4GIZA

Crystal structure of full-length human papillomavirus oncoprotein e6 in complex with lxxll peptide of ubiquitin ligase e6ap at 2.55 a resolution
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAELTLQELLGEER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for hijacking of cellular LxxLL motifs by papillomavirus E6 oncoproteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, UBIQUITIN LIGASE EA6P:
source organism Escherichia coli
molecule tags Viral protein
total genus 132
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.2.26: HECT-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA01
4RK9A 1BIYA 3KSXA 4U23A 5IAIA 2XXPA 2QS2A 3IL1B 4X9TA 3VLVA 2PVUA 3ONMA 4GIZA 3C9HA 3UGWA 3O9PA 3QUFA 2OCUA 2QL3A 2HAUA 4BDMA 3RT8A 1YTVA 3CSGA 4EQ7A 5BWJA 2PBWA 3HSTA 4GL8A 4G68A 1QJMA 1B5JA 3EQ1A 1B58A 2RC7A 4KYSA 3PUVE 2OJTA 2GFEA 4QFLA 1L5TA 4JWOA 1GR2A 4F3SA 3K6WA 3FGSA 5HPQA 5I57B 4GF8A 1UQWA 4ZEKA 4Q0CA 4EQBA 2RINA 1FTJA 4ZEIA 2F35A 1BP5A 1LFGA 1DTGA 3FVGA 3SETA 4NMYA 4P0GA 3S9NC 4DE8A 3R7XA 4RPOA 1R9LA 5AA2A 1B46A 4I62A 5DVFA 3N6TA 3PPRA 4FORA 4ELQA 2HEUA 3TCGA 1SW5A 4ZDMA 1PB7A 3BFTA 1UTBA 1ELJA 2G29A 4LATA 5CRYA 2DWJA 1MXXA 3KFMA 1EZ9A 3MZ1A 1B7ZA 1R6ZA 3CG3A 3VLWA 4F31B 4QF9A 2AL5A 4ESWA 1LB8A 1TT1A 3OEMA 2B3FA 4ZECA 2D5WA 1ZTYA 2AL4A 4JDFA 2H9BA 1SW2A 3KG2A 3T9UA 4U4XA 3A09A 1TFAA 3LBSA 2B65A 4U1OA 4F1UA 3MAMA 3BFUA 3IORA 4DCYA 1YCJA 1WDNA 3I5OA 1JVYA 4YICA 3H6TA 5AA2B 3KN8A 3LSLA 1B0HA 4PQJA 1VR5A 4Q5TA 5AA4A 5CMMA 1MRPA 3QK6A 5TP9A 2UYEA 4F1VA 4QHQA 1UTBB 1B5HA 2LAOA 3G3HA 3TEPA 2DSFA 4AQ4A 4OEUA 4F3BA 3CFZA 3OD7A 2H4IA 4ZZEA 3C32A 3SDFA 1LCTA 4ZE9A 4FIMA 2ZNSA 2XD2A 4QSCA 4LZ5A 3LR1A 3M3KA 3Q28A 5I2KA 1PEBA 2I58A 3H6VA 1ZMGA 1IXHA 3MVWA 2ZYKA 3EPEA 4YMBA 1DSNA 4JXIA 4XXUA 5ITPA 1Y1MA 1SVXB 3K6VA 4RNSA 1B2HA 3KOTA 3LSWA 1A54A 3KZGA 3B6QA 2GRVA 3UIFA 5AA4B 2I4BA 1MY2A 5TP9B 2V84A 3SEWA 2E1SA 3B6TA 3USDA 3MQ9A 3T22A 3T9XB 3PPPA 4F2OA 5CBSA 