4GNIA

Structure of the ssz1 atpase bound to atp and magnesium
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
391
structure length
385
Chain Sequence
RVVIGITFGNSNSSIAHTVDDKAEVIANEDGDRQIPTILSYVDGDEYYGQQAKNFLVRNPKNTVAYFRDILGQDFKSVDPTHNHASAHPQEAGDNVVFTIKDKAEEDAEPSTLTVSEIATRYLRRLVGAASEYLGKKVTSAVITIPTNFTEKQKAALIAAAAAADLEVLQLISEPAAAVLAYDASDKIIVVADLGGSRSDVTVLASRSGMYTILATVHDYEYHGIALDKVLIDHFSKEFLKKNPGAKDPRENPRSLAKLRLEAESTKRALSRSTNASFSVESLIDGLDFASTINRLRYETIARTVFEGFNRLVESAVKKAGLDPLDVDEVIMSGGTSNTPRIAANFRYIFPESTRILAPSTDPSALNPSELQARGAALQASLIQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of a eukaryotic chaperone-the ribosome-associated complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative heat shock protein
source organism Chaetomium thermophilum var. thermophilum dsm 1495
molecule tags Chaperone
total genus 131
structure length 385
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 4gniA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4gniA04
3R9PA 3VEWA 4DB3A 2F9WA 1OKJA 2D4WA 1NMDA 4FWLA 4XH4A 2P9NA 1GLBG 1NGBA 3D7EO 2Q0RA 4EFHA 3JS6A 3U9ZA 1Y64A 1HPMA 3SJHA 4NO7A 4GNIA 3LDQA 1WOQA 4GY2B 3O08A 2HOEA 2HMPA 4WQ5C 3ZX3A 4FWKA 4CZMA 3MN7A 2Q0UA 4EAHD 3W0LA 5KPZA 3D2EA 4EHTA 2ASOA 4H5RA 2W40A 3DXMA 2Q1NA 4A2AA 3SMSA 4BC4A 5CE3A 1BO5O 4BRHA 5BRHA 3GE1A 1GLDG 3GOIA 2ZGYA 3IDHA 1V4TA 3M6GA 3QFPA 1T44A 2P9KB 2YJEA 4K42A 1KAZA 4QS7A 3A5NC 3GBTA 4H0OA 5EOYA 3GDQA 1Z6RA 3WT0A 3ZETA 2EWSA 4H0YB 2AA4A 5AQUA 3SK3A 1BOTO 5I9EB 4K43A 2Q36A 4CZHA 2A5XA 4K25A 4CI6A 1X9JA 1H1VA 4O8KA 2A42A 3BF3A 4BRGA 2ITMA 3O6WA 4O5FA 2QWQA 4YDUC 1GLAG 2GTDA 3O1BA 3O8MA 4WQ5A 2QWOA 2F9TA 3AY9A 1MWMA 1SQKA 2ZF5O 2D0PA 3R8EA 1QZ5A 4L3QA 3QBXA 2QWLA 1BWFO 2YI1A 1U2VB 5FPDA 1CZAN 1C0GA 3VF6A 2P9IA 1XUPO 2FXUA 3CQXA 3IUCA 3HSCA 4FO0A 4JNEA 1NGHA 5FPNA 2P9LB 4CZGA 3HBTA 3AAQA 1RGIA 3ZX2A 3J8AA 5AR0A 2VCPA 4CBWA 3UB5A 4BR5A 2GEMA 