4GLIA

Crystal structure of human smn yg-dimer
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITMLISWYMSGYHTGYYMGFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The survival motor neuron protein forms soluble glycine zipper oligomers.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Survival motor neuron p
molecule tags Sugar binding protein, splicing
source organism Escherichia coli
total genus 133
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA01
4OMBA 2UVHA 1OVTA 1VE4A 2UVGA 1MXWA 1B3LA 4RK9A 3KN7A 3H6TA 4RA1A 4RK2A 2DVZA 1ATGA 2VGQA 3K6WA 5DYHA 3KG2A 2D5WA 4QSDA 2ZYMA 2F35A 2OWTA 3Q26A 4AQ4A 1MQGA 4DZ1A 4FAJA 2PX1A 3V83A 3B6TA 1I6AA 4DIGA 4YB5A 1FQAA 3T9UA 1MXXA 3FJMA 1H44A 5L9OA 4EF1A 1NNKA 4R6YA 2ONSA 1TFDA 2XXYA 2O69A 3TKDA 1HSJA 2DS9A 1LGBC 4EQBA 3RGYA 4F2OA 2VHAA 1N3WA 3K6VA 1B51A 4F1UA 3CI8A 1MY3A 1BIYA 3MBPA 4YAHX 4OFOA 3KSXA 4FORA 1D3KA 1LB9A 4AB6A 2HZKA 4POWA 4EDPA 4JXIA 2Z22A 2F78A 4RXLA 5AA2A 1XC1A 2RCBA 1R1NA 2OLBA 3PD8A 4ELRA 1ZKBA 4Q8RA 3M3LA 3OO9A 2F8DA 1AOVA 1MDQA 5ICTA 2GHBA 4ELOA 1L5TA 4EF2A 1UTBA 2P1SA 1QJMA 3PPNA 3ZKLA 1MDP1 1B3EA 4KCDA 5AA2B 5H8FA 4LONB 4OXVA 1P1QA 2CZLA 2H5YA 2AYSA 1LFGA 1NFTA 5F1QA 3MVWA 3N5LA 3T66A 2XXIA 1IIWA 1JVYA 3OENA 4DXBA 4R73A 5H8FB 3FVKA 3T9HB 4U22A 3S2VA 3K1NA 4DXCA 4G8HA 2RC7A 3VVDA 3FV2A 4X9TA 1AIVA 2AL5A 4OFJA 4KYDA 1JEUA 2ALUA 1FTMA 3PPOA 1LFIA 3FXRA 2DWJA 3HPIA 4F3SA 3MPKA 5CI5A 4XXUA 3OEMA 2XXRA 1WODA 1LLSA 1NL5A 4NWDA 1UIUA 2HFBA 4HTGA 5AA2D 3CRBA 3UGWA 3S9NC 1B5JA 3U72A 4H1XA 3GLBA 4FEBA 4ZEIA 2I58A 4X1DA 2UYFA 1B40A 4H8IA 2OZZA 3W9VA 3IB1A 4R2BA 5FTIA 4JSDA 5IKBA 2F6PA 3Q28A 4F29A 2A5SA 1SW5A 5EHSA 5TPAA 1DOTA 1URGA 1Q35A 2H9BA 4YKIA 1FTLA 1EH3A 1A55A 2XD3A 2VD3A 4Q5TA 2QPQA 1RKMA 2B65A 4IO7A 1EZOA 3C36A 3D4CA 1QVSA 2R6GE 4X48A 3KSJA 1MQDA 3PD9A 5KCJA 1AH5A 3HCQA 3IAZA 1J1NA 1FTOA 4R75A 4OEUA 1URDA 4XKPA 3SESA 3TQWA 2Q8JA 4YKPA 5I59B 2FNCA 3K1PA 