The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
147
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sequence length |
471
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structure length |
463
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Chain Sequence |
MKVIDPQHSDKPNVLILGSGWGAISFLKHIDTKKYNVSIISPRSYFLFTPLLPSAPVGTVDEKSIIEPIVNFALKKKGNVTYYEAEATSINPDRNTVTIKSLSAVSQLYQPENHLGLHQAEPAEIKYDYLISAVGAEPNTFGIPGVTDYGHFLKEIPNSLEIRRTFAANLEKANLLPKGDPERRRLLSIVVVGGGPTGVEAAGELQDYVHQDLRKFLPALAEEVQIHLVEALPIVLNMFEKKLSSYAQSHLENTSIKVHLRTAVAKVEEKQLLAKTKHEDGKITEETIPYGTLIWATGNKARPVITDLFKKIPEQNSSKRGLAVNDFLQVKGSNNIFAIGDNAFAGLPPTAQVAHQEAEYLAKNFDKMAQIPNFQKIDLLFEENNFKPFKYNDLGALAYLGSERAIATIRSGKRTFYTGGGLMTFYLWRILYLSMILSARSRLKVFFDWIKLAFFKRDFFKGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the yeast NADH dehydrogenase (Ndi1) reveals overlapping binding sites for water- and lipid-soluble substrates.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
147
|
| structure length |
463
|
| sequence length |
471
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
1.6.5.9: NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic). |
| pdb deposition date | 2012-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07992 | Pyr_redox_2 | Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5KMR A; 5KMS A; 3SYI A; 3HYX A; 3T31 A; 3SX6 A; 3T0K A; 4G6G A; 4G6H A; 3T2Z A; 3SZF A; 3T2K A; 4GAV A; 3SZ0 A; 3SXI A; 3T2Y A; 3SZC A; 3HYW A; 5KMQ A; 3KPK A; 4NWZ A; 3SZW A; 4G74 A; 4G9K A; 3T14 A; 5KMP A; 4GAP A; 3HYV A; 4G73 A; 3SY4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FDC B; 4EQW A; 2JK6 A; 2YG4 A; 4XWZ A; 4MJW A; 1ZMC A; 4OPT A; 3SY4 A; 1O94 A; 2FJE A; 2H88 A; 1ZKQ A; 4I59 A; 2J3N A; 5EB5 A; 1CC6 A; 1D7Y A; 1IUT A; 1LQT A; 2DKI A; 3I6D A; 2WPC A; 2WOW A; 1O5W A; 2C65 A; 2JB2 A; 4II2 A; 3CGE A; 4H4W A; 2XLU A; 3NIX A; 1PXA A; 2BXS A; 1IUS A; 3SZC A; 3RED A; 4AOS A; 1H83 A; 1PXB A; 2ZZB A; 4JNQ A; 4PAB A; 5M10 A; 3V3N A; 3F8R A; 3B3R A; 2B7R A; 4X9M A; 4B65 A; 1F6M A; 2WBA A; 3F8D A; 3LJP A; 1GET A; 2BRY A; 3QVR A; 3ITJ A; 4WCT A; 5KRQ A; 2C66 A; 