4G68A

Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
ITLTFWNLFTGEPAKTKVKEIIDQWNKENPNVQIVESVTENDAYKTKIKAAIAANEAPDIFQTWAGGFSQPFVEAGKVLQLDSYLNDGTKDQLLPGSFDNVTYNGKIYGIPFDQQASVLYINKELFDKYNVKVPTTFSELIDAIKTFKSKGVTPFALGEKDEWPGMWYYDMIALREGGVQLTRDALNGKASFDNQAFTDAAQKLQDMVNAGAFDSGFMGLTRDEATAEFNQGKAAMYFGGNFDAAAFVSDPSSLVKGKIEAVRFPTIEGGKGDPTEYIGGTVGALMVSANSKYKDEAVRAAKYLAKQLSDMDYLIATGLPAWKYDNIDQSKVDPLEIQIMNNIVANAKGSVPAWDIYLSGDAAQTHKDLVAQLFAKQITPEEYSKQMQQKIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ABC transporter
publication title Biochemical and Structural Insights into Xylan Utilization by the Thermophilic Bacterium Caldanaerobius polysaccharolyticus.
pubmed doi rcsb
source organism Caldanaerobius
molecule tags Transport protein
total genus 137
structure length 392
sequence length 392
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A02
1B2HA 4OWDA 5H8FB 2VHAA 4RA1A 3S9MC 3W9WA 5L8DA 2CZLA 2XXRA 3IK6B 2REJA 3G7WA 4NF6A 4IGTA 1B7UA 1B58A 4ONYA 3O2AA 4I1DA 4IO2A 4NEDA 4XKPA 2DVZA 5FTHA 3TAJA 4F3BA 3MVXA 4EDPA 1I6QA 4ZE9A 4HS7A 2GFEA 2ABHA 1F9BA 1Y3PA 2Q9TA 3OSRA 4JWYA 4JWOA 2GRVA 2A5TA 3FATA 2DWJA 4NF5B 2HXWA 3SEUA 4G68A 3C35A 2PVUA 4ZEIA 3SEYA 4GXSB 2DWIA 3UIFA 4GIZA 4G4PA 1ZKBA 3LBSA 4ZECA 1NH8A 1MS7A 5EHSA 3TUSA 5ICTA 4MLVA 2R9JA 3IO6A 1B46A 4MF3A 3UP9A 3B6TA 1P1NA 1USYH 2I4CA 2Y7RA 4I9DA 3CSBA 2I3VA 4NMYA 1OVTA 4FJPA 4GL8A 2ONKE 3KEIA 3PUWE 5L9MA 1Y3QA 4Q30B 2PX1A 3TMGA 2RKMA 1Q1KA 1FQEA 4TLMB 1H44A 4Q5TA 4YKPA 3PV0E 3V5AA 1MXZA 5DEXA 1SYHA 5H8QA 4ECFA 1IQ7A 4OERA 1FTOA 3BBRA 1VR5A 4FECA 3T9HB 3CI8A 3OSQA 4R2FA 1GR2A 4C1UA 4ZEBA 5I2KA 2UXAA 4RK9A 3OEMA 3O9PA 4R72A 4WEDA 1B1XA 2O84X 4LP2B 5I2NA 5LOMA 4F3PA 1XOCA 2AYSA 1URDA 2Z8EA 2XD2A 2Q8JA 3FD3A 3CG3A 3RPWA 4NF6B 3U8QA 1IIWA 1LCFA 5DVJA 3OXNA 3SESA 5B7DA 2UVIA 4FEDA 5AA2A 2IEEA 3PPQA 1TFDA 3KOTA 3VVFA 4R6YA 1USYE 4LZ8A 2QS4A 3KJTA 3VVEA 3K1MA 1ZTYA 1P1UA 5A5XA 3HV1A 2RCBA 1SW5A 4OTEA 1EZ9A 2X26A 1R6ZA 4G68B 4IO6A 3H6TA 2P0SA 3IO4A 1LFIA 3TTMA 