4GPJA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a isoxazolylbenzimidazole ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title The design and synthesis of 5- and 6-isoxazolylbenzimidazoles as selective inhibitors of the BET Bromodomains
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4gpjA01
4IR3A 3S92A 2L84A 5I83A 5A5PA 2H60A 5TCMA 3UV2A 3LQJA 5L8TA 5E3DA 3MXFA 4CFKA 1WUMA 4ZW1A 4XUAA 4RVRA 5JWMA 4QEUA 5EWCA 4IOOA 4QBMA 5II1A 4KV4A 4CUTA 4QR3A 5HRXA 4YATA 5I1QA 5EP7A 4YH3A 2DVQA 4A9FA 4WHUA 5L97A 5E9IA 3U5KA 5CQTA 5E73A 5DYUA 5I80A 4YC9A 4LYIA 4QC1A 5CQ7A 5IG6A 5FE8A 5CUBA 4YYKA 4WIVA 3IU5A 4KV1A 4YY4A 4A9LA 4NR4A 2RNXA 5EQ1A 4UIVA 4AKNA 3O33A 4GPJA 5FG5A 3MB4A 5BT5A 5EISA 4A9JA 5EI4A 4NRBA 5ENCA 4O75A 5FH8A 4PY6A 5CQ4A 4Z1QA 4UIXA 5L99A 2D9EA 5KO4A 4X2IA 4O76A 4NUEA 5H85A 5HRWA 5J0DA 5LKXA 4UITA 2RNYA 5DFCA 4O7FA 4IR4A 4Z6IA 5ENEA 3ONIA 4Y03A 4QR4A 4HXOA 5A85A 5D7XA 4NYWA 5F61A 5D3HA 4HBVA 4C67A 5HJCA 5HENA 5FE0A 4N3WA 4NR7A 4NQNA 4UIUA 4YABA 5KTXA 5G4RA 2DWWA 5CUCA 4IORA 4O71A 4YH4A 3JVJA 5H1VA 2WP1A 3AADA 4O7AA 4UYGA 4TTEA 3G0LA 3K2JA 5FB0A 2RNWA 4NR9A 3U5JA 4NUDA 2DVVA 5HQ7A 4A9OA 3JVKA 2RS9B 3UVWA 5ENHA 4TYLA 5HLSA 5FG4A 3TLPA 4N4GA 4QEVA 5E0RA 4CURA 5I40A 5LJ0A 3NXBA 4O77A 5DYCA 5IBNA 4QC3A 4TU6A 2YEKA 4BHWA 2DATA 2DVSA 5LUUA 5FFYA 3UVDA 5AMEA 5FE2A 5KU3A 3U5OA 5LKTA 2F6JA 2DVRA 2L5EA 5ETDA 3GG3A 4J0SA 4NR8A 2OSSA 5AMFA 4YYHA 5BT3A 3HMEA 5D0CA 5E3GA 5CTLA 2E7NA 5D3RA 3DAIA 5DBMA 5CQAA 5EK9A 5HFRA 2YYNA 4QB3A 4NR5A 4XY9A 5LVRA 2F6NA 2R0SA 4XYAA 5ETBA 4UYHA 5D3TA 3LQIA 4TT2A 4TT4A 4NRAA 5CRMA 5CGPA 5CFWA 5C8GA 4FLPA 4TU4A 4YY6A 4A9HA 2I7KA 3I3JA 4O7BA 5HELA 5CUDA 4J3IA 3MUKA 2YW5A 3O36A 4C66A 4HXSA 4LYSA 5DKDA 5I7YA 4PTBA 2RFJA 5EVAA 