4GPJA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a isoxazolylbenzimidazole ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The design and synthesis of 5- and 6-isoxazolylbenzimidazoles as selective inhibitors of the BET Bromodomains
rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Protein binding/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4gpjA01
5KTUA 2YQDA 5ENEA 5EPRA 4HXLA 2I8NA 5FFYA 2WP1A 5ENCA 4FLPA 4QR5A 4QSXA 4NRBA 5ACYA 5EI4A 3UW9A 4NR6A 4CUTA 5CRZA 5LKTA 2FSAA 5F61A 2R0YA 4CL9A 4XYAA 4UIUA 5HJCA 5LJ2A 5HENA 5HFQA 4CFKA 5E9YA 4YBTA 3P1FA 5DBMA 4UITA 3UVYA 4Z6IA 5D0CA 4TS8A 5FDZA 2YYNA 4QSPA 2F6NA 5DKHA 5EPSA 4NRAA 4NR7A 4UIVA 4YK0A 3JVMA 5G4SA 5IBNA 5CQ6A 3G0LA 4N4IA 5DKDA 5EWVA 3S91A 2G4AA 4NUEA 4IR3A 5EWCA 4A9FA 5HRXA 5AD3A 5C89A 5CU8A 5E9IA 5L8UA 4KV1A 4CUQA 4TTEA 4IR4A 3O35A 5CUBA 4YYKA 4BW1A 5A82A 4MEPA 5FH8A 4LRGA 5FE1A 4QEWA 4A9MA 5DX4A 2L85A 4AKNA 4HBWA 5ENFA 5FE6A 2L84A 3MB4A 4HXNA 5DW2A 5A85A 2RO1A 5D3TA 4ZQLA 5IGKA 4O70A 1X0JA 4YYHA 2YDWA 5LKUA 5EGUA 4BW4A 5I83A 4GPJA 5CUGA 2H60A 5EA1A 4HXSA 4O77A 4UYFA 5D3NA 4HBYA 4O7FA 5I1QA 5D24A 3QZTA 4QC1A 2RS9B 5KTXA 5FH7A 4UIWA 5HRVA 4O7CA 5D7XA 4HXPA 5E9LA 5H85A 4X2IA 4YADA 5FE0A 5CP5A 5DYAA 4IR6A 1WUMA 5EK9A 3P1CA 2E7NA 3MULA 4IORA 5FE4A 4NQMA 4XY8A 4UYHA 4A9KA 4O72A 4PS5A 3I3JA 2OSSA 3O34A 2YEMA 1JSPB 3JVLA 5CZGA 5DFCA 3UVXA 4RVRA 4NRCA 3Q2EA 4TQNA 4OGIA 5LKZA 4ZC9A 5L8TA 3SVGA 5C8GA 2E7OA 4QB3A 4PKLA 4QSSA 5A81A 5FE9A 3U5MA 5KU3A 4F3IA 3GG3A 3HMHA 3UVWA 5DW1A 5LJ1A 5BT5A 5I80A 5A7CA 4YY4A 4QUTA 4O78A 5A83A 5DYXA 4TT4A 5D3RA 4Z6HA 5FH6A 5E3DA 3LQJA 5ENHA 3UV4A 5EPBA 5CQ7A 5L98A 2WP2A 5CUEA 4YBSA 5CPEA 5DY7A 5FG4A 5EM3A 2DVQA 5BT4A 2RNXA 5DKCA 4BW2A 4QY4A 5EISA 4XUBA 2GRCA 5FFVA 4LZRA 4LYIA 4N3WA 5E0RA 4KCXA 2RNYA 2LSPB 4A9JA 5FG5A 5CY9A 4NXJA 4QBMA 1F68A 3HMEA 5IGMA 5A5OA 5TB6A 5EICA 4Y03A 4IOQA 5AMFA 3P1EA 5F3AA 4BW3A 3IU6A 5I7YA 5I29A 1E6IA 5J0DA 5I86A 