4GLIA

Crystal structure of human smn yg-dimer
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITMLISWYMSGYHTGYYMGFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Survival motor neuron p
publication title The survival motor neuron protein forms soluble glycine zipper oligomers.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein, splicing
total genus 133
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA01
1GR2A 1XOCA 2IA4A 2DS9A 2XXTA 1S7YA 4YICA 2Q89A 4O3BA 1LFIA 1LAFE 3TCGA 1H44A 1SYIA 4DZ1A 4F18A 1MY1A 3O9PA 3IX1A 3MZ1A 4LZ5A 4HW8A 5ELVA 3K1PA 1JVXA 1QKAA 4NF5B 4NF6B 1JETA 5B7DA 1B4HA 2QS3A 1Y1MA 1H43A 1BLFA 5KDTB 3FD3A 3A09A 1WVJA 1B6HA 4LONB 1LFGA 3EQ1A 3OO7A 1QVSA 1F9BA 1B1XA 3HHFA 5H8HB 4QSCA 3K6VA 1NNKA 3OENA 4TOZA 2PT1A 3FJMA 2H25A 2Q8JA 3OELA 3RT6B 3GXAA 1I6AA 3Q27A 4JWOA 1LCTA 2GHBA 2Y7IA 1R9QA 4OENA 1LFHA 2WKYA 3PUVE 1II5A 4F1UA 2VD2A 4ELRA 2UVIA 2AIXA 3UP9A 3C35A 2ABHA 2XXXA 4QHQA 1SVXB 3HPIA 1AH5A 3G3FA 1Y1ZA 3JV9A 5AA4A 1VE4A 1ZJLA 5KZTA 3G3HA 3K00A 4GIZA 5H8SA 1AL3A 1Y3PA 4FORA 2REJA 4IO6A 4RXLA 3PMXA 1B0HA 1Z7ME 4LP2B 4JBZA 4IO2A 3QK6A 3K6UA 4RY1A 1FQAA 2PVUA 3I6VA 3IB1A 1OVTA 3R7XA 2D21A 3TTRA 1OVBA 1FQBA 1OIBA 2F8DA 1MG1A 1D3KA 3E3KA 3C4MA 2Q88A 4NF5A 2X26A 2A5SA 1JW1A 2F34A 2P0SA 1MPDA 3B7DA 4AB5A 3LSWA 3MZ9A 5KDTA 4HCWA 2ZNUA 4ND9A 1JNFA 3TQWA 2F78A 3MZBA 3M3FA 1LGBC 2R6GE 5DEXB 2FA7A 1P1UA 3HCQA 4YB6A 3PPRA 4GFRA 1FQCA 3MP8A 1DTZA 3MVZA 2Z8DA 4HS7A 3VLWA 4RA1A 4KCCA 1VFDA 1NNFA 1P99A 3C32A 3I3VA 4L17A 4GL8A 2HCAA 3MBPA 4DXCA 2UVGA 4MLQA 1Y4TA 5EHSA 3L6HA 4H6DA 5I84A 1ATGA 1SW5A 4OXVA 3D4CA 4M4GA 4EXLA 3LUYA 2G93A 1UIVA 3O2AA 3UK4A 4ONYA 2Q2AA 3A3UA 1BKAA 1IXGA 1BP5A 3OXNA 2VP1A 2H9BA 3U8QA 4I9DA 5IKBA 3MP6A 3PGFA 3KSJA 1D9VA 3PD8A 4R6KA 2REGA 2VD3A 4G8NA 5K2YA 3G7WA 3K6WA 4QSEA 2LAOA 4Q30B 1XC1A 2Q2CA 2QSXA 1H45A 3IR1A 4BDOA 3FJGA 1Z7NE 4KFQA 3S2VA 2DQVA 1IUDA 2Y7RA 3QUFA 1XHYA 3O6GA 