4GL0A

Putative spermidine/putrescine abc transporter from listeria monocytogenes
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
323
structure length
322
Chain Sequence
b'SNTLTIYNWGDYIDPSLITKFEKETGIKVIYQTFDSNEAMMTKIEQGGTTFDIAVPSDYAISKMKEENLLIPLDHSKLPNEKYLDPRFMDLSFDDDNKYSMPYFWGTLGIIYNKEMFPDKNFDTWNALFDPELKNQILLIDGAREVMGLGLNSLGYSLNDTNKAHLQAARDKLETMTPNVKAIVGDEIKLLMADNAGVAVTFSGEAAEMLSENEDLEYVIPKDGSNLWFDNMVIPKTAKNVDGAHKFINFMLKPENAAINAEYVGYATPNAKAVELLPKEISSDERFYPDMDELNNLEVYDNLGKRMLSYYNELFLEFKMYR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Lmo0810 protein
molecule tags Transport protein
source organism Listeria monocytogenes
publication title Putative spermidine/putrescine ABC transporter from Listeria monocytogenes
rcsb
total genus 109
structure length 322
sequence length 323
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gl0A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gl0A01
4NWDA 2NWJA 4BDQA 3PD9A 3S2VA 2RC8A 2DS9A 1NKXA 1ZKBA 5EHSA 3GXAA 2Z8DA 3QUJA 4OZ9A 2V3QA 4DE8A 4ZZAA 1NNPA 1B7UA 3N94A 3LBSA 4RYAA 4QSDA 4TLMB 1B6HA 5L9MA 3RN8A 1B4ZA 1OVTA 1A55A 4LP2B 5F7VA 3UIFA 1EZOA 3TCGA 1XVYA 4F2OA 2I49A 3UN6A 3W9WA 2DE3A 1JW4A 3CG1A 4KCCA 4NF4A 4DIGA 3PD8A 1N0TA 4NF4B 3WAFA 3W15C 4TOZA 2H5YA 4GFRA 2LAOA 4F3PA 5CM6A 3A09A 4GOTA 2HAUA 2NUVA 1PDAA 2F6PA 3E4RA 4X1DA 3E3KA 4BDMA 1NNTA 1URDA 3IB0A 4KYDA 2DWJA 1Y20A 3QIMA 1B1XA 1B51A 1H76A 4QFNA 1MQHA 3TYHA 3FJMA 1LB9A 3T9XB 4ESWA 4F39A 5AA2A 3M3KA 4PETA 3GBBA 3H4ZA 1QUKA 3OO8A 5B70A 1UTBB 4GRKA 1S7YA 3RGYA 3TKDA 4JXIA 2ONSA 3O97A 3IOUA 1PB7A 1MY4A 3CG3A 2PYYA 5A5XB 5CC2A 4ZEKA 1RYOA 2D5WA 4Q0CA 1PBQA 3KBRA 5AA1A 3O28A 4ECFA 4NE4A 1IUDA 1QULA 4IY5A 1HSLA 2DWIA 2FA7A 4POWA 4ND9A 1T0KA 1N7WA 2RCBA 3K1NA 4GLIA 3PV0E 5ICTA 4QFPA 4KYSA 1OLAA 1Q1KA 3MP1A 