The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
213
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structure length |
205
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Chain Sequence |
b'AMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSTPRVVL'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*C)-3')
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| source organism |
Lassa virus
|
| molecule tags |
Viral protein/rna
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| total genus |
55
|
| structure length |
205
|
| sequence length |
213
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MWT A; 3Q7B A; 3Q7C A; 4GV3 A; 3R3L A; 3MX2 A; 4GV6 A; 4GVE A; 3MWP A; 4GV9 A; 4FVU A; 3MX5 A; 4G9Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AV9 A; 1K8K B; 4BR7 A; 2HNZ A; 2YV0 X; 5GIP A; 4DSL A; 1K8A O; 3V9X A; 3CCL N; 1HJO A; 2P9L A; 3HL8 A; 3JXU A; 4FLZ A; 3EZ5 A; 3MN7 A; 4RW9 A; 3RSE B; 1XC9 A; 4I2P A; 4N41 A; 5FDL A; 1HJR A; 1HYS A; 1BIS A; 4DWI A; 3O9Q A; 4IBN A; 3V9Z A; 3TSU A; 5AQG A; 3OYL A; 1KCF A; 2Z1I A; 4ELT A; 4B1Z A; 1TL3 A; 1IBM K; 4DU3 A; 5BRH A; 1KVA A; 2VGN A; 3TTF A; 4FLX A; 3C7N A; 2FSN A; 3MX2 A; 4CZH A; 2CH5 A; 4BRC A; 3G4S N; 1HPZ A; 4O4G A; 3SI6 A; 4BE0 A; 3QFU A; 3KWI A; 4F8R A; 4KRE A; 4CZL A; 4G9Z A; 2FBY A; 3HXM A; 4BR2 A; 4K43 A; 1U47 A; 2QWN A; 3CQY A; 1S3X A; 3NF6 A; 3FZK A; 2QA4 N; 3VN5 A; 4KHY A; 2Q2R A; 4GVE A; 2IOC A; 4OPJ A; 1BO5 O; 3CF5 L; 3OTO K; 3P83 D; 2DFF A; 3IFR A; 1FKO A; 3HPG A; 4H0T B; 4E1M A; 3DM2 A; 1WUA A; 1KQS M; 3V81 A; 3T1A A; 5EXW A; 4CJQ A; 5GIO A; 3L6Q A; 4AHR A; 3KKS A; 1VQO N; 1DT9 A; 2BTF A; 4M3Z A; 1EWR A; 3RMA A; 4BRM A; 1X3M A; 1BQN A; 4MO4 A; 2RN2 A; 1NBW A; 3I0R A; 4BAC A; 3NAE A; 4CF8 A; 3CCR N; 4H03 B; 3ZSW A; 1VSD A; 4A59 A; 3SNN A; 2A1S A; 3CJ7 A; 4CIF A; 1NU0 A; 2JGU A; 1KRP A; 4EHU A; 1N36 K; 3TAF A; 3NCI A; 4JHD B; 1VHX A; 3ISN C; 1J5E K; 4DR4 K; 4IFE A; 3V1R A; 3OVN A; 1VQP N; 3OYE A; 1U48 A; 5CR4 A; 