4GNIA

Structure of the ssz1 atpase bound to atp and magnesium
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
391
structure length
385
Chain Sequence
RVVIGITFGNSNSSIAHTVDDKAEVIANEDGDRQIPTILSYVDGDEYYGQQAKNFLVRNPKNTVAYFRDILGQDFKSVDPTHNHASAHPQEAGDNVVFTIKDKAEEDAEPSTLTVSEIATRYLRRLVGAASEYLGKKVTSAVITIPTNFTEKQKAALIAAAAAADLEVLQLISEPAAAVLAYDASDKIIVVADLGGSRSDVTVLASRSGMYTILATVHDYEYHGIALDKVLIDHFSKEFLKKNPGAKDPRENPRSLAKLRLEAESTKRALSRSTNASFSVESLIDGLDFASTINRLRYETIARTVFEGFNRLVESAVKKAGLDPLDVDEVIMSGGTSNTPRIAANFRYIFPESTRILAPSTDPSALNPSELQARGAALQASLIQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Putative heat shock protein
publication title Structural characterization of a eukaryotic chaperone-the ribosome-associated complex.
pubmed doi rcsb
source organism Chaetomium thermophilum var. thermophilum dsm 1495
molecule tags Chaperone
total genus 131
structure length 385
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 4gniA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4gniA04
2AP1A 5AQZA 5AZJB 3CQXA 4JHDB 4FWRA 1RGIA 2ZF5O 4FL9A 3DXKB 4O5FA 3H3NO 3ENHA 1KXPA 2A3ZA 5AFUH 3BEXA 4BQZA 4CZJA 3WXJA 3WXLA 3FR0A 3O1BA 4PL8A 5AQGA 4GNIA 5B8HA 3EL2A 3D2EA 5ADXH 4O8KA 4XH5A 4IJNA 2E1YA 3KZBA 3VF2A 4BRQA 2V52B 3LDLA 5LJWA 3DXMA 1QQMA 2QWPA 5EVZA 4H03B 4RCHA 5KPTA 1QZ6A 1SQKA 3H1VX 3HZ6A 2E2QA 1T44A 2P9UB 2Q97A 2W40A 3QICA 4ISGA 4BG8A 5AQVA 1HKCA 2FSJA 1ATNA 1DGKN 2VYPA 4RWTA 3ZEUA 4MO4A 2P9PB 3QDKA 2Q0UA 2DPNA 3M1FA 5KQDA 3UB5A 4CZEA 3EN9A 5BPLA 1NGIA 2J4RA 3J8AA 4ISFA 2QXLA 5JMVA 4GY2B 1NGBA 1WUAA 4JHDA 3GDQA 1LOTB 3C0BA 4HWIA 5AQIA 1Z6RA 1BUPA 1MWKA 1E4GT 4QS8A 4WQ4C 1JCFA 2FF6A 4LC9B 3GOIA 4M7YA 1NLVA 5F2RA 1BDGA 1Z05A 3R8EA 3WEEA 2A41A 4BRGA 4BC5A 2D0PA 4CD1A 1NMDA 2QWOA 3VGMA 1ZC6A 4E1JA 