4GLIA

Crystal structure of human smn yg-dimer
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITMLISWYMSGYHTGYYMGFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The survival motor neuron protein forms soluble glycine zipper oligomers.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein, splicing
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Survival motor neuron p
total genus 133
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gliA01
5H8NA 2ZNSA 2QJEA 4KHZE 2RC7A 2H25A 2QMXA 4BDOA 4ELPA 2DSFA 2Q9TA 3HHFA 1A99A 1MQHA 1MY1A 3G3GA 3O97A 4IO3A 1NNKA 1TT1A 1MRPA 5I57A 4QFNA 4LZ5A 4EQBA 1ZBMA 2O84X 4AQ4A 3TODA 3T9HB 1BP5A 2B65A 2XXRA 3IB2A 3S9MC 4E0XA 2OWTA 4MLVA 1JEUA 1OIBA 3RNNA 3SDFA 4LZ8A 4EQ9A 1O64A 1URDA 2GHBA 3GLBA 2IA4A 2QS2A 3C33A 4KCDA 2X7QA 3K4UA 1WODA 1AMFA 1LAHE 3UP9A 2WKYA 3A3UA 4IO2A 5CRYA 4ESXA 1SI1A 1IZ1A 1Q1KA 3EPEA 3FVOA 1JW4A 3CVGA 1KWHA 4PETA 2Z23A 4ELQA 4P0IA 3UIFA 3S9LC 4F3GA 3O6HA 2V3UA 3KSJA 5CC2A 1B40A 1A8EA 1PDAA 1SW2A 3RT6B 2XHDA 3CRBA 3K6UA 4IO5A 3UORA 4AB5A 1B6HA 2RCBA 2V25A 2ZNTA 2I0BA 3BBRA 3OENA 1NH7A 2PT2A 1PEBA 3MP1A 3QUFA 4U1OA 4YZZA 3B6QA 2G93A 4U21A 3C34A 1ZLQA 3K00A 1BIYA 1FTLA 2YJPA 1LB8A 2DXYA 4H5GA 4GXSB 1IXCA 5AA2D 4OZ9A 3MP6A 2R6GE 4LONB 4C0RA 3DLNA 3ONMA 3OO8A 1MPBA 2ABHA 4H1XA 4U4XA 2NWJA 2H4IA 3E9XA 3FD3A 1I6QA 3OO9A 1A8FA 1NL5A 1P1OA 1GVCA 1UTHA 1MXWA 1SQYA 3FV1A 3HN0A 1B1HA 3N6UA 4ZDMA 1N04A 3Q27A 4ZZAA 3S2VA 1OQGA 2DS9A 4BLAA 1SYIA 3LUYA 1VR5A 5IKBA 1SDXA 3IO4A 1A7LA 3RLFE 3IOUA 2QL3A 1GV8A 5K2YA 5HBCA 3CFXA 3SETA 1Y20A 2F97A 3VLWA 3S9EA 4ZEDA 4OVJA 3FXQA 2UYEA 3RTWB 4N6PA 1POY1 2DWHA 3OO6A 4G8HA 2OWSA 3IAZA 3P7IA 4H8IA 4Q30B 2NOOA 4RPOA 4U22A 1WVJA 2A5TB 2I3VA 2XD3A 2ZNUA 4WEDA 3V89B 4LP2B 2ONKE 3S4UA 4R9GA 4YMAA 5H8FA 4WXJA 3V5AA 4YICA 1URGA 2I3WA 4ZEIA 3UA8A 2F8DA 3G3FA 3O66A 1HSJA 2REGA 3MVWA 1B4HA 4R73A 5HM4B 3LR1A 4PE5B 3T96B 2AIXA 1P99A 2DE2A 1DPEA 2VD3A 