3HVR A; 2ZWH A; 4CF1 A; 2KHO A; 2IVO A; 2DFE A; 2P51 A; 5BPN A; 3OYG A; 2HHV A; 4DF8 A; 4HTL A; 5AJ3 K; 3MED A; 3SQ2 A; 1QZ6 A; 1BQM A; 3AO3 A; 2P9P B; 4DUZ K; 4ICL A; 1A5W A; 4CBU A; 2BH1 A; 3QFP A; 3K5O A; 4DS4 A; 3LAK A; 4CJT A; 2G8K A; 4E19 A; 1NGD A; 4LF7 K; 1SL0 A; 3JS6 A; 2Q0U A; 4FJX A; 2D1K A; 4LY7 A; 2O4I A; 2VWB A; 4PA1 A; 1RT6 A; 1XQS C; 3M3Z A; 2EX3 A; 3VTI A; 4DSF A; 2KZM A; 3AVL A; 5C25 A; 2GUI A; 4KBO A; 3HPO A; 4F3T A; 1NK4 A; 1EKE A; 5EVZ A; 4QCL A; 3J81 O; 2B5J A; 1X1P A; 4OKK A; 3P38 A; 3VF4 A; 3NVK A; 1P8Z A; 1YI2 N; 1RT2 A; 1QQC A; 4X62 K; 1OH5 A; 4CFD A; 4CJL A; 3CET A; 4HWI A; 1YJN N; 3CC2 N; 3DXK A; 3ULE A; 4CJS A; 3H1V X; 3CCS N; 2HF3 A; 4M3Y A; 4F2S A; 3SMP A; 1RTH A; 2DTU A; 3CM5 A; 3CC7 N; 5AFU H; 3TAE A; 4KV8 A; 5LY3 A; 3WXI A; 3D45 A; 2V7Y A; 1KVC A; 3H6E A; 3U9Z A; 1TAU A; 5BRF A; 1WBB A; 3M1F A; 4O5B A; 2I7P A; 4KB0 A; 5DM6 L; 2P9S B; 1Q18 A; 3OJU A; 1XMO K; 4DLG A; 4FOE A; 4KHP K; 3LPT A; 3WNG A; 2QWP A; 3QLH A; 3UKR B; 4DFM A; 2HHS A; 5AQR A; 4BR0 A; 4A61 A; 1ASW A; 1K9M O; 1D5A A; 5GAG P; 4A2B A; 1HKG A; 4B3M K; 3O1W A; 2FBT A; 1IKV A; 3UKU B; 1JLB A; 3IAY A; 1BCM A; 3A0I X; 3I33 A; 2QWO A; 1FKP A; 5ADX H; 2A5X A; 3L2V A; 4JRQ A; 3VQ9 A; 1A5X A; 4NB4 A; 1VSJ A; 1KTQ A; 1S6P A; 4WQ4 A; 1XHZ A; 2P1J A; 4JK9 A; 1VSH A; 2RE2 A; 3AO4 A; 1J9A A; 3VMF B; 3OS2 A; 4YHH K; 2YX6 A; 2KFZ A; 3VEW A; 4JI5 K; 4FJL A; 1SKS A; 1OVQ A; 2CGJ A; 2EWS A; 1I3A A; 5B8H A; 1YTU A; 1EP4 A; 4UY8 O; 1B9D A; 4O0J A; 4JI1 K; 2Q3S A; 1U04 A; 1YT3 A; 3HTV A; 1KD1 O; 4ILG B; 1GLB G; 3G71 N; 1NGJ A; 3BY5 A; 4FWK A; 4CJ4 A; 3A2F A; 1U6Z A; 4KHQ A; 3JSM A; 1EQY A; 1WN7 A; 3P31 A; 4DTX A; 3HI0 A; 2ITM A; 1NK6 A; 5GAD P; 3C6A A; 4KB1 A; 2NNW A; 3KHY A; 3M6G A; 4LF5 K; 1U2V B; 5FPM A; 4KI6 A; 3C94 A; 3R3L A; 1XI1 A; 3MK6 A; 4PKI A; 3NVM A; 4E7K A; 2VCP A; 4CGH A; 5HRR A; 3ZX0 A; 3VGL A; 3OS0 A; 1GLC G; 4BC2 A; 1X9J A; 4FO0 A; 4PKH A; 3CCJ N; 1UAX A; 4BRD A; 4CED A; 1RTD A; 4FZX C; 1VQ6 N; 3DAW A; 4CGJ A; 