4GLIA

Crystal structure of human smn yg-dimer
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITMLISWYMSGYHTGYYMGFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The survival motor neuron protein forms soluble glycine zipper oligomers.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein, splicing
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Survival motor neuron p
total genus 133
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA01
3FJGA 3E9XA 2R6GE 3HPIA 2ZYKA 2X7QA 1A55A 1PBQA 1Q1KA 1BKAA 3KZGA 4H65A 4WXJA 5L8DA 4FATA 4QSDA 4OQOA 5L9MA 3N6UA 4KQPA 4DCXA 4MFIA 2V93A 3IJOB 3PPNA 5DT6A 3U94A 1LB8A 4H8IA 5I57A 3KBRA 1LCTA 3H6TA 4OHNA 2FA7A 4IY6A 2QS4A 4YICA 3MVXA 5I59B 1Y3QA 4FE8A 3TCGA 3A3CA 1SYIA 3OXNA 1SW2A 3PPRA 4F31B 4QSEA 3QIMA 1DPEA 2Y7WA 3OD7A 5ISUA 2H25A 1LLSA 1LAGE 4KPTA 5KZTA 3U72A 3MZ1A 3DM0A 4IY5A 3U92A 1IQ7A 1B3GA 2HCAA 2IA4A 4OVJA 5TU0A 3TELA 3V89B 3TCHA 3VXCA 1M5EA 2R9JA 1AIVA 5AA2B 1O63A 3LSLA 3TEPA 1WDNA 4ZE8A 2KLFA 4NF6A 2AL5A 4Q5TA 3UORA 1IXCA 4BLAA 1SQYA 2ALUA 2XXYA 3F11A 1TWYA 5I58B 1SI0A 3MVWA 1D9VA 5KCJA 4U23A 5DYHA 1QUKA 5I84A 1URGA 1LBCA 4GWOA 4O3AA 4R6KA 5H8SA 1MXXA 2AIXA 3KEIA 3FGSA 3Q29A 5I58A 3G3FA 3BBRA 3R7XA 1D9YA 1DTZA 3QXMA 1Y9UA 3K01A 2XXWA 3B6WA 4MF3A 4KCDA 3TTKA 3OSRA 4G2ZA 5AA2A 1MS7A 4LQ5A 1A8FA 2ONRA 2ZMBA 4GOTA 1XVXA 4JWYA 1POTA 3GZGA 3PU5A 4R9FA 5DEXB 3WAEA 2HZKA 4F3BA 4PQJA 4F22A 4NMYA 4JXIA 5FHMA 3IB0A 3IORA 5H8QB 1MXYA 1ZBMA 3FXRA 4LZ5A 4OEUA 4Q30B 5F7VA 1RYXA 2DSFA 3EHTA 2Q2CA 2F5XA 2UYFA 4IO3A 5ELVA 3RPWA 4C0RA 3ZKLA 3ONMA 4IGTA 1UTBB 4ESXA 2HFBA 3EHSA 3H7MA 5I2KA 4H0WA 2QS2A 5TP9A 4TLLB 3UK4A 1A54A 2DOJA 2H98A 2DWIA 4LONB 4NF6B 4ZZEA 3MP1A 2THIA 3T9UA 2O7UA 3T9VA 1US4A 2DVZA 4AB5A 3UP9A 2XX8A 1I69A 4YZZA 4EF1A 3C35A 1A99A 5CMMA 3ILTB 3CI8A 2OLBA 4NE4A 3L6HA 4ELRA 2Z22A 5TP9B 3HN0A 2ZNTA 2FYIA 3CFLA 1ZU0A 3P7IA 4MBPA 4MLQA 4QFNA 4GL0A 1OLCA 2G29A 3C34A 3U93A 