4GLVA

Obody am3l09 bound to hen egg-white lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/de novo protein
molecule keywords Lysozyme C
publication title Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrobaculum aerophilum
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4glvA00
4G4CA 2ZWBA 4R0FA 2CDSA 4N9RA 2ZNXY 4XJFA 1B7RA 3WYHA 1FLQA 2HEBA 3WVXA 1IVMA 4IATA 4H9BA 1TAYA 1GWDA 1GAYA 1NHEA 5I4XA 1IO5A 2DQEY 1T3PA 1GAZA 1J1PY 4DWXA 1B5YA 5B59A 3A34A 1FDLY 1XGTC 1LSMA 4HJZA 4QEQA 4DDCA 4YEMA 1JIYA 5LYMA 1CJ9A 194LA 3HBDA 4XJGA 1IP4A 1IWZA 4X3BA 2ZYCA 1VFBC 5C6LA 4CGEA 1QDRA 1NDGC 4UWNA 2GV0A 3W6FA 4A7DA 4NSGA 4WM1A 1N4FA 1IOTA 1I56A 1LMCA 1WTNA 4NEBA 3WH1A 4KXIA 2DQIY 1LZTA 4ANRA 2WARA 1LZ8A 2BQBA 2F4AA 1HEWA 1YIKA 2ZQ4A 2EIZC 2BQNA 4KL7A 1C10A 1DZBX 5DN5A 4ZIXA 1KIRC 4IJ4A 2AUBA 1GBSA 1JISA 4BS7A 4GCCA 4DYGA 1LZSA 1GBOA 1LTMA 1RI8B 1ZVYB 4NGZA 1HSWA 2IFFY 3TXIA 1PZYA 2F2NA 2Q0MX 1IC7Y 4ZFPA 1F6SA 3WW5A 2Z18A 3TXBA 1DKKA 4LYTA 1UC0A 1XEKA 1GFKA 2YDGA 5I53A 1KIPC 2MEFA 5A3ZA 1LHHA 3A96A 1LZ4A 2LYZA 4J7VA 3AZ6A 5I54A 1LSBA 4G9SA 1GFAA 4RW1A 4GN3A 2BQHA 1LAAA 3ATNA 9LYZA 4TX7A 4FDYA 2MEAA 1YAMA 1HEMA 4UWVA 5IHGA 1DI4A 1QSWA 1YKXX 1LSCA 1OUEA 1IR8A 2HEAA 3M3UA 4LT1A 1WQPA 2C8OA 4WG1A 1IOQA 1D0LA 1HNLA 2N5ZA 1UIAA 1OUDA 3QY4A 4ETEA 1LMAA 3D9AC 4MSTA 2LZTA 1KXYA 3OJPA 2D4IA 2MECA 2BQGA 2BQKA 2D91A 1KXWA 2BAAA 4LGKA 2Z39A 2BQJA 2XJWA 1GBYA 3TMXA 5FSTA 5L9JA 1TEWA 5LINA 1BB7A 1IWVA 1VDQA 1HMLA 4HV2A 4W96A 2YVBA 4U3XB 2YBNA 5FEKA 4ETDA 1I20A 2IHLA 1GF5A 3TMUA 3P68A 1OP9B 3N9CA 1GBZA 1GB6A 2H9KA 1LHKA 4YM8A 2MEIA 1YQVY 4LYOA 5J7CA 4DD3A 1P2CC 1LZYA 1GFVA 1VATA 3CT0A 3F6ZA 4MR1A 5KXXA 1QTKA 3J6KA 1HMKA 1AKIA 1GDWA 2I26L 3B0OA 3TXEA 1B0DA 5LVHA 5LVJA 3AYQA 5IELA 1GBXA 4B1AA 3AW7A 3AJNA 5HNLA 4PPOA 1LSFA 4NWEA 4XADA 4HP0A 5D5FA 1GE4A 4DDAA 2ZIJA 1B7OA 1OUGA 1GFRA 3AB6A 2BQLA 4YENA 5HQ1A 1BHZA 3P4ZA 4MCKA 5KY1A 1LHLA 2XBRA 2VB1A 5HMJA 1YKYX 3W6CA 5I5QA 3OK0A 3A6CY 3IJVA 4G49A 1FKVA 8LYZA 2LYMA 1MELL 4J1AA 3VWOA 4BAPA 4H8XA 3CT5A 