4G68A

Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
ITLTFWNLFTGEPAKTKVKEIIDQWNKENPNVQIVESVTENDAYKTKIKAAIAANEAPDIFQTWAGGFSQPFVEAGKVLQLDSYLNDGTKDQLLPGSFDNVTYNGKIYGIPFDQQASVLYINKELFDKYNVKVPTTFSELIDAIKTFKSKGVTPFALGEKDEWPGMWYYDMIALREGGVQLTRDALNGKASFDNQAFTDAAQKLQDMVNAGAFDSGFMGLTRDEATAEFNQGKAAMYFGGNFDAAAFVSDPSSLVKGKIEAVRFPTIEGGKGDPTEYIGGTVGALMVSANSKYKDEAVRAAKYLAKQLSDMDYLIATGLPAWKYDNIDQSKVDPLEIQIMNNIVANAKGSVPAWDIYLSGDAAQTHKDLVAQLFAKQITPEEYSKQMQQKIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Caldanaerobius
publication title Biochemical and Structural Insights into Xylan Utilization by the Thermophilic Bacterium Caldanaerobius polysaccharolyticus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter
total genus 137
structure length 392
sequence length 392
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A02
1OMPA 3EPEA 1N3WA 2Y7KA 3MC2A 5TPAA 2W7YA 1NNTA 2O1LA 3MZBA 4IO4A 4LVQA 4OMBA 1YPNA 2DWAA 3B7DA 1Y3QA 4O3CA 4QSEA 4H5FA 4OESA 4I9DA 1MM7A 1GVCA 4EF2A 3TELA 3IB0A 3FVKA 1LSTA 2HZKA 2A5SA 1SVXB 2I58A 3GXAA 1NKXA 1O63A 3C9HA 4LATA 4X48A 2D5WA 1PBQA 1AH5A 4ELPA 1B9JA 1SW4A 1PC3A 1I69A 3ECRA 5H8NB 4XKQA 1VFEA 4YMBA 1QVSA 5IKBA 3ODBA 4EQ9A 4AB5A 4P0IA 1DPPA 2XXXA 4EXLA 2NUVA 3EHUA 3RPWA 1LAXA 4C0RA 4JWOA 4KQPA 2Z8EA 5I2KB 5ITPA 4GFRA 4HS7A 5K2XA 3H7MA 2ONSA 1FCKA 1EZOA 3HPIA 4JDFA 1B5IA 4KD5A 2ZXTA 3IB2A 2Q9TA 5F7VA 1MQHA 2I48A 4OFOA 2FA7A 1MQGA 3MW0A 4U1ZA 1JEVA 1MXYA 3TAJA 3KSXA 5L9OA 5H8QA 4EF1A 3CFXA 4QFOA 4YKPA 3Q29A 3RLFE 4IO5A 1US4A 4JBZA 2OBGA 2GHBA 2A5TA 2VP1A 3TYHA 4F39A 1EZ9A 1B6HA 2V3TA 4OZ9A 3IO6A 5L9MA 4ZS9A 3WAFA 1CE2A 3O6IA 3K6VA 5I58A 3GZGA 3OOAA 4ESXA 1B5HA 3VE1B 1B3HA 4GL8A 2XHDA 2F7CA 4XKPA 1FQDA 3T66A 4U4SA 5H8HA 1P1QA 5CBRA 3T9HB 3ZSFA 3MWBA 2IEEA 4QFKA 3OO8A 3ZKKA 3Q26A 4RK9A 2F5XA 3PPNA 2ZNSA 2F36A 1I6AA 1FQCA 4QRZA 3FATA 4NEDA 1CB6A 4GF8A 3V83A 3KN7A 1FTOA 3KBRA 4EXKA 1BP5A 4F3GA 4NF4B 2H4IA 4R9GA 1UTHA 1Q1KA 3OEMA 1D9YA 1M5DA 4M1VA 3SEWA 2XXUA 1R9QA 3K6UA 1JNFA 4C1UA 