4GCEA

Room temperature x-ray diffraction study of a 6-fold molar excess of a cisplatin/carboplatin mixture binding to hewl, dataset 3
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title The crystal structure analysis of the relative binding of cisplatin and carboplatin in a mixture with histidine in a protein studied at 100 and 300 K with repeated X-ray irradiation.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gceA00
4UWNA 5KXYA 2YBJA 5KXWA 1NF5A 2DQCY 1BVKC 1LHIA 4WLYA 153LA 1CKDA 3B0IA 4OOOA 3ZVQB 4LFPA 1RI8B 1C46A 1JKBA 1UC0A 1EQEA 1G7LC 4GCFA 1QIOA 1JUGA 1KIRC 1LSMA 2Z12A 4TUNA 5F14A 5LVGA 1HFXA 1RE2A 1YKZX 2EQLA 3AGGG 5FHWA 3RT5X 1JJ0A 4N1CC 4DDCA 1IC5Y 1IP3A 1LZGA 1OQMA 1IR8A 1LZ6A 3TXDA 2I26L 1YQVY 5D5CA 1DI5A 1NBYC 1YKYX 1REXA 3WPKA 2MEHA 2YSSC 3BKHA 4H9AA 1B5XA 4RW2A 4C5FA 2ZIJA 1XGTC 2ZQ3A 3E3DA 4EOFA 2BQDA 5DN4A 3RW8A 4BS7A 4Z46A 5B1FA 4NG8A 1TAYA 3CT1A 3A90A 3P64A 4J1BA 1LMOA 1IP2A 1OUIA 4WLDA 1I56A 2X0AA 2H5ZA 1FKVA 4MSTA 2MEAA 4TWSA 1KIQC 1O23A 5B1GA 2Z39A 1WQNA 1KXYA 1JTPL 4RDSA 1CKFA 2XBSA 3P4ZA 3EXDA 5E9RA 1A2YC 1LJIA 3IWRA 1LJJA 4WL7A 4DD3A 4CHXA 1F0WA 2GV0A 2LYZA 3CT0A 3IJVA 4NSHA 5LA8A 1GBSA 1LZAA 3AZ7A 1B5WA 1DKKA 2XBRA 4CJ2A 4YF2A 1YROA 5A3EA 2BQFA 4GCBA 1XGQC 4H9IA 1XGRC 2HEDA 4HJZA 1VDSA 1WVVA 1LJNA 4NFVA 3RZ4A 1DQJC 3KAMA 3W3EA 1B7RA 4H8YA 1UIFA 1GBWA 1BHZA 4IASA 5LIOA 4ETBA 4ETEA 4NHSA 4WM4A 1G7IC 4FJRA 2C8OA 4GN5C 3WUNA 3A67Y 1SQ2L 3WXUA 4P2EA 3WXTA 1G7HC 5HQ1A 1XGUC 4YOPA 1JHLA 3N9AA 2G4NA 1GE4A 1LHLA 1GE1A 1ZVYB 5KXSA 3VWOA 3LN2A 1KXXA 4B4EA 4ETAA 5AMYA 1GF0A 1VAUA 4J7VA 1LSZA 2H9JA 2RSCA 1BQLY 2Z37A 4WO6A 1B0DA 2I25L 1IIZA 4NGVA 4YM8A 1FLYA 4I8SA 4LYOA 4BAFA 1GHLA 2W1MA 2YBHA 2CGIA 2ZILA 133LA 2C8PA 4B0DA 1ZVHL 3AB6A 4NG1A 3TXJA 1B7PA 1J1PY 3GXRA 4R0FA 8LYZA 4DC4A 1NWGA 4XJGA 2DQFC 2WARA 4PRUA 4WL6A 5F9XA 4L41A 1LZ1A 1V7TA 4XJBA 1H6MA 2D4JA 3LZ2A 4G4BA 1LMNA 2I6ZA 1BB7A 2Y8PA 3AZ5A 3D9AC 4PJ2C 2ZNWY 4ET9A 1NHEA 5LYZA 5KXLA 1GD6A 4ET8A 5LXWA 5FCPA 3G3BB 4H94A 5E4PA 2Z19A 2BLXA 4ETCA 134LA 1BVXA 9LYZA 1LZBA 4WO9A 1IOCA 