4GLIA

Crystal structure of human smn yg-dimer
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITMLISWYMSGYHTGYYMGFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Sugar binding protein, splicing
source organism Escherichia coli
publication title The survival motor neuron protein forms soluble glycine zipper oligomers.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Survival motor neuron p
total genus 133
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA01
2ZYOA 3WAEA 3PUVE 3KN3A 5CBRA 2F78A 2I4CA 2ZNUA 1RYXA 1PC3A 2DP8A 4GOTA 4PQJA 5ITPA 4HS7A 4F3GA 3GBBA 1MXVA 3G3HA 3O6GA 3VLUA 4E0WA 3SETA 1B1HA 5BUUA 5KCJA 2REGA 3RUMA 5DYHA 3QIMA 1LAFE 1FTKA 2I6EA 3VDFA 1XC1A 2I4BA 3HSTA 1Z7ME 5ICTA 4YB5A 3N6UA 4WKMA 3A3CA 1IQ7A 1ZTYA 4EQ7A 4BLAA 3ZS6A 3R7XA 4UA8A 2IA4A 3OELA 2Q88A 4JSOA 5IKBA 2HAVA 1FQDA 5H8FB 3KSXA 5TP9A 1MXWA 4XTCQ 4QFLA 2I3WA 4IY6A 3TZAA 2X7QA 3O2AA 1DTGA 4R2BA 1BLFA 1MXYA 3KOSA 1XVXA 3QK6A 3TQLA 1XS5A 4H6DA 3QUJA 3C32A 3G3IA 3DM0A 5I2KB 4F18A 2DYXA 1B3GA 1JW4A 4ISUA 2XXXA 5ISUA 5HM4B 3C34A 2OBGA 1TFAA 4PFYA 4IO5A 2H5YA 2Z8EA 1A7LA 1QJMA 3PMXA 3PUXE 5F1QA 3TQWA 3PD9A 4MH5A 4KI0E 2V3TA 3V8XB 2ZNTA 2NXOA 3E13X 3I6VA 3MVWA 2O51A 1D9VA 2NVUB 5DTBA 1LFHA 2Q9TA 3IO4A 3C33A 4ZS9A 1M5DA 3E3KA 5I2NB 3RTFB 4BDRA 3CSGA 2CZLA 1OMPA 1Y3NA 4ELOA 2A5TA 1IITA 4QSEA 1Q1KA 2F6PA 1P1QA 5KDTA 1IEJA 5DT6A 4M4GA 1O64A 2QL3A 4KD5A 3TKDA 1B6HA 5EYFA 2D3IA 4NF5A 1MQIA 2AL5A 4X48A 3PUYE 3KBRA 1FTLA 1SQYA 4U21A 3W9WA 4OFOA 3K6XA 1P1OA 4BDQA 3SESA 2DWIA 1FTMA 4DZ1A 3FVNA 4QSDA 4MFIA 3TELA 4M1VA 5I84A 4G68B 3W9VA 4RYAA 1NNFA 2QPQA 5DEXA 1S7YA 1NFTA 3SEWA 1Z7NE 2IEEA 1O63A 3PPPA 3H4ZA 3KN8A 3EPEA 5DVFA 5AA4B 3LUYA 4ND9A 2PT2A 3BFUA 3OSQA 1XT8A 1QVSA 1JW5A 1LB8A 3KJ7A 3T96B 3OMBA 4MLQA 5I58A 2GFEA 3ECRA 1A54A 3VVEA 2H4IA 1NNKA 4KR5A 2ONKE 3V5AA 2ONRA 2X7PA 3EHUA 4F2OA 3SEYA 4Z7EA 4JB7A 4JWYA 2OZZA 3FXUA 2F35A 4U23A 4R9GA 1A55A 1SI0A 4ELQA 