4GNIA

Structure of the ssz1 atpase bound to atp and magnesium
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
391
structure length
385
Chain Sequence
RVVIGITFGNSNSSIAHTVDDKAEVIANEDGDRQIPTILSYVDGDEYYGQQAKNFLVRNPKNTVAYFRDILGQDFKSVDPTHNHASAHPQEAGDNVVFTIKDKAEEDAEPSTLTVSEIATRYLRRLVGAASEYLGKKVTSAVITIPTNFTEKQKAALIAAAAAADLEVLQLISEPAAAVLAYDASDKIIVVADLGGSRSDVTVLASRSGMYTILATVHDYEYHGIALDKVLIDHFSKEFLKKNPGAKDPRENPRSLAKLRLEAESTKRALSRSTNASFSVESLIDGLDFASTINRLRYETIARTVFEGFNRLVESAVKKAGLDPLDVDEVIMSGGTSNTPRIAANFRYIFPESTRILAPSTDPSALNPSELQARGAALQASLIQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of a eukaryotic chaperone-the ribosome-associated complex.
pubmed doi rcsb
source organism Chaetomium thermophilum var. thermophilum dsm 1495
molecule tags Chaperone
molecule keywords Putative heat shock protein
total genus 131
structure length 385
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 4gniA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4gniA04
1QQNA 3FGUA 3UE5A 4C23A 4MO4A 4F9OA 4IO8A 3CJCA 5JMVA 5AQMA 5AQOA 2P9IB 1JCEA 3ZX2A 3CQXA 4FPBA 3GOIA 5EX5A 4H0OA 1HUXA 1ATSA 2V52B 5AQIA 5AFUH 5AQLA 3ZETA 4BVPA 3FLCO 2I7PA 3WQTA 2VWBA 3M3ZA 3VGLA 3CJBA 3EL2A 3QBXA 4PL7A 5AQKA 2F9TA 4Y0WA 5ELZA 4EFHA 3O5BA 2P9IA 1SQKA 4BRCA 1BA1A 4BC4A 5BRDA 4BRHA 2P9KB 4EHUA 2PBDA 1QQOA 1Z05A 3TU5A 5BN8A 4PKIA 3FZHA 4M63C 4YDUA 3FZMA 3A5NC 4DHYA 4BC2A 2VYPA 3VEYA 5F1XA 1MDUB 3ENOA 3W0LA 2P9LB 2P9UA 2W41A 1ZXOA 2V51B 3A8YA 1K8KB 3A5MC 4K42A 5TKYA 1GLFO 1NLVA 3KVGA 5AQRA 3OHRA 3HBTA 3MN6A 4ISFA 2V7ZA 4K41A 1NGAA 4BR0A 2P9PA 4WQ4C 1NGIA 1Y64A 1Q18A 1G99A 3QMLA 3I33A 3IFRA 4CZHA 3H45C 5BR9A 2P9NB 1NBWA 3GDQA 3ZX0A 2CH6A 4A62A 4BR5A 3F9MA 4BR7A 2GUPA 1T6DA 3C7NA 2OANA 4XH4A 3ZEUB 3UKRB 1D4XA 4BR4A 5AQHA 4FWKA 3WXKA 1BA0A 3M6GA 3VGKA 2PAVA 3BEXA 1HPMA 1ATRA 2H3GX 1ATNA 3MMVA 3SJHA 3LDOA 3WQUA 2A5XA 3VF4A 4JAXA 3U4LA 3GL1A 2I7NA 4ISGA 