4GL0A

Putative spermidine/putrescine abc transporter from listeria monocytogenes
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
323
structure length
322
Chain Sequence
SNTLTIYNWGDYIDPSLITKFEKETGIKVIYQTFDSNEAMMTKIEQGGTTFDIAVPSDYAISKMKEENLLIPLDHSKLPNEKYLDPRFMDLSFDDDNKYSMPYFWGTLGIIYNKEMFPDKNFDTWNALFDPELKNQILLIDGAREVMGLGLNSLGYSLNDTNKAHLQAARDKLETMTPNVKAIVGDEIKLLMADNAGVAVTFSGEAAEMLSENEDLEYVIPKDGSNLWFDNMVIPKTAKNVDGAHKFINFMLKPENAAINAEYVGYATPNAKAVELLPKEISSDERFYPDMDELNNLEVYDNLGKRMLSYYNELFLEFKMYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Putative spermidine/putrescine ABC transporter from Listeria monocytogenes
rcsb
source organism Listeria monocytogenes
molecule tags Transport protein
molecule keywords Lmo0810 protein
total genus 109
structure length 322
sequence length 323
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gl0A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gl0A01
1D4NA 1LLSA 3W9WA 1B46A 1SI1A 4ESWA 3G3IA 1IUDA 1FQBA 1SI0A 2UVGA 3FIRA 3MP1A 4OMBA 3GLBA 2XXPA 2QS3A 4GWOA 1UTBB 4X1BA 1XVYA 1IZ1A 1PEBA 1JEUA 2R6GE 1MXZA 2DWJA 4G2ZA 3KJ7A 1B7UA 4IO3A 3PGFA 1OIBA 5CRYA 1LFHA 5I58A 4YKKA 3E3KA 4BDRA 3DM0A 4G68A 3K6VA 1Y1ZA 3T66A 3O66A 4JXIA 1PBQA 5DVIA 1D3KA 2UVIA 1SVXB 1POTA 1I69A 4E0XA 3FVGA 2ZNTA 3TYHA 5FTHA 3Q28A 3RPWA 3RT6B 4R6HA 4O3BA 5I57A 3KSJA 3MP8A 1OVBA 1SD3A 3PUYE 4OQOA 2F34A 5DEXA 4E0WA 3KN8A 3N6TA 4EDPA 4F31B 1LCFA 3MVZA 3T9VA 2R9JA 4IO4A 3MPKA 5TU0A 5FHMA 5DTBA 1URSA 4LUBA 3FZVA 3MZBA 4KR5A 2F7CA 4KYDA 3GBBA 1I6QA 3RTFB 3LR1A 3SEUA 5JTYA 4H8JA 4YMAA 2X7QA 1XT8A 1MXYA 2VD2A 2DE4A 5CBRA 4GQOA 1B5IA 2XXVA 3CI8A 1YPNA 4HTGA 3G3GA 3B6QA 4IGRA 1VFDA 4LZ7A 3W15C 1SW2A 1TFDA 1N3WA 2NWJA 4NF4B 2VGQA 1UIUA 4P11A 5LOMA 4JSDA 4Q30B 4YMBA 2PT2A 3BFTA 4ESXA 1YTVA 1MM6A 3MW0A 1PBPA 4RXLA 