The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
213
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structure length |
205
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Chain Sequence |
AMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSTPRVVL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*C)-3')
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| molecule tags |
Viral protein/rna
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| source organism |
Lassa virus
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| total genus |
55
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| structure length |
205
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| sequence length |
213
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GV6 A; 4GVE A; 4G9Z A; 3MWT A; 3MX5 A; 4GV9 A; 3MX2 A; 3Q7C A; 4FVU A; 3Q7B A; 3R3L A; 3MWP A; 4GV3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QA4 N; 1NGD A; 2G8U A; 1IJJ A; 3SUN A; 3HVT A; 5BN8 A; 3I33 A; 1VSM A; 3OYH A; 4Z4F A; 1MWK A; 3DWL A; 4CIF A; 1Q18 A; 4B1X B; 3NGY A; 5BRF A; 2VWB A; 3DM2 A; 4AHR A; 1K9M O; 1SAZ A; 5SWM A; 3AVM A; 1VQN N; 4BDY A; 3TAG A; 4CK2 A; 4LD0 A; 5AFU H; 4W5Q A; 1WSG A; 4KH6 A; 3C7N A; 2HHU A; 3WUH A; 1UA1 A; 3OA9 A; 4F9O A; 5FPE A; 5AQT A; 1HNI A; 2YNH A; 3VQD A; 1HRH A; 3AVN A; 4C8K A; 4JI6 K; 3OS2 A; 5BN9 A; 4ID1 A; 4CHQ A; 3QEW A; 1RBT A; 3R3L A; 1VQ8 N; 1NBW A; 4W5R A; 2UXD K; 1HQU A; 4Z94 A; 2Z1H A; 3DLR A; 3H3O B; 3DRS A; 2Z1G A; 1VK0 A; 3QML A; 1W97 L; 3VQE A; 3OYA A; 2CGL A; 1S72 N; 5AQN A; 4CD1 A; 4E89 A; 3WXI A; 3F9M A; 3NF9 A; 2IIR A; 2O8E A; 1U6Z A; 2XY7 A; 1YHQ N; 4HUG A; 5MLC Q; 3QIN A; 4E0D A; 2P9U A; 1RT2 A; 3QIO A; 4JI3 K; 4JKD A; 1K73 O; 4RCH A; 4CBX A; 4IOA L; 3PO4 A; 4OLA A; 4WQ4 C; 3HL8 A; 5BR8 K; 1U47 A; 4KHY A; 4JN4 A; 1GLC G; 3TU5 A; 1CZB A; 2ETJ A; 5LY3 A; 2QWM A; 4C8O A; 5EU7 A; 1KVC A; 2HBK A; 2XHB A; 4IEI A; 3AVF A; 4CI6 A; 5IWA K; 3D0P A; 2HVH A; 3ENB A; 4B8A B; 4CCH A; 4G1Q A; 3MXM A; 1YT3 A; 2HB5 A; 4H5W A; 1ASW A; 3SQ4 A; 5JLF A; 2VYP A; 3DOL A; 3W0L A; 3UKR B; 4FLU A; 2NNW A; 1BIU A; 4RW4 A; 4TSX A; 4J2A A; 4ILJ A; 4GMJ B; 5KRS A; 1RDD A; 3RTV A; 1YI2 N; 3SUP A; 3BF3 A; 5AQM A; 4B9S A; 1NJW A; 2VQF K; 2O8B A; 3KLH A; 5BRE A; 