5I2NA 3HV1A 3PUZE 1LAFE 4PETA 1GTKA 1BTJA 4ZE8A 2H4IA 5KCJB 2GFEA 1LB8A 4IO5A 1OIBA 2DXYA 3N6UA 3MVXA 4N6PA 5I2NB 3A3CA 4LATA 1PBPA 4JSOA 2F34A 4C0RA 2O6AA 4F39A 4OTEA 1IXIA 3IOUA 3IOTA 4P0GA 4H0WA 3QXMA 3P7IA 1MS7A 5ITOA 4RY1A 4MH5A 1MY1A 3T9VA 3S9LC 3TQLA 5L9SA 1DTGA 4LUBA 3TEPA 1GR2A 1B3HA 2VP1A 2X26A 3IOVA 2FA7A 4FE8A 1SQYA 5I2KA 1KWHA 4H5FA 2AIXA 1A54A 2DP8A 4NF8A 1SI1A 1O64A 4I62A 4DCXA 1FTKA 4KYEA 3I6VA 2Z23A 4KI0E 4E0WA 1S9TA 2Q9TA 4OWDA 5EYFA 3HHGA 4R74A 1PEBA 2W7YA 5I2KB 3MP6A 4PFTA 3IR1A 1QUIA 3FGSA 4NF8B 1N0TA 3PMWA 1DPPA 4KCCA 1ZU0A 1TFAA 3LR1A 3L6GA 4P0IA 3VFJA 1DTZA 4ZE9A 1MH3A 1Y4CA 3SETA 1Z7NE 4TLLB 2X7QA 4OEVA 1D9YA 5ITPA 3CFXA 3RLFE 3DELB 1A8EA 2IEEA 1P1WA 2V25A 3FATA 5K2XA 1IZ1A 4WEDA 2THIA 3FJ7A 3VXCA 3MAMA 4AB5A 3M3FA 5I56B 3T96B 1NMUA 3H7MA 4YMAA 4YICA 2Q89A 4BDRA 1JQFA 1PB7A 4G68C 3LUYA 4IO6A 2XXVA 3RNNA 3CG3A 5AA4A 2PVUA 1USYH 3E3KA 4O3CA 4PFYA 4BDNA 2V84A 3FVOA 1BKAA 2IA4A 3PU5A 5JEIA 1Y1ZA 3MQ9A 1MXUA 2CMOA 1A99A 1FQDA 5AA4B 1LAXA 3CG1A 2HZLA 4YB6A 4F3GA 3IJXB 1DMBA 2X7PA 1RYXA 1SVXB 2QSXA 1B32A 4GVOA 4PFWA 2Z8EA 2XX7A 3K0VA 4GWOA 3L6HA 3IJOB 4RNSA 1O63A 5TP9B 4L17A 3C33A 1POY1 3THIA 2ZYNA 4EUOA 2O7IA 3KN8A 2RKMA 4GD5A 1NNFA 4IO3A 4IO2A 4XTCQ 4DCYA 3GBBA 1I6QA 1Q1KA 3KN3A 3AXFA 3SEVA 1YTVA 4U4SA 3WAEA 3U1OA 3S9EA 1MM6A 1B52A 2PT2A 4NE4A 4FATA 5L8DA 2Q88A 4C1UA 3EHTA 4ZEDA 1MG1A 2OK2A 5B70A 1VFEA 1P1NA 3ZSFA 1P99A 3O29A 4LZ5A 2ONRA 2F6GA 2BJJX 3ILTB 3PUXE 1OQGA 1LBCA 4LVQA 2QL3A 3TCGA 1B9JA 4R6HA 1MPCA 1OLAA 5H8SA 1JVXA 3R6UA 4RJZA 4BLAA 2AL4A 3VLWA 2I4CA 3G3GA 4JBZA 2REJA 3T22A 3H6VA 3PPPA 2PMSA 3DP8A 4F18A 1AL3A 1UQWA 2F97A 1XVXA 5FHMA 4U21A 1NKXA 1D4NA 4HCWA 5AA3A 5HPQA 2LAOA 3ONMA 4OESA 3SEXA 2V3QA 4IY6A 4C1TA 2ESNA 2VD2A 4KQPA 2DXRA 4GXSB 3EN3A 2HAUA 3UIFA 3O97A 2DSFA 3FXQA 4U4XA 3FIRA 1ZJLA 1MQJA 1B05A 1SW4A 3VE1B 3RQTA 5DTBA 3EF7A 3T9XB 4F1VA 1XHYA 3ODBA 4LZ8A 4ESXA 4JWXA 1B0LA 4JDFA 3C34A 3RY3A 3OD7A 