4FZXC

Exonuclease x in complex with 3' overhanging duplex dna
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*
total genus 38
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzxC00
3IRXA 2KQ2A 1IH7A 3NBPA 3QINA 4YFUA 1EP4A 1C1CA 5C25A 4QOZB 1QQCA 1VSKA 4N47A 1CLQA 4CCHA 3KD5E 3MECA 1J54A 3L2VA 4J2EA 3DRRA 2BDPA 3NFAA 3S9HA 5JS1A 1KFDA 3VQ5A 1SL2A 2FC0A 4CEAA 3K5MA 3ZT0A 1C0UA 4Z4EA 1UA1A 4CF1A 1U49A 2IC3A 4YNQA 5EU7A 3VQDA 2X74A 1VSFA 4OLAA 1RBVA 5FROA 1LW2A 2DFEA 3TAPA 1LWEA 4AHTA 4DU4A 1B92A 5DMRA 4B8AB 4M3XA 2A1SA 3HVTA 3NH1A 1NKCA 5CYQA 4JS4A 4BE0A 3L2UA 4DTSA 3LP1A 3OS2A 2FBYA 2Z1JA 1BCMA 1TKXA 3CM5A 4KHQA 4KHUA 3VN5A 1HNIA 1LW0A 3ULDA 1CXUA 3HO1A 1LAVA 5DK5A 4EP5A 4M3RA 4CEDA 4IG0A 3H08A 3AVCA 3LPTA 3NH0A 2Y1IA 2F8SA 3ZSQA 3PY8A 3QLHA 2P51A 3G10A 4JS5A 4AILC 2VG6A 1RT2A 4NYFA 4FLWA 5KTQA 1WNSA 4F8RA 4HCCA 4M3ZA 4CK3A 1NK7A 3CQ8A 2KZMA 1VSIA 1G15A 3AVMA 3C6TA 4KPYA 1EXQA 4OVLA 4FLYA 3KIOA 3RRHA 2G8UA 4DSJA 4FZXC 1HMVA 4E19A 1L3UA 1CZBA 1RDBA 3LP3A 3QEXA 4Z4FA 3K5LA 3WNGA 3OS1A 2GBZA 3ZSWA 4DLEA 4PY5A 1VRUA 4KAZA 2X78A 2ATQA 1SKWA 3I0RA 1ASWA 2VG5A 4DTPA 3V1QA 5HLFA 1L3TA 2G8FA 4FM1A 4DU1A 3SNNA 4KHWA 2VWKA 4HUEA 4CF8A 4FCYA 3QEIA 3AO5A 1L5UA 4Y1DA 4W5RA 1LV5A 1ZBIA 2KFZA 4LSLA 4O55A 3AVAA 4RW8A 1D5AA 1DLOA 1WSIA 5FDLA 4FLZA 5HRNA 4FJHA 3K2PA 3V9XA 2GV9A 3NF7A 2Q3SA 1X1PA 3B6PA 1TV6A 3TAGA 2D5RA 4J2DA 1YT3A 3F9KA 4IDKA 4KTZA 1JLBA 4FJ5A 4ELVA 3LPUA 1D9FA 3RR7A 4FVMA 4BDZA 4CJWA 4BACA 3KJVA 2F96A 2A1RA 1J9AA 1D9DA 4DTUA 1GOBA 3LALA 4OPKA 1YVUA 3M8SA 2HVHA 3OYKA 4FM0A 4BWMA 5C42A 3HPGA 3AA2A 3U6FA 1NK0A 3EZ5A 4MFBA 4CIEA 3CFRA 3KTQA 1XC9A 1GOCA 4KTWA 4Z4HA 1NK8A 3L3UA 4F2SA 2FBXA 4E7KA 4QCLA 4F4KA 2WONA 4E1NA 1RDDA 3C6UA 3NGIA 3TWHA 2I5JA 3WNFA 3CG7A 3ZT4A 3SQ4A 3DLEA 4AHUA 2HW3A 1O1WA 4ID1A 4M3UA 1S1TA 1IKXA 3LAMA 3ZT1A 3RMCA 1NK9A 3PX4A 4DTRA 3HT3A 1HPZA 4KB1A 4CJVA 3U3YA 3KD1E 5KGXA 3P83D 1NJZA 4C8LA 4CESA 3P5JA 1WLJA 1C1AA 3A2FA 3NGZA 3ZT2A 4EZ6A 3T19A 4CGGA 1RT3A 3O4QA 3L2WA 1S6PA 5KRSA 4KI6A 4Z0UA 3PO5A 3MXJA 1NK5A 1NJWA 3C94A 1HRHA 4OKJA 