1MQJA 4Q0CA 1YAEA 4JWXA 1TXFA 1EH3A 1AL3A 3ODBA 1B3LA 4OVJA 3MUQA 1IXCA 2X26A 4NF6A 3LSXA 4PE5B 2THIA 5TPAA 4IY5A 5HBCA 1B5IA 3CVGA 4QFOA 2Q89A 5CMCA 1US4A 3HO7A 4N6PA 4NWCA 2P0SA 2DWJA 4Q5TA 3FATA 4YKJA 3E4RA 2HCAA 4OEVA 1NH7A 4H67A 3I5OA 4F19A 4NEDA 4NF8A 3RT6B 3S9EA 4AB5A 1EZOA 3IOTA 4G8MA 3HHFA 1URSA 4GLIA 4GXSB 3CFZA 3VXCA 3HN0A 2FYIA 3UORA 1MM7A 4DXUA 4ESXA 1B7HA 5I59A 2WKYA 4KPTA 1SW1A 3PUWE 4I9DA 1S9TA 4FATA 4DE8A 4EF1A 4YZZA 3BFTA 1ZLQA 1USYH 1ATGA 3N6TA 4FIMA 3IAZA 3FGSA 1FCKA 2NWJA 4EDPA 5CM6A 1T0KA 3OOAA 4YMBA 2O84X 2ZNSA 4F3SA 2XX9A 1I6AA 4X9TA 4NWDA 5I57B 2PT1A 5H8NA 2PYYA 3VV5A 2I48A 1SBPA 3HCQA 2NOOA 4OYVA 4XKRA 3T9XB 5CMBA 4G8NA 5CRYA 4P0GA 2QS1A 2XXYA 4WXJA 2F7CA 1MM6A 1DPPA 4R6KA 4E0XA 5H8HB 3RQTA 4N13A 3JZJA 3LC8A 4IO2A 3RT8A 1FTJA 2PMSA 1A8EA 3VE1B 3OEMA 4ZEIA 3RPWA 4LZ5A 3TTRA 5H8QA 3OENA 1VE4A 2FA7A 1NNPA 1GVCA 4GFRA 3N5LA 4DIGA 1B0HA 1Y1MA 2HQ0A 2LAOA 4IO3A 1JETA 1TT1A 1GR2A 3VLWA 3O66A 4U1OA 4OQOA 2H9BA 1B3EA 4YB6A 3H6VA 4EXKA 1S50A 2RKMA 3ONMA 4OFJA 3TUSA 2F7AA 3T9VA 1I6BA 2DSFA 3C31A 1JVXA 3UP9A 4H65A 4TOZA 2O68A 4K3FA 3PMWA 3EHSA 1SI1A 2HFBA 1MY2A 2YLNA 3MVYA 2H25A 2E0SA 3FV1A 3H6TA 1UQWA 3M3KA 4DCXA 2OWSA 3N94A 2REJA 4R72A 3G3FA 4U22A 3FXRA 4C0RA 2F8DA 3T9UA 3KZGA 1WDNA 3DP6A 3IL1B 3K02A 1MY4A 1OQHA 2QMXA 4EQ9A 2QS2A 2V3QA 4ELPA 5L8DA 4F1YA 2QSXA 3OO9A 5KCJB 4IO4A 3IJOB 3MVXA 4DXBA 4H0WA 1MY3A 3QSLA 1Y4CA 3EN3A 3CRBA 1IUDA 3CSBA 4GIZA 3CI8A 4PFUA 3MVZA 4TQUQ 2UVJA 1QULA 3C35A 2V93A 4FORA 3IB2A 4LA9A 3MC2A 4JWOA 4OWDA 3HPIA 5FHNA 3N26A 1VFEA 3WAFA 3D4GA 2P1SA 3IB1A 4RPNA 2GHBA 5TP9B 4GQOA 1B32A 4OESA 1B05A 1MS7A 4YAHX 1NL5A 2VOZA 5FTHA 1WODA 1Y20A 5TU0A 3DELB 5CMMA 1AIVA 1ANFA 2F34A 3G7WA 3UA8A 1MQDA 1MH4A 3ILTB 1AMFA 2XXTA 2Z22A 2QJEA 4G4PA 2VP1A 1JEUA 1H3DA 4GL0A 3DLNA 4JXIA 4YMAA 4PFTA 1B46A 1ZKBA 4Z0IA 4GWOA 1P1UA 3FVGA 1UTHA 4ZE8A 3S4UA 4RNSA 4IO7A 3TODA 3OEKA 1LBBA 4GVOA 4NMYA 3O6IA 1LAGE 1TFDA 1BTJA 