3ATUA 1S3XA 2FSKA 3CHWA 3ZX2A 3U9ZA 1HX1A 2ITMA 4CBXA 3VF6A 3ATVA 2P9UA 1GLFO 5AQTA 1GLBG 1ESVA 2ZGZA 4BRDA 3A5OC 3LM2A 1WOQA 3MCPA 2PAVA 4CBUA 2E2OA 5BRHA 3F9MA 1MA9B 1JCEA 2QWNA 3ZX3A 3IDHA 3HTVA 3H6EA 4WQ5A 3VESA 4BC4A 1HUXA 2YCHA 3OHRA 1NGCA 3VEWA 2YHXA 4K25A 4FSVA 1J6ZA 1NBWA 3UKRB 1EQYA 4JN4A 2Q36A 4H0XB 3VOVA 4BVOA 5BPMA 3VEXA 3O6WA 3ID8A 3D2EB 3A5LC 3MN5A 3MN6A 3U8XA 5AQHA 3FZKA 4B1YB 5EXWA 3LM9A 3M6GA 3FZHA 3CJCA 4ISEA 4CZIA 2ASPA 4BR5A 3VEYA 1HKBA 3QBWA 1JCGA 2P9KA 3RSEB 3EZWA 4RTFD 2YI1A 3A5MC 2GELA 2A40A 3H45C 3IFRA 4J8FA 3VERA 2WUSA 2YHYA 3IMXA 4BR9A 1E4FT 2ASOA 4BRPA 4BG9A 1BA0A 1K8KB 2IIRA 3UKUA 4PKIA 2IVNA 1BU6O 4H0VB 2GUPA 4CZMA 3UKRA 1YAGA 4K43A 4AM6A 3LDNA 3BP8A 3WT0A 5AQNA 2GEMA 3CJBA 4DHYA 1BWFO 3WEEB 4DCHA 2E20A 4BRHA 2CGJA 2QWQA 2V51B 1KAYA 3FZMA 2ASMA 4EAHD 4MLEA 5KPRA 5BR9A 4YDUA 2V7YA 1D4XA 3G25A 3CIPA 1R59O 4PKHA 1NGDA 3RSEA 4FWMA 4CZHA 4CZLA 4A62A 3LDOA 1KAXA 4I6MA 4A61A 5EOYA 5FPEA 1T6DA 1V4SA 4MLHA 4EHTA 2CH5A 4B1VA 3QFUA 1QZ5A 1K8KA 1U6ZA 5AQJA 3P4IA 4BREA 4K42A 1OKJA 1IJJA 1DEJA 4DB3A 3ZETA 2A5XA 5BN9A 2BUPA 3WXKA 1P8ZA 1RDWX 2AA4A 2IVPA 2Q1NA 3JXUA 1NM1A 2P9IA 3A8YA 2F9WA 2D4WA 3WUHA 3FFKB 3EKSA 1Y64A 3C7NB 3AAQA 4A2BA 5AQKA 5ELZA 4IJAA 3VETA 3VPZA 2QWRA 1NGAA 2NLXA 3L4IA 3FZFA 4BGBA 4JD2A 3R6MA 5FPNA 3AAPA 2W41A 4IZ9A 1GLCG 5E26A 3QBXA 1YUWA 4BRIA 2P9KB 3D2FA 2VWBA 2NZTA 1IG8A 2GWKA 3FZLA 2FLOA 2E8AA 5KPZA 4H5NA 5F1XA 2ZWHA 5EX5A 1BG3A 4WQ4A 2I7PA 3VENA 4JNEA 3UKUB 1NWKA 4CBWA 2FF3B 4FWLA 4BRNA 5JLFA 4BROA 4BRMA 1ZBSA 2IVOA 3CETA 4CZGA 5AQYA 4JAXA 2PBDA 3DJCA 2YJFA 3KHYA 3ZX0A 4BRCA 1GLDG 3O08A 2HF4A 3WXIA 5JLHA 3C7NA 2Q0RA 3GBTA 4HTLA 3O4WA 1G99A 1ZXOA 4FO0A 4H0TB 1V4TA 4BR4A 2BTFA 4B1XB 4H5RA 5EY4A 4L3QA 4B1ZA 1YVNA 3SMSA 5AQQA 1SZ2A 3ULEB 4PKGA 3CJ7A 