4GNIA

Structure of the ssz1 atpase bound to atp and magnesium
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
391
structure length
385
Chain Sequence
RVVIGITFGNSNSSIAHTVDDKAEVIANEDGDRQIPTILSYVDGDEYYGQQAKNFLVRNPKNTVAYFRDILGQDFKSVDPTHNHASAHPQEAGDNVVFTIKDKAEEDAEPSTLTVSEIATRYLRRLVGAASEYLGKKVTSAVITIPTNFTEKQKAALIAAAAAADLEVLQLISEPAAAVLAYDASDKIIVVADLGGSRSDVTVLASRSGMYTILATVHDYEYHGIALDKVLIDHFSKEFLKKNPGAKDPRENPRSLAKLRLEAESTKRALSRSTNASFSVESLIDGLDFASTINRLRYETIARTVFEGFNRLVESAVKKAGLDPLDVDEVIMSGGTSNTPRIAANFRYIFPESTRILAPSTDPSALNPSELQARGAALQASLIQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Chaperone
source organism Chaetomium thermophilum var. thermophilum dsm 1495
publication title Structural characterization of a eukaryotic chaperone-the ribosome-associated complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative heat shock protein
total genus 131
structure length 385
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 4gniA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4gniA04
1NLVA 3R9PA 1YUWA 1KXPA 4BQZA 3ATUA 2DPNA 3VPZA 5AQXA 4BR5A 2PBDA 1IG8A 3LM2A 4H0YB 1S22A 4K41A 3VGKA 3ZX2A 4CZHA 3DXKA 2HMPA 3H6EA 4BRQA 3AY9A 4XEIA 3ULEB 5EOYA 1V4TA 1DEJA 5BN8A 4CZJA 3VF6A 4PL7A 4J8FA 3H3OB 5CE3A 3LM9A 5AQQA 1TYQA 2A6AA 4A61A 4Z94A 5LJWA 4FOEA 1GLJO 4K42A 4NB4A 3M1FA 4PKGA 1P8ZA 2P9PA 3C7NB 1EQYA 4GY2B 1E4GT 1X9JA 1QZ5A 3ID8A 4RTFD 3RSEA 2P9LA 1ATSA 4BGAA 4BRCA 3MCPA 4JD2B 3IUCA 5E26A 4XH4A 3IDHA 3A5NC 1C0GA 4FWSA 5AZJA 2CGLA 2E2OA 3CJCA 2D0PA 3LDPA 4K43A 4Y0WA 5JLHA 1U2VB 2P9IA 3BF3A 1ZC6A 1TUUA 4A2BA 1NBWA 4CZLA 3SJHA 3VGMA 5KPZA 3AAPA 4B1VA 3IMXA 3VEOA 2D1KA 4DHYA 4EHTA 1NGFA 2WUSA 1MA9B 1BA1A 3H46O 1BO5O 3I33A 2GUPA 1LOTB 4M7XA 1S3XA 3UKRA 5ADXH 2FXUA 5AZIA 3U9ZA 3ENOA 3L4IA 1GLDG 3WEEB 4HTLA 5EVZA 4I6MA 1ESVA 2Q31A 4L3QA 2YI1A 2ZGYA 3LDNA 1K8KB 2E2NA 1RDWX 5AQMA 5FPNA 4FWPA 3A8YA 4EAHD 4H03B 3ZETA 3HZ6A 4BRKA 1HKBA 