4GLIA

Crystal structure of human smn yg-dimer
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
b'KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITMLISWYMSGYHTGYYMGFR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Survival motor neuron p
publication title The survival motor neuron protein forms soluble glycine zipper oligomers.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein, splicing
total genus 133
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA01
3IO4A 3C4MA 2F36A 2DYXA 3R6UA 4R9FA 1Y1ZA 1IQ7A 4WEDA 3Q27A 2RKMA 2B3FA 1DPEA 3B6QA 2XXRA 4MF3A 4KFQA 2F6PA 2XXQA 3T9XB 1GR2A 2RC8A 1LFIA 4GIZA 3MBPA 3TCGA 3SEXA 2NOOA 1GVCA 2DE4A 1FQEA 4U23A 1S7YA 3FVOA 1P1OA 3VVDA 3TAJA 4X1DA 2XXIA 2RINA 4PFWA 3D4GA 2OCUA 5CI5A 2UXAA 1VFDA 3FV1A 2H4IA 4QFNA 1MM7A 1PB8A 4N13A 2HCAA 1RKMA 2P1SA 3PUVE 4JWXA 1Z7NE 3ZSFA 3PPNA 5TP9B 2O7UA 3TTRA 3A3UA 2V3QA 4KPTA 3KN7A 1DSNA 1SYHA 3DP8A 1YAEA 4Q8RA 1JVYA 1OQHA 3K1PA 3WAEA 1AL3A 4JDFA 3LSXA 2ZMBA 3C34A 3E4RA 4F29A 2UVGA 3VVEA 5L9SA 3L6GA 2HQ0A 3M3LA 4PFYA 1N3XA 2F97A 4G2ZA 1MQJA 2ZYKA 4H8JA 1B7UA 4O3AA 1T0KA 5AA4B 2HFBA 3AXFA 4PP0A 1NFTA 2DE3A 2X26A 2P0SA 1Y9UA 1AOVA 1ELJA 1LFHA 2V3TA 1JEVA 2RC7A 2O1MA 1M5BA 4C1TA 1B1XA 1II5A 4HW8A 5CBRA 3GBBA 4BDNA 4JSDA 2I0BA 3O6HA 2V25A 3PPQA 4O3CA 4DZ1A 2F78A 3IOVA 4MLQA 4YMAA 1MRPA 4WKMA 4G68B 3IOWA 1PDAA 3T9UA 3K02A 4GLIA 1SW5A 1Y3PA 4NF4B 4R6HA 3BKIB 1EZ9A 4F1VA 4RPOA 3SESA 1B3HA 5DYHA 2I3WA 4U2RA 2F34A 3H6WA 5CRYA 4G77A 3CFZA 4GOTA 1SVXB 3FGSA 4H1XA 1QJMA 1HSEA 3OD7A 2UVJA 4F3SA 3RTWB 3FV2A 4IY5A 1JNFA 3GLBA 3K1NA 2I58A 3QXMA 1LSTA 3U72A 2VHAA 3P7IA 3K6WA 3TEPA 3VFJA 3QAXA 3SERA 1NNFA 1URGA 3PMWA 2XX8A 5DVFA 1YTVA 2XXYA 3VDFA 4EQ7A 3VXCA 1P1NA 2R9JA 5ICQA 1ZKBA 5I58A 2Y7WA 4YICA 3B6TA 5CBSA 1EZOA 2X7QA 4QRZA 3C9HA 4JWYA 4QSEA 1MY2A 4DLDA 1R9LA 2R6GE 3TCHA 4YKPA 1AMFA 4MFIA 3ZS6A 2ANJA 2ZXTA 1TWYA 3A09A 4O3BA 2F35A 1TT1A 4RA1A 1GV8A 2GFEA 