1S22A 5TKYA 3CERA 3VEOA 4BGAA 4EHUA 3MN9A 1U2VA 2P9SA 2GTDA 4PL7A 4I6MB 2KHOA 1CZAN 5AQLA 5CE3A 1ATRA 2NRHA 4Z94A 5I9EB 4H0OA 4BR0A 3FLCO 1NGGA 3BF3A 3AARA 3O80A 2FXUA 4IXCA 1TUUA 5ADXA 4DQ8A 3L6QA 1NGJA 3BF1A 3IUCA 2QW9A 3TU5A 2I7NA 3ZETB 4NB4A 4H0PA 3A0IX 3KVGA 3VF4A 2CH6A 1HJOA 2E2NA 2HF3A 3I8BA 2P9IB 5AZIB 2D1KA 2D0OA 3HM8A 2E88A 2P9LB 1GLAG 5F0XA 3SMPA 1ATSA 1C0FA 3QB0A 4BR7A 3U9DA 4H0YB 4H5VA 3GG4A 3U4LA 3ULEA 3DWLA 4FWQA 4JD2B 3SJHA 5LY3A 1NGHA 3H3OB 4BC3A 5AQWA 3AY9A 4BRFA 2UYTA 4BQLA 4H5WA 3DAWA 3O5BA 1XQSC 3S41A 3D2FB 1NGEA 3JS6A 3L0QA 4WYBA 3R9PA 5LJVA 5BN8A 4B1WB 1XUPO 4QS7A 3VEZA 4M63C 1GLLO 4IO8A 2CGLA 2E1ZA 3ENOA 5FPMA 1KAZA 3H1QA 2Q2RA 4XEIA 3WQUA 4F9OA 3FE1A 5AQPA 4H5TA 4EIAA 1RFQA 2OANA 2E2PA 1XC3A 3H46O 3A5NC 3LL3A 5BPNA 1MDUB 1HPMA 5AZIA 1C0GA 3MK6A 1TYQB 5FPDA 5AZJA 4FWNA 2P9LA 4XH4A 2QM1A 4WQ5C 3W3DA 4AM7A 3LDPA 1LCUA 3FGUA 2QWLA 3GL1A 3DXKA 1GLJO 5E84A 4IWVA 1TUYA 1H1VA 1BO5O 3HI0A 2HMPA 5BREA 4BRAA 4QS9A 3D7EO 2A6AA 2QWMA 1SAZA 1T6CA 1X9JA 5AQOA 3CJAA 1U2VB 1HKGA 1YXQA 1QHAA 2P9SB 4B9QA 5AQXA 4C23A 4BVPA 2GWJA 4FWKA 3VEVA 3TPQA 3EO3A 4Y0WA 1Q18A 1X3MA 2ZGYA 3CJ9A 2P9NB 4M7XA 1BOTO 5AQRA 4CZFA 3EKUA 4CZKA 2EWSA 5AQSA 1GLEG 4BC2A 4BR2A 2P9PA 4CD3A 1X3NA 1DKGD 3VGKA 1BA1A 2FSNA 1MWMA 2A42A 4FWOA 4B1UB 1TYQA 4EFHA 3MDQA 4CJ7A 3MMVA 4BRLA 4FPAA 4NO7A 3CJ1A 4FPBA 4A2AA 3I33A 4FWSA 4BRKA 1HLUA 1QQOA 5AQFA 5AQMA 4CI6A 5KQ8A 5JICA 5BRDA 3UE5A 2H3GX 4FOIA 4XH1A 2YJEA 3O8MA 2VCPA 3QMLA 5AFUA 1NGFA 1QQNA 3SK3A 4FWPA 3M3ZA 3VGLA 3QFPA 3GE1A 3SLCA 3DXMB 5AR0A 5BRFA 2P9NA 4MO5A 4K41A 4YDUC 3CQYA 3HBTA 3LDQA 5AQUA 2HOEA 3B8AX 2CGKA 3WQTA 3HSCA 3MN7A 4FOEA 3W0LA 3ZEUB 2YHWA 4KBOA 3BUZB 3CI5A 3O1WA 2Q31A 2V7ZA 2F9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DFHA 3CFPA 