The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
30
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZM6 O; 2VQF O; 1DK1 A; 1IBL O; 4JYA O; 4LFA O; 1R1B A; 4DV6 O; 1G1X B; 3M8A A; 1XMO O; 5H5N A; 2N74 A; 3RT3 C; 4NXN O; 4DR1 O; 4JI4 O; 4DV1 O; 4DR5 O; 1IBM O; 3J81 N; 4DR4 O; 4GKJ O; 5A2Q N; 1N34 O; 1XNR O; 4DR3 O; 1R6T A; 4DR7 O; 4DV5 O; 4LF4 O; 2UXB O; 1HNZ O; 5LMN O; 2FKX A; 2DJV A; 4B3T O; 4LF7 O; 4LF8 O; 5BY1 A; 5BR8 O; 4LFC O; 4K0K O; 5BXZ A; 3T1Y O; 1I94 O; 2LW7 A; 4DR2 O; 2UXC O; 1HNX O; 4LFB O; 4X64 O; 1F7Y A; 4LF5 O; 2HHH O; 4GKK O; 4JI1 O; 1N32 O; 4X62 O; 4JI2 O; 5IWA O; 1XEQ A; 4B3M O; 4DV0 O; 3J80 N; 4YHH O; 2VQE O; 4JI7 O; 1AIL A; 2UXD O; 1N33 O; 4DV7 O; 5IT9 N; 2ZKO A; 4JI5 O; 4JI0 O; 1FKA O; 4OPA A; 1X59 A; 4A5U B; 1AB3 A; 4OX9 O; 4DUY O; 1KUQ A; 1D2D A; 1IBK O; 2F4V O; 4DR6 O; 4DV2 O; 4OPH A; 4NXM O; 5FLX N; 1XMQ O; 3O65 A; 4LF9 O; 1A32 A; 2UUC O; 4KHP O; 3JAM N; 1N36 O; 1FYJ A; 5LMU O; 4B3R O; 1YZB A; 3J7A U; 2AGA A; 2JRI A; 4JI6 O; 1NS1 A; 4X66 O; 4DUZ O; 4JV5 O; 4JI3 O; 4JI8 O; 1HR0 O; 3R66 A; 3F5T A; 4AQY O; 1HNW O; 3T1H O; 4DV3 O; 4YY3 O; 2UUA O; 5LL6 Y; 3OTO O; 2Z0A A; 4X65 O; 1J5E O; 2DOS A; 2E5L O; 4LF6 O; 1FJG O; 1XNQ O; 3SDL A; 2UU9 O; 4B3S O; 2UUB O; 4DV4 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4QPJ A; 2JJ1 G; 1Z2G A; 4CH5 A; 4JGS A; 3CCV V; 3E35 A; 1GM8 A; 3AG1 C; 4EFB A; 2ETN A; 4LWS A; 3H9V A; 1PKX A; 1PNK A; 5LOV B; 4O4L B; 4YJ2 B; 1QCE A; 4JAS A; 2RNB A; 3ASO C; 4LF8 O; 2OCC C; 2QE7 G; 1Y74 A; 5JWP A; 4JI3 B; 1LUW A; 2OTL V; 2P90 A; 3BEH A; 4XBF A; 4UXN A; 4AQY B; 1WLE A; 4GKK O; 3B8N A; 1Q7Y W; 2QWO B; 1NTK H; 3JAS A; 5LOV A; 5LA6 B; 2WPD G; 4MSW C; 5IYZ B; 2JDI G; 4P30 A; 1SZX A; 4CC6 A; 2VWJ A; 3HKC B; 5KHJ A; 2P22 C; 2R9A A; 4XDK A; 4JPR A; 2VQF B; 4RUE A; 3K08 A; 2DQ0 A; 2OIG A; 2XTA A; 1M93 A; 3CCQ V; 1ZTE A; 1IBM B; 5EC2 C; 2QTO A; 4ICG A; 