4GIZA

Crystal structure of full-length human papillomavirus oncoprotein e6 in complex with lxxll peptide of ubiquitin ligase e6ap at 2.55 a resolution
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAELTLQELLGEER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for hijacking of cellular LxxLL motifs by papillomavirus E6 oncoproteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, UBIQUITIN LIGASE EA6P:
molecule tags Viral protein
source organism Escherichia coli
total genus 132
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.2.26: HECT-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA01
4Q0CA 1NH7A 3UP9A 1H45A 1IUDA 3MPLA 2PMSA 3EN3A 3S4UA 1ZLQA 1MXZA 3CSGA 4NF4B 5TU0A 1ZMGA 4R6YA 3A09A 5DEXA 1MPCA 1RYXA 4KCDA 4F29A 2A5TA 2WKYA 3MWBA 3PUVE 4FORA 3O9PA 4IO3A 4U1ZA 2DE4A 1LFHA 5K2XA 1F9BA 4R9GA 4MLQA 3FD3A 4OZ9A 2O6AA 3VLUA 1Y1ZA 1B05A 4YB6A 3GXAA 4I62A 1N04A 1B9JA 3K1NA 2A5SA 1PB9A 1P1QA 3PMWA 3U72A 4GQOA 3K0VA 1MQIA 4LZ7A 2I58A 3QXMA 4JBZA 1FTJA 1OVTA 4KI0E 3KOSA 3R6UA 1LCFA 3CSBA 4EUOA 4TOZA 4XXUA 3C34A 1GGGA 3O28A 3THIA 3MBPA 4X9TA 5IKBA 3VV5A 1O64A 1MS7A 4NF6A 3KG2A 3RTWB 1R6ZA 3F11A 3JYRA 5I2NB 3K4UA 4RJZA 3H06B 5AA2B 5CC2A 3CI8A 1SW2A 1Y1MA 4KYSA 1FQAA 1JW5A 2REGA 1OQHA 2H4IA 4LONB 2FA7A 3LC8A 4N07A 2DVZA 2NOOA 1AL3A 3TAJA 4BLAA 2R71A 1B3LA 1JEVA 4YKKA 2GHAA 5I58B 1IZ1A 4H0WA 4IGTA 4H65A 2DE3A 4IO2A 4IO5A 4QHQA 3I5OA 3H4ZA 5H8FB 1N7WA 3ZKKA 2F6PA 3Q27A 3OO8A 2QMXA 2Y7KA 4H5GA 2Z22A 2E1SA 4KHZE 1LBCA 4I9DA 2DWAA 1PEBA 3S9LC 2XXTA 5DVFA 1NKXA 1B40A 4I8CA 4MF3A 5A5XB 4YICA 2PT1A 3MVWA 4R75A 2ONRA 2DXRA 3DELB 3IOVA 1A55A 1RYOA 1Y20A 3FASA 4JSDA 2THIA 4QFNA 1POY1 3RN8A 1Y3QA 4Q8RA 5CBRA 4YB7A 5KDTB 2DSFA 3PD9A 3UN6A 4JWXA 3ECRA 2HXWA 1B6HA 3TTNA 2QJEA 4NWCA 1B3HA 4LUBA 2Y7IA 2F36A 3DP8A 5CMKA 1TXFA 4O3CA 1IQ7A 4F3BA 5H8SA 4F19A 3KSJA 3H6TA 2O1MA 4H1XA 1OVBA 2OJTA 5B7DA 3B7DA 2XXUA 5CMBA 2UVIA 1I6QA 3CFLA 3TODA 5H8NA 3GBAA 3FXUA 4WEPA 