1XVYA 4BLAA 2DS9A 3R26A 5ISUA 4G8NA 3U94A 3KOSA 5FHOA 4FECA 3KSJA 5F7VA 2RC9A 3U93A 4NWDA 3VVFA 4QFKA 4L17A 4JB7A 1WDNA 1LFGA 1Y3QA 2XX7A 2Q2AA 4PFTA 2QS1A 3LBSA 2D21A 1MXXA 1QUKA 4LATA 4LA9A 5CMCA 1Y4TA 1D3KA 3FXRA 1LGBC 1YPNA 1P99A 3KJ7A 4DXBA 2IEEA 4LVQA 2G93A 5CMKA 3R7XA 5AA2D 4YKKA 2Y7RA 1IXIA 1LCFA 3KSXA 1ZBMA 3Q28A 5AA2B 2H98A 2VGQA 3H6UA 4LQ2A 3FATA 1FQBA 4KYSA 4TLMB 3G7WA 4PE5B 3GZGA 4LONB 2RCAA 3HN0A 3LSLA 1IEJA 4MH5A 3RY3A 2F8DA 1O64A 2FYIA 2QMXA 4OERA 3LSWA 4GL8A 4F2QA 3G3FA 4QFLA 2HAUA 4KI0E 4R73A 1OMPA 4TLLB 1NNKA 4GXAA 3A3CA 4DCXA 5CM6A 4NF5A 2I48A 3UN6A 1JW1A 2XXVA 3DP6A 4KYDA 1VSOA 1DTZA 1XS5A 2I3VA 3QUFA 1DMBA 4I62A 4DXCA 1POTA 1XT8A 3K0VA 3U8QA 4BDRA 5I57A 4YB5A 4EQ9A 3H06B 3ODBA 1URDA 1FW0A 1ZJLA 5F1QA 5I2NA 2H25A 1EU8A 1ZIUA 3QK6A 3KBRA 2OZZA 3IJOB 4WEPA 4RNSA 4E0XA 2DSFA 5I2KA 3USDA 3W9WA 3G3IA 2QRYA 2VOZA 4JSOA 2FNCA 2OK2A 4IGRA 2G29A 4QFOA 4HS7A 4R2FA 4GVOA 5ITPA 3N6UA 1JQFA 3IB1A 5K2XA 1H45A 2REGA 4GL0A 2V93A 3ZKLA 3RGYA 3QYTA 1B3EA 3OSQA 4N07A 1NNTA 3CG1A 4I9DA 4BDMA 1LAFE 1A7LA 1P1QA 1IXHA 4G68C 3THIA 5J1DA 3KN3A 4HCWA 5H8QA 3O9PA 3G3JA 2DVZA 3K01A 1Y1MA 4N6PA 4F1UA 3IOUA 3OO8A 2ALUA 2QSXA 3O6GA 3TQLA 4QSCA 3K00A 3OEMA 1Z7ME 3CG3A 2F7BA 3OEKA 1PBPA 3PU5A 1QULA 1ZU0A 4NTLA 3ILUB 1M5EA 2V3UA 2QS4A 3K2DA 3T9HB 3TUSA 1NH7A 3N94A 1MPDA 2PMSA 4H5GA 2Z8FA 4LZ5A 1DOTA 2O68A 3OENA 4NF8A 1B5IA 2ONKE 5L9OA 3MVWA 3C32A 4DE8A 4TOZA 3PPOA 1MY1A 4GF8A 5TPAA 4G8MA 3G3GA 3PUZE 1ATGA 2Y84A 3KOTA 1MXYA 4KYEA 5H8HA 3HSTA 4RPNA 4GQOA 4XIGQ 1H43A 4KQPA 3RUMA 1R1NA 1GTKA 3KFMA 1H3DA 3PUYE 4U1OA 1BKAA 4AQ4A 3G3KA 3S9EA 4ZZAA 4XKNA 1A40A 2DXRA 3MVZA 3DM0A 4JWOA 2A5SA 3W15C 3E13X 1I6BA 4FATA 4OENA 5B70A 2UVHA 5I58B 1FQFA 3EHSA 4IO3A 4LZ8A 3RT8A 1NKXA 4NE4A 3LC8A 4POWA 1CB6A 4F3BA 3QIMA 4LUBA 4QSDA 3MP1A 2ZNSA 3MUQA 4ZECA 2ESNA 1B46A 3T9VA 3MAMA 5H8NA 1Q35A 2D5WA 1B6HA 1MY0A 2Y7KA 1LAXA 1P1UA 3K4UA 1QW0A 5A5XA 3SEUA 3FASA 1B5JA 2OBGA 