4TLLB 4FJPA 3MBPA 3VXBA 5AA4A 2V25A 1FTKA 3SEWA 2DXRA 3HHGA 1MM7A 3BBRA 3IO6A 3MZ1A 4G8HA 5FHMA 3O29A 3T9HB 3V8XB 1TXFA 1JEVA 2F7CA 5CMBA 2B3BA 3JV9A 5DT6A 1US4A 1MRPA 3K2DA 2F7BA 1GR2A 3L6GA 4EXLA 4OETA 3H7MA 3T93B 3CR9A 3IJXB 4O3AA 4U1ZA 3SERA 3FD3A 4IGTA 4WEPA 3V83A 4YICA 2RCAA 3HSTA 4YB6A 3S9LC 1P99A 1UTBA 5DEXA 5DTBA 1MM6A 3QAXA 5DEXB 5KCJB 3G3IA 2D21A 4IGRA 2QPQA 4GL8A 2I3WA 3PPPA 3U94A 3MVWA 4ELPA 1VSOA 1AL3A 4ELOA 1SI1A 3H6TA 1QJMA 1ATGA 1JEUA 1M5CA 3IB1A 3MZBA 3PGFA 3MC2A 3PPNA 4WEDA 4ZEBA 2ESNA 4I9DA 1GTKA 4JBZA 1B1HA 2I4BA 3TCFA 3FVNA 5HPQA 2XXWA 4OFOA 5IAIA 3SEXA 3FGSA 3B7DA 4H67A 1B4HA 2OZZA 3FVOA 3G3KA 2A5TB 2HAVA 1A7LA 5TP9A 3RTFB 3C4MA 3U72A 4OWDA 4IO3A 4ZDMA 2UVHA 2PT1A 1N84A 3CFLA 3O6IA 3OMBA 3EHUA 5CRYA 1DPPA 4LQ2A 2O6AA 5L8DA 3R7XA 4F1VA 1FTLA 4X9TA 1B40A 5CI5A 1LFHA 4N6PA 3MW0A 4ZZEA 1AIVA 4R6YA 4LATA 1CB6A 3ODBA 2XXPA 3K6WA 1VFDA 4RY1A 3UGWA 5L9SA 3VLWA 1EH3A 2O1LA 3PUZE 3QSLA 1LFIA 3OOAA 2ZNUA 2H99A 5K2XA 2UYEA 4NTLA 2HCAA 4I62A 3VVEA 2F78A 2XXRA 3DLNA 3OENA 3RQTA 3VDFA 5JK4A 1UQWA 2DE4A 3N26A 3MP6A 4WXJA 5DVJA 3ZSFA 1IXCA 4FEBA 4M1VA 1US5A 1A99A 1P1QA 2E1SA 2Z8EA 3C31A 4OQOA 3TTMA 5DYHA 3G3HA 4DDDA 5AE4A 1SW1A 3JZJA 1MPCA 1POTA 4QFOA 2GRVA 5ISUA 1AOVA 4YKKA 3HPIA 1URSA 3R26A 2XHDA 5I56A 4JWYA 4KI0E 1FCKA 2HZLA 4NF6B 4BDNA 2AL4A 2F5XA 4YKPA 1LCFA 2O7UA 1PB8A 3KOTA 1J1NA 2O68A 2UYFA 2FNCA 2DP8A 4IO4A 1MDQA 4JWOA 5BWJA 5KDTA 4U4XA 1EU8A 2XXVA 2I3VA 4FORA 3MPLA 4F29A 2ABHA 5I57B 3UORA 5JEIA 2REGA 2QS4A 3CSGA 1FQBA 2XXUA 2WKYA 3MAMA 4H65A 1QUIA 3KZGA 1VFEA 1M5BA 2B65A 2RINA 1LSTA 1N76A 3M3LA 3U93A 3Q27A 1B5IA 1D4NA 3O6GA 2ZNTA 5H8NB 4ZEDA 3H6WA 5JTYB 1FQDA 4JSOA 1WODA 3ILUB 2YJPA 4UA8A 1LFGA 3MVYA 4KHZE 4RNSA 3TAJA 4PFYA 3ZKLA 2H4IA 3FJ7A 4FATA 2KLFA 1UTHB 2PT2A 3AXFA 1UTHA 3A3UA 3OEMA 1JW5A 2NXOA 