The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
214
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structure length |
207
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Chain Sequence |
GAMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*GP*C)-3')
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| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| source organism |
Lassa virus
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| total genus |
58
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| structure length |
207
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| sequence length |
214
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GV6 A; 3MWP A; 3MWT A; 3Q7C A; 4GVE A; 3R3L A; 4GV9 A; 4FVU A; 3Q7B A; 4GV3 A; 4G9Z A; 3MX2 A; 3MX5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HF4 A; 1XMO K; 1QTM A; 4C1N K; 4PY5 A; 1O1W A; 4AH9 A; 2D0A A; 4CZI A; 4CEZ A; 3L3U A; 1WLJ A; 3TR8 A; 2P9L A; 4IFY A; 1LAW A; 4DR6 K; 2HHT A; 3VA0 A; 2ZD1 A; 3F9K A; 2ZM6 K; 4CGJ A; 3I0S A; 4C8K A; 1Q86 O; 2WBN A; 1T44 A; 3U3G A; 1W9H A; 4DF4 A; 2KLA A; 4JHD A; 1NNE A; 5BRF A; 1ZBI A; 2YI1 A; 3NE6 A; 4KHS A; 1X3N A; 4AHS A; 3LM9 A; 4YOY A; 3OW2 M; 1XHX A; 5LY3 A; 1VQM N; 4A5B A; 4WFN L; 4IKF A; 4CER A; 1RT7 A; 5CR4 A; 5AQF A; 3VEW A; 1GLJ O; 4AM7 A; 4BWM A; 2NNW A; 4YFU A; 4B08 A; 1JKH A; 3NGI A; 4KHN A; 1ASW A; 4MDA A; 1S1X A; 3GE1 A; 3LPT A; 1KQS M; 1NGH A; 2LSN A; 4J2E A; 2QWO A; 4NXN K; 2BDP A; 2O4I A; 4BE1 A; 2WUS A; 1T6D A; 5E26 A; 4LH5 A; 3QFU A; 2XY8 A; 3AA2 A; 3CHW A; 1Y97 A; 2FC0 A; 3LPU A; 3M8S A; 3OYC A; 2DTU A; 1D4X A; 1YJ9 N; 2Q31 A; 1RNH A; 1P90 A; 1RT2 A; 2XY5 A; 2G8I A; 3HST B; 2X6S A; 4LD0 A; 3K58 A; 1TKT A; 3WXL A; 5HOO A; 3ZT3 A; 3DAW A; 4K41 A; 1Q9Y A; 1KVA A; 4X65 K; 4O0J A; 3D6R A; 1VRU A; 1NOY A; 1TKX A; 1NGE A; 2QXF A; 3DOK A; 3R1X A; 4NLB A; 3C6H A; 2YNH A; 1ZXO A; 1BIS A; 4H0X B; 1GLE G; 4IOA L; 1KVC A; 4JLH A; 4KI6 A; 1WSI A; 5CZ1 A; 4EHU A; 2O8F A; 5AQH A; 2UUB K; 3OA9 A; 4JI2 K; 4W5R A; 4NO7 A; 1NJZ A; 3MK6 A; 4DQR A; 3T69 A; 2CH5 A; 4DSJ A; 1QZ6 A; 3KIO A; 5HLF A; 3WEE A; 3G71 N; 3CCL N; 1EET A; 1E4F T; 4H5N A; 4FJH A; 4BRN A; 2KKZ A; 3RR8 A; 1BIZ A; 1NOZ A; 4C8L A; 4M63 C; 4Y1C A; 4C8N