3FATA 3L6GA 4OFOA 4R2FA 3ILTB 1B9JA 3SERA 2R9JA 1PBQA 3IO6A 4P0IA 4U1OA 2P1SA 5CMCA 2DXYA 4FAJA 2CZLA 4ZEDA 1YPNA 5HBCA 4JSDA 3FV1A 3H6WA 4GOTA 1O63A 3C9HA 1RYXA 4GD5A 5M2VA 3ZKKA 1OMPA 1GTKA 1USYE 4RNSA 4XKQA 5DVJA 3SETA 1VR5A 1Y3QA 2ZYMA 3ONMA 4G68C 2I4CA 4EQ9A 3H06B 1DTGA 1QKBA 3U1OA 4LZ8A 3G3IA 4AQ4A 1CE2A 3N5LA 4FJPA 4FECA 5JTYB 2XXWA 4JWYA 3G3KA 3BFUA 4H5FA 3OO9A 5AA2B 2F6PA 1MXXA 1MH3A 4R9GA 2Z8FA 3SEYA 4OTEA 4YKJA 3KEIA 2DWAA 3W9WA 2H99A 2M8CA 3VVFA 5H8FB 4F2OA 3TZAA 3IOVA 4U2RA 1HSLA 1QUIA 4G77A 1DPEA 2Y7KA 3S9EA 3QXMA 1A8EA 2I6EA 2QJEA 5AA1A 3FUZA 3TELA 5DT6A 3K01A 4MH5A 4DCXA 3T9UA 4OEVA 2VGQA 1UIUA 1TWYA 5FTIA 4QSDA 2B65A 5FHMA 2OLBA 5CI5A 3T9XB 3F11A 3MPKA 3O97A 4IO4A 4G8HA 1MY0A 1US4A 4DXUA 4KYDA 3GBBA 5H8QA 2UYFA 3PMVA 4LQ5A 1PB8A 4OEUA 1Y3NA 1MM6A 2QRYA 5TP9A 3K6XA 5A5XA 3MP1A 3FGSA 3U94A 3KZGA 3TYHA 3PUYE 5BUUA 4RK2A 5JTYA 4GVOA 4QFNA 1JEVA 3C34A 2Q9TA 4G2ZA 2I0BA 1SW1A 1MY4A 2H4IA 3FXUA 4DLDA 1A55A 2YPNA 1XS5A 1TFAA 2RINA 1B1HA 3BKIB 3RPWA 3K4UA 3QAXA 1ZTYA 1LCFA 1URGA 3QIMA 3A3CA 3FZVA 1ZIUA 4RPNA 3IO4A 2DOJA 4NEDA 5HM4B 5KCJB 1LLSA 1EZPA 4UA8A 1JW4A 1IXCA 4NE4A 3LC8A 2OJTA 5H8NA 4KYEA 4POXA 5L8DA 4WKMA 1B7HA 1IQ7A 5CMKA 1IIWA 1N7XA 3ILUB 4RJZA 3RT8A 1USYH 5TU0A 2H98A 2DVCA 3VV5A 4FATA 3IJOB 4IGRA 1SI1A 2Y84A 2F35A 3KJTA 2ZNSA 4MFIA 5I59B 4PFYA 2PMSA 3CG1A 2RCBA 2QMWA 2Z8EA 3IAZA 1D4NA 2D5WA 4C0RA 4K3FA 3W9VA 4LUBA 3AXFA 3IK6B 3FVOA 4OFLA 1MM7A 1OQHA 1MXZA 5TPAA 2O7IA 5I57B 1HSEA 1MRPA 2Z22A 3TTLA 4F22A 3M8UA 3P7IA 4NF4A 3V8XB 1CB6A 2UYEA 3OD7A 4E0XA 5ITPA 4U4SA 4C1UA 1OQGA 3S9NC 4X1DA 1N0TA 4LATA 4WXJA 4F29A 2FYIA 4Q5TA 4H5GA 3T9HB 3CFLA 5KCJA 4FEBA 1B5JA 3IORA 2PX1A 3PPNA 4OETA 1QULA 3G3JA 4NF8B 2DP8A 4Q8RA 4PFTA 2I0CA 1LAXA 2B3FA 3IL1B 3VXCA 1TT1A 5I2KB 4JSOA 1LBCA 2GRVA 1FTLA 3RQTA 1RYOA 5B70A 4U4XA 4JDFA 3DM0A 1SBPA 3ZKLA 3KJ7A 1DOTA 4NF6A 5I56B 3R26A 1NFTA 4WEDA 4JXIA 4MF3A 4XKRA 4OESA 2HAUA 3H3GA 