4WXJA 4KPTA 4WKMA 3OO9A 3IOTA 2DP8A 1P1OA 2NXOA 3KOSA 1VFDA 3OSQA 3G3KA 5KCJB 3H03A 3CG1A 3EHSA 5I56B 4FEDA 5A5XA 2I3WA 3K02A 3KG2A 1MS7A 4N13A 5I2NB 1Y1ZA 3BFUA 1LCTA 3O28A 5I59A 3LSLA 2QS2A 2OWTA 3TPAA 2XXPA 4R6HA 3ONMA 1UIVA 3VVEA 1BTJA 1Y3NA 2Y7PA 4NE4A 1DPEA 4NMYA 1GGGA 3U8QA 3EN3A 3LC8A 2X26A 3IOVA 3D4GA 1RYXA 1LGBC 2O51A 1B0HA 3USDA 4PE5B 1LAGE 1B51A 2QMWA 3KFMA 4IGTA 3U72A 1SYHA 2V84A 1B7ZA 1RKMA 3G3GA 1ZJLA 3FUZA 4JB7A 3JZJA 2HZLA 1J1NA 4NF8B 1AMFA 2PT1A 3FD3A 2DE2A 2UXAA 5CC2A 3OEKA 2NVUB 1VSOA 3T93B 5I57B 1F9BA 1DSNA 4IY5A 4OFLA 1OLAA 4R6KA 4R6YA 4QFNA 3SERA 1R6ZA 3RQTA 3H06B 4MLQA 4GVOA 1US5A 3R26A 2THIA 4XIGQ 4HW8A 1MXUA 4GD5A 3ILTB 4OENA 1HSLA 2I4BA 1L5TA 1YCJA 2NOOA 1SW2A 4OYVA 1VR5A 2Z8FA 3HHGA 1M5CA 4RNSA 4N6PA 3FIRA 4DCXA 1B46A 5CM6A 1MXWA 1LFIA 1A8EA 4POWA 4H8IA 1HSEA 4YKIA 4GXSB 3CIJA 2V3UA 4PQJA 1XVYA 5ISUA 3G3JA 5AA2B 4MBPA 4IB2A 2D21A 3KSJA 1IEJA 3U1OA 2UVJA 3QSLA 2M8CA 3T96B 3CVGA 2Y7IA 1XC1A 3HCQA 3VDFA 3PUZE 1WDNA 4Z7EA 4ZEFA 5CBSA 4O3AA 3M8UA 3C4MA 1GV8A 2HEUA 1ELJA 4RXLA 5CMCA 1O7TA 1ZKBA 2Q2AA 3UGWA 3OSRA 4P11A 3G3HA 2I0CA 3MP1A 3N94A 1EU8A 5FTIA 3QUFA 2PX1A 3E4RA 2QMXA 1NL5A 3A3UA 3TDJA 1PB8A 3SEVA 4G4PA 1FQEA 2ABHA 1IXIA 3PPPA 4JSDA 2HCAA 4ZECA 1BKAA 3U92A 1N7XA 3N6TA 3VV5A 4GL0A 1OIBA 4DXCA 3VXBA 1URDA 1AOVA 5EHSA 2ANJA 5I84A 2UVHA 4Q30B 2DE3A 2O7IA 4KR5A 4YZZA 4G68C 1TXFA 2Q88A 5AA1A 4P0GA 1DMBA 3H6UA 3CI8A 5DT6A 2Q89A 1M5FA 4M4GA 2CZLA 2NWJA 1IUDA 1ZIUA 4Q5TA 4GWOA 2XXTA 1IXCA 1LFGA 1I6QA 3IB1A 3PUXE 3L6HA 4KI0E 4OHNA 3PGFA 5FHNA 3BKIB 4DZ1A 3TTMA 3LSWA 3S9NC 4DXBA 2XXQA 3TCGA 2QS3A 3FVOA 4F22A 4RYAA 4MFIA 4MF3A 4ND9A 2GH9A 1N84A 2B3BA 3C31A 1D4NA 5K2YA 2Y7RA 4U23A 3MQ9A 4KHZE 4OETA 4NF6B 5TP9B 3K1NA 1UTBB 3RTFB 1R1NA 1T0KA 3FXRA 4G68B 3FV1A 5H8SA 3AXFA 1ZMGA 4ZZAA 2B3FA 2YLNA 3KGCA 3PPQA 4KYSA 1ATGA 1B3EA 1POY1 4NF5B 3FVGA 5DVJA 4YAHX 2CMOA 3H3GA 3W9VA 1M5BA 5I2KA 2F7AA 1DTZA 2F35A 2UYEA 4PFUA 5BUUA 3IAZA 1NNFA 2RF1A 3TCFA 4YKKA 4FORA 1EH3A 2V3QA 4MLVA 3VVFA 2DXRA 