2QS3A 3FZVA 1XVYA 4ESXA 2OWSA 3MVYA 2RINA 1MPBA 4LA9A 1II5A 4OERA 3O2AA 3VVDA 1M5DA 2ABHA 4H5FA 1B1XA 1SI0A 4U1OA 3RT6B 3O6IA 3VLWA 2Z23A 4GXSB 5L8DA 3RY3A 3W9VA 3ZKLA 4QFOA 3MJNA 4XIGQ 1VFDA 4PP0A 1NNTA 3GBBA 3FVNA 3K6WA 4GIZA 3ZSFA 2HCAA 2CZLA 2H5YA 1AMFA 2XXRA 4GXAA 4OHNA 3D4GA 4QFPA 3QSLA 3K1PA 1MQHA 1MM6A 1N7XA 3PPNA 4ZZAA 3T22A 4YU0A 3L6HA 3QAXA 4PFWA 4GD5A 4GLIA 2V84A 2D5WA 3RNNA 3N94A 4DXCA 4XKNA 5FTIA 3OO7A 5TPAA 4G8NA 3BFTA 3KFMA 4U21A 4QRZA 2O7IA 3QUFA 3TMGA 4FEDA 3C35A 1UIUA 4FJPA 4QF9A 3LR1A 3SEYA 1PB7A 1M5CA 2VP1A 4L17A 2AL4A 3ONMA 4TLLB 2P2AA 1ZKBA 5I57B 4U23A 1US5A 3DLNA 4E0XA 4ZZEA 5I59A 3DP4A 4DCYA 1XS5A 4NEDA 4G68A 3EHTA 4U22A 2XXWA 4YAHX 2HFBA 4F2OA 1EZ9A 1IXHA 2G29A 5I2KB 4ECFA 2NWJA 5F7VA 4GL8A 3PGFA 3IJXB 1LFGA 3G7WA 2R9JA 5DVIA 1YCJA 1N76A 4F1UA 4DXBA 1XT8A 4JXIA 1B51A 4NF8A 2XD2A 4F18A 5AA4B 5KCJB 3RTFB 4NF5B 3RLFE 2Q9TA 3MZ1A 1FW0A 3PV0E 1MY0A 3A3CA 5BUUA 1SVXB 3R7XA 3IOUA 4F39A 1B3EA 3TTLA 2ZYKA 1EZPA 3E3KA 3LUYA 1ZU0A 4IY5A 4GOTA 1I6BA 5JEIA 4R6HA 4RY1A 4F1YA 5BWJA 3HHFA 3RUMA 1B7ZA 3FXQA 4EQ9A 2Q8JA 3IK6B 1MQJA 4LQ2A 2AYSA 1H44A 5H8QA 1Y4TA 5FHOA 3DP6A 4YZZA 3K01A 4BDRA 3N5LA 2O68A 1JW4A 2UVGA 1JVYA 4LVQA 5I56A 1N3WA 1SYIA 3OD7A 5AE4A 3MVZA 2CMOA 1YAEA 2Z8EA 4ELPA 2XXHA 1VR5A 2DS9A 4GWOA 1PC3A 1QUIA 3VE1B 3V83A 1PBQA 1LBBA 5DT6A 3VLVA 4ZEFA 3HHGA 3PMVA 3FJ7A 2PVUA 2V25A 4RXLA 3EQ1A 4JWYA 3QUJA 2KLFA 3TPAA 4KFQA 3T9UA 4R2FA 1MQGA 1TWYA 3IX1A 5J1DA 4R72A 1US4A 5M2VA 3C32A 1MY4A 3U1OA 4PFYA 4F31B 1NFTA 5CI5A 1B32A 3SEWA 4O3AA 4Z7EA 2OK2A 1DPPA 3QK6A 3N26A 1D9YA 3U8QA 1A99A 2O69A 4MLVA 5CMCA 1DTZA 1LAXA 4F3GA 4NF4A 2P1SA 3OXNA 3IO4A 4H8JA 1A8FA 3TKDA 1Q1KA 3FGSA 4AB6A 1USYE 3VFJA 1GR2A 4M4GA 1SQYA 2ZXTA 2DYXA 4HCWA 5CRYA 4HTGA 3CG3A 4ELRA 4YKIA 1MXUA 3VXBA 2F5XA 4NF6B 3V5AA 3V8XB 3KBRA 2X26A 4EF2A 1IITA 2V3TA 3T9HB 2PX1A 1JEUA 1MXWA 1ATGA 1OIBA 3TCGA 3PUXE 2AIXA 1WVJA 3VXCA 4LZ5A 3C36A 4F3PA 2QS4A 3LSXA 4N13A 3PUWE 5KZTA 4H8IA 2ONKE 2I3WA 