4G68A

Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
ITLTFWNLFTGEPAKTKVKEIIDQWNKENPNVQIVESVTENDAYKTKIKAAIAANEAPDIFQTWAGGFSQPFVEAGKVLQLDSYLNDGTKDQLLPGSFDNVTYNGKIYGIPFDQQASVLYINKELFDKYNVKVPTTFSELIDAIKTFKSKGVTPFALGEKDEWPGMWYYDMIALREGGVQLTRDALNGKASFDNQAFTDAAQKLQDMVNAGAFDSGFMGLTRDEATAEFNQGKAAMYFGGNFDAAAFVSDPSSLVKGKIEAVRFPTIEGGKGDPTEYIGGTVGALMVSANSKYKDEAVRAAKYLAKQLSDMDYLIATGLPAWKYDNIDQSKVDPLEIQIMNNIVANAKGSVPAWDIYLSGDAAQTHKDLVAQLFAKQITPEEYSKQMQQKIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Insights into Xylan Utilization by the Thermophilic Bacterium Caldanaerobius polysaccharolyticus.
pubmed doi rcsb
source organism Caldanaerobius
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter
total genus 137
structure length 392
sequence length 392
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A02
1SYHA 2R71A 3LSFB 4U23A 3TDJA 1MY3A 1NL5A 2GRVA 2XXHA 3MZ9A 4LA9A 3VVDA 4YKIA 1WDNA 3H6VA 2E0SA 5CMKA 1URGA 1DTGA 3T96B 4YB7A 2REGA 1IIWA 1N84A 1QJMA 1A54A 1IXIA 1FQFA 2F6GA 3K00A 1LB9A 3W9WA 3SEWA 2XXRA 4KQPA 4AB6A 2I3VA 4LP2B 3OO7A 4U4SA 5KCJA 1MQHA 1XVXA 3VLWA 5DEXA 4KHZE 1BIYA 4O3CA 4ZECA 2D21A 2ZXTA 4HS7A 4EUOA 4RY1A 2ZYOA 3SEXA 2HAUA 2QS4A 2O84X 1QVSA 4QFOA 5A5XB 3A3CA 1VFEA 2OLBA 5I56B 3BFTA 3U72A 4ONYA 3K4UA 1MXUA 2Q89A 2XX9A 4G8HA 1PEBA 4XKRA 4LQ5A 3S4UA 2I6EA 3USDA 4GD5A 3VFJA 3O6HA 3HV1A 4JDFA 4EXLA 3M3FA 4NF8A 1P1QA 4P0IA 3K01A 4R9GA 2R9JA 3MPKA 5B70A 1OIBA 5I58A 1EZOA 5CBSA 4IO5A 4QHQA 1JVYA 4DCXA 3OO9A 2V25A 5FTHA 3E13X 3H7MA 3IOWA 4KYSA 3RGYA 3V8XB 4IO2A 3QK6A 1LAGE 1LB8A 3V5AA 1A8FA 1JW1A 2XX7A 3Q28A 4R6KA 3QIMA 4DZ1A 1NNKA 3H06B 3Q27A 3FVKA 4ZE9A 1B51A 4JBZA 3TZAA 4OESA 1B32A 1EU8A 3HHGA 4TOZA 5CMMA 5JTYA 4BDNA 1Z7ME 4OHNA 5EHSA 1AIVA 4I9DA 1B05A 1YTVA 2PT2A 2UVHA 5FTIA 4ZEBA 4ZZEA 1EZPA 1LCFA 1IUDA 1PBPA 2XD3A 1TFAA 2DP8A 3FUZA 3IB1A 1A55A 4ZEIA 2PVUA 3TKDA 1QKBA 3KOSA 4NE4A 4QSEA 2O6AA 2PYYA 2XXIA 5H8NB 2UYEA 1FTMA 3TUSA 1PB9A 3CFXA 3MPLA 4GFRA 3PUWE 3RUMA 3IJOB 2XXWA 3MWBA 