The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
214
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structure length |
207
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Chain Sequence |
GAMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*GP*C)-3')
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| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| source organism |
Lassa virus
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| total genus |
58
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| structure length |
207
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| sequence length |
214
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MWT A; 3MWP A; 4GV9 A; 3MX5 A; 3Q7C A; 3MX2 A; 4FVU A; 4GVE A; 4GV3 A; 3Q7B A; 4GV6 A; 3R3L A; 4G9Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FOE A; 5K14 A; 1VQ9 N; 5M1P A; 1VQN N; 1BWF O; 3C94 A; 2NLX A; 3ENO A; 3SAF A; 4OLB A; 5AFU A; 4O8K A; 4CGJ A; 3CCV N; 3WXL A; 4Z94 A; 4NCA A; 4B3S K; 4IDH A; 4FK4 A; 3AAP A; 4K42 A; 4KTW A; 4W5T A; 4DFM A; 4XH1 A; 4B1Y B; 3U3Y A; 4H0V B; 2WTU A; 3PX6 A; 3ZX3 A; 3HK2 A; 4ELT A; 4FSV A; 2BH1 A; 1Z6R A; 2P9I A; 3V1Q A; 3T1Y K; 1K73 O; 3KHY A; 3D45 A; 1HRH A; 3VMF B; 1HNZ K; 4ZTF A; 3L3U A; 4DQI A; 4JKE A; 4O4G A; 4HCB A; 4FLZ A; 4JK7 A; 4JKF A; 4IO8 A; 4K43 A; 4F2S A; 3UKR B; 5C2F A; 4CZK A; 2HST A; 4K25 A; 3G71 N; 4DF8 A; 4A62 A; 3QER A; 5J1E A; 4KH6 A; 3CM6 A; 1NGE A; 3M8S A; 3MEE A; 2Q1N A; 3WQU A; 3AVC A; 3AGR A; 5AZJ B; 3O8M A; 3O3F A; 4MDB A; 3J8A A; 4E7K A; 1XC9 A; 4IFY A; 1QVF M; 3HOS A; 4BR9 A; 4FL9 A; 4H03 B; 1QQO A; 4L3Q A; 3R8E A; 1WSG A; 3TAE A; 4TSX A; 4AF1 A; 3VQP A; 2O8D B; 5C2D A; 3KLE A; 3RVC A; 4CF8 A; 4DR2 K; 3ID6 A; 1T8E A; 5TKW A; 3V9Z A; 1NGC A; 3ZSQ A; 3K5L A; 4PUO A; 4G1Q A; 3VQ4 A; 1N8R O; 2QXF A; 1WSF A; 5BRE A; 3VEO A; 4CGI A; 4CW7 B; 4RG8 A; 1J6Z A; 4XIU A; 3SUN A; 5BR9 A; 4KBO A; 1LAW A; 5BRH A; 4FK0 A; 2HVH A; 2E2N A; 2RF2 A; 3ATU A; 4A5A A; 1HNI A; 1HKC A; 3ZT3 A; 3PX4 A; 3MED A; 4ILG B; 3LAL A; 4DKW A; 4DSL A; 3OY9 A; 3PUF A; 3DLK A; 4DV1 K; 1Q82 O; 2W40 A; 5FRN A; 3VGK A; 1Q9X A; 2OYQ A; 1N34 K; 3AVG A; 1EQY A; 3HST B; 3HVT A; 4FK2 A; 2OPP A; 1JKH A; 4EHT A; 4YY3 K; 4H5V A; 5CHI A; 1P8Z