2J4RA 4BRIA 3U9DA 4HWIA 4H5TA 1QHAA 2YJFA 4BG9A 3VEZA 1YVNA 2PAVA 3H1VX 2QWPA 1YXQA 3ENOA 3VEYA 5AZIB 2A3ZA 3ZEUA 4BVOA 1MWKA 4CZEA 3R6MA 3VETA 4BC3A 3AARA 4XEIA 3QFUA 3ID8A 3TPQA 3MDQA 5JICA 3MK6A 2NLXA 4XH5A 1BA0A 1Q18A 3U4LA 4A61A 4BRNA 1DKGD 1NGCA 1YUWA 2P9UB 3DJCA 2IVPA 1RDWX 1HJOA 3CJCA 3WEEB 3A0IX 2QWRA 4BR7A 4JD2A 2QM1A 3LDPA 2Q97A 3UKUB 5KQDA 3KZBA 2BUPA 3RSEA 4Z94A 1IG8A 3FZKA 4ISFA 1GLCG 3CETA 4BR2A 4XH1A 4H0PA 4BR9A 4E1JA 3P4IA 3QB0A 3VEOA 3SMPA 3O1WA 4BC5A 2QXLA 1T6CA 2E20A 2V52B 5BR9A 4RWTA 4CZJA 1TUYA 1QZ6A 3DWLA 3CHWA 4QS8A 1ZBSA 3FLCO 3UKRA 1K8KA 4KBOA 4IWVA 4B1XB 3FZHA 1NLVA 3WQTA 3GG4A 3ZETB 1JCGA 2Q2RA 3FE1A 5AQRA 5ELZA 3ULEA 4CBXA 5ADXA 3EKUA 4I6MA 1SZ2A 4PKGA 3O4WA 5BPMA 5AQSA 1ATRA 3H3OB 1NM1A 2P9SA 4BRKA 3VGMA 5JLHA 4WYBA 4AM6A 5AQFA 1BUPA 1NGIA 1U6ZA 5AQMA 2CGJA 1E4FT 4Y0WA 5AQYA 2E2QA 4EIAA 3H45C 4BC2A 5ADXH 1XQSC 3C7NB 5AQKA 4A62A 1DEJA 4M7XA 3M3ZA 5BN9A 2NZTA 4FWRA 5AZJA 3QBWA 1BG3A 4DCHA 1WUAA 5BRFA 1SAZA 1NGAA 2A41A 4IO8A 4MLHA 1S3XA 1JCFA 1BA1A 2E1YA 4JAXA 4B9QA 1ZC6A 1LCUA 3VERA 1ESVA 5E84A 2A6AA 5BPNA 2FSNA 3FR0A 3A5MC 4FL9A 3DXKB 5KPTA 4CZIA 4BVPA 1NGDA 5AQXA 2ZWHA 2GWJA 5AQGA 2P9PB 4B1VA 5LY3A 2IIRA 4BRAA 3O80A 4BRDA 5AQTA 1BDGA 4FWNA 5TKYA 3VOVA 3WXJA 4MO5A 4RCHA 5JLFA 3JXUA 3HM8A 2V51B 3EZWA 2FSKA 1EQYA 4HTLA 3FGUA 3EO3A 2UYTA 5E26A 2HF3A 1TYQB 5AQVA 2AP1A 2E2PA 4RTFD 4BQLA 3A5OC 5AQLA 3CQYA 3CERA 3G25A 4JHDB 1NGEA 1P8ZA 2P9KA 4FPAA 5BRDA 3L4IA 3FZLA 3D2FB 1KAXA 4BRCA 3QMLA 4PKHA 4ISGA 2ZGZA 4CZLA 2VYPA 5EXWA 1R59O 3I33A 1KXPA 2BTFA 2D1KA 4YDUA 3RSEB 2FF3B 3LDNA 4CD1A 5AQIA 5EX5A 2CGKA 3TU5A 2E8AA 3BEXA 1NGFA 3VGKA 1DGKN 2YHWA 5EY4A 4DHYA 4H5NA 2P9NB 3FZMA 2HF4A 3LDOA 4MO4A 2KHOA 3ATVA 1GLFO 2I7PA 3H6EA 3UKRB 3QICA 1U2VA 4B1YB 1MDUB 3A8YA 5AQJA 3OHRA 3BUZB 4M7YA 3F9MA 1V4SA 4BRQA 2YHYA 1MA9B 3LL3A 2V7ZA 4FWMA 4IZ9A 4K41A 2P9LA 3DAWA 3EN9A 1JCEA 1HKCA 2FLOA 2E2NA 1HLUA 3D2EB 