5I4YA 2X0AA 1LJHA 1LKSA 2Y8PA 4H91A 1JKCA 5LVKA 1GFHA 2Z37A 2A7DA 1LMQA 2A7FA 1UIFA 4R6CA 4RLNA 1LYZA 4WLTA 4RDSA 4ETAA 1O23A 1BWJA 1LPIA 2C8PA 3D3DA 1JJ3A 2ZILA 1JSEA 4C5FA 1GFEA 1YILA 2Z38A 3ZVQB 5LVGA 1XGRC 4IASA 2Z2FA 4ML7A 5KXYA 3TXKA 1GF9A 1YL0X 4QY9A 2YSSC 1D0KA 1EL1A 1IP2A 3TXHA 5LAGA 1FLYA 1B5UA 5KXKA 1F0WA 1IWUA 1DI5A 4H9FA 3QNGA 1C46A 1HFYA 3G3AB 3RZ4A 1LYOA 1B7SA 2DQAA 2HU1A 1QDTA 5M1YA 5LYZA 4WL7A 3WUAA 1GFGA 4G4HA 1XFPL 3GXKA 4NG8A 3T36A 5KXTA 3TXFA 1FN5A 4DT3A 4GLAA 1IWYA 4NSHA 5F9UA 5HLLA 3WULA 5APDA 1FLWA 1HEPA 3IJUA 4H90A 4WG7A 3A8ZA 5KXZA 1YL1X 3RT5X 5T3FA 4GCEA 2MEDA 4B49A 5FCPA 4WM3A 1LJIA 4G4BA 1BB6A 1F10A 1GE3A 4H8YA 3TMWA 1PS5A 2G4NA 3HBHA 4Z46A 3MGWA 1LSZA 6LYZA 1G7JC 2BQIA 4NGJA 4H9CA 1AZFA 3LZ2A 1WVVA 1IP6A 2YBJA 4B0DA 2HEFA 5B1FA 1IC4Y 4ETBA 1IWWA 1B7LA 3KAMA 4GN4A 5KJ9A 4N1CC 1WQQA 4WO9A 2H9JA 4O34A 1HSXA 4N1EI 3A90A 3LZTA 4LYZA 1ALCA 4OWBA 5II3A 1GF7A 5I4WA 3QE8A 4ZEEA 3GXRA 4CFPA 3AW6A 3WXTA 1ZVHL 1LZ6A 1LSEA 5ILFA 1C43A 3RW8A 3WPLA 3LYTA 1LYSA 1GPQC 1OUJA 5JENB 3G3BB 2DQHY 1OUFA 1JUGA 1D0MA 1QTEA 4BADA 1V7TA 1YROA 4YEOA 4PHIA 3WXUA 1UIHA 4N0JA 2DQJY 3EXDA 1OUBA 4XJDA 1GFJA 5F9XA 3ULRA 1XSFA 3P65A 3W6EA 5AMYA 4II8A 4NGYA 4QDNA 1IWXA 3B0KA 1GE0A 1LSAA 2DKVA 5FHWA 4RLMA 1GD6A 3HBEX 4RW2A 3W6BA 1CKGA 1RCMA 3M18B 1GBWA 3W6AA 1Z55A 2BQFA 1QUTA 1HHLA 1GXXA 1LHMA 1LJ3A 4YOPA 4AXTA 4BAFA 2YBMA 1AT6A 5KXLA 5HMVA 1JHLA 4HJYA 1REYA 3RU5A 1KIQC 3CT1A 1NKHA 5E4PA 1IP3A 4EMNA 1WQOA 4Z41A 1CJ6A 1CKDA 1D6PA 1WVUA 1IOCA 1UIGA 4WO6A 132LA 1WQNA 5D5CA 1HC0A 2DQGY 133LA 3EBAB 3TXDA 2BQOA 2YBIA 3HFMY 5DLAA 4H9HA 1LJFA 4NWHA 1EQEA 1BWHA 1GFUA 2DQDY 2FYCA 1GF6A 1GE1A 1GE2A 3AZ5A 4OWEA 1REMA 4WL6A 4WM5A 3T6UA 5B05A 1CKCA 2BQDA 3A91A 4DD1A 5L3IA 1B5VA 4I0CA 1JKBA 1LSPA 2EPEA 3A92A 2CGIA 4WM2A 4GN5C 4OWCA 2W1LA 3AZ4A 1IEEA 1JJ0A 1IC5Y 1YAQA 2EKSC 4Z3MA 4TSBA 5LIOA 5FELA 5FDJA 1D9UA 4WLXA 2W1XA 4D9ZA 1BWIA 1YAPA 5KXRA 5C6JA 2D4JA 4FJRA 4KPMA 4NGIA 1C08C 1LZCA 4WM4A 4UWUA 1LSNA 3ZEKA 3A6BY 1RFPA 1GB8A 1OUIA 1VDTA 1WTMA 4DD9A 3WMKA 