A; 4C8K A; 1X3N A; 5AZI B; 4IBN A; 4OJR A; 4FW2 A; 3LPT A; 2VQF K; 4CZL A; 4CFD A; 1GLL O; 4H5N A; 3HI0 A; 3LP2 A; 3SQ0 A; 1GLJ O; 4C8N A; 1VSF A; 2NRR A; 2HHS A; 2OPR A; 5GAH P; 2HF3 A; 5J2N A; 3F9K A; 4DQQ A; 2IVO A; 5HRR A; 1C0F A; 3CJC A; 3WUH A; 1NG9 A; 3TU5 A; 3LZI A; 5HLF A; 3OVN A; 2VWK A; 3K57 A; 3R3L A; 1NK6 A; 3L2V A; 5AQU A; 4AM6 A; 4E89 A; 3E1Y A; 5HOO A; 3BZK A; 3CCL N; 2P9I B; 4CZH A; 3KLI A; 1OH8 A; 2QWN A; 3TAP A; 2QWP A; 5M1Q A; 1IKV A; 1BIS A; 5T7B A; 3NGZ A; 2VCP A; 2CH6 A; 1NMN A; 3DXK B; 1KRP A; 3P31 A; 3SAG A; 2YI1 A; 2XY6 A; 5AQT A; 2O8F A; 4DMN A; 4KHQ A; 4CJS A; 1OVQ A; 1I94 K; 1KCF A; 2NZT A; 2BTF A; 2P9U A; 4R5P A; 1X1P A; 1RFQ A; 2G8V A; 2W41 A; 1KQS M; 1Q8I A; 1NGD A; 4JD2 B; 4BRL A; 2BDP A; 4JRQ A; 4NB4 A; 2YHA A; 1XNR K; 3NBP A; 5B8H A; 3IDH A; 1D9D A; 1N5Y A; 1QZ5 A; 3U8X A; 4FJN A; 4CJV A; 5DM6 L; 3RWU A; 3HM8 A; 3QEI A; 3BP8 A; 3UB5 A; 2QW9 A; 4KHS A; 3DOL A; 4FJH A; 2OTJ N; 4H5R A; 2OAN A; 1RTI A; 2V52 B; 5E41 A; 5JS2 A; 1LOT B; 3SLC A; 3QO9 A; 4BQL A; 4AHV A; 2FBV A; 1DEJ A; 1NK4 A; 1VSK A; 1HPM A; 3HZ6 A; 3PSI A; 4IEI A; 4IJN A; 1C0U A; 3TSQ A; 4OPH A; 3HM9 A; 1BQM A; 4PWD A; 3VQQ A; 3PLA A; 1JXE A; 4C23 A; 1HNW K; 4XH4 A; 3A8Y A; 1JLB A; 3CQX A; 1T05 A; 1GLF O; 2JWK A; 1LWE A; 2GTD A; 2HBL A; 3U9D A; 4A59 A; 2UXD K; 1JL2 A; 4B8A B; 1XUP O; 5JIC A; 1EWQ A; 2P9K A; 1IH7 A; 1E4F T; 1WSH A; 3TAM A; 5AQK A; 2QTD A; 4BRE A; 3I55 N; 3CCS N; 4CFB A; 2HF4 A; 5KTQ A; 4BRD A; 4CD1 A; 1MWM A; 3SCX A; 1RDC A; 4DFP A; 1VQK N; 4IJA A; 2P9P A; 5ADX A; 4JN4 A; 3VGM A; 4JKB A; 3OHR A; 5SWM A; 1HYZ A; 4YOR A; 4FZY A; 1BCO A; 3ULE A; 2LSN A; 3ZYY X; 5BN8 A; 3NF8 A; 4M3R A; 3PX0 A; 2IAJ A; 4HUF A; 1VSH A; 5GAD P; 4JI6 K; 2HBM A; 1QSS A; 3VQA A; 3P83 D; 4DTM A; 4CK1 A; 4FJL A; 4RW4 A; 4B1U B; 4DU3 A; 2XO7 A; 1C1C A; 4JS4 A; 3WNH A; 3JAM O; 2YHB A; 4MDA A; 1W2B M; 2GUI A; 1JLA A; 3ZSY A; 4N5S A; 3FFK B; 4YHH K; 4K8X A; 3HT3 A; 3C7N A; 4RW7 A; 4DSJ A; 2FF6 A; 2O8F B; 3M6G A; 3SJH A; 3CCU N; 1T3V A; 3ID8 A; 4MFB A; 3NF6 A; 3SQ4 A; 4DV4 K; 3T19 A; 2G8H A; 2P9U B; 4M45 A; 2FBY A; 4CGH A; 4DS4 A; 4DTJ A; 1Q86 O; 1TKX A; 2HHU A; 4IOX A; 3QML A; 5E26 A; 3EE9 A; 1ILY A; 3ATV A; 3TSU A; 5F0X A; 1I3A A; 1HMV A; 2QWO A; 1RBS A; 4J2E A; 1BL3 A; 