4GNJA

Crystal structure analysis of leishmania siamensis triosephosphate isomerase
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
248
structure length
247
Chain Sequence
KPQPIVAANWKCNGTTASIEKLVQVLNEHQIDHDVQCVVAPSFVHIPMVQAKLCNPKYAVSAENAIAKSGAFTGEVSMPILKDLGVSWVILGHSERRTYYGETDGVVAQKVADAYNQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTAAIAAKLPKEAWSQIVLAYEPVWAIGTKVATPEQAQEVHALLRQWVSEKIGNGVATKLRILYGGSVTAGNAKTLYMKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Leishmania sp. siamensis
publication title Crystal Structure Analysis of Leishmania siamensis Triosephosphate Isomerase
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 88
structure length 247
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2012-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gnjA00
1FCQA 3NPVA 4NXKA 4O1CA 3JR2A 5KSWA 4LVFA 4DBDA 1SO6A 3GK0A 4O10A 2LLEA 1VJIA 4AWSA 2B4GA 4Q4KA 3C6CA 4A21A 5KZDA 3G1FA 2NV2A 2CZ5A 1OJXA 5CGQA 2GQAA 1Z44A 1XKYA 1A53A 2OX1A 3PF3A 1OFQA 2AGKA 4RZ6A 1KLZA 3BW2A 5F2MA 5K3VA 1H5YA 2DZTA 4LW7A 3S0CA 2ZZ7A 1T96A 3TA6A 4BR1A 3EB2A 3WJSA 1QOPA 1OFPA 3TH6A 1GVQA 4RJEA 1BKSA 4TMCA 5L9FA 2J6XA 4IWWA 3FS2A 2PCQA 1EIXA 1TB3A 1LRQA 2QUVA 1LOLA 5HUOA 4GBUA 3S5YA 1WA3A 4M7SA 1NF0A 4E2BA 1A5SA 2FTPA 3UWWA 2ZZ4A 1KW1A 1ICSA 1ZENA 3PSWA 1TTPA 2QUTA 3P5YA 4NJKA 2W0UA 1I8JA 4DO4A 1HL2A 2WSQA 4I9AA 1EUAA 2EKCA 5EA9A 2V2DA 1JRCA 5D04C 4EVZA 2XFWA 3EEGA 2EGZA 1TV5A 5LGXA 4JX5A 2RFGA 4KWVA 2GJLA 4JD4A 4BI6A 1FUYA 4PEKA 4JS3A 3LXAA 1WOBA 3B0UX 3T4CA 4Q32A 1KFKA 3L5LA 2D73A 5AYYA 1SQ7A 1P0KA 4HNTA 3VE7A 3N9SA 2J88A 3DFNA 3I7RA 1GG1A 1L6YA 3QF0A 5CZ0A 3LB0A 1PV8A 3C2OA 2V2CA 5F2LA 2V2HA 3LTSA 4XKYB 3NL6A 5BNKA 3HIJA 1V7YA 3AJXA 3G18A 2WNZA 2BSLA 3B05A 4RR4A 4AVFA 2GQ8A 2XN0A 3CT7A 4QSHA 2TPSA 3R13A 1GTHA 2ZRZA 1HFBA 4Z1DA 3R8RA 3BLIA 3Q2DA 