A; 4CK1 A; 2DFH A; 4DUY K; 5AQW A; 3KKR A; 3P1G A; 2ZGZ A; 1MWM A; 4M3T A; 1TUY A; 4BGA A; 3CCE N; 4DSL A; 1VSD A; 3BY5 A; 2HNY A; 4FM2 A; 1TL1 A; 1KFD A; 4FWO A; 3ULE B; 4GVE A; 3BUZ B; 3THV A; 3SJH A; 4DQI A; 5A2Q O; 4DFP A; 3MN5 A; 4N47 A; 1YUW A; 4DQ8 A; 4BVP A; 3ENO A; 5B8H A; 1ZBU A; 1BU6 O; 2YNF A; 3P4I A; 4W5Q A; 4RW6 A; 1GOB A; 5AQL A; 3SBG A; 3VTH A; 3CC4 N; 4A61 A; 4CGD A; 4IG0 A; 3LAN A; 3V9Z A; 3MWP A; 3G25 A; 2ZF5 O; 4A59 A; 4DQP A; 4JKG A; 4GMJ B; 4CVN E; 2HHH K; 5FRN A; 1W7A A; 1NK0 A; 1KAX A; 3QDK A; 2ZJP L; 1V4T A; 4BR9 A; 2QWR A; 3GDQ A; 3THW B; 3EL2 A; 3O9S A; 4BRE A; 2P9I A; 3OYF A; 1VQ5 N; 3H3O B; 1N34 K; 1I3A A; 1KLM A; 3HL8 A; 4DR2 K; 4B1Z A; 1C0F A; 1YIJ N; 3V6D A; 4BRG A; 3QEP A; 4FJ8 A; 4DV3 K; 4CJK A; 3IS9 A; 3CJA A; 1QHA A; 1X9M A; 2G8V A; 3J8A A; 4GKK K; 3QLH A; 4JS4 A; 4DTJ A; 2IAJ A; 1RDU A; 3WQT A; 3DXK B; 4JN4 A; 2OTL N; 3BEX A; 1Q82 O; 3DRR A; 4FLZ A; 4LF8 K; 3JYT A; 3KTQ A; 4FO0 A; 3S3M A; 3D2E B; 2P9N A; 2D0B A; 4CJV A; 3FGU A; 2A3Z A; 1YTA A; 4IOX A; 1T8E A; 3O3G A; 1VQL N; 3F2K A; 4FSV A; 1XC3 A; 4M3Z A; 1TYQ B; 4ISF A; 4C8O A; 1WUA A; 3TAB A; 3LP2 A; 4JK9 A; 4DHY A; 3EEQ A; 3RSE B; 3L4I A; 3K59 A; 3KLG A; 1N8R O; 3WNF A; 4I6M B; 4XEI A; 2KHO A; 1EXQ A; 2OAN A; 4H0T B; 1Z25 A; 1Y64 A; 3AA5 X; 3DOL A; 4EP4 A; 1NGA A; 1NMN A; 5FPD A; 3H1V X; 4R5P A; 4CJT A; 4EFH A; 4FJ5 A; 3VQB A; 1RBS A; 2P9S B; 4ID1 A; 2Q3S A; 3ID6 A; 4IEI A; 3M3Z A; 1NGG A; 4KV8 A; 4DUZ K; 2YV0 X; 5AQX A; 1Q9X A; 2F8T A; 1REV A; 1XHZ A; 2QW9 A; 2D0O A; 3R8E A; 2V51 B; 4F2R A; 3AVC A; 4DLE A; 3ZSX A; 5BRD A; 3THX B; 4G9Z A; 3ULD A; 4DSI A; 2HVH A; 4DV6 K; 4DTR A; 1EWR A; 2W6L A; 3HTV A; 1IV0 A; 3O8M A; 5FRO A; 2D0C A; 3EO3 A; 4BRP A; 1ATN A; 3AVM A; 3NF8 A; 3O6W A; 5HRN A; 4FJL A; 4CEQ A; 5HRS A; 3BF1 A; 4AHR A; 3QIP A; 4X66 K; 3QIN A; 3TU5 A; 4DLG A; 3C6A A; 3VQQ A; 2WC9 A; 3VF4 A; 4FW1 A; 4GKJ K; 4H5V A; 1SKR A; 4HUF A; 2P5O A; 2QWP A; 3H08 A; 2A41 A; 1Z6R A; 3FZM A; 1ZBS A; 3ZEU B; 4PKG A; 3VQA A; 4DV5 K; 1NJW A; 2YKM A; 4YY3 K; 1ZBH A; 1FW6 A; 2DPN A; 1HKG A; 3L2U A; 3DLB A; 3AVG A; 4MDB A; 3DMJ A; 3OBY A; 3D0P A; 2YNG A; 3OS2 A; 3J7A P; 2ATQ A; 5JVH L; 1BO5 O; 3IFR A; 3ISN C; 4B1Y B; 3U9D A; 2Z1I A; 1YTU A; 3OYL A; 2IC3 A; 4OGC A; 1FKP A; 