1S6Q A; 2Q36 A; 3FZK A; 4H0Y B; 2YJF A; 2FLO A; 1NKB A; 4AHR A; 1LW2 A; 2KFZ A; 5CY4 A; 2UYT A; 4CJF A; 1NJX A; 4B9T A; 3TTF A; 3MXM A; 5KQ8 A; 2E6L A; 3TSP A; 3VQ5 A; 3HBT A; 1KFD A; 3LWM A; 1ATN A; 3V1O A; 1KVA A; 1KFS A; 2HHW A; 3MWT A; 4DFK A; 4W5N A; 4ELU A; 4KI4 A; 4OKK A; 3N4Q A; 5H1S Q; 4PQU A; 4CJ5 A; 4B08 A; 4NLC A; 3SUQ A; 4HVJ A; 1EET A; 3D2E A; 5KI6 A; 5KPZ A; 3SQ2 A; 4LF9 K; 5BN9 A; 3CJ9 A; 3VA0 A; 3CM5 A; 4OKJ A; 1YIJ N; 4IXC A; 3PSF A; 3HOT A; 2FSK A; 4DSF A; 1M1K O; 3CCQ N; 1SKS A; 2P9K B; 1KLN A; 3GOI A; 4FLV A; 2NUB A; 2W6K A; 2P9N B; 1JXB A; 4WQ4 C; 3MXJ A; 2HMP A; 3KLF A; 3OYJ A; 5KRS A; 2Q31 A; 2P1J A; 2YNG A; 5BRD A; 4KO0 A; 3KTQ A; 2NRV A; 1LWC A; 3FGU A; 1IG9 A; 4I7F A; 4CF2 A; 3KK7 A; 3P38 A; 3NF9 A; 4GNI A; 4NXN K; 3ZSW A; 4B9S A; 3ISN C; 3THY A; 1NLV A; 1T6C A; 3V81 A; 1Z05 A; 4FM1 A; 3ULE B; 2HHV A; 3AA3 A; 4GW6 A; 4FLT A; 1JLE A; 3ZX2 A; 5MLC Q; 4JHD A; 1RT4 A; 4O0J A; 3MN6 A; 4CGD A; 4HTL A; 3THX A; 2KFN A; 1VSJ A; 2X6S A; 5FDL A; 2E2P A; 4F4K A; 3CC4 N; 4FOI A; 5AQQ A; 3ASM A; 4DLE A; 4E1J A; 4NO7 A; 3SPZ A; 3H3O B; 1WB9 A; 2HHH K; 1VQ4 N; 2YHX A; 4FWS A; 4LC9 B; 1WBB A; 3CFR A; 5ELZ A; 3BGR A; 4CJU A; 4Z0U A; 4N76 A; 4IWV A; 5EOY A; 1KVB A; 1RDU A; 4C8M A; 4BWM A; 3OYC A; 2Q0U A; 2IOC A; 1D9F A; 1RBR A; 1WSE A; 3VF2 A; 3SPY A; 3IMX A; 4GMJ B; 2KHO A; 2P51 A; 4JKC A; 3SV4 A; 3V9S A; 3KIO A; 4AHC A; 3W3D A; 3P4I A; 2XY5 A; 1S9E A; 3A0I X; 4ELV A; 4CHY A; 3EKS A; 2X74 A; 4AQY K; 5CE3 A; 3VET A; 1BCM A; 1J53 A; 2AP1 A; 3AAR A; 4DQ8 A; 3GG4 A; 1QE1 A; 4ISF A; 3DRP A; 1F21 A; 5SZT A; 1VRT A; 2DPN A; 3CQY A; 1UWB A; 4O5F A; 4J8F A; 4QS9 A; 3TPQ A; 1GLB G; 1NNE A; 4DS5 A; 4DSE A; 3KD5 E; 2HBK A; 4IKF A; 1MWK A; 3K5N A; 4I6M A; 3MN9 A; 3K9J A; 1G15 A; 1X9W A; 4M3W A; 4BVO A; 4BR2 A; 1IG8 A; 4O0I A; 3OYK A; 4YOX A; 4BG8 A; 4DQP A; 3L2U A; 3CCM N; 2A1R A; 3J7Z O; 3NMU A; 5AQO A; 1RBV A; 2QXL A; 1XI1 A; 1TVR A; 4PKG A; 4BC4 A; 1KLM A; 5J2M A; 1FKO A; 3M3Z A; 1SKW A; 4FJJ A; 3MDQ A; 2QWR A; 3EE8 A; 4V19 S; 1Y97 A; 3TAF A; 2NRX A; 1TGO A; 2RKI A; 2NNW A; 2PBD A; 2FBX A; 1A5V A; 4IFV A; 4CGF A; 4CIF A; 4WQ5 A; 3DLH A; 1C0G A; 4J2A A; 3FFI A; 3WXI A; 5KPT A; 4WCE L; 1YT3 A; 3ZEU A; 4JLH A; 4CHZ A; 3CFO A; 4M63 C; 3G6E N; 3T3F A; 