5DYUA 5D26A 4HBXA 4NR4A 3O36A 4PTBA 4YY6A 5L96A 5CQAA 5FE2A 4Z93A 3U5LA 4QSWA 5E74A 5D25A 4ALGA 4N4GA 2OUOA 3D7CA 5A5NA 5KHMA 4QYDA 4QSQA 4O76A 4YH3A 5F62A 5D3SA 4YABA 4MEQA 3U5JA 5FB1A 4LYSA 4O74A 4OUFA 5F36A 3O33A 4UYDA 5H1VA 5HQ6A 4PY6A 4LZ2A 4A9NA 5ETBA 4Q0NA 5CQ3A 3S92A 5F1LA 4NUCA 4LR6A 4J1PA 5CQ5A 5CRMA 4NYXA 5CS8A 2YW5A 4C66A 5LUUA 1JM4B 4PCEA 5E7DA 5A5SA 5I89A 4CUSA 2MJVB 4MENA 3SVFA 3LJWA 5EWHA 4XY9A 3AADA 5FB0A 4QEVA 5HQ5A 2KTBB 5H1UA 4Z1QA 4YH4A 3U5PA 2D82A 4NUDA 5C85A 5CQ8A 5EQ1A 5FBXA 4QUUA 1EQFA 5F25A 5FE8A 4YBMA 5IGLA 4N4FA 4A9HA 4MR3A 4QR4A 5G4RA 2DVRA 3U5NA 3MB3A 4MR6A 5CTLA 4OGJA 2DVSA 5I7XA 5IGNA 4A9OA 5ENGA 4QYLA 4YAXA 4O71A 5FG6A 4XUAA 5CFWA 2DVVA 3Q2FA 4UYGA 3DWYA 2I7KA 3JVJA 2R0SA 5F60A 4QNSA 4J0RA 2RNWA 3JVKA 3O37A 5H1TA 4HXOA 5F5ZA 5D3PA 4YYJA 5L99A 4MEOA 4Q0OA 4QSTA 4QR3A 5A5RA 5E73A 5CUDA 5L97A 4BJXA 2N9GA 4IR5A 5HFRA 5TCMA 4J3IA 5C7NA 5EP7A 3SVHA 2F6JA 2YEKA 4UYEA 4YYMA 4UIZA 3K2JA 5LKXA 3DAIA 4CUPA 5FE3A 4C67A 5FE7A 4HXRA 4CLBA 4E96A 5KO4A 4HXMA 3UV2A 2DKWA 4QEUA 5HLSA 5HRWA 4O7AA 4MR5A 5F2PA 5HCLA 5LJ0A 2RFJA 3LQHA 4A9LA 5HM0A 4TT6A 5IIDA 4YYNA 5FE5A 5I88A 4YATA 5EU1A 5A5PA 3MUKA 4LDFA 5CGPA 4NYVA 5BT3A 5F63A 4TZ8A 4CURA 5C4QA 5DFBA 4QSUA 3UV5A 1WUGA 3LQIA 4YYDA 5ENIA 3G0JA 5CQ4A 4QSVA 4NR8A 4O7BA 5I40A 5IG6A 2NXBA 3ONIA 4QSRA 4TU6A 4WIVA 5II1A 2L5EA 2R0VA 4TZ2A 4YC9A 4Z1SA 5LVQA 5COIA 3AQAA 4A9EA 5ENJA 4TYLA 5E9MA 3P5OA 5CUCA 5D3LA 2E3KA 2RI7A 3P1DA 5E9VA 4BHWA 5DLZA 5AMEA 2YELA 5EV9A 3UVDA 3U5OA 4J0SA 5ENBA 4YYIA 4NR9A 3MXFA 3RCWA 4CUUA 4YYGA 5DYCA 5D3HA 5A5QA 3U5KA 4LYWA 4TT2A 3MQMA 3LXJA 4UIXA 5CUAA 3TLPA 4LC2A 4QZSA 4LZSA 4HBVA 5E3GA 4A9IA 5AD2A 4DONA 4O7EA 3HMFA 4WHUA 5JI8A 5F1HA 4NQNA 5DLXA 3NXBA 5HQ7A 5HEMA 4NR5A 5EWDA 5ETDA 4UIYA 4MR4A 3ZYUA 5C87A 5HELA 4PCIA 4UYFB 3QZSA 4ALHA 2D9EA 3IU5A 2OO1A 4HXKA 3QZVA 2R10A 4TU4A 5FFWA 1ZS5A 5II2A 5K29A 2DWWA 5D3JA 1N72A 4IOOA 5JWMA 2DATA 5LVRA 4O75A 3FKMX 4WHWA 