3FFKB 3H1QA 3VEVA 1NGHA 4JNEA 3W3DA 1TYQB 3R9PA 1HKGA 4BRLA 3VEZA 1DEJA 4BRPA 4K43A 2ITMA 3VOVA 1NGCA 3KZBA 2E88A 4BROA 3ULEA 4CBUA 2HF4A 4HTLA 2QXLA 2Q1NA 4CI6A 2A41A 3O1BA 5FPEA 4H0YB 4QS8A 4A2BA 2YJFA 3QBWA 4FWQA 3ENHA 2IVNA 4MLHA 4GNIA 3IUCA 1LCUA 4BGAA 3DWLA 4BRFA 4XH5A 2YCHA 3CJAA 3AAPA 2D4WA 5AQQA 3MN5A 2CGJA 3DXKB 2WUSA 3A5OC 2NLXA 1GLBG 3L6QA 5ADXA 4BG8A 3HI0A 1HKBA 1HX1A 3QFPA 4QS7A 4IJAA 4H5VA 1P8ZA 4Z94A 2NRHA 3VGMA 2ZWHA 3CQYA 4B1WB 4BRNA 2DPNA 3QFUA 5AQFA 1GLCG 5F0XA 4FWNA 4BRMA 4BRIA 4DCHA 5AQXA 2IVOA 1NWKA 4FWLA 3GE1A 2P9SB 4JHDA 3ULEB 1NGDA 2E8AA 1E4FT 4HWIA 3L0QA 4FWOA 3EKUA 4BQZA 1H1VA 3AARA 3P4IA 5KPTA 3LM9A 1DGKN 1U2VB 2P9SA 4JHDB 1YVNA 3EN9A 2FXUA 3O80A 4WYBA 2YHXA 2UYTA 1E4GT 5KPZA 1JCFA 4I6MB 3BF3A 5EVZA 2AA4A 1CZAN 4H0TB 2HOEA 4BVOA 3ATUA 1ZC6A 3ID8A 3BP8A 1C0GA 4JD2A 2QWLA 2A40A 2D0PA 2FSJA 1TUYA 5BPLA 3R6MA 4DB3A 4H5NA 3UKUB 4FOEA 3BF1A 4I6MA 3DXKA 2ZF5O 3FR0A 2W40A 3IMXA 2FLOA 4AM7A 3EKSA 3D7EO 4B1UB 4XH1A 5AFUA 4B1VA 4XEIA 4FWMA 5BPMA 4CBWA 3CI5A 4KBOA 1GLDG 5KQDA 4PL8A 2FSKA 4IJNA 4J8FA 4FL9A 3D2FA 2V7YA 1S3XA 4RCHA 3QDKA 3QICA 3SK3A 3GBTA 1SAZA 3ATVA 3VF6A 2HF3A 2P9KA 4CD1A 1BOTO 5AQYA 4BC5A 2HMPA 1XUPO 3DAWA 3O6WA 1BUPA 4FO0A 3D2EA 3GG4A 4FWRA 1NGFA 2P9UB 2P9LA 3C0BA 3RSEA 5AZIA 3ZETB 3CJ7A 5B8HA 4CZEA 1QZ5A 3LDNA 5AQWA 2GTDA 4EHTA 3HSCA 1KXPA 2QW9A 4IZ9A 1NGEA 5AQUA 1RDWX 2QWNA 4RTFD 3O8MA 4B1XB 3LDLA 1U6ZA 4CZKA 2AP1A 4H5TA 2IIRA 5AZJA 4FWPA 3FE1A 1S22A 4LC9B 5JLHA 3D2FB 1X9JA 4O5FA 5AQZA 3VEXA 1RGIA 5AZIB 4CD3A 4CZJA 2P9NA 4FWSA 2KHOA 1KAZA 5EXWA 3M1FA 2YJEA 1NGJA 3VETA 4BGBA 1C0FA 1JCGA 5AQNA 3LL3A 1K8KA 5ADXH 2IVPA 3H6EA 2F9WA 4JD2B 2FF6A 1NMDA 3H3NO 3VENA 4GY2B 3HTVA 1WOQA 2YI1A 3SLCA 4WQ4A 2A6AA 1V4SA 1MWMA 2Q2RA 3WEEB 3SMPA 3UKUA 5FPDA 3JXUA 2A42A 1WUAA 4B1YB 1QQMA 3FZFA 3J8AA 4H5RA 2E2NA 5I9EB 2E1YA 1U2VA 4BRAA 2A3ZA 4BRGA 4M7XA 1HKCA 4CZMA 3EO3A 2QWMA 3SMSA 3JS6A 4MLEA 