4DB3A 2PAVA 4FWNA 5AQSA 2QWQA 4BR2A 4IWVA 1NGHA 1HLUA 3ZEUB 3MMVA 1BUPA 2BUPA 5AQHA 3CERA 5AQFA 3VEWA 3UKUA 4FWQA 2P9NA 3GDQA 1GLAG 3KZBA 3IFRA 4M7YA 4CZMA 4ISFA 4FOIA 4BR0A 3ATVA 4B1ZA 4JN4A 5BRHA 3FE1A 4CBWA 1LCUA 1NWKA 5BRDA 3CJBA 2NZTA 4BVPA 1MDUB 2GWJA 4KBOA 2QW9A 4IJNA 4H5VA 1U6ZA 2VCPA 4EIAA 2EWSA 4CD3A 1QQMA 3M3ZA 4H5TA 3FZLA 4FL9A 1XUPO 1BDGA 3CQYA 5AFUH 3VF2A 2Q1NA 3GE1A 4YDUA 3ULEA 1V4SA 2VYPA 4A2AA 5AFUA 3H1VX 1NGGA 3VESA 5KPTA 5LY3A 3LDLA 3A5LC 1QQNA 3CJ7A 1NGEA 5AQIA 3VETA 3VENA 4MLHA 4CZKA 4BC2A 4LC9B 2V7YA 3VEYA 3QFUA 3C7NA 2W40A 4A62A 5FPMA 5AQUA 2Q0UA 5KPRA 2Q0RA 5BPMA 2IVPA 2NRHA 4BR9A 4BRLA 4CBXA 2A41A 4JD2A 3QBWA 4MO4A 4BC3A 2YJFA 4MO5A 2IVNA 4WQ4A 4C23A 2ZWHA 5LJVA 1J6ZA 4CD1A 2QXLA 4FO0A 3VOVA 1WOQA 4H5RA 4H0OA 3H45C 2YCHA 5BRFA 3LL3A 2HOEA 3L0QA 4H5WA 3QDKA 2V7ZA 2W41A 4BRNA 5AQJA 1BG3A 1DGKN 1Z05A 1C0FA 1U2VA 4DQ8A 3WXLA 5EX5A 3F9MA 3D2EB 1BOTO 4F9OA 4YDUC 2YHYA 4BQLA 3HI0A 2QWMA 5AQVA 1Z6RA 4FWOA 3O1WA 3FFKB 4NO7A 4FPBA 3CI5A 2Q2RA 5FPEA 3EKUA 2FF6A 4IXCA 1Q18A 3FLCO 4FWMA 3WQUA 1HJOA 2I7PA 2CH6A 3WEEA 1QHAA 2CGJA 2GWKA 3VEXA 3CJAA 2FSJA 1HKCA 1K8KA 4H0VB 5BPLA 4BRAA 4RCHA 5BPNA 3MN9A 5AR0A 4B9QA 2QWRA 4GNIA 1OKJA 2FSKA 3GG4A 5ADXA 4FWLA 4BG8A 3FZMA 1RGIA 3EO3A 5KQ8A 2YJEA 3ZX3A 3CHWA 5KQDA 3BEXA 2QM1A 5B8HA 4B1YB 4XH5A 1KAZA 3ZEUA 1D4XA 1Y64A 2Q36A 2A3ZA 3CJ9A 2P9UA 5F0XA 1GLCG 1NGDA 4BRFA 3DWLA 5AQPA 3WQTA 4B1WB 2E2QA 4CZEA 2GELA 4CZGA 1ZXOA 1QQOA 3SMSA 2YHWA 3WXKA 3JXUA 4FWRA 3WUHA 3HTVA 2A40A 3JS6A 4ISGA 3MN7A 3FGUA 2J4RA 3DAWA 1XC3A 3GOIA 3ENHA 1G99A 3TU5A 3W0LA 4QS7A 4JHDB 4BRDA 2GEMA 4FPAA 2P9SB 4RWTA 1GLBG 2QWOA 5F2RA 2HF4A 5AQZA 4WYBA 4AM7A 4BRGA 1R59O 2KHOA 5EY4A 2QWLA 3FZHA 4BREA 1H1VA 3HM8A 3ZETB 4EHUA 5FPDA 3SMPA 2P9KB 3MK6A 3DJCA 5AQOA 1WUAA 1T6CA 3UB5A 4BC4A 2A42A 2D4WA 3QICA 5EXWA 3VEVA 3M6GA 5F1XA 1SZ2A 1ZBSA 2CH5A 4O8KA 3SK3A 5AQRA 3HSCA 1JCEA 2UYTA 3DXMB 4M63C 3W3DA 3QFPA 3GBTA 2ASOA 