2RC7A 5I84A 2B3BA 1NNKA 2REJA 4GFRA 4ZECA 4U4SA 3U93A 4RPOA 1JNFA 3O29A 4MBPA 3T9VA 3SERA 1A40A 2IEEA 3TCFA 2DWJA 1UTHA 5F1QA 4IO4A 4M1VA 2XXYA 3T9XB 3U94A 4ND9A 3B6TA 3FJMA 1AH5A 4OTEA 3CVGA 3S2VA 1MXVA 2D21A 4ZEIA 4ISUA 1R1NA 4IGRA 1N0TA 1OQGA 3KN8A 2ESNA 4OVJA 3H3GA 3GZGA 2I4BA 4KPTA 4PQJA 1B46A 2DP8A 3ODBA 4P0GA 1EU8A 5HM4B 3S9EA 3OEMA 1B0LA 3K6XA 3ILUB 2F7CA 4AB5A 1FTMA 3JV9A 4XKQA 1LB9A 1ZIUA 3LSFB 5L9MA 4FEBA 2F7AA 3H6WA 1Y9UA 1BIYA 5JK4A 2ZNTA 1MRPA 4NTLA 1IIWA 3KZGA 3B6QA 1KWHA 4LP2B 5DVJA 2XXXA 4NWDA 3VDFA 5H8NB 2R6GE 4JWOA 4C1TA 4YKJA 3I3VA 2QRYA 3EF7A 5H8HA 3PU5A 4DCXA 1LFIA 5TP9A 4KCCA 1P99A 1Y3PA 2O84X 2HQ0A 2D3IA 2RCBA 3TCHA 4NE4A 4OEUA 4HCYA 3EHUA 1A54A 4R2BA 3IOWA 4F2QA 4EQ7A 1H43A 1OMPA 3TTMA 2Y7WA 3UGWA 3H6VA 3M3KA 3IB0A 1AOVA 4ESWA 1Z7NE 4GL0A 3IOTA 3D4CA 3IB1A 4RYAA 2NXOA 2RC9A 1MY3A 2O7UA 2RC8A 1YPNA 1QUJA 4POXA 4F22A 2G93A 3KJTA 1B58A 4OYVA 1BP5A 3MUQA 1UTBA 2DE2A 3TELA 3O6HA 4R73A 1DOTA 1L5TA 3HV1A 4MH5A 1IXGA 3CRBA 1BKAA 4JB7A 3MVXA 3FVGA 3KEIA 1QKBA 1TFAA 3C9HA 3N6UA 4ONYA 3CR9A 1URSA 1JVXA 5FHMA 3SEUA 3C31A 3G3GA 3RQTA 4PE5B 3HCQA 2Q2AA 2M8CA 2DWIA 2BJJX 3K00A 1PB8A 2UVJA 4G2ZA 5CM6A 1UIVA 3FJGA 2XX8A 4Q5TA 4OENA 1I6AA 1H3DA 4O3BA 2XX7A 1FQCA 1SW1A 3E9XA 2UVHA 1Q35A 4OQOA 2IA4A 3IJOB 2B3FA 3K1MA 4F1VA 4X1BA 3IL1B 4K3FA 3S9MC 1LB8A 1B52A 2F78A 3LBSA 5CBSA 1FTKA 5FHNA 1GVCA 2Z8FA 4XKRA 2ALUA 4KD5A 2ZMBA 1VE4A 4AQ4A 2I4CA 5I57A 1O7TA 1HSEA 1NH8A 3HPIA 4TLMB 3IAZA 1N3XA 2ZYMA 3M3FA 1OLAA 1B4ZA 2F8DA 3CG1A 4EF1A 3OENA 4IO6A 3WAFA 4PFTA 4OXVA 2H98A 1B1HA 3MP6A 5HPQA 3MW0A 5I2KA 3Q28A 5DTBA 3MPKA 1B3FA 1QKAA 1B2HA 3E13X 3KSXA 3PUYE 3USDA 4X1DA 1ZTYA 1MM7A 3K02A 4G8HA 4RK2A 3IB2A 1BTJA 4RNSA 1FTOA 4OEVA 5K2YA 2QSXA 3G3FA 2I3VA 3Q26A 4OWDA 4LZ8A 4DLDA 3CIJA 1IXIA 5AA4A 1D4NA 3FVOA 4XTCQ 2Q89A 1QW0A 4FE8A 3R26A 2ZNUA 1B7HA 4HS7A 3SKPA 5JTYB 4C0RA 3O97A 4N6PA 4FIMA 4IO7A 5EYFA 3T93B 3OOAA 1T0KA 2I6EA 5B70A 3WAEA 5ITPA 2RF1A 1H76A 2H25A 4WXJA 