1LSBA 1UCOA 4I0CA 1UIDA 5KXPA 1T3PA 5B05A 5I4YA 1D6QA 1YL0X 1LMQA 2BQBA 1LPIA 2ZWBA 5B07A 1JIYA 4KL7A 4M4OA 3K3TA 1NDMC 1WQPA 2D4IA 3P66A 4TSCA 1LJGA 2HU1A 1JJ3A 1YAPA 1W6ZA 1FLUA 4PPOA 2EPEA 4OWHA 4B4JA 4NSGA 2HUBA 4R6CA 5C6IA 3WU7A 1AKIA 1V7SA 2XTHA 1JSFA 4WM6A 1VFBC 1QTKA 1ZV5L 3A8ZA 4OOTA 1BB3A 2MEIA 5KXOA 1OUBA 4GN4A 3F6ZA 3WUAA 1TCYA 2DQJY 3B0OA 1YILA 4H9CA 3P68A 1D0MA 1NDGC 4WMGA 1IWVA 1OUJA 4H93A 3OJPA 3EO5A 5LAGA 3LZTA 4IJ4A 1H87A 4U3XB 4Z3MA 1OUHA 4HJYA 1NQIA 5HNCA 3WL2A 2NWDX 3AZ6A 4DD0A 1LJ3A 4WM2A 1B7OA 2LYOA 4CGEA 1LZCA 5FSTA 1LAAA 1OUFA 1LZ9A 2Z2FA 2Z2EA 1J1OY 4CFPA 1MLCE 2BQKA 4QGZA 1LYSA 3N9EA 5I4WA 1I20A 1OUDA 1LSCA 3T6UA 1LJ4A 2DKVA 1REMA 5A3ZA 3QNGA 4XYYA 4KPMA 3W6CA 1LZDA 1FN5A 3LYTA 4QDNA 1HNLA 5I4XA 1XFPL 4W96A 4RLMA 3W6BA 1GBZA 1GFGA 5FDJA 4H91A 4NHQA 3WVYA 3A6BY 4EMNA 5KXMA 1GFVA 1QUSA 1CKHA 5IHGA 1OUCA 4G4CA 2DQEY 5L3HA 1GFAA 4BADA 1QUTA 3A96A 5II3A 2D4KA 3M18B 3WPLA 1CJ6A 1FLQA 5L3IA 5KKIA 2BPUA 1YIKA 1B7LA 4NHIA 2G4QA 1WQRA 4LGKA 154LA 2D6BA 5JENB 1HEOA 1LSYA 3A92A 4WM1A 1QSWA 1IORA 1DZBX 1LSDA 1GFUA 4B4IA 2HEAA 3A93A 5DL9A 5KKJA 3WH1A 1XSFA 2YBMA 4LYCA 2CJLA 2ZIKA 5D5FA 4NIJA 4XJFA 4NGOA 1RFPA 2YDGA 4DDBA 3QY4A 1GF3A 1LOZA 207LA 1GEVA 1HFZA 3G3AB 1LYZA 4ZIXA 1CKGA 1LZ8A 1INUA 1WVUA 5FEKA 3T36A 3A3RX 1IP5A 4AGAA 1LHHA 5FELA 1AT5A 1BB6A 1YAOA 2BQLA 1P2CC 3AGIA 4HTKA 4PRQA 5HLLA 4ZEEA 1WTNA 1IWYA 2CWIA 1FDLY 2DQIY 5APFA 1REZA 1GB8A 1CJ9A 1GAZA 3FI7A 4B49A 1GDXA 3TMWA 1VDTA 1LMPA 5M1YA 3HBDA 1OUEA 4N0JA 1QSAA 3TXFA 4PGJB 5B06A 3WU8A 1UIAA 1LMCA 194LA 1LZYA 1UIBA 4XJHA 1N4FA 2A7FA 5LVIA 4RW1A 1GBYA 1GPQC 3CSRA 1G7JC 1IR7A 3AYQA 4ETDA 4GN3A 1FKQA 5C6JA 3GXKA 1B5VA 1JKAA 1PS5A 1CJ8A 4DYGA 5APDA 2N5ZA 2HU3A 4UWVA 2HECA 5KXKA 1LSPA 4H9FA 5LA5A 3SP3A 1UUZC 1QDTA 2BQMA 1IP4A 3HBHA 4XJDA 1JKCA 2BQIA 2BQHA 1CNSA 2MEEA 2MEGA 3TXHA 1JKDA 3EBAB 3LHMA 2D91A 4LT0A 4GCEA 1LZRA 4ANRA 4A7DA 1FLWA 5F16A 3AGHA 2MEDA 4H90A 1F6SA 3AJNA 1C7PA 5DM9A 4O34A 1D9UA 5EBHA 1NMMA 1LZSA 2LZTA 135LA 1LYYA 1LZEA 3ATNA 3MGWA 4OWEA 1ALCA 1OUAA 1XEIA 5I54A 2FBBA 4Z98A 