2NUVA 4QF9A 3EF7A 3VDFA 4YKKA 2THIA 1MY2A 3Q26A 2OK2A 4N07A 3IJXB 4AB6A 1I6BA 3EHTA 2GHAA 5LOMA 2O51A 5H8HA 2XD3A 1UTBB 1MXYA 3ECRA 4F3SA 4EQBA 3DELB 1PEBA 2HQ0A 2Z23A 2O7UA 1FTJA 4MBPA 1MDQA 4R74A 1M5EA 4NTLA 2XXPA 1Y9UA 4OZ9A 1ELJA 4PETA 2DE4A 1Y20A 1XT8A 4C1TA 3FXRA 2ALUA 2I3WA 2X7PA 1B0LA 2Y7PA 1SI0A 1FQEA 1MXUA 2NOOA 2RF1A 5L9SA 4N13A 2A5TB 3N6TA 5DVIA 1B46A 1B7UA 2HZKA 3B6TA 1DMBA 1FTMA 2P2AA 1Q35A 1ZLQA 4OFJA 4QFLA 1PB9A 3CFXA 4YZZA 1B5HA 5IAIA 3RGYA 3IOUA 1LB8A 1UTHB 4P0GA 2ANJA 1QUKA 1JQFA 3RN8A 1B7ZA 2OWTA 4BLAA 4EDPA 2HEUA 1IXHA 1B5IA 4THIA 4IGTA 4GXAA 4O3CA 3OO6A 3K0VA 4YB5A 3V5AA 4NWDA 1VFEA 1NNPA 3C31A 2O69A 3SEWA 5I56A 2I48A 3MAMA 4Q0CA 5F7VA 4R6HA 1N3XA 3DP6A 2ESNA 4OHNA 3SEUA 4U23A 3TCHA 5DEXA 2F7BA 4Z7EA 3RTFB 3KN3A 2XXHA 1IEJA 4KHZE 4IO5A 4KQPA 2X7QA 4IO3A 3UORA 1P1WA 1SD3A 5L9OA 3TQLA 1MY3A 1SQYA 4GWOA 3Q29A 3TEPA 4ELQA 4LVQA 3MW0A 3FJ7A 4FIMA 3VLUA 2B3BA 1SDXA 4F19A 3E4RA 1NNTA 2GH9A 3MQ9A 2W7YA 5EHMA 3C36A 3CIJA 2F6GA 2BJJX 2F7CA 5J1DA 3RTWB 2CMOA 1IZ1A 2ZYNA 3TUSA 3QUJA 3TTMA 1MQDA 4GRKA 5ICQA 1WDNA 2DWJA 3DP8A 4MLVA 1O7TA 3PPPA 1BTJA 2F97A 3LSLA 1VSOA 3V89B 2DE2A 3UN6A 1YAEA 2NVUB 1M5CA 3FIRA 3LSXA 5CMBA 1S9TA 3O29A 4BDNA 2UXAA 5CM6A 1FW0A 1MS7A 4X9TA 1MPBA 2I4BA 2IEEA 3O6HA 2ZYOA 3HHGA 3R6UA 1MXWA 4FE8A 4POWA 1SW4A 1NKXA 2O68A 3BBRA 4EF1A 5CBRA 2F36A 3ZS6A 4ZDMA 2I3VA 2XX7A 4ESXA 5HPQA 3OMBA 2F7AA 3TCFA 1EU8A 4GL0A 1URDA 3PV0E 3N94A 3TFLA 3VFJA 4F1YA 1TXFA 1A40A 2AYSA 3MJNA 5DTBA 2DVZA 2HFBA 3VE1B 1P1QA 2O84X 4GLIA 2AL4A 1A99A 4N6PA 4OERA 1PBPA 1JW5A 1MQGA 3IOTA 3JZJA 3OEMA 2V3UA 4IB2A 1H76A 4G8MA 4LZ7A 1B32A 2F5XA 3OO8A 3SDFA 1ZBMA 1LB9A 4H65A 1YCJA 1MQHA 4ISUA 4GXSB 4ECFA 2ZXTA 1UQWA 3HV1A 1WODA 1L5TA 5AA2A 1T0KA 2QS2A 3VXBA 4DIGA 3S4UA 4YB7A 2XX9A 3SEVA 3RLFE 5H8FA 3FVNA 3EPEA 1N76A 3O6IA 5AA4B 2OWSA 4E0WA 2I58A 3M3LA 2H5YA 1FQDA 1M5DA 1FQFA 4PE5B 1XVYA 2XD2A 3UIFA 2V25A 3CFZA 2XXQA 3PD9A 2RC9A 