The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
30
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HR0 O; 4JI5 O; 2VQE O; 2UUB O; 4A5U B; 4JI7 O; 2JRI A; 1IBL O; 4X62 O; 1X59 A; 3J7A U; 1HNW O; 3F5T A; 4DR5 O; 4LF8 O; 4DR6 O; 1XNQ O; 3O65 A; 1IBK O; 2Z0A A; 4DUZ O; 4AQY O; 1FJG O; 5BXZ A; 1D2D A; 5A2Q N; 4JV5 O; 3T1H O; 4B3R O; 4DR4 O; 2UXD O; 1AIL A; 4LF7 O; 5BY1 A; 3J81 N; 1N32 O; 4X65 O; 1F7Y A; 3R66 A; 4OPH A; 1J5E O; 1N36 O; 3M8A A; 1I94 O; 1XNR O; 4DUY O; 4K0K O; 1XMO O; 1A32 A; 4LF6 O; 1G1X B; 4LFC O; 4LFB O; 4NXN O; 3SDL A; 4DV5 O; 1R6T A; 4YHH O; 4GKJ O; 2VQF O; 4LF5 O; 2ZKO A; 4DV6 O; 3JAM N; 4JI8 O; 4GKK O; 4DR2 O; 1HNZ O; 4LF4 O; 4B3S O; 1R1B A; 3RT3 C; 1AB3 A; 2HHH O; 5IWA O; 1XEQ A; 5FLX N; 4DV0 O; 1IBM O; 1KUQ A; 2UXC O; 2F4V O; 2FKX A; 1XMQ O; 2UU9 O; 4DR1 O; 5H5N A; 4X66 O; 2AGA A; 1DK1 A; 4JYA O; 4OPA A; 1YZB A; 3OTO O; 2UXB O; 1FYJ A; 3T1Y O; 2UUC O; 1NS1 A; 2UUA O; 4NXM O; 2DOS A; 4B3M O; 4DR3 O; 1HNX O; 2ZM6 O; 4JI4 O; 4X64 O; 2N74 A; 4JI0 O; 4DV1 O; 1N33 O; 4DR7 O; 2DJV A; 5BR8 O; 3J80 N; 4JI1 O; 5LMU O; 4LF9 O; 4DV2 O; 4DV4 O; 5LMN O; 4JI6 O; 4YY3 O; 4DV7 O; 2E5L O; 4DV3 O; 1N34 O; 4OX9 O; 4KHP O; 4JI3 O; 4B3T O; 4JI2 O; 1FKA O; 4LFA O; 5IT9 N; 5LL6 Y; 2LW7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DW1 A; 5LXT A; 3ABK C; 3BHP A; 5KHH A; 2AZ2 A; 2UUB O; 1XHX A; 3FD9 A; 2JRI A; 4IIJ B; 1IBL O; 4GX0 A; 2QM7 A; 1HNW O; 3RGB A; 2WA4 A; 2M6Y A; 4O2A B; 1JCH A; 1WA8 B; 3OW2 U; 1TVK A; 5CA3 A; 1AR1 B; 3CCJ V; 2Y48 A; 5GTI Z; 1M56 C; 3N2G B; 4PA4 A; 3CD6 V; 5CA1 B; 1U97 A; 3K5L A; 3H1H H; 5LP6 C; 3J81 N; 3K79 A; 3ZMU A; 5LYJ B; 3G4S V; 2GV9 A; 1V54 C; 1E79 G; 3SJC C; 1P49 A; 3TXS A; 1W2B U; 4I4T A; 4LWS B; 2ITC C; 3WB1 A; 1G1X B; 2QJ1 A; 1PV0 A; 4DV5 O; 5JJN B; 4XDL A; 2D3O W; 1R6T A; 1SET A; 2ZKO A; 3AK1 A; 3QVN A; 4LNU A; 2OIG A; 1OCR B; 3FFQ A; 3LSQ A; 1VQ7 V; 