4DWI A; 3QIO A; 3ZSO A; 3THY B; 3PV8 A; 2HNZ A; 2IGI A; 3EYZ A; 4LFC K; 3NH1 A; 4W5R A; 1VRU A; 4CCH A; 1RT2 A; 3B6P A; 2YJE A; 4DV7 K; 4A2A A; 4PKH A; 2HVI A; 3DYA A; 4KHY A; 4JI5 K; 4H5T A; 1HX1 A; 5GIN A; 1IBM K; 3NVK A; 4EZ6 A; 4BE1 A; 4DQS A; 3HPH A; 3VOV A; 4CI6 A; 5A2Q O; 5AQR A; 3CJA A; 2P5G A; 3O3G A; 3SBG A; 4E3S A; 1RBU A; 3M5R A; 2D4W A; 2O8C A; 3TAQ A; 3CJ7 A; 1ZBU A; 1VQP N; 3ZT0 A; 4YOT A; 1DTT A; 3C0B A; 5BRF A; 2D0P A; 3ZET A; 1SL1 A; 3O08 A; 4BR0 A; 4E7I A; 2G8W A; 3PO4 A; 4CVN E; 3E9P A; 3WEE B; 1J54 A; 4YOV A; 1D4X A; 1KAX A; 1YVN A; 4AIL C; 1DKG D; 4HWI A; 1U45 A; 2Q97 A; 4CJK A; 3TR8 A; 3WT0 A; 2F8T A; 4KHN A; 1YJN N; 3EO3 A; 3VER A; 2ZJQ L; 4EHU A; 4M3T A; 1ATR A; 1W97 L; 5AQJ A; 4PHT X; 3AVF A; 1S3X A; 1UA0 A; 1K6Y A; 3AVH A; 1LAV A; 3SUO A; 4NCB A; 2ZF5 O; 2G8K A; 1RDA A; 3L2W A; 3LPU A; 3OYD A; 4I6M B; 3NDK A; 4CJW A; 3BZC A; 3H6E A; 2D1K A; 3BDP A; 5I42 A; 4BWJ A; 3OBW A; 3GBT A; 1OVY A; 1A5W A; 3NF7 A; 3P5J A; 4W5O A; 4ISE A; 4JI7 K; 3RTV A; 5JVH L; 1U49 A; 4A57 A; 4MLH A; 4B1X B; 1IKW A; 4RW9 A; 3I56 N; 3TAR A; 5FRM A; 4B3T K; 4O8U A; 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4K41 A; 3HSC A; 4LFB K; 3FLC O; 1SL2 A; 3I0S A; 2UUB K; 3E66 A; 3P39 A; 1A5X A; 2ASO A; 3EL2 A; 4FWL A; 4DUZ K; 4DFJ A; 4DU4 A; 3DM2 A; 2GWJ A; 4DQR A; 2V7Z A; 3L0Q A; 2PY5 A; 4B3R K; 2GX9 A; 4JI2 K; 4B9L A; 1TYQ A; 5AQV A; 1R59 O; 4E7L A; 1JCF A; 3PIO L; 1YI2 N; 1VSI A; 1EP4 A; 1NK8 A; 4FJ7 A; 4CZG A; 4FWO A; 2FXU A; 1T7P A; 4FJX A; 3GDQ A; 4AHU A; 2ZJP L; 2D0C A; 4DV3 K; 3OS0 A; 4LSN A; 1SS6 A; 2ATQ A; 3VPZ A; 3VQE A; 1JLQ A; 2HBJ A; 3IS9 A; 2CGK A; 3OYG A; 1HKG A; 4KB1 A; 3EZW A; 3NGY A; 3SK3 A; 2D0O A; 3V9X A; 4BRP A; 2I7P A; 3KK3 A; 5GAE P; 5AQX A; 4K8Z A; 1YTA A; 1N33 K; 4DSI A; 1HUX A; 1O1W A; 1C0M A; 2RHK A; 3F73 A; 2OTL N; 5LY3 A; 1YAG A; 3CER A; 2A41 A; 3SUP A; 5KPR A; 4EP4 A; 4WFN L; 3JXU A; 1KC8 O; 2ZJR L; 1XHZ A; 1RBT A; 4BRI A; 3EEQ A; 3KVG A; 1V4T A; 3O1B A; 4C1N I; 1VQO N; 3OS1 A; 5AQW A; 4RW6 A; 4YOU A; 4H0T B; 3C95 A; 4H8K A; 1LCU A; 4DTS A; 4CEE A; 3DI6 A; 3U6F A; 1XNQ K; 4KTQ A; 5EY4 A; 2A1S A; 1MA9 B; 2VGM A; 2O8B A; 1Q18 A; 3O4N A; 1EX4 A; 2GEM A; 5AQG A; 4FVU A; 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