3K58A 2ZF5O 4CHQA 3LDSA 1BCOA 1KXPA 4DR5K 3SV3A 1LAVA 3BEXA 3D6RA 1JLQA 4CJWA 1SEGA 3O9SA 4DQRA 3WXLA 3WXMB 5B8HA 1PE4A 2YIPA 3D2EA 3WNFA 4IJNA 1OH5A 1ASVA 3IAYA 3OYMA 4Q0BA 4CJPA 3PX4A 1QZ6A 4ISGA 3VQBA 3K2PA 3THXB 5HBMA 3AA3A 1ATNA 4MO4A 1ZU3A 1JXEA 1VRUA 2Q0UA 4DQIA 4KAZA 3M1FA 5KQDA 2ZJQL 4DU1A 2J4RA 4CJEA 4Y1DA 3QIPA 3C0BA 1Z6RA 5C2DA 3OYCA 5A2QO 1MWKA 3SQ0A 3CCRN 1JCFA 4LC9B 3VN5A 1NLVA 5F2RA 4OKEA 2D0CA 1Z05A 4BRGA 3TANA 1NMDA 1WAFA 4DKWA 3ZX2A 1S3XA 3CHWA 3OYDA 1Q9YA 4DG1A 1QVFM 1KVAA 4BE0A 1ZYQA 1WMTA 3N4QA 2DTUA 3VQQA 2ZGZA 3L3UA 1VSJA 1YIJN 3O4QA 1LWFA 1HQUA 3A5OC 2E6MA 3MCPA 3LAKA 4X64K 3F9MA 1MA9B 1Q81O 1WSIA 3ZX3A 1RT1A 4I7FA 3DOLA 1NE5A 3O4NA 2YCHA 5E41A 1NGCA 4HUEA 5H1SQ 1NKEA 2G8KA 2YHAA 4CFAA 3VA0A 1J6ZA 3RR7A 1RBVA 4IFVA 4ZTJA 1EQYA 3HPHA 4JN4A 5FDLA 3L4QA 2NRZA 1TV6A 1T03A 4CHZA 3ID8A 3NVKA 1S9EA 4ICLA 1HYZA 3SAHA 4M3YA 1XRSB 2XRIA 3LM9A 3AVIA 3M5RA 3SBGA 2BRZA 2KYQA 3CCUN 2RPIA 2P9KA 4ILJA 1ZBUA 2RF2A 1FKPA 3HK2A 2AJQA 4RTFD 3PUFA 4I9QA 3A5MC 1NKBA 2GELA 2A40A 2Z1HA 4J8FA 3J7AP 4E0DA 1E4FT 4Z4EA 4Q5VA 2E6LA 1TK5A 4UJ0A 2IIRA 3I0RA 3QO9A 4CIGA 4K43A 3I55N 1LV5A 4J2AA 3CM5A 1IO2A 5AQNA 1BK8A 4IOXA 3ZSVA 2XY7A 3CJBA 1VNAA 3WEEB 4RG8A 2HHQA 4DCHA 1NK8A 2CGJA 4YFUA 1HJRA 2V51B 3OYHA 3DLRA 4IEEA 1S1TA 2ASMA 4B3SK 3E9LA 1KTQA 4MLEA 5BR9A 5J2QA 2B6AA 4YDUA 3CIPA 2FC0A 1CXQA 1K73O 4CZHA 3E66A 4CZLA 1KAXA 4I6MA 1T7AA 5EOYA 4CEEA 1V4SA 4MDBA 1VQON 1SN4A 2I5JA 5KGXA 1QZ5A 4JKEA 1VQKN 4AHUA 3DM2A 5KRSA 3SF4D 4ILHA 3HPOA 3HRGA 3AVLA 1OKJA 1I3AA 4UADE 3EYZA 2BUPA 2NY9X 1CXUA 1P8ZA 2KLAA 1L3TA 1RDWX 5DMRA 2LI7A 5DM6L 5GINA 4FJ7A 1R0AA 1ZBIA 3L56A 5AQKA 1B9DA 1IV0A 3VETA 2B5JA 4X65K 3RMCA 1AHOA 3V9SA 4DSLA 4CK1A 4JV5K 3PO5A 1Q86O 5FPNA 3AAPA 4C8NA 1CLQA 2XY5A 1HQEA 2Y1IA 2UUBK 3VTIA 