5JS2A 4CJLA 3BGRA 2ZQBA 4FW1A 4CJKA 3OYLA 3L2QA 3RRGA 2HHVA 2DY4A 4FXDA 3MEDA 3DLKA 3TI0A 1WSGA 1RDCA 3SI6A 2EHGA 4C8MA 3QEWA 4DFMA 2JLEA 4DTNA 4KRFA 1X9MA 4W5NA 5T7BA 4HUGA 1XHZA 1BISA 3ZSRA 1XI1A 4Z4GA 2E4LA 3LDSA 5I3UA 3L3VA 1KLNA 2KFNA 1C1BA 1KTQA 1DTQA 3HSTB 1WAJA 2D0CA 1VSLA 4LD0A 3OYJA 3EYZA 3VQ9A 1HYZA 1Q9XA 3LP0A 2YNGA 1R0AA 4I2QA 3MEGA 4CEQA 4DS4A 4H8KA 3HK2A 3O4NA 1T05A 3DLHA 1I3AA 2YHBA 3NE6A 1U45A 1HNVA 1DTTA 1JL1A 1RTDA 3SUNA 4CJQA 2YNHA 2XY8A 3AO4A 3M8RA 3TANA 4FJNA 1JXEA 3SYZA 4HHTA 3V9WA 5J2PA 2E6LA 1C6VA 2RKIA 4DMNA 1RT1A 1UAXA 3IG1A 1UWBA 4FJLA 4DG1A 2P5OA 3KK2A 3KK1A 1LWCA 1TVRA 3OYFA 2OPPA 3K58A 3DLRA 4FZYA 4GW6A 3QIPA 1A5XA 4FYDA 2XY6A 3QEPA 1C0MA 4RW4A 3S3MA 1VRTA 3U3GA 4CGHA 2G8IA 1IKYA 3OY9A 3HPHA 3TAEA 4FJ9A 1QTMA 3L2RA 3OYCA 2O4IA 1BCOA 2HVIA 4FJ7A 3RMDA 2HHXA 4FJIA 3SQ1A 4MQ3A 3OYNA 2O4GA 3V1RA 5C24A 4CJRA 4B9NA 3LP2A 4O44A 3DOLA 1RNHA 4PA1A 4CFDA 1SUQA 4DTOA 1JXBA 3QESA 3MXIA 3PUFA 2HHUA 3SPYA 1NK4A 4KREA 3KLHA 3ZSVA 3T1AA 5CYMA 4H4MA 4CE9A 1TL1A 4DF4A 4AHVA 5CY4A 3TABA 4N76A 1BQNA 3K59A 4N56A 2OYQA 2DTUA 3AVLA 1QS4A 3THVA 4B9VA 4Q5VA 1WSFA 4CEBA 4K8ZA 4KO0A 1LWFA 1HYVA 1S9EA 3SQ2A 3L8BA 4R5PA 2YNIA 5J2QA 2EX3A 4ZTFA 4DTXA 3OYAA 2VWJA 4E7HA 4JRPA 4M3WA 2XHBA 3C95A 3AVBA 1BIUA 4G1QA 4DQRA 4FLUA 3S3OA 3DI6A 1B9DA 4CGDA 3VQPA 1KFSA 4DQIA 1EX4A 4DSKA 3NF6A 3SUQA 2FBVA 3KKSA 1HQUA 2YNFA 4I2PA 5CZ1A 3O3FA 1U48A 1Q9YA 5HBMA 4Y1CA 1BHLA 4LH5A 3OYBA 3OYEA 2B5JA 3QNNA 4E0DA 1HYSA 4ELTA 1TAQA 4DFKA 1ZBFA 3SCXA 2G8WA 4KB0A 1S1XA 1GOAA 4L8RB 2XRIA 5HP1A 1Z26A 1FKPA 1Z25A 4CJSA 4DSIA 3VQAA 1BIZA 4FJMA 1QSYA 2G8KA 4N5SA 3NHGA 4M3TA 2G8HA 3BDPA 1SL1A 1B9FA 3ZT3A 4HUFA 1TK5A 1U04A 3NF9A 4E7LA 1WSEA 3ALYA 1S5JA 4W5TA 3RMBA 3O3HA 5J1EA 4DSEA 1HQEA 1FK9A 4M45A 4ID5A 2LSNA 4C8NA 3NAEA 4OKKA 4Z4IA 1RT7A 1N6QA 1TL3A 3TAMA 4CJ4A 3AVNA 3DMJA 1BI4B 4CIGA 3AO3A 3AVIA 3AA3A 1RT6A 4CFCA 3AA4A 1CXQA 4RW6A 5KGWA 4OJRA 3SQ0A 1IKVA 1K6YA 4ELUA 4DQQA 1U4BA 4I9QA 4CF0A 1JL2A 1ZBUA 5SWMA 2OA8A 1KVBA 4W5QA 4DFJA 3V1OA 1JLEA 1WSHA 2DFHA 3ZSYA 4J2BA 2P1JA 3LAKA 4DSLA 