4YK0A 2E7OA 2NXBA 4LZRA 5E9VA 5E9KA 4MR6A 5EM3A 3QZVA 3P1CA 4NQMA 4UYFB 4LYWA 5IGMA 4QSTA 4TZ2A 5EPSA 5DFBA 2GRCA 4F3IA 5F63A 5EU1A 4YAXA 5H1UA 4MEOA 3O34A 5KTWA 4QUTA 5L8UA 5F60A 3RCWA 5L96A 3FKMX 5I29A 3ZYUA 5D3PA 2I8NA 4MR3A 4XY8A 4O74A 4KCXA 4QZSA 3P1EA 4OUFA 5E9LA 5CUGA 5HQ6A 2OO1A 5HEMA 2MJVB 4QNSA 5I89A 5EV9A 2D82A 4CUPA 5IGKA 5TB6A 5C4QA 3UVYA 5A81A 5A5QA 2KTBB 4LZ2A 5BT4A 5C89A 4O78A 4QY4A 5FBXA 5CQ5A 1X0JA 5KHMA 4TQNA 5F62A 4E96A 4QSWA 1ZS5A 4HBWA 5DW1A 2R0VA 4PKLA 4J1PA 2OUOA 4IR5A 4TS8A 5F1HA 4BW4A 4YBSA 5DLXA 4UYFA 4BW2A 3O35A 4PCIA 5EWDA 3U5NA 5C7NA 5D25A 4CUUA 4QSXA 4QSPA 5FH7A 5I88A 3O37A 5F2PA 5JI8A 5LVQA 5L98A 5A83A 4CL9A 5HQ5A 5I86A 5ENIA 3UV5A 4QEWA 4A9IA 2DKWA 3U5LA 5COIA 4LR6A 5K29A 5DFDA 4YYNA 5DKCA 5FB1A 4UIYA 5FE6A 4NR6A 3JVLA 5F5ZA 2WP2A 1JSPB 4Z6HA 5D3JA 5C87A 2E3KA 4Q0OA 4PCEA 4UYDA 2R10A 3AQAA 5E74A 1N72A 4IOQA 4Z93A 4HXNA 3S91A 5FFVA 4HXKA 5DYXA 4YBTA 1EQFA 4ZQLA 5II2A 4WHWA 5A5OA 4QUUA 4HBYA 4DONA 5CY9A 2RI7A 5LJ2A 3LXJA 4QYDA 5CP5A 5G4SA 5CUAA 4LRGA 3U5PA 2R0YA 3SVFA 5ENGA 5ACYA 3Q2FA 5CPEA 4UYEA 1F68A 4OGJA 5IIDA 5EA1A 3IU6A 3U5MA 1E6IA 5EPBA 4IR6A 4LZSA 4N4HA 5FE1A 4XUBA 5LKUA 4NUCA 5CUEA 4YYMA 4HXRA 1WUGA 5IGLA 1JM4B 5A5NA 3Q2EA 4UIZA 4BW3A 3MULA 4HXPA 4HXMA 5KTUA 4A9KA 4NXJA 5AD2A 5E9MA 3UVXA 4NS5A 4YYDA 5C85A 4ALGA 5D3SA 5CZGA 4ALHA 5CQ3A 5HM0A 5LKZA 2YDWA 5IGNA 3HMFA 4Q0NA 5LJ1A 3JVMA 3MQMA 4O7CA 5A5SA 5ENJA 5HRVA 3HMHA 4QSQA 2YQDA 3P1FA 5A5RA 4J0RA 4LDFA 4MENA 5E7DA 5FE9A 4OGIA 5EWHA 3P5OA 3LJWA 3P1DA 5AD3A 5FDZA 3LQHA 4QSUA 5D24A 5FE3A 4CFLA 4YYIA 5D26A 3UW9A 5D3NA 3SVHA 4CUQA 2LSPB 4N4IA 5DLZA 4HXLA 5EICA 5HFQA 4UIWA 4QSSA 2FSAA 4BJXA 5A82A 4QYLA 2YEMA 3D7CA 4O72A 5ENBA 5FE7A 5EWVA 2YELA 5FFWA 4A9EA 5A7CA 5DY7A 4CLBA 4NYVA 