4DQ8A 5FPEA 2VWBA 4FPBA 3FZFA 5AQZA 1GLEG 3HI0A 3DXMB 4CBUA 4IJAA 5BPLA 3L0QA 4IJNA 3L6QA 4FOIA 4FOEA 4H0VB 5KPRA 4QS9A 3VF2A 2ASPA 4C23A 4FWSA 4PKIA 5AZIA 3S41A 1NGJA 1C0FA 1D4XA 3ENHA 4BRMA 3WQUA 2V7YA 1KAYA 3CJAA 4FWPA 3VPZA 4BGAA 2GUPA 4IXCA 3SLCA 4B1ZA 3MN6A 3O5BA 3WXKA 4BROA 1XC3A 5FPMA 1BU6O 2YCHA 2P9UA 5KQ8A 2OANA 3WEEA 1QQNA 1NWKA 3CJ9A 4M63C 3U8XA 2Q31A 3M1FA 4H5WA 4WQ4C 1X3MA 3UKUA 3VESA 5EVZA 1ZXOA 2D0OA 2E88A 2E1ZA 2NRHA 4FWQA 2GELA 3LDLA 2P9IB 1G99A 4BR0A 4EHUA 4A2BA 3A5LC 4BGBA 4ISEA 1ATSA 3CIPA 3WXLA 4BR4A 2IVNA 4J8FA 4LC9B 4BRPA 2DPNA 3QDKA 1IJJA 5AQWA 1HKGA 3LM2A 3IFRA 1HKBA 4CZFA 3BP8A 2H3GX 4CZKA 5LJWA 1YAGA 3ZEUB 1ATNA 2QWNA 2PBDA 5AFUA 1RFQA 1S22A 1HX1A 4NB4A 3ZX0A 3KHYA 4WQ4A 2A40A 4JN4A 5F1XA 1GLLO 3H3NO 1J6ZA 3VEVA 3VENA 3MMVA 4B1UB 2FSJA 5BN8A 2W41A 3BF1A 3WUHA 1QQMA 3C7NA 3HTVA 3HZ6A 1HUXA 5AFUH 5JMVA 3KVGA 4JD2B 2CH6A 4BRLA 3W3DA 3VGLA 2YHXA 4BRFA 3H46O 3VEXA 4FSVA 1GLJO 3B8AX 3AAPA 2CH5A 3CI5A 2WUSA 3GL1A 2E2OA 2I7NA 4H5VA 1Z05A 3DXKA 1X3NA 3I8BA 3VF4A 3MN5A 5F2RA 4BQZA 3MCPA 4BREA 1K8KB 2FF6A 2P9PA 2IVOA 5AQPA 3H1QA 3FFKB 4PL7A 3LM9A 2CGLA 1TUUA 2GWKA 5LJVA 4AM7A 1LOTB 5AQHA 4FWOA 4CJ7A 1TYQA 3CJ1A 5B8HA 4BG8A 4H0TB 3ULEB 2QWMA 1T6DA 4I6MB 4PL8A 4H03B 4JHDA 5AQNA 3CJBA 3EKSA 1NGGA 3MN9A 3D2FA 3UE5A 5AQOA 1E4GT 5AQQA 2P9SB 5F0XA 5BREA 1QQOA 3C0BA 3CJ7A 4CD3A 3IMXA 4F9OA 3WXIA 1NBWA 4H0XB 4B1WB 3ATUA 2QW9A 5AZJB 4MLEA 2ASMA 3EL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R9PA 4FJKA 1YJNN 1NMDA 4XH4A 2P9NA 1NGBA 4LF6K 1OVQA 3JS6A 2LI7A 4M45A 4JI4K 2IS3A 3DLBA 1NOYA 3F73A 1L3UA 1JZAA 1WOQA 4RW6A 2HOEA 1BCMA 2HMPA 1L4VA 4YNQA 4JKGA 3ZX3A 4JI7K 5KPZA 1YF5L 4LY7A 4CJVA 3D2EA 4EHTA 2YHBA 3DMJA 2VG5A 2Q1NA 3CFRA 5CE3A 1BO5O 1YVUA 1Q82O 2UXBK 1S5JA 3GOIA 2ZGYA 1RBTA 2P9KB 1KAZA 2HVIA 1IKYA 1BQMA 5EOYA 1BI4B 3GDQA 3KWIA 3ZETA 3WT0A 3KP1A 4JKDA 5HP1A 2AA4A 3SK3A 2X6NA 1QVGM 5CHIA 4M41A 