1N3XA 5AE4A 4OVJA 2XD3A 2ONKE 3K01A 2DWHA 3O66A 2G93A 4BDOA 2VD3A 4LZ5A 3TFLA 2V25A 3K1PA 3FXQA 1Y3PA 1O64A 1USYH 3B6WA 2DWIA 2Y7WA 1KWHA 1ZLQA 5L9SA 1H76A 2ZYMA 4HTGA 1H43A 4DDDA 4XKRA 3QIMA 1URSA 2XXVA 2O84X 3RN8A 3RTWB 3QK6A 3PD9A 4Z0IA 3MJNA 5KZTA 4DIGA 3KOTA 1TFDA 2E0SA 5EHMA 5L8DA 3C36A 5ITOA 3H6WA 5CRYA 1IQ7A 2I0BA 2DYXA 3B6TA 2Z23A 2H98A 1QJMA 3PV0E 5AA4A 3RUMA 1MXVA 2XXIA 3LUYA 2PMSA 4OERA 3O29A 2OWSA 1MDQA 2V93A 3S9EA 5CMBA 2Q8JA 4YB5A 3IORA 1QKBA 1MY2A 3MPKA 3O6HA 4KYDA 1SD3A 3MUQA 4YU0A 1Y4TA 4FAJA 4DLDA 1NNPA 4NF4A 5DTBA 4F1YA 3ILUB 4NTLA 4DXUA 3CR9A 4MH5A 1DOTA 3CSBA 3VLUA 3TTKA 3UP9A 1Y1MA 2HFBA 5B7DA 2F7BA 3IX1A 3TMGA 2XXRA 3TEPA 4BDNA 1YAEA 4R2BA 1UTHB 5KCJA 1B3LA 4UA8A 5I56A 4EUOA 1MY3A 3FZVA 5I2NA 4ISUA 4ZEKA 3PUYE 1MY4A 2H25A 4TLMB 4BDQA 3W15C 4XTCQ 1FTLA 2UVGA 4L17A 2RKMA 4OFJA 1ZU0A 1QUJA 4ZDMA 3WAEA 1ZTYA 3HHFA 4BDLA 4PP0A 4IO6A 4PFTA 2RC9A 3SKPA 2GHAA 4RJZA 5JTYB 4U1OA 1MH3A 1GR2A 4NF8A 2H99A 3DLNA 3LBSA 3CG3A 2AIXA 4RPNA 5I57A 3LSXA 4XKNA 1H3DA 2DQVA 4F18A 4F3BA 4OQOA 1MY0A 2ONRA 3TZAA 4UACA 3CSGA 3PMWA 5HPQA 5ICTA 2OLBA 1N0TA 5HM4B 1LBBA 3LSFB 4I62A 4LUBA 1LB9A 2PYYA 2RCBA 1A54A 2REGA 2R9JA 3SESA 3MP8A 3PU5A 3QXMA 1P99A 3K00A 4Q8RA 3MP6A 1SW1A 5DEXB 3RNNA 4ECFA 4G77A 5CMMA 4KCCA 4U4XA 3P7IA 1TT1A 1USYE 1A7LA 4HCWA 4QFPA 4F29A 3IR1A 5DVFA 3GBAA 2I49A 3S4UA 2Z22A 4R75A 3MVYA 2F8DA 1IIWA 1B0LA 3TTLA 3Q27A 5KDTB 1B32A 3T22A 1FQBA 3UN6A 3C34A 4E0WA 4F1UA 1IZ1A 1JQFA 5H8FB 4ONYA 3KJTA 1A99A 3K1MA 4Q0CA 2QRYA 4FE8A 4ZEDA 1PBPA 2DXYA 4DE8A 2YPNA 4X1DA 1SQYA 2VHAA 3O2AA 3G3FA 3OMBA 4F2OA 1JW1A 4QHQA 2X7PA 2KLFA 2H5YA 1B7HA 2UVIA 2X7QA 4YICA 1PB7A 2ESNA 5J1DA 3LR1A 3PPRA 3TQLA 1LBCA 3F11A 3MBPA 1Y20A 4R73A 1FTMA 3IOUA 3K0VA 2OCUA 4OTEA 1URGA 2RCAA 3PUVE 5EYFA 2GRVA 4PFWA 1MPBA 3S9LC 1JEUA 4IO7A 2DWJA 4YMAA 1B40A 3N6UA 2FYIA 3FJGA 3V89B 3MAMA 5TU0A 1NMUA 1AL3A 1SDXA 1S7YA 2VD2A 3EQ1A 4TOZA 1PB9A 1N76A 3IK6B 1B3GA 3SEUA 3FVNA 1QULA 4IGRA 3PPOA 4QSDA 3B6QA 1WVJA 2P1SA 3BFTA 4I1DA 1Y4CA 4WEDA 