1OVTA 4M4GA 3HHGA 3V83A 3M3KA 4BDLA 4XTCQ 2ANJA 2QRYA 1S50A 2XXXA 5FHNA 3MPKA 2PMSA 4KFQA 3TYHA 1M5DA 3EHUA 4JSDA 4ISUA 4P0GA 3SESA 1P1WA 2Q2AA 3VVFA 4EQ7A 3TKDA 1LFGA 3PD9A 2ZNSA 2F7CA 2DS9A 4R2BA 3SEWA 3CFZA 4EQBA 1MY3A 5BWJA 4ECFA 3HCQA 1B3HA 2Y7KA 2QS1A 1B2HA 3M3LA 4I9DA 4I62A 4LA9A 5FTIA 1US5A 3VE1B 2XXUA 2UVIA 3MBPA 1YTVA 2F6GA 1MPDA 4U4XA 2PT1A 4PE5B 2DQVA 1HSEA 4QRZA 1R9LA 1GR2A 1IEJA 3K1MA 1JVYA 4ZEDA 4R72A 5B7DA 1FTKA 2ZYNA 1I6QA 1OMPA 2DE2A 4G8NA 3PUXE 1Y3PA 3SEUA 5DVFA 2Z8DA 3MPLA 1SBPA 4XKNA 4F1UA 2RCBA 1R6ZA 2ONKE 1M5BA 2DXRA 4F2QA 3IB2A 1SD3A 3LUYA 4KYDA 2M8CA 4OEVA 4OFLA 1ZKBA 1FQDA 3G3HA 1JETA 3PUWE 4UA8A 1UTBA 2ZNUA 4NF8A 2B3FA 1JQFA 3EN3A 3MP6A 4OERA 5I2NA 1A7LA 3CSGA 1YCJA 1Y3NA 3DP6A 2PBWA 3FVKA 4GD5A 3H03A 4P0IA 5I56B 2CZLA 2RC9A 2V84A 5DVJA 1XS5A 3ECRA 4IGRA 4OMBA 1R9QA 1VE4A 3QK6A 1Q35A 1II5A 3B6QA 2XD3A 2Z23A 3EPEA 3FXUA 1TT1A 1MM6A 1ZJLA 2B65A 1AH5A 2F8DA 2G93A 2O1MA 1BLFA 3KSJA 4ESWA 2A5TB 2XHDA 1BIYA 3KGCA 1Y1MA 2VD2A 3ZS6A 1DPPA 4RXLA 1FQEA 3KN3A 2DYXA 2QPQA 3T66A 2F7BA 3GBBA 3R6UA 1UQWA 1QKAA 4GLIA 4QFOA 1GV8A 2F35A 1USYE 1FTOA 1XT8A 3CSBA 3MZBA 1B32A 1JW4A 4E0XA 3FV1A 3OOAA 2XX9A 4WKMA 1B52A 3QUJA 1O64A 4IO4A 4PP0A 1DMBA 3IL1B 3PGFA 4Z0IA 3CR9A 4KI0E 3PUZE 3R26A 3OEKA 3K6XA 3C32A 4LP2B 1AOVA 2AYSA 3K6WA 2GHAA 3CG1A 4EUOA 1Y4TA 3LBSA 1S7YA 2D5WA 1N3XA 2UYEA 4XKRA 2XX7A 2GHBA 1EZ9A 1P1NA 1B6HA 3GLBA 4WEPA 5JTYB 3VXBA 3K1NA 2REGA 4NF4A 4R2FA 3MUQA 2O51A 4YB7A 4F2OA 3DELB 3O2AA 4PFWA 4RPNA 1WODA 1YAEA 4OENA 4ELQA 2HQ0A 1B7ZA 2DWJA 1B5IA 1I6BA 1WVJA 1D3KA 4PFYA 4M1VA 4QFPA 1SW5A 4KHZE 4ND9A 5I57B 1NNFA 5JEIA 4F1VA 4FORA 1KWHA 1USYH 1QUIA 4FIMA 3OO9A 2OBGA 2VGQA 1MXZA 2DVCA 5CMCA 4G68B 4NF4B 1AL3A 4JB7A 4H67A 1VR5A 1IITA 4LQ2A 5H8HA 1ELJA 4DE8A 3MZ9A 4IB2A 4F39A 4OETA 1TFAA 3FVOA 1SI1A 3GBAA 3N6TA 4GF8A 3VFJA 1EH3A 3A3UA 3QYTA 3KFMA 3N26A 2VD3A 3O28A 2HAUA 3TDJA 4OFOA 4XKPA 4EQ9A 4G68C 4KYSA 3TAJA 1D4NA 