4K8X A; 4LBE C; 4FLU A; 4LF9 O; 2JJ2 G; 4X8A A; 5HFM A; 4OGQ B; 2A79 B; 2WA4 A; 4Q6G A; 5LMU O; 2GTA A; 3T1Y B; 3FFQ A; 3FKS G; 3LSQ A; 2F95 B; 1WPX A; 1RSO B; 2WLI B; 1XMO B; 4DRX A; 2JS3 A; 2OIE A; 4FZ1 A; 3JSL A; 3LDC A; 4DW1 A; 3OTO O; 1OCC C; 4LF7 B; 4QGP A; 1KC8 W; 1IZ3 A; 1FFX A; 2Q68 A; 2F93 B; 1V54 B; 2YEV B; 4WCE V; 1RSO A; 5L3E A; 4DV6 O; 4QPK A; 4U3F H; 3I5D A; 1EN4 A; 2YUA A; 3JAW B; 1DF4 A; 4FVM A; 1BS3 A; 5KHI A; 3P3N A; 3VQX A; 2EUL A; 4PHZ A; 3IAY A; 4B3T O; 1WP8 A; 1QVG U; 3DGE A; 3JD1 A; 4RWU A; 2RJZ A; 2ZNJ A; 2JGD B; 3OAA G; 5B1N A; 3SPH A; 2DMX A; 1JJ2 U; 5CN0 A; 5E1A C; 1FAF A; 3OGC C; 3WG7 C; 4I55 A; 4D7T A; 4LH7 A; 2WA3 A; 5LXT B; 3OMN B; 1TA8 A; 4HZ3 A; 1VMG A; 3ZMT A; 1YCI A; 3CWB H; 1AB3 A; 4OX9 O; 4BIZ A; 1IBL B; 4PDL A; 3SR2 C; 1IBK O; 1M1K W; 4UCO A; 4X1I A; 1SET A; 4HAM A; 4BWA A; 2DYS B; 3AK2 A; 3QVN A; 2B1G A; 4W4L A; 5IE9 A; 5KMG A; 3Q4H A; 1P7B A; 2Y69 C; 2YIA A; 5FLX N; 2K9P A; 3AG7 A; 2LO1 A; 3E8B A; 1I0H A; 3E22 A; 3ZMS A; 3CE2 A; 1FFT B; 2OCH A; 1PD3 A; 2LGW A; 5EK0 A; 3ABK C; 1SQQ H; 2MK3 A; 4X66 O; 2KSD A; 3UO2 A; 3VOU A; 1VQ7 V; 1NTM H; 1N32 B; 5LHH A; 1OCZ B; 4H0L B; 4UVA A; 3ZRW A; 4DV0 B; 4BR6 A; 1BE3 H; 2E76 B; 3MD0 A; 4MVQ A; 1Z5V A; 3AG3 B; 2QWP B; 2UUB O; 4DV4 O; 4UB8 Z; 2W0X A; 1DK1 A; 3P3P A; 2DQ3 A; 3ASN C; 4LFB B; 3JAT B; 5FPR A; 3ML0 A; 3D36 C; 2X0L A; 1AI7 A; 1EBO A; 4D7S A; 2LW1 A; 1ZUQ A; 4IIJ B; 1OCO B; 3DXR B; 1VQ9 V; 3SPC A; 2UUC B; 2QGN A; 2O57 A; 1NKD A; 3H1K H; 3DSQ A; 3LSU A; 1JPX A; 4X64 O; 1F7Y A; 3UQ8 A; 2GSM B; 4PJ0 Z; 4EEQ A; 4JI1 O; 1E1Q G; 5H6Q A; 4JI2 O; 1AJN A; 3ABL C; 1J5E B; 3EXA A; 4NKG B; 4DV7 O; 2A7W A; 1QU7 A; 2KG7 B; 2Q0O C; 4MVO A; 4JI0 O; 1YJW V; 1G4Y B; 4DK0 A; 4J9Y B; 3CCJ V; 1EN6 A; 4H33 A; 3ZMZ A; 1R6K A; 3X2Q B; 1ZSP A; 2ZDI C; 2QR4 A; 5L3F A; 1XBL A; 1PNL A; 4LNU A; 1W2B U; 3HPL C; 3ETE A; 1TVK B; 3H1H H; 5IYD O; 