3W6EA 4RLNA 4H9EA 4N8ZA 2H9KA 2YBNA 4NGJA 1HF4A 1IOSA 5DLAA 4NSIA 1GFTA 1GF5A 1GF7A 3LYZA 4NGLA 1TDYA 4YENA 1UIHA 1HEMA 1WQQA 5HNLA 7LYZA 5L9JA 3WULA 3W6FA 1JSEA 4TX7A 1GB7A 4GLVA 1IY3A 6LYZA 4N1EI 4WM3A 3RNXA 1IC4Y 1WTMA 1EQ4A 1CKCA 2IHLA 1GF4A 3HBEX 5APEA 4WM5A 1GB3A 3CSQA 3ULRA 1IVMA 1GDWA 2BQJA 3TXIA 3CQLA 3B72A 3TXGA 4HPEA 4HTNA 1JEFA 4NWEA 5KXRA 4LYBA 4FDYA 4WG1A 1C10A 4M6DA 1DPXA 1HC0A 4LFXA 4H92A 4OW1A 4AXTA 1HSWA 4XENA 1OP9B 2Z18A 1AM7A 1SLYA 1UACY 1C08C 4DWXA 4HSFA 5HMVA 1GFKA 1IWUA 1TBYA 2EIZC 3J4GA 5LVJA 2CDSA 4Z41A 5LVHA 2LHMA 2YBLA 5J7CA 2HEBA 1KIPC 4PHIA 5KXXA 1B5UA 5KXZA 1LJKA 1F6RA 1MELL 3AW6A 1HERA 3TXKA 1VEDA 5DN5A 1FBIX 1DKJA 2BQGA 2B5ZA 4NGWA 1JISA 2XJWA 2BAAA 1IOQA 3TXBA 1QQYA 3IJUA 1GF9A 5KY1A 1UIEA 4HJVA 1JITA 1GBXA 1HEQA 3CT5A 1GFHA 4NGYA 2DQGY 2DQDY 2FBDA 2Q0MX 1LZNA 1JJ1A 4WLXA 1I1ZA 4TTDA 1JWRA 1BWJA 1LJEA 2HEEA 3A95A 2EKSC 4HPIA 4OWAA 4XJIA 1DI4A 5K7OA 1BWIA 1T6VL 4MR1A 1RJCB 5LAFA 4KXIA 3ZEKA 1B7SA 3OK0A 4NSJA 1REYA 4W94A 1C45A 3W6AA 4LT1A 1B7QA 1LMAA 4DDAA 1GEZA 4NHPA 4NWHA 4DD7A 4HP0A 5LINA 3WPJA 4WOAA 1GF8A 4YEOA 5B59A 3AZ4A 4ML7A 3WUMA 4GCCA 4H8XA 2AUBA 1B9OA 3EMSA 3TMUA 1GB2A 1NBZC 1JTTL 1XEJA 4QY9A 1IX0A 2BQNA 2VB1A 1F10A 1AZFA 1GB9A 2FYDA 4WG7A 3P65A 5IELA 2MEBA 4TSBA 3B0KA 1IR9A 1ZMYL 4DD1A 1E8LA 2F2NA 1IEEA 4LZTA 1IO5A 3LYMA 3WVXA 3W6DA 3D3DA 1WQMA 4N9RA 4CFOA 1JPOA 4GLAA 1YANA 1UA6Y 1CJ7A 2HTXA 1G7MC 2PC2A 2YBIA 4MCKA 4DD2A 6LYTA 3B6LA 2DQHY 1HHLA 4LYZA 3QE8A 1LTMA 2IFFY 1LHJA 3WMKA 1JTOL 5APCA 2A7DA 1HMLA 4HV2A 3J6KA 2DQAA 4BAPA 1GBOA 1GB5A 5HMJA 5KXTA 1GF6A 2LZ2A 1IP7A 4UWUA 1B7MA 208LA 3WW5A 4D9ZA 2G4PA 3ZVQA 1LHKA 2BQAA 1QDRA 3HFMY 1GFEA 4IATA 4ZFPA 2BLYA 1GFRA 1TEWA 4LYMA 3A3QA 2ZNXY 1LYOA 3AW7A 5IDDA 1LKRA 1UBZA 1WQOA 3TXEA 2BQEA 1J1XY 132LA 1LSGA 2BQOA 1GE3A 1HFYA 2FYCA 1BGIA 1HMKA 3ATOA 3TMVA 1BB5A 4LYTA 1XGPC 3BKVA 2BQCA 1YAMA 1DI3A 1LMTA 1DPWA 1XEKA 5LYMA 4C3WA 3N9CA 4WLTA 1HELA 2F4AA 4NGZA 4G4HA 3A94A 4H1PA 1GAYA 1LZTA 1BWHA 1Z55A 1GE0A 3TMXA 4KT3A 4II8A 1NKHA 5KJ9A 4YEMA 4LT2A 1AT6A 5ILCA 5F9UA 5LVKA 4HTQA 