3EHUA 4OESA 1IQ7A 2Z22A 4TLLB 1H45A 5I2KB 2X7QA 3N6UA 2HXWA 3FVKA 3I6VA 3O97A 1LBBA 1XHYA 5H8NA 3MW0A 4Q8RA 3GXAA 1O64A 3EF7A 1SI0A 3PU5A 5K2XA 4UACA 3PGFA 3MJNA 3BBRA 4RA1A 3D4CA 2ZNTA 2GH9A 3D4GA 5CMCA 2Q8JA 1XC1A 3TODA 2Q2AA 2DWAA 2XXTA 5EYFA 4NTLA 4LONB 2Q2CA 3H4ZA 1MG1A 1MPDA 1LAGE 3KJ7A 4KI0E 2I3VA 3IJXB 3OO9A 3A3CA 1QULA 3FXUA 1SYHA 4F3GA 4BDQA 4H65A 4NEDA 1IXIA 3K02A 3N94A 5L9OA 3VVFA 4U2RA 5JK4A 4GXAA 4NE4A 1B7UA 1OLCA 4YU0A 4F3PA 3IOWA 4XKQA 4BDRA 5KZTA 2ZYMA 5L8DA 1MY1A 2PYYA 1QUIA 3W9WA 3HN0A 2CMOA 5H8NB 2O7IA 1SW4A 3K1PA 4IGTA 3U72A 3DLNA 3G7WA 4QSEA 3FZVA 4E0XA 3TCHA 2XD3A 1QUJA 4FECA 2OWTA 4HS7A 2XXHA 1BLFA 1A99A 3WAFA 1MDP1 4FEDA 1VE4A 1N3XA 3MC2A 1SQYA 2G93A 4FATA 1NH8A 1Y3QA 2O7UA 4LQ5A 1IIWA 1IEJA 3IB1A 4OXVA 5CBRA 4I8CA 2XXVA 4R75A 2QJEA 2QRYA 4ECFA 2XX8A 3I3VA 4HW8A 1RYOA 2YPNA 4JWXA 5TPAA 1QUKA 4H1XA 3IK6B 3K1NA 2Z23A 2Y84A 1GGGA 1A55A 1IZ1A 2F7BA 1WODA 3G3KA 3HO7A 1LSTA 3IOTA 2WKYA 1FQFA 2PX1A 3TQLA 4KYEA 1N76A 1RKMA 3UP9A 2RC9A 2XXYA 2OK2A 1PB8A 1PC3A 4PETA 4P11A 5I59B 3ZSFA 3K2DA 1B05A 1MQJA 3F11A 4N07A 1TFDA 2ONRA 5DT6A 3IR1A 3OOAA 3TMGA 1FQCA 2DP8A 2FA7A 1Y20A 4R6KA 1OMPA 4KD5A 5I57A 3VXBA 5L9MA 3U1OA 3SEYA 2D3IA 3MVYA 1B4ZA 1D3KA 2F8DA 3JZJA 5TPAB 3TZAA 1B3FA 3JYRA 2V25A 4GLIA 3LC8A 4FJPA 5DVIA 1MXVA 1R9QA 1B51A 1NFTA 3KN3A 2F7AA 3PMXA 3N5LA 2B3BA 2H5YA 4ONYA 1B3GA 4LZ8A 4M4GA 4GD5A 2F34A 5H8SA 3H6WA 2DQVA 1MQDA 3PUXE 1AOVA 3H6UA 3PMWA 3TQWA 3H7MA 1B1HA 2ONSA 1SYIA 1GVCA 4R6HA 3LSXA 1POY1 5CI5A 2ZYNA 1LLSA 1NNPA 1N7WA 2V3QA 3JV9A 3T66A 3MVXA 3OO8A 1N84A 3PD8A 4F2QA 4R9FA 5I84A 1P1QA 3MPKA 1B52A 2KLFA 1FTOA 1NNKA 1B0LA 2ABHA 4N13A 1D9VA 4JSOA 4LZ7A 5BUUA 4XKNA 4H5FA 1S9TA 1OVBA 2HAVA 2Q88A 3OSQA 2F97A 4IO3A 4LP2B 1LCFA 3KBRA 4RY1A 4H6DA 3PPQA 3DELB 1NL5A 3FJGA 4OWDA 5I58A 2Z8EA 3O6IA 1JW5A 4ZEDA 4ELPA 2R71A 4ZS9A 2XX9A 4MH5A 5HM4B 1QW0A 2OWSA 2DS9A 3K01A 3K4UA 1MPBA 3VVDA 1ANFA 4X1BA 2V3UA 3SEXA 5ELVA 3U93A 3M3LA 2DVZA 3ODBA 3H03A 3T93B 