4IO2A 3K2DA 4E0XA 2UYFA 3JV9A 3QYTA 4R2FA 5TPAB 4LZ7A 2XXWA 1FQFA 1JVYA 3FXUA 3RT6B 1XVXA 3EHTA 2WKYA 3A09A 3KZGA 3VVDA 2VOZA 2PT2A 2QPQA 4NF6A 4BDRA 5CMKA 5TP9A 1UTBA 3O9PA 5FHOA 4LP2B 1DTGA 4F31B 1MH4A 3MZ1A 3I5OA 4G68A 3D4CA 1B52A 4K3FA 3O6GA 4JWYA 3IL1B 4RPOA 3SEXA 1ZBMA 3KJ7A 1Y9UA 1B4HA 5H8NA 2B65A 1NFTA 3RGYA 4NF5A 1A8FA 4H1XA 3SDFA 3C35A 1LAFE 4KFQA 4WEPA 1D3KA 3FV2A 3N5LA 3DP6A 3QUJA 3T9UA 3G7WA 3TTNA 3VLVA 2LAOA 1MQJA 4PETA 2ZNTA 1QUKA 1RYOA 4R72A 4F1VA 3TQWA 2DSFA 1LLSA 3VLWA 4DCYA 2O1MA 2O6AA 1JW4A 2ZYKA 1OVTA 1B1XA 1ANFA 5B70A 3C32A 4GRKA 1S50A 3O97A 1POTA 1OQHA 2VGQA 4IO3A 4F19A 4OEUA 4LONB 3DP4A 3DELB 2YJPA 3CFZA 1NH7A 1AIVA 4H65A 1P1WA 1FTJA 3V8XB 2OJTA 2XXYA 1QW0A 1UQWA 3MPLA 3TCHA 3SEYA 1LFHA 3KN8A 5ICQA 5IAIA 3CRBA 1FQAA 1XOCA 3T9XB 2O69A 2XX9A 2P2AA 3HN0A 3HSTA 4U22A 4G2ZA 2P0SA 3M3KA 5JEIA 5H8QB 2HAVA 4YKJA 3DP8A 3RT8A 1H45A 3TUSA 3FJMA 5FTHA 5ELVA 1IITA 2REJA 1M5EA 4OXVA 4FECA 2H9BA 2A5TB 3BBRA 1SI0A 1B58A 5LOMA 1TWYA 3H6TA 1PEBA 1Z7ME 3PD8A 2PVUA 4F3PA 1Z7NE 4IY6A 3S9MC 3TTRA 5I58B 1QKAA 1MXXA 4JWXA 1D9VA 4H6DA 4R74A 4FATA 4FEBA 3R7XA 1A55A 5AA2D 2XX8A 4I8CA 4G8NA 2ZYOA 1B4ZA 3V5AA 5H8HB 2GFEA 3DM0A 2O7UA 2XX7A 1P1NA 5AA4B 2DE4A 3ZS6A 3E9XA 4ZE8A 3W9WA 1IXGA 5M2VA 5BWJA 4H67A 1B7UA 2QL3A 2F6GA 4ZE9A 2DS9A 4EDPA 4NWDA 3U93A 3Q28A 1B5JA 2ZMBA 2QS4A 2QJEA 4QFLA 4TQUQ 4RA1A 4ZZEA 3OO6A 2OZZA 2O68A 2AYSA 3C33A 1MPDA 5FHMA 3K6WA 2DVZA 3OENA 1B1HA 3SETA 4QF9A 2PBWA 1JVXA 2ZNUA 4U2RA 4OEVA 2AL4A 1PDAA 2F34A 5F1QA 5A5XB 2F6PA 1LCFA 2E1SA 3H6VA 4QSCA 4C1TA 1OLCA 2G29A 4FJPA 4GXAA 5I59B 3L6GA 2D3IA 2QSXA 5AA3A 1JETA 1NNKA 3RY3A 1JW5A 2I3VA 3HV1A 1N7WA 3R6UA 4FIMA 1OVBA 2ZYNA 3GBBA 1HSJA 2HXWA 5JTYA 4H0WA 4ZEIA 3IJXB 2OK2A 3UK4A 3PUWE 3MVZA 3OO7A 2F97A 4R9FA 1S9TA 3OD7A 4H8JA 1MRPA 3PMVA 3THIA 1A40A 3IO4A 4AB6A 4BLAA 4ZEBA 4GIZA 1FTKA 3TKDA 3UA8A 2ALUA 5CI5A 1SI1A 3OXNA 4LA9A 1TFAA 4ELOA 1LAHE 3UORA 1LB8A 1EZPA 4G8HA 4THIA 1SYIA 3UIFA 3PMXA 1FW0A 3FJ7A 1UIUA 4YB6A 4RY1A 2HAUA 1QUIA 3MVWA 