1YTVA 1S50A 3HN0A 1POTA 4F3BA 1NMUA 2ONRA 3CRBA 1B3HA 2G29A 1J1NA 3MWBA 2XXIA 1I6QA 3K02A 1NL5A 2PYYA 3KOTA 2HZLA 3TTKA 3LSFB 1EZ9A 3PPQA 4YKIA 1A7LA 2ZMBA 3OSQA 3H03A 3CSBA 3KSXA 3E9XA 1Q1KA 4QFKA 3T96B 4IY6A 3TKDA 1R1NA 2QS1A 4X48A 3CR9A 4ELOA 4ZECA 2D3IA 4OYVA 3FVKA 3LBSA 2ONSA 1QUJA 1QW0A 1GGGA 4M1VA 4BDLA 2DE3A 2HXWA 2UVJA 3H7MA 1AIVA 3N26A 4OVJA 1B51A 2UVHA 2QL3A 1GVCA 3G3GA 5AA3A 5AA2D 4YMAA 1N84A 4H1XA 2DWIA 4RPOA 4X1BA 5K2XA 3ODBA 1A8FA 1P1OA 3H6UA 4TLLB 5JK4A 2V84A 3CVGA 1MQJA 2DWHA 1N7WA 1MH4A 3MVWA 4DXBA 3B6WA 4FEDA 3QYTA 3S9LC 4ZS9A 3E13X 1H3DA 4I8CA 3TDJA 3MUQA 4Z0IA 4O3AA 3Q25A 1QJMA 4UACA 1I69A 1B4ZA 4TQUQ 4QRZA 1JEUA 1ZKBA 1A54A 3U92A 3M3KA 4ZEBA 5I59A 3T9VA 1B3GA 2YLNA 4BDMA 4F1VA 1B05A 2ZYKA 3T66A 1LSTA 2O1LA 5FTHA 4KI0E 1POY1 3KN7A 3KFMA 3JYRA 5ISUA 1LAHE 4I1DA 2RC7A 1NH8A 3UGWA 4R75A 2AL5A 4R2BA 4ZZAA 2YJPA 5I57A 4BDRA 1SW2A 4U21A 1N3WA 1B40A 4XTCQ 5DVFA 1PDAA 3U72A 4LA9A 2E0SA 4HCYA 4ZEIA 1GV8A 5DYHA 3SESA 3H6TA 2QPQA 2Y7WA 2XXRA 1B52A 4QFOA 3USDA 4R6YA 3WAFA 1PB7A 2V3TA 5BWJA 4KD5A 2OBGA 3MVXA 1EZOA 3C33A 4ZEKA 1MQIA 1OLCA 2RCAA 4G4PA 3DP4A 2XXYA 4BDQA 4NF8A 3N6UA 3SEXA 4JWXA 3V83A 3VVEA 3H4ZA 4KYSA 5I2KA 5ICTA 4XKNA 1MPCA 1FTKA 3K1NA 4NMYA 4F31B 4F39A 1BIYA 3U93A 1ZU0A 3PUWE 3TPAA 3QSLA 1O64A 1IITA 3EHSA 2RC8A 3BFTA 3LR1A 3VLVA 1ANFA 4ZEFA 2XXUA 4P11A 5CMMA 4OWDA 4ESWA 5I58B 3UA8A 2VHAA 3GZGA 3PPOA 2XX8A 2R71A 1UTBA 4QFPA 4IY5A 4YMBA 1B58A 3VVDA 2OZZA 4R73A 3TMGA 4PFUA 2V3QA 4KCDA 4GQOA 3Q28A 3TAJA 1Y4CA 3RY3A 4TLMB 1DPPA 4EUOA 1OLAA 1RKMA 4DDDA 4LQ2A 3ZSFA 5I2NB 1D9YA 1M5FA 2O1MA 2I49A 4F2QA 3HO7A 3CSGA 2DSFA 3MPLA 4ELPA 3IB2A 4G68B 4EXKA 4PFWA 4U22A 3FVGA 5H8QB 2QS4A 2ONKE 2A5TA 4XXUA 1IXIA 3WAEA 4H0WA 1AOVA 3CG3A 4DE8A 1JVYA 3RNNA 1MXVA 4F3GA 4YU0A 2PBWA 4WEPA 5TP9B 2DYXA 4R9FA 4HTGA 4DCYA 3S9MC 1UTHA 4YAHX 5A5XB 3KN8A 3IB0A 3KBRA 3PMWA 5L9MA 3RUMA 4OQOA 2PT2A 1P1NA 3DLNA 1URSA 3O66A 3PUXE 4JB7A 