4XN6A 1VATA 1IY4A 5KXNA 1GB0A 1IOTA 1VDQA 1PZYA 2MEFA 3WU9A 1A4VA 5C6LA 4DT3A 1IP1A 1QTEA 1YAQA 1IWXA 2F30A 2Z38A 1GB6A 2W1YA 1RCMA 1B7NA 1EL1A 2ZYCA 4NY5A 4H9HA 3WW6A 4X3BA 1BB4A 1VDPA 3CSZA 4NHTA 4NGIA 4NGKA 2W1LA 1D6PA 1GXXA 3A34A 4J0LA 1GE2A 3RU5A 4DD9A 3CB7A 1KXWA 4G9SA 2W1XA 4NEBA 1LSFA 4J1AA 1IWZA 1D0KA 1UICA 1C43A 1IP6A 5ILFA 1HSXA 1LJHA 1GWDA 3LYOA 1HENA 4GCDA 1LHMA 5F81A 1EQ5A 1HEPA 4B1AA 1HEWA 1IC7Y 5LYTA 1LZ4A 193LA 2MECA 1GXV2 1YKXX 4LT3A 4E3UA 1LSAA 3A6CY 3FE0A 1B5YA 4H8ZA 2HEFA 1UIGA 3A91A 2YVBA 1IWTA 1GFJA 1LZ5A 1LCNA 1DXJA 1OUGA 2ZYPA 4XADA 5I5QA 3WYHA 1LSEA 1B2KA 4OWCA 1D0LA 1W08A 5T3FA 4HV1A 4G49A 2LYMA 3M3UA 4H9BA 4OWBA 1LSNA 1YL1X 2ZQ4A 4QEQA 5I53A 1B5ZA 4N5RA 1IWWA 2DBTA 2F4GA 1LJFA 1LKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UWNA 5KXYA 3PBLA 110LA 1CKDA 4LFPA 1C46A 1EQEA 257LA 1G7LC 1QIOA 3PDSA 5FHWA 2OEAX 2OE4X 1G06A 1IP3A 1LZGA 1LZ6A 1PQKA 2Q9DA 5D5CA 1L76A 2Z6BA 138LA 212LA 2MEHA 4H9AA 3SN6R 4C5FA 103LA 1QUDA 3RW8A 217LA 1TAYA 3A90A 246LA 1I56A 2H5ZA 1FKVA 4MSTA 4TWSA 4WL7A 1F0WA 1LZAA 1C6AA 5A3EA 1KY0A 4H9IA 1CU5A 1DQJC 123LA 1C62A 2C8OA 3WXUA 1L67A 4P2EA 1JHLA 1ZVYB 5KXSA 1KXXA 3C81A 1VAUA 4J7VA 2RSCA 1B0DA 2I25L 1IIZA 1L42A 250LA 2ZILA 1ZVHL 187LA 3TXJA 1B7PA 1J1PY 4XJGA 7LZMA 2WARA 4WL6A 4OO9A 1H6MA 3HTFA 1G07A 4G4BA 1L50A 3AZ5A 2OU0X 2OTZX 1XJTA 2BLXA 1BVXA 4I0CA 5KXPA 1C60A 1T3PA 5B05A 1D6QA 1YL0X 1LMQA 2ZWBA 5B07A 4KL7A 3K3TA 144LA 1NDMC 1QUHA 4TSCA 1LJGA 4B4JA 1YAPA 3DN2A 4OWHA 2HUBA 4R6CA 230LA 1XJUA 186LA 4GN4A 115LA 1CV1A 3B0OA 1YILA 1TLAA 1OUJA 256LA 3LZTA 4U3XB 4Z3MA 1OUHA 1LYIA 2NWDX 1LJ3A 4CGEA 1LAAA 149LA 1LZ9A 1MLCE 1D3JA 2RAYX 4QGZA 3N9EA 1G1VA 1LJ4A 4ARJA 1REMA 4XYYA 1L57A 3GUJA 1LI6A 4EMNA 1L94A 5KXMA 1GFVA 1OUCA 5L3HA 1QUTA 3WPLA 1JTNA 1L15A 154LA 2D6BA 1HEOA 1LI2A 4B4IA 1C63A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UWN A;  5KXY A;  2YBJ A;  5KXW A;  1NF5 A;  2DQC Y;  1BVK C;  1LHI A;  4WLY A;  153L A;  1CKD A;  3B0I A;  4OOO A;  3ZVQ B;  4LFP A;  1RI8 B;  1C46 A;  1JKB A;  1UC0 A;  1EQE