1WSI A; 2FC0 A; 3HST B; 5J2M A; 3THW B; 4IDH A; 3E1Y A; 4KTZ A; 3LL3 A; 4H0O A; 4CEO A; 4RW6 A; 1HRH A; 3FZF A; 2YHA A; 4KI4 A; 1ILY A; 4BY9 C; 3NBP A; 3OBY A; 4YOT A; 5SWM A; 4FLV A; 2Z1H A; 1E4G T; 3TTC A; 3CCE N; 1E4F T; 2I5J A; 1ATR A; 1EXQ A; 4HTU A; 5LJV A; 2ITG A; 3I8B A; 3PSF A; 3HP9 A; 2HB5 A; 2VG6 A; 3OS1 A; 3AA3 A; 4OGE A; 4KHS A; 4ISF A; 4WFN L; 3C7N B; 3QET A; 4KTQ A; 2W6L A; 3FR0 A; 4DV4 K; 5C2D A; 5HRN A; 3OA9 A; 3KLH A; 1NGH A; 3MXJ A; 4B1X B; 1X9M A; 2HHQ A; 4FWM A; 1YJW N; 2PFU A; 4H5W A; 4FW1 A; 4YDU C; 3WNF A; 2BDP A; 1YVU A; 3QBX A; 2O8E B; 1N8R O; 1BGX T; 3GG4 A; 4GW6 A; 2UU9 K; 2E1Z A; 1WOQ A; 1MWK A; 2D0A A; 1NMD A; 4FJG A; 4W5N A; 2UXC K; 1VK0 A; 3O9S A; 2A40 A; 1VQ8 N; 3WT0 A; 1TK8 A; 4FLY A; 3C6H A; 1C0M A; 4LFB K; 2FXU A; 3O9R A; 5C24 A; 1HKC A; 4J2A A; 3MCA B; 4BQL A; 4CK1 A; 2ZM6 K; 3AVH A; 4KFB A; 4HUF A; 3CFP A; 3IKM A; 4FWN A; 3WNE A; 4JHD A; 5M1K A; 3LP0 A; 3ZT1 A; 1GOC A; 2YHY A; 4B9T A; 4FJK A; 1OH6 A; 3EE9 A; 4XH4 A; 4FPB A; 1MU2 A; 5AQT A; 3BP8 A; 1BDG A; 2ZJQ L; 1V4T A; 2P9P A; 3DLG A; 3VEN A; 3PLA A; 4LF4 K; 4Y0W A; 1EET A; 3GDQ A; 2BGG A; 2GTD A; 2YKN A; 2D0O A; 3N4Q A; 1T05 A; 3K2P A; 3JAM O; 4OJR A; 2WOM A; 5JIC A; 4CEB A; 3BDP A; 4HCB A; 1JLG A; 3KKR A; 3LM9 A; 2OA8 A; 2OTJ N; 1QVF M; 2YKM A; 5T7B A; 3DWL A; 1HLU A; 5AQX A; 3AAQ A; 4NLC A; 1XNQ K; 1C1A A; 1ZBF A; 1UWB A; 1C0T A; 2X6S A; 3SCX A; 4AHT A; 1ASU A; 4EFH A; 1HYZ A; 4FWQ A; 2J4R A; 2D4W A; 5CZ1 A; 1ITG A; 4FJH A; 1D8Y A; 3SAG A; 4WQ5 C; 3V9W A; 3VA3 A; 3MN6 A; 1GLF O; 4WYB A; 3VQ7 A; 3CCV N; 4DTM A; 3VEX A; 1ZBS A; 2YNF A; 1VSK A; 5J2Q A; 4CK3 A; 1S72 N; 4IJA A; 1IH7 A; 4JI0 K; 1YVN A; 4JKG A; 2OZM A; 4KHW A; 3O3F A; 4JYA K; 3ULE B; 3G0Z A; 1J53 A; 2P9S A; 2VQF K; 3L2R A; 4ISG A; 3D2E B; 5KQD A; 1S1W A; 4FM0 A; 3FLC O; 3K5M A; 5CYQ A; 1LCU A; 4MDA A; 4CGF A; 5FPE A; 3UKR A; 4CD3 A; 1TUY A; 3R8E A; 4DQS A; 1NOZ A; 3EKS A; 3LAL A; 1TKZ A; 3NDK A; 1RDW X; 4CE9 A; 3UKU A; 1Q9Y A; 1ZBL A; 4GY2 B; 3L0Q A; 