2QAFA 4MFDA 2ATMA 1SW3A 2E68A 1SW7A 1F6PA 4A3UA 5E1QA 1WXJA 1QAPA 3E9AA 1J2WA 1M6JA 1FXQA 3GKAA 1E51A 4BI7A 3M5ZA 4XTDA 3C2RA 4O1BA 1VCFA 3G3MA 3NQ7A 1J5TA 3IIPA 3W1LA 5FEWA 2ZDRA 1KFBA 2QDGA 3SGZA 3K30A 5KMYA 4YL2A 1Z42A 4IPJA 2NZLA 4KFNA 3WK0A 1WX0A 2E6AA 4UTKA 3E0IA 3PY2A 3UQNA 3GDRA 5TBOA 3C3NA 3KAOA 1W5MA 5FI8A 2E6YA 1HUVA 1LLZA 2YCEA 1JR1A 1I2OA 2V8ZA 5IM51 1W0MA 4O19A 2B7OA 4I7UA 2ZZ5A 2PC4A 2WO5A 3DBPA 4NJHA 4HHPA 2GVGA 2Y7DA 3GVGA 1KTNA 3LCGA 4QM1A 4JX6A 4Z1CA 3G1AA 4RX0A 4WY0A 3GR8A 1KM1A 1R2SA 3T78A 5J5DA 5HNRA 1M7OA 5F2IA 3SI9A 3W75A 2NWSA 4IMDA 1F76A 3I7SA 4D2JA 2FLIA 1LOSA 4IMCA 1A5CA 4HKPA 1K03A 4W9TA 1CW2A 2YW3A 3G1VA 5K7JA 5HULA 2OJPA 5C2XA 4CNOA 2ZZ6A 1D3HA 3GZ3A 3ZWTA 4C1LA 1GVSA 5DXXA 2YYUA 3FKRA 4LC6A 3HBLA 1I2NA 2OZ0A 3NZ1A 1VHCA 4NJIA 3EX2A 4YMZA 1FWTA 5KZEA 3B03A 2B7QA 4K38A 2YSWA 4UNKA 1TCDA 5KITA 4O53A 2NX9A 4GRSA 1YDVA 1EB3A 5TQLA 3QPYA 3DKLA 2CFFA 3W7MA 1THFD 3O06A 3L0NA 4M7TA 3NQFA 1KV5A 5C55A 2C0AA 4KFPA 2A7RA 2Y7EA 2ZZ3A 4PC8A 4Y6GA 1SU5A 3CWOX 3EWUA 1OFOA 3MBFA 2X1TA 1JCNA 3KRSA 4O18A 1GVOA 2OT1A 3T55A 3LRLA 1OX6A 1I2QA 1JUBA 1LLWA 4NT0A 5HWJA 3UWVA 3W2JA 1SPQA 3L5MA 3P8JA 2QCGA 2OMAA 3UXAA 3TXVA 3L5AA 4KWWA 4Y96A 3CEPA 4N4PA 3W23A 4WXZA 2W79A 4JXCA 4Y9AA 3TJLA 4WOZA 2V9DA 4CQ8A 3O6DA 4GUIA 4MKNA 2A7PA 5H91A 3IIXA 1FDYA 1XXXA 4IXHA 2WNNA 4UIOA 1X1ZA 3NAVA 1TTJA 1EUNA 4BWLA 4UMCA 3O05A 3KRZA 3NL2A 2O7SA 1LBLA 3NQAA 3LTYA 1NEYA 2QF7A 4HPXA 3INPA 1CI1A 2QCNA 3OVRA 1GG0A 4YWIA 1W8SA 1FBAA 4RLIA 1D9EA 2V5BA 3LI1A 1OABA 3QZEA 2RDTA 1PIIA 5DLCA 4X22A 4WXYA 4O4VA 5G5IA 4OV4A 2NLIA 4Y90A 1X8FA 3NG3A 2F7FA 3Q94A 1XI3A 2VEMA 4OGZA 3EX1A 1MEIA 3R12A 3ELFA 4UTJA 3O6YX 2WV8A 2A2IA 4EOUA 2WOQA 3DU0A 3LDVA 4JTSA 3M43A 2G95A 1GPWA 2YFOA 4MZYA 1KM0A 1I4NA 1LYXA 1VQTA 1K8XA 2FJKA 4WQ6A 1SW0A 3W7RA 3IVTA 1KFJA 2E6FA 3BLFA 1LZOA 3NNTA 