3CPJ G; 1KF6 A; 2C64 A; 4AT0 A; 3BI2 A; 3ALJ A; 3PO7 A; 3VQR A; 2JB1 A; 1F8W A; 3SX6 A; 1PDH A; 2V3B A; 3AXB A; 1LJ1 A; 2B9W A; 3JSK A; 4J33 A; 1GSN A; 1P2E A; 4UDP A; 4CBQ A; 4E0V A; 1D4C A; 1K0I A; 2GAG B; 1COY A; 1JRY A; 1L9C A; 2OLN A; 4ZCC A; 2GR1 A; 2H89 A; 5EBK A; 3NT6 A; 2Z5X A; 4YT0 A; 5EOW A; 1B5Q A; 3GDN A; 2GV8 A; 2EQ8 A; 3AE8 A; 3NN0 X; 3K7M X; 4CRT A; 4XXG A; 4A79 A; 4Z25 A; 2WDV A; 1E6E A; 3HYV A; 4OPD A; 4M52 A; 2B76 A; 3UP4 A; 4Z26 A; 2AR8 A; 1TDO A; 1KNP A; 5J7X A; 1BWC A; 1TRB A; 2WPF A; 2AQJ A; 1N4V A; 3AE2 A; 4JDR A; 4NTD A; 4OPL A; 4H2R A; 4U2L A; 3RP6 A; 3RNM A; 1CJ3 A; 2VQ7 A; 2BRA A; 4B69 A; 5KVI A; 2ACZ A; 4YKG A; 3NYF A; 4GAV A; 2WOI A; 4EMW A; 3UOV A; 1JRZ A; 3L1R A; 4D03 A; 2C72 A; 5HYM A; 3DGZ A; 1H7W A; 1YQZ A; 3UKL A; 2XFP A; 2WET A; 3CNT A; 3LAD A; 5KVH A; 3P1W A; 2XFO A; 1CC4 A; 3NK2 X; 2GAH B; 2FJB A; 1JEH A; 4ICY A; 4Y4N A; 1TYT A; 3II4 A; 1FL2 A; 3SM8 A; 2YQU A; 1D4E A; 2QCU A; 2QA2 A; 3ALL A; 4XWR A; 1H81 A; 4H4R A; 2R0C A; 4H4V A; 3HYX A; 5CQF A; 3SYI A; 3GYX A; 2GEW A; 3M0O A; 4H4P A; 4Z44 A; 4CNK A; 2BYB A; 2CDU A; 3AYJ A; 3FIM B; 4P9S A; 1GRB A; 3SFD A; 4U2S A; 1ZMD A; 1YQ4 A; 2BXR A; 3FG2 P; 1NHQ A; 1LPF A; 3T2Y A; 3UKP A; 1Q1W A; 4CNJ A; 2I0Z A; 2V61 A; 1PJ7 A; 3QSE A; 3PVC A; 4YTN A; 1NPX A; 1DJN A; 3ALM A; 3KD9 A; 4APN A; 3SZW A; 1XPQ A; 1F8S A; 1D5T A; 2VOU A; 1PXC A; 3GDP A; 3ISH A; 3DH9 A; 1L0V A; 3SGL A; 1H84 A; 3K7Q X; 4BUR A; 4TM0 A; 3GYJ A; 2F5Z A; 3UKK A; 4G73 A; 1H86 A; 2XLT A; 4DGK A; 3GMB A; 4YSZ A; 2CFY A; 2GQW A; 5KMS A; 3VR8 A; 2GQF A; 4AP3 A; 4U2T A; 2BK3 A; 1VQW A; 4U8O A; 2C73 A; 2YLS A; 1B4V A; 2FJD A; 3NRN A; 5IPY A; 2E5V A; 1N4U A; 1E1K A; 4RG3 A; 3UKQ A; 2RGO A; 1GRA A; 1GES A; 2X99 A; 3RP7 A; 3C96 A; 3QVP A; 1CJ4 A; 3ZYX A; 2XYO A; 2YG5 A; 2XFQ A; 1E1M A; 3UKA A; 1QO8 A; 2VRL A; 4H4Y A; 1KDG A; 1ZX9 A; 4NTE A; 3GWF A; 1O95 A; 2APG A; 2ZZC A; 4BV6 A; 1K0J A; 2VVL A; 1N1P A; 3NN6 X; 2YG6 A; 2NVK X; 3AYL A; 4NNJ A; 3ATR A; 4EM3 A; 4EQX A; 1VG9 A; 2V5Z A; 4K7Z A; 4B67 A; 1BKW A; 2VVM A; 4H4Q A; 3DGH A; 5JCK A; 1YY5 A; 5KWF A; 2E1M A; 4C5O A; 1GRT A; 4CCQ A; 3AEE A; 2XCG A; 