2NOOA 4OESA 2NUVA 3O66A 5L9OA 4GQOA 1ZMGA 4WEDA 3PPQA 3O9PA 2H99A 2RF1A 3MC2A 4GFRA 3S4UA 2GFEA 3T22A 4EF2A 3UIFA 1GTKA 4X9TA 3MWBA 3KG2A 3SEVA 3JV9A 4N13A 1LAFE 1NH8A 4JWOA 2UVGA 2BJJX 4R75A 1ZLQA 1VSOA 4GL8A 1JW1A 4NF5A 4NWCA 5EHMA 1O7TA 2I3VA 1R1NA 1B5HA 4Z7EA 1UTHA 2F6PA 3AXFA 4NF5B 4YKKA 3DP4A 1JEVA 1PC3A 2GRVA 2PVUA 3VDFA 5KDTA 5A5XB 1FTLA 3HSTA 2Q89A 1XOCA 3TFLA 1LBBA 4GXSB 4IO6A 2RC8A 3PV0E 1QUJA 5FTHA 1IXHA 2ESNA 5ICTA 5ITPA 1QULA 3RTFB 1IUDA 1N04A 3G7WA 3IO4A 1VFEA 1M5FA 3W9VA 1PB9A 4G4PA 5JK4A 5CBSA 3K2DA 3RNNA 2UVJA 1B7UA 3RY3A 1GGGA 3U8QA 1B4HA 3K6VA 4LATA 2XXHA 4Q0CA 3A09A 2R71A 3JZJA 4RK9A 3UA8A 1LFIA 1P99A 1FQAA 2RC7A 3K02A 4I8CA 4RPOA 4ZEFA 3TCFA 3WAFA 4ONYA 4THIA 4EDPA 5AA3A 2V25A 3E3KA 5L9SA 4TLMB 4YKIA 3IJXB 4ELPA 3BFTA 1LSTA 3RUMA 2UVHA 4IO5A 3VLWA 1QKBA 1JEUA 5IAIA 2QS3A 1TXFA 3H4ZA 4O3CA 3H6UA 2Y84A 2GH9A 5AA2D 2H9BA 3OMBA 4R6YA 3RN8A 2XD2A 3UGWA 5KDTB 1PDAA 1SDXA 3E4RA 1OLAA 1DOTA 3QUFA 4G77A 4OXVA 3T9HB 2I3WA 5H8FB 5K2YA 3VLVA 3EF7A 3O6HA 4N07A 3RT6B 4ZE9A 1MDP1 5CMBA 4QF9A 4U21A 1BP5A 1PBPA 4LZ7A 1B05A 2I4CA 5AA1A 1MH3A 4G8HA 2D3IA 3M3FA 4N6PA 3S9LC 2VHAA 1FCKA 2AL4A 2O1LA 3CG3A 1RKMA 3FJ7A 5I56A 1MXUA 1IIWA 4G8MA 1FTMA 1URSA 4TQUQ 1MH4A 1NNKA 4RA1A 3K1PA 1B0HA 3FJMA 4ZEBA 2DWHA 3RLFE 1N7XA 4DXCA 3S9MC 4KCCA 3MQ9A 1B5JA 3OO6A 2ONSA 1M5CA 2I4BA 4NWDA 2REJA 3MW0A 4F3PA 3T9XB 1MQGA 1MQHA 1H3DA 4H5GA 4RJZA 5H8NA 3V8XB 4R73A 3D4CA 5B70A 1L5TA 4L17A 3QSLA 3H3GA 3C31A 1Z7ME 3LC8A 4F3SA 1LB9A 1PB7A 3T93B 3JYRA 4GIZA 4RNSA 3IX1A 1NFTA 3LSXA 4YB6A 1RYOA 4QHQA 4ZEIA 4DDDA 4DZ1A 4YMBA 1B58A 1CB6A 1NL5A 5I2KB 4ZDMA 3KJ7A 1SYHA 4MLVA 1P1UA 1QVSA 1B7HA 4GRKA 3MJNA 1B3FA 3IAZA 4LUBA 1H43A 2PYYA 4OWDA 4E0WA 3O29A 5DTBA 2DE3A 1DSNA 3FUZA 1BTJA 1F9BA 1MY0A 5H8QA 3PD8A 3TTNA 1N84A 4BDOA 3H6WA 1LGBC 4RY1A 5H8NB 1OVBA 1Y1ZA 1POY1 4OYVA 5J1DA 4F18A 4UACA 3K00A 3FV2A 3GXAA 1SW1A 3PUYE 2DXYA 3ODBA 1FQCA 4OZ9A 5CMKA 3H06B 2Y7IA 