4DR3 K; 4H4M A; 3T19 A; 2BH1 A; 2P1J A; 4F2S A; 4DR1 K; 1HKG A; 4PL7 A; 4LFB K; 1NGH A; 4CIG A; 3V4I A; 4CHP A; 3DAW A; 3QER A; 2ZGY A; 4JI5 K; 1WNS A; 4ELV A; 4CIE A; 4CEQ A; 1BHL A; 1MDU B; 3C7N B; 3V1Q A; 4OVL A; 1U2V A; 1I39 A; 1WBD A; 3CCS N; 3T3F A; 1J5E K; 4XH5 A; 3EY1 A; 3ZT1 A; 4DFM A; 2IC3 A; 4CJ4 A; 4CVN E; 1J9A A; 3K0S A; 4DTO A; 4DV2 K; 4B1W B; 3CCR N; 1VHX A; 2KFZ A; 3VEY A; 5A2Q O; 3JXU A; 3MEE A; 4OPA A; 4O8U A; 3GBT A; 3I8D A; 2QWN A; 3L4I A; 4DR5 K; 4X62 K; 4B1Y B; 4YFU A; 3TSP A; 4N47 A; 3VA3 A; 1YAG A; 4DG1 A; 1KQS M; 2O8E B; 1IKY A; 3A8Y A; 2V7Z A; 1QQN A; 1EXQ A; 2B6A A; 2P9U B; 5B8H A; 3I8B A; 3RMB A; 2PY5 A; 2F4V K; 3A5N C; 4O8K A; 4ILG B; 4YHH K; 4C1N K; 4OKK A; 1RIL A; 3PX0 A; 5LJV A; 5KQD A; 3AY9 A; 3ZT2 A; 3SMP A; 5AQH A; 5AQY A; 4O55 A; 3QIC A; 3LP1 A; 4BRH A; 1ATR A; 3O1B A; 1W2B M; 3CCV N; 3LP3 A; 3KJV A; 1GLJ O; 3RRG A; 3M6G A; 3V9X A; 3B6O A; 1D9D A; 4KTZ A; 4ZHR A; 5BPN A; 4WFN L; 5AZJ A; 1NK0 A; 3IRX A; 3U9Z A; 4JKB A; 2HND A; 3SCX A; 1MU2 A; 5KPR A; 5GAH P; 2NLX A; 3QEI A; 2BUP A; 3VGK A; 4CJL A; 1C0M A; 3VQB A; 1J53 A; 2QWP A; 5SZT A; 4CGI A; 4CHN A; 5KPZ A; 1KC8 O; 3P1G A; 3IUC A; 3KKR A; 3SLC A; 3TR8 A; 3LDS A; 4K8X A; 2QWQ A; 3PIP L; 3VTI A; 4LSL A; 3CJ9 A; 2E6L A; 4DTU A; 3NGZ A; 4FJM A; 4E7L A; 2O8B B; 3BY5 A; 2BTF A; 1WAF A; 4O5F A; 1WSE A; 4JKE A; 5F1X A; 5GIO A; 4KH4 A; 3AO2 A; 3ZX3 A; 1YJ9 N; 5HL7 L; 4JI2 K; 3HOT A; 2J4R A; 4A5B A; 4R5P A; 4Z4I A; 4E1J A; 4JNE A; 3SBG A; 1TKD A; 3L8B A; 3CET A; 2ZJR L; 3J7Y P; 4JK7 A; 4W5N A; 4BR2 A; 3HPH A; 5GAD P; 1N5Y A; 2Q2R A; 5CYM A; 1TKX A; 4LF5 K; 3HSC A; 3NBP A; 5M1O A; 1KLM A; 4NB4 A; 3CJ1 A; 2HW3 A; 4DQQ A; 3O9U A; 2KLA A; 3AVL A; 3MK6 A; 2ZWH A; 2XY6 A; 4FWN A; 1YVN A; 4H0T B; 1U04 A; 3HPG A; 4CZL A; 4KB1 A; 3D45 A; 3FLC O; 1XUP O; 3SYZ A; 1LCU A; 3DLG A; 3TAB A; 2P5O A; 4CZK A; 4HVJ A; 1QSY A; 4YOT A; 1VSK A; 3QIP A; 3K57 A; 1KXP A; 3CER A; 2NZT A; 2HHT A; 4FJ7 A; 3TWH A; 3U3G A; 4CJ5 A; 5CHI A; 4H0X B; 5D3G A; 5FPD A; 5CZ2 A; 2P9P A; 3K5O A; 2GBZ A; 1S6Q A; 3HP9 A; 1NOZ A; 1NGJ A; 3FGU A; 1QTM A; 2D0P A; 2A5X A; 5CY4 A; 4FJ9 A; 2YV0 X; 4EHT A; 3C6H A; 1FW6 A; 4FZX C; 2UUC K; 3E9P A; 3AA2 A; 3AGK A; 5FPM A; 5HRS A; 3HT3 A; 5M1Q A; 4BRM A; 2IAJ A; 4QAG A; 4B9U A; 1RBR A; 2P9S A; 