1B3HA 2HCAA 1AL3A 2VGQA 4O3BA 3G3FA 3B7DA 1M5BA 1LAHE 1LFHA 1H76A 3C34A 3TPAA 3EN3A 4XTCQ 1I6AA 4MLVA 2FNCA 2ZNUA 5CMKA 4MF3A 1FQEA 3VXCA 3RQTA 2O1MA 3EHTA 2I4CA 4LUBA 3U94A 2NOOA 2P0SA 3FD3A 1II5A 2NXOA 1EU8A 4X48A 2PMSA 3W15C 2D21A 3MP8A 3V89B 1B32A 4C0RA 2UXAA 3PUWE 4E0WA 4XKRA 5I58B 1M5FA 3OO7A 2QPQA 4GQOA 4G68C 1IUDA 1Z7NE 3HHGA 4DLDA 1Y3PA 3RT6B 1MXUA 3W9VA 3TAJA 4AB6A 1TXFA 4YKPA 3G3JA 4MLQA 4F29A 3V8XB 4POXA 3SERA 3G3GA 3Q25A 3GBAA 1AIVA 3N26A 3TUSA 3M8UA 4OMBA 1AMFA 2P1SA 2R9JA 2XXQA 4P0IA 1Y1ZA 3O6GA 4GXSB 3KGCA 3VE1B 3O2AA 3VVEA 3L6GA 2UVGA 4NF5A 2VHAA 1O7TA 1SD3A 2I0CA 4ND9A 4DZ1A 3C33A 2ZXTA 4PFWA 1FQBA 4X1DA 1PDAA 4QFKA 2F5XA 1POTA 1YPNA 4LQ2A 1VSOA 3RNNA 3DP4A 3ECRA 1QKBA 4GFRA 2I48A 4O3CA 4NF4A 3MBPA 4RJZA 2DWIA 1VFEA 3MP1A 4F18A 2XXXA 4OENA 1CE2A 4YB6A 1SBPA 5KCJA 1M5EA 2O69A 1UIUA 1B5IA 3ZKLA 4K3FA 1ZU0A 2YJPA 2O68A 5J1DA 4WXJA 2VOZA 3S4UA 4YKJA 3UA8A 5EHMA 4OVJA 2PT2A 4NWCA 2P2AA 1AH5A 1NKXA 3QYTA 1B3EA 3LUYA 1DMBA 1P99A 1J1NA 1JETA 1SW1A 3M3FA 4WEPA 3TKDA 3S2VA 4NF5B 4POWA 3C31A 4OFOA 1UTHA 4EXKA 2I3WA 1NNTA 1NH7A 4HCWA 4PFYA 4L17A 5H8QA 4ZE8A 1A8EA 4H8IA 1JW4A 1M5CA 1N7XA 3K00A 3FATA 4OEVA 4OQOA 2ZYOA 3RTFB 1OIBA 1EZOA 2QSXA 2Y7RA 5KDTA 1MM6A 1URGA 1ZKBA 4NF4B 1NMUA 4YKKA 2DVCA 5KCJB 1I6BA 3Q27A 2DWHA 3CG1A 2Q9TA 5IKBA 3CFLA 3K6XA 3OO6A 1NNFA 3MPLA 1EH3A 2NWJA 4BDOA 4JBZA 3GZGA 2IA4A 2ESNA 5JEIA 3QSLA 2AIXA 1OVTA 3UN6A 1H43A 1HSLA 4NF6B 2F7CA 4WKMA 2F36A 1MXWA 1UTHB 2ALUA 4JSDA 3UK4A 5H8QB 4OZ9A 5I59A 2DXYA 5DYHA 1US5A 2Y7PA 3Q26A 2Z8FA 4MFIA 1USYH 2HFBA 2REJA 4BDLA 4C1UA 5KDTB 1Y4CA 1Y3NA 3TDJA 2ANJA 1PB9A 1ZJLA 4PP0A 4PE5B 2VD2A 4PFUA 2RKMA 3G3IA 1XVXA 3TFLA 1B9JA 1UIVA 2IEEA 4KHZE 3IB2A 1JVXA 4IY5A 2BJJX 1D4NA 3VDFA 4EXLA 4OFLA 5FTHA 3IB0A 4ISUA 5AA2D 1MQHA 4G8NA 1US4A 3THIA 3MUQA 3ZKKA 3PPOA 2M8CA 4C1TA 4NF8B 4R74A 4KR5A 4G8MA 2PT1A 4OHNA 5DEXA 2QMWA 3L6HA 2E0SA 4R73A 1PBQA 5L9SA 1VFDA 1MXYA 2I6EA 1FTMA 4U4SA 1MXZA 1ZBMA 5DTBA 3TTLA 