3UT5 A; 2CTP A; 1S72 V; 4GX1 A; 1GN6 A; 2GUZ B; 1P7G A; 1PP9 H; 4YJ3 A; 3E2E A; 3K5M A; 1AP6 A; 5IDJ A; 1Q6I A; 3G80 A; 2YDE A; 2CE4 A; 2QKS A; 2WLJ A; 5KA5 A; 2LGQ A; 4H13 B; 2K9P A; 1IZ3 A; 4IL6 Z; 1TUE B; 3HR0 A; 5JJE B; 3CC4 V; 3B8N A; 1Q8I A; 2EIM C; 1RPR A; 4JAS A; 1HR0 B; 4JI5 B; 2VQE B; 2PI5 A; 4JYY A; 4B08 A; 2YIB D; 3L72 H; 3K9S A; 1N4C A; 3AG1 B; 5LMN O; 1N0N A; 2GBO A; 2LW1 A; 1EFR G; 3AG2 B; 1NR7 A; 4PD4 F; 2RCV A; 3SYC A; 4WBN B; 1AI6 A; 4G27 B; 1I08 A; 1Z5W A; 4MTX A; 4LH6 A; 2Q68 A; 3LNM B; 5JJJ B; 3J7A U; 4PV1 B; 1PL0 A; 4TWK A; 4YIO A; 1N36 B; 1VIB A; 4TV8 A; 4L87 A; 3K03 A; 1YSC A; 3RYH B; 2P4K A; 2PZS A; 3AK2 A; 1NI8 A; 1Y74 B; 1ZL8 B; 4LF8 B; 5A2Q N; 3PJS K; 4FLV A; 5KHK A; 4LC1 A; 3E8G A; 2YIB A; 2QEX V; 4RAI A; 1XNR O; 4H37 A; 1DF4 A; 3BPZ A; 4CZZ A; 5J2T B; 4X1I B; 2OCC B; 1FFT B; 2HP8 A; 2XAH A; 2XUM A; 3SPC A; 4FM2 A; 1K4D C; 3JAM N; 4GKK O; 3HKD A; 3CE2 A; 4B7K A; 2VQF B; 1KMI Z; 2W0F C; 1XOU A; 2OT5 A; 3BA8 A; 2EX3 A; 1ZUQ A; 1GM9 A; 5JQG B; 1WPX A; 2R70 A; 2AGA A; 2P7T C; 5B1N A; 1M57 C; 2E3C A; 5DED A; 2UXB O; 1FFX A; 1W0K G; 4BAY A; 4B3T B; 2PTM A; 4JI7 B; 4X20 A; 2X6B A; 1HNX B; 4DV7 O; 5LMU B; 5IJ9 B; 2ZXW B; 3ETD A; 1KU9 A; 1P7B A; 1NBM G; 4UCS A; 1YDX A; 1F51 A; 4A5U B; 4ZI7 B; 3ZHQ A; 3RYI A; 2EJ7 A; 3OD4 A; 1M90 W; 4X65 B; 4J11 A; 4TV9 B; 4LF8 O; 1VQ6 V; 2ZD9 A; 4UXN A; 2EIN C; 1J5E B; 2DYS B; 2PF4 E; 4N23 A; 4RQE A; 1FAF A; 1GH6 A; 2Z0A A; 2IH1 C; 1IXM A; 4JV5 O; 1RSO A; 2UXD O; 4DK0 A; 4K3A A; 2A0L A; 4LF5 B; 3ASO C; 1PM9 A; 2QGN A; 2LQT A; 4FLZ A; 5IYD O; 2YXL A; 1OCC C; 1DGS A; 3G6B A; 4EB6 A; 4LF6 O; 1KKD A; 5E1A C; 3DXR B; 4O4I A; 3T4Z A; 5KUK A; 2VQF O; 3JAR B; 3FAV B; 1M1K W; 2YI8 A; 3SPI A; 1AB3 A; 1K92 A; 4G28 B; 2D2C B; 1BSM A; 5BMV A; 1NVP D; 3CCU V; 3WB2 A; 3ZN0 A; 2QSA A; 4OGQ B; 4WFF A; 3EHB B; 3AG3 C; 2WLK A; 3FB8 C; 4MTF A; 3W7U A; 4JI1 B; 1WP7 A; 