1IJJA 2Q36A 3C7NB 3CJ9A 1BU6O 1MWKA 4FPAA 2QWRA 4FSVA 5AZJB 4WQ5C 4YDUC 5AQVA 3VPZA 2VCPA 2BUPA 3KHYA 5BN9A 1SZ2A 3A5LC 1KAYA 1V4TA 1QHAA 4AM6A 4B1ZA 4BG9A 2NZTA 4H5WA 4NB4A 4ISEA 3CETA 3D2EB 3MCPA 1YUWA 3AAQA 2YHYA 1XQSC 5LY3A 4H0XB 3BUZB 5LJVA 4RWTA 4H0VB 4MO5A 5EY4A 2J4RA 5AQJA 2E2PA 1R59O 1BDGA 3CIPA 1NGGA 2GWKA 2QM1A 4NO7A 3A0IX 2QWPA 2CH5A 1YAGA 4BQLA 2FF3B 5E26A 2ZGYA 5CE3A 3U9DA 2GEMA 4IXCA 2ASPA 5FPNA 1GLLO 4CJ7A 5LJWA 4M7YA 2EWSA 2E2QA 4EIAA 3CHWA 4BC3A 1KAXA 4PKHA 2E20A 1BWFO 4H03B 3H46O 5BRFA 3H1VX 5KQ8A 1ZBSA 1RFQA 5F2RA 3CERA 4O8KA 3S41A 3LM2A 3MN9A 4BRDA 2CGLA 2Q31A 2Q0RA 3RSEB 3WEEA 3LDPA 4QS9A 3QB0A 3VEWA 1YXQA 3L4IA 3DXMA 3VEOA 3O1WA 2ASMA 3TPQA 2GELA 4BR2A 3H3OB 1GLAG 1T6CA 4WQ5A 3IDHA 2BTFA 3WXIA 3DXMB 1NGBA 1ESVA 4BRKA 3HM8A 3UKRA 1LOTB 3HZ6A 5EOYA 3WXLA 5JLFA 2D1KA 5AR0A 1DKGD 3O4WA 5AQGA 2QWOA 4H0PA 2GWJA 3WXJA 3VF2A 4BRQA 1BG3A 4EAHD 5AQSA 1NM1A 3WT0A 4L3QA 2Q97A 3VESA 4CZLA 1MA9B 4CZFA 5KPRA 1J6ZA 3B8AX 1GLEG 3MN7A 2FSNA 3U8XA 4BR9A 5AQTA 5BPNA 1TUUA 1QZ6A 2Q0UA 4K25A 5E84A 3WUHA 3LDQA 3U9ZA 1T44A 3CJ1A 4CZIA 5JICA 4DQ8A 5AQPA 1BO5O 2D0OA 3AY9A 1IG8A 4BREA 1EQYA 4A61A 3MDQA 1HJOA 3R8EA 2P9PB 3FZLA 2YHWA 3G25A 4JN4A 4B9QA 2QWQA 3UB5A 1Z6RA 1XC3A 3EZWA 3MK6A 2E1ZA 1HLUA 4FOIA 3O08A 3FZKA 2ASOA 5BREA 3ZX3A 4A2AA 4IWVA 1X3MA 2ZGZA 1GLJO 5FPMA 2CGKA 2E2OA 4E1JA 3VERA 4CZGA 3ZEUA 4CBXA 1TYQA 4PKGA 3DJCA 3I8BA 1OKJA 5BRHA 1X3NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FGUA 3S3MA 4C23A 5JMVA 3DLRA 3LPUA 3MWPA 3ZX2A 1JCEA 3CQXA 1T0ZA 4OPJA 1CN2A 1HUXA 2V52B 3OYIA 4JKHA 4RW6A 2D0CA 5C0YA 3FLCO 3RVCA 5J2NA 2WONA 2GUIA 1TL3A 3DLHA 4PL7A 3AVNA 3D45A 5HP1A 5J2MA 4EFHA 4OPAA 3Q7BA 4BC4A 1REVA 3O9TA 2PBDA 2SN3A 4YORA 1VNAA 2HHSA 2HHWA 4M41A 5BN8A 3OYFA 4ID1A 4KHQA 2ASCA 4DTOA 4IFVA 4M63C 3OYNA 1GPSA 2X6NA 4DHYA 1SKWA 3E7UX 3T69A 3ZT3A 2P9UA 2ZJRL 2NNWA 3T1HK 4K42A 3A8YA 2VWJA 4AB0A 4IOCL 