4OERA 3T9VA 5JTYA 5ITOA 1EZPA 3V5AA 2Y7WA 2CZLA 2HQ0A 5H8FA 2VP1A 4O3AA 1MDQA 4HTGA 3RTWB 2NUVA 2ZMBA 4H0WA 1DPEA 5CMBA 3O66A 3VFJA 4ELRA 3SEUA 3KJTA 3IJOB 3RGYA 1B40A 2O51A 4GOTA 1N3WA 3PUZE 4R9GA 5I56A 4F39A 4ELOA 5I2NA 1O63A 4IGRA 2Y7IA 4KCCA 2QS3A 2AYSA 1DOTA 4G4PA 3FUZA 5H8HA 3RPWA 2REGA 2FYIA 5DEXB 5K2YA 3FV2A 1MS7A 3KSJA 1OQGA 3HV1A 3K0VA 3A3UA 4QFNA 2A5TA 4RYAA 2O6AA 3CSBA 3E9XA 5JTYB 4BLAA 4U22A 5H8FB 3PMVA 4XKPA 4F19A 1S50A 1IXGA 3FV1A 4H5GA 1B3LA 2F6GA 4GL0A 3OSRA 4UA8A 2XXWA 4FAJA 3V83A 1P1OA 4F1YA 4KFQA 3QXMA 5AE4A 3PD9A 4AB5A 5I56B 2UVIA 2VD3A 1XOCA 5I2NB 3K1MA 1MPCA 1PBPA 5H8HB 4RXLA 2DYXA 3IOUA 3TTRA 3TCFA 1A7LA 3DM0A 3VLUA 2O84X 3TYHA 3P7IA 1A40A 1MM7A 3RN8A 3O6HA 3R6UA 3S9EA 1P1NA 1Y9UA 2XXRA 4IO4A 2H98A 5FHNA 5CC2A 4G68B 2X7PA 2DOJA 1KWHA 4G8HA 2A5TB 3QIMA 4R2FA 2ONKE 1LFIA 1H44A 1S7YA 4R6YA 1SI1A 4YZZA 4DXBA 5B70A 3LSFB 3S9MC 3MZ9A 1Z7ME 3UORA 2QS4A 4KPTA 5FHMA 3ILTB 3CI8A 2V3TA 4Z7EA 1URDA 2Q89A 1FCKA 1B1XA 3PPNA 1MH4A 5F1QA 4FEBA 3C36A 3BKIB 4H67A 3FJ7A 5ISUA 4YKIA 1H3DA 4OTEA 3CVGA 3K6UA 3SEVA 1JNFA 1B6HA 1FQDA 5TU0A 3MP6A 4QFPA 1ATGA 3IO6A 1HSEA 4JB7A 1IITA 3QUJA 1MQGA 1D9YA 3HPIA 5A5XA 2XXIA 4EF1A 4OYVA 2HZKA 1N04A 1N0TA 4LVQA 4Q30B 1FQAA 3OMBA 3ZS6A 1DTZA 1CB6A 4LA9A 3OXNA 1QKAA 4DIGA 2DE4A 4PFTA 1F9BA 1LBCA 5M2VA 3FVOA 4OETA 3SKPA 3IOVA 4TOZA 4I1DA 1HSJA 2H25A 4R72A 3TELA 2THIA 4HCYA 1MY3A 3CRBA 3B6WA 2UYFA 1A8FA 3CFXA 4U21A 4NWDA 2UVJA 4QRZA 4OFJA 3S9LC 4THIA 3RLFE 1RYXA 5EHSA 4H8JA 5ICTA 4ZEBA 2O1LA 2XX7A 4M1VA 4YB7A 5A5XB 3EHSA 3IAZA 1M5DA 3FASA 2H99A 1R1NA 4IO7A 5LOMA 4IO6A 1JQFA 4U1ZA 4FE8A 3FVNA 4NF6A 4RK2A 4IB2A 2Z8DA 3T9HB 3TTKA 3MWBA 2OLBA 3DP8A 3FJMA 3C35A 2XHDA 4RPNA 4IO5A 1B7HA 1MH3A 2QMXA 3KOSA 3IX1A 3PV0E 4EQ9A 1JEUA 1JEVA 3FXQA 3FIRA 2I0BA 1WVJA 1P1UA 4WEDA 4GVOA 3ILUB 3O28A 1LGBC 3TTMA 1MY4A 2UVHA 1USYE 2QS1A 3GBBA 3E3KA 4TQUQ 1XS5A 4IO2A 3HCQA 3KEIA 3OENA 2XXUA 3TTNA 3RUMA 1JW1A 1XT8A 3MVZA 4EDPA 1BKAA 4F22A 5CM6A 