1IDS A; 2E76 B; 3A0H Z; 5LHI A; 5FNV B; 2E5L B; 3A0R A; 2OIE A; 4EKW A; 3JAS B; 5JWP A; 2RNB A; 1BHA A; 2JK5 C; 1HNX O; 3ABM C; 4LF9 O; 5LMU O; 1GN2 A; 1ENV A; 3KCY A; 4X62 B; 1N33 B; 4KHP O; 2PGG A; 1XNQ B; 4MVO A; 3ABT A; 2P06 A; 5LL6 Y; 2LW7 A; 2XAG A; 2ATK C; 2MW2 B; 1PKX A; 1GN4 A; 2IJJ A; 1R6N A; 5IJ0 A; 4QPK A; 4B3R B; 5IY5 B; 3B09 A; 5H6Q A; 4HYO A; 4JAA A; 3GB7 C; 4O4H B; 1Y76 B; 5CA0 B; 1JFF A; 1SRY A; 5LHH A; 2AHY A; 4O4J A; 1KYO F; 3UM7 A; 3K06 A; 1OV9 A; 2JS5 A; 3APO A; 1D2D A; 3NR7 A; 1BL8 A; 5DN6 G; 2ODM A; 1Q43 A; 5KMG B; 1DLB A; 1LR1 A; 2Q4P A; 5L3E A; 4YHH B; 4GKJ B; 4PA6 A; 2WWW A; 4I55 B; 4DR2 B; 2H94 A; 2W6J G; 4LF4 B; 2QE7 G; 3M8A A; 1XDC A; 2AHZ A; 1I94 O; 2JJ1 G; 4IYI A; 2ZR3 A; 4U3J A; 5JVD A; 1DTO A; 3CP1 A; 4DV0 B; 1A32 A; 1OJH A; 4CH3 A; 5JCO A; 4FFB B; 4DUY B; 3CCL V; 3OEE G; 2X6C A; 5CMU A; 4X66 B; 2ZNJ A; 4NTY A; 4TQD A; 4JYA B; 1SZX A; 1H2N A; 3G6E V; 4J9Z B; 4UVA A; 3CPW U; 3HKB A; 3SYP A; 4BIO A; 3VBB A; 1XQ8 A; 2YIA A; 3TET A; 1L8D A; 4LBE C; 3MDS A; 5LGU A; 1ZLZ A; 3K0G A; 5LA6 A; 3CXH F; 1XMQ O; 2JEX A; 1I5X A; 1QLE B; 1Q81 W; 3JD4 A; 3QNE A; 4N21 A; 1U96 A; 2Q8V A; 2BCC H; 1BS3 A; 5KHI A; 5GTH Z; 4XBF A; 2LFS A; 2QM8 A; 4OPA A; 3THO A; 1HDJ A; 2X0L A; 4QGP A; 4FLY A; 5D5Q A; 5LBQ A; 1VP7 A; 5AG2 A; 1H2S B; 1N8R W; 1R3I C; 4J10 A; 3VQV A; 1N33 O; 4CH4 A; 5IE9 A; 4I7Z B; 4D7T A; 2EIJ C; 1WN7 A; 4X8A A; 4WCE V; 1PD3 A; 3E22 A; 4DR7 B; 5B1A C; 2QTO A; 3JSL A; 2BTQ B; 4FM0 A; 4C7U A; 1ARO P; 3K58 A; 3FKS G; 1DF5 A; 4TQF A; 3E86 A; 5KX5 A; 1Z2G A; 5LOV B; 3D8C A; 3B8M A; 5L3B A; 3K57 A; 3CRQ A; 5CB4 A; 5EIB D; 4LF7 B; 2F23 A; 3TJT A; 1XUQ A; 1MZE A; 2RN9 A; 2A9H A; 1S5H C; 3JAW B; 1OZ0 A; 3AK3 A; 3O65 A; 2Q0O C; 1AJP A; 1XL6 A; 3DC6 A; 4CS3 A; 1V9P A; 4Z1V A; 1YXB A; 4R7C A; 2ZE6 A; 1MSD A; 2EIK C; 3ZHS A; 1VQ4 V; 1R73 A; 2WLM A; 2JS3 A; 2QTS A; 3RYC B; 4O4L B; 3JD1 A; 