3NQ2A 1WBJA 1I2PA 1JQXA 5D32A 1YTDA 5CKSA 5EMUA 3C8FA 2V81A 3TSMA 3QM3A 1UBSA 5D37A 4EF8A 3ZS4A 1XFBA 2QJHA 2ZFAA 3B04A 3L21A 4IMGA 4YLWA 4QJ1A 1XBZA 1ZNNA 3MI2A 5IBXA 1JULA 3LCXA 1YXYA 1U5JA 2C1HA 2Y89A 4WUIA 3OBKA 1R30A 1IXNA 1ONRA 3M6YA 4JN6A 3TCEA 3I65A 2FB3A 4NX0A 5AN7A 1TO3A 3MYPA 4QNWA 3SJ3A 3TIMA 2Q3RA 3BG5A 2QEZA 1XBVA 1AMKA 4ZVJA 3HG2A 2J27A 4N6EA 3MI6A 4IMEA 1RQEA 4QQ3A 2E77A 2R14A 4PODA 1LRTA 3M9YA 5BRBA 1O5KA 4RV8A 1S5VA 4UFHA 1GYNA 4GXMA 3LCFA 1DQXA 1PCWA 1YPIA 4UUIA 3ABRA 1AL7A 1LP6A 4H4IA 4UMAA 2O7QA 1KTBA 1WDWA 2ZRWA 4S2CA 2V5LA 3W7GA 2V82A 4LVBA 2JBMA 3PVFA 1AW2A 1JCMP 4FNRA 3P8IA 2PURA 3P82A 4JIQA 3KOFA 1VYSX 4Z08A 3P61A 1JUEA 1H7WA 3F4WA 3UY8A 1ZCOA 5G2HA 3O6CA 3SR7A 4UTTA 3QPZA 1OYCA 4DF0A 1H62A 2F84A 3W74A 3DGRA 5HWNA 4BK9A 1VCGA 3BW4A 1K8YA 3KVLA 4WY0F 6TIMA 3NO5A 3U8GA 3P80A 3DFPA 1Q45A 3BO9A 2QR6A 1HTIA 2NXIA 2CLKA 2CLEA 4OU1A 1NFBA 3L67A 2ZRUA 4MYAA 4GJ1A 3MP4A 1LROA 1SZNA 1A50A 2YFNA 4XUGA 1XUUA 5J5RA 3N19B 4FNTA 2QJGA 4BWLC 5F2GA 3EX4A 1YTEA 3T40A 3AO0A 5D2WA 4ZMGA 2ISWA 1FDZA 1BWKA 1ALDA 2TMDA 2VEPA 5U7SA 1BWLA 2ZRVA 3N2XA 1PL9A 2DZVA 5CZJA 5LNWA 5DY2A 1WV2A 1OX5A 2BZNA 3C4UA 4HN4A 2VFHA 1KM2A 1WBHA 3GDLA 1KFEA 4I7WA 2X1SA 1KBJA 2Y63A 3MHUA 4IQLA 2YX0A 1IF2A 4H6KA 4UFJA 3QYQA 4JR5A 4H3DA 1R2RA 1FY6A 5KTLA 2HSAA 2ZBTA 3CPRA 3W1AA 3EX6A 3IVSA 3MJYA 1SSDA 3I68A 3S8HA 2Y7FA 2Y7GA 3LBCA 1IIHA 3UZJA 4A2RA 1G67A 1W54A 3TV8A 1I2RA 1VHNA 3Q37A 1SZGA 3NDOA 4LS0A 4LVGA 3IIZA 3UXDA 4AH7A 3NXFA 3O07A 2KZHA 2RKXA 1EWEA 3M5YA 4IOTA 4LNYA 1QDSA 2H6RA 4ZL1A 4OE7A 4AHPA 3R5EA 3O63A 5AHMA 3P84A 5BMWA 3HGJA 4HNNA 5AC6A 2ZA1A 3M5VA 3PUOA 3TW7A 1Q3NA 5D2XA 1JCXA 3O1NA 3NQMA 1EA0A 2ZZ2A 5IBXC 5CZTA 1Q6RA 2CLFA 1UCWA 4A29A 1D3GA 2A0NA 4WZHA 3TQ0A 1MSSA 3W7QA 3QH2A 4GE8A 3A22A 4NNBA 2PE4A 4IX2A 4X2RA 3W1XA 1X6UA 1JRBA 3PG8A 3RLUA 1KTCA 4RCXA 