3O4W A; 2E2P A; 5KI6 A; 1D5A A; 4E1M A; 1HR0 K; 1LW2 A; 3L2R A; 4FJ9 A; 4DTM A; 4KTQ A; 2Q0R A; 3ENH A; 3OJS A; 3LDS A; 3H45 C; 5ADX H; 4KTZ A; 3KHY A; 4ZTJ A; 2KQ2 A; 4A62 A; 1B9D A; 1ATS A; 3PX6 A; 4PL7 A; 2ZGY A; 4ILJ A; 3PX4 A; 3A5N C; 3WXJ A; 3AO3 A; 4F9O A; 4IZ9 A; 5IT9 O; 1S1V A; 3QEV A; 2GV9 A; 4FPA A; 4CJL A; 5C2D A; 4B1X B; 3SQ2 A; 3LZI A; 3EKU A; 1RT3 A; 4BRA A; 3CJ9 A; 4JD2 A; 4KAZ A; 4F3O A; 4DSK A; 5CE3 A; 1SQK A; 3RWU A; 1GLL O; 1DEJ A; 3VN5 A; 2DFF A; 3CCM N; 1S6P A; 1WSF A; 4BR7 A; 1IG9 A; 1C1A A; 3TTC A; 1VSM A; 1K6Y A; 3RR7 A; 5FDL A; 1TAQ A; 1NK6 A; 1M90 O; 2X78 A; 3T19 A; 4KI4 A; 4LH4 A; 2E4L A; 5AZI A; 3WNH A; 4JV5 K; 4PUO A; 2WFB A; 3KJV A; 2KFN A; 2W40 A; 5CY4 A; 1RBV A; 4MQ3 A; 5EU7 A; 3F5T A; 5GIN A; 1OH5 A; 3HBT A; 3LZJ A; 4CBW A; 1U49 A; 4O4G A; 1IKW A; 2R7Y A; 4WFA L; 3BZK A; 1L3T A; 4GY2 B; 1Q18 A; 1JLG A; 3O4Q A; 1C1B A; 3FZK A; 3ZT4 A; 4Q0B A; 2Q1N A; 2GWJ A; 2H3G X; 2YJE A; 2HHQ A; 4BDY A; 2XO7 A; 3AV9 A; 4WCE L; 3DLH A; 4LFB K; 1TK8 A; 1HKB A; 3P83 D; 3T7Z A; 1NGB A; 4FM1 A; 3ASM A; 3CPE A; 3E9P A; 3CG7 A; 4CCH A; 3MWT A; 3TSU A; 2KZM A; 3MMV A; 4MO4 A; 4CJW A; 2HBK A; 3SV4 A; 1IO2 A; 3CJC A; 1IBK K; 3HM8 A; 5BN8 A; 1HYZ A; 3D2F A; 2YHX A; 3AVA A; 3SAH A; 4BR4 A; 3KK3 A; 4H4O A; 3DRS A; 3ZSQ A; 1HYS A; 2RE2 A; 4H0P A; 3TPQ A; 1HNX K; 1QE1 A; 3K5O A; 4AM6 A; 1N6Q A; 2CH6 A; 3H3N O; 1LW0 A; 4E1N A; 4OX9 K; 3M8Q A; 4HUG A; 4DTX A; 3HPH A; 5KGX A; 3V1Q A; 3HRG A; 3HP6 A; 4BRF A; 4CJ4 A; 3DXM A; 4JK7 A; 2OPQ A; 3VF2 A; 3L3V A; 1WB9 A; 4RG8 A; 2NRX A; 3QNO A; 1S1T A; 2IGI A; 4YOX A; 3MXJ A; 5EY4 A; 1SKW A; 1LWC A; 1NGC A; 1VQ6 N; 4FK4 A; 2A1S A; 3AY9 A; 5M1N A; 4FOI A; 1XI1 A; 1WSE A; 2YHB A; 3DJC A; 2QEX N; 4CJQ A; 3HOS A; 1S22 A; 3KD1 E; 5J2P A; 1XNQ K; 1NK4 A; 1C0U A; 3NHG A; 1A5W A; 3AO4 A; 3DRP A; 2J4R A; 2WOM A; 1BCM A; 1SAZ A; 3RRH A; 2P51 A; 1EWQ A; 5KPZ A; 5BPN A; 5FPE A; 1D9F A; 2G8U A; 5LMN K; 5GIP A; 2A5X A; 4F4K A; 3ZLJ A; 1U04 A; 4PKI A; 3MX5 A; 4JI4 K; 1LCU A; 2HMI A; 3DLG A; 3HP9 A; 1SKS A; 3QEW A; 1VSK A; 2BE2 A; 4BC5 A; 2NRZ A; 2RF2 A; 4C8M A; 2W6K A; 4DWI A; 3UKU B; 3CFO A; 2HBM A; 1NK7 A; 3VEV A; 4HTU A; 3ZET B; 2Q0U A; 1VSL A; 3NBP A; 4M3R A; 3G10 A; 4IJA A; 2O8E B; 3CCU N; 4OKE A; 5IWA K; 1GOC A; 