2ZYOA 3KN7A 4R9FA 4QFKA 4GXAA 1MH4A 4MBPA 3TYHA 2NVUB 5I84A 5KCJA 4FE8A 4QSEA 4TQUQ 1Y1MA 1I6BA 1ZTYA 3EN3A 1B05A 4F3BA 4H5FA 2O51A 1OVTA 1QKBA 4DZ1A 4JB7A 2Z8DA 4H67A 1EH3A 1TFAA 3KZGA 5TP9B 4M1VA 2Q2AA 2LAOA 4U2RA 4X9TA 3C4MA 4LVQA 1SD3A 1Y1ZA 4QFOA 1YTVA 5FHOA 1A54A 1FQBA 1MM6A 3DP8A 2OK2A 2Q88A 3JV9A 3ODBA 3QXMA 3FXUA 4LQ2A 4MH5A 5I57B 3HV1A 4G8NA 1FQEA 2CMOA 3CIJA 4M4GA 3IB1A 4BDQA 2PMSA 4WKMA 1ZKBA 2B3BA 3PUWE 4TLMB 3TTKA 1LB9A 2R71A 4O3BA 3PMXA 3KOTA 2THIA 3IOWA 3PPNA 3C32A 3IX1A 1EZ9A 4Q5TA 1SW1A 5I59B 1DMBA 2HZLA 4GLIA 5KCJB 1AIVA 5L8DA 1Y9UA 3MPKA 3OOAA 4OWDA 3ZS6A 3B6WA 2HQ0A 4NF4A 3A09A 4I62A 1SBPA 3USDA 3TZAA 2M8CA 3KJ7A 2GH9A 1B52A 5AA4B 4KYEA 1SW4A 3IB0A 4Q0CA 5ITOA 3O28A 1B2HA 5I2KB 2F6GA 2F36A 1M5DA 5H8FB 3UN6A 5A5XA 1EU8A 3BFUA 2VHAA 3W15C 3KSXA 4NF5B 4ZEKA 1B3HA 1MS7A 4JSOA 5CI5A 2DYXA 4ZE9A 5IAIA 1MQJA 1F9BA 1USYE 1Z7ME 3IO6A 4QHQA 4R6KA 1SYHA 1NNTA 4R75A 4EXKA 3FATA 1H45A 1N0TA 2ONRA 4I8CA 2O1MA 1IXHA 2XX7A 1MH3A 2R9JA 4XKNA 3TCFA 4KFQA 3T9XB 1MQIA 2X7PA 3IL1B 5EHMA 3TQWA 3FIRA 2P0SA 3LC8A 2YLNA 2DP8A 2CZLA 5EHSA 5DT6A 4Z0IA 1P1WA 4ONYA 4EQ7A 5AA2B 5ICQA 4QFLA 3FUZA 3H03A 4JWYA 2QSXA 4NF8B 4F1VA 2XXPA 2XXHA 4TOZA 3TEPA 1MXUA 1CB6A 1VFEA 2E1SA 3EQ1A 4K3FA 4YKIA 1MY4A 1MXXA 1QUJA 1B3GA 2HAVA 2QPQA 3QSLA 2UYFA 4H65A 4OXVA 3F11A 3RPWA 1AH5A 5ELVA 2FNCA 1Z7NE 4R6HA 4EDPA 4F1UA 2V3QA 2Y7KA 4NMYA 1LSTA 1EZPA 4NWCA 5AA1A 3TQLA 2W7YA 2XXWA 1SVXB 2DWIA 3CG3A 4ECFA 1B0HA 4KYSA 3FVNA 1YPNA 3CFLA 2AYSA 5M2VA 1P1NA 4F29A 1H44A 4X48A 4MFIA 3CFZA 4QF9A 5I56A 1SW5A 5HPQA 3QUJA 4KR5A 4OMBA 1US5A 1YCJA 3KGCA 4GRKA 4YAHX 3C31A 3MW0A 3OD7A 3T9UA 3WAFA 4DDDA 1LFHA 4POWA 2ZYNA 4R2BA 3KG2A 4JBZA 1P1QA 2V3TA 3D4CA 1AL3A 4RXLA 2VP1A 1QKAA 1Y3NA 3DP4A 4GF8A 1DSNA 1DTGA 1JVXA 2PBWA 3GZGA 4G68B 4UA8A 4EUOA 5BUUA 4RA1A 5DEXB 4X1DA 3LBSA 3O6GA 1JQFA 4RY1A 3G3KA 5B7DA 5TPAA 3TFLA 4BDMA 5I2NA 2DE3A 1XVXA 1BLFA 2XXIA 2V93A 4I1DA 3TTMA 4R2FA 