3MUQA 4NF5A 4DLDA 1MXUA 5DT6A 4ZDMA 5A5XA 2DOJA 1POY1 3M8UA 4U22A 4GD5A 3T9UA 2YLNA 2DWIA 2V93A 5ITOA 3VVFA 3C36A 5K2XA 1MQGA 1FCKA 2V3QA 4JWXA 4ISUA 2HXWA 1XS5A 4NTLA 3OO9A 4GXAA 3C35A 2REGA 3TQWA 3E4RA 1II5A 4GLIA 4PE5B 1MG1A 2AIXA 4NMYA 4LP2B 3DELB 4C1UA 2OJTA 2DP8A 2NUVA 4GL0A 1JEVA 3EQ1A 2Y7KA 2ZYOA 3K6XA 4H5FA 4HCYA 4H6DA 5IAIA 2HAUA 4POWA 1AOVA 5BWJA 4YAHX 5DYHA 1UTBA 2QS2A 3FXQA 4KPTA 3OMBA 1US4A 1SW4A 3VDFA 3RLFE 1OMPA 2I6EA 5AA1A 4EXKA 1ZIUA 3HHFA 3QK6A 4PFWA 5AA2B 3TTKA 1QKBA 5CMKA 3CFLA 3ONMA 4KFQA 4U1OA 1MPBA 1RKMA 4JBZA 1LAXA 3CSGA 4TLLB 5KCJA 3BBRA 1B3GA 3OEMA 5H8FB 1SYHA 3C34A 4EQBA 3JZJA 3OSQA 4PFUA 5H8QA 1GV8A 4MF3A 4KYEA 5FHOA 4LQ2A 2Q89A 2DXYA 1JETA 5H8NA 3IOVA 3MVYA 3RT8A 3N94A 5AA2D 4YICA 3G3KA 5TPAB 2P2AA 1MH3A 1J1NA 3C4MA 1FTKA 3UK4A 4KCCA 4LVQA 1EZOA 1FQCA 2GRVA 3C31A 2NVUB 1MY1A 3LSLA 2XD3A 3KGCA 3IX1A 4YZZA 3PUZE 1P1OA 1N84A 1MY2A 5H8QB 1VR5A 5JTYB 1DMBA 4XIGQ 5CC2A 5I58B 4ELPA 2UVJA 4O3AA 1BTJA 3K1PA 3TODA 1BIYA 1JNFA 1Y9UA 4FIMA 4XKPA 5HBCA 2DYXA 3E9XA 1P1UA 2O68A 2I48A 4H8IA 3TTNA 1IXCA 2GHAA 2P0SA 2Y84A 1A54A 3CG1A 1S50A 3C33A 3QXMA 4MLQA 1MXWA 5TP9B 3U92A 4Z7EA 1LGBC 4GFRA 1Y3QA 2VHAA 4N6PA 1Y4TA 1VE4A 3GBAA 1FTLA 3KEIA 2HZLA 3D4GA 1YAEA 2AL4A 4C1TA 2Z8FA 2Z8DA 5H8SA 3B6TA 1ANFA 4POXA 3EHUA 3QUJA 4OEUA 3PPRA 3RY3A 5A5XB 2F5XA 2RKMA 2Y7PA 4Q0CA 1PB8A 2H5YA 2I4CA 2M8CA 3H6VA 4R2FA 3SEWA 2XX9A 2DWHA 5I2NA 4ZS9A 1SDXA 3F11A 3G3JA 3RUMA 3KSXA 3DP6A 5TP9A 3V5AA 3DLNA 2OZZA 3H3GA 4HCWA 3RNNA 3VXCA 5FHNA 3S9MC 4Q5TA 3FATA 4YB5A 3THIA 1PDAA 2F35A 2VP1A 3H03A 3HO7A 4I1DA 5KDTB 2ZYMA 4RYAA 1MH4A 4NF5B 5I59B 4QSEA 2IA4A 1ZTYA 3H6TA 1JVXA 2G93A 4YKIA 3O6GA 3MVXA 2ANJA 1GTKA 3MWBA 1A8EA 1M5FA 3H4ZA 1USYH 3HV1A 4H0WA 4U23A 1BKAA 1B05A 1B6HA 1XVXA 1N0TA 1P1QA 1Z7ME 3VXBA 1A55A 4RPOA 5BUUA 5L9MA 