5T7BA 3PLAA 1DTTA 3OHRA 3D0PA 3PX6A 1SEGA 4YOYA 4K41A 1NGAA 4WQ4C 5AJ3K 1XMQK 4FJGA 4W5RA 3QMLA 3PIOL 1ZBLA 1JXCA 4CZHA 1S72N 4J2BA 3ZX0A 4JKAA 3L2UA 3CD6N 1TAUA 2ZM6K 2KZZA 2GUPA 3C7NA 4CJSA 1S1UA 3WNFA 2XY8A 4X65K 3T19A 1D4XA 5AQHA 4FWKA 3C6TA 1NJYA 3LAKA 3M6GA 3VGKA 2PAVA 3KD5E 4PQUA 1C1AA 4DLGA 3DRRA 1XMOK 1LWEA 1ATRA 2PY5A 2QK9A 1BIUA 3V9ZA 3O9QA 2VQFK 2HHVA 1PX9A 3VF4A 4JAXA 3R1XA 4GKKK 5I42A 4GV9A 3AO3A 4L8RB 4YOUA 4B9UA 3K2PA 3VEVA 4WCEL 4DFMA 3NGZA 5GAEP 4BRLA 3VEZA 2A1SA 1OZZA 2X74A 4KFBA 1NH5A 3VOVA 4FLWA 4DTUA 3ULEA 4CBUA 4CI6A 2Q1NA 2A41A 2GL1A 1B9DA 3HYFA 2VWKA 4Z4EA 1EETA 4A2BA 3P1GA 3CCEN 3IUCA 1C0TA 1LCUA 4BGAA 1N4NA 3DWLA 4E0DA 4XH5A 2NRVA 4UY8O 4KREA 2CGJA 1HPZA 4DV2K 3F9KA 3A5OC 1G15A 4CECA 1IKWA 3L6QA 5ADXA 1TI5A 4CF1A 3QEXA 3HI0A 1HKBA 1HX1A 4IJAA 3TAGA 2BGGA 4H5VA 1I2UA 3VGMA 3SUQA 4LF7K 4BRNA 2P51A 4O8UA 4C1NI 2KTQA 4FWNA 4C8NA 4BRIA 4JK9A 4CCHA 1VSDA 2W6LA 3F5TA 4JHDA 4E72A 3GKUA 4DTPA 1NMNA 4CIEA 1WSHA 2QEXN 3L0QA 1ZBUA 4FWOA 4A5AA 1S9EA 3CCLN 3LP0A 3T3FA 2UXDK 1DGKN 4J2AA 2P9SA 3EN9A 2LN8A 1K73O 1RT7A 1N34K 2UYTA 4MDBA 1JCFA 4I6MB 4JEPA 1KRPA 4H0TB 3DLEA 3ATUA 3ID8A 3HOTA 2QWLA 2A40A 3MWTA 4N5SA 5BPLA 2D5RA 4FOEA 3BF1A 3KK1A 3KTQA 3VTIA 4PHTX 3OS2A 2FLOA 1HJRA 1JKZA 3VQCA 4B1VA 4FWMA 2RE2A 4KBOA 4F4KA 3OS1A 4OKJA 1TK8A 1GLDG 3DLLL 5KQDA 4PL8A 2FSKA 2YNFA 4IJNA 4J8FA 4FL9A 4NXNK 1EX4A 3D2FA 1S3XA 3KLGA 3OBYA 4BDYA 4FJJA 4CW7B 4DU4A 1RT4A 1DTQA 2XO7A 2P9KA 3H08A 4CD1A 4JRQA 3DAWA 3O6WA 3ZSQA 3D2EA 3SI6A 4YOTA 3O3GA 3CYGA 4TSXA 1VQ4N 4M3YA 4HCCA 3CPEA 1HNIA 3SF4D 3CJ7A 5B8HA 3OJSA 1U49A 3LDNA 4DR6K 5AQWA 4C8OA 3HT3A 4U7BA 3SPYA 1W0HA 5AQUA 1RDWX 2W42A 3THWB 1RNHA 4KAZA 2JDQD 2O8EB 2Q3SA 1T7BA 3JSMA 1KVBA 1U6ZA 1NOZA 2AP1A 4GV6A 4JI8K 1S22A 1C1CA 3L3UA 2EX3A 3C65A 1X9JA 4JI1K 3KK7A 3AO2A 1GPTA 3S9HA 5EXWA 2F8SA 4E3SA 5IWAK 3VETA 5HOOA 3THVA 4GKJK 3H6EA 2HVIA 3VENA 3RTVA 4GY2B 3K59A 3AVMA 