1S50A 1LCFA 1US5A 3WAFA 4U1ZA 3MZ1A 4QRZA 3KJTA 5DEXA 3C31A 1VSOA 4FJPA 4M1VA 1LAHE 3MPLA 5J1DA 1MM7A 5DVIA 1SDXA 3SEUA 5H8HA 3S4UA 2FYIA 3RUMA 1IUDA 3K1MA 5DEXB 3D4GA 1VR5A 4ZEKA 1FW0A 1B4ZA 1FQFA 4KHZE 3MVYA 5TU0A 3SEWA 3PUVE 3ILUB 1II5A 4IGRA 3E13X 5H8HB 4PP0A 4BDMA 3SERA 1NNPA 4DLDA 4QF9A 1M5DA 5H8NA 3K2DA 2XXUA 5JK4A 1GV8A 3FXUA 3TZAA 3I5OA 1MRPA 1MY2A 2G93A 3MP1A 3B6WA 4ZDMA 5H8NB 2RC9A 2RINA 3PUYE 5CBSA 5DVJA 4XKNA 5CMMA 3OEKA 1B3GA 3K6UA 2O1LA 4RPOA 4MFIA 2XX8A 1B4HA 1B7ZA 5CMKA 5K2YA 4TOZA 3OXNA 5H8QA 1URSA 3PV0E 3KBRA 4U23A 2R9JA 5I59A 1N84A 3DLNA 2V3TA 3O9PA 3IO6A 4GF8A 4MF3A 3HN0A 1Z7ME 4IB2A 3H06B 4ZEBA 4ND9A 1ANFA 2UXAA 5H8QB 4OETA 1B0HA 3VXBA 1H43A 1RYOA 1N7WA 3BFTA 3DP6A 3TYHA 3C4MA 2E1SA 3JYRA 1MH4A 4GIZA 2HQ0A 4MLVA 4RYAA 4U2RA 3MZBA 3RPWA 4O3AA 2A5TA 1QULA 4G4PA 2PYYA 1LFHA 1P1OA 3IK6B 3A09A 4OERA 3OSRA 4QFLA 1JW4A 4OVJA 2NWJA 4ECFA 4NF5A 3A3UA 2A5TB 5AE4A 3KFMA 1H3DA 3V89B 5A5XA 2I49A 4ESWA 4F1YA 4NWCA 3CFLA 2UVIA 3QSLA 1Y4TA 1POTA 3LSWA 1IXGA 4KR5A 1UIVA 1MXYA 1B3FA 4R9FA 4OYVA 4NF5B 3FJGA 1O7TA 3H4ZA 2PT1A 3W15C 3MC2A 4K3FA 5A5XB 5AA1A 4Z7EA 3R7XA 1IQ7A 4YZZA 4R6KA 1B6HA 2Y7PA 3MW0A 4NF6A 4YB7A 3MP8A 3E9XA 2Y84A 3TTNA 2REGA 4XKQA 5I58A 2ZMBA 1H76A 4IY5A 2B3BA 3BBRA 2OWSA 5CC2A 3KZGA 2I4BA 1QKBA 3SDFA 4NF6B 3CSGA 4LP2B 2V93A 5I58B 4PFUA 1WDNA 3O28A 1OMPA 3UN6A 5I56A 3OO6A 2UYEA 1B7UA 3MWBA 4PQJA 2PBWA 4N13A 4QHQA 1GVCA 4MBPA 3G3IA 2QRYA 4DXUA 1US4A 4WXJA 3O6IA 4KFQA 1A40A 4GFRA 3RTWB 1ZBMA 5HBCA 3FD3A 4GL0A 4H8JA 3ECRA 5CM6A 3SKPA 3U92A 3U93A 1XT8A 3KJ7A 3Q27A 1YCJA 4E0XA 5B7DA 3B7DA 2I6EA 1IEJA 1WVJA 2XHDA 3OSQA 1M5FA 4MLQA 3VVEA 4Q30B 5TP9A 4POXA 1S7YA 3W9WA 3UK4A 3Q25A 1B2HA 4THIA 4GRKA 1OVBA 3UP9A 5FHOA 3M8UA 4H6DA 2NUVA 3H03A 3BFUA 4GXAA 3LC8A 4UA8A 3QUFA 3TAJA 2V3UA 1HSLA 3O66A 4NEDA 4KYSA 1B5IA 4GQOA 4KD5A 4QSEA 1TT1A 4BDOA 2YJPA 3EPEA 4X1BA 2Y7IA 4F3PA 3PMXA 4R9GA 4F22A 1LSTA 1TXFA 2ABHA 2H98A 1CB6A 