2HECA 1LZ1A 2ZYPA 3P66A 5DN4A 3A67Y 1DI3A 4J0LA 1REZA 1C7PA 1OUAA 1GB0A 1J1OY 4B4EA 135LA 1HELA 1B7QA 4J1BA 1GB7A 1LJ4A 2FBBA 4OWAA 3CSZA 2LHMA 2ZNWY 2W1MA 2YBHA 1XGPC 3CSRA 1GF4A 4HSFA 1JPOA 4CJ2A 1AT5A 4LFXA 1UUZC 1IP1A 1MLCE 3E3DA 2W1YA 4XENA 2MEHA 1GF3A 1OQMA 4W94A 2I25L 1JJ1A 3N9AA 4HV1A 1I1ZA 5ILCA 4B4IA 2BQMA 1IR9A 2HEEA 4WM6A 3BKVA 1INUA 1J1XY 3WPJA 1NF5A 1IY4A 1GHLA 3TMVA 1UA6Y 4NSJA 4B4JA 4WLDA 3W3EA 1IOSA 4NGLA 1CKFA 4NGWA 1XGUC 1IX0A 4M4OA 1HFXA 1B2KA 4QGZA 1LMTA 2EQLA 5DL9A 1UIEA 5C6IA 1B7MA 1LZBA 3LHMA 1DXJA 1LSGA 4NFVA 2BQAA 4LFPA 4C3WA 2LYOA 5LVIA 4M6DA 3WPKA 1IP5A 3AGHA 4NSIA 1GFTA 1QQYA 2MEBA 4XJIA 4LT3A 3B72A 3WU9A 1GB3A 3LYMA 4Z98A 4HPEA 1LZNA 5E9RA 3WW6A 3WVYA 1LZGA 4TWSA 1NQIA 1LJEA 1LOZA 1REXA 1UCOA 1GEVA 1GDXA 4DC4A 1LCNA 1NMMA 1UIBA 3CSQA 4LZTA 1W08A 4PRQA 1EQ4A 1DQJC 4H9IA 4TUNA 5KXWA 4GLVA 1DKJA 1ZMYL 1HERA 4WOAA 4XN6A 4NY5A 1GEZA 4NGOA 1ZV5L 1VAUA 2G4PA 1LZ9A 2DQFC 2ZQ3A 4HTNA 1B5ZA 3K3TA 4P2EA 5KXPA 4CHXA 2B5ZA 208LA 4HPIA 1JTPL 1LHJA 3N9EA 193LA 1XGQC 4WMGA 1LZDA 5A3EA 5KXOA 1BQLY 1BVKC 4NHPA 3WUMA 2NWDX 2YBLA 3AGIA 1A2YC 4H9EA 5LA8A 4ET8A 1LKRA 4OOTA 1HF4A 1IWTA 1JKDA 1QSAA 1HEQA 1VEDA 2XBSA 1LYYA 1BB4A 4NHTA 4OOOA 1A4VA 4CFOA 2FYDA 3EO5A 1SLYA 2CWIA 4LT2A 1IORA 1FBIX 154LA 1E8LA 1JTOL 2RSCA 3B0IA 4GCBA 1IP7A 6LYTA 1XEIA 2XTHA 3A95A 1TCYA 4H94A 3CB7A 1IY3A 4DD2A 1LMNA 5KKIA 1RE2A 4TSCA 1VDPA 1G7LC 1NBZC 2BLYA 4H8ZA 1NBYC 1BGIA 2DQCY 1LZ5A 1WQMA 3LYZA 1JSFA 4OWHA 4AGAA 4NGVA 1LMOA 3AZ7A 2PC2A 4H1PA 1YKZX 1W6ZA 1QUSA 4LT0A 3BKHA 5EBHA 5HNCA 3SP3A 2CJLA 1GF8A 5B07A 3TXGA 1C45A 4N5RA 1GB2A 4GCDA 3RNXA 3P64A 5KXSA 2Z2EA 1UBZA 1VDSA 3B6LA 1OUCA 2I6ZA 5APFA 1LSYA 207LA 5F14A 1AM7A 1IIZA 1V7SA 1LZAA 4H93A 1B5WA 4E3UA 1KXXA 2MEGA 1DPXA 1GB5A 4WLYA 4PGJB 1G7HC 5APEA 1BVXA 1LZRA 2DBTA 1BB5A 4XYYA 3FI7A 2HUBA 4PRUA 1CKHA 1B5XA 4NGKA 1T6VL 5KXNA 4PJ2C 3A93A 4H9AA 4NHQA 3WU8A 1LSDA 1B7NA 5B1GA 1LJKA 5K7OA 1GXV2 1RJCB 1B9OA 1UACY 2HTXA 2LZ2A 5LXWA 1TBYA 1JTTL 2F4GA 5KXMA 1BB3A 2BLXA 2HEDA 4NG1A 2G4QA 5LA5A 2Z12A 1YAOA 