3MZ9A 4TLLB 1MQDA 1MG1A 2RINA 1XHYA 3ZKLA 4KCDA 5DEXA 1NH8A 1MM6A 1I6BA 2AL5A 5HBCA 4OWDA 3A3CA 2XD2A 1MY1A 1VE4A 1R9LA 5AA2A 3MVXA 3Q25A 3M3LA 3TODA 3E13X 2QS1A 4U21A 3N26A 3VFJA 1MQIA 4ESWA 3FGSA 5KDTA 3T9VA 1GTKA 5DVIA 2R6GE 4XXUA 4NWCA 3JYRA 1YTVA 4LZ8A 3VXCA 3FASA 5H8FA 3HO7A 2XXHA 3KEIA 1SW5A 4ELQA 4H5GA 4POXA 4ELRA 3H4ZA 4LQ5A 1BIYA 3EF7A 4GLIA 2DOJA 4LQ2A 4X1BA 4RK2A 3KN3A 3QAXA 3E3KA 4G8MA 2HQ0A 4JXIA 4BDMA 5JK4A 4EQ7A 3GLBA 4HCYA 2BJJX 2F78A 2Q2CA 2Y84A 3M3FA 2R71A 1B05A 2IA4A 3K6XA 3CFLA 2RC7A 4GOTA 1MDP1 4KYEA 4F2QA 1SBPA 3G3IA 2I4CA 2FNCA 4JSOA 1P1UA 1IXHA 1H44A 4YB7A 5DYHA 4X9TA 1XT8A 2Z8DA 4PFYA 2RC8A 3IOWA 3U94A 4O3BA 3I6VA 1MXZA 4F3SA 1BLFA 1OQGA 1B3FA 3K4UA 4AQ4A 2I6EA 1B2HA 4GQOA 4N07A 3I3VA 3OELA 3IJOB 3S2VA 2DVCA 1WODA 1II5A 1Q35A 1MPCA 1N04A 1XS5A 4EQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OMPA 3EPEA 1N3WA 2QVUA 2Y7KA 4N17A 1FPKA 3MC2A 5TPAA 2W7YA 1NNTA 2O1LA 3MZBA 5IZ3A 4IO4A 4LVQA 2HHMA 4OMBA 1YPNA 2DWAA 3B7DA 1Y3QA 4O3CA 4QSEA 4H5FA 4OESA 4I9DA 1MM7A 2B4LA 5EYGA 1GVCA 4EF2A 1IMAA 3IFAA 3TELA 3IB0A 3FVKA 1LSTA 2HZKA 2A5SA 1SVXB 2I58A 4LN5A 2P3NA 2FBPA 3GXAA 1NKXA 1O63A 3C9HA 4LATA 4X48A 2D5WA 4UABA 1PBQA 4HE0A 1AH5A 4ELPA 1B9JA 1K9YA 1SW4A 1PC3A 1I69A 3ECRA 5H8NB 4XKQA 1VFEA 3PTYA 4YMBA 1QVSA 5IKBA 5EQ8A 4P1EA 3ODBA 4EQ9A 4AB5A 4P0IA 1DPPA 2XXXA 4EXLA 2NUVA 3EHUA 3RPWA 1LAXA 4C0RA 3SZPA 4JWOA 4KQPA 2Z8EA 2Q8MA 5I2KB 5ITPA 4GFRA 1FPGA 4HS7A 2B4MA 4PAFA 3H7MA 5K2XA 2ONSA 1FCKA 1EZOA 3HPIA 3MSTA 4JDFA 4N6KA 1B5IA 4KD5A 4MEVA 2ZXTA 3IB2A 2L5VA 2Q9TA 5F7VA 1MQHA 2I48A 4OFOA 2FA7A 1MQGA 3MW0A 2QFLA 4U1ZA 1JEVA 1MXYA 3TAJA 3KSXA 5L9OA 5H8QA 4EF1A 3CFXA 2FIEA 1FBCA 4QFOA 4YKPA 1IMEA 3Q29A 3RLFE 4IO5A 1FPLA 1US4A 2WEFA 4JBZA 2OBGA 2GHBA 2A5TA 1FBHA 2VP1A 3TYHA 4F39A 4HE1A 1EZ9A 1B6HA 2V3TA 4OZ9A 3IO6A 5L9MA 4ZS9A 3WAFA 1CE2A 3O6IA 3K6VA 5I58A 3GZGA 3OOAA 4ESXA 1B5HA 3VE1B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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