2ONRA 3KEIA 4N13A 3PPOA 2D3IA 3S4UA 3TCHA 3IR1A 2DVCA 1FQEA 3HHFA 3RT8A 2Y7RA 3KSJA 4R73A 4RPNA 1MQDA 1A40A 4YMAA 4IO7A 1SW5A 2RC9A 2R6GE 2XXHA 4UACA 3HCQA 1ANFA 4ZE8A 2QMXA 3KSXA 5J1DA 1FQAA 1WVJA 2A5SA 2DE2A 1O64A 2Q8JA 5KCJA 1I69A 5IKBA 3TDJA 4Q5TA 3K00A 1Q35A 3RUMA 1URGA 3TZAA 4PFTA 4XKPA 2UVIA 1JW1A 4YKJA 3QYTA 4PFWA 5A5XA 1YTVA 1POY1 3C34A 1Y1ZA 3KOSA 4QFLA 3G3JA 2ONKE 3LSWA 1PC3A 1M5EA 2IA4A 4ISUA 4F2QA 1JETA 4H8JA 2OBGA 1NMUA 1Y3QA 1MQIA 1MY0A 2PBWA 4RPOA 4EUOA 4M4GA 1IXIA 3OD7A 5TPAB 1D9YA 2QMWA 4OVJA 3T22A 4BLAA 4EDPA 3T66A 1MDP1 3SKPA 5TU0A 2F34A 1SBPA 1L5TA 1MXXA 4G4PA 1JVXA 4DCYA 4QRZA 3R6UA 4RJZA 3RT6B 1MXYA 3ZS6A 3O9PA 2NVUB 1B0LA 1XC1A 3IOWA 1OQGA 4TQUQ 1NH8A 3DP6A 3KN3A 4AB6A 5ELVA 3TPAA 4OMBA 3VXCA 4H0WA 3FATA 3TTLA 2V93A 3KGCA 1B7HA 1R9LA 1OLCA 3CSBA 1PBPA 5DVIA 1BLFA 4Z0IA 4FIMA 2X7PA 3FUZA 2GHBA 3IOVA 5KDTB 3O66A 5FTIA 2V84A 1N04A 1UIVA 2E0SA 2Y7PA 3EPEA 3JYRA 1DMBA 4IO6A 5FHOA 3TTKA 3PMVA 2HQ0A 3TQWA 4G8NA 4NMYA 4X48A 3MQ9A 3I3VA 1R6ZA 3DM0A 1AMFA 5CMCA 4WKMA 3GLBA 5ITOA 3V5AA 3MJNA 2G93A 2H25A 2XXXA 4JWXA 2UXAA 2DWHA 1N3XA 2ZYKA 3RTWB 3TELA 2HXWA 4OEVA 2V3UA 4F31B 4OHNA 4HTGA 1FTOA 4G77A 2DXYA 2XX7A 4EQ7A 2CZLA 1N7XA 2ANJA 1F9BA 2I48A 2M8CA 1SW4A 3O6HA 1MXUA 2DVZA 2VOZA 3H3GA 1N3WA 1LGBC 1USYH 3BKIB 3L6HA 3OO7A 4FEDA 4LZ7A 3TODA 4BDLA 2OCUA 5LOMA 2VD3A 3IL1B 3LR1A 1B58A 4LUBA 5HM4B 2Q88A 2RC7A 1SD3A 2VGQA 5I2NB 4ZECA 4Z7EA 2G29A 4EXKA 5I2NA 2QSXA 4KCDA 1SI0A 1YPNA 1H3DA 1XT8A 1MY1A 3WAEA 2DWAA 3ZKKA 4DXUA 5I84A 1XOCA 4HCYA 5EHMA 2ZYOA 3I6VA 4R2BA 2DOJA 3MP8A 3T9VA 4FAJA 1BTJA 3QK6A 4F1UA 3B6QA 1B05A 1DTGA 1IXGA 2OK2A 3CRBA 1VE4A 3H03A 1WDNA 4RK2A 3FVKA 1YCJA 3OSRA 1LCTA 4KR5A 1Y9UA 3CIJA 2GHAA 3E9XA 3FV1A 4DXBA 5H8FB 2F36A 3GBAA 3ILTB 3H06B 4HW8A 5AA2B 1Y3NA 2XX8A 4KFQA 5JTYA 1UIUA 4GF8A 