1XVYA 4GRKA 3KN7A 4MBPA 5DVJA 3E4RA 3PUYE 1P1WA 2F78A 2OZZA 3H3GA 2X26A 4NF8A 2OBGA 1GV8A 5AA1A 1Y4TA 1FTLA 3SESA 3E13X 4KYDA 2I49A 4EUOA 3GLBA 4TLMB 1ZIUA 3OELA 2YLNA 4ESXA 1MY0A 3IO4A 3AXFA 1MQIA 5F7VA 4ZEFA 4N6PA 4YMAA 4QSDA 2NVUB 2GHAA 1FTKA 3FXRA 2Y7KA 4EF2A 3RY3A 5B7DA 3R26A 1BTJA 1SDXA 2RF1A 3WAEA 4YAHX 4R2BA 4BDNA 4ZZAA 2RC8A 3CR9A 3MZBA 3U92A 1LB9A 4KCDA 2RCAA 1FW0A 4I9DA 2DE3A 1T0KA 1IXCA 1ZLQA 1YAEA 3U8QA 2HZLA 1Q1KA 4XIGQ 4IY6A 2F6PA 3CIJA 2DXRA 3Q29A 2V93A 1URSA 4DXUA 5FHOA 3C4MA 4YB5A 1LAXA 2A5SA 2R6GE 2RCBA 1B4HA 4G2ZA 1DPPA 4KQPA 4Z0IA 1I6QA 2W7YA 1GTKA 1I69A 1LAFE 5FTIA 4JWYA 1OQHA 2GHBA 1QVSA 1TWYA 2DE2A 3VV5A 3H06B 4GWOA 3QAXA 3HHFA 1OLAA 4QFOA 5AA3A 3T96B 3O29A 3DP6A 4G77A 1Q35A 5ICQA 4DCXA 4DXCA 3OEKA 5HBCA 4DDDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RK9A 1BIYA 3KSXA 4U23A 5IAIA 2XXPA 2QS2A 3IL1B 4X9TA 3VLVA 2PVUA 3ONMA 4GIZA 3C9HA 3UGWA 3O9PA 3QUFA 2BJIA 2OCUA 2QL3A 2HAUA 4BDMA 3RT8A 1YTVA 2PFZA 3PTYA 3CSGA 1FJ6A 4EQ7A 5BWJA 4X04A 2PBWA 3HSTA 4GL8A 4PFIA 4G68A 1QJMA 1B5JA 4PGNA 3EQ1A 1B58A 2RC7A 4MNCA 4KYSA 3PUVE 2OJTA 1FBGA 2GFEA 4QFLA 1L5TA 4JWOA 1GR2A 4F3SA 3K6WA 1FPEA 3FGSA 5HPQA 5I57B 2Y5LA 4GF8A 1UQWA 4ZEKA 4Q0CA 4EQBA 2RINA 1FTJA 4ZEIA 2F35A 1BP5A 1LFGA 1DTGA 3FVGA 3SETA 4NMYA 4P0GA 3S9NC 4DE8A 3R7XA 4RPOA 1R9LA 4HE0A 5AA2A 4KXPA 1B46A 4I62A 5DVFA 3N6TA 3PPRA 4FORA 4ELQA 2HEUA 3TCGA 1SW5A 4ZDMA 5ET5A 1NV3A 1PB7A 3BFTA 1UTBA 1FBDA 1ELJA 4P9KA 2G29A 4LATA 5CRYA 2DWJA 4P1LA 1MXXA 5I7IA 3KFMA 1EZ9A 5IZ1A 2WEFA 3MZ1A 1B7ZA 2XWIA 4O7IA 1R6ZA 3CG3A 3VLWA 2B4LA 4F31B 4QF9A 2AL5A 4ESWA 1LB8A 1FPLA 1TT1A 3OEMA 2B3FA 4ZECA 2D5WA 1ZTYA 2AL4A 4JDFA 2H9BA 1SW2A 3KG2A 3T9UA 4U4XA 3KC0A 3A09A 1TFAA 3LBSA 2B65A 4U1OA 4F1UA 3MAMA 3BFUA 3IORA 4DCYA 1YCJA 1WDNA 3I5OA 4MIJA 1JVYA 4YICA 3H6TA 5AA2B 3KN8A 3LSLA 2VPOA 1B0HA 4PQJA 1VR5A 4Q5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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