1QHT A; 1AJQ A; 1NR1 A; 4DUY O; 4UVC A; 1E1Q G; 3RWR D; 1M4U A; 3ABK B; 1ZSP A; 5DM6 V; 1US6 A; 4KUM A; 1G6U A; 5LHG A; 2Q0A A; 3Q4H B; 3VQX A; 3BRC A; 2YEV B; 2DQ0 A; 4PHZ A; 2QA4 V; 3K0D A; 2BTO A; 3T1Y B; 3IC9 A; 1M56 B; 5GW7 A; 4BIU A; 3CMA V; 4JGS A; 1AI7 A; 3DGE A; 3E8H A; 1IBM B; 5LP6 B; 2RMK B; 4IT5 A; 1MAB G; 2ARH A; 2P67 A; 2A06 H; 1ZTE A; 1V54 B; 3E89 A; 1VQ8 V; 1LNQ A; 4BW9 A; 4MTO A; 1NS1 A; 3EVK A; 4R8C A; 3JAK B; 3EXA A; 4B3M O; 4MVM A; 3RN4 A; 2Q5Z A; 3E8F A; 1H8H G; 2Z5U A; 3JD2 A; 3ZRV A; 4DR7 O; 4NYK A; 1JOY A; 1I5Y A; 4UCU A; 2ZCE A; 3HPL C; 1AI4 A; 2Y69 C; 4UCV A; 4UCR A; 2OTL V; 2DQ3 A; 4X1K B; 2GHY A; 1XL4 A; 3IAY A; 1K9M W; 2XAJ A; 3A8T A; 3CRA A; 4JTD B; 1F4M A; 1MA1 A; 3T1H B; 2OYQ A; 4I9W A; 4GUN A; 1QU7 A; 1QR9 A; 3ZHT A; 1YJW V; 3CWB H; 4J7K A; 3FYE B; 2FL4 A; 3BAA A; 2F66 C; 3NXS A; 1GTO A; 1S3J A; 2EIM B; 5KA6 A; 3CCM V; 3STZ C; 1FPO A; 1FXV A; 4MSW C; 1MSW D; 1BQZ A; 3JCZ A; 3MAQ A; 3ZMT A; 3G71 V; 2Q7E A; 3ZRW A; 1QR8 A; 4RQF A; 5IWA B; 1SER A; 1KBH A; 1JQ0 A; 4JAV A; 5HFL A; 4AHC A; 1AVM A; 3SDL A; 4LH7 A; 4K0K B; 4ZHQ B; 1B06 A; 4WFG A; 1RM1 C; 2OCH A; 3ABL C; 1D5A A; 4U7N A; 2H8P C; 2YID A; 2HHH O; 2KQX A; 1IBM O; 4NXM B; 2BE3 A; 2Y0I A; 4ZOL B; 2X7R B; 4DV1 B; 5EK0 A; 5B66 Z; 2PYJ A; 2AZ0 A; 4U3F H; 3ML0 A; 4JYB A; 3FX7 A; 5B1B C; 1MG1 A; 4DV4 B; 1M5I A; 1RP3 B; 1VQM V; 4DR1 B; 3U0Z A; 4ZKI A; 4UVB A; 4UCO A; 1NH2 D; 1BT8 A; 3DC5 A; 2ZM6 O; 2UUA B; 2HVK C; 4F6E A; 1SKV A; 1H2K A; 3EFF K; 4IHJ A; 5B3S C; 3N2K B; 2F43 G; 5CBG A; 4UFZ A; 2WLL A; 3JAL B; 4GCZ A; 3LDE A; 5EYP B; 2G38 A; 3ZBH A; 5JCO C; 4DRX B; 1WB7 A; 3HKC B; 4RWU A; 1M57 B; 4D7S A; 2IH3 C; 4TSF G; 5EBW C; 4X9Q A; 3RFR A; 5KAI Z; 4I0X A; 4UCT A; 1TUB A; 5GON B; 3RBZ A; 5IYZ B; 5CBH A; 4ASU G; 4MS2 A; 1F7Y A; 4JAU A; 3RYF A; 1HNZ B; 3VQW A; 3I56 V; 2Q7G A; 1YEW A; 4QJF B; 4MW8 A; 3C90 A; 4K0K O; 3CB2 A; 