3T69 A; 1BGX T; 5M1K A; 4M3R A; 2JWL A; 2XO7 A; 1N32 K; 5AZJ B; 2Q31 A; 1EO1 A; 4B3S K; 1Z05 A; 2YJF A; 3WQU A; 4DV7 K; 5LMN K; 4WQ5 A; 4A2B A; 4WYB A; 4DQI A; 4LF6 K; 4OLB A; 4M41 A; 3PY8 A; 4FLW A; 5E41 A; 2A1S A; 3WXK A; 4B08 A; 1SKW A; 2VGN A; 2QKB A; 4IBN A; 3E66 A; 5CZ1 A; 1ZBI A; 1C6V A; 4ISE A; 1GOB A; 2AP1 A; 1DEJ A; 1VQ4 N; 3L2V A; 2G8W A; 1SL1 A; 1VRU A; 3S41 A; 4DLG A; 2ASO A; 2NRT A; 4DF8 A; 1NGE A; 4H03 B; 2W42 A; 2DTU A; 3ZX2 A; 1SV5 A; 3CC4 N; 5KTQ A; 3QDK A; 4ISF A; 5DK5 A; 2UUA K; 2IVP A; 3VQ7 A; 2QK9 A; 3OTO K; 4LFC K; 4JEP A; 3M3Z A; 4Q5V A; 3VF2 A; 3U9D A; 1RCH A; 1GLE G; 2P51 A; 4DTJ A; 1TUU A; 2CH5 A; 2W6K A; 3C6T A; 4DSJ A; 3SV4 A; 3ULE B; 3JAM O; 3C94 A; 1UA0 A; 4DTN A; 1JXE A; 4UY8 O; 3I56 N; 3CM6 A; 3G6E N; 1LWE A; 4DS5 A; 2Y1J A; 1H1V A; 4KPY A; 4I6M A; 1E4F T; 1Q9Y A; 4M63 C; 3NH0 A; 2E5L K; 3H46 O; 1S1V A; 1NGB A; 1L3S A; 3K59 A; 5AQR A; 1Y97 A; 2BDP A; 4BC4 A; 1HNZ K; 2A40 A; 3S3M A; 4K8Z A; 3KK3 A; 3TTD A; 1TV6 A; 3H08 A; 3EKS A; 1C0F A; 3LZI A; 1RDW X; 2P9P B; 4CEO A; 5C12 A; 2XY8 A; 2E2P A; 2E1Y A; 2OZM A; 2GTD A; 3ZSO A; 2G8F A; 4QOZ B; 4JS5 A; 2RKI A; 3THV A; 4AHT A; 2D1K A; 5BRD A; 4RWT A; 2GEL A; 2O4I A; 4CHO A; 4DV5 K; 4H8K A; 2P9S B; 4JKG B; 4CES A; 4CF9 A; 1TYQ A; 4F4K A; 4QS8 A; 3NF8 A; 3PX6 A; 5M1N A; 4UQG A; 1U48 A; 3SQ2 A; 2W6L A; 4KI4 A; 4ELT A; 4LH4 A; 4IFE A; 5AFU A; 4DSF A; 2QEX N; 2RHK A; 1OH7 A; 3HXM A; 1S1W A; 4H5V A; 3SUQ A; 1VRT A; 4BVP A; 3KWG A; 1JCF A; 1G15 A; 4Z4H A; 1RNH A; 1U45 A; 2UXB K; 3EO3 A; 3MX5 A; 2G8H A; 1NU0 A; 3B6P A; 3Q7B A; 3NF7 A; 4PKI A; 1HPM A; 1CXQ A; 3FFI A; 1RDA A; 5BPL A; 4J2D A; 4K41 A; 2Y1I A; 1D4X A; 4HTL A; 4AHS A; 4JLH A; 2VWK A; 3GG4 A; 2GEM A; 2BE2 A; 5FLX O; 3CCM N; 1C0G A; 1WSJ A; 1HNX K; 3NH2 A; 2KFN A; 1OH8 A; 3CPW M; 4DTP A; 4B9T A; 3AO5 A; 3U6F A; 1NKC A; 1KLN A; 4GW6 A; 2YHX A; 2W40 A; 4DSL A; 3VGL A; 4DUZ K; 3K2P A; 4B9V A; 3VQC A; 4M7Y A; 4F2R A; 3VQ8 A; 4CJ7 A; 1KCF A; 1HMV A; 1X1P A; 4CFB A; 2HBJ A; 4I6M B; 1W9H A; 4K42 A; 4BRI A; 3IFR A; 3VF6 A; 4JD2 A; 4JI4 K; 3M1F A; 4YOX A; 1LWC A; 3NMU A; 4FM1 A; 2IVO A; 4FJG A; 5GIN A; 4IFV A; 1LV5 A; 2QTD A; 3Q7C A; 4FJH A; 3ISN C; 3TAN A; 4B3T K; 1NGA A; 4BGA A; 1WN7 A; 1X9M A; 1ATN A; 1C1A A; 3KWI A; 2QXL A; 4CBW A; 3C0B A; 1JLA A; 