3G1HA 8TIMA 1AW5A 1ZALA 4N02A 1OFEA 1G69A 4ZQOA 1RPXA 3HF3A 4NUWA 4WJEA 5F1VA 3CC1A 4UC5A 1ME8A 4WY0B 2H8XA 4C1KA 2WKJA 1K02A 7TIMA 3TU9A 1UASA 3G24A 4ZQRA 1LRNA 2G97A 3W76A 1AK5A 1KM5A 4FNPA 5D33A 3VKJA 3DH7A 1H60A 1DBTA 1OFDA 1G4PA 1QPNA 1RVGA 2TYSA 4GUGA 3M16A 4NXSA 4MZ1A 2BWGA 2DU2A 3G0SA 1G6CA 1P1XA 4O1DA 3WK2A 5AHIA 1EEPA 4MJMA 4PTNA 3P7YA 3TKFA 2C18A 2AQWA 3UWZA 6ALDA 4O17A 4UTTC 3LHWA 3IRDA 5F4XA 5FESA 3WK1A 1EWDA 3FLUA 3C61A 3FEMA 2ZA2A 3GNNA 2JGQA 3OVQA 1IXPA 1DVJA 3G1DA 5FF4A 1B4EA 1G4SA 4FEZA 2VOMA 5LZLA 3LI0A 1WYIA 2CZEA 2FPVA 3U6WA 1XDLA 3ATZA 3W6YA 1H51A 4NZJA 5K9CA 2GQ9A 1DL3A 1F2JA 1YXCA 3HPXA 2Y61A 4NJGA 3BK0A 1BTMA 4FX8A 4MJZA 1TQJA 5A5WA 2CLOA 4YCPA 3RLVA 2YDAA 3KVKA 3P74A 5LNSA 1AL8A 1XUZA 2ZA3A 1LORA 3E12A 3TSDA 1SZFA 1W5NA 1K7EA 4OBTA 3LLDA 3SGUA 1ADOA 1CX9A 4N2YA 1C9DA 2NV1A 3GIYA 3OHIA 2EPHA 3TXZA 4ADUA 1QR7A 4JTJA 4LUJA 1W3IA 3UYCA 4HSNA 5CSRA 2Z6IA 1VGAA 1ZAJA 3NQDA 3RK8A 2NX3A 4G1KA 3UPBA 3LBMA 4KKXA 2NUXA 1OK6A 5BW6A 1G7VA 3UNDA 1TYGA 3W70A 4UTHA 4DF1A 4GUFA 5GVJA 5FF0A 3TC6A 1Z48A 3DFOA 4JY9A 3W2MA 4AWTA 4JYFA 2H3BA 2WJZA 3GAYA 3PUDA 1C29A 3RNDA 1SZEA 3NQCA 5D03A 3ZR4A 2JK2A 4K7VA 4NU7A 2E6DA 3RMJA 2QJIA 5I3IA 1EPXA 4M5PA 2WSYA 5I3HA 4ICNA 1W31A 1QNVA 2ABBA 3QMSA 4AHQA 5D09A 5C6MA 3TC7A 2QCDB 4JTFA 5DN1A 3PULA 4FXRA 1NVMA 2OCZA 1TJPA 3QQ1A 5FEXA 4O28A 1VZWA 4XTIA 3T44A 1ICPA 1FQ0A 1KLYA 4UTWA 3PR2A 1KBIA 4UXDA 2QCLA 4R34A 5F1UA 3W71A 5F4SA 5KINA 2IQTA 1LM1A 3BW3A 1TPVA 2WPBA 3N9RA 5DCDA 4WX2A 4LS2A 3LTPA 4MFEA 4K6AA 3YPIA 2YYTA 3OVPA 3EWYA 3W73A 3UZ5A 1YYAA 2Y6ZA 3DHDA 5EYWA 3GYEA 2CZDA 3LLFA 5G2WA 3DZ1A 3GLCA 3N3MA 1OVDA 2DJXA 1PHQA 3S5NA 3O15A 4L4LA 5FEPA 1K3UA 3PM6A 3V1PA 4UR7A 2UV8G 4ZQNA 4MIMA 4P61A 4UFLA 3FYOA 5KZMA 4UTUA 3W22A 3DENA 2VKZG 4M19A 3PG9A 2EHHA 3H54A 3QC3A 1SSGA 4QIUA 3SY5A 3TX9A 1SO5A 2DZUA 3QSRA 