1B3LA 4ELOA 2Y7IA 4Q8RA 2Q2CA 1M5CA 3GBAA 4KQPA 3MPLA 1N76A 5DVIA 1B5HA 1ELJA 2HFBA 4PFUA 4FEBA 4JWXA 5B70A 3IJOB 1B9JA 3OSRA 4LUBA 5JK4A 2GFEA 1B1XA 1RKMA 3OEKA 1ZJLA 3PUVE 3K01A 3RQTA 3CSGA 3D4GA 4JDFA 3ECRA 4OQOA 3TTRA 3VVEA 5KDTA 5I58B 2F78A 3FXRA 3G7WA 3MUQA 3TUSA 2Y7RA 1LAGE 4R74A 4WEPA 1DTZA 1I6AA 1GR2A 3OSQA 2Q8JA 1XHYA 5H8QB 3DELB 1US4A 2DWAA 1CE2A 5F7VA 4PP0A 4FAJA 3MAMA 1S50A 2FYIA 2NUVA 3PMVA 2VOZA 5AA3A 3K1NA 1D9YA 2D21A 3LSXA 1L5TA 1ANFA 3VVFA 3TCHA 4Z7EA 5KDTB 3H6WA 1NKXA 3LSLA 1M5BA 5CMBA 4GL8A 5F1QA 4GOTA 1FQDA 1MPCA 1NNFA 1IUDA 4AB6A 4GQOA 5TU0A 1A40A 1LCTA 2F7BA 1IXIA 2XXVA 3OMBA 3V8XB 3JYRA 4NF6A 4QSDA 2ZYKA 5FHMA 3VLVA 2DVCA 3KBRA 1MY2A 4R6YA 3R26A 3UK4A 3VDFA 3TDJA 1PB7A 2QMWA 2F5XA 4FEDA 2Y7WA 4POXA 3LSFB 4PFWA 3R6UA 3U8QA 3TAJA 5DEXA 1FCKA 1XS5A 3ILTB 3HO7A 3JZJA 4BDRA 2F7AA 4YB5A 5ICTA 4ZECA 3C9HA 1FW0A 4G4PA 4MLQA 3W9WA 3CI8A 2I4CA 1R9LA 3B7DA 3FV2A 1IQ7A 3M8UA 1R1NA 3R7XA 2I48A 2ONSA 1N84A 3PMWA 3A3CA 1B58A 3H6VA 4C1UA 4P11A 1VE4A 1FQAA 4PQJA 4XIGQ 4NWDA 3SEXA 3TCGA 2ZYMA 3O2AA 1IXGA 1N3WA 2H5YA 3KOSA 3KJTA 1D9VA 4LQ5A 1LCFA 1M5EA 1USYH 4IGRA 4IO4A 5JEIA 3K1MA 1VSOA 1XC1A 2VD2A 4GWOA 2UVHA 3QIMA 3MBPA 1B0LA 3EHTA 4F19A 4X1BA 3VLUA 3FJMA 5FHNA 4G68C 3AXFA 4XKQA 2PVUA 2I6EA 1IEJA 3BKIB 2NXOA 3I5OA 2O68A 2I0CA 1PB9A 3N6TA 4E0WA 5CM6A 3OEMA 4LA9A 3TTNA 1MXYA 1NNPA 3Q29A 3HSTA 1ZIUA 3QAXA 4OESA 3T9VA 5I2NB 4RYAA 4DXBA 1NFTA 2D5WA 2DVZA 1B7ZA 1B7HA 1MXZA 2H99A 2RC8A 1UIUA 2UVGA 3DP6A 1JW1A 3QYTA 4FIMA 4OEVA 2XXUA 4F22A 2XD2A 2F7CA 4F39A 3K6WA 1N7WA 3HCQA 3KEIA 3MVXA 4YKKA 2OBGA 1LGBC 3TPAA 3WAEA 1QUKA 4YB7A 1LFIA 1SI0A 1MPDA 3M3FA 2BJJX 3VFJA 1FQCA 1B4ZA 3E4RA 4THIA 3MC2A 1DPPA 1MDQA 4F1YA 1AOVA 1OMPA 4XXUA 4IY5A 3PD9A 1MY0A 2F34A 4MF3A 3RUMA 2ESNA 4F3PA 4GVOA 3O6IA 1O63A 4KCCA 4XKPA 4YKPA 3S9NC 4ND9A 1GTKA 5CMMA 4ELRA 3G3HA 5L9SA 1H43A 3IORA 3N5LA 3GBBA 2RF1A 1NH8A 5JTYB 4F2QA 5ITPA 4ESWA 2OLBA 1ZU0A 1UTBA 