5E26A 4H4MA 2HNDA 1BQMA 3TWHA 3SCXA 2FBYA 3TABA 2NZTA 2FLOA 5KPZA 3TAGA 4H5NA 2ZWHA 3PSFA 3V1OA 2I7PA 1IKXA 1UWBA 2FF3B 3RMDA 4FWLA 3LP1A 4C1NK 4CJUA 3ZSRA 5JLFA 4BY9C 3SQ1A 3QIOA 4DTNA 4JAXA 4R79A 4NXMK 4FJLA 2VWKA 4M45A 3T1YK 2YJFA 3G0ZA 5HL7L 4HTLA 1TL3A 1N8RO 2O8CB 5IWAK 1G99A 3CC4N 2P5GA 4V1DC 2B3CA 3RRGA 1ZUTA 4H5RA 3VQ4A 4JS4A 3MXMA 3CMEN 2E3GA 3B6OA 3MXJA 3CERA 5KI6A 2IAJA 4BGAA 3MN9A 4YY3K 3O3FA 4F4KA 2GX9A 2QTDA 1CZAN 3ID6A 4FM0A 1X9MA 4FJXA 3VQ8A 4WFNL 2HW3A 1VQPN 2NY8X 4FVUA 4BR0A 3FLCO 5GIPA 3O80A 1ZBHA 2LY6A 5ADXA 1OH8A 3CXCM 3L6QA 3F2KA 3BF1A 2QW9A 4H0PA 2E2NA 2E5LK 1O13A 1YHQN 5AZIB 2O8BB 2D1KA 3KKRA 3KK7A 5LMUK 4B9TA 1C0FA 3PIPL 3QB0A 4BR7A 1OZZA 4IO9L 1IG9A 4H0YB 1N33K 4R5PA 3LWMA 4DTSA 1J5EK 4JD2B 3SJHA 1YTAA 2O8DB 4HHTA 3THYB 3H3OB 2P51A 4BQLA 4JK7A 4H5WA 3DAWA 3S41A 1EXQA 4KREA 1XWLA 1XUPO 2LN8A 4G1QA 3DRSA 3MAQA 4IDKA 4CJRA 4Z4IA 1VNBA 4DQSA 2I61A 4EIAA 3S9HA 1J5OA 4LFBK 3V9ZA 4NXNK 2OCEA 4HHFA 4HUGA 4CGHA 1N34K 4DLEA 5AZIA 4BDZA 2PYJA 3MK6A 5AZJA 1TK0A 1NJXA 2QWLA 5E84A 1GLJO 1VSMA 4KO0A 2HMPA 4BRAA 1UA0A 4QS9A 3HYFA 3QI7A 5BR8K 4MQ3A 3RWUA 3EEQA 2A6AA 4FZXC 3AA2A 2O8DA 2G8HA 1M1KO 4JKDA 5AQOA 1RT7A 2IOCA 2VG7A 1KVCA 1U2VB 5AQXA 1X9WA 1KFDA 4FWKA 5HRNA 1TL1A 4CGIA 3AVMA 1RT4A 5AQSA 1T8EA 1HRHA 4KV8A 1RCHA 4DTOA 1X3NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5BRE A;  4BRA A;  4QS9 A;  3D7E O;  2A6A A;  2QWM A;  1SAZ A;  1T6C A;  1X9J A;  5AQO A;  3CJA A;  1U2V B;  1HKG A;  1YXQ A;  1QHA A;  2P9S B;  4B9Q A;  5AQX A;  4C23 A;  4BVP A;  2GWJ A;  4FWK A;  3VEV A;  3TPQ A;  3EO3 A;  4Y0W A;  1Q18 A;  1X3M A;  2ZGY A;  3CJ9 A;  2P9N B;  4M7X A;  1BOT O;  5AQR A;  4CZF A;  3EKU A;  4CZK A;  2EWS A;  5AQS A;  1GLE G;  4BC2 A;  4BR2 A;  2P9P A;  4CD3 A;  1X3N