4QSCA 4DXCA 3V83A 4U4SA 1IXGA 2ANJA 2QS4A 3O97A 4GD5A 1H45A 1FQFA 4R74A 1LLSA 1D3KA 5A5XB 4KYSA 1R9LA 3C4MA 1MXXA 1YTVA 4KCDA 4ZEBA 3CFXA 3ZKLA 1MDP1 3MAMA 4RJZA 4QF9A 5AA2A 1GGGA 5DVIA 3FVOA 4RPOA 5KDTB 5K2YA 4MBPA 3S9LC 1D9YA 4UACA 4Q30B 4OETA 1UTBA 3MZBA 3MW0A 1LCTA 4G68A 2Y7KA 2XD2A 1MXUA 3FV2A 3K1PA 4R9FA 3TAJA 4RA1A 2G29A 1WVJA 3KG2A 2DE2A 3IR1A 4LZ7A 5FTIA 3Q27A 3EHTA 3TPAA 4OTEA 3TTNA 4BDOA 3H6UA 4F3PA 4GRKA 1SD3A 4H8JA 3CG3A 5AA1A 1LSTA 2Y7PA 3UGWA 2Y84A 4BDLA 1Y3PA 1SW2A 4KYEA 2D5WA 3EF7A 3KSJA 1LGBC 5DEXB 4R2FA 3P7IA 2GHAA 1R9QA 3QAXA 4LQ2A 2ZYMA 3PPNA 1NKXA 2DVZA 3TMGA 4TLMB 2ZYNA 3K6WA 1MRPA 3KJTA 5I58B 3ILUB 3S9NC 3S2VA 4KCCA 3FJMA 3CIJA 2Y7IA 3FZVA 1Y9UA 1LBCA 1SVXB 3O29A 4U4XA 4NTLA 1H44A 4AQ4A 5ICQA 3M8UA 2DXYA 3RY3A 3FXQA 1ELJA 2B65A 2ALUA 5HPQA 4F1VA 3R6UA 3OSRA 1FTOA 5J1DA 2D21A 1IXIA 4OHNA 2DE3A 1PB9A 1DTZA 4IO6A 5ELVA 3PGFA 5JEIA 1CB6A 4LQ5A 3LSFB 4NF6B 4RK9A 5JTYA 3FASA 4RXLA 5TPAB 1P1WA 3K2DA 1JW1A 2VD2A 1LB9A 3MBPA 1EU8A 4G77A 4P11A 1A99A 4DCYA 1HSEA 1HSLA 1LAXA 3K6UA 1N3XA 3HHGA 1YCJA 3B6TA 1UIVA 1BP5A 4P0IA 4YKIA 3SKPA 4NF8B 1A40A 1MDQA 3TTMA 4KYDA 1PBPA 4FE8A 1B4HA 2A5SA 3ZKKA 3TTLA 2ABHA 4OMBA 3MWBA 3DP8A 5I59B 3THIA 3QUFA 2XXIA 1M5BA 3TCHA 1ZU0A 3GXAA 2I49A 1JVYA 1ZMGA 1IIWA 2VHAA 3TEPA 3IB0A 3SEVA 5BWJA 2UVGA 4R6HA 3MZ1A 3C9HA 2YJPA 2HAUA 1OVTA 3TCGA 3MPLA 5I56A 1B0LA 2XD3A 3RN8A 3LSLA 2XXUA 2BJJX 4FAJA 5M2VA 4ZECA 2QRYA 1MH3A 1MPCA 3FD3A 2OK2A 1QW0A 3K0VA 5JK4A 4IGTA 5H8NB 3VFJA 1IXHA 5CI5A 3CR9A 3IX1A 4F31B 2OCUA 4ZEDA 1PEBA 4F22A 2F97A 3T9HB 1FW0A 4LATA 4FEDA 2PX1A 3BKIB 2UVIA 2R71A 3CFLA 4ONYA 1N76A 1BKAA 1ZJLA 1Y1ZA 4OENA 4LUBA 5CMKA 3O6HA 1P99A 3LSWA 4NF4A 2ZMBA 1MPBA 1VR5A 2VGQA 2Z8DA 2O1MA 4OERA 1B9JA 2P2AA 4KFQA 1R1NA 3B6QA 4HW8A 1N84A 4U2RA 2XXPA 2ONSA 4PETA 2ESNA 3FIRA 5H8QB 1Y3QA 4BDMA 3Q26A 1J1NA 4OFLA 4G68C 2O69A 3RGYA 1N04A 2I0BA 4IGRA 4BDNA 3M3LA 3FUZA 1EZPA 3TTKA 4WEPA 1DPEA 3KOTA 