4N4HA 4NS5A 4CFLA 5DFDA 5E9KA 5EWWA 5KTWA 5EVAA 4KV4A 4NYWA 4QC3A 4ZW1A 5CQTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KTUA 2YQDA 5ENEA 5EPRA 4HXLA 2I8NA 5FFYA 2WP1A 5ENCA 4FLPA 4QR5A 4QSXA 4NRBA 5ACYA 5EI4A 3UW9A 4NR6A 4CUTA 5CRZA 5LKTA 2FSAA 5F61A 2R0YA 4CL9A 4XYAA 4UIUA 5HJCA 5LJ2A 5HENA 5HFQA 4CFKA 5E9YA 4YBTA 3P1FA 5DBMA 4UITA 3UVYA 4Z6IA 5D0CA 2EJNA 4TS8A 5FDZA 2YYNA 4QSPA 2F6NA 5DKHA 5EPSA 4NRAA 4NR7A 4UIVA 4YK0A 3JVMA 5G4SA 5IBNA 5CQ6A 3G0LA 4N4IA 5DKDA 5EWVA 3S91A 2G4AA 4NUEA 4IR3A 5EWCA 4A9FA 5HRXA 5AD3A 5C89A 5CU8A 3D1BA 5E9IA 5L8UA 4KV1A 4CUQA 4TTEA 4IR4A 3O35A 5CUBA 4YYKA 4BW1A 5A82A 4MEPA 5FH8A 4LRGA 5FE1A 4QEWA 4A9MA 5DX4A 2L85A 4AKNA 4HBWA 4AKIA 5ENFA 5FE6A 2L84A 3MB4A 4HXNA 5DW2A 5A85A 2RO1A 5D3TA 4ZQLA 5IGKA 4O70A 1X0JA 4YYHA 2YDWA 5LKUA 5EGUA 4BW4A 5I83A 4GPJA 5CUGA 2H60A 5EA1A 4HXSA 4O77A 4UYFA 5D3NA 4HBYA 4O7FA 5I1QA 5D24A 3QZTA 4QC1A 2RS9B 5KTXA 5FH7A 4UIWA 5HRVA 4O7CA 5D7XA 4HXPA 3D1DA 5E9LA 5H85A 4X2IA 4YADA 5FE0A 5CP5A 5DYAA 4IR6A 1WUMA 5EK9A 3P1CA 2E7NA 3MULA 4IORA 5FE4A 4NQMA 4XY8A 4UYHA 4A9KA 1ZKRA 4O72A 4PS5A 3I3JA 2OSSA 3O34A 2YEMA 1JSPB 3JVLA 5CZGA 5DFCA 3UVXA 4RVRA 4NRCA 3Q2EA 4TQNA 4OGIA 5LKZA 4ZC9A 5L8TA 3SVGA 5C8GA 2E7OA 4QB3A 4PKLA 4QSSA 5A81A 5FE9A 3U5MA 5KU3A 4F3IA 3GG3A 3HMHA 3UVWA 5DW1A 5LJ1A 5BT5A 5I80A 5A7CA 4YY4A 4QUTA 4O78A 5A83A 5DYXA 4TT4A 5D3RA 4Z6HA 5FH6A 5E3DA 3LQJA 5ENHA 3UV4A 5EPBA 5CQ7A 5L98A 2WP2A 5CUEA 4YBSA 5CPEA 5DY7A 5FG4A 5EM3A 2DVQA 5BT4A 2RNXA 5DKCA 4BW2A 4QY4A 5EISA 4XUBA 2GRCA 5FFVA 4LZRA 4LYIA 4N3WA 5E0RA 4KCXA 2RNYA 2LSPB 4A9JA 5FG5A 5CY9A 4NXJA 4QBMA 1F68A 3HMEA 5IGMA 5A5OA 5TB6A 5EICA 4Y03A 4IOQA 5AMFA 3P1EA 5F3AA 4BW3A 3IU6A 5I7YA 5I29A 1E6IA 5J0DA 5I86A 5DYUA 5D26A 4HBXA 4NR4A 3O36A 4PTBA 4YY6A 5L96A 5CQAA 5FE2A 4Z93A 3U5LA 4QSWA 5E74A 5D25A 4ALGA 4N4GA 2OUOA 3D7CA 5A5NA 5KHMA 4QYDA 4QSQA 4O76A 4YH3A 5F62A 5D3SA 4YABA 4MEQA 3U5JA 5FB1A 4LYSA 4O74A 4OUFA 5F36A 3O33A 4UYDA 