1WOQA 2YI1A 5CY0A 2A6AA 3UKUA 2KJAA 4JKBA 3VQ4A 3WNEA 1WUAA 1MYNA 5KGWA 5DM6L 2PYLA 2HNYA 1WT7A 1HNVA 2E2NA 3J7YP 5I9EB 3LALA 1C1BA 4AEIA 2IDOA 5CHIA 3SMSA 4BE2A 1I3AA 1VSMA 3L3VA 4LH4A 5AZJB 4W5TA 1RCHA 4XIUA 3QEVA 4YDUC 3K5OA 3VPZA 2VCPA 3CFRA 1OH6A 1SZ2A 1Z25A 3TAEA 4FXDA 2O8EA 3JYTA 4B8AB 3NH2A 4NB4A 1TL1A 3MCPA 4QCLA 3AAQA 1VQ8N 4JYAK 1RDDA 1S6QA 3CFPA 3RR8A 3L4QA 3BUZB 3MEEA 4EZ9A 3CYMA 3VQ8A 1GOBA 4NCAA 4IG3A 4MO5A 3QIPA 2O8DA 3O4QA 5AQJA 1R59O 3SUPA 2E3FA 4NYFA 4GV3A 4WFNL 1ILYA 1Q7YO 2FBYA 2O8BB 5E26A 3U6FA 4AF1A 1NU0A 2ASPA 1VK0A 4FLVA 1KVAA 4KI4A 3CHWA 3J7AP 4JKGB 1JZAA 4KH4A 5MLCQ 4NCBA 3AVFA 1SN4A 4B9SA 2O8FB 1RFQA 2B5JA 3KD1E 2NRWA 2O8DB 4JI2K 3V9WA 3LM2A 1W9HA 4M3ZA 1JLAA 2HHUA 3PSIA 4FM1A 3WEEA 3LDPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3FGU A;  3S3M A;  4C23 A;  5JMV A;  3DLR A;  3LPU A;  3MWP A;  3ZX2 A;  1JCE A;  3CQX A;  1T0Z A;  4OPJ A;  1CN2 A;  1HUX A;  2V52 B;  3OYI A;  4JKH A;  4RW6 A;  2D0C A;  5C0Y A;  3FLC O;  3RVC A;  5J2N A;  2WON A;  2GUI A;  1TL3 A;  3DLH A;  4PL7 A;  3AVN A;  3D45 A;  5HP1 A;  5J2M A;  4EFH A;  4OPA A;  3Q7B A;  4BC4 A;  1REV A;  3O9T A;  2PBD A;  2SN3 A;  4YOR A;  1VNA A;  2HHS A;  2HHW A;  4M41 A;  5BN8 A;  3OYF A;  4ID1 A;  4KHQ A;  2ASC A;  4DTO A;  4IFV A;  4M63 C;  3OYN A;  1GPS A;  2X6N A;  4DHY A;  1SKW A;  3E7U X;  3T69 A;  3ZT3 A;  2P9U A;  2ZJR L;  2NNW A;  3T1H K;  4K42 A;  3A8Y A;  2VWJ A;  4AB0 A;  4IOC L;  5T7B A;  3PLA A;  1DTT A;  3OHR A;  3D0P A;  3PX6 A;  1SEG A;  4YOY A;  4K41 A;  1NGA A;  4WQ4 C;  5AJ3 K;  1XMQ K;  4FJG A;  4W5R A;  3QML A;  3PIO L;  1ZBL A;  1JXC A;  4CZH A;  1S72 N;  4J2B A;  3ZX0 A;  4JKA A;  3L2U A;  3CD6 N;  1TAU A;  2ZM6 K;  2KZZ A;  2GUP A;  3C7N A;  4CJS A;  1S1U A;  3WNF A;  2XY8 A;  4X65 K;  3T19 A;  1D4X A;  5AQH A;  4FWK A;  3C6T A;  1NJY A; 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