1GQNA 5H2ZA 3GDKA 3DI0A 3S1XA 4JDBA 4QAIA 5AC8A 4HIBA 3EXRA 3NEVA 3THAA 1GVRA 2QCCA 5DBTA 3W1RA 3TE9A 3MBDA 4Q33A 5ABTA 4HSOA 3PBYA 3LRKA 2NUWA 3HG4A 1OFRA 1GTEA 3E02A 2VEKA 4DXVA 1H7RA 1UB3A 2V0TA 2QDHA 3UPWA 3W07A 2RDUA 4AMAA 4O4WA 1M5WA 3WFAA 4JYEA 1T8XA 3CTLA 4PCFA 1W3NA 3E96A 1IXQA 5K9XA 3HOJA 1F6KA 4RXGA 1IGSA 1PCKA 1ZY9A 5CPOA 3F03K 3GXNA 1FCBA 1R46A 1MEWA 4AWUA 2PRMA 1QPOA 1N7KA 3S5ZA 1KM6A 4RK8A 3OA3A 1MXSA 4PFMA 5EKYA 4K8EA 1XBXA 4O0KA 4DPQA 3WJYA 5BMXA 4Y8FA 4FB7A 1VS1A 4A22A 2QCDA 3CM4A 3MI3A 3LV6A 3WJZA 2NWRA 5LKYA 2H90A 3PBWA 3MP5A 2G5WA 4R7JA 3IEBA 4CCEA 2Q8ZA 2JKPA 4B5NA 3EKZA 3W7DA 3LOTA 4WD0A 3WJXA 3STGA 1FDJA 3GB6A 4JTIA 5E0KA 1JQVA 4FO4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GIP A;  2OR2 A;  4NXK A;  1IR2 A;  4ZFM A;  2LLE A;  2X0S A;  4E8D A;  2GGH A;  1CGV A;  2JIW A;  3E6E A;  4A21 A;  3VGG A;  2QGH A;  3V35 A;  3OGR A;  5MKG B;  1OJX A;  1RBA A;  1Z44 A;  4HA1 A;  3CV2 A;  1B2Y A;  2YLL A;  2OX1 A;  3PF3 A;  4LQ1 A;  2HPI A;  1KCX A;  1X98 A;  3I3D A;  3WH6 A;  4JHZ A;  3S0C A;  2ZZ7 A;  1T96 A;  3GIQ A;  3T2P A;  4GD0 A;  1I75 A;  1PZ0 A;  2E28 A;  4XAP A;  3OOQ A;  2ZWY A;  1U5H A;  5E6Z A;  2QVH A;  3MMD A;  5L9F A;  2J6X A;  4H9U A;  4IWW A;  2VC9 A;  1VIZ A;  4GBU A;  4TQT A;  1K9T A;  2NLY A;  3EMZ A;  2FTY A;  1XFC A;  1ISV A;  4OOZ A;  5B7Z A;  4DO4 A;  1HL2 A;  1EUA A;  2EKC A;  1JRC A;  5D04 C;  1LT7 A;  1TV5 A;  2P0I A;  4H7V A;  1LF1 A;  3WQW A;  1DJG A;  2GJL A;  4JD4 A;  4J3X A;  1WUE A;  4PEK A;  4QRO A;  3LXA A;  4W8A A;  5IOB A;  4KS0 A;  1YHT A;  1KBB A;  5AYY A;  3R8G A;  3UPM A;  1P0K A;  2YXX A;  3SCR A;  3N9S A;  3DFN A;  3QF0 A;  4YYC A;  4XIA A;  4JFW A;  2QPU A;  2V2C A;  4JHM A;  2A3B A;  2V2H A;  4MB1 A;  1L8P A;  3TYD A;  3AJX A; 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