1D9VA 3K02A 3LSXA 2DWHA 2QS1A 3N6TA 1PBQA 1HSEA 1B58A 2E0SA 4U1OA 1OQHA 1IXCA 3F11A 1LCTA 2WKYA 4P11A 4YKKA 1Y3NA 1SYIA 2ZYOA 1R9QA 1IXHA 2F7AA 4ZEFA 4OHNA 1DPEA 4YU0A 4OZ9A 3K4UA 3HO7A 3C9HA 1XS5A 3HSTA 4ELQA 2RC8A 1FQBA 4JWOA 3TODA 1A7LA 3CSBA 1Y9UA 1YPNA 2OBGA 4LQ2A 3G3FA 1CE2A 4R72A 2DOJA 1EZ9A 3U8QA 3N26A 4RPNA 3EHUA 4F19A 3K01A 2XX9A 3KOSA 1YAEA 3OELA 5DVFA 3TDJA 3TMGA 1ZIUA 4ZS9A 1PDAA 3FVGA 3ZKKA 3EQ1A 4H67A 3S9MC 1QUKA 2I0BA 2GRVA 2RF1A 4I8CA 2ZNUA 1F9BA 3G3KA 4G68A 2NVUB 2QS3A 3QIMA 4PE5B 4FEDA 4LA9A 5EHMA 3T93B 3PPQA 4G8NA 3FASA 5BUUA 3UORA 5FTHA 3TPAA 2P2AA 2DVCA 3JZJA 1MQIA 2NXOA 1QW0A 3IOWA 3GBAA 5CMBA 3PMVA 3V5AA 3K00A 4G68B 3RT8A 4G2ZA 4UACA 4ISUA 4ZZAA 5ICQA 2I0CA 1N04A 2DWIA 3H6WA 1NNTA 4QSCA 2ONKE 2DQVA 2QMXA 4XKRA 3OMBA 2D3IA 1SW2A 1EZPA 1M5BA 1UTBB 3I3VA 2VOZA 3K6XA 4KPTA 4HS7A 3TCFA 2ZNSA 3QYTA 1T0KA 4ZZEA 4GL8A 2D21A 2ZNTA 3KEIA 2DWAA 1B7HA 2Y7KA 3EHSA 2F7BA 5F7VA 3QUJA 3VDFA 4ONYA 5BWJA 1SYHA 4O3BA 5ELVA 2F36A 1MY0A 3HHFA 2RCAA 3VLUA 3C35A 3N94A 3TFLA 4F2QA 1OLCA 2P0SA 2Z8DA 2O84X 2O68A 2Y7RA 3V8XB 1Y3PA 4QFPA 3DM0A 5I57A 2HEUA 2YPNA 2G29A 4H65A 4I1DA 1LAGE 1MXZA 3MZ9A 2DE3A 4OQOA 5DT6A 1XVYA 1Y20A 4M4GA 2B3FA 1MXVA 3FUZA 4G77A 1BP5A 2QJEA 5I57B 3GZGA 3TTRA 3VVFA 1MQHA 1MY4A 1DSNA 2UVJA 2QMWA 3TELA 5IAIA 4Z0IA 1ELJA 4IO4A 4OENA 2XXHA 3IORA 4BDLA 3H6UA 3PUWE 3O2AA 3USDA 1SBPA 5I84A 1ZTYA 4DE8A 2GH9A 3OO7A 3E4RA 1N3XA 1PB9A 1Y1MA 2M8CA 4ZECA 3TUSA 1B5HA 1JETA 3G3JA 1JW5A 5TPAB 4F3BA 3MJNA 4EXLA 1B46A 4WKMA 3PGFA 2XXXA 1NH7A 4BDQA 5L9MA 4GLIA 4QFOA 3R26A 2NOOA 4QFKA 4G8MA 5CRYA 2XXQA 1EU8A 4TQUQ 2H99A 1GGGA 3CVGA 3MVZA 4EXKA 3BKIB 4F31B 3OOAA 4TLMB 4QFNA 1JNFA 2O7UA 3IB2A 1FQCA 1P1UA 3IB0A 1PB8A 3B6QA 1VFDA 1NH8A 2QS4A 1QUJA 2I3WA 1FQEA 4OFLA 3KGCA 1R6ZA 2XD2A 3LSLA 2OJTA 2O51A 3H3GA 1JEVA 3CR9A 1R9LA 1ZLQA 1SI0A 5KDTA 1B1HA 1UTHA 1IITA 4NF4A 4I9DA 2QS2A 3U94A 2OCUA 4EQ9A 3IL1B 1LBBA 3RT6B 1H45A 2XXTA 3FVNA 2H25A 