2BS3 A; 1VRQ B; 3T2K A; 3B6D A; 3UKH A; 5KNL A; 3CNP A; 4U8J A; 4ZCD A; 1DOB A; 4YSH A; 1E1L A; 3AB1 A; 2V60 A; 2X8G A; 4LA1 A; 4Z24 A; 4B1B A; 2XVH A; 4AT2 A; 4DSH A; 2BS2 A; 2EQ7 A; 3G5Q A; 3IWA A; 2XLP A; 3KA7 A; 4C3Y A; 3CNJ A; 2Q0K A; 3KKJ A; 4YTP A; 2FJA A; 4LU6 A; 1XDI A; 5GRT A; 4JQ9 A; 3UP5 A; 3AEG A; 1GOS A; 1ZOV A; 3P4R A; 4GCM A; 5U63 A; 1Y56 A; 5ER0 A; 1IJH A; 2VQB A; 4IA5 A; 5FS8 A; 1Z6L A; 1GTE A; 3NKS A; 4Y4L A; 3NG7 X; 2XDO A; 3UOX A; 3EPT A; 1GRH A; 1RSG A; 4A6N A; 2C3D A; 1VDC A; 2PHH A; 2R0G A; 4OPG A; 5GSN A; 4X9N A; 2C7G A; 2EQ6 A; 1GND A; 1TDE A; 1EL8 A; 3CN8 A; 3LB8 A; 4C3X A; 3AED A; 5KMR A; 2YAU A; 1NG4 A; 1D4D A; 2O9Z A; 3AD7 B; 2GRT A; 1N4W A; 4GAP A; 4BK2 A; 5U25 A; 3BNU A; 5BRT A; 3FBS A; 1K0L A; 2CUL A; 2GMH A; 1TDN A; 1BZL A; 1PBD A; 2B7S A; 3AEA A; 3ATQ A; 3BI4 A; 3V76 A; 1E7P A; 4FK1 A; 2GR3 A; 1IUU A; 3EF6 A; 1CF3 A; 1KNR A; 1PBF A; 4USQ A; 1OJC A; 2JKC A; 2OAL A; 4RG4 A; 4UP3 A; 3DK4 A; 1NEK A; 2C70 A; 3C4A A; 3H8L A; 4U8N A; 4U8P A; 4Z2U A; 1D7L A; 2YVF A; 2BK4 A; 1NHP A; 1DOE A; 1PJ6 A; 1MOK A; 2Q6U A; 2VZ2 A; 1CJ2 A; 4EQS A; 3OC4 A; 4YTM A; 4TM3 A; 3FPZ A; 3QJ4 A; 1PHH A; 2BCP A; 2XVF A; 3D1C A; 5KMQ A; 4IV9 A; 4BK3 A; 1PJ5 A; 3CGB A; 4NWZ A; 4BJZ A; 3COX A; 3R9U A; 1X31 B; 4REK A; 3UCL A; 1DOD A; 2VRM A; 4GF7 A; 4H2Q A; 4KX6 A; 2IVD A; 2AAQ A; 2GR2 A; 3KU9 A; 2WQY A; 2YR6 A; 4BK1 A; 4D04 A; 4KPR A; 4RSL A; 4NTC A; 4EIQ A; 1L9E A; 3O0H A; 2B9X A; 2E4G A; 2X50 A; 3KLJ A; 3AE7 A; 1QJD A; 4TLX A; 3M12 A; 2Q0L A; 4BJY A; 3BHF A; 1PBE A; 4CY8 A; 4USR A; 1LV0 A; 5C3J A; 2X8C A; 3P4S A; 1TDK A; 3P4Q A; 2JBV A; 4H2N A; 2XVJ A; 3H4K A; 3DJG X; 3NGC X; 4WX1 A; 5BUL A; 3P9U A; 2XLS A; 1FEC A; 4A99 A; 1KFY A; 2Q7V A; 2YLZ A; 3D8X A; 1SEZ A; 3NTA A; 4JNA A; 4O5Q A; 3QSM A; 3PS9 A; 1ZP0 A; 2WPE A; 4NZH A; 3VRB A; 2OLO A; 4EMJ A; 5BUK A; 3QFB A; 4G9K A; 2WU2 A; 3IHM A; 5JCI A; 2QA1 A; 2BS4 A; 5KOX A; 4OPC A; 2BAC A; 4YKF A; 2WHD A; 1EL7 A; 3T37 A; 5BVA A; 2YM2 A; 5HY5 A; 2BK5 A; 2Y6Q A; 4GDE A; 4J2W A; 2YR5 A; 4B64 A; 3CIR A; 1IUX A; 4GUV A; 1JNZ A; 4B66 A; 4ECH A; 2YVJ A; 3H8I A; 5C2T A; 4PAA A; 1Y56 B; 3GSI A; 4LII