3UN6A 3PPPA 4DXUA 3O6GA 4KYEA 1J1NA 3FASA 4JSOA 2ABHA 4YAHX 2HXWA 4AQ4A 3M8UA 4X1DA 3W15C 4JWXA 2Y7PA 4IO7A 4NTLA 4QSCA 4YKJA 5AA4B 2O6AA 5KCJB 1MM7A 2XXIA 2CMOA 2F7AA 2P1SA 2RKMA 1JW5A 4U2RA 1AMFA 3BKIB 3PMVA 2I58A 4GVOA 4DCYA 3KN7A 1B40A 1YPNA 3OELA 5FHOA 4X1BA 2X26A 3I5OA 4U1ZA 5EHSA 1EZOA 3THIA 2QL3A 4RYAA 4ZEKA 3G3JA 4JBZA 1OIBA 4F1YA 3MVYA 4PFTA 3Q26A 1ZTYA 4LVQA 1PEBA 2ZYOA 3DLNA 4QFKA 3TMGA 3FXQA 4BDMA 2OK2A 4O3BA 4YB5A 3IB1A 1EU8A 3FD3A 3QAXA 1FQBA 4NF8B 3T96B 3USDA 5ICQA 5K2XA 4MH5A 3BFUA 3OO8A 3G3IA 5CRYA 3TTRA 1ZIUA 3Q28A 3SERA 3W9WA 1NKXA 3TTMA 3I6VA 3RQTA 4ZECA 1OQHA 5H8FA 4YMAA 2I48A 2DE4A 2V3UA 3CVGA 4P11A 3MAMA 2Y7RA 5CI5A 4YU0A 2YJPA 5H8HB 5CBRA 1XVYA 1GVCA 2V3QA 4R74A 4U1OA 4XXUA 3N94A 3C33A 4PFUA 1A40A 5HBCA 2O7IA 4HS7A 2O69A 3ZKKA 1A8EA 3IO6A 4ELOA 2QJEA 3SKPA 4C1TA 5HPQA 3LR1A 1MQJA 1NNTA 3CIJA 3FZVA 4JDFA 4EXLA 1LCFA 2E0SA 4GXAA 4F3GA 3VV5A 1B3EA 3VLUA 2LAOA 3VVEA 4DXBA 5AE4A 3FVNA 4H8JA 4R6HA 4F29A 1B1XA 2Z8EA 3LSWA 2VP1A 3IOWA 1MY2A 3KJTA 1B9JA 1FW0A 2X7PA 4LZ8A 3K0VA 3G3KA 1SW4A 3C9HA 2XXQA 2ZXTA 1QW0A 1URDA 3H6VA 3KN8A 5DEXA 1B51A 4BDQA 3CFXA 3HV1A 5CM6A 4YKPA 3TQWA 3SDFA 2V3TA 2OJTA 2A5SA 2D21A 4PETA 1IXGA 3S9NC 2Z8FA 1UIVA 2XXVA 3LSFB 4U22A 1PB8A 4IO2A 4QFLA 5IKBA 1MG1A 1P1OA 4H1XA 4FEBA 3Q27A 5M2VA 2F97A 4I1DA 5BUUA 1I6AA 3TPAA 1QJMA 2DWAA 3K4UA 3O6IA 2FNCA 5LOMA 3FATA 1N76A 3OSQA 5HM4B 2OWTA 3EQ1A 1P1QA 1MY4A 1MDQA 3KOTA 5TPAA 3DP8A 2H4IA 4R9GA 4H6DA 1MPCA 1UTHB 2QMWA 1SVXB 2Q88A 4G68A 2I0CA 2ZYMA 4U4SA 4XKQA 5EYFA 3FIRA 1CE2A 3SETA 4OFJA 5TPAB 2HEUA 3K6UA 4BDRA 2I49A 1N7WA 3IOUA 4AB6A 4Q8RA 5CC2A 3MVZA 2YPNA 3SEYA 1IZ1A 2OZZA 5DVIA 1MXWA 2I6EA 2QMXA 3Q25A 1IXIA 3IOTA 1LAHE 3OO7A 3U1OA 3D4GA 3VVDA 1MY1A 2RINA 3RT8A 4F19A 4HCYA 3PMWA 1NMUA 4RK2A 1VFDA 1N0TA 2VOZA 3O97A 3TTLA 2F34A 1N3WA 2YLNA 3C4MA 2NWJA 1XC1A 3S9EA 4C1UA 4KD5A 1Z7NE 3I3VA 2OCUA 1B4ZA 2DP8A 2IEEA 1S9TA 3TZAA 1XHYA 4BDNA 4FAJA 1Y20A 