5TU0A 3EF7A 2Q2CA 4EUOA 2O7IA 3FXRA 1GTKA 5TPAA 3QIMA 4EQ9A 4F1VA 1N7XA 1N3WA 2ZNSA 1SD3A 2Q89A 2RINA 1SW4A 1MXVA 4HTGA 3SEVA 4QSDA 1GVCA 1PBPA 2B65A 1QKAA 2ALUA 3HN0A 5DVFA 4ISUA 4QFOA 3G3HA 2AL5A 1EH3A 3ECRA 1B05A 1B32A 3FVGA 4KPTA 2ONRA 5H8QB 2XXIA 3O28A 4IY6A 3C34A 3MAMA 3G3GA 4TLLB 3JV9A 2H98A 3EQ1A 5I2KB 3BFTA 3OO9A 2PT1A 4FE8A 1SDXA 3DLNA 3H03A 5I2NB 1WDNA 3G3KA 3S9LC 4F3SA 2OJTA 1D3KA 3S9NC 2Q88A 4OXVA 1VFDA 4HCYA 1S50A 1LB8A 2Y7PA 1H45A 4YKIA 3N6TA 2O6AA 3PUXE 4HCWA 3V83A 1YPNA 1KWHA 5HM4B 1OLCA 1HSJA 1DPPA 1QJMA 3K02A 3U94A 4YB6A 2O7UA 1UTBA 3K1NA 1YAEA 3PD8A 1QUKA 3SEWA 4PFYA 5A5XB 1QW0A 1XS5A 3DM0A 1FQAA 2HZKA 2F5XA 1TT1A 1MQIA 1N3XA 2QPQA 4JDFA 3O6GA 1B1HA 3H7MA 5KDTA 1NNTA 2Q2AA 4PP0A 2ZYMA 2D3IA 1UQWA 4R9FA 3S2VA 3GZGA 5AA3A 3VE1B 1MXYA 3FXUA 3PMVA 3IB2A 1ZBMA 5HBCA 2QRYA 2DE4A 4RK2A 3MVYA 2OK2A 4RJZA 1J1NA 1JW4A 1JW5A 3TQWA 1B4HA 1LFGA 3RLFE 4R2BA 4AB6A 1O63A 1SW2A 4U1ZA 2HEUA 5IAIA 3K1PA 5AA1A 5H8FA 1JVYA 1YCJA 4LQ5A 3JZJA 1L5TA 3SERA 4F2OA 2YPNA 5J1DA 1QULA 2V3TA 4DZ1A 4DE8A 4XKQA 3EHUA 3SETA 4TQUQ 1PB9A 2B3BA 2PT2A 2QJEA 1EZPA 1B6HA 3MZ9A 3T22A 3MUQA 2GHBA 1JW1A 1OIBA 2XXWA 3IAZA 5CMBA 1UTBB 3IORA 5ITPA 5JK4A 2Y7WA 1AL3A 2NVUB 2UVJA 1XVXA 2UVGA 3CIJA 2KLFA 4KD5A 1SI1A 1N0TA 4DIGA 3MVWA 4YKJA 4U2RA 3QYTA 4UACA 5KDTB 5B70A 1BKAA 3R26A 4GRKA 3TYHA 3IR1A 2DS9A 2DXRA 1US5A 3HHGA 4ELPA 4ESXA 2A5SA 4MFIA 1LB9A 2OZZA 3MP6A 2XX7A 3D4GA 2R6GE 4LONB 4NWDA 2H5YA 2X7PA 1XVYA 3MWBA 4PQJA 3B6QA 3VDFA 1MY4A 3TQLA 4JB7A 3RTFB 4HW8A 2QS1A 3KGCA 1O7TA 1PC3A 3TEPA 3MZBA 3E9XA 4YKKA 1MY1A 1M5FA 3H4ZA 3V89B 3IL1B 1IXCA 4NWCA 4G2ZA 1WODA 3QXMA 2QS3A 1Y9UA 2H4IA 4JSOA 3I5OA 3MPKA 1B9JA 4JWXA 4G8NA 5CC2A 3CFZA 2FNCA 3HPIA 3MPLA 4GL0A 3LC8A 1B3FA 1I6AA 1VE4A 2Z23A 4QRZA 2HFBA 2XXTA 4PFUA 4GQOA 5DT6A 2UVHA 2QMXA 5AA2D 1P1QA 4ZZEA 3M3LA 2I0BA 2LAOA 4JBZA 2YJPA 1AIVA 3C36A 3PPNA 2F36A 2ZXTA 4QFPA 3FUZA 1QUJA 3N5LA 1NMUA 2D21A 3IOUA 3QK6A 1B4ZA 3UN6A 1MDQA 4IO3A 1POTA 3L6HA 1LAFE 1S7YA 3CSGA 2DSFA 3MJNA 3B7DA 1B51A 2XX8A 