5HBM A; 1TKX A; 1W9H A; 3QNO A; 3ATV A; 5AQZ A; 3DYA A; 3SUN A; 3PIO L; 3OW2 M; 4X65 K; 4JRP A; 3KVG A; 4B9U A; 3PX0 A; 2BE2 A; 4E7L A; 4RW8 A; 1KLM A; 1JL1 A; 1SV5 A; 4C1N I; 2PY5 A; 4LF8 K; 2WUS A; 5GAH P; 4DR3 K; 1RDD A; 3MAQ A; 4DTU A; 4IJN A; 3N4P A; 4DFK A; 1HPM A; 3VET A; 1LAW A; 3NGI A; 5JS1 A; 4F2R A; 5CZ2 A; 1BI4 B; 1JLE A; 1VSF A; 1RNH A; 5JLH A; 2HMP A; 3A5N C; 3G10 A; 1JLF A; 4B9M A; 4CZE A; 1IG9 A; 4CZI A; 2Q36 A; 3KD5 E; 3QIC A; 4W5O A; 1GOA A; 2UUC K; 1T6C A; 1NGE A; 3KWG A; 1VQN N; 1CZA N; 4FL9 A; 3TSQ A; 3LDS A; 3KIO A; 2GUP A; 4DU1 A; 2WC9 A; 3SQ0 A; 4BG8 A; 1QQM A; 3CYM A; 1RFQ A; 4CD1 A; 3EY1 A; 3DLE A; 1WB9 A; 3T69 A; 4PHT X; 4DQP A; 4JD2 B; 3J8A A; 3MCP A; 1DEJ A; 3C6T A; 1GLE G; 3K0S A; 4CGI A; 1RBS A; 2FSK A; 1TKT A; 3MN5 A; 1RDU A; 4TSX A; 4DU4 A; 3AVF A; 5M1O A; 1UA1 A; 1N6Q A; 4CJF A; 3MXM A; 2NUB A; 3THW A; 4M41 A; 5AQJ A; 1NGA A; 2YI1 A; 4K42 A; 5AZJ B; 5M1P A; 5LL6 Z; 3U4L A; 2HHX A; 1WBD A; 1N33 K; 1QE1 A; 1T44 A; 2Z1G A; 4B1Y B; 5JVG L; 1BCO A; 4K0K K; 1L5U A; 2IGI A; 3I55 N; 2A3Z A; 1QS4 A; 2AA4 A; 2VG7 A; 3WQU A; 1EO1 A; 3IMX A; 4DMN A; 1QTM A; 3ZEU B; 1I39 A; 2E6M A; 2E2Q A; 3AA5 X; 1WSE A; 4DR5 K; 1HNX K; 3CPE A; 5DK5 A; 4DTR A; 4FCY A; 1JCF A; 3A8Y A; 2DY4 A; 2ZQB A; 2OPP A; 3ZET B; 3F73 A; 4L3Q A; 4EP5 A; 4PY5 A; 1QQN A; 3R9P A; 1HNV A; 2NRV A; 3D6R A; 5AQK A; 4CEC A; 3TAN A; 2GWJ A; 4AH9 A; 4V19 S; 2HVI A; 2G8F A; 4CBW A; 3M5R A; 1RT3 A; 1Z6R A; 2YHX A; 3WEE A; 3ZSQ A; 4NYF A; 2HF4 A; 4FVM A; 4DSK A; 4H0X B; 2O8E A; 3K9K A; 3NMU A; 3PSI A; 1WSH A; 1VQ9 N; 1T3V A; 3V9U A; 4LF9 K; 4K8X A; 3OYK A; 3LDL A; 1IG8 A; 4DHY A; 4E89 A; 2HBK A; 4ILH A; 2OAN A; 4F4K A; 5KPZ A; 3A5L C; 4RCH A; 2GWK A; 1WAF A; 3DLL L; 3ZSV A; 5AQI A; 2GV9 A; 5BR8 K; 2AJQ A; 1VQL N; 2ASM A; 5KI6 A; 2W6K A; 2OTL N; 3FFK B; 3MWP A; 3DRP A; 2OZS A; 3MN9 A; 1QHA A; 4RTF D; 4B9N A; 5CY4 A; 3ALY A; 2HHU A; 3VPZ A; 1RCH A; 3VQ8 A; 4C8K A; 4KO0 A; 3KZB A; 3MEC A; 3OYD A; 1NK9 A; 4I7F A; 4MLH A; 1VSL A; 