1NNPA 2PT2A 3RGYA 3KSXA 1HSLA 3ZSFA 1FTJA 1DTGA 4KR5A 2RCAA 1FQFA 4FECA 2NVUB 3PMXA 3IK6B 1MQDA 3S2VA 3TODA 2I0BA 2NXOA 2PX1A 5AA4A 1NH7A 3N5LA 2O84X 4NEDA 3SEXA 2F36A 3PUVE 5F1QA 1MQIA 2B3BA 4FEDA 4HTGA 1JNFA 3L6GA 3OENA 4HCWA 4POWA 3RTWB 1B0LA 1TFDA 2P0SA 2QSXA 1MRPA 5A5XA 1MPBA 1T0KA 4OTEA 3CRBA 2E1SA 3MP8A 2WKYA 4ZS9A 1B46A 3IR1A 4K3FA 1H44A 1LAXA 4TOZA 2XXPA 2XXRA 2A5TA 2OWSA 1B3LA 5JTYA 3HHFA 3KOSA 2F78A 2Q9TA 3C36A 3G3GA 1MXVA 4FJPA 2P2AA 1Y4CA 3B6TA 3TUSA 2XXTA 5ITOA 1JVXA 3OEMA 1LFHA 4HW8A 1H76A 1ATGA 1OQGA 3HO7A 3TQLA 2O68A 4H5FA 2HZLA 3E13X 2HAVA 4X48A 1UIUA 5I2NB 1B1HA 3IOVA 4XIGQ 3ILUB 4DLDA 4DIGA 5I59A 3PPOA 4EXKA 3B7DA 3FVGA 2UXAA 2H5YA 2W7YA 1H45A 2Q8JA 3V5AA 1ANFA 4ZZAA 4POXA 1EZPA 1HSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EQAA 1BKAA 5L8DA 4FATA 5L9MA 1LB8A 4H8IA 4OHNA 4IY6A 1Y3QA 4OVRA 1SW2A 4F31B 4QSEA 3QIMA 5ISUA 1LLSA 5KZTA 3U72A 4PFBA 1M5EA 2R9JA 3LSLA 4XFEA 1LBXA 5KCJA 5DYHA 5I84A 1LBCA 2AIXA 3R7XA 1D9YA 3KC1A 3B6WA 4KCDA 4G2ZA 1MS7A 4NF6B 1A8FA 5DEXB 5EQ9A 4F22A 3IORA 1RDXA 1MXYA 3FXRA 2Q2CA 3ZKLA 4IGTA 4ESXA 2HFBA 3UK4A 2XWKA 2DOJA 3MP1A 3T9UA 1US4A 4N6KA 4EF1A 1A99A 3CI8A 4NE4A 2ZNTA 2FYIA 3V83A 4XTCQ 2QRYA 2XXXA 1FBEA 2XWIA 1LFGA 3PD9A 3SEWA 5BWJA 1MY3A 3HFUA 4I62A 3VE1B 1US5A 4GWZA 2QVRA 2F6GA 1HSEA 5B7DA 4ZEDA 2DE2A 4MX6A 5IZ3A 4KYDA 3NOHA 3G3HA 1JETA 4NF8A 3CSGA 2V84A 3ECRA 4OMBA 3B6QA 1II5A 2XD3A 1ZJLA 2O1MA 2A5TB 2XHDA 3KGCA 3ZS6A 1Y1MA 1K9ZA 2DYXA 3GBBA 4NN3A 3R6UA 1FJ9A 1UQWA 1LBYA 4GLIA 1FTOA 2XWOA 4E0XA 3FV1A 4WKMA 1B52A 4IO4A 3PGFA 4KI0E 3R26A 4N91A 1AOVA 3K6WA 4EUOA 1S7YA 2UYEA 1EZ9A 1B6HA 1FSAA 2ZZWA 3K1NA 4F2OA 1NUWA 4ELQA 2DWJA 1I6BA 4M1VA 5I57B 4F1VA 4FIMA 5CMCA 1AL3A 1VR5A 4OETA 1TFAA 3FVOA 1SI1A 1EH3A 4PAIA 3KFMA 2VD3A 4G68C 4KYSA 2NUVA 3O66A 3O9PA 1GTKA 1LAFE 1NH8A 2BJJX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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