3OSRA 1T0KA 2UVIA 4O3AA 4XKNA 1JEUA 3LBSA 5DVJA 1B1HA 4F39A 3PMXA 1M5DA 1POY1 4UA8A 2GHBA 1JW5A 3TMGA 3WAEA 4R73A 3EHUA 3VVEA 3UA8A 5JK4A 1B5HA 1POTA 1BTJA 1NMUA 3EHTA 3EPEA 4OFLA 3JZJA 4ISUA 3ZKLA 2DWJA 2H9BA 3MP1A 5K2XA 1Y3QA 2OBGA 3ILUB 5I2KB 2X7QA 1SYIA 4U2RA 4BDRA 5CM6A 2GHAA 1MH3A 2A5TB 2UVJA 4G4PA 4JSDA 1I6AA 4QSCA 4JWXA 4KR5A 1MS7A 1CB6A 2XXYA 4M1VA 1FQAA 4OENA 3IB2A 3RN8A 3RT8A 1US5A 3U94A 2A5TA 1B0HA 5EYFA 4BDLA 1AMFA 1US4A 2XXUA 2ZYMA 4H5GA 4AQ4A 4EQ9A 3T9VA 1MH4A 1N76A 4R9FA 3TYHA 5BWJA 4EF1A 4MH5A 4P0GA 4PFYA 1N0TA 3OXNA 4KCCA 1TXFA 3IK6B 4MFIA 4RXLA 1FTOA 2I4BA 4Q5TA 1DSNA 4HCWA 4HTGA 3KZGA 4WEPA 4WXJA 1ZLQA 3IO6A 3CFZA 1LFHA 2XX8A 5TU0A 1GGGA 1B4ZA 1MM7A 4U4XA 4GXAA 2F34A 2XXVA 4C1UA 4PFUA 4C1TA 2VOZA 3MJNA 5AA1A 3S2VA 1I6QA 2ZNTA 5H8NA 4LQ2A 1I69A 3FV1A 4HW8A 3K02A 1B4HA 2G29A 4YB6A 4H5FA 1Y3NA 2HZLA 4R72A 1MXWA 2ONSA 2F7AA 2Q9TA 2V3TA 1DMBA 2Z8FA 3G3GA 1N7XA 1NNPA 4E0WA 3FXUA 3T22A 4OERA 5AA3A 1ATGA 3EF7A 4YKJA 3FVNA 2I0BA 1WODA 1NKXA 4K3FA 1B7ZA 1MM6A 2FA7A 3A3UA 3I5OA 3CI8A 3OD7A 3U92A 2ESNA 3FVOA 4FATA 5BUUA 2ONRA 2F7BA 1II5A 3DP8A 1FQDA 1MY2A 1SDXA 3TEPA 3OO8A 4G68A 1O63A 1RKMA 4YMBA 1FTKA 2HEUA 3SEYA 4N13A 2IEEA 5H8HA 4NF5B 1MPDA 1LGBC 2XXXA 1P99A 4POXA 2DWIA 1HSLA 3UK4A 3N6UA 1LFGA 1SD3A 3OENA 1S9TA 3OOAA 4MBPA 2F97A 3RQTA 1EZ9A 2HQ0A 5KZTA 2QMXA 1D9YA 5TPAB 4QFPA 1OQHA 2F5XA 3G3KA 2GFEA 1D3KA 3KSJA 1SW4A 2P1SA 4JB7A 2IA4A 3TTRA 1ZIUA 2M8CA 4LZ5A 4GF8A 4ZEKA 3CVGA 2D5WA 3MVYA 5DTBA 3SEUA 4DLDA 1UTBB 1DOTA 3H6UA 2HFBA 4ELPA 1M5CA 4IO3A 2R6GE 2UVGA 3MVWA 3SDFA 2OK2A 1JW4A 2Y7PA 1ZBMA 3HHFA 3RPWA 1MDQA 2F35A 3DP6A 1NNTA 3GZGA 4OWDA 1MXVA 4EF2A 5AA2B 1M5FA 3MQ9A 1OMPA 1QW0A 3PD9A 1NH7A 4YICA 3UN6A 3CFLA 3MC2A 4F1YA 1XOCA 2Z22A 4OXVA 3FJMA 3KJTA 4YKKA 2NXOA 2DSFA 3PD8A 2XXPA 5LOMA 2I4CA 4RPNA 3C36A 2VGQA 1QUKA 1SBPA 3VE1B 2OWTA 4EQ7A 5ISUA 2QL3A 3MW0A 2QS2A 2X26A 3FJ7A 1B58A 4E0XA 4ELQA 4Z7EA 3PMWA 1QULA 5H8QA 3FIRA 3IOTA 4QFKA 5JTYB 3RTFB 2ZYKA 3E3KA 4OMBA 4MLQA 1B3FA 1N3XA 5CC2A 