3PUWE 3TPAA 3D4CA 2M8CA 1A99A 5IKBA 5H8FA 2KLFA 2I6EA 4U4SA 4ZEKA 4ZEDA 4RYAA 2YJPA 3OXNA 2O1LA 1PC3A 1SW1A 3RTFB 4NEDA 1PB7A 3I6VA 4RK9A 3FUZA 3V89B 2Z8DA 4Q5TA 1MQGA 3UIFA 3EHUA 1ZMGA 2XD3A 3CSGA 1FQDA 3WAFA 3RLFE 5IAIA 2E0SA 4OFOA 1WVJA 2QS3A 4XKRA 3O97A 1USYH 3O6IA 3JYRA 3V83A 4F2OA 1USYE 2O69A 2YLNA 4QHQA 3W9VA 4EDPA 1SW4A 4FEBA 3V8XB 4NWCA 3M3FA 2DOJA 1UIVA 3H6VA 1B1HA 1LAHE 3SEWA 4THIA 1R9QA 1QKAA 1Q1KA 2DWAA 3FVGA 4P0IA 1D9YA 4F31B 4EQBA 4QFPA 1B3GA 2B3BA 3K6UA 1N7XA 3ZKKA 4ONYA 1RYOA 1I6AA 2PX1A 2DE2A 3RN8A 1JW4A 4NF5B 5TU0A 1H76A 1MH3A 4IO6A 3ILTB 4DCYA 4R74A 4WXJA 4H65A 2PT2A 1UTBA 1FCKA 2ZYOA 1LB8A 2Q89A 3MPLA 3IX1A 5KDTA 5I57B 4R6KA 3MJNA 3GBAA 1MXUA 3TKDA 2HEUA 3UORA 3B7DA 1NMUA 5I2NB 1Y4CA 3T22A 5KZTA 2LAOA 4OMBA 4EXLA 4AB5A 1MQDA 4OFJA 4GWOA 4XTCQ 4YKJA 2Z8EA 3Q29A 4YB7A 2ZNTA 3UGWA 4F39A 1B7ZA 5I2KB 3TQWA 4I8CA 4ELPA 3KN8A 4RY1A 3H03A 1MQIA 4YKIA 3QSLA 1IIWA 5HPQA 3VLWA 2UVIA 5CMBA 3KG2A 4M4GA 4G68A 3FXQA 3T96B 3MP8A 3MZBA 3Q25A 4IY6A 1B05A 3CI8A 4ISUA 5H8QB 3B6WA 4ZE8A 3IAZA 4K3FA 1SW2A 5AA3A 3EN3A 2YPNA 2NXOA 3N6TA 3K6VA 3PGFA 5ICTA 3IOTA 4I1DA 4E0WA 1POY1 3JZJA 1MDQA 2A5TA 3IJXB 4FE8A 5AA1A 1MM6A 2H5YA 4G4PA 4IB2A 2HAVA 4GRKA 2CMOA 4ZZEA 2O84X 5DT6A 3S9NC 5L9MA 3TCFA 3CFXA 1S50A 3Q26A 4OEVA 4XKQA 1ZTYA 3S4UA 1MY4A 3PPPA 4ZDMA 4OWDA 2VD2A 5DEXA 4GD5A 2W7YA 1SI0A 1VR5A 1B2HA 5EHSA 4EXKA 4NF8B 1XOCA 2WKYA 3FD3A 2E1SA 3PPRA 3I3VA 1JVXA 4Q0CA 3U92A 2QPQA 4P11A 4U1ZA 5TPAB 2AYSA 2PVUA 2XD2A 3FXUA 3SKPA 1B7HA 1RYXA 5JTYA 3MC2A 1MPCA 4H5FA 2DP8A 2V84A 2ZYNA 5H8HB 1L5TA 1ZLQA 1B5HA 5KCJA 2HXWA 1B51A 4AB6A 3HHFA 3M3KA 2XXHA 4KR5A 2Q88A 4F19A 1P1WA 2AL4A 1KWHA 5DTBA 3CRBA 2OWTA 3IR1A 3C31A 2VD3A 3C33A 3IB0A 1N7WA 3TTMA 3M8UA 2OJTA 2HZLA 4R72A 1FTLA 1MXZA 1A55A 4F1YA 1M5CA 3U1OA 3PD8A 1B4HA 2QJEA 3FJ7A 3MW0A 2NUVA 5EYFA 2XXUA 4F18A 3FJGA 4F3PA 5HM4B 2I49A 5CMMA 1BP5A 5H8NB 4KHZE 2XXWA 1M5FA 2H99A 1N76A 3CSBA 1ANFA 4FJPA 2I4BA 