3VLVA 1US4A 1ZIUA 5H8SA 3SKPA 3C32A 4EF1A 1TFAA 3FVNA 2OWTA 1NNKA 4P0IA 3THIA 1OQGA 2GHAA 4OEUA 4LZ5A 2XXXA 4ZEKA 4QFNA 4KYEA 3RTWB 2F7CA 3CFLA 3F11A 1VFEA 5FHNA 5K2YA 2HQ0A 4OFJA 2W7YA 3VXBA 4BDRA 1IZ1A 1ELJA 1MY3A 1ZLQA 2RC9A 3A09A 4E0XA 3ILUB 1Z7NE 1D9YA 1I69A 2E0SA 3MW0A 5HPQA 5F1QA 1PBQA 4IO7A 4G8HA 2PBWA 1MRPA 4QSCA 5I59A 4GXAA 1NKXA 4F1YA 1URGA 4BDQA 2CMOA 2I4BA 1AMFA 4DXCA 4R9GA 4U1OA 5CMKA 4GWOA 3PU5A 4F18A 3H6WA 2XXYA 3E3KA 2F6PA 3MQ9A 2Z22A 4IO4A 4BDNA 1SQYA 1OQHA 3C33A 1EU8A 3N6UA 3K6UA 4XIGQ 2THIA 4FEBA 3C9HA 4YU0A 4R73A 2E1SA 1A7LA 4QSEA 1R1NA 5L9SA 3Q29A 4XXUA 5JTYA 4TOZA 4X1BA 3EHTA 2I3WA 2REGA 4DCXA 1IEJA 1H43A 1MDP1 4KCCA 5BUUA 5BWJA 2M8CA 5L9OA 4OETA 3K00A 4U21A 2I48A 5I56B 3IX1A 4Z0IA 4RYAA 2F97A 1MM7A 4F39A 3LSWA 4F29A 2VD3A 4GLIA 3ZSFA 1SI0A 4YMBA 1MXWA 2NWJA 4FIMA 3PGFA 3TCFA 4NF4A 5CI5A 1DTGA 4AB5A 4F31B 1SYIA 1ANFA 1FQDA 5KCJA 1XC1A 3V8XB 1MQHA 4KR5A 4R74A 2XX9A 1P1WA 4QF9A 1JNFA 5I59B 3K6VA 2B3FA 2Z8FA 2UYEA 1UIUA 3UORA 3K6WA 4OESA 4WKMA 3QUJA 3CFXA 3KN8A 4DLDA 4U4XA 3LSFB 2DXYA 4LA9A 3GBAA 5I57A 2IA4A 4N6PA 4X48A 2H9BA 4C1TA 2NOOA 1M5DA 2V3UA 1B7HA 1B5IA 4P0GA 5ITOA 1M5CA 3FJGA 4GFRA 4U23A 4H1XA 2ZYNA 1ATGA 4P11A 5JTYB 1RYXA 1PEBA 4POWA 4OFOA 3SDFA 2HAVA 4G68C 3FVKA 3HHFA 2F34A 2VD2A 3W9VA 3PMXA 5I58A 1B3HA 4F3GA 3A3UA 3T93B 2V84A 1JQFA 3T66A 3R7XA 3EHSA 1BP5A 4X9TA 4KYDA 2O69A 5F7VA 2DWHA 2V25A 1N04A 4G8MA 4OHNA 2D5WA 4K3FA 3RGYA 1FTKA 1LLSA 4KYSA 3O6HA 4X1DA 4UA8A 3FVOA 4NF8B 4H65A 4NF4B 4R6HA 1MY0A 3DP6A 2RCAA 4LVQA 5KCJB 5ISUA 3IJOB 4OEVA 3U72A 1MQGA 3FJMA 1ZMGA 3GLBA 3BKIB 3TTKA 2ZYOA 3TPAA 3EPEA 4F22A 4H5GA 1FCKA 3OMBA 4YICA 3T9VA 1MH3A 4AQ4A 2Y7KA 5H8HB 2H25A 1LAXA 4OMBA 4YB5A 4GF8A 3ONMA 3H6VA 4BDLA 1I6BA 3MP1A 1B7ZA 3ILTB 1Y4CA 5I57B 1D9VA 1A8FA 4ELOA 4NE4A 1B40A 4QFLA 2QS2A 4PFTA 3A3CA 3VFJA 4ELQA 4XTCQ 1JETA 2DWAA 3GBBA 3AXFA 3O66A 1N76A 4EQ7A 2PMSA 4GD5A 1HSLA 5CM6A 4ZE8A 5AA4B 1Y1MA 3OELA 4IO5A 5H8NB 1BLFA 4GOTA 4LUBA 1FQFA 1LSTA 3W15C 3FV2A 2O68A 2I0CA 4THIA 5I58B 