1DSNA 1B7ZA 1Z7ME 2XXTA 3OEKA 4YB5A 4E0WA 5B7DA 2AIXA 3KN7A 4GIZA 1QW0A 1I6QA 1HSJA 4PFUA 3EF7A 2Q89A 4YKIA 3KFMA 3ONMA 5HBCA 1DPEA 3U8QA 4MLVA 1B5HA 4R2FA 4GQOA 2A5TA 2ZMBA 3KJTA 3FZVA 1OQHA 4MLQA 4YZZA 3TFLA 4ZEIA 3CVGA 4MFIA 2QS1A 4LONB 3K4UA 3K1PA 1IEJA 4FECA 4XXUA 1ELJA 2IEEA 3OSQA 3M3FA 2OJTA 3EHSA 1LBBA 4RXLA 3OXNA 3K0VA 5H8QB 3VE1B 2HZKA 2VD2A 2XD3A 4U22A 1LBCA 5ITPA 3IJOB 2ALUA 1P1OA 3LSLA 4OENA 1LLSA 1IQ7A 1VR5A 3VV5A 1PB9A 4DXCA 2Z22A 3PUVE 1HSEA 3F11A 4LZ5A 4OYVA 1MQGA 5AA3A 2Y84A 3K6XA 3VLVA 4H6DA 2I4CA 1NFTA 3FXQA 1D9VA 4YU0A 3U1OA 1IIWA 1SVXB 1MQJA 2H98A 4RA1A 1B3EA 3ECRA 1B3HA 1TFAA 2ZYMA 1MXZA 2THIA 2XXQA 3B6TA 2Z8FA 5K2YA 1B46A 2OWSA 2R9JA 4DZ1A 3Q26A 1QVSA 3SEUA 4QSCA 1FQFA 2F7AA 2OWTA 3A3CA 3E13X 4XKNA 2VP1A 5TP9B 1ZLQA 1LB8A 4P0GA 2NOOA 4GWOA 1JQFA 4LA9A 5H8QA 4ZS9A 1JNFA 2HEUA 2YLNA 3K6UA 4F22A 3UP9A 1A8FA 3W9VA 4BDRA 1SQYA 4FE8A 4H8IA 4XKRA 1B52A 4N07A 1EZ9A 1AH5A 2R71A 2QJEA 3O2AA 1YAEA 2V3TA 1Y4TA 2RKMA 3C32A 3D4GA 4R72A 3T96B 1P1NA 4AQ4A 3CFXA 4ELQA 2CMOA 3LC8A 1JVYA 4OEUA 3EHTA 4G2ZA 1I6BA 4AB5A 1B3FA 3HV1A 2GH9A 4L17A 3FXRA 4IB2A 4NF8A 1MH3A 1XS5A 3IORA 5H8FA 3FIRA 3KN8A 3IX1A 1LAFE 3TTRA 2I0BA 4XIGQ 5I58A 4EQBA 2O7IA 1BIYA 1Z7NE 1B2HA 4I1DA 1B3GA 1OIBA 1B5JA 5H8SA 1GV8A 3PU5A 4G8MA 1ZJLA 1GVCA 3KJ7A 3QUFA 1SYIA 3LSFB 3G3FA 3IAZA 4NEDA 3TTNA 3N6UA 5AA4B 3K1MA 1MY2A 5I56B 3TEPA 3K01A 2I0CA 4MBPA 4F1YA 4G68B 1H45A 4EQ9A 2Q9TA 5I59A 4GL0A 3MPKA 4H5FA 3RPWA 4NF5B 3VFJA 1H44A 3C9HA 4R9GA 4NF5A 4IY6A 2F97A 3FXUA 3GZGA 3C36A 3S9NC 3G7WA 5M2VA 3PPQA 4QSEA 4OTEA 1GGGA 1ZMGA 2PX1A 4O3BA 4KQPA 4OESA 3QXMA 4I8CA 4P11A 4F19A 3S9EA 1Y1MA 2X7QA 3CI8A 3IB2A 1PEBA 2Y7IA 3Q29A 4DLDA 1TFDA 2O51A 1BP5A 4DCXA 5H8HA 4U23A 5H8HB 3G3GA 4OFLA 5L9OA 3M8UA 4P0IA 2W7YA 4ELRA 1NH7A 1II5A 1QKAA 3B6WA 3DP4A 3EQ1A 