3CFXA 3G7WA 5ICQA 2QJEA 1MM7A 2RC9A 4R75A 2ESNA 1A99A 1UTHB 3O6HA 4U1ZA 4F39A 2I49A 1SYIA 2QSXA 1QW0A 4EF1A 2QS4A 2Z23A 5F1QA 5TPAA 2Q88A 4DXUA 1ZU0A 2W7YA 2QMXA 3LC8A 1DTZA 4QRZA 2DS9A 5ELVA 4DIGA 3FUZA 5ITPA 1B9JA 4F3GA 5I2NB 3FXRA 2OK2A 4OESA 5CBSA 3UN6A 4F1YA 4QFLA 3SDFA 5EHSA 1GGGA 1H76A 5F7VA 1JW1A 3MQ9A 3G3FA 2R71A 3ILTB 2DQVA 3VV5A 4F18A 5ISUA 1MQDA 2V3UA 3M3KA 2ALUA 4NF8A 4BDLA 4MLVA 5J1DA 4R72A 4F19A 3FD3A 4DZ1A 1A40A 3TUSA 1ZBMA 1TT1A 3K6UA 3PPOA 3K01A 5I56A 4IY5A 1LSTA 1Y20A 2E0SA 1F9BA 4FORA 2OWTA 2B3FA 3QSLA 1SW1A 3TTLA 4FJPA 1B51A 1EZ9A 1N04A 1P1NA 1PC3A 3OD7A 4OYVA 3OOAA 3V83A 3FV1A 1H44A 1OQHA 2ZXTA 2Y7RA 1DPPA 2UYFA 1NMUA 2V25A 2KLFA 3VE1B 3WAEA 4C0RA 5AA4B 2ZNSA 1B58A 3Q29A 1QUIA 4GVOA 1NH7A 2I0BA 3OO6A 2PT1A 4NE4A 4IY6A 4NWDA 4I9DA 2F7AA 3JYRA 3FJ7A 3IOUA 4BDQA 5AA3A 3H7MA 2PX1A 5IKBA 4F3SA 3W9VA 2B65A 2Y7WA 3LSWA 4KQPA 1NNKA 1R1NA 3IOTA 3K1NA 4NF6B 2D21A 1LBCA 2X7PA 3FVNA 4F2QA 1B3FA 2X26A 1GVCA 3KFMA 3ZKKA 3Q25A 1MY0A 1NNPA 2XXXA 1VFEA 3A09A 3KN3A 2DVZA 2QRYA 2RINA 3N6UA 1FQAA 4IO2A 2A5TB 4JB7A 3EN3A 5I84A 4G8NA 3T22A 4OFOA 2ZYNA 5CMCA 4FATA 3K0VA 3WAFA 4PFYA 3R26A 3OXNA 2ONRA 3O6IA 3FGSA 4QSCA 3K02A 3IAZA 3PPQA 1Z7NE 4NWCA 4XKNA 4YB6A 1XC1A 3O28A 2HAVA 1IXGA 2HCAA 2XXQA 3CSBA 5EHMA 1QKAA 2GFEA 1HSEA 2YJPA 1LAFE 3LSXA 1MDQA 4OVJA 4H65A 4AQ4A 3HSTA 1JW5A 3I3VA 4KYSA 3R7XA 5H8FA 2OCUA 1GR2A 1LFGA 3IB2A 1B2HA 4YB7A 3U93A 4OENA 2HFBA 3FVOA 2E1SA 1WVJA 4YKPA 2VOZA 3S2VA 4G68B 1MS7A 2I58A 4F22A 5AA2A 4F1UA 2Q9TA 4RPNA 3GZGA 4G8MA 3ZSFA 4IO7A 4KHZE 1B1XA 1LCTA 4UA8A 3TDJA 3O2AA 1N76A 3RGYA 4DCYA 4LZ8A 4R73A 2XXWA 5CMMA 2XHDA 1UIVA 1O7TA 3L6GA 3CG3A 2XXHA 2Z8EA 4R74A 1HSJA 4JDFA 1B3HA 1JQFA 1JW4A 1NNTA 2XXUA 1AMFA 2NXOA 4TQUQ 2V84A 1N7XA 1FTMA 2Z22A 3M3FA 4ELRA 2OBGA 4GIZA 4NF6A 4OZ9A 3S9NC 4OFLA 