2Q9TA 2UYEA 4H67A 5A5XB 1B9JA 2I0CA 1FQCA 1MY3A 2AL5A 4OVJA 3VV5A 2DWHA 3FVKA 3PD9A 1QKBA 5H8FB 4ZEIA 4IO5A 3PUXE 2ZNUA 1GGGA 2O6AA 3JV9A 1QUJA 1QUIA 4IO2A 1VFEA 2UYFA 1B0LA 3EHTA 2NVUB 1Y3NA 1B4ZA 5EHMA 2F7AA 4ZS9A 3T66A 1Y20A 4OESA 4R75A 3SETA 3ECRA 2HZKA 2ONRA 1SI1A 3UA8A 4R2BA 3I5OA 1XHYA 3V5AA 2DXYA 5I59A 3KZGA 3H7MA 3IK6B 2GRVA 5FTHA 2ABHA 4LP2B 2DWIA 3O29A 4X1BA 4RK2A 3KJTA 3LSFB 1PEBA 2Q8JA 1VE4A 3K6XA 1HSLA 3HV1A 5DVJA 1I6QA 4Z0IA 1MXVA 1N3WA 4UACA 2O7IA 1XVXA 4HCYA 3OMBA 2ONSA 1B40A 3MWBA 3BFUA 2RCBA 1J1NA 1DTGA 3IL1B 4FIMA 4ZE9A 3MZ9A 2CZLA 4EF1A 1S9TA 3IO6A 3HCQA 4GFRA 1NNPA 3KGCA 4OYVA 4YZZA 3FZVA 1UTBB 3DLNA 3OO6A 1M5DA 3FJMA 3BFTA 2DVCA 4PQJA 1OIBA 5K2YA 5KDTB 4UA8A 1URSA 1US5A 2I4CA 1UTHA 1N0TA 2PBWA 1BLFA 1SD3A 5I56A 5JEIA 3RT6B 2D3IA 2Y7IA 4NF6A 1A8EA 4OXVA 1TFAA 1IXCA 3RPWA 1B3LA 5ELVA 1R6ZA 1IUDA 3LR1A 3O28A 2P2AA 3CR9A 4F22A 3TYHA 1B0HA 3F11A 2PT1A 4DDDA 3O66A 5BWJA 4Z7EA 3E9XA 4LQ5A 4ND9A 2GHBA 3RNNA 1MG1A 1OVTA 2F6GA 4RXLA 4TQUQ 3TZAA 2QMWA 3TDJA 3UK4A 1LAGE 3E3KA 4YAHX 4XXUA 4FAJA 1OLCA 3HPIA 4Q30B 3VXBA 2Q2CA 4PFUA 1FTKA 3N5LA 4MBPA 3EF7A 5ITOA 4IO4A 1MPBA 4P0GA 3HHGA 1N04A 2A5TB 4GXSB 4IGTA 4EUOA 3MQ9A 1UQWA 3TELA 2AIXA 2ZYMA 5FTIA 3QUJA 4KCDA 1NL5A 3DELB 2FA7A 3IB2A 5TP9A 5JK4A 3SEVA 5H8SA 1PB9A 2PYYA 3FIRA 2OLBA 3GXAA 4DIGA 3PMXA 3DP4A 4JBZA 5FHNA 5DEXB 5FHMA 1O7TA 1WODA 3VLVA 1HSJA 1B3FA 4FEDA 4ELQA 1F9BA 5L8DA 1MS7A 3O2AA 4IO7A 2REJA 1FTOA 1IZ1A 4ELOA 3H3GA 3TODA 1OVBA 3C35A 3FVNA 3OELA 3MVYA 4ZEBA 3EQ1A 1D4NA 5CC2A 3OO7A 2BJJX 5JTYB 3SEYA 1MH4A 2XXTA 4POXA 5AA4A 1A8FA 2NWJA 1AH5A 3CFLA 3TMGA 5KCJB 1MDP1 2RF1A 3OOAA 4H6DA 5HBCA 3T93B 3TTNA 2QL3A 4BDOA 3C36A 1FTJA 1BIYA 1US4A 2XXXA 3K1MA 1MQHA 4EF2A 2DWJA 1LLSA 1UIUA 3KEIA 4R6YA 3BBRA 1JETA 4F3GA 4YB6A 4C1UA 1H44A 3H4ZA 1B52A 4OETA 4NF4A 4U21A 2R71A 3RQTA 4RJZA 1TFDA 4C0RA 2VP1A 1O63A 2QS2A 3ONMA 3MZ1A 4NMYA 2B65A 3HO7A 1SQYA 4KCCA 1LBCA 3PMVA 4HTGA 1IITA 