2HNYA 4GMJB 3DOKA 2QXFA 4W5OA 2YV0X 4FM2A 4KHYA 4EP4A 4CJ5A 4BE2A 3DLGA 4CEOA 3HPOA 3QEVA 3ITHA 3SV4A 3AVHA 3S3NA 3ZSZA 3QERA 3OVNA 3LWMA 1SKSA 2PYLA 1YTUA 3KLIA 3ZSXA 2QKKA 1A5VA 3VQBA 4F3TA 2HNZA 1UA0A 1XWLA 1S1UA 3WNEA 4CFBA 2KTQA 2HHTA 1VSDA 3RMAA 1KVAA 4FJKA 1RDAA 1SV5A 2YKMA 4CFAA 3OJSA 1S9GA 3OJUA 3FFIA 4I9LA 1L3SA 2W42A 4CJUA 4PWDA 1KCFA 4CGFA 3WNHA 4CF9A 2YKNA 1JKHA 5CZ2A 5KI6A 4FJXA 2F8TA 3MAQA 4CEEA 4DF8A 3SUPA 3K5NA 3SV3A 4AHCA 3V6DA 3PX0A 1WAFA 3DYAA 1SKRA 3KKRA 2QKBA 1TKTA 3SPZA 3ISNC 3MEEA 4PQUA 3M8PA 1CZ9A 1I39A 2QK9A 3NCIA 3UIQA 1IKWA 1Q8IA 3AVFA 2HNDA 1VSMA 4ZTJA 4CJEA 1UOCA 4DS5A 4HVJA 3CYMA 4AHRA 1NJXA 4XIUA 4CEFA 4CJTA 3AV9A 4CEZA 4OPJA 2G8VA 4CHQA 2HHSA 3F73A 2XY7A 2RF2A 4AHSA 4IKFA 5HROA 1RT5A 2IGIA 4FZZA 2HHQA 4LY7A 4HTUA 4CJFA 4TSXA 3VQCA 4CK2A 1J5OA 3V9SA 4IBNA 4OGCA 1VSHA 4QAGA 3NGYA 3V9UA 5J2NA 1RTHA 4ICLA 4O4GA 1NOZA 1REVA 1IG9A 1ZBLA 3ASMA 3E01A 3TAFA 1Y97A 2IOCA 3OYIA 1QHTA 4E7JA 2IS3A 1L3VA 3NH2A 3HXMA 1JLCA 2DFFA 3SJJA 1TK8A 4CF2A 2R7YA 2X6NA 1W9HA 4F2RA 4CHZA 2AJQA 3AO1A 3HYFA 4K8XA 4B9MA 2OPSA 1RTJA 1T03A 3AO2A 3D0PA 3VQEA 5J2MA 1C0TA 1S1VA 3VA3A 1ITGA 5FRNA 1X9WA 3HP9A 2XO7A 4CHNA 4E3SA 4KKOA 2D0BA 4FJJA 4O5BA 4KFBA 3JYTA 4BE1A 2ZE2A 4O0IA 4FLXA 1TKDA 1WSJA 3CFOA 5K14A 4ZHRA 2HMIA 2XY5A 4DU3A 3LZJA 4DQPA 4B9LA 5FRMA 1BGXT 4B08A 3I0SA 4CGJA 3SZ2A 3CFPA 1BL3A 2IAJA 2PZSA 4F3OA 4Q0BA 3AA5X 3VQ4A 4DTJA 4FK0A 1S6QA 2WOMA 1IO2A 3T3FA 4C8OA 4IFYA 2E6MA 4E7IA 1KSPA 2P5GA 1RBRA 3OYDA 4PUOA 1NKEA 4IG3A 4CIFA 4BDYA 3ZCMA 4GVMA 2Z1GA 4RW9A 3PV8A 1NOYA 4DWIA 2D0AA 2X6SA 4E1MA 1BI4A 3V9ZA 2OPQA 1T8EA 1VK0A 3M8QA 1KRPA 1VSEA 4B8CA 1BQMA 1FXXA 2RN2A 3OYHA 3HM9A 4DSFA 4DQSA 2ZD1A 1MU2A 1X9SA 2BANA 2GUIA 1FKOA 4O0JA 4WE1A 2PYJA 1U47A 2Z1HA 4C8KA 5KRTA 4DFPA 1F21A 4RG8A 3DLBA 4KI4A 4NCAA 3K5OA 4CHOA 3IAYA 3K57A 3HVRA 4FLVA 1ASUA 3O3GA 4M42A 4CGIA 4J2AA 3HJFA 3RTVA 1RBTA 1TKZA 4KHNA 4M41A 3AVKA 2NUBA 4DLGA 2KW4A 3NF8A 3OS0A 4N41A 1ASVA 1NK6A 3VQ6A 4CK1A 4DTMA 3DRSA 3EY1A 4IFVA 2OPRA 4AH9A 3V81A 1D8YA 3TR8A 3V4IA 1KLMA 1TGOA 3NDKA 1LAWA 1RBUA 