1PBPA 3IORA 5ITOA 3OELA 1FQEA 1CE2A 1MG1A 1FQBA 5DEXB 4PFUA 3PD8A 2UYEA 1VFEA 2A5TB 2NUVA 2Q2CA 2XXPA 4FECA 2FNCA 2ZNSA 4YMBA 3UORA 2XD3A 3W9WA 3SESA 1QJMA 2HAUA 2ONSA 3VVEA 1MY1A 4ZEBA 1R9LA 4GVOA 1EZOA 1Y3NA 1NNFA 4ELOA 1XHYA 4IB2A 4LQ5A 3FATA 3MQ9A 2AL5A 1MDP1 2PT2A 3TFLA 3RGYA 3TYHA 4F3SA 1SYHA 2PBWA 1TT1A 4RA1A 3UIFA 2V3QA 1POTA 3KN3A 2E0SA 3GLBA 1NMUA 3G3IA 3MZ9A 4PETA 4G4PA 3TUSA 3FV2A 1FTLA 2X7PA 3Q29A 2VHAA 3TQLA 1MH3A 3SEXA 3TZAA 3EPEA 3EHSA 1LLSA 5ELVA 2OZZA 2VOZA 4EQBA 3W15C 2F97A 3H7MA 4ZE8A 1QUKA 1B4HA 3AXFA 2I0CA 1I69A 3PPRA 3FUZA 3TTRA 1P1NA 1FCKA 4U2RA 2QPQA 5HBCA 2GH9A 5FTHA 2QMWA 1SW5A 4P0IA 4QSCA 2HAVA 4OESA 3V89B 2GHBA 1D9VA 5EHMA 3M3LA 2X7QA 3HO7A 3FXRA 4Q30B 3CFXA 3G3JA 1M5FA 1LAGE 2O1LA 1BLFA 2OLBA 1IXCA 3O6GA 3PUZE 3FIRA 3E4RA 1QULA 3JZJA 4RK9A 3OSRA 3O66A 4G8MA 1UTHB 1LGBC 3ILTB 3TEPA 3C4MA 5I2NA 1DSNA 4OFOA 5AA2A 1XOCA 3UA8A 1LCTA 3U92A 2DVCA 4YMAA 1SDXA 3RPWA 3OEKA 3S9NC 2ZYNA 4OETA 4LATA 5L9SA 1VSOA 2ZYOA 1NL5A 1P1WA 2I48A 3OSQA 5I58A 2DWHA 1FQDA 4UACA 3H03A 5ISUA 1N84A 4BDLA 5H8FA 4ZEDA 2YPNA 3L6GA 4QFKA 2HZKA 2XHDA 4DZ1A 5EHSA 2GRVA 3TTKA 3I6VA 1SW4A 5ICTA 4DXUA 5A5XA 5LOMA 3HN0A 1Z7ME 1MDQA 2RKMA 1RKMA 4BDMA 2V3UA 3QYTA 2FYIA 2GFEA 4JDFA 3SDFA 1HSLA 5H8HB 2DQVA 3MAMA 4OFJA 4FAJA 5TP9B 3PMXA 3KGCA 2HEUA 2NVUB 3B6WA 5KDTA 5CMMA 1A7LA 2QL3A 1ELJA 1WODA 1B5IA 2PYYA 3SEVA 3IR1A 4MFIA 2VD2A 1P1OA 4POWA 4FATA 4DDDA 1QVSA 5IAIA 2OWTA 4RPNA 4R6KA 4GF8A 3Q25A 1TFDA 1ZBMA 4OMBA 1PDAA 4R74A 1JW1A 4NMYA 1M5BA 1ZJLA 1S7YA 1ANFA 2I0BA 3KOTA 4HW8A 4G77A 4Z0IA 3P7IA 2YJPA 4ZDMA 2OBGA 4EXKA 1IEJA 1UTBB 2QS2A 4KR5A 3A3UA 3OMBA 1SBPA 3FVKA 5L9OA 2XXQA 3LSLA 2Y84A 2RCAA 1J1NA 2DOJA 1URGA 4KYEA 4DE8A 1MY2A 1MPDA 1S9TA 5TPAB 4IY6A 2Z8DA 1D3KA 2F6GA 1MH4A 3MC2A 3OO6A 4QSDA 1DMBA 2LAOA 3FV1A 2XXIA 2W7YA 4BDQA 3C33A 4THIA 4YB5A 3KJ7A 3M8UA 2XXVA 4X48A 2H99A 1MQDA 4BDNA 1UQWA 1Y4CA 2Q88A 3K2DA 4ZEKA 2XX9A 4H67A 1B7UA 4XKPA 5I59B 3LSWA 4KQPA 4TQUQ 3OO9A 