1LAXA 4IO5A 2GFEA 2UVGA 1IITA 2F35A 2DQVA 4POXA 1ZU0A 1CE2A 1LAGE 3TMGA 4ONYA 2QRYA 3IK6B 1R9QA 5F1QA 1ZBMA 1DOTA 2AYSA 3PUWE 1S9TA 2XXIA 3P7IA 4G68A 3T9UA 3U92A 1MXWA 2O69A 4THIA 1A54A 3DELB 3N6TA 1MY3A 2AL5A 2ZXTA 1S50A 4GVOA 4OERA 4PQJA 3FJGA 2FYIA 4PP0A 4ZE9A 1DTZA 2P1SA 3OO9A 4NWCA 1MG1A 1M5DA 1FTMA 4K3FA 3N5LA 3OO6A 5DVFA 4GXAA 1ZTYA 5AA2D 3S9MC 1QKBA 4XTCQ 3BFUA 3UK4A 3PPRA 4QFKA 3K02A 3C35A 1M5FA 4PE5B 4X1BA 3TUSA 1RKMA 4C0RA 1KWHA 2DYXA 3Q25A 1O7TA 5H8NA 1USYE 3Q28A 4F3BA 1B0HA 1H43A 3I5OA 3PUXE 1LAHE 4F18A 3MVXA 3EN3A 4EF1A 3RNNA 4E0XA 1MXVA 4Q30B 3RLFE 1B3LA 1BKAA 2P2AA 1EZPA 3VLUA 2Q2AA 2I6EA 3DP8A 4U21A 4YAHX 4Q8RA 3USDA 1OMPA 3SDFA 4C1UA 1IZ1A 3MUQA 4IO2A 5ICQA 1A8EA 4C1TA 5I2KA 1SW2A 4MH5A 4O3CA 1FQCA 5I2KB 2Y7KA 2H9BA 4NF6A 3IO4A 4QHQA 4R74A 2ZYNA 4R6HA 1P1UA 1Y3PA 3FVGA 4JSDA 1RYXA 4XKQA 4R6KA 5CMMA 2I58A 4ESXA 1MS7A 3K6VA 3THIA 4R9FA 3VVFA 3C33A 4GD5A 3PUYE 4U1OA 4YMBA 5I57A 4HCWA 2HFBA 1I6AA 2Q2CA 4NF8B 4LQ5A 1MPDA 4QF9A 2QL3A 4RK9A 4U2RA 1SDXA 4JB7A 3KG2A 2XD2A 3BFTA 4OFJA 3HN0A 4F3GA 2YPNA 3LUYA 4H5GA 1NL5A 2PMSA 2PVUA 3LSXA 4U4SA 5TPAA 1XHYA 3SEYA 3VVDA 2XXYA 2Y7WA 4JDFA 3SESA 1NNFA 3HO7A 2F6GA 2ZNSA 4H1XA 3PMWA 2O84X 2F8DA 5EYFA 2REJA 5BUUA 1MH4A 1QUJA 1Y4CA 1TT1A 2QS2A 2QS3A 2RF1A 1MPBA 3D4CA 2VHAA 2X26A 4LZ8A 3SEVA 4EF2A 5CMKA 5I59B 1FTJA 1B9JA 2P0SA 1IXHA 5FTHA 3TQLA 2OLBA 3SETA 3RY3A 1XVXA 2DSFA 1R1NA 3FASA 1SYHA 3H6UA 4MF3A 4R75A 4ZEFA 3V89B 3FV2A 2B3FA 3OELA 4GXSB 4KD5A 1O63A 3PMXA 5KZTA 4G68C 3UA8A 3H6VA 1NNKA 4HS7A 2Z23A 1FW0A 2O1MA 3MZ9A 4KPTA 4LVQA 1D3KA 1B32A 3CFZA 1P1WA 3IOTA 5CBSA 4BDOA 2UVJA 3MVZA 3MWBA 1TWYA 4KYEA 4OXVA 4F3SA 2XX9A 2BJJX 5CBRA 5FHNA 5I58B 4YB7A 1OVBA 1ZIUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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