3RYC A; 2WSS G; 2BSK B; 3LNM B; 4MTG A; 5JCO A; 1MZF A; 3B4S A; 2DYR B; 5A9G A; 1AI6 A; 4CS4 A; 1WA8 A; 4TUY A; 1Q6I A; 2WLL B; 4LH6 A; 3CC2 V; 1NS1 A; 4G28 B; 4LF5 B; 4X1K A; 1JFF B; 4NXN B; 2P67 A; 1B3Q A; 2ZXW C; 5DN6 G; 3B40 A; 4JI4 B; 5EIB D; 1QVF U; 1D5A A; 4L8J A; 2AZ2 A; 1P4R A; 4LF6 O; 1VF7 A; 1XNQ O; 4UUJ C; 4FFK A; 4KFM A; 4O2A B; 4FIP C; 2ZIO A; 2XAS A; 1DF5 A; 1QQC A; 4BW5 A; 2QM8 A; 1K4D C; 4CH6 A; 5H2F Z; 1MSW D; 3JD0 A; 1ZX3 A; 4F6E A; 2IU3 A; 1OCR C; 3G4S V; 2JEU A; 5GTI Z; 2G38 A; 3CS5 A; 1SER A; 1I94 O; 2CAZ C; 3GVM A; 4P9P A; 5JQG A; 1HNX O; 4MVM A; 2AXT Z; 2V7Q G; 5EYP B; 2YIB A; 2DN9 A; 3ETQ A; 4MVZ A; 4DV3 B; 3HKB A; 1WB7 A; 2FTK A; 5KAI Z; 3HKD B; 5B1B C; 1XHZ A; 3JCZ A; 3TGU H; 3N2K B; 1GAX A; 1X59 A; 2D3O W; 3L71 H; 2ZE5 A; 3H1I H; 3GWO A; 1EN5 A; 2X6B A; 1KD1 W; 1S77 D; 3RYH B; 3CRR A; 1PV0 A; 4YIP A; 5J2T B; 1FXK B; 1FXV A; 4EB6 A; 5FL7 G; 3AG4 B; 3E8H A; 4FLX A; 2Q9L A; 4U3J A; 3D36 A; 4CH4 A; 2QKA A; 3RBZ A; 2IH1 C; 1FXH A; 2ZT9 B; 4O4J B; 4WFG A; 2PY5 A; 5GON A; 4JI6 O; 3OMI B; 1YIT V; 3A0R A; 2HJD A; 3BA9 A; 1UPG A; 2UXX A; 1TUB B; 3C3T A; 1QR9 A; 1SC5 B; 3M7M X; 2JGU A; 4LR3 A; 2QM4 A; 1MMM A; 2XT9 A; 2EIK B; 4KP4 A; 3ZRS A; 2A06 H; 4F6R B; 2DWE C; 1AP5 A; 2UU9 O; 4K0K B; 4UCR A; 2AZ0 A; 2EIJ B; 2XOK G; 3KCY A; 4TT3 G; 3FAV A; 4I0X B; 4PI0 A; 1VQM V; 2ZQM A; 4DR1 O; 4DR6 B; 3JAR A; 3WB2 A; 3K06 A; 3IFX A; 3F7Y C; 5KA5 A; 2ZDI A; 3C3S A; 1XI1 A; 2CTQ A; 4IL6 Z; 2Q6A A; 2VQE B; 4CBC A; 5F2V O; 5IJ9 A; 3CPW U; 2ARH A; 1N0J A; 3RYI A; 2FKX A; 4QE7 A; 3BHP A; 1V55 B; 1V9P A; 3I55 V; 2UXC O; 2IU0 A; 1VQL V; 2LJ2 A; 2KB1 A; 1U97 A; 4AIL C; 5IWA O; 1GH6 A; 1XEQ A; 3S3X A; 1YI2 V; 5JVD A; 5B1A C; 2ZE8 A; 5CA0 A; 3CJH B; 3G71 V; 5JH7 B; 1TUE B; 1JVM A; 2AW9 A; 1D2D A; 3QF7 A; 2A9H A; 3E2E A; 4JI8 B; 3CX5 F; 3OMA B; 2UXN A; 2XAH A; 1Q8I A; 3JD4 A; 3TXQ A; 1KEC A; 1NT2 B; 2DW4 A; 