A;  1DKG D;  3VGK A;  1BA1 A;  2FSN A;  1MWM A;  2A42 A;  4FWO A;  4B1U B;  1TYQ A;  4EFH A;  3MDQ A;  4CJ7 A;  3MMV A;  4BRL A;  4FPA A;  4NO7 A;  3CJ1 A;  4FPB A;  4A2A A;  3I33 A;  4FWS A;  4BRK A;  1HLU A;  1QQO A;  5AQF A;  5AQM A;  4CI6 A;  5KQ8 A;  5JIC A;  5BRD A;  3UE5 A;  2H3G X;  4FOI A;  4XH1 A;  2YJE A;  3O8M A;  2VCP A;  3QML A;  5AFU A;  1NGF A;  1QQN A;  3SK3 A;  4FWP A;  3M3Z A;  3VGL A;  3QFP A;  3GE1 A;  3SLC A;  3DXM B;  5AR0 A;  5BRF A;  2P9N A;  4MO5 A;  4K41 A;  4YDU C;  3CQY A;  3HBT A;  3LDQ A;  5AQU A;  2HOE A;  3B8A X;  2CGK A;  3WQT A;  3HSC A;  3MN7 A;  4FOE A;  3W0L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DFH A;  3CFP A;  3K58 A;  2ZF5 O;  4CHQ A;  3LDS A;  1BCO A;  1KXP A;  4DR5 K;  3SV3 A;  1LAV A;  3BEX A;  3D6R A;  1JLQ A;  4CJW A;  1SEG A;  3O9S A;  4DQR A;  3WXL A;  3WXM B;  5B8H A;  1PE4 A;  2YIP A;  3D2E A;  3WNF A;  4IJN A;  1OH5 A;  1ASV A;  3IAY A;  3OYM A;  4Q0B A;  4CJP A;  3PX4 A;  1QZ6 A;  4ISG A;  3VQB A;  3K2P A;  3THX B;  5HBM A;  3AA3 A;  1ATN A;  4MO4 A;  1ZU3 A;  1JXE A;  1VRU A;  2Q0U A;  4DQI A;  4KAZ A;  3M1F A;  5KQD A;  2ZJQ L;  4DU1 A;  2J4R A;  4CJE A;  4Y1D A;  3QIP A;  3C0B A;  1Z6R A;  5C2D A;  3OYC A;  5A2Q O;  1MWK A;  3SQ0 A;  3CCR N;  1JCF A;  4LC9 B;  3VN5 A;  1NLV A;  5F2R A;  4OKE A;  2D0C A;  1Z05 A;  4BRG A;  3TAN A;  1NMD A;  1WAF A;  4DKW A;  3ZX2 A;  1S3X A;  3CHW A;  3OYD A;  1Q9Y A;  4DG1 A;  1QVF M;  1KVA A;  4BE0 A;  1ZYQ A;  1WMT A;  3N4Q A;  2DTU A;  3VQQ A;  2ZGZ A;  3L3U A;  1VSJ A;  1YIJ N;  3O4Q A;  1LWF A;  1HQU A;  3A5O C;  2E6M A;  3MCP A;  3LAK A;  4X64 K;  3F9M A;  1MA9 B;  1Q81 O;  1WSI A;  3ZX3 A;  1RT1 A;  4I7F A;  3DOL A;  1NE5 A; 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