2LAOA 1P1WA 5H8HB 3GXAA 2H99A 2ZYKA 4BDNA 3MPLA 1HSLA 2RCBA 1MY4A 1Y4CA 4L17A 3UIFA 1EZPA 1S9TA 3IJXB 4EXLA 4KCDA 2ONKE 3TELA 4AB5A 2RF1A 2V3TA 4IB2A 4U2RA 2O69A 5DEXB 2FA7A 2UXAA 3K4UA 1IIWA 3A3UA 1D9VA 3MC2A 4M4GA 3B7DA 5H8HA 4ZE8A 4F29A 1B52A 4X9TA 3TEPA 1FTJA 2I4BA 3FJGA 3KG2A 2F6GA 2UYEA 3IO6A 4KI0E 4TOZA 1R9LA 3QIMA 5HM4B 4WKMA 4ZE9A 4PETA 1NNFA 3CVGA 2A5TA 4GRKA 4GOTA 5DVFA 4DE8A 3HCQA 5EYFA 5CM6A 2A5SA 3HHGA 4RK9A 3LBSA 1R6ZA 1Y3NA 2GH9A 3H6UA 5L8DA 3VLWA 1H43A 3RN8A 4P0IA 1FQEA 3LSFB 3U1OA 1QVSA 2HEUA 2RC8A 3KJTA 1FW0A 4OETA 4G77A 1ZJLA 2AYSA 3E13X 4H1XA 2F97A 1KWHA 4TLMB 3UORA 3SERA 4EQ9A 2PBWA 2HZKA 1LAGE 2XX7A 3IL1B 2THIA 2CZLA 3H06B 3O29A 4M1VA 4WEDA 3KOTA 1VSOA 1NFTA 3QYTA 4QFKA 3FV2A 4HW8A 5B70A 1TFAA 3KN7A 1EH3A 1LFIA 3BFUA 4PP0A 1SQYA 5CMBA 3VVEA 5L9SA 1EU8A 4NF8B 5AE4A 1ZKBA 3I6VA 3PUWE 4OXVA 4WXJA 4XXUA 1M5EA 3T96B 2PMSA 3C32A 4RK2A 4U4SA 2D3IA 2YPNA 3N5LA 4ZEIA 1BP5A 5M2VA 1PB7A 2O7IA 1US5A 3PPNA 3U94A 4DDDA 2Q2CA 4DCXA 5KZTA 4LQ5A 4LZ5A 1N7WA 4QFPA 4RNSA 2H9BA 4GL8A 2BJJX 1O64A 3C9HA 4RA1A 3VLVA 4DXBA 3SKPA 4JSOA 4ELOA 4ZEBA 3CR9A 3MZ9A 4P0GA 1B0HA 4RY1A 5K2YA 1XHYA 1DSNA 5ICTA 4G8HA 1B7ZA 1AIVA 3SEXA 1B4HA 3ILUB 3PD9A 3IR1A 1DTGA 1MQJA 3SEVA 3TTRA 1IXIA 4LA9A 1PB9A 1ZLQA 1IEJA 3I5OA 3EHTA 1L5TA 3TCFA 4BLAA 1B5HA 1MQHA 1OLAA 2OWSA 4JWOA 4K3FA 4KD5A 4LATA 4QHQA 2QL3A 3T93B 3K6WA 4ZECA 2UVHA 3IOWA 4MBPA 3O9PA 5H8NB 1RYOA 1LAHE 3MAMA 3PMVA 4QSDA 3TPAA 5JEIA 4ND9A 1URDA 1B7HA 2WKYA 3L6HA 3IORA 1B3EA 1UTHA 2B3BA 3G3HA 3TQLA 3TZAA 4ZZAA 4OEVA 2FYIA 4OERA 4WEPA 4MFIA 4H5GA 2D5WA 3ECRA 4XKQA 3Q26A 2RCAA 4IO5A 5AA4A 1B5JA 3FVKA 3PV0E 3S9LC 3T9HB 2DE2A 4GXSB 4HS7A 3V89B 3SESA 1M5BA 3KZGA 4Q8RA 3PD8A 4R9FA 3QAXA 2P1SA 3B6WA 1YCJA 3U8QA 1URGA 1JVYA 2O6AA 2Q2AA 4F2OA 3A3CA 4OTEA 1H3DA 4MH5A 2ABHA 5I59A 