UA 3OYFA 2D5RA 5GAGP 3OJUA 3QEWA 3KK3A 3MMVA 4OKJA 3HSCA 1M90O 3D45A 4IOAL 5I3UA 3HVRA 1CZ9A 3DRPA 2Q0RA 3CJAA 1VSMA 2ZGYA 1SKSA 4DR1K 5AQYA 3L2WA 1JLFA 1KFSA 2QWMA 1VSFA 1WSGA 1Q18A 1LWEA 3V4IA 4FWLA 4RTFD 4O44A 3ZEUB 4E7KA 2ETJA 2A40A 2V7YA 4CK1A 3OBWA 3ZT3A 4B1UB 2UXCK 3CJ1A 5AQKA 1P8ZA 3DXMA 3LDSA 1NJYA 1RTHA 4CE9A 2DY4A 3P4IA 3ZSZA 4CGJA 3VQPA 3QBXA 3TAPA 3PX4A 4M3UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GUP A;  1FJG K;  2FLO A;  2I7N A;  3RSE A;  1IBL K;  1TK0 A;  3ENB A;  1RT7 A;  3DXK A;  4AHR A;  2KKZ A;  2RKI A;  1Q7Y O;  1HKB A;  2XY6 A;  4KHQ A;  3BF1 A;  1TVR A;  3DLG A;  1KCF A;  2YV0 X;  1U2V B;  3L0Q A;  3L8B A;  3AGR A;  1LWC A;  3LDQ A;  3O80 A;  1VQN N;  3VTH A;  2HF3 A;  3JSM A;  2HBM A;  3EL2 A;  1JL2 A;  5KPR A;  3C7N A;  1QZ5 A;  2VG6 A;  4TSX A;  4HVJ A;  4GW6 A;  1KAY A;  4K8Z A;  3ID6 A;  3L3U A;  3J7Z O;  4H03 B;  5BPL A;  2F4V K;  3TSU A;  1Q8I A;  4CER A;  4DF8 A;  5C10 A;  4C8K A;  3FFK B;  3O3F A;  2UXB K;  3KHY A;  5ADX A;  4WFA L;  3CCE N;  4DS5 A;  3PV8 A;  3VQC A;  3O4N A;  2VQE K;  4F8R A;  3SV3 A;  4Z4C A;  3V9X A;  4OPJ A;  1YIT N;  4JI7 K;  2YHY A;  4FWR A;  2IC3 A;  3LZI A;  1C1B A;  2HHX A;  4K8X A;  1K9M O;  3HXM A;  5M1Q A;  3F5T A;  5B8H A;  1YTU A;  3HTV A;  4M3X A;  1SUQ A;  4KB0 A;  3HPO A;  1EQY A;  1KLN A;  2HB5 A;  4ELV A;  4CJK A;  4FJH A;  3CG7 A;  2HHQ A;  3SBT A;  1L5U A;  3OYF A;  2D5R A;  5GAG P;  3OJU A;  3QEW A;  3KK3 A;  3MMV A;  4OKJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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