1OCO C; 4X1Y A; 2HJF C; 1QLN A; 4K35 A; 4E4E A; 1L0L H; 1K73 W; 4CC6 A; 4YJ2 B; 1SA0 B; 2ZIN A; 4NXN B; 3K5N A; 2EIN B; 3MD0 A; 4FIP C; 3A2F A; 3GVM A; 4J80 A; 2MK3 A; 3ZRX A; 1HP8 A; 3CJH A; 3FB7 C; 4CBC A; 4TUY B; 2FKX A; 5D5P A; 4DR1 O; 2R9A A; 2CH7 A; 1GAX A; 1NZ6 A; 3ASO B; 4CS4 A; 3K5O A; 1VQN V; 3CCV V; 4YXW G; 3AEI A; 3P3N A; 5L3G A; 1OCC B; 4F6R B; 1K33 A; 2EIL C; 2UUA O; 1K5S A; 3QO7 A; 3STL C; 4WFH A; 2YC0 A; 2HEP A; 2HVJ C; 2GSM B; 5HFM A; 1RPO A; 1SQB H; 2W6I G; 3P32 A; 4MTG A; 2Q9L A; 3HKE A; 3U10 A; 1VQO V; 2V4D A; 3B77 A; 4U7O A; 1GN3 A; 5L3F A; 1HR0 O; 4JI5 O; 2VQE O; 5LXT B; 3QO5 A; 2KKW A; 2BSK A; 3AG3 B; 5J2U A; 3WB0 A; 2PI4 A; 1TVK B; 1PPJ H; 3L73 H; 3UKM A; 5EIB C; 1WNS A; 3ABM B; 1EN5 A; 1AIL A; 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1WB8 A; 2ADQ B; 2Q67 A; 3ZX6 A; 2WAM A; 3BY6 A; 2EIK B; 4UV8 A; 3CC7 V; 4LR3 A; 3ZJZ A; 3CXC U; 4MVS A; 2DW4 A; 2NLJ C; 2YIC A; 1FXK A; 2A3Q A; 4FZ1 A; 4HZ3 A; 3ZN1 A; 3MHS C; 2UU9 B; 4LP8 A; 2O57 A; 1YCI A; 3LSS A; 1FFX B; 4JI3 B; 4CC5 A; 1THZ A; 3FB6 C; 2LP7 A; 3LDD A; 3I5D A; 3CME V; 4X20 B; 4JI1 O; 4HNA A; 1K7D A; 2ZDI A; 2E5L O; 4FJC C; 3OUF A; 3CRR A; 4PDV A; 4QE9 A; 1SES A; 3TCU A; 4IYH A; 4DR4 B; 4FM1 A; 2QKA A; 3RYI B; 4PA7 A; 4IIJ A; 1YIT V; 1NQT A; 4X62 O; 2GTA A; 4O2A A; 4PDL A; 1CP9 A; 3BVO A; 1WA8 A; 3OMN B; 1YHQ V; 4DO2 A; 1XNQ O; 4CH5 A; 3N2G A; 2H3O A; 4R6Z A; 4FFK A; 4JZ2 A; 5DEC A; 4B3R O; 4QNH B; 1R3L C; 1RSO B; 3K3W A; 3ZHR A; 5CA1 A; 4DUZ B; 3L9D A; 1ZWI C; 5BY1 A; 3CCQ V; 3GWO A; 4DV6 B; 3T1C A; 3FB5 C; 4JTC B; 1XI1 A; 2Y69 B; 1M93 A; 4B3S B; 1H2L A; 2KB1 A; 3L71 H; 3CX5 F; 4LWS A; 2P22 C; 4NTX A; 2A79 B; 4EB6 B; 1SQF A; 1VAR A; 5K1X A; 2EJR A; 2ZE8 A; 4O4I B; 5FL7 G; 4YHH O; 4GKJ O; 1V55 B; 1XMO B; 5FPR A; 4XDK A; 3O9O A; 3B2E E; 4DR2 O; 2XAF A; 3CSX A; 4LF4 O; 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