3FV1A 1LCTA 4BDOA 3UGWA 3IB1A 4EXLA 2PYYA 4M1VA 3Q28A 4I8CA 1OMPA 4YAHX 4QHQA 4RPNA 5ICQA 1EZOA 4ESWA 2XXVA 3QSLA 1MY2A 1MPBA 4Q0CA 4OFLA 2AL4A 3E4RA 2RC8A 4MH5A 3FGSA 3M3FA 1N7WA 3TDJA 2DQVA 3QAXA 4GVOA 4IY5A 4KFQA 3CVGA 3TKDA 5IKBA 1LAHE 4H8JA 5EHMA 4RPOA 3PUZE 3DP8A 2ZNUA 1WVJA 2DYXA 3VV5A 3TELA 3JYRA 1DMBA 1A54A 2RC7A 3TTLA 3USDA 2F78A 1R9LA 1MQJA 2OBGA 2DOJA 1TXFA 3T9UA 2HCAA 3MC2A 2ZNTA 3O29A 4O3BA 4POXA 1NNPA 4PFWA 2F7AA 1XT8A 4LATA 3PPPA 2OLBA 3D4CA 1II5A 3ZKLA 3VLWA 1MM6A 4FAJA 1M5EA 4RXLA 2QSXA 3S4UA 1A55A 3K6XA 3CG1A 3K01A 4I62A 1B5JA 3L6GA 3Q25A 4E0WA 2YLNA 3OO6A 4YMAA 1Y3NA 5CBRA 5I56A 4DXBA 3QUFA 3KN3A 3PPOA 3KG2A 2XXQA 4F19A 5EYFA 3CR9A 3WAEA 1AOVA 4KCDA 4F1UA 1PB7A 4WEPA 3RUMA 2XXHA 1QVSA 4DCYA 1YTVA 4ZZAA 2X7QA 3IB0A 4ZEDA 2DE3A 2DE2A 2GH9A 1GV8A 1RKMA 3BFUA 3WAFA 4KQPA 3PUVE 1R9QA 3FZVA 3ZKKA 1MPCA 4ZEFA 1PB8A 3M8UA 5K2XA 1XHYA 1QKBA 5CBSA 1NFTA 3S9EA 2DVCA 2HAUA 4JXIA 3HO7A 5DYHA 3EN3A 4C0RA 4EXKA 4DXUA 1NNFA 4EF2A 3T96B 2F35A 4ND9A 3Q26A 2ESNA 5M2VA 3E13X 1JEUA 2I6EA 5CRYA 3I3VA 2O1MA 3TTNA 1B0LA 3LUYA 1IITA 2UYFA 1O64A 5TP9A 2A5TB 4EQBA 1LFHA 3PPRA 4PETA 3OD7A 3PD9A 4RNSA 1DSNA 1M5BA 3IOTA 3R6UA 1FQCA 4OVJA 3DP4A 2H99A 2F8DA 3K0VA 4XKRA 3UK4A 3DELB 2I58A 4XKNA 2ZMBA 3N26A 1HSEA 1MXUA 4YZZA 1RYOA 2XD3A 1MG1A 4JSDA 5ELVA 3U1OA 2R71A 1Y4TA 3TTRA 2P2AA 1UTHA 3OO7A 2F6GA 1Y20A 1T0KA 4OENA 4QFKA 3MVZA 1AH5A 1B3LA 1GGGA 2Z8DA 3OOAA 1SW1A 4PE5B 4KHZE 1PDAA 3MBPA 3K4UA 4RY1A 4NF8A 1URSA 1S9TA 1LGBC 1D4NA 1UIVA 1P1OA 2BJJX 5DEXB 2Y7IA 2XHDA 1TWYA 3IOWA 1FTJA 3KSJA 4Q8RA 2QL3A 3RQTA 3TODA 5DVIA 3U92A 3IJXB 3P7IA 4BDMA 2DP8A 3TFLA 2OCUA 4LQ2A 4Z7EA 5H8HA 3RT6B 1NL5A 4N13A 3O6IA 1OLAA 3RN8A 2FA7A 3FJ7A 2OWSA 4MLQA 2HZLA 3LSXA 4R6KA 3RT8A 3VXCA 3KJ7A 3VLUA 3B6WA 3C4MA 4YB7A 1B3EA 4O3CA 3ODBA 5AA2B 1FTLA 4FORA 1A40A 3KBRA 4WXJA 1N84A 2RF1A 5TP9B 4OYVA 3ZS6A 2V3QA 1P99A 1DOTA 5AA4A 4G77A 3MZ1A 1BTJA 3Q27A 1IXHA 5H8NA 2XXPA 3M3KA 2XXUA 1H3DA 3H3GA 1CB6A 3IOVA 5CMCA 3K2DA 3LSLA 4OQOA 3CRBA 2FYIA 3LR1A 