2Y7PA 4F3SA 4FATA 1JEVA 4NEDA 3PPOA 1RYXA 3K6VA 3U1OA 3CR9A 3PPQA 3IR1A 4DXUA 5J1DA 4H6DA 1UTBB 2H9BA 3KN3A 3SERA 1LFGA 4HS7A 3HHGA 3K2DA 4ISUA 4RK9A 1IIWA 2Z8FA 4IY6A 3QK6A 1T0KA 3OELA 3T93B 3U72A 2Q89A 1R9QA 2B3FA 2Y84A 5H8QA 1MY3A 1PC3A 1XVYA 4JWOA 2O1LA 2ZXTA 3SEUA 3ZSFA 3PD8A 5H8HB 4P0GA 4KI0E 2XX9A 1MG1A 1ZMGA 2VGQA 3MJNA 3O9PA 2QS3A 1QJMA 3ILUB 1H3DA 1XOCA 3MZ9A 4O3CA 1B5JA 4UACA 2HZKA 3GXAA 3FJ7A 4KYDA 2ALUA 4OFJA 3FASA 3KN8A 2OZZA 3RT8A 2ANJA 4NE4A 4OTEA 3TELA 3SKPA 1JETA 3VV5A 2HXWA 1QULA 2X26A 3BFTA 1LAXA 3H7MA 1S9TA 4RPNA 1XT8A 1JVYA 3V83A 3RTFB 4F2OA 1PBQA 4NF6B 4ZEFA 3PUZE 3MZ1A 3PUXE 3SESA 3MVYA 5BWJA 2I49A 1MDP1 4RJZA 2XXXA 4PFYA 5AA4A 2E0SA 1D4NA 1HSEA 3M3LA 4YB6A 3PPRA 4OYVA 3THIA 4EF1A 2ZMBA 3FZVA 5I58A 3M3KA 5L9MA 3VXCA 1LLSA 1H76A 4YU0A 3LSWA 4N13A 3DM0A 1PBPA 5EYFA 1DOTA 2G29A 2PYYA 1FTMA 1OLCA 1YAEA 3K6XA 3L6GA 3MP8A 1FTKA 2FA7A 3Q26A 5I56B 4U23A 4RNSA 2O69A 4EF2A 2D3IA 1I69A 3T22A 4OENA 4QSCA 2F35A 3U92A 3N94A 2RC9A 3IJXB 4OERA 2A5SA 3RY3A 4H0WA 3TKDA 3I6VA 3IOVA 5K2XA 1B32A 1B7UA 5DVFA 4DCYA 4EXLA 1MQGA 5FTHA 2Z22A 5CBSA 4DCXA 4XKRA 1O7TA 3K1PA 4OFOA 4PFTA 4ZE8A 5L9OA 1UIVA 1Y3PA 3E13X 1QUIA 1S7YA 2PT1A 4O3AA 4BDNA 4NF8A 4F31B 3H3GA 3PV0E 2QS1A 3SEWA 3VE1B 1II5A 4NF5A 1RYOA 5AA2A 2UXAA 3C36A 3FVGA 3PPPA 3MZBA 4HW8A 1ATGA 3PU5A 4KPTA 1N7XA 4DXCA 2I58A 4GL0A 3SEYA 1Q35A 1Y4TA 4FORA 4G68A 4HCYA 4R72A 3RN8A 3MQ9A 4C1TA 2V84A 2F6PA 2KLFA 1QW0A 4OFLA 3ZKLA 1EZOA 2HCAA 2RCAA 3ZKKA 3RGYA 4DLDA 3H6UA 3IOTA 2UVJA 4G8MA 1B3EA 1B3FA 1URSA 2OCUA 4GD5A 4IO7A 4XTCQ 1A55A 2A5TA 4N07A 5DVJA 1TWYA 2GHAA 4QRZA 4ZS9A 3UGWA 4FJPA 5H8HA 4RK2A 2I4BA 1B51A 1JW5A 2HAUA 4LATA 2XXTA 3H6TA 3W9VA 2O7IA 5CMKA 3O29A 3G3JA 3TMGA 4GFRA 2RINA 1TXFA 5FTIA 3U93A 1LBBA 3PGFA 3IK6B 4IGTA 3E3KA 4HCWA 5KZTA 1HSLA 4BDLA 1OQHA 4H8JA 4FECA 1MXVA 3K02A 1B46A 3HPIA 3H4ZA 4GIZA 1Y4CA 3B6TA 4G77A 2DXRA 3N26A 1B5IA 1LBCA 1NMUA 3K0VA 1JNFA 3CG1A 2YPNA 