5CQ6A 5DYAA 4HBXA 5F1LA 4NRCA 5FG6A 4MEPA 4TZ8A 3SVGA 5FE5A 3QZSA 4QSRA 5FE4A 4YBMA 5EPRA 5E9YA 5FH6A 4TT6A 5CS8A 4O70A 4A9MA 3UV4A 5HCLA 4NYXA 4Z1SA 5F25A 2RO1A 4YADA 3QZTA 3DWYA 4QSVA 5ENFA 5DKHA 2L85A 4LC2A 5CQ8A 4CUSA 4N4FA 4YYGA 3G0JA 5I7XA 4BW1A 5F36A 5CU8A 5EGUA 5EWWA 5DX4A 4MEQA 5H1TA 5D3LA 4YYJA 2N9GA 4MR5A 4PS5A 2G4AA 5F3AA 4ZC9A 4A9NA 4MR4A 5DW2A 5CRZA 3MB3A 4QR5A 4O7EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IR3A 3S92A 2L84A 5I83A 5A5PA 2H60A 5TCMA 3UV2A 3LQJA 5L8TA 5E3DA 3MXFA 4CFKA 1WUMA 4ZW1A 4XUAA 4RVRA 5JWMA 4QEUA 5EWCA 4IOOA 4QBMA 5II1A 4KV4A 4CUTA 3D1BA 4QR3A 5HRXA 4YATA 5I1QA 5EP7A 4YH3A 2DVQA 4A9FA 4WHUA 5L97A 5E9IA 3U5KA 5CQTA 5E73A 5DYUA 5I80A 4YC9A 4LYIA 4QC1A 5CQ7A 5IG6A 5FE8A 5CUBA 4YYKA 4WIVA 3IU5A 4KV1A 4YY4A 4A9LA 4NR4A 2RNXA 5EQ1A 4UIVA 4AKNA 3O33A 4GPJA 5FG5A 3MB4A 5BT5A 5EISA 4A9JA 5EI4A 4NRBA 5ENCA 4O75A 5FH8A 3ERRA 4PY6A 5CQ4A 4Z1QA 4UIXA 5L99A 2D9EA 5KO4A 4X2IA 4O76A 4NUEA 1ZKRA 5H85A 5HRWA 5J0DA 5LKXA 4UITA 2RNYA 5DFCA 4O7FA 4IR4A 4Z6IA 5ENEA 3VKGA 3ONIA 4Y03A 4QR4A 4HXOA 5A85A 5D7XA 4NYWA 5F61A 5D3HA 4HBVA 4C67A 4AKHA 5HJCA 5HENA 5FE0A 4N3WA 4NR7A 4NQNA 4UIUA 4YABA 5KTXA 5G4RA 2DWWA 5CUCA 4IORA 4O71A 4YH4A 3JVJA 5H1VA 2WP1A 3AADA 4O7AA 4UYGA 4TTEA 3G0LA 3K2JA 5FB0A 2RNWA 4NR9A 3U5JA 4NUDA 2DVVA 5HQ7A 4A9OA 3JVKA 2RS9B 3UVWA 5ENHA 4TYLA 5HLSA 5FG4A 3TLPA 4N4GA 4QEVA 5E0RA 4CURA 5I40A 5LJ0A 3NXBA 4O77A 5DYCA 5IBNA 4QC3A 4TU6A 2YEKA 4BHWA 2DATA 2DVSA 5LUUA 5FFYA 3UVDA 5AMEA 5FE2A 5KU3A 3U5OA 5LKTA 2F6JA 2DVRA 2L5EA 5ETDA 3GG3A 4J0SA 4NR8A 2OSSA 5AMFA 4YYHA 5BT3A 3HMEA 5D0CA 5E3GA 5CTLA 2E7NA 5D3RA 3DAIA 5DBMA 5CQAA 5EK9A 5HFRA 2YYNA 4QB3A 4NR5A 4XY9A 5LVRA 2F6NA 2R0SA 4XYAA 5ETBA 4UYHA 5D3TA 3LQIA 4TT2A 4TT4A 4NRAA 