5H1VA 5HQ6A 4PY6A 4LZ2A 4A9NA 5ETBA 4Q0NA 5CQ3A 3S92A 5F1LA 4NUCA 4LR6A 4J1PA 5CQ5A 5CRMA 4NYXA 5CS8A 2YW5A 4C66A 5LUUA 1JM4B 4PCEA 5E7DA 5A5SA 5I89A 4CUSA 3VKHA 2MJVB 4MENA 3SVFA 3LJWA 5EWHA 4XY9A 3AADA 5FB0A 3ERRA 4QEVA 5HQ5A 2KTBB 5H1UA 4Z1QA 4YH4A 3U5PA 2D82A 4NUDA 5C85A 5CQ8A 5EQ1A 5FBXA 4QUUA 1EQFA 5F25A 5FE8A 4YBMA 5IGLA 4N4FA 4A9HA 4MR3A 4QR4A 5G4RA 2DVRA 3U5NA 3MB3A 4MR6A 5CTLA 4OGJA 2DVSA 5I7XA 5IGNA 4A9OA 5ENGA 4QYLA 4YAXA 4O71A 5FG6A 4XUAA 5CFWA 4AKHA 2DVVA 3Q2FA 4UYGA 3DWYA 2I7KA 3JVJA 2R0SA 5F60A 4QNSA 4J0RA 1PUOA 2RNWA 3JVKA 3O37A 5H1TA 4HXOA 5F5ZA 5D3PA 4YYJA 5L99A 4MEOA 4Q0OA 4QSTA 4QR3A 5A5RA 5E73A 5CUDA 5L97A 4BJXA 2N9GA 4IR5A 5HFRA 5TCMA 4J3IA 5C7NA 5EP7A 3SVHA 2F6JA 2YEKA 4UYEA 4YYMA 4UIZA 3K2JA 5LKXA 3DAIA 4CUPA 5FE3A 4C67A 5FE7A 4HXRA 4CLBA 4E96A 5KO4A 4HXMA 3UV2A 2DKWA 4QEUA 5HLSA 5HRWA 4O7AA 4MR5A 5F2PA 5HCLA 5LJ0A 2RFJA 3LQHA 4A9LA 5HM0A 4TT6A 5IIDA 4YYNA 5FE5A 5I88A 4YATA 5EU1A 5A5PA 3MUKA 4LDFA 5CGPA 4NYVA 5BT3A 5F63A 4TZ8A 4CURA 5C4QA 5DFBA 4QSUA 3UV5A 1WUGA 3LQIA 4YYDA 5ENIA 3G0JA 5CQ4A 4QSVA 4NR8A 4O7BA 5I40A 5IG6A 2NXBA 3ONIA 4QSRA 4TU6A 4WIVA 5II1A 2L5EA 3VKGA 2R0VA 4TZ2A 4YC9A 4Z1SA 5LVQA 5COIA 3AQAA 4A9EA 5ENJA 4TYLA 5E9MA 3P5OA 5CUCA 5D3LA 2E3KA 2RI7A 3P1DA 5E9VA 4BHWA 5DLZA 5AMEA 2YELA 5EV9A 3UVDA 3U5OA 4J0SA 5ENBA 4YYIA 4NR9A 3MXFA 3RCWA 4CUUA 4YYGA 5DYCA 5D3HA 5A5QA 3U5KA 4LYWA 4TT2A 3MQMA 4AI6A 3LXJA 4UIXA 5CUAA 3TLPA 4LC2A 4QZSA 4LZSA 4HBVA 5E3GA 4A9IA 5AD2A 4DONA 4O7EA 3HMFA 4WHUA 5JI8A 4AKGA 5F1HA 4NQNA 5DLXA 3NXBA 5HQ7A 5HEMA 4NR5A 5EWDA 5ETDA 4UIYA 4MR4A 3ZYUA 5C87A 5HELA 4PCIA 4UYFB 3QZSA 4ALHA 2D9EA 3IU5A 2OO1A 4HXKA 3QZVA 2R10A 4TU4A 5FFWA 1ZS5A 5II2A 5K29A 2DWWA 5D3JA 1N72A 4IOOA 5JWMA 2DATA 5LVRA 4O75A 3FKMX 4WHWA 4N4HA 4NS5A 4CFLA 5DFDA 5E9KA 5EWWA 5KTWA 5EVAA 4KV4A 4NYWA 4QC3A 4ZW1A 5CQTA
chains in the Genus database with same CATH topology
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