4GN3A

Obody am1l10 bound to hen egg-white lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/de novo protein
molecule keywords Lysozyme C
publication title Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrobaculum aerophilum
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence C, E, G, I, K, M, O, Q
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gn3A00
4U3XB 4ZIXA 1WQNA 1YQVY 1GXV2 4RW1A 4LZTA 1B5XA 4LT1A 4NIJA 3M3UA 3HFMY 4ETBA 1QQYA 1IP1A 1OUIA 5FEKA 4DWXA 1XGUC 1JKBA 1HENA 2BQLA 4G4BA 5LAFA 3ULRA 5HNLA 1NDMC 4HPIA 2WARA 4J1AA 4EMNA 1BWIA 1HEWA 1IWTA 1PZYA 4CGEA 1HHLA 1NBYC 5DN5A 1IIZA 1JUGA 1LJ4A 4ANRA 4ETAA 3BKVA 5B1GA 4KL7A 1RCMA 1JTOL 1LOZA 3A34A 1UACY 3CB7A 1HELA 4QEQA 1OUJA 4GCDA 1YROA 1YAMA 1GBXA 1LZSA 1LSAA 1XGQC 1QDRA 3AZ7A 3CQLA 4XADA 2DKVA 4TWSA 4HV1A 1DKKA 1GXXA 1UIAA 1IP3A 2HEDA 1IP7A 1YKZX 3LYOA 5II3A 1HSWA 1JKAA 4M6DA 4H9AA 4B1AA 5DN4A 5E4PA 4AXTA 3SP3A 5F14A 1LMTA 2NWDX 1GD6A 4NGJA 4TX7A 3AGHA 5FELA 4OWHA 1REXA 2Z38A 1WVUA 1UA6Y 2HU3A 2YBNA 2CJLA 3CT1A 3J6KA 4H93A 3P65A 3IWRA 1CKDA 1OUCA 4HTQA 1IP5A 3TXJA 1D6QA 1LSFA 4TSBA 1EQ5A 4LYOA 5LVGA 3AGGG 2DQIY 1YAOA 5KXPA 1LJHA 1LCNA 1AM7A 2YSSC 4B0DA 5KXTA 1UICA 2EQLA 4GN4A 3AZ4A 1TCYA 1LZ6A 1B7NA 2YBLA 4N0JA 4YEMA 2XTHA 4GLAA 2ZQ3A 4ETDA 2Z37A 1JTTL 4HP0A 1VEDA 1XGPC 2BQHA 3GXKA 5L9JA 1IWZA 3W6AA 3A3QA 4PGJB 1B5YA 1IWUA 2LHMA 1NWGA 2D4JA 1GHLA 3OJPA 1GAYA 1LJGA 5KXWA 1D0LA 1VDTA 5HLLA 5LXWA 1UC0A 4DD2A 3MGWA 1IOSA 1HEMA 3WU8A 2F4GA 4Z41A 4LT0A 4QGZA 1G7HC 5KKJA 1BWJA 1XFPL 4I8SA 5ILCA 1LSZA 1LZTA 4G9SA 4RDSA 4NHPA 4WO9A 3WMKA 4BAPA 5FSTA 4GN5C 4J1BA 4XJHA 4YOPA 4H1PA 1SQ2L 3WL2A 4WG7A 3IJVA 5KXSA 4GLVA 1VDPA 2D4KA 3P66A 4NGIA 5KXOA 3RZ4A 1XEKA 5F81A 4WM2A 3T6UA 5ILFA 1LZ4A 1BWHA 1LZNA 3W3EA 4XJFA 1JKDA 1FKQA 4B4EA 1BB6A 4NHSA 3TXDA 1GFVA 4H92A 3KAMA 2BQOA 5LAGA 4HJYA 1JITA 1KIQC 1QTKA 3QNGA 132LA 3FE0A 4B49A 2W1MA 2Q0MX 3AW7A 2G4PA 1IWWA 1DZBX 1H6MA 4UWVA 3LYTA 1LHLA 3HBHA 4N8ZA 3G3AB 4KT3A 1WTMA 3ZVQB 2ZQ4A 5HMJA 3WPLA 3BKHA 4IASA 1XEJA 1YAQA 1J1XY 3B0OA 3A6BY 5LIOA 