2B3CA 2RPIA 2VWJA 4HE7A 3V9SA 3DLEA 3VQ9A 4YOXA 4O5FA 3K59A 4N76A 4YDUC 3O1BA 4KPYA 4FLYA 2QWOA 4DQQA 1MWMA 4KI4A 2ZF5O 4OKKA 1VQKN 4FJMA 3I8DA 4C8KA 1BWFO 2O8CA 4PUOA 5JS2A 1CZAN 1UOCA 4DUZK 2G8KA 5H1SQ 1HYZA 1NJXA 1M1KO 4GVEA 5FPNA 1J53A 3HBTA 1U49A 1EP4A 1S9EA 2B5JA 3AAQA 3MWPA 3DRPA 3SQ0A 4CHNA 3V4IA 3AVLA 3OTOK 3UB5A 2PY5A 2QWPA 1YXQA 4PWDA 1P0AA 3P83D 1MWKA 5KGWA 4I2PA 1VSLA 4H4MA 4DF4A 1TKZA 1NKEA 3DOLA 1U04A 3AARA 4DLGA 4CE9A 3MWTA 3LZJA 2YKNA 1LQHA 1QHTA 3MDQA 1W2BM 4DR2K 3MK6A 2GBZA 4CJ3A 3CC2N 2ATBA 3KD1E 1DKGD 1YUWA 1C0TA 3AVMA 2IVPA 3CJCA 1HJOA 3QEWA 1ZYQA 2W00A 2EX3A 3O4NA 2QM1A 2Q97A 3UKUB 2N66A 3OJUA 1WB9A 4BR2A 4H0PA 4BR9A 3O3FA 3SMPA 2UUCK 1KCFA 3O1WA 3CXCM 3K0SA 1T3VA 2V52B 5BR9A 4RWTA 3CHWA 3FLCO 4KHNA 1K8KA 1NPIA 4B3MK 4WFBL 1FJGK 2LKBA 4B1XB 3QNNA 3GG4A 3TAFA 4DTSA 3LZIA 2QTDA 1WSGA 1JCGA 5AQRA 5JENA 4FZYA 2BE2A 4DS5A 4NCBA 5AQSA 4CF9A 2IDOA 1C1AA 3H3OB 4KTZA 4WE1A 3TAPA 4DR3K 4KH5A 4AM6A 4E7KA 1BUPA 1U6ZA 4CJFA 3M8PA 5AQYA 2EHGA 5ADXH 4DU1A 3M3ZA 5BN9A 4A5BA 1ZBFA 3I0RA 2JLEA 2HB5A 3QBWA 1BG3A 5BRFA 1SAZA 3RWUA 1N8RO 1NGAA 3ZSWA 2OTLN 1TKTA 2GV9A 4MLHA 1S3XA 4O44A 4N5SA 4CEAA 3VERA 2VG7A 3V1QA 4K8XA 1ESVA 3DLRA 3L2VA 2A6AA 4Z4EA 3L2WA 2OPSA 3SAFA 3L4QA 2A1RA 2ZWHA 2GWJA 4KTWA 5AQGA 1X1PA 4B1VA 3C6UA 4HHFA 4CGFA 3L3UA 1G15A 3KK2A 4GKJK 1SKRA 3JXUA 3L2RA 1EQYA 3FGUA 4IBNA 3EYZA 4LD0A 3WNEA 1KSPA 4NCGA 5I3UA 1PE4A 2UUBK 4H8KA 4L8RB 3TR8A 3A5OC 3JAMO 2P5GA 4CGHA 4JHDB 1NGEA 2P9KA 3SAGA 1SN4A 2PYJA 3D2FB 1OH6A 3OYGA 1KAXA 3T1HK 4FJIA 1BI4A 2A7TA 3KK1A 3P31A 4CJQA 2ZGZA 2K35A 4TSXA 3V1RA 2VYPA 5LMUK 4A59A 3I33A 3PUFA 3RSEB 4OKEA 3AGRA 3RR8A 4LFBK 2FBTA 4I7FA 4NYNA 3BEXA 3VGKA 3CCUN 4CIGA 3MCAB 1NJYA 3MEEA 5CZ1A 1KRPA 2YIPA 3UKRB 5GAGP 4DF8A 3AVGA 1BIZA 3KIOA 1ZVEA 3A8YA 4CJPA 4X64K 1BCOA 4M7YA 1UAXA 3F9MA 5KGXA 4W5RA 2YHYA 1D8YA 1MA9B 3K2PA 1CXQA 4FLVA 3S3MA 2I61A 4G1QA 5LL6Z 5JS1A 4CEBA 3OYBA 