5DTBA 5TPAB 1UTHB 4N07A 3RY3A 1POY1 4L17A 3KOSA 1B5HA 1LBCA 5FTIA 4H5FA 1MXXA 4ELRA 1LAGE 3G3FA 4U22A 3FXQA 3HSTA 4DDDA 3MP8A 1NH7A 3TZAA 3G3JA 3TCHA 4FATA 2VOZA 4BLAA 4F2QA 3HCQA 1DTZA 1MPDA 3OEKA 3KN7A 1SVXB 5FHMA 3H6UA 5KZTA 3T9XB 1DPEA 2NUVA 1LBBA 1A99A 1BIYA 3G3IA 3OENA 5AE4A 3U93A 4LZ7A 3KSXA 1JEVA 3I6VA 2V93A 3PUYE 3O97A 4R75A 1IXGA 5JEIA 5FHOA 2Y84A 5CMMA 3PMWA 3RNNA 4M4GA 3VVDA 2ZYKA 1ZU0A 4NF5A 1FQBA 4ZDMA 1B0HA 2ONSA 4IGRA 1IXIA 3N94A 1CE2A 1MH4A 4O3AA 2P1SA 5I84A 4U4SA 3FIRA 2F7BA 4NTLA 1B52A 2I49A 3C31A 1OVBA 4OZ9A 3OO8A 3KFMA 1MQDA 1FTMA 2G29A 3TCGA 1JVXA 3UA8A 3GXAA 1SBPA 2ANJA 4ZS9A 4H0WA 1FW0A 2O51A 2G93A 1VSOA 4KI0E 2QMWA 1Q35A 1A8EA 3SEXA 1IUDA 1Z7ME 1QUIA 2O1LA 1H76A 4H6DA 3FASA 4H8IA 1B3GA 4MBPA 2NXOA 2AIXA 4IB2A 1Y1ZA 1ZJLA 3H06B 2WKYA 2VP1A 4H67A 3KZGA 2VGQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B2HA 4OWDA 5H8FB 2VHAA 4RA1A 3S9MC 3W9WA 2L5VA 2CZLA 4N4UA 5L8DA 2XXRA 2ZZWA 3IK6B 2REJA 3G7WA 4NF6A 4IGTA 1B7UA 1B58A 4ONYA 3O2AA 4I1DA 4IO2A 4NEDA 4XKPA 2DVZA 5FTHA 3TAJA 4F3BA 3MVXA 4XF5A 2VPNA 4EDPA 4MEVA 1I6QA 4ZE9A 4HS7A 2GFEA 2ABHA 1F9BA 1Y3PA 4FBPA 2Q9TA 3OSRA 4JWYA 4JWOA 2GRVA 4PF6A 2A5TA 3FATA 5LTCA 2DWJA 4GWYA 4NF5B 2HXWA 2QVRA 3SEUA 3FXBA 4G68A 3C35A 1LBXA 2PVUA 4ZEIA 3SEYA 1FBGA 4GXSB 2DWIA 3UIFA 4GIZA 4G4PA 1ZKBA 3LBSA 4ZECA 1NH8A 1MS7A 5EHSA 3TUSA 5ICTA 4MLVA 3IO6A 2R9JA 1FBFA 1B46A 4MF3A 3UP9A 3B6TA 3ROJA 1P1NA 1USYH 2I4CA 2Y7RA 4I9DA 3CSBA 2I3VA 4NMYA 1OVTA 1FBDA 4FJPA 4GL8A 2ONKE 2Q74A 3KEIA 3PUWE 5L9MA 1Y3QA 4Q30B 2PX1A 3TMGA 2RKMA 1Q1KA 1FQEA 4P1EA 4TLMB 1H44A 4Q5TA 4LN5A 1EYJA 4YKPA 3PV0E 3V5AA 1MXZA 5DEXA 3KC0A 1SYHA 5H8QA 4MJOA 4ECFA 1IQ7A 4GX3A 2OX3A 4OERA 1FTOA 3BBRA 1VR5A 4FECA 3T9HB 3CI8A 3OSQA 4R2FA 1GR2A 4C1UA 1NUYA 4ZEBA 5I2KA 2UXAA 1FTAA 4RK9A 3OEMA 3O9PA 4R72A 4WEDA 1B1XA 2O84X 4LP2B 5I2NA 5LOMA 4F3PA 1XOCA 2AYSA 1URDA 2Z8EA 2XD2A 2Q8JA 3FD3A 3CG3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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