1M5FA 1R6ZA 5AE4A 2HEUA 5CBRA 2DWJA 1WDNA 1Y3QA 1D3KA 3MVZA 3SEVA 5H8NB 3KFMA 4U1ZA 3FGSA 3FVKA 3OXNA 4OEUA 5H8SA 4ZZEA 1GGGA 5TPAB 4JXIA 5CMCA 5A5XB 1N3XA 2RKMA 3Q28A 4NTLA 4U4SA 3EF7A 3EHSA 3EHUA 1BTJA 3L6HA 1MQDA 1TFDA 2QS4A 2O7UA 2UVIA 4JSDA 4QFPA 2XXYA 5LOMA 4ZEBA 5ISUA 3T66A 1J1NA 2DOJA 2PX1A 3Q25A 4TLLB 3OO7A 1FTJA 2AL4A 1PB8A 3TTLA 1IITA 4DIGA 3VXBA 3H06B 1FQFA 2DE4A 2P2AA 1POTA 2P1SA 1OVBA 4L17A 5JTYA 4IB2A 1MM7A 1LAFE 1P1UA 4YKJA 4YMBA 1UQWA 4F18A 5I2KA 2OJTA 2XXQA 2DQVA 3MWBA 1QVSA 2Z8EA 3PUYE 4HTGA 4OHNA 4DE8A 1VFDA 2REJA 3FJGA 1BKAA 3U94A 2AL5A 3VVDA 2QRYA 4NF4B 2GRVA 2O6AA 1FTOA 3CSBA 4LZ7A 5DTBA 4OETA 2H98A 2XX8A 4G2ZA 3I3VA 2IEEA 4KD5A 5DYHA 5TP9A 1UTHB 5I59A 3C35A 1OLAA 4IO6A 4I9DA 3G3IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHZE 2H25A 2Q9TA 3HHFA 3O97A 5EQ7A 1TT1A 3FXBA 1ZBMA 2WEFA 1IMAA 4AQ4A 2XXRA 1OIBA 3RNNA 1URDA 2GHBA 2IA4A 2X7QA 2XWOA 3UP9A 1KWHA 4PETA 3O6HA 3KSJA 1B40A 2BJIA 4U1OA 3C34A 2YJPA 4GXSB 5AA2D 4LONB 2WX9A 3ONMA 4U4XA 2NWJA 2H4IA 3E9XA 3FD3A 3OO9A 1UTHA 3HN0A 3S2VA 4ZZAA 3LUYA 5IKBA 1SDXA 1IMCA 3RLFE 3IOUA 5J16A 3SETA 3FXQA 3V89B 1WVJA 2A5TB 2I3VA 2XD3A 2ZNUA 4R9GA 4WXJA 2I3WA 2F8DA 3O66A 3LR1A 4PE5B 5EYGA 4QFKA 2XWVA 4MBPA 1Y1MA 3EN3A 1B05A 4DZ1A 4I3EA 4H67A 3KZGA 4M1VA 4U2RA 4X9TA 1IMBA 1MM6A 2Q88A 3JV9A 2PFZA 3FXUA 3HV1A 3IB1A 3TTKA 4O3BA 5H8HB 4FBPA 5I59B 5L8DA 4QBAA 4I62A 1SBPA 1G0IA 1SW4A 5A5XA 4ZE9A 5CI5A 5IAIA 1MQJA 1F9BA 1USYE 4EXKA 1NNTA 4R75A 2O1MA 1FPBA 4KFQA 1NI9A 5EHMA 2FIXA 4HE1A 2CZLA 1P1WA 4LN5A 3H03A 2QSXA 2XXHA 1MXUA 1VFEA 2HAVA 3F11A 4EDPA 1Z7NE 2JJKA 2Y7KA 1LSTA 2XXWA 2DWIA 4KYSA 4F29A 4QF9A 1SW5A 3KC0A 4GRKA 3KGCA 4HE2A 3WAFA 4JBZA 4RXLA 2VP1A 1Y3NA 2WYPA 4GF8A 1JVXA 4UA8A 4NG7A 3LBSA 5B7DA 5A5LA 4BDMA 1XVXA 1BLFA 4I1DA 3TTMA 1M5CA 4KQPA 3MPLA 1N76A 5DVIA 2HFBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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