5CRMA 5CGPA 5CFWA 5C8GA 4FLPA 4TU4A 4YY6A 4A9HA 2I7KA 3I3JA 4O7BA 5HELA 5CUDA 4J3IA 3MUKA 2YW5A 3O36A 4C66A 4HXSA 4LYSA 5DKDA 5I7YA 4PTBA 2RFJA 5EVAA 4YK0A 2E7OA 2NXBA 4LZRA 5E9VA 5E9KA 4MR6A 5EM3A 3QZVA 3P1CA 4NQMA 4UYFB 4LYWA 5IGMA 4QSTA 4TZ2A 5EPSA 5DFBA 2GRCA 4F3IA 5F63A 5EU1A 4YAXA 5H1UA 4MEOA 3O34A 5KTWA 4QUTA 5L8UA 5F60A 3RCWA 5L96A 3FKMX 5I29A 3ZYUA 5D3PA 2I8NA 4MR3A 4XY8A 4O74A 4KCXA 4QZSA 3P1EA 4OUFA 5E9LA 5CUGA 5HQ6A 2OO1A 5HEMA 2MJVB 4QNSA 5I89A 5EV9A 2D82A 4CUPA 5IGKA 5TB6A 5C4QA 3UVYA 5A81A 5A5QA 2KTBB 4LZ2A 5BT4A 5C89A 4O78A 4QY4A 5FBXA 5CQ5A 1X0JA 5KHMA 4TQNA 5F62A 4E96A 4QSWA 1ZS5A 4HBWA 5DW1A 2R0VA 4PKLA 4J1PA 2OUOA 4IR5A 4TS8A 5F1HA 4BW4A 4YBSA 5DLXA 4UYFA 4BW2A 3O35A 4PCIA 5EWDA 3U5NA 5C7NA 5D25A 2EJNA 4CUUA 4QSXA 4QSPA 5FH7A 5I88A 3O37A 5F2PA 5JI8A 5LVQA 5L98A 5A83A 4CL9A 5HQ5A 5I86A 5ENIA 3D1DA 3UV5A 4QEWA 4A9IA 2DKWA 3U5LA 5COIA 4LR6A 5K29A 5DFDA 4YYNA 5DKCA 5FB1A 4UIYA 5FE6A 4NR6A 3JVLA 5F5ZA 3VKHA 2WP2A 1JSPB 4Z6HA 5D3JA 5C87A 2E3KA 4Q0OA 4PCEA 4UYDA 2R10A 3AQAA 5E74A 1N72A 4IOQA 4Z93A 4HXNA 3S91A 5FFVA 4HXKA 5DYXA 4YBTA 1EQFA 4ZQLA 5II2A 4WHWA 5A5OA 4QUUA 4HBYA 4DONA 5CY9A 2RI7A 5LJ2A 3LXJA 4QYDA 5CP5A 5G4SA 5CUAA 4LRGA 3U5PA 2R0YA 3SVFA 5ENGA 5ACYA 3Q2FA 5CPEA 4UYEA 1F68A 4OGJA 5IIDA 5EA1A 3IU6A 3U5MA 1E6IA 5EPBA 4IR6A 4LZSA 4N4HA 5FE1A 4XUBA 5LKUA 4NUCA 5CUEA 4YYMA 4HXRA 1WUGA 5IGLA 1JM4B 5A5NA 3Q2EA 4UIZA 4BW3A 3MULA 4HXPA 4HXMA 5KTUA 4A9KA 4NXJA 5AD2A 5E9MA 3UVXA 4NS5A 4YYDA 5C85A 4ALGA 5D3SA 5CZGA 4ALHA 5CQ3A 5HM0A 5LKZA 2YDWA 5IGNA 3HMFA 4Q0NA 5LJ1A 3JVMA 3MQMA 4O7CA 5A5SA 5ENJA 5HRVA 3HMHA 4QSQA 2YQDA 3P1FA 5A5RA 4J0RA 4LDFA 4MENA 5E7DA 5FE9A 4OGIA 5EWHA 3P5OA 3LJWA 3P1DA 5AD3A 5FDZA 3LQHA 4QSUA 5D24A 5FE3A 4CFLA 4YYIA 5D26A 4AKIA 