1POTA 4R75A 3JYRA 4RY1A 1MQGA 1ZBMA 2XXHA 3EQ1A 1RYOA 4I8CA 3U94A 2O7IA 2QMWA 3H03A 3LBSA 1PDAA 1B40A 1B1XA 2NUVA 1VSOA 4H8IA 3KN7A 3UIFA 3H3GA 3H6WA 4YKPA 1USYE 3V89B 1OIBA 3JV9A 4XKPA 3O28A 5LOMA 1SW5A 4LZ8A 2KLFA 2RCBA 5H8FA 3TYHA 3MP6A 3OO6A 4YICA 2I3VA 2M8CA 3FJ7A 5AA3A 2UYEA 1B4ZA 2G93A 4IB2A 4LVQA 2H98A 2W7YA 1KWHA 2F6GA 1D4NA 3QYTA 2DVCA 1DSNA 1B52A 3R26A 2YPNA 3B7DA 1I6QA 3ZSFA 3H7MA 3U93A 3M3FA 5I2KA 1L5TA 3BBRA 3RLFE 4I62A 1GV8A 2PVUA 1DMBA 2DXRA 4EUOA 3S9MC 2Q2AA 3G3GA 3MP8A 4WEDA 1MXZA 2ZXTA 4KQPA 1R6ZA 1FQBA 1AOVA 3T22A 2RINA 1MG1A 4QFPA 2CMOA 2AYSA 1Y4TA 4R6YA 3OO8A 1SW4A 3QXMA 2Q2CA 1CE2A 2DQVA 3T93B 3IOWA 3VXBA 1LFGA 2F7BA 2DWAA 3PPQA 1I69A 3KFMA 2R6GE 5B70A 1B3HA 5I2NA 1B2HA 1VFDA 3DP4A 1M5CA 2UYFA 3K01A 4ECFA 1RKMA 2HZKA 3C36A 1LAHE 2HXWA 2DE4A 3VLVA 3Q28A 3SDFA 2VD3A 3KGCA 3Q25A 3PMVA 4F1UA 5A5XA 2XX7A 4X1DA 2V84A 2XXWA 2F36A 3O9PA 1JNFA 3Q29A 1UTHB 5L9OA 2RCAA 3IJXB 2XHDA 1XOCA 4G2ZA 4QFKA 1II5A 1POY1 1GTKA 1BIYA 1A8FA 1PB8A 5L9SA 5EHSA 3GBAA 2A5TB 1QKBA 3U8QA 4ZEKA 3USDA 2GH9A 4ZEFA 3TFLA 3TCFA 1N7XA 1JEVA 1IZ1A 1YPNA 4XIGQ 4XXUA 3UN6A 1Q35A 4H5GA 1ZIUA 3AXFA 4NF5B 2Q8JA 4FECA 2B3BA 2B3FA 3A09A 4XKQA 2FNCA 3U1OA 5AA2B 4R73A 5F7VA 3GZGA 3OXNA 5AA4A 4HCYA 3H06B 1US5A 5CC2A 1UTBB 1B7UA 2HEUA 2AIXA 3MP1A 2I58A 3UK4A 2Y7WA 3VVDA 5EHMA 3D4CA 3L6GA 1FQCA 2RF1A 3HV1A 1B51A 4MLVA 1P1NA 2QS3A 3K1NA 3U92A 5AA2D 4O3AA 2V25A 1QUIA 2ZYKA 1SYIA 4OEUA 3PU5A 4F2QA 4POXA 4L17A 1OLAA 1QUKA 4G8HA 3IOVA 3PD8A 4QHQA 4ZE9A 2E1SA 4ELRA 1B7ZA 1O7TA 4C1UA 1QUJA 4Q8RA 3PPOA 3MJNA 1FQAA 4GL8A 2OJTA 4LONB 4TLLB 2GRVA 2Z8FA 2UVHA 3L6HA 4EXLA 4YU0A 4HCWA 3IORA 4PP0A 1URGA 1OQGA 1EZ9A 4O3BA 4HTGA 4I1DA 3PUZE 4H5FA 4YB7A 3I3VA 1F9BA 4DLDA 1XVYA 4X1BA 2OWTA 2Z23A 4MF3A 4C1TA 2O1LA 3G3KA 3SEUA 5FHMA 5CBSA 3VVFA 2XXQA 5K2XA 3F11A 1SDXA 5B7DA 4O3CA 3PV0E 5AE4A 2XXVA 4EF2A 1M5FA 4FEBA 3SEXA 4ESWA 2PBWA 1H43A 5KZTA 3IK6B 1TWYA 5H8SA 3A3UA 2RC9A 5JTYB 