4LSL A; 4JI7 K; 4Z4G A; 3UIQ A; 4DTU A; 4KHQ A; 2GTD A; 1L3V A; 3UE5 A; 1VSF A; 4B9S A; 1CZ9 A; 3J80 O; 4C23 A; 1QQM A; 5C24 A; 1BI4 B; 3G0Z A; 4FWM A; 1KRP A; 2QWN A; 4AHV A; 3O08 A; 3EYZ A; 1QQN A; 4AQY K; 3BZC A; 1MDU B; 1VHX A; 3JXU A; 3UKR A; 5EOY A; 3SQ4 A; 3THY B; 1IKY A; 4H03 B; 3A0I X; 1QVF M; 1JLF A; 4E0D A; 2A6A A; 4CZM A; 3WUH A; 2OA8 A; 4J2B A; 1E3M A; 4BR0 A; 1S9E A; 2E8A A; 4DR4 K; 5C15 A; 3QET A; 3TAP A; 3CCR N; 3P31 A; 4CIG A; 3VEZ A; 4E7H A; 4FVM A; 1YHQ N; 5HP1 A; 1WSG A; 4FJX A; 3CC7 N; 3PX0 A; 1D9D A; 4FJ7 A; 5AFU A; 2VWK A; 4KB1 A; 3VQ6 A; 1RDA A; 3TAN A; 3P5J A; 4KO0 A; 3KZB A; 1BQN A; 2P9L B; 3HVR A; 3LM2 A; 2QKB A; 3AA3 A; 2OZS A; 2F9W A; 1TUU A; 1JLQ A; 1BL3 A; 1HLU A; 4NCA A; 2ZE2 A; 2GBZ A; 3A8Y A; 3VF6 A; 2JWK A; 2PBD A; 5AQP A; 1JLC A; 3AVL A; 4AF1 A; 4KRE A; 1EX4 A; 4BC4 A; 3IG1 A; 3MEC A; 5F2R A; 4FJG A; 3OYG A; 1GLB G; 4DFM A; 3J7Z O; 4KTW A; 4DR7 K; 3ZCM A; 4O55 A; 5EX5 A; 3LDN A; 3VOV A; 4CJR A; 2KW4 A; 2QM1 A; 4FLT A; 1JCG A; 3O3F A; 3SBT A; 2OTJ N; 2A1R A; 3QBX A; 1U2V A; 5AZJ A; 4DSE A; 3A5O C; 5J2Q A; 3AO1 A; 1N5Y A; 2IVN A; 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1BUP A; 1GLF O; 4BRO A; 4N56 A; 1VAZ A; 1U6Z A; 5LJW A; 4CGI A; 4GW6 A; 3TAG A; 3K57 A; 2FF3 B; 3VQ7 A; 3NMU A; 2O8C B; 4FZZ A; 3TSQ A; 4BDZ A; 3MXM A; 2P9U B; 4M3X A; 3IMX A; 2EX3 A; 5FPM A; 5GAD P; 4ZHR A; 1LV5 A; 3FZL A; 3QNN A; 4CEB A; 1SL2 A; 3Q7C A; 1BA1 A; 5BR8 K; 1VSE A; 3DXK A; 3AGR A; 4WYB A; 2Z1G A; 2FF6 A; 3QES A; 3N4Q A; 4DR3 K; 4H4M A; 3W0L A; 1S5J A; 2CGL A; 3D2E A; 4CEC A; 1JL1 A; 4E89 A; 2VGM A; 1QVG M; 1J5E K; 1L5U A; 3ZSV A; 4J2D A; 3LAK A; 1UOC A; 3AVJ A; 4B1V A; 3QIC A; 4CHN A; 1OKJ A; 1HYV A; 4E7L A; 1TYQ A; 4OPK A; 4X62 K; 4N5S A; 4BG9 A; 4JI5 K; 1VQK N; 1IKX A; 1S3X A; 3LDP A; 4OLA A; 4YOV A; 1QQO A; 2ASO A; 1VQ8 N; 5F0X A; 1HNI A; 4FLY A; 3RSE A; 4BRK A; 4I6M A; 4DV4 K; 5CZ2 A; 4FVU A; 3V9W A; 2JGU A; 5I42 A; 3GG4 A; 4DV1 K; 4L8R B; 5GAH P; 3L2W A; 4JKB A; 2JLE A; 5AFU H; 1ZBL A; 5E41 A; 5AQO A; 2P9N B; 4CJ3 A; 1RDC A; 4JRQ A; 2NRR A; 1X9S A; 4Z4I A; 1NLV A; 4E7K A; 2IIR A; 1DKG D; 4E7I A; 2YX6 A; 4FLW A; 1QSY A; 5BRH A; 4N76 A; 2PAV A; 1ZC6 A; 1BIU A; 3KWG A; 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