The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
214
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structure length |
207
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Chain Sequence |
b'GAMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSPRVVL'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*GP*C)-3')
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| source organism |
Lassa virus
|
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| total genus |
58
|
| structure length |
207
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| sequence length |
214
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GV6 A; 3R3L A; 4GV3 A; 4G9Z A; 3Q7C A; 3MX5 A; 3MX2 A; 4GVE A; 3MWP A; 3MWT A; 3Q7B A; 4FVU A; 4GV9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV1 K; 1HPM A; 2HW3 A; 4YHH K; 4EFH A; 1HNW K; 1SS6 A; 2FLO A; 4CF0 A; 2HHS A; 1RGI A; 3NHG A; 2Q0R A; 4FJK A; 4B9U A; 1M1K O; 4YNQ A; 3S41 A; 4OPJ A; 3WQT A; 4CD1 A; 1L3V A; 3MN9 A; 3TTF A; 3UKR B; 1VRU A; 3U3Y A; 1WSJ A; 4BR9 A; 4CGJ A; 1VQ8 N; 4M7Y A; 4MO5 A; 4AM6 A; 4Q5V A; 2JLE A; 4CJT A; 3ZSO A; 4Z0U A; 3QML A; 2A1S A; 5LJV A; 2UXD K; 4YDU C; 2PAV A; 4BC3 A; 5CE3 A; 4NYN A; 2Y1I A; 5AQV A; 2FSK A; 3QBX A; 4CJV A; 1QSY A; 1O13 A; 1RBR A; 3VOV A; 1NK5 A; 3PLA A; 4KPY A; 4CJ7 A; 4NLB A; 3AAP A; 5HRR A; 1VAZ A; 1SKS A; 1OH6 A; 1RBS A; 3CME N; 4DTN A; 2RF2 A; 5D3G A; 4BRP A; 1VQN N; 2VQE K; 2YNH A; 5CYQ A; 4WE1 A; 3QIP A; 2NNW A; 4CHN A; 3CM5 A; 1TK5 A; 4WFN L; 3C0B A; 2PFU A; 4CEF A; 5AQH A; 3K5N A; 4CGF A; 4AF1 A; 2O8B A; 4I6M A; 5JIC A; 4BRE A; 1G15 A; 4RW9 A; 1KAY A; 4JKA A; 3QIC A; 3QNN A; 3T1H K; 2BE2 A; 3VQA A; 1VQ7 N; 3J7Y P; 3QEV A; 5F2R A; 5AFU H; 5FPM A; 4OGC A; 2OA8 A; 4KTW A; 1VQP N; 4ZTJ A; 2E20 A; 1BIZ A; 3IMX A; 3QB0 A; 4DKW A; 4K0K K; 4QCL A; 5E84 A; 2UXB K; 2RHK A; 4HCB A; 2DPN A; 4KI4 A; 5AQQ A; 4FJN A; 3THV A; 1HYZ A; 3KLI A; 1RDC A; 1ZBI A; 3OYC A; 1JLC A; 4FWM A; 3LDL A; 3CCS N; 4OPH A; 5GIN A; 3QDK A; 2D5R A; 2HNZ A; 2OPQ A; 3SPZ A; 1NK0 A; 4CHY A; 1TKD A; 4H0O A; 1S9E A; 3K5M A; 3B6P A; 5CY4 A; 2IOC A; 5FLX O; 4FVU A; 4Z4I A; 4OO1 J; 1IJJ A; 1BCM A; 3QFP A; 1BQN A; 2P9S A; 2NRW A; 1HNV A; 1HRH A; 1EWQ A; 3TAQ A; 5C2F A; 1NGJ A; 5FRN A; 1YF5 L; 5C12 A; 4OKE A; 3VQE A; 1VQ5 N; 4LSL A; 2BAN A; 5JS2 A; 4H0X B; 1NG9 A; 1SL1 A; 4IOX A; 2ZE2 A; 1VQ6 N; 3CD6 N; 4XIU A; 2FBY A; 5EX5 A; 1Q9Y A; 4ILJ A; 2X6N A; 4CGD A; 3CQX A; 3UKR A; 4PHT X; 1KLM A; 4BAC A; 1KLN A; 1QQN A; 2HB5 A; 4GY2 B; 1RCH A; 4DG1 A; 3UB5 A; 3ZSV A; 3OYL A; 2P5O A; 2P9K B; 5EXW A; 1UA1 A; 1T7P A; 3NBP A; 2P9N B; 5HL7 L; 3L2Q A; 5KPR A; 3TI0 A; 4H0T B; 4BRC A; 2YHB A; 2AA4 A; 3UKU B; 5KGX A; 2HBJ A; 4H5T A; 4CFB A; 3O9R A; 3NVK A; 3AAR A; 3H08 A; 4DSF A; 4CK3 A; 4BGA A; 1RDA A; 4CCH A; 4BG9 A; 3HBT A; 4DR4 K; 4NXN K; 3RVC A; 4PL8 A; 3T7Z A; 3L4Q A; 3G71 N; 4NLC A; 4JKC A; 3JSM A; 4DU3 A; 3L0Q A; 3MN7 A; 4JKH A; 3CJC A; 1KC8 O; 3HI0 A; 1YIJ N; 1D4X A; 2FXU A; 4CZG A; 4DFP A; 2RE2 A; 1RNH A; 3CFR A; 4B9S A; 3AO2 A; 3O1W A; 4KB0 A; 3VEW A; 1BHL A; 2VWB A; 3AVA A; 3SAF A; 4CEO A; 1F21 A; 1Q7Y O; 4WQ4 C; 3ZSQ A