1QUTA 1GF4A 4WM1A 3K3TA 1GF7A 193LA 2MEDA 4Z3MA 1HC0A 4X3BA 1DI4A 1IWVA 1GFHA 1ZVYB 1D9UA 1NDGC 1XGRC 1FLWA 2DQEY 3W6DA 3A94A 4LYBA 2C8OA 1T6VL 2Z39A 1NHEA 1IO5A 4OWCA 4DC4A 4FJRA 4W94A 1OUFA 1LSEA 1LZYA 5LVJA 1CNSA 1IORA 3WULA 2CGIA 1LHJA 3EXDA 4IJ4A 4WMGA 4DDAA 1GFAA 3D3DA 1LTMA 1BB3A 3A67Y 1C08C 1V7TA 1B2KA 2MEBA 5LVKA 1I20A 1QTEA 4N5RA 5LA5A 4DDCA 5E9RA 4BS7A 4WLXA 3WUAA 3J4GA 5F9UA 1LHKA 1A4VA 1JISA 4CHXA 153LA 2MEHA 1GB5A 1LJJA 2B5ZA 1HFYA 1C10A 4OWEA 5APDA 3LYMA 3E3DA 1GB3A 4GCCA 4NFVA 4NGWA 1KIPC 1P2CC 4Z98A 1RFPA 4H9FA 2ZIJA 2CWIA 1B7PA 1IEEA 1LZDA 1GB2A 1UIEA 4LYTA 3TMUA 5LYMA 4NGOA 1IP4A 1B7RA 1GFGA 4H8XA 4PRQA 5I4YA 1GB7A 1HEPA 3B0KA 4H9IA 4G49A 5KXRA 2BLYA 1IOTA 1LYSA 1G7MC 1GFJA 1GB0A 1BB5A 1GPQC 2ZILA 4ZEEA 5A3EA 1I56A 3RNXA 3QE8A 1GBWA 1NMMA 1BGIA 4DD3A 1BQLY 1G7IC 2ZWBA 1CJ9A 1QSWA 2HEBA 1DPWA 1OUEA 4R6CA 3W6FA 1Z55A 4G4HA 1GDXA 5LYZA 2MEFA 1D0MA 2YBIA 1B5VA 4YM8A 3M18B 1DPXA 1RJCB 3A93A 5LINA 4WOAA 3ZEKA 3WPJA 4NWHA 2H9JA 1KXXA 1GEVA 2Z2FA 1UIGA 3F6ZA 4LYMA 1ZV5L 2C8PA 4NHQA 4O34A 4OWBA 1UCOA 4PPOA 3WH1A 4B4IA 4WM5A 1DI3A 3TXFA 4OOTA 3VWOA 1LHHA 1F0WA 1JIYA 1VFBC 1WQPA 2BQCA 4TSCA 1UUZC 3TMXA 4XJBA 2BQMA 1UIDA 1IY3A 4NGKA 2ZYPA 1W6ZA 4UWUA 1OUHA 1B7OA 1WQRA 1JSFA 3CSQA 1TBYA 4WLTA 1I1ZA 1LZAA 1YIKA 2LYMA 1C43A 1GF8A 3WW5A 5FCPA 1VATA 2HEFA 4CJ2A 1NQIA 2FBDA 4KXIA 1LKSA 2D6BA 3TXIA 3D9AC 5IELA 5B05A 1OQMA 1JEFA 1OUAA 5D5FA 4XJIA 5L3IA 1QUSA 4DT3A 5KXKA 5C6JA 1DKJA 3ATOA 1FLQA 1CKCA 1GFUA 4H9CA 1YKXX 1F6RA 3TXHA 1LJKA 2XBSA 2HUBA 4NGVA 4MSTA 1LZEA 1EQ4A 154LA 1LPIA 1GF5A 2BQGA 1LSYA 1GE4A 2D91A 5APCA 3RT5X 3HBEX 1YAPA 4D9ZA 5KXMA 1GWDA 1HF4A 1LSCA 4WL6A 5FHWA 1PS5A 5B1FA 5APEA 1NBZC 2DQAA 4H8ZA 7LYZA 1LMNA 4HV2A 1DQJC 1B7MA 4RLNA 1UIBA 4UWNA 3A96A 1IC7Y 194LA 4NHTA 1VDSA 1B7SA 4NSIA 1FKVA 2DQCY 1AT5A 2F4AA 3LYZA 5FDJA 1LMPA 4A7DA 5LVHA 1H87A 6LYTA 1LMCA 4J0LA 2N5ZA 3A6CY 3A8ZA 4WG1A 5KJ9A 3A92A 2MEAA 4LT2A 1GBZA 3WU9A 1LSGA 1CJ6A 1DXJA 8LYZA 1WQMA 3TMVA 3W6BA 4WM4A 4DD0A 3WW6A 4RLMA 3ZVQA 4B4JA 2I6ZA 2ZNXY 5M1YA 2Y8PA 5C6IA 4MR1A 