4WFB V; 4X65 B; 4X89 A; 2R72 A; 3BAA A; 2QJ1 A; 1IVS A; 2D2C B; 2WLJ A; 1JCH A; 5JH7 A; 3E8F A; 3A0H Z; 3J7A U; 4QIW F; 2Q5Z A; 2HR3 A; 2Q67 A; 3BFR A; 4MS2 A; 4JV5 O; 1R3J C; 5HFL A; 1R3I C; 3R66 A; 3T1H O; 1GKF A; 3SJC C; 4U7N A; 3P30 A; 1WPB A; 2QWQ B; 3W7S A; 3W7T A; 2GHY A; 4PDV A; 2GUZ B; 3ZX6 A; 4IT5 A; 5BMV B; 4CS2 A; 3B8M A; 4NTX A; 1H2N A; 5KHG A; 4B3S O; 4E4E A; 4WFA V; 3QTC A; 5L3G A; 3ZHT A; 4HBN A; 3G6E V; 1FS0 G; 2CH7 A; 2EIL C; 1AVM A; 4FK5 C; 2HFE C; 4J7K A; 4DV1 O; 1K34 A; 4X62 B; 5CA1 A; 1XDC A; 2OT5 A; 5LYJ A; 5CB4 A; 2OYQ A; 4DV5 O; 4PDR A; 1VP7 A; 1US6 A; 4LWS B; 3JSN A; 1K92 A; 1O9G A; 4WBN A; 5BR8 O; 4JZG A; 3H01 A; 4I5S A; 1H8H G; 1PP9 H; 1YF2 A; 4HNA A; 1VQ6 V; 1Q3E A; 3U10 A; 1L1F A; 4DR2 O; 1ZWI C; 2QSA A; 4P9O A; 3AK1 A; 1Y74 B; 2Y4U A; 3UT5 A; 2F4V B; 1AJP A; 4DV2 B; 4X20 A; 3JAS B; 2UXD O; 4DW0 A; 2E5L B; 2PTM A; 3F5W C; 2RN9 A; 3U11 A; 5B3S B; 4B3R B; 4UCS A; 2VRZ A; 4TV9 A; 2P4V A; 2X7R B; 1UJW B; 4UVC A; 1XHX A; 2AHZ A; 2KKW A; 4LF8 B; 4FFB A; 2EIM C; 3RW0 A; 4UV9 A; 4UVB A; 5B5E Z; 2AHY A; 5GW7 A; 4DYL A; 2ZM6 B; 2L6L A; 1KKD A; 2YXY A; 1AJQ A; 3F5T A; 4NTY A; 4DRX B; 4UB6 Z; 1M9N A; 1Y67 A; 3EVK A; 2PF4 E; 2YI9 A; 4DR7 B; 5LHI A; 4FM0 A; 1NH2 D; 3OR7 C; 3CMA V; 1KBH A; 1JQ0 A; 4R7C A; 2FL4 A; 3D3Q A; 1GN3 A; 1FFX B; 4J11 A; 3BPZ A; 1R3K C; 2B1I A; 3K0G A; 1G1X B; 1XMO O; 1QBZ A; 1BT8 A; 2EX3 A; 5FNV A; 2R9R B; 2BTQ A; 2IJH A; 4TWK A; 2WLH A; 1B04 A; 3DC5 A; 1YEW A; 2WLK A; 3RYF A; 4YHH B; 1N33 B; 2EZP A; 4LF7 O; 5IYB O; 1OCO C; 5J9P C; 4DUY B; 3ZN1 A; 1Y4M A; 4J41 A; 2EIN B; 3AG2 B; 4GX0 A; 5KX5 A; 3K5N A; 2HHH O; 2CTR A; 1M56 B; 2IM9 A; 3MDS A; 3ETD A; 1K4C C; 3K3W A; 1GM9 A; 4J10 A; 4I55 B; 3ZHS A; 1OV9 A; 4JI5 O; 4KHP B; 3L73 H; 1YJN V; 2ZR2 A; 1F51 A; 3ABT A; 1KUQ A; 1ENV A; 4DV6 B; 2ZR3 A; 4O4I A; 4J7J A; 4Z2W A; 1N4C A; 2IJJ A; 4X1I B; 1ARO P; 1QLE C; 2Q0A A; 