A;  1G7L C;  4GCF A;  1QIO A;  1JUG A;  1KIR C;  1LSM A;  2Z12 A;  4TUN A;  5F14 A;  5LVG A;  1HFX A;  1RE2 A;  1YKZ X;  2EQL A;  3AGG G;  5FHW A;  3RT5 X;  1JJ0 A;  4N1C C;  4DDC A;  1IC5 Y;  1IP3 A;  1LZG A;  1OQM A;  1IR8 A;  1LZ6 A;  3TXD A;  2I26 L;  1YQV Y;  5D5C A;  1DI5 A;  1NBY C;  1YKY X;  1REX A;  3WPK A;  2MEH A;  2YSS C;  3BKH A;  4H9A A;  1B5X A;  4RW2 A;  4C5F A;  2ZIJ A;  1XGT C;  2ZQ3 A;  3E3D A;  4EOF A;  2BQD A;  5DN4 A;  3RW8 A;  4BS7 A;  4Z46 A;  5B1F A;  4NG8 A;  1TAY A;  3CT1 A;  3A90 A;  3P64 A;  4J1B A;  1LMO A;  1IP2 A;  1OUI A;  4WLD A;  1I56 A;  2X0A A;  2H5Z A;  1FKV A;  4MST A;  2MEA A;  4TWS A;  1KIQ C;  1O23 A;  5B1G A;  2Z39 A;  1WQN A;  1KXY A;  1JTP L;  4RDS A;  1CKF A;  2XBS A;  3P4Z A;  3EXD A;  5E9R A;  1A2Y C;  1LJI A;  3IWR A;  1LJJ A;  4WL7 A;  4DD3 A;  4CHX A;  1F0W A;  2GV0 A; 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 1XEK A;  5LYM A;  4C3W A;  3N9C A;  4WLT A;  1HEL A;  2F4A A;  4NGZ A;  4G4H A;  3A94 A;  4H1P A;  1GAY A;  1LZT A;  1BWH A;  1Z55 A;  1GE0 A;  3TMX A;  4KT3 A;  4II8 A;  1NKH A;  5KJ9 A;  4YEM A;  4LT2 A;  1AT6 A;  5ILC A;  5F9U A;  5LVK A;  4HTQ A;  4XN6 A;  1VAT A;  1IY4 A;  5KXN A;  1GB0 A;  1IOT A;  1VDQ A;  1PZY A;  2MEF A;  3WU9 A;  1A4V A;  5C6L A;  4DT3 A;  1IP1 A;  1QTE A;  1YAQ A;  1IWX A;  2F30 A;  2Z38 A;  1GB6 A;  2W1Y A;  1RCM A;  1B7N A;  1EL1 A;  2ZYC A;  4NY5 A;  4H9H A;  3WW6 A;  4X3B A;  1BB4 A;  1VDP A;  3CSZ A;  4NHT A;  4NGI A;  4NGK A;  2W1L A;  1D6P A;  1GXX A;  3A34 A;  4J0L A;  1GE2 A;  3RU5 A;  4DD9 A;  3CB7 A;  1KXW A;  4G9S A;  2W1X A;  4NEB A;  1LSF A;  4J1A A;  1IWZ A;  1D0K A;  1UIC A;  1C43 A;  1IP6 A;  5ILF A;  1HSX A;  1LJH A;  1GWD A;  3LYO A;  1HEN A;  4GCD A;  1LHM A;  5F81 A;  1EQ5 A;  1HEP A;  4B1A A;  1HEW A;  1IC7 Y;  5LYT A;  1LZ4 A;  193L A;  2MEC A;  1GXV 2;  1YKX X;  4LT3 A;  4E3U A;  1LSA A;  3A6C Y;  3FE0 A;  1B5Y A;  4H8Z A;  2HEF A;  1UIG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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