1SW5A 4F18A 3S9NC 4OEVA 1JEVA 4MF3A 5I59B 5DVFA 5CMBA 4GQOA 4LATA 1KWHA 2DWHA 1FQEA 3ZS6A 1EH3A 1Y4CA 2H98A 3FATA 3BKIB 3MBPA 4GLIA 4YKPA 3RT6B 4DXCA 5CMCA 3KSXA 2HAVA 2QJEA 1YPNA 3W9VA 3FD3A 2DS9A 1Y3PA 3HN0A 2ZMBA 4DDDA 5I58B 2XD2A 2H25A 3TTLA 1PBQA 1O64A 1XT8A 4RNSA 3RTWB 1HSEA 2ZNSA 3T66A 4EDPA 5I84A 2PMSA 3VV5A 2PX1A 4DIGA 1DPPA 1OQGA 3SERA 4KFQA 1S7YA 5ITPA 3S9MC 1ELJA 1Q1KA 1URDA 4QFLA 3VVFA 1URSA 5FHOA 3TPAA 1OLAA 4G8NA 3DP4A 4NF5A 1A7LA 1QUJA 4KD5A 1MQIA 4GL8A 2ABHA 2DWAA 4FIMA 4X1DA 4Q8RA 2VP1A 2QPQA 3KEIA 3G3IA 1A8EA 2NOOA 4XTCQ 3TQWA 2B65A 1MY1A 5HPQA 3H6TA 3T93B 4NTLA 2Z8EA 2E1SA 3K6WA 3LSWA 1XVYA 3HPIA 4G68C 4QSDA 3A09A 3C31A 1R1NA 3E9XA 3KGCA 4XKQA 5TP9A 3THIA 4ESWA 3MAMA 2PT1A 4LONB 4U1OA 3T9HB 4YAHX 4XKPA 4OYVA 2Q2AA 3B6WA 3KFMA 3MP6A 4HCYA 3QUJA 2F7CA 4I62A 3UIFA 5AA4B 1B7UA 4IY6A 1ZKBA 3P7IA 4RYAA 3C33A 1PC3A 1B2HA 1B9JA 1NFTA 1Y1MA 2P2AA 2QSXA 1SI0A 3O6GA 3PUXE 4FECA 3ONMA 3KN7A 3CSGA 3KG2A 3L6HA 3B6TA 3UORA 5JEIA 4OZ9A 3EHSA 1UIUA 1JNFA 4NF6A 1B5JA 2V3UA 1L5TA 3S9EA 4ZE8A 5DYHA 4I8CA 5J1DA 3TQLA 4H67A 1H76A 3EN3A 4DXBA 1USYE 2I58A 1MDP1 2RINA 1P1UA 3DM0A 2F78A 4IO4A 1OVBA 1GV8A 4PFWA 3WAFA 4DE8A 3RNNA 4PP0A 2O69A 2Y7IA 1Q35A 2Q2CA 3M3KA 5F1QA 3O9PA 3RY3A 5A5XA 5CI5A 4YU0A 4N6PA 3TCHA 1FCKA 1MQDA 5B7DA 2RC9A 2V93A 1RYXA 3AXFA 3B7DA 1VFDA 1IITA 2DOJA 3CIJA 2LAOA 2O1MA 3R6UA 1Y9UA 3QXMA 1QUIA 3H4ZA 1TWYA 1MPCA 3SKPA 1PB7A 2I3WA 3TCFA 1BLFA 1D9VA 4OVJA 1LAHE 1MRPA 4G2ZA 4X48A 1IXHA 3H3GA 4OTEA 1R9QA 3O2AA 3QSLA 5DEXB 2Y7RA 3JYRA 3LUYA 3QYTA 4GIZA 4MLVA 4ND9A 5HBCA 5KCJB 4FEDA 3E4RA 3FZVA 2Y84A 1B5IA 1YAEA 4RJZA 4FJPA 3U8QA 1LBCA 5IAIA 1R6ZA 2DQVA 4F1UA 2BJJX 4XIGQ 1AL3A 5AA4A 5I2NB 1B52A 4I1DA 3I6VA 2B3BA 3PUYE 2DVCA 4TQUQ 4GVOA 5H8SA 1ZJLA 3PMVA 3I3VA 3C4MA 4NMYA 2V84A 1MG1A 3K6VA 3IAZA 2I0CA 3R7XA 5AE4A 1UTHA 1N04A 3CSBA 3GXAA 1H45A 3OSQA 2Y7KA 4GWOA 2HZKA 2KLFA 5ITOA 3GBBA 2CZLA 2QS1A 3CG1A 3PPQA 2FNCA 2ONKE 4GOTA 4OFJA 4X1BA 3D4CA 3IORA 1H3DA 3B6QA 4GL0A 3CR9A 3PGFA 5K2YA 3RLFE 1B3EA 