1XMQ O; 5KMG B; 5JJJ B; 3Q4H B; 3DTU B; 3MAQ A; 1A32 A; 2BE3 A; 5AG2 A; 3JAM N; 2M7W A; 5K1P A; 3AG1 B; 3K57 A; 1IXB A; 1BZK A; 2JRI A; 3E22 B; 1HWY A; 3K04 A; 2RQ6 A; 3HB3 B; 2CTP A; 5CBG A; 1B6Q A; 4L87 A; 1NH2 B; 4PA9 A; 1VF6 C; 2QKS A; 3ASO B; 1TGO A; 2OCC B; 2GTS A; 2CDY A; 1N34 B; 3K03 A; 3ZRW B; 2EJ7 A; 2Y4T A; 3CCL V; 2X6A A; 1GN4 A; 1MA1 A; 3CXC U; 2XAG A; 2XND G; 1Q43 A; 4B7K A; 5H9C A; 4JYA O; 5CMU A; 3E8G A; 5EC1 C; 1IBK B; 1NTZ H; 2BOC C; 3OD4 A; 5GTH Z; 4K3A A; 3CXH F; 2QTS A; 5C8Y A; 4JYB A; 5DM6 V; 4MTF A; 3ZBH A; 3HR0 A; 1Q6U A; 4DR4 O; 1XNR O; 4DR3 O; 2UXB O; 2WLM A; 2DJV A; 3OE7 G; 2PYJ A; 3WB0 A; 2Z5U A; 5KUK A; 4BAY A; 3CCU V; 1I08 A; 2BOB C; 2QA4 V; 4MTO A; 4TQD A; 4LFB O; 1MG1 A; 4X66 B; 1Q6H A; 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3TET A; 3ABK B; 4UCV A; 2ZKO A; 2H3O A; 1N36 B; 4LF6 B; 2XUM A; 1K3E A; 1L0N H; 1M57 C; 4Z1V A; 4KXR A; 4ABM A; 5LBQ A; 4JTA B; 4TV8 A; 4I9W A; 3CRC A; 2LGQ A; 2UUA B; 4PD4 F; 4EB6 B; 3ASN B; 3BRC A; 4U3J B; 4X9Q A; 2ADQ B; 1RP3 B; 3OR6 C; 1M5I A; 3JCU Z; 4C7U A; 5GON B; 5E79 Z; 3RVZ A; 4GT1 A; 3G80 A; 1HR0 O; 1BQ0 A; 3CRQ A; 4G27 B; 2Q7G A; 5C93 A; 4DR5 B; 1S5J A; 1S5H C; 4IHJ A; 5DEC A; 3BAB A; 3FB8 C; 4NVP A; 5D5Q A; 1HNZ B; 3LSS A; 1M4U A; 2F1M A; 1SQP H; 4LFC B; 5CA3 A; 3ABL B; 4NTW A; 1F4M A; 1CPY A; 3RFR A; 3RT3 C; 1BHB A; 1YSC A; 2GBO A; 3FAV B; 3E86 A; 5KUM A; 1GM7 A; 2FYU H; 4XDJ A; 1QR8 A; 3JAR B; 3B09 A; 5ITZ B; 1E79 G; 1GMG A; 1W0K G; 4RAI A; 3WB1 A; 5LMN O; 5IJ9 B; 2YI8 A; 3RYI B; 4K0K O; 1H2M A; 2CGO A; 1SQB H; 3THO A; 4MT8 A; 3ETG A; 4J7Z A; 1HW7 A; 4N23 A; 1NZ6 A; 5LP6 C; 2P4K A; 1HP8 A; 5ITZ A; 3JAL A; 1QHT A; 1O9H A; 3WFV A; 4FLV A; 2VQE O; 2Y0P A; 2MW2 B; 3NXS A; 3ZIA G; 2XAF A; 2ZXW B; 5JVD B; 2LFS A; 4OPA A; 4PDM A; 1XL6 A; 2HEP A; 2X6C A; 3QO7 A; 5CA0 B; 1JR9 A; 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