4KHN A; 4JKA A; 3ULD A; 1WSH A; 1K6Y A; 3N4P A; 4BRP A; 4H0O A; 5EY4 A; 3LL3 A; 5FDL A; 1EQY A; 1TYQ B; 3VER A; 1UOC A; 4OPK A; 2VQE K; 1YUW A; 2V52 B; 2AA4 A; 1IG9 A; 3V6D A; 4JYA K; 3QO9 A; 4FPB A; 1TKZ A; 4ICL A; 2P9K A; 5BPM A; 3GDQ A; 3M8S A; 3PLA A; 1J5O A; 3G0Z A; 3O9R A; 2NRV A; 4NXM K; 3TTF A; 5C25 A; 3RMC A; 3NGI A; 1Q82 O; 2PFU A; 4CEF A; 2KZZ A; 1GLF O; 4BE0 A; 4B1Z A; 3LWM A; 4FJL A; 3L2U A; 3A2F A; 2OTL N; 4FWQ A; 3VGM A; 4V19 S; 2OPQ A; 3K5L A; 2YHA A; 1JLE A; 1A5X A; 1VQM N; 1RBV A; 4FXD A; 3CQX A; 1N8R O; 3HZ6 A; 2G8V A; 4DV1 K; 3ZT3 A; 3FZM A; 1CLQ A; 4CZJ A; 3AO3 A; 3DMJ A; 4MFB A; 5TKY A; 2G8I A; 1RBU A; 1S1T A; 4B9N A; 4KV8 A; 3T1A A; 2VCP A; 3IS9 A; 3LDL A; 1DGK N; 1NG9 A; 4BWM A; 3J80 O; 2DY4 A; 5KI6 A; 2D4W A; 1TK8 A; 4FLT A; 2PYL A; 4FOI A; 3L3V A; 4H0Y B; 4IFY A; 3VEW A; 3CXC M; 4ELU A; 5AQF A; 1N33 K; 4DR6 K; 2ASM A; 1KAY A; 3VEZ A; 4NYF A; 2HMI A; 1FKO A; 3ID8 A; 5AQW A; 4JKC A; 4LF9 K; 2H3G X; 5AQG A; 4AHU A; 4JD2 B; 2O4G A; 4H5N A; 3HOS A; 3VQP A; 5AQP A; 4DF4 A; 1JL2 A; 4IJN A; 2A3Z A; 4N76 A; 1NK9 A; 4CW7 B; 4BRK A; 2R7Y A; 3G71 N; 3KK7 A; 4MO5 A; 2Q1N A; 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1P8Z A; 4BDZ A; 3O9S A; 4QS9 A; 3U8X A; 1UWB A; 3MN6 A; 2HVI A; 3AO4 A; 1QQO A; 5AZI A; 3KTQ A; 2QWL A; 4KHU A; 3MN9 A; 3TAQ A; 4A62 A; 4XIU A; 1YJN N; 3P39 A; 4FW2 A; 1K8A O; 3VPZ A; 5C42 A; 4MQ3 A; 3EYZ A; 2ZE2 A; 3ATV A; 4Y0W A; 3TTC A; 3V9U A; 4W5O A; 3SZ2 A; 1WSF A; 4A5A A; 4IXC A; 2OZS A; 2HHX A; 4IO9 L; 2O8F B; 4E7H A; 3TSQ A; 3OS0 A; 4KHS A; 4EFH A; 4C8L A; 2Q36 A; 3TAM A; 3O5B A; 5JIC A; 3QFP A; 3GL1 A; 4KTQ A; 4PQU A; 1BO5 O; 1NM1 A; 3ATU A; 3FZK A; 1IKX A; 5EVZ A; 4YNQ A; 3LZJ A; 2A1R A; 1S5J A; 1VQK N; 3M8Q A; 1L3T A; 3OYI A; 4BE2 A; 3CCJ N; 5C2D A; 5ADX H; 4OKJ A; 3RSE B; 3ZSY A; 3UKU B; 3JYT A; 4O4G A; 5AJ3 K; 3LPT A; 4E1N A; 1DT9 A; 3WT0 A; 5HLF A; 1GOC A; 1ZBL A; 3D6R A; 1U2V B; 2VG5 A; 1N6Q A; 3KLF A; 5J1E A; 4M3U A; 3MX2 A; 1T6D A; 4YDU A; 4FWR A; 2FSN A; 3KK2 A; 4DV6 K; 2P9I B; 1BU6 O; 4DCH A; 4KHP K; 3I0R A; 1BA1 A; 1IKW A; 2YX6 A; 3LAN A; 1QSL A; 1QVF M; 3THW B; 4DQS A; 3O4W A; 3ZX0 A; 1NKE A; 1KFS A; 4C1N I; 1C1B A; 3MMV A; 1JKH A; 4IOC L; 1A5W A; 1E4G T; 5C2F A; 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