3IO6A 2AL4A 4AB6A 5FHOA 4JDFA 2F5XA 3FJGA 4F29A 3K1MA 4OZ9A 4H1XA 4FJPA 1NH8A 4GXAA 2Y7RA 5I57A 1B58A 1UIUA 4XKNA 3K6VA 4LP2B 4JBZA 3W15C 4U1ZA 2DOJA 3TDJA 2DWHA 4F3BA 1OVBA 1MPDA 3LR1A 1N7WA 1PBQA 4ZDMA 1MY0A 5L9MA 4PFWA 4RK2A 3B6WA 5H8HA 1B3FA 1N0TA 3K00A 1B5HA 4POWA 4JSDA 2XX8A 4YKKA 5IAIA 4QFNA 1M5EA 2XXRA 3MZ9A 2O6AA 3K4UA 1NMUA 1LFIA 2HZLA 2RC7A 1B5JA 1N3WA 1H76A 5I56B 3OO7A 4N07A 3T66A 3GLBA 4GF8A 5DVJA 4OXVA 3KEIA 1URDA 4F39A 4ZZAA 1MQHA 3RNNA 2I0CA 4EQBA 4THIA 1XHYA 3MQ9A 1LCFA 4DDDA 1SYHA 3OD7A 1DOTA 1AH5A 1NNTA 1JQFA 3G3JA 1QKAA 3E9XA 2V3UA 3PPRA 3U72A 2UXAA 2RC8A 1PB7A 2DS9A 2OLBA 2O7UA 4NE4A 2H99A 4NF4B 4QRZA 3FVKA 3SERA 1FQEA 4ZZEA 3IOUA 2R9JA 3CG1A 1MY1A 5ITOA 1HSJA 3MPKA 4KHZE 3RTWB 1OLCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZYOA 1FPFA 3WAEA 3PUVE 3KN3A 5CBRA 2F78A 2I4CA 2ZNUA 1RYXA 1PC3A 2DP8A 4GOTA 4P1LA 1YYZA 4PQJA 5FBPA 5ITPA 4HS7A 4F3GA 3GBBA 1MXVA 4PTKA 3G3HA 3O6GA 3VLUA 4E0WA 3SETA 1B1HA 5BUUA 5KCJA 2REGA 3RUMA 5DYHA 3QIMA 1LAFE 1FTKA 2I6EA 3VDFA 1XC1A 2I4BA 3HSTA 1Z7ME 5ICTA 4YB5A 3N6UA 4WKMA 3A3CA 4XF5A 5ET5A 1IQ7A 1ZTYA 4EQ7A 4BLAA 3ZS6A 3R7XA 4NN3A 4UA8A 2IA4A 3OELA 2Q88A 1FBFA 4JSOA 5IKBA 2HAVA 1FQDA 5H8FB 3KSXA 5TP9A 1MXWA 4XTCQ 4QFLA 2I3WA 4IY6A 3TZAA 2X7QA 3O2AA 1DTGA 4R2BA 1BLFA 1MXYA 3KOSA 1KA0A 1XVXA 3QK6A 3TQLA 1XS5A 4H6DA 3QUJA 1NI9A 2XWIA 3C32A 3G3IA 3DM0A 2F3DA 4GX6A 5I2KB 3ROJA 5EYGA 4F18A 2DYXA 1B3GA 1JW4A 4ISUA 2XXXA 5ISUA 5HM4B 3C34A 2OBGA 1TFAA 4PFYA 4IO5A 2H5YA 2Z8EA 2FIEA 1A7LA 1QJMA 3PMXA 3PUXE 5F1QA 3TQWA 3PD9A 4MH5A 1RDXA 4O7MA 4JVIA 4KI0E 2V3TA 3V8XB 2ZNTA 2NXOA 1DCUA 2WX9A 3E13X 3I6VA 3MVWA 2O51A 1D9VA 2NVUB 4MAGA 5DTBA 1LFHA 5IM2A 2Q9TA 3IO4A 3C33A 4ZS9A 3CHGA 1M5DA 4P8BA 3E3KA 5I2NB 3RTFB 4BDRA 3CSGA 2CZLA 1OMPA 1Y3NA 4ELOA 1NUZA 2A5TA 1IITA 4QSEA 1YZ0A 4H45A 1Q1KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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