4E1JA 4H5NA 3KHYA 3VF4A 1BA0A 2I7NA 3D2EA 1NM1A 2E20A 5AQNA 4WQ5A 4BROA 3D2FB 1QZ6A 4BRMA 3J8AA 2FLOA 3EL2A 4FSVA 2A5XA 5AQWA 1HUXA 3FZFA 1GLLO 1SQKA 3O4WA 4PL8A 3VEZA 2QWPA 3D7EO 1YAGA 4BRPA 5TKYA 2QWNA 1NGCA 3I8BA 3TPQA 3FZKA 1JCFA 2NLXA 3DXKB 4BGBA 2ZF5O 3A5OC 4XH1A 1NGJA 2E1YA 4BG9A 5JMVA 4BRHA 4IJAA 4JNEA 1X3MA 1CZAN 1NMDA 5I9EB 1TYQB 4BR7A 1X3NA 1TUYA 2OANA 4BC5A 4CZFA 3CQXA 3MN5A 4MLEA 2E8AA 3R6MA 4PKIA 2BTFA 3QMLA 1MWKA 2P9PB 1BWFO 3QB0A 4ISEA 4K25A 3WT0A 4WQ4C 4H0XB 4QS8A 2V51B 4PKHA 3RSEB 2P9LB 3UE5A 3WXJA 4WQ5C 2AA4A 2IVOA 3OHRA 4JAXA 1ATNA 2YHXA 2Q97A 2VWBA 5AZJB 4IO8A 1NGBA 2H3GX 2E2PA 3A0IX 1E4FT 1JCGA 1HPMA 3EZWA 2CGKA 3O08A 1GLFO 2HF3A 4IZ9A 5BREA 2GTDA 2P9IB 3EKSA 2ZGZA 3U9DA 4CI6A 3LDQA 2ASMA 4CBUA 3CETA 4B1UB 2FSNA 1MWMA 3BP8A 3O5BA 3O8MA 3G25A 3ZX0A 1RFQA 3HBTA 1IJJA 3WXIA 3KVGA 1HX1A 4JHDA 1KAYA 1XQSC 5AQTA 2P9SA 4H0TB 3B8AX 3FR0A 5AQLA 5BR9A 4O5FA 1BU6O 3SLCA 1NGAA 1YXQA 4FWKA 3UKRB 4CJ7A 3AARA 3BF1A 1DKGD 5AZIB 3O6WA 3MDQA 4DCHA 4BR4A 3AAQA 3QBXA 4EFHA 1T44A 4I6MB 4BRIA 2P9KA 1T6DA 3EN9A 2E1ZA 1NGIA 3S41A 5JICA 1YVNA 4H0PA 3U4LA 2P9UB 1SAZA 3H1QA 4AM6A 4CZIA 3R8EA 4B1XB 3CIPA 4HWIA 3MN6A 3LDOA 3O80A 3DXMA 5AQGA 5AQYA 1ATRA 1KAXA 2AP1A 5BN9A 4BVOA 3H3NO 3UKUB 2V52B 2ITMA 2P9NB 3A5MC 2IIRA 3U8XA 1HKGA 5E84A 3C0BA 2FF3B 2ASPA 5AQKA 2E88A 3P4IA 2F9WA 3D2FA 1GLEG 3BUZB 4QS9A 5JLFA 3L6QA 3O1BA 3CJ1A 2D0OA 5ELZA 3GL1A 3VERA 3VGLA 2F9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JKZA 3ATUA 3CC2N 4JKDA 3J7YP 3E66A 3H6EA 4UADE 3AY9A 1OVYA 3HPGA 3THWA 4XEIA 2B5JA 2D0BA 5EOYA 5BN8A 3K58A 4J8FA 2VWKA 3ID6A 3VQDA 1ZFUA 3R3LA 1WBDA 2A6AA 4Z94A 3TR8A 1VQLN 4KO0A 2P9PA 4JI1K 3SUQA 4IEIA 1X9JA 1QZ5A 1ZBLA 2P9LA 5DM6L 2PYJA 4DFPA 5HRNA 4JD2B 3DOLA 3IUCA 1HJRA 3LDSA 3LP2A 4Z4HA 4DU4A 2HHXA 3IDHA 1T7BA 2E2OA 4HUFA 3CJCA 1E3MA 1NRBA 4DWIA 3ZSRA 2VG6A 4GV9A 4W5TA 4B9UA 3QINA 4LY7A 3BF3A 1S9EA 3HJFA 1JXBA 3VA0A 2ZD1A 