1LMQA 3W6EA 1GBYA 5KY1A 3EMSA 2ZYCA 1TAYA 4NSHA 1LSNA 1LZ8A 1LYZA 4QY9A 3AJNA 2LZTA 3ATNA 1LSBA 4ET9A 2H5ZA 1JTPL 2I26L 3AB6A 1UBZA 1B5WA 2HECA 1LZ9A 2HU1A 1IR7A 1GE1A 5I53A 2DBTA 1QSAA 5D5CA 5IDDA 1LJFA 2LYZA 4GCEA 1LZRA 1QDTA 2X0AA 3OK0A 6LYZA 2IFFY 4NSGA 1HMKA 4LFPA 4H91A 1GB6A 1B9OA 2HTXA 5T3FA 4I0CA 1FLUA 1F6SA 4GN3A 1UIHA 2FYDA 2G4NA 4HJVA 1AKIA 1KIRC 3N9CA 1GFKA 3N9EA 4IATA 4PJ2C 4WM3A 4WLYA 1TDYA 1IWYA 4NG8A 1YKYX 5DL9A 2BAAA 3FI7A 1LYYA 1LMAA 2Z19A 2EPEA 5AMYA 5I5QA 1FLYA 3RU5A 5HNCA 1JSEA 2EKSC 4II8A 2ZNWY 2H9KA 1REYA 2DQHY 3EBAB 4WM6A 1GE2A 4WL7A 1HFZA 1SLYA 2YDGA 207LA 3CSRA 4NSJA 2FBBA 1A2YC 4C5FA 5KXZA 1O23A 3AW6A 4YF2A 5I4XA 1GF0A 3B72A 4XYYA 4NGLA 1LSPA 2BQAA 4H8YA 134LA 2BQDA 4HTNA 3TXEA 2DQGY 2MEEA 3P4ZA 2Z2EA 3QY4A 2Z18A 3A90A 1NF5A 2HEEA 1CJ7A 4H90A 1GBSA 2BQNA 2VB1A 1LHIA 1LSMA 2A7DA 5KXXA 1ALCA 1B5UA 1OP9B 3GXRA 4LGKA 4XJDA 1CKHA 1LJNA 4BAFA 1LKRA 1IP6A 1EL1A 1MLCE 1GDWA 2BQKA 4LYCA 2IHLA 1LJEA 1HERA 5EBHA 1B7LA 1C7PA 4YEOA 3WVXA 4DD7A 4DYGA 1CKGA 2W1YA 4XN6A 1XEIA 1GB8A 1LJ3A 5HMVA 1HSXA 4R0FA 3W6CA 4QDNA 1YILA 1AZFA 4LYZA 3AYQA 4OWAA 2MEGA 5L3HA 1YL1X 2GV0A 4NGYA 1E8LA 2FYCA 4NG1A 1C45A 1HEQA 4KPMA 1F10A 1ZMYL 2W1XA 1B7QA 2G4QA 4HPEA 3N9AA 1GEZA 4NY5A 5APFA 1J1PY 2AUBA 1RE2A 5DM9A 1B5ZA 2YVBA 4DD1A 1CKFA 1WQQA 1TEWA 4H9HA 1LMOA 1G7LC 4HSFA 3TMWA 2D4IA 4MCKA 1RI8B 4AGAA 4XJGA 4G4CA 1HNLA 4NEBA 5LVIA 5I54A 3AGIA 1JJ3A 5K7OA 2F2NA 2W1LA 4BADA 4DDBA 1G7JC 1OUBA 2BQBA 4OW1A 5B07A 1IVMA 2ZIKA 1IY4A 1BVXA 2YBMA 1IX0A 5B06A 1WVVA 1EQEA 1LAAA 2BQEA 4HTKA 1HMLA 4N1CC 5KKIA 4WO6A 1JWRA 4TUNA 2DQDY 2MEIA 2CDSA 4H94A 4XENA 3CT5A 4PHIA 1C46A 3LZTA 4ETCA 5KXYA 4NWEA 1LZGA 1BHZA 2DQJY 1AT6A 1LYOA 3G3BB 1B0DA 2Z12A 1VDQA 3T36A 5J7CA 1FDLY 3B6LA 4ML7A 5JENB 1WQOA 1LZCA 3WYHA 4GCBA 2EIZC 2I25L 3LZ2A 3TXBA 1D6PA 3WUMA 5B59A 1GFRA 1BVKC 4PRUA 1J1OY 3CT0A 208LA 4ZFPA 5KXLA 1GF3A 4LT3A 1FBIX 2RSCA 1XSFA 1FN5A 1XGTC 4ET8A 1OUDA 1UIFA 2MECA 4N1EI 1ZVHL 1IOCA 1REZA 2HEAA 2LYOA 4H9EA 1GF9A 4TTDA 1IC4Y 2YBHA 1WTNA 1IR8A 2BQIA 3P64A 4DD9A 4GCFA 3WPKA 