3V81A 3OW2M 5AQZA 1GLEG 3HI0A 4CF8A 3DLLL 2OPRA 4IJAA 4B9UA 4OGEA 3E7RL 5BPLA 3AVJA 1RDUA 4IJNA 1IKXA 3PLAA 4H0VB 4C23A 1HPZA 2O8EB 4OPJA 3S41A 2KBJA 3NH2A 4AHTA 3ENHA 2RHKA 3ALYA 4FW2A 3KP0A 4BRMA 1KQSM 3CJAA 3K57A 2E5LK 1KLNA 1JZBA 4CECA 1VQ4N 2GUPA 1ZUTA 1RDCA 1TVRA 4DV3K 3IS9A 4B1ZA 3MN6A 3O5BA 5A2QO 2RE2A 4BROA 1DTQA 3KLIA 3LPUA 1XC3A 1BU6O 2YCHA 5CYQA 5C12A 2DTUA 1XMQK 1ZU3A 2OANA 1WWNA 1VRTA 3BGRA 3RRHA 3KK3A 4GKKK 1SS6A 2WFBA 3I0SA 1LAWA 4JK8A 3PO4A 3M1FA 2VY6A 2YNGA 1N32K 3UKUA 4AAZA 2NRHA 1SL2A 3HK2A 2PFUA 1X9WA 4BACA 3LDLA 5M1OA 4DQRA 1KD1O 3HO1A 3CCRN 4NYFA 4BDYA 2XHBA 3KWGA 4DTRA 1XHZA 2FBYA 5KTQA 4AHUA 3QI7A 5J2PA 2HBMA 2HBKA 1NK6A 1QVFM 4LC9B 4BWMA 1L5UA 3TAGA 3QDKA 4J2BA 3K5MA 1HKGA 3LM2A 3E9LA 1B9FA 3OYDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3R9P A;  4FJK A;  1YJN N;  1NMD A;  4XH4 A;  2P9N A;  1NGB A;  4LF6 K;  1OVQ A;  3JS6 A;  2LI7 A;  4M45 A;  4JI4 K;  2IS3 A;  3DLB A;  1NOY A;  3F73 A;  1L3U A;  1JZA A;  1WOQ A;  4RW6 A;  2HOE A;  1BCM A;  2HMP A;  1L4V A;  4YNQ A;  4JKG A;  3ZX3 A;  4JI7 K;  5KPZ A;  1YF5 L;  4LY7 A;  4CJV A;  3D2E A;  4EHT A;  2YHB A;  3DMJ A;  2VG5 A;  2Q1N A;  3CFR A;  5CE3 A;  1BO5 O;  1YVU A;  1Q82 O;  2UXB K;  1S5J A;  3GOI A;  2ZGY A;  1RBT A;  2P9K B;  1KAZ A;  2HVI A;  1IKY A;  1BQM A;  5EOY A;  1BI4 B;  3GDQ A;  3KWI A;  3ZET A;  3WT0 A;  3KP1 A;  4JKD A;  5HP1 A;  2AA4 A;  3SK3 A;  2X6N A;  1QVG M;  5CHI A;  4M41 A;  2B3C A;  2RPI A;  2VWJ A;  4HE7 A;  3V9S A;  3DLE A;  3VQ9 A;  4YOX A;  4O5F A;  3K59 A;  4N76 A;  4YDU C;  3O1B A;  4KPY A;  4FLY A;  2QWO A;  4DQQ A;  1MWM A;  4KI4 A;  2ZF5 O;  4OKK A;  1VQK N;  4FJM A;  3I8D A;  4C8K A;  1BWF O;  2O8C A;  4PUO A;  5JS2 A;  1CZA N;  1UOC A;  4DUZ K;  2G8K A;  5H1S Q;  1HYZ A;  1NJX A;  1M1K O;  4GVE A;  5FPN A;  1J53 A;  3HBT A;  1U49 A;  1EP4 A; 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