2V93A 1R6ZA 3GBAA 4EF2A 1XVXA 1B2HA 3IOWA 3SKPA 5CRYA 3THIA 3PU5A 3TODA 1LBBA 3KG2A 4I62A 3KOSA 2XXVA 3K2DA 3W15C 1B3LA 5AE4A 1TFDA 3D4GA 4IO7A 1HSJA 5H8NB 4GF8A 1R9LA 3O28A 3OEKA 1ZMGA 4PQJA 1MDP1 5I58A 1US5A 5F1QA 4ZZEA 3I5OA 1FTOA 2DXRA 4OMBA 5JEIA 3OSRA 3PUZE 2XHDA 3FV2A 4ZE9A 2KLFA 3EN3A 4H8JA 1DSNA 2HAVA 1SYHA 2FNCA 4ZE8A 4YKPA 4R72A 3CI8A 5I2NA 5FHOA 4RYAA 1B3EA 1B3FA 3OOAA 2RKMA 5CC2A 2GFEA 5CBSA 1M5BA 4H67A 4G68A 1PC3A 2NWJA 5ITOA 4XIGQ 2VOZA 3T93B 3TTNA 4XKPA 3MVYA 5TPAB 2NXOA 4H8IA 1AMFA 4F3PA 2O6AA 3EHUA 3HSTA 2QMXA 4NF4B 4NWCA 5FHNA 2ZNTA 3H6VA 3GLBA 5EYFA 2OCUA 1EH3A 4RK9A 3MC2A 4U1ZA 3B6QA 3FXQA 4EQ7A 1LAGE 1FCKA 4KR5A 1N04A 3K1MA 1KWHA 2E1SA 1NH7A 3T22A 3FASA 4PP0A 4KPTA 3KGCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GR2A 1XOCA 2IA4A 2DS9A 2XXTA 1S7YA 4YICA 2Q89A 4O3BA 1LFIA 1LAFE 3TCGA 1H44A 3D1RA 1SYIA 4DZ1A 2FIXA 4F18A 1MY1A 3O9PA 3IX1A 3MZ1A 4LZ5A 4HW8A 5ELVA 4JVIA 3K1PA 2HXRA 1JVXA 2HHMA 1QKAA 4NF5B 4NF6B 1JETA 5B7DA 1B4HA 2QS3A 1Y1MA 1H43A 1G0IA 1BLFA 5KDTB 4GWWA 3FD3A 3A09A 1WVJA 1B6HA 4LONB 2F3BA 1LFGA 3EQ1A 3OO7A 1QVSA 1F9BA 1B1XA 3HHFA 5H8HB 5EQAA 4QSCA 3K6VA 1FPIA 1NNKA 3OENA 4TOZA 2PT1A 3FJMA 2H25A 4H45A 2Q8JA 3OELA 2B4LA 3RT6B 3GXAA 1I6AA 3CHGA 4OA4A 3Q27A 4JWOA 1LCTA 2GHBA 2Y7IA 2CEYA 4N6DA 1R9QA 1IMBA 4OENA 1LFHA 2WBBA 2WKYA 3PUVE 1II5A 1Q9DA 4F1UA 4AS5A 2VD2A 1NV3A 2UVIA 2AIXA 3UP9A 4ELRA 3C35A 2ABHA 2XXXA 4QHQA 1SVXB 3HPIA 1AH5A 3HFUA 3G3FA 1Y1ZA 3JV9A 5AA4A 1VE4A 1NV1A 1ZJLA 5KZTA 3G3HA 3K00A 4GIZA 5H8SA 1AL3A 2VPNA 1Y3PA 4FORA 2REJA 4IO6A 4RXLA 3PMXA 3A29A 1B0HA 1Z7ME 4LP2B 4OANA 4JBZA 4IO2A 3QK6A 3K6UA 4RY1A 1FQAA 4NQ8A 5ESYA 2PVUA 3I6VA 3IB1A 1OVTA 3R7XA 2D21A 3TTRA 1OVBA 1FQBA 1LBWA 1OIBA 2Q74A 2F8DA 1MG1A 1D3KA 3E3KA 3C4MA 2Q88A 1VDWA 2WYPA 4NF5A 2X26A 2A5SA 1JW1A 2F34A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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