1EH3A 4ZE9A 4G68B 3PPOA 1MXYA 4QFLA 3IO6A 3DM0A 1OLCA 4YKPA 4QSEA 1B3GA 5AA3A 3CFZA 3RT8A 3TDJA 1AIVA 4WEDA 2YLNA 4U4XA 2OCUA 3BKIB 1R9QA 2Y7PA 4NF8B 4I1DA 3N6TA 2UYFA 1XVXA 4EDPA 4JSOA 1GV8A 3MP1A 1XC1A 1LAHE 4P11A 2F35A 3BFUA 5DYHA 1SI1A 2HZLA 2P0SA 3HSTA 5AA2D 1DPEA 3QIMA 3VVFA 2Y7RA 1P1UA 1URDA 3MZBA 1MXXA 2O51A 3KN7A 3G3KA 3SETA 1B5JA 4KYDA 4H6DA 5H8QB 2H9BA 4E0WA 5KCJA 4R9FA 1CB6A 1JQFA 4NF5A 1LSTA 1S50A 2VGQA 5I56B 4OFLA 3ZS6A 1B0HA 2UXAA 5AA1A 1SD3A 4GRKA 1FQFA 3MP8A 4UA8A 4BDOA 1GTKA 1USYH 2V93A 4DIGA 2F7BA 1DTGA 1M5EA 4ZS9A 3PPPA 4EXLA 2DXYA 2QS1A 2I49A 3PPQA 2ANJA 3UK4A 3H6UA 3K6UA 1LAFE 3BBRA 2F34A 3T66A 4G68C 3G3HA 4C1UA 5JTYA 5ICQA 1O63A 1YTVA 3K6VA 1NNPA 1A8EA 1HSJA 2VD3A 4ELQA 1JETA 3TQWA 2B65A 3T96B 1WDNA 1B5HA 4WKMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Q0CA 1NH7A 3UP9A 1H45A 1IUDA 3MPLA 2PMSA 3EN3A 3S4UA 1ZLQA 1MXZA 3CSGA 4NF4B 5TU0A 1ZMGA 4R6YA 3A09A 5DEXA 1MPCA 1RYXA 4KCDA 4F29A 2A5TA 2WKYA 3MWBA 3PUVE 4FORA 3O9PA 4IO3A 4U1ZA 2DE4A 1LFHA 5K2XA 5LTCA 1F9BA 4R9GA 4MLQA 3FD3A 4OZ9A 2O6AA 3VLUA 1Y1ZA 1VDWA 1B05A 4YB6A 4NQ8A 3GXAA 4I62A 1N04A 1B9JA 3K1NA 2A5SA 1PB9A 1P1QA 3PMWA 3U72A 1RDYA 4GQOA 3K0VA 1MQIA 4LZ7A 2I58A 3QXMA 4JBZA 1FTJA 1OVTA 4KI0E 3KOSA 4MCOA 3R6UA 1LCFA 3CSBA 4EUOA 4TOZA 4XXUA 3C34A 4PGNA 4MHFA 1GGGA 3O28A 3THIA 3FBPA 3MBPA 4OVSA 4X9TA 5IKBA 3VV5A 1NV1A 1O64A 1MS7A 4NF6A 3KG2A 3RTWB 4NX1A 1DK4A 1R6ZA 3F11A 5ET5A 3JYRA 5I2NB 3K4UA 4RJZA 3H06B 5AA2B 5CC2A 3CI8A 5IZ1A 1SW2A 1AWBA 1Y1MA 4KYSA 1FQAA 2F3BA 1JW5A 2QFLA 2REGA 1OQHA 2H4IA 4LONB 1FPJA 2FA7A 1DCUA 3LC8A 4N07A 2DVZA 2NOOA 4N8YA 1AL3A 4MIJA 3TAJA 1EYJA 4BLAA 1FTAA 2R71A 1B3LA 1JEVA 4YKKA 1NV2A 2GHAA 5I58B 1IZ1A 4H0WA 4IGTA 5ET7A 4H65A 2DE3A 4IO2A 4IO5A 4QHQA 3U65A 2XWVA 3I5OA 3H4ZA 5H8FB 1N7WA 3ZKKA 2F6PA 3Q27A 4O8MA 4MEVA 1NUWA 3OO8A 2QMXA 2Y7KA 4H5GA 2Z22A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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