3UW9A 5D3NA 3SVHA 4CUQA 2LSPB 4N4IA 5DLZA 4HXLA 5EICA 5HFQA 4AI6A 4UIWA 4QSSA 2FSAA 4BJXA 5A82A 4QYLA 4AKGA 2YEMA 3D7CA 4O72A 5ENBA 5FE7A 5EWVA 2YELA 5FFWA 4A9EA 5A7CA 5DY7A 4CLBA 1PUOA 4NYVA 5CQ6A 5DYAA 4HBXA 5F1LA 4NRCA 5FG6A 4MEPA 4TZ8A 3SVGA 5FE5A 3QZSA 4QSRA 5FE4A 4YBMA 5EPRA 5E9YA 5FH6A 4TT6A 5CS8A 4O70A 4A9MA 3UV4A 5HCLA 4NYXA 4Z1SA 5F25A 2RO1A 4YADA 3QZTA 3DWYA 4QSVA 5ENFA 5DKHA 2L85A 4LC2A 5CQ8A 4CUSA 4N4FA 4YYGA 3G0JA 5I7XA 4BW1A 5F36A 5CU8A 5EGUA 5EWWA 5DX4A 4MEQA 5H1TA 5D3LA 4YYJA 2N9GA 4MR5A 4PS5A 2G4AA 5F3AA 4ZC9A 4A9NA 4MR4A 5DW2A 5CRZA 3MB3A 4QR5A 4O7EA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4IR3 A;  3S92 A;  2L84 A;  5I83 A;  5A5P A;  2H60 A;  5TCM A;  3UV2 A;  3LQJ A;  5L8T A;  5E3D A;  3MXF A;  4CFK A;  1WUM A;  4ZW1 A;  4XUA A;  4RVR A;  5JWM A;  4QEU A;  5EWC A;  4IOO A;  4QBM A;  5II1 A;  4KV4 A;  4CUT A;  4QR3 A;  5HRX A;  4YAT A;  5I1Q A;  5EP7 A;  4YH3 A;  2DVQ A;  4A9F A;  4WHU A;  5L97 A;  5E9I A;  3U5K A;  5CQT A;  5E73 A;  5DYU A;  5I80 A;  4YC9 A;  4LYI A;  4QC1 A;  5CQ7 A;  5IG6 A;  5FE8 A;  5CUB A;  4YYK A;  4WIV A;  3IU5 A;  4KV1 A;  4YY4 A;  4A9L A;  4NR4 A;  2RNX A;  5EQ1 A;  4UIV A;  4AKN A;  3O33 A;  4GPJ A;  5FG5 A;  3MB4 A;  5BT5 A;  5EIS A;  4A9J A;  5EI4 A;  4NRB A;  5ENC A;  4O75 A;  5FH8 A;  4PY6 A;  5CQ4 A;  4Z1Q A;  4UIX A;  5L99 A;  2D9E A;  5KO4 A;  4X2I A;  4O76 A;  4NUE A;  5H85 A;  5HRW A;  5J0D A;  5LKX A;  4UIT A;  2RNY A;  5DFC A;  4O7F A;  4IR4 A;  4Z6I A;  5ENE A;  3ONI A;  4Y03 A;  4QR4 A;  4HXO A;  5A85 A;  5D7X A;  4NYW A;  5F61 A;  5D3H A;  4HBV A;  4C67 A;  5HJC A;  5HEN A;  5FE0 A;  4N3W A;  4NR7 A;  4NQN A;  4UIU A;  4YAB A;  5KTX A; 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