1Z7NE 4QF9A 3KN3A 2OWSA 1IEJA 4ESXA 2YPNA 4ZDMA 1SVXB 1MXYA 1VE4A 1OVTA 3GLBA 4IGRA 5F7VA 1R9LA 2XHDA 3G3JA 5TPAA 4LZ8A 2YLNA 1MY4A 1B3LA 2RCBA 3M3LA 4H6DA 2OZZA 4WKMA 1M5EA 4R2BA 2O51A 4EQBA 4F2QA 4KI0E 3C35A 3G3HA 5HM4B 3VLVA 4UACA 2ALUA 1LLSA 4NEDA 3IB0A 1JQFA 3TELA 5ICQA 2AYSA 4F3PA 4BDQA 1DTZA 4G68B 3KJ7A 4KYEA 4PFTA 1FTJA 3V83A 3KN8A 4NF6B 3CRBA 3O29A 4L17A 2QMWA 4NF4A 2RC8A 5M2VA 4BLAA 4FEBA 3O28A 2DE4A 2THIA 4Q0CA 1GR2A 4M4GA 1NNFA 2VHAA 1B0LA 2ZYNA 3LC8A 3N26A 2XXQA 4PE5B 1N3WA 2F8DA 2DXYA 2RC7A 2O7UA 4IY5A 4LVQA 4R6YA 1MXZA 4RK9A 5I59A 1ANFA 3ZSFA 3Q29A 3VXBA 2AL5A 1UTHB 4H1XA 3D4GA 3K0VA 3K2DA 4YMAA 5I57B 2O7IA 3HSTA 1CE2A 3BBRA 3MUQA 4POWA 4RA1A 3F11A 4TLLB 5AA2D 1FW0A 1WVJA 5DT6A 3OELA 2I49A 3T9XB 5I57A 4FE8A 5H8HB 1IQ7A 4ECFA 3C9HA 4IO6A 3FV2A 2DXRA 4G77A 3IJXB 4OFOA 3L6GA 3T9UA 3U93A 5L9OA 2REJA 3C34A 4GXSB 4JWYA 1MY0A 2UYFA 1FTLA 4X9TA 3FASA 1O7TA 2Z23A 2PBWA 2HXWA 4QFNA 3TAJA 5I2NA 2X7PA 4DCYA 3TODA 4ZS9A 2D3IA 3CG3A 4TLMB 2RCAA 5ELVA 2FYIA 1SI1A 1PB8A 3PPNA 2NVUB 4YB5A 5L9SA 3UGWA 1VSOA 1LBBA 2I48A 3U1OA 4N07A 3R26A 3GBAA 2H5YA 1JETA 4WEDA 4F22A 5I56A 4NF4B 2H4IA 2Q88A 1IZ1A 1USYH 2ZNUA 2RKMA 2O68A 1SW1A 1AH5A 3ECRA 3HCQA 3TTNA 5ICTA 4RK2A 3FVGA 3MZBA 1BKAA 3SESA 2G93A 3DELB 3M8UA 2CMOA 2H99A 4QRZA 3VXCA 4ELOA 2B3FA 2DE2A 3N6TA 3IR1A 1Y20A 4KPTA 1JVXA 1D4NA 1LCTA 1ZMGA 3O66A 1UQWA 5I2KA 5H8FB 4IO7A 3ZKKA 1IXCA 3LSXA 3S9LC 1NH8A 2UXAA 2DVZA 4NWDA 2W7YA 3LSLA 3PV0E 3K1NA 4F3SA 1GVCA 5IKBA 1DPEA 4H65A 3ILTB 4U1ZA 1Y4TA 4PQJA 4F19A 1P1WA 2GH9A 2HCAA 1F9BA 1GTKA 3IOVA 3KOTA 4IB2A 1P1OA 2NWJA 4JWOA 4ZZAA 1OLCA 4PETA 1J1NA 2VD2A 3G7WA 2QS3A 3JV9A 3K6UA 4NWCA 3TFLA 1I6BA 5H8QB 3Q26A 1SQYA 2RF1A 1TFDA 3OO6A 5L8DA 2F6PA 2DYXA 3MZ1A 1BP5A 4H0WA 5CBRA 3DLNA 4ELRA 3VDFA 4YZZA 2AL4A 3TTKA 1A99A 4R75A 3KBRA 3VLUA 4F2OA 1B6HA 4JXIA 1S50A 3QUFA 4XXUA 5DVIA 4G8MA 1SW2A 5KDTA 4H8JA 3N5LA 3FXQA 4FORA 4U22A 1N7WA 3O6IA 1M5BA 4IGTA 4R2FA 1LAXA 3PPPA 4F31B 1UTBA 3PU5A 5TP9B 5EHMA 2Z8DA 3TTMA 4ZEFA 1MQJA 