4F2SA 3VGMA 1L5UA 3V9UA 1SS6A 1NPIA 3IMXA 4DHYA 1NGFA 5KRSA 1RT3A 1J54A 4CVNE 4CFDA 2YX6A 2FBVA 1J53A 2W6LA 3DLGA 3UKRA 2LT8A 3OYHA 2Y1IA 3HK2A 3L4IA 5C12A 1N36K 3WEEB 5EVZA 4PUOA 4JKGA 4I6MA 4UQGA 2ZGYA 1K8KB 2E2NA 1RDWX 4FWPA 1TKZA 4EAHD 3E1YA 5CR4A 2D5RA 4DB3A 1RTJA 4CJUA 4IWVA 4B9VA 1NGHA 3AVMA 2OPRA 2YILA 1HLUA 4DS5A 3CCLN 4FM0A 1YT3A 3EZ5A 4B3TK 2NRTA 5SWMA 1B3CA 3C6HA 3GDQA 3KZBA 3IFRA 4BR0A 3OJUA 4KHWA 4B1ZA 4CERA 3LP3A 1C0TA 3FE1A 4CBWA 5HRRA 1NWKA 5BRDA 3S5TA 3AVIA 2O4IA 3E9OA 3O9QA 4BVPA 1Z26A 3L3UA 1BI4A 1L3VA 2C1IA 2Z1HA 1POIA 4DR3K 1VRTA 1S1VA 1MYNA 3PSFA 1QSLA 1TL3A 3SCXA 5CYMA 2G8VA 1QQMA 4E7HA 4M41A 4AQYK 4FZXC 2LY5A 3RVCA 3DRPA 4QAGA 3ULEA 1J5OA 3H1VX 1VQON 5C15A 5LY3A 5GAHP 5AJ3K 4FLWA 3KC6A 5AQIA 2X6NA 1VRUA 1DQ7A 3R1XA 3VENA 4DQSA 4JK9A 1JXEA 1IBKK 1RBSA 5CY4A 4TSXA 1SN4A 1ZBFA 1B9FA 3QFUA 2W40A 4FJKA 4PY5A 5FPMA 4FW1A 5J2NA 4LF6K 2W6KA 4E7JA 1N33K 1D8YA 2DY4A 4CESA 4BE0A 4E72A 4BC3A 2F8SA 2IVNA 4NLBA 3P83D 2G2KA 4C23A 2QXLA 1WOQA 2KGQA 3G0ZA 4H5WA 3P31A 2V7ZA 2W41A 4BRNA 1HYSA 3AVKA 5AQJA 1U2VA 4B9LA 1I2VA 1DT9A 1U47A 5GAEP 3DOKA 1VQNN 3HI0A 3AGRA 2QWMA 5AQVA 3ZSVA 4FK2A 4NO7A 4FPBA 4IKFA 3CI5A 1VQ6N 2Q2RA 2YC1C 4CJRA 4CGHA 5FPEA 2IDOA 4FJXA 2JDQD 3WNFA 2OPPA 4LH4A 3TTDA 2CH6A 2LN8A 1W7AA 3NGZA 1EKEA 1SN1A 1HNIA 2RHKA 3ALYA 1CLQA 2FSJA 2YNGA 1ZVEA 3MN9A 4KV8A 3ISNC 4FWLA 4PWDA 4BG8A 4F8RA 4CHPA 1D9DA 3RR8A 3ZX3A 1KLNA 4B1YB 1Y64A 4W5OA 1SKSA 2I61A 2MBKA 4GMJB 4N47A 5AQPA 4I9QA 1A5XA 4YOYA 4FWRA 2P5GA 4E1NA 3UIQA 1HNZK 5GIPA 2O8FB 4B08A 3OYNA 4OPAA 1BIZA 2J4RA 2GUIA 3AO5A 4B9MA 3O3GA 5KK4A 1IKXA 3V81A 3W0LA 4MFBA 4QS7A 1I2UA 5CY0A 3P39A 3K5OA 2F7TA 3U3YA 3PX6A 2FC0A 1T7PA 2JGUA 5CYQA 4AM7A 2E3GA 2WTUA 3KLIA 3NGYA 4I2QA 1TI5A 3QEWA 5AQOA 1AHOA 2G8UA 4YY3K 3AV9A 4BC4A 1UA0A 2XRIA 2OPQA 4NYNA 3TAGA 3DLBA 4KH6A 3MXMA 3SAHA 3SNNA 4GVEA 3M6GA 4CJ4A 4Y1CA 3CPWM 2NNWA 4O8KA 3SK3A 5AQRA 3TAPA 2UYTA 4ELUA 3VQBA 3W3DA 