1LMPA 1TDYA 1JITA 1DPWA 1FLUA 1XEJA 4HTQA 3WU7A 3EMSA 1F6RA 3TXJA 4YF2A 1G7IC 3WUNA 134LA 1LJNA 5B06A 3WL2A 5KKJA 3A3QA 1HEOA 4NHIA 1SQ2L 1D6QA 5LYTA 1HENA 4N8ZA 3W6DA 1WQRA 2BPUA 5LAFA 1FKQA 1UIDA 2MEEA 1GB9A 4GCFA 3A94A 4HTKA 4DDBA 1CJ8A 1LZEA 3LYOA 5APCA 3FE0A 5F16A 4ETCA 3IWRA 1EQ5A 2D4KA 1LJGA 4ET9A 5L3HA 1OUHA 4TTDA 1LJJA 4EOFA 1G7MC 1HFZA 3AGGG 4H92A 4KT3A 1GF0A 1JWRA 4NHSA 3ZVQA 2Z19A 1B7PA 1H87A 4LYCA 4XJBA 3J4GA 3ATOA 2F30A 3A3RX 5DM9A 1CJ7A 1CNSA 1JKAA 2BQEA 2D6BA 4LYMA 4NIJA 1H6MA 1QIOA 5F81A 4DD7A 1UICA 7LYZA 153LA 1NDMC 1YANA 3LN2A 1JEFA 3CQLA 2FBDA 2H5ZA 2HU3A 4HJVA 4I8SA 4L41A 2BQCA 1NWGA 4XJHA 4DD0A 1LHIA 4LYBA 1IR7A 4OW1A 5IDDA 2ZIKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZWBA 183LA 1L49A 1B7RA 1FLQA 4IATA 3V2YA 1TAYA 1NHEA 1IO5A 1L44A 5B59A 113LA 4DDCA 112LA 1L0KA 1C6DA 3HBDA 1IP4A 1L57A 5C6LA 3G3WA 1C60A 1LMCA 1WTNA 4KXIA 1LZ8A 2LC9A 3SBAA 2EIZC 2BQNA 4KL7A 1DYFA 1DZBX 4YXAC 4I7RA 2AUBA 1GBSA 1RI8B 1ZVYB 4DAJA 1L46A 4ZFPA 4W59A 1F6SA 2Z18A 5I53A 1KIPC 1QTHA 248LA 1LSBA 4UWVA 2XQOA 1DI4A 1LSCA 1OUEA 3M3UA 1L25A 1QSBA 4WG1A 1UIAA 1KXYA 3OJPA 167LA 125LA 2Z39A 1HMLA 4HV2A 4ETDA 2IHLA 1L73A 3N9CA 1GBZA 1GB6A 3L64A 1LHKA 1P2CC 1VATA 4MR1A 3F6ZA 1QTKA 3J6KA 1HMKA 1AKIA 1GDWA 3B0OA 1B0DA 1SSWA 4B1AA 1L20A 4PPOA 4NWEA 4XADA 4HP0A 1L82A 3C8SA 1OUGA 2BQLA 5KY1A 3HDEA 1L07A 1YKYX 5I5QA 4G49A 3IJVA 3HT7A 5I4YA 1GFHA 2Z37A 4I7SA 1UIFA 4RLNA 4EPIA 4ETAA 147LA 1L75A 1L93A 1JSEA 1LWGA 1KY1A 1GF9A 4QY9A 2YSSC 173LA 5KXKA 160LA 1LI2A 1C46A 3RZ4A 1LYOA 3C82A 1CUPA 4WL7A 4G4HA 1XFPL 1FN5A 4GLAA 1D3FA 4H90A 4WG7A 4I7TA 1YL1X 1L83A 3RT5X 1B6IA 4WM3A 1BB6A 3TMWA 4H8YA 2G4NA 1C67A 166LA 2BQIA 192LA 1LGWA 128LA 252LA 3HTFA 1B7LA 4IAPA 200LA 4O34A 2ANXA 1OVKA 4N1EI 3A90A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4G4C A;  2ZWB A;  4R0F A;  2CDS A;  4N9R A;  2ZNX Y;  4XJF A;  1B7R A;  3WYH A;  1FLQ A;  2HEB A;  3WVX A;  1IVM A;  4IAT A;  4H9B A;  1TAY A;  1GWD A;  1GAY A;  1NHE A;  5I4X A;  1IO5 A;  2DQE Y;  1T3P A;  