1N4FA 2BQFA 1GFEA 1GFTA 4FDYA 3TXKA 9LYZA 1W08A 3WVYA 2F30A 1VAUA 3CSZA 2BQJA 4W96A 1GF6A 4CFOA 5HQ1A 5DLAA 4NHIA 5IHGA 133LA 1LZBA 1GAZA 3A91A 1HFXA 1KXWA 4J7VA 1LJIA 135LA 4E3UA 4N9RA 2A7FA 3AZ5A 1D0KA 2DQFC 1OUGA 4RW2A 4LFXA 1GE3A 1IP2A 1LSDA 4P2EA 4M4OA 1LHMA 1LZ1A 3TXGA 3AZ6A 1LZ5A 2LZ2A 4WLDA 3WXTA 5F16A 1IR9A 4H9BA 5I4WA 1KXYA 2BPUA 3A95A 1REMA 1BB7A 5A3ZA 5LYTA 4CFPA 1IOQA 1DI5A 1V7SA 5C6LA 1NKHA 3WU7A 5LA8A 3LHMA 1QIOA 3LN2A 4NGZA 1JJ0A 4C3WA 2BLXA 2PC2A 5KXNA 3EO5A 3A3RX 4OOOA 1JJ1A 1T3PA 1YANA 1HEOA 1YL0X 3P68A 1BB4A 1GE0A 4YENA 1IWXA 1MELL 1CJ8A 5F9XA 3HBDA 1JKCA 4HJZA 4Z46A 1INUA 2YBJA 4L41A 3WUNA 1GBOA 3B0IA 4ETEA 2XBRA 2XJWA 1GB9A 3WXUA 3IJUA 3RW8A 4EOFA 1JHLA 1JPOA 1IC5Y
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW1A 4LT1A 185LA 2O4WA 4DWXA 5HNLA 1LPYA 4HPIA 4J1AA 1HEWA 1IWTA 4CGEA 1QS9A 5DN5A 1KY0A 4ETAA 1CU0A 1JTOL 3CB7A 1HELA 1YAMA 1XGQC 1QDRA 2DKVA 1UIAA 1L26A 2HEDA 3LYOA 4B1AA 5DN4A 5E4PA 5F14A 4EKSA 1REXA 3J6KA 2HU3A 1CKDA 1LSFA 3AGGG 2EQLA 4GN4A 3AZ4A 2YBLA 4N0JA 1L19A 1QT6A 1DYFA 2ZQ3A 2Z37A 1JTTL 1L06A 147LA 1VDTA 1I6SA 4DD2A 4EPIA 4EKRA 3HTFA 4NHPA 3WMKA 4GN5C 3WL2A 1C63A 141LA 186LA 4NGIA 5ILFA 1LZ4A 1BWHA 1JKDA 1FKQA 1LYGA 3KAMA 1C6IA 104LA 2BQOA 3QNGA 2W1MA 1L34A 1IWWA 1H6MA 4UWVA 1L88A 4N8ZA 3G3AB 1WTMA 1L18A 1L71A 5HMJA 3BKHA 1LGWA 188LA 1L20A 4WM1A 3K3TA 1GF7A 4Z3MA 1ZWNA 1C6AA 1XGRC 1T6VL 4OWCA 1NHEA 171LA 1OUFA 1LSEA 5LVJA 1IORA 1BB3A 1QTEA 5LA5A 1CV1A 146LA 1C6MA 1C6JA 4LDOA 1A4VA 1GB5A 1LJJA 1OVHA 2B5ZA 4OWEA 5APDA 1P5CA 3E3DA 4NFVA 1CVKA 160LA 1RFPA 1OV5A 3DN8A 248LA 5LYMA 3HDEA 4EJ4A 4H8XA 190LA 3GUKA 2Q9DA 1L07A 1QSWA 211LA 3M18B 5LINA 4WOAA 1GEVA 1UIGA 4LYMA 4NHQA 4PPOA 4WM5A 1DI3A 3TXFA 1L79A 1F0WA 3DMVA 3HT7A 1WQPA 1UUZC 1IY3A 1PQIA 4UWUA 1CV3A 2LYMA 260LA 1JQUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U3X B;  4ZIX A;  1WQN A;  1YQV Y;  1GXV 2;  4RW1 A;  4LZT A;  1B5X A;  4LT1 A;  4NIJ A;  3M3U A;  3HFM Y;  4ETB A;  1QQY A;  1IP1 A;  1OUI A;  5FEK A;  4DWX A;  1XGU C;  1JKB A;  1HEN A;  