3OY9 A; 3GL1 A; 1GLL O; 4ZHR A; 4DTS A; 3NGZ A; 1NK8 A; 3E9O A; 4IOC L; 3QDK A; 1L3T A; 3L3V A; 3F9K A; 4OKE A; 1JKH A; 3CCU N; 4H5T A; 4RWT A; 2VGM A; 3DI6 A; 4FWO A; 2HHW A; 1ATS A; 2IAJ A; 5I3U A; 1TV6 A; 5KQ8 A; 1J6Z A; 4YY3 K; 1S1T A; 4DQQ A; 1S1X A; 1S6Q A; 3ZCM A; 1KAZ A; 3O8M A; 5M1Q A; 5H1S Q; 4FM2 A; 2QEX N; 1T03 A; 4BRO A; 1T8E A; 4BC5 A; 4GNI A; 3S3N A; 4CJW A; 5FRM A; 3VOV A; 1IKW A; 1NJX A; 1WSG A; 3OYB A; 1BL3 A; 1GLJ O; 3VEV A; 3MEG A; 4BG9 A; 2FSJ A; 1HX1 A; 2WTU A; 2QWL A; 4J8F A; 2BAN A; 3VA0 A; 3EE8 A; 4DR7 K; 3D2F B; 4FW2 A; 4XEI A; 2E88 A; 1KC8 O; 1HR0 K; 4E7I A; 5TKY A; 5BN8 A; 4CK2 A; 4I2Q A; 4NO7 A; 1ESV A; 4O8K A; 3PY8 A; 4BRL A; 5C15 A; 4BRG A; 1DTT A; 3DLH A; 1JLQ A; 1Z25 A; 2Q1N A; 3QBW A; 3Q7B A; 3S3O A; 3RMB A; 4M7Y A; 4AHS A; 3D2E A; 2JWK A; 4H5N A; 4JKA A; 5BR9 A; 3AGR A; 1QSY A; 3ZT0 A; 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2QW9 A; 3V1O A; 3OJS A; 4M42 A; 3VES A; 5IWA K; 4JI6 K; 1MDU B; 1RBV A; 2XY8 A; 4Y1C A; 4M3U A; 4I9Q A; 3RWU A; 4DR6 K; 4DS5 A; 4CJ5 A; 3M8P A; 5AZJ A; 3I56 N; 2UXD K; 2ETJ A; 3AO1 A; 1D9F A; 3E66 A; 3TAB A; 5KRT A; 1VRT A; 3ZT2 A; 2CGK A; 1YAG A; 3MEE A; 3KLE A; 3BF1 A; 1OVY A; 4IDK A; 3ZEU A; 4MDB A; 4WFB L; 3RTV A; 2W42 A; 3IG1 A; 2ZD1 A; 3FGU A; 1A5V A; 3O4W A; 3K57 A; 3ZET A; 1QQO A; 1NOY A; 3WXJ A; 1Q7Y O; 3THX B; 2F4V K; 3AAP A; 1KSP A; 3CFR A; 3WNH A; 5AZI B; 4OO1 J; 4O8U A; 1ATN A; 1RTI A; 4LH4 A; 5C0Y A; 2RF2 A; 4JN4 A; 3NH2 A; 3L2W A; 4N47 A; 3VQQ A; 4DUY K; 4GVM A; 4CFC A; 4ELU A; 2F8S A; 2E1Y A; 1QSL A; 4XIU A; 1FW6 A; 2KLA A; 4IEI A; 4DV2 K; 3S9H A; 1LV5 A; 3NH0 A; 5AR0 A; 1O13 A; 3WEE B; 1CZ9 A; 3BF3 A; 2W40 A; 4DQ8 A; 1Y97 A; 4IFY A; 3R6M A; 4FLT A; 4AHC A; 1NKC A; 4I6M A; 4KHN A; 5AQP A; 4C23 A; 4QAG A; 4DCH A; 1IBL K; 2A1R A; 3VQC A; 5GIN A; 3SJH A; 2G8W A; 1ZXO A; 3VQP A; 1NJI O; 3O1B A; 3ZSX A; 3LPU A; 3SV3 A; 2FF6 A; 3LDO A; 1R59 O; 5AQQ A; 4BWJ A; 3DRS A; 4AIL C; 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