1GAZ A;  1J1P Y;  4DWX A;  1B5Y A;  5B59 A;  3A34 A;  1FDL Y;  1XGT C;  1LSM A;  4HJZ A;  4QEQ A;  4DDC A;  4YEM A;  1JIY A;  5LYM A;  1CJ9 A;  194L A;  3HBD A;  4XJG A;  1IP4 A;  1IWZ A;  4X3B A;  2ZYC A;  1VFB C;  5C6L A;  4CGE A;  1QDR A;  1NDG C;  4UWN A;  2GV0 A;  3W6F A;  4A7D A;  4NSG A;  4WM1 A;  1N4F A;  1IOT A;  1I56 A;  1LMC A;  1WTN A;  4NEB A;  3WH1 A;  4KXI A;  2DQI Y;  1LZT A;  4ANR A;  2WAR A;  1LZ8 A;  2BQB A;  2F4A A;  1HEW A;  1YIK A;  2ZQ4 A;  2EIZ C;  2BQN A;  4KL7 A;  1C10 A;  1DZB X;  5DN5 A;  4ZIX A;  1KIR C;  4IJ4 A;  2AUB A;  1GBS A;  1JIS A;  4BS7 A;  4GCC A;  4DYG A;  1LZS A;  1GBO A;  1LTM A;  1RI8 B;  1ZVY B;  4NGZ A;  1HSW A;  2IFF Y;  3TXI A;  1PZY A;  2F2N A;  2Q0M X;  1IC7 Y;  4ZFP A;  1F6S A;  3WW5 A;  2Z18 A;  3TXB A;  1DKK A;  4LYT A;  1UC0 A;  1XEK A; 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 4XYY A;  3FI7 A;  2HUB A;  4PRU A;  1CKH A;  1B5X A;  4NGK A;  1T6V L;  5KXN A;  4PJ2 C;  3A93 A;  4H9A A;  4NHQ A;  3WU8 A;  1LSD A;  1B7N A;  5B1G A;  1LJK A;  5K7O A;  1GXV 2;  1RJC B;  1B9O A;  1UAC Y;  2HTX A;  2LZ2 A;  5LXW A;  1TBY A;  1JTT L;  2F4G A;  5KXM A;  1BB3 A;  2BLX A;  2HED A;  4NG1 A;  2G4Q A;  5LA5 A;  2Z12 A;  1YAO A;  1LMP A;  1TDY A;  1JIT A;  1DPW A;  1FLU A;  1XEJ A;  4HTQ A;  3WU7 A;  3EMS A;  1F6R A;  3TXJ A;  4YF2 A;  1G7I C;  3WUN A;  134L A;  1LJN A;  5B06 A;  3WL2 A;  5KKJ A;  3A3Q A;  1HEO A;  4NHI A;  1SQ2 L;  1D6Q A;  5LYT A;  1HEN A;  4N8Z A;  3W6D A;  1WQR A;  2BPU A;  5LAF A;  1FKQ A;  1UID A;  2MEE A;  1GB9 A;  4GCF A;  3A94 A;  4HTK A;  4DDB A;  1CJ8 A;  1LZE A;  3LYO A;  5APC A;  3FE0 A;  5F16 A;  4ETC A;  3IWR A;  1EQ5 A;  2D4K A;  1LJG A;  4ET9 A;  5L3H A;  1OUH A;  4TTD A;  1LJJ A;  4EOF A;  1G7M C;  1HFZ A;  3AGG G;  4H92 A;  4KT3 A;  1GF0 A;  1JWR A;  4NHS A;  3ZVQ A;  2Z19 A;  1B7P A;  1H87 A;  4LYC A;  4XJB A;  3J4G A;  3ATO A;  2F30 A;  3A3R X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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