1XOCA 5KDTB 1UTHB 3Q29A 4R2FA 4N07A 1M5CA 4NF4B 3ZS6A 2I48A 3TTKA 3SEYA 5JTYA 2KLFA 1I69A 3CIJA 2DE4A 5ISUA 2HAVA 1TWYA 2XXPA 3TCHA 2Q2AA 3VV5A 4HW8A 4ELPA 2HCAA 3IX1A 4IGTA 2O1MA 3CFZA 4WEPA 5JTYB 3FV1A 5M2VA 2ZXTA 2DE2A 4NMYA 2XXWA 1A8FA 2GHAA 2Z8FA 3TTLA 3PPRA 4JWYA 2F7CA 5CMCA 4GOTA 4JB7A 4LZ7A 2ANJA 3GXAA 4YKJA 4FECA 1Y3QA 3G7WA 3C32A 3OO8A 1B1XA 2YLNA 5LOMA 3JV9A 1JW1A 3UA8A 4EQ7A 3G3HA 5HM4B 4FIMA 4NTLA 1MPBA 3RTFB 3M3KA 5CBRA 2Y7WA 1USYE 4LQ5A 2I3VA 4HCYA 3LSFB 2Q2CA 5KZTA 3KOTA 1PC3A 3DP4A 1BLFA 1N7XA 1ZMGA 3MUQA 1M5EA 2F5XA 1SW1A 3VLVA 3QAXA 3TTMA 1SD3A 4YMBA 4Q0CA 1N76A 5FHNA 3IO4A 4XIGQ 4H5GA 3RN8A 2R71A 3FZVA 1MPDA 3LBSA 1I6BA 3QK6A 2DYXA 2ZYKA 1FTJA 1AMFA 1FCKA 3O6HA 3O6GA 1QKAA 4DDDA 2HXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NV5A 4OMBA 2UVHA 1OVTA 1IMBA 1VE4A 2UVGA 1IMFA 1MXWA 1BK4A 1B3LA 4RK9A 3KN7A 3H6TA 1FPDA 4RA1A 4RK2A 2DVZA 1ATGA 4N91A 2VGQA 3K6WA 5DYHA 2ZZVA 3KG2A 4PE3A 2D5WA 4QSDA 2ZYMA 2F35A 2OWTA 3Q26A 1LBYA 4AQ4A 1MQGA 4DZ1A 4FAJA 2PX1A 4P8BA 3V83A 3B6TA 1I6AA 4DIGA 4OVSA 4YB5A 4XEQA 1FQAA 3T9UA 1MXXA 3ISPA 3FJMA 1H44A 5L9OA 4EF1A 1NNKA 4R6YA 2CEYA 1FBPA 2ONSA 1TFDA 5ET6A 2XXYA 2CZKA 4MIJA 2O69A 3TKDA 1HSJA 2DS9A 1LGBC 4EQBA 3RGYA 4F2OA 4GWWA 2VHAA 1N3WA 3K6VA 1B51A 1NI9A 1EYKA 4PAFA 4F1UA 3CI8A 1MY3A 1FJ6A 3U65A 1BIYA 3MBPA 4YAHX 2XA5A 3KSXA 4OFOA 4FORA 1D3KA 1LB9A 4AB6A 2HZKA 4POWA 4EDPA 4JXIA 4PAKA 2VPNA 2F78A 2Z22A 4RXLA 5AA2A 1XC1A 2RCBA 1R1NA 2OLBA 3PD8A 4ELRA 1IMDA 1ZKBA 4Q8RA 3M3LA 3OO9A 2F8DA 1AOVA 1MDQA 5ICTA 2GHBA 4ELOA 1L5TA 4EF2A 4P9KA 1UTBA 2P1SA 1QJMA 3PPNA 3ZKLA 1MDP1 2Q74A 1B3EA 4KCDA 5AA2B 5H8FA 4LONB 4OXVA 1P1QA 4MNCA 2CZLA 2H5YA 2AYSA 1LFGA 1NFTA 5F1QA 3MVWA 3N5LA 3T66A 2XXIA 1IIWA 1JVYA 3OENA 4DXBA 4R73A 5H8FB 3FVKA 3T9HB 4U22A 3S2VA 3K1NA 4DXCA 4G8HA 2RC7A 3VVDA 3FV2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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