4B9SA 2VG7A 3RWUA 3QIOA 1RCHA 3DM2A 5HRSA 3KK3A 4CJPA 2Y1JA 2OZMA 3SUOA 3AVGA 3VQ7A 4JLHA 1KVCA 3I8DA 4CERA 4LSNA 3PO4A 3QO9A 1EETA 3IS9A 3TAQA 3LZIA 4KTQA 2YHAA 1QSSA 2RPIA 1RT4A 1JLFA 4OKEA 4RW7A 3P1GA 1T7PA 1A5WA 4LH4A 4CHPA 2ETJA 4Z4CA 3QNOA 3PX6A 4CECA 3AVJA 2Z1IA 5HRPA 1NKBA 2B4JA 3HP6A 1WN7A 3B6OA 3D45A 4CJ3A 2ITGA 4EZ9A 5SZTA 4FK4A 4BWJA 4FJ8A 2BE2A 4NCGA 4E89A 1NJYA 1JLQA 2B6AA 2JGUA 5I42A 5D3GA 3TARA 3RR8A 4H4OA 1TK0A 1HJRA 3VQQA 1VSJA 4BDPA 4I7FA 3LWLA 3VA0A 3G0ZA 1N5YA 3ZSOA 1ZYQA 4HCBA 3HL8A 1YTAA 1XHXA 4OGEA 3MXMA 1J53A 2KZZA 4B9TA 1EKEA 5HRRA 2HHWA 2HB5A 4UQGA 3CM6A 4JRQA 4CHYA 4KV8A 4NYNA 3JSMA 2PY5A 2OZSA 1RBSA 1ZBHA 4B3OA 2IDOA 2FBTA 1RILA 4KHSA 3DRPA 1S1WA 3OYMA 2BGGA 4FW2A 4FK2A 4FJGA 3OYGA 1JLGA 4B9UA 4OLBA 1SL0A 1QE1A 1JLAA 1RTIA 1TAUA 3KLFA 3VQ8A 3QETA 1QSLA 3KLGA 4M3YA 4NCBA 4FLTA 3LANA 5E41A 1W0HA 3KLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NBPA 3QINA 4YFUA 1QVGM 1VSKA 3SJHA 4ISFA 1J54A 1ZXOA 1KFDA 1SL2A 1C0UA 1VQ8N 4Z4EA 3R6MA 1NGFA 3E66A 4YHHK 3VQDA 1LW2A 4AHTA 3KHYA 2O8FA 5DMRA 4B8AB 3HVTA 4H5TA 4JS4A 3L2UA 3LP1A 2Z1JA 4BC2A 3VN5A 1HNIA 4JKCA 5LJWA 4BR5A 2ITMA 5DK5A 4M3RA 3NH0A 4CZLA 3ZSQA 2P51A 2VG6A 1RT2A 4BG9A 4HCCA 3C7NB 4CK3A 1NK7A 3CQ8A 2KZMA 3RVCA 1H1VA 2ZGYA 4OVLA 3KIOA 4DSJA 1HJOA 4K43A 1RDBA 3CI5A 1MWKA 4O5FA 1OH6A 4DLEA 1YITN 2X78A 2ATQA 2V7YA 3I0RA 4DTPA 4BRDA 1GLLO 4CF8A 3LL3A 4O8UA 3ULEB 4LSLA 1D5AA 1DLOA 4BQLA 2I7PA 4FJHA 4JHDA 5IT9O 4JKGA 1X1PA 3B6PA 1TV6A 2W40A 1JLBA 4ELVA 3PSFA 4FVMA 4CJWA 2F96A 1YJWN 1HNZK 4H0PA 2FSKA 3R9PA 4BWMA 3AA2A 3IDHA 4CIEA 1NK8A 4DV4K 3CPEA 3C6UA 4Y0WA 3ZT4A 1S1TA 3ZT1A 3LAMA 1HNXK 3HT3A 3P83D 4CW7B 3EEQA 1WLJA 2NNWA 3A2FA 3MX5A 2QWRA 3NGZA 1D4XA 3VEZA 3HRGA 4KI6A 3PO5A 1OH8A 2HBJA 4F9OA 3RRGA 1EO1A 3DLKA 1RDCA 4KRFA 4W5NA 3AAPA 5ELZA 2ZJQL 4Z4GA 2E4LA 3HZ6A 3LDSA 3L3VA 1C1BA 1KTQA 1WAJA 2D0CA 3ENOA 1HYZA 1SQKA 4I2QA 4EIAA 4CEQA 3SK3A 4H8KA 4A57A 4DS4A 3O4NA 1KAYA 2YHBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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