A; 3GD3 A; 1GAL A; 1B8S A; 2GF3 A; 1Q9I A; 4TM1 A; 5TR3 A; 5IQ4 A; 2A8X A; 4N9X A; 1GER A; 1H6V A; 1LTX R; 4A6N B; 4J31 A; 1IUV A; 4O5U A; 1S3E A; 4AP1 A; 4AOX A; 1ELI A; 3QSS A; 3GWD A; 4H7U A; 1DJQ A; 2RGJ A; 5HHF A; 3UTG A; 4DSG A; 3DME A; 1GEU A; 2C4C A; 3NNE A; 1K4Q A; 4JY2 A; 3P4P A; 3IC9 A; 2YM1 A; 3LXD A; 2RAB A; 4G6H A; 1B37 A; 3T2Z A; 1NHS A; 2WP5 A; 2C75 A; 3URH A; 5U1O A; 5L46 A; 4HA6 A; 3RP8 A; 2FBW A; 4DNA A; 3S61 A; 2Y6R A; 1LVL A; 3KPF A; 4CY6 A; 4K5R A; 4JN9 A; 3NYC A; 2R0P A; 3AD9 B; 4A65 A; 3VR9 A; 3HYW A; 1E39 A; 4U8L A; 4HB9 A; 4CCR A; 1JRX A; 3DK8 A; 4G74 A; 4C74 A; 3NYE A; 2A87 A; 3T14 A; 4GR1 A; 3NLC A; 1P2H A; 3UKF A; 1MO9 A; 4OPU A; 5FS6 A; 3IHG A; 4EIP A; 4J36 A; 4Z2T A; 2WOV A; 3AEF A; 1RP0 A; 3GYI A; 1DXL A; 1CJC A; 1EL9 A; 2YLR A; 3DJE A; 1ZDL A; 2IID A; 3CPI G; 4J56 A; 3LZX A; 1OJD A; 5JCL A; 2XVI A; 1CBO A; 1OJ9 A; 3SFE A; 1GT8 A; 1YKJ A; 1UKV G; 3C4N A; 4H4X A; 1H82 A; 3F8P A; 3RHA A; 4EQR A; 1OJT A; 3DK9 A; 2JB3 A; 2R4E A; 4UDQ A; 1F8R A; 1GRF A; 4FX9 A; 5M0Z A; 4Z2R A; 2HQM A; 5JCN A; 2RGH A; 4OPI A; 1RYI A; 5KXJ A; 5FS7 A; 1M64 A; 3VRA A; 2JAE A; 1ZOY A; 2WDQ A; 1VG0 A; 1CL0 A; 1EL5 A; 4EM4 A; 5IQ1 A; 2VVL G; 3G5R A; 4YXD A; 2WDR A; 2WEU A; 1FEA A; 3T31 A; 4H4S A; 3Q9T A; 1NG3 A; 1PBB A; 1GRG A; 3NH3 X; 2GMJ A; 4J57 A; 2BA9 A; 3Q6J A; 1GXF A; 1NDA A; 5EB4 A; 3EAN A; 3KVE A; 1TDF A; 1PBC A; 1W4X A; 2V6O A; 3BHK A; 3ICT A; 2YLX A; 3AE4 A; 4H4U A; 2Z5Y A; 3GRT A; 1S2Q A; 1CHU A; 1LQU A; 4JY3 A; 5KOW A; 1ONF A; 2R45 A; 1PN0 A; 4H50 A; 1DOC A; 3AYI A; 5KMP A; 3CTY A; 4YWO A; 2WES A; 2V3A A; 3AEC A; 3V3O A; 1JNR A; 3BNM A; 4UDR A; 1XAN A; 2ZZ0 A; 3AE3 A; 2GVC A; 3FMW A; 4ZN0 A; 1BGN A; 2CVJ A; 3G5S A; 4Y4M A; 4IA6 A; 2R4J A; 3CGC A; 2DKH A; 1XHC A; 1HYU A; 2YG3 A; 3EAO A; 2ZBW A; 3SZF A; 3K30 A; 3SZ0 A; 2YVG A; 1OJA A; 2WP9 A; 2YG7 A; 3AE9 A; 2BAB A; 2OAM A; 3GMC A; 1TYP A; 1YQ3 A; 3AE6 A; 1NEN A; 1Y0P A; 4I58 A; 4K8D A; 3VRD B; 2W0H A; 1REO A; 1ZY8 A; 4K2X A; 5FS9 A; 4H4Z A; 3CMM A; 3UOY A; 3K7T A; 4NEV A; 1IUW A; 2X8H A; 3QFA A; 1GTH A; 1MXT A; 4K22 A; 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