4KHUA 2XY5A 4BE7B 3GBTA 3TWHA 3E7UX 3BGRA 2A7TA 1BCMA 4CGGA 3J81O 3QEIA 2E20A 4C8KA 3IAYA 3HT3A 3V4IA 4WF9L 4X66K 3D2FB 4BRMA 1RTIA 3SZ2A 3J8AA 3EL2A 1X9SA 1XNRK 3KOWA 3TTCA 1WSHA 4DSKA 1HUXA 2ZJPL 4PL8A 4IBNA 1YAGA 5JVGL 4E3SA 1S72N 2O8BA 5TKYA 3TSUA 4KTZA 1JJ2M 1G15A 3I8BA 4CGIA 3J7ZO 1JCFA 4FCYA 3THWB 3SV4A 1TKDA 5JS2A 4BRHA 3CFPA 5BR8K 1X3MA 3AVFA 3SAFA 4YNQA 3S3OA 1W2BM 3OY9A 2XY6A 1CZAN 1RDUA 4N41A 4MLEA 1HMVA 5HRPA 3I55N 4KI4A 4LF4K 2P9PB 4ISEA 4WQ4C 3MEGA 4DSEA 4QS8A 3SQ2A 2V51B 1IBLK 2P9LB 1HQUA 4JAXA 4UJ0A 4HUEA 2YHXA 4A59A 2H3GX 4KB0A 1IO2A 2VQFK 2RE2A 1JCGA 3KLFA 1HPMA 2CGKA 1GLFO 5HBMA 1BQNA 4IZ9A 5J2PA 4DF4A 1HYVA 4X65K 4K8ZA 2HVIA 1WBBA 4JKAA 3CETA 4B1UB 4CGJA 1UGLA 4FJHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1JKZ A;  3ATU A;  3CC2 N;  4JKD A;  3J7Y P;  3E66 A;  3H6E A;  4UAD E;  3AY9 A;  1OVY A;  3HPG A;  3THW A;  4XEI A;  2B5J A;  2D0B A;  5EOY A;  5BN8 A;  3K58 A;  4J8F A;  2VWK A;  3ID6 A;  3VQD A;  1ZFU A;  3R3L A;  1WBD A;  2A6A A;  4Z94 A;  3TR8 A;  1VQL N;  4KO0 A;  2P9P A;  4JI1 K;  3SUQ A;  4IEI A;  1X9J A;  1QZ5 A;  1ZBL A;  2P9L A;  5DM6 L;  2PYJ A;  4DFP A;  5HRN A;  4JD2 B;  3DOL A;  3IUC A;  1HJR A;  3LDS A;  3LP2 A;  4Z4H A;  4DU4 A;  2HHX A;  3IDH A;  1T7B A;  2E2O A;  4HUF A;  3CJC A;  1E3M A;  1NRB A;  4DWI A;  3ZSR A;  2VG6 A;  4GV9 A;  4W5T A;  4B9U A;  3QIN A;  4LY7 A;  3BF3 A;  1S9E A;  3HJF A;  1JXB A;  3VA0 A;  2ZD1 A;  4F2S A;  3VGM A;  1L5U A;  3V9U A;  1SS6 A;  1NPI A;  3IMX A;  4DHY A;  1NGF A;  5KRS A;  1RT3 A;  1J54 A;  4CVN E;  4CFD A;  2YX6 A;  2FBV A;  1J53 A;  2W6L A;  3DLG A;  3UKR A;  2LT8 A;  3OYH A;  2Y1I A;  3HK2 A;  3L4I A;  5C12 A;  1N36 K;  3WEE B;  5EVZ A;  4PUO A;  4JKG A;  4I6M A;  4UQG A;  2ZGY A;  1K8K B;  2E2N A;  1RDW X;  4FWP A;  1TKZ A;  4EAH D; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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