2BQL A;  4G4B A;  5LAF A;  3ULR A;  5HNL A;  1NDM C;  4HPI A;  2WAR A;  4J1A A;  4EMN A;  1BWI A;  1HEW A;  1IWT A;  1PZY A;  4CGE A;  1HHL A;  1NBY C;  5DN5 A;  1IIZ A;  1JUG A;  1LJ4 A;  4ANR A;  4ETA A;  3BKV A;  5B1G A;  4KL7 A;  1RCM A;  1JTO L;  1LOZ A;  3A34 A;  1UAC Y;  3CB7 A;  1HEL A;  4QEQ A;  1OUJ A;  4GCD A;  1YRO A;  1YAM A;  1GBX A;  1LZS A;  1LSA A;  1XGQ C;  1QDR A;  3AZ7 A;  3CQL A;  4XAD A;  2DKV A;  4TWS A;  4HV1 A;  1DKK A;  1GXX A;  1UIA A;  1IP3 A;  2HED A;  1IP7 A;  1YKZ X;  3LYO A;  5II3 A;  1HSW A;  1JKA A;  4M6D A;  4H9A A;  4B1A A;  5DN4 A;  5E4P A;  4AXT A;  3SP3 A;  5F14 A;  1LMT A;  2NWD X;  1GD6 A;  4NGJ A;  4TX7 A;  3AGH A;  5FEL A;  4OWH A;  1REX A;  2Z38 A;  1WVU A;  1UA6 Y;  2HU3 A;  2YBN A;  2CJL A;  3CT1 A;  3J6K A;  4H93 A;  3P65 A;  3IWR A;  1CKD A;  1OUC A;  4HTQ A; 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 208L A;  4ZFP A;  5KXL A;  1GF3 A;  4LT3 A;  1FBI X;  2RSC A;  1XSF A;  1FN5 A;  1XGT C;  4ET8 A;  1OUD A;  1UIF A;  2MEC A;  4N1E I;  1ZVH L;  1IOC A;  1REZ A;  2HEA A;  2LYO A;  4H9E A;  1GF9 A;  4TTD A;  1IC4 Y;  2YBH A;  1WTN A;  1IR8 A;  2BQI A;  3P64 A;  4DD9 A;  4GCF A;  3WPK A;  1N4F A;  2BQF A;  1GFE A;  1GFT A;  4FDY A;  3TXK A;  9LYZ A;  1W08 A;  3WVY A;  2F30 A;  1VAU A;  3CSZ A;  2BQJ A;  4W96 A;  1GF6 A;  4CFO A;  5HQ1 A;  5DLA A;  4NHI A;  5IHG A;  133L A;  1LZB A;  1GAZ A;  3A91 A;  1HFX A;  1KXW A;  4J7V A;  1LJI A;  135L A;  4E3U A;  4N9R A;  2A7F A;  3AZ5 A;  1D0K A;  2DQF C;  1OUG A;  4RW2 A;  4LFX A;  1GE3 A;  1IP2 A;  1LSD A;  4P2E A;  4M4O A;  1LHM A;  1LZ1 A;  3TXG A;  3AZ6 A;  1LZ5 A;  2LZ2 A;  4WLD A;  3WXT A;  5F16 A;  1IR9 A;  4H9B A;  5I4W A;  1KXY A;  2BPU A;  3A95 A;  1REM A;  1BB7 A;  5A3Z A;  5LYT A;  4CFP A;  1IOQ A;  1DI5 A;  1V7S A;  5C6L A;  1NKH A;  3WU7 A;  5LA8 A;  3LHM A;  1QIO A;  3LN2 A;  4NGZ A;  1JJ0 A;  4C3W A;  2BLX A;  2PC2 A;  5KXN A;  3EO5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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