3VE1B 3H6TA 4PETA 5DVIA 4OZ9A 2THIA 4QF9A 4U22A 2XHDA 2IA4A 4OEUA 1OLAA 3L6HA 4ESWA 2O51A 1LCTA 4OHNA 1N84A 4H8IA 4FORA 4DXUA 3N26A 1JW5A 2Z23A 1XC1A 2OWSA 4BDQA 2GH9A 4XKPA 2Z22A 4ECFA 4M1VA 3IORA 3UP9A 4JXIA 2Y7PA 3LUYA 4YU0A 2F5XA 1I69A 4MLVA 5I59B 1PBQA 3PV0E 2DQVA 1DPPA 1SDXA 3S2VA 4OTEA 4BDLA 2XXPA 3TFLA 1NH8A 3CVGA 4KD5A 3MPKA 2XX9A 4OQOA 1EZPA 5BUUA 4X9TA 3OSRA 4ZEFA 3MP6A 5LOMA 1B58A 1LB9A 4R9GA 1QVSA 4ELRA 1SYIA 3S9LC 1CE2A 4LZ7A 1FTMA 1BTJA 3VLUA 1OQGA 5I84A 1JEUA 3TTLA 1A54A 1YCJA 2F7CA 3G3HA 4YMBA 1MXWA 3TTKA 4OFLA 1SBPA 5M2VA 2GHAA 1UTHB 3CIJA 1AIVA 5AA2A 3OO9A 3EPEA 4H0WA 1EH3A 5B7DA 5I56B 3MVXA 1LBBA 4NF6B 4U4XA 2X7PA 5AE4A 2H9BA 3SDFA 1FQAA 4X48A 1B32A 4ESXA 1D9VA 1IXGA 3S9MC 4G8HA 1TXFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IO4A 3C4MA 2F36A 2DYXA 4PAKA 3R6UA 4R9FA 1Y1ZA 4OA4A 1IQ7A 4WEDA 3Q27A 2RKMA 2B3FA 4N17A 1DPEA 3B6QA 2XWIA 3MYUA 2XXRA 4GX6A 4MF3A 2MKZA 4KFQA 2F6PA 2XXQA 3T9XB 1GR2A 2RC8A 1LFIA 2ZZVA 4GIZA 4P8BA 2Y5KA 3MBPA 3SEXA 3TCGA 2NOOA 1GVCA 1CNQA 2DE4A 1FQEA 1KA0A 4U23A 1S7YA 3FVOA 1P1OA 4PGNA 5IZ1A 3VVDA 3TAJA 4X1DA 1FJ9A 2XXIA 2RINA 4PFWA 3D4GA 2OCUA 5CI5A 1FPIA 1EYKA 2UXAA 1VFDA 3FV1A 1YXIA 4H46A 2H4IA 4QFNA 1MM7A 4N91A 1PB8A 4N13A 1FPDA 2HCAA 1RKMA 2P1SA 3PUVE 2QVUA 4JWXA 1Z7NE 3ZSFA 3PPNA 5TP9B 2O7UA 3TTRA 3A3UA 2V3QA 4KPTA 3KN7A 1DSNA 5ET5A 4LN5A 1SYHA 5IZ3A 3DP8A 1YAEA 4Q8RA 1JVYA 1OQHA 3K1PA 3WAEA 1AL3A 4JDFA 1FBFA 2ZMBA 3C34A 3LSXA 3E4RA 4F29A 2UVGA 3VVEA 5L9SA 3L6GA 2HQ0A 3M3LA 4PFYA 1N3XA 2F97A 4G2ZA 1MQJA 2ZYKA 4H8JA 1B7UA 2L5VA 4O3AA 1T0KA 5AA4B 2HFBA 3AXFA 4PP0A 4X04A 1NFTA 2DE3A 2X26A 4XF5A 4JVDA 2P0SA 1Y9UA 1AOVA 1ELJA 1RDZA 1LFHA 2V3TA 1JEVA 2RC7A 2O1MA 1M5BA 4C1TA 1B1XA 1II5A 4GX4A 4HW8A 5CBRA 4MJOA 1DK4A 3GBBA 4BDNA 4JSDA 2I0BA 3O6HA 2V25A 3PPQA 4O3CA 4DZ1A 2F78A 3IOVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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