4UACA 3IB1A 1FQDA 1MDP1 1IXHA 3CRBA 2F78A 5I56B 3OENA 1MY3A 3MZ1A 2F7BA 3VFJA 1H45A 1ATGA 3M3LA 4FECA 5B7DA 3TAJA 1O63A 4QFOA 4I62A 2I3WA 5KCJB 1B32A 2FNCA 1UQWA 2Y7IA 1B1HA 4EUOA 3CIJA 1Q1KA 4G68C 3ZKLA 2H98A 4G4PA 4U4XA 3D4CA 3U72A 4X1DA 3T9XB 5DVJA 3K1MA 1NKXA 1XOCA 2GHBA 3OELA 3PUVE 2F36A 4F3BA 3OO7A 3FASA 3DP4A 2F8DA 3MBPA 5L9OA 2O1MA 2F6PA 3AXFA 5I2KB 1QULA 4F3PA 1Q35A 4ECFA 3DP8A 3HN0A 3KBRA 4I8CA 1QUJA 1AL3A 2OLBA 2REJA 2DWAA 2NOOA 1BLFA 1Y3PA 1R9QA 1IQ7A 3K2DA 1RYXA 4N07A 4PFTA 4X48A 1CB6A 2O1LA 3TFLA 3Q27A 1ELJA 4XTCQ 5JK4A 1MPDA 3IO4A 3VVDA 2I0CA 1FQFA 3K00A 2Q8JA 1B4ZA 2H25A 4OHNA 3O97A 1AH5A 1OLCA 3PMXA 4JWYA 4Z0IA 1ZMGA 2XXTA 2ZMBA 3IK6B 3PPPA 4YU0A 5I2KA 3TCHA 1DOTA 2XX8A 2CMOA 4IO6A 3RQTA 1P99A 2DE3A 1A7LA 4ONYA 1MRPA 1T0KA 3FJMA 2DVCA 1B3LA 1S7YA 3OO8A 2O51A 3N26A 4QF9A 4R9GA 1QJMA 1NH8A 2PVUA 4OFJA 2IEEA 1LB9A 1IITA 3EHSA 3P7IA 3SEYA 3UGWA 1MXVA 2QPQA 4BDMA 3S9EA 4FE8A 1SBPA 1D9YA 4O3CA 4IGTA 4EF2A 4H67A 4PQJA 4RJZA 4ZZEA 3RTWB 2DXRA 2XXIA 1QUKA 3UP9A 3QUFA 4ZEDA 4ELQA 1I6AA 1N3XA 3PMWA 1A8FA 1OVTA 3JV9A 1WDNA 3MP6A 4ZEKA 3UA8A 1NL5A 3PUXE 4BDOA 4XKRA 2AL5A 4GF8A 3EPEA 1WODA 1DPEA 2I3VA 2G29A 1CE2A 1FTOA 4R6YA 3V8XB 2QS1A 1LB8A 5FTIA 4AB6A 4F1VA 1OQGA 4N13A 4FEBA 3TMGA 4EQ7A 2QMWA 2H4IA 2ONSA 3FXUA 3MVWA 2O7UA 2O84X 4FEDA 2ZNUA 3HPIA 2DSFA 3MJNA 4OWDA 1B40A 4ZEFA 2XXYA 1TXFA 4U21A 2XD2A 5HPQA 3ZS6A 2XXRA 3BKIB 3KOSA 3LUYA 5CI5A 2PYYA 3SETA 3EF7A 1TWYA 4R2BA 1LBBA 3IB0A 3R6UA 1USYE 4LONB 4R6KA 4DXCA 1Y1MA 3S4UA 1M5DA 3TKDA 4FAJA 3USDA 3OSRA 1M5CA 4YKJA 1B0LA 4QFNA 3VLUA 2HQ0A 3TTMA 4NF4A 5KDTA 3PU5A 3TCGA 4NEDA 1SW5A 1MPCA 1MXXA 3CFZA 3ODBA 4THIA 2VD3A 3H6WA 3IJOB 1MQIA 2RC7A 5I57B 3OEKA 1I6BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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