1H44A 2Q8JA 1P1NA 3K1MA 3FXRA 1XC1A 3OEKA 2XXTA 1LSTA 4F3BA 3FGSA 2F36A 4U21A 3O97A 1B3GA 1B40A 3OMBA 4OETA 3MVZA 4THIA 3Q25A 4C0RA 4FAJA 1AOVA 1LFIA 1MQGA 1QKAA 2ANJA 2NUVA 3MVXA 4P11A 1B3HA 3H03A 4BDMA 4F29A 5H8FA 1RYOA 1ZTYA 1MPBA 4OQOA 4NF8B 4R6HA 4O3BA 1H43A 1ZU0A 3BFUA 2OCUA 3PPRA 1IXGA 1B7HA 5L9MA 4F1VA 2WKYA 1YCJA 3QAXA 1B1XA 3UP9A 5CRYA 4DXUA 3PUVE 2QRYA 4JSOA 1MXXA 4OEUA 5KDTB 3IX1A 3MP8A 3PPOA 3IL1B 5FHMA 2OJTA 1XHYA 1TT1A 3W15C 5FHNA 3LR1A 1HSJA 4KYDA 1Y1ZA 2DE3A 4Q30B 3C32A 3SEVA 1XS5A 3FJGA 4BDOA 3H6WA 2YJPA 2A5SA 3N94A 1LAFE 4F3GA 3OEMA 2AIXA 3HO7A 1PDAA 3K6XA 1VR5A 3PUZE 4GRKA 4KCDA 2V3QA 4LUBA 4AB5A 2P0SA 4R74A 3V89B 2Y7WA 3IOUA 3SETA 4RPOA 1B46A 2VD3A 4EXKA 3EQ1A 2O1LA 4Z0IA 4ZEDA 3TCGA 1A40A 1FQBA 1FQCA 3G3FA 3ODBA 3IO4A 4LZ7A 5AA2A 4H8IA 3K1PA 1UIVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U23A 3TDJA 2CEXA 2GRVA 1DTGA 2F6GA 4KQPA 3A29A 4KHZE 4O3CA 4N6KA 2ZXTA 4RY1A 2ZYOA 5EYHA 5A5XB 4HE0A 3K4UA 4G8HA 1PEBA 2I6EA 4GD5A 4R9GA 3K01A 5EQ9A 1DCUA 4DCXA 3H7MA 3QK6A 1LB8A 5IGAA 3V5AA 3Q28A 1NNKA 1B51A 1B32A 4TOZA 3HHGA 1FBFA 5EHSA 1RDXA 1YTVA 1EZPA 3FUZA 3TKDA 2PVUA 4NE4A 5EQ8A 1FTMA 1NUYA 1LEVA 5ET6A 4O3AA 4XKNA 4O7IA 1POY1 2GHBA 5JK4A 1B5HA 4OFLA 3JZJA 2DWJA 2H9BA 2OBGA 2X7QA 4U2RA 2GHAA 4G4PA 4JSDA 4KR5A 3RT8A 2XXYA 1CB6A 4OENA 2A5TA 4BDLA 4PDDA 3TYHA 1N0TA 1FTOA 2I4BA 4Q5TA 1YZ0A 3IO6A 5TU0A 4O8MA 2VOZA 3D1RA 4HW8A 3FV1A 1B4HA 2ONSA 2Q9TA 2V3TA 1DMBA 1NNPA 3EF7A 1NKXA 3A3UA 3OD7A 3DP8A 4G68A 1RKMA 3SEYA 4NF5B 2XXXA 4POXA 1YYZA 1LFGA 1SD3A 2F97A 1EZ9A 1OQHA 3G3KA 4XF5A 1SW4A 2P1SA 1NI9A 1ZIUA 4LZ5A 4XEQA 3CVGA 2HFBA 2OK2A 2Y7PA 3HHFA 1FPJA 1MDQA 5AA2B 2F3DA 3MQ9A 2OWZA 3UN6A 2Z22A 4OXVA 2NXOA 5LOMA 3FXBA 4NAPA 4RPNA 5ISUA 2OWTA 2X26A 3PMWA 1QULA 4QFKA 5CC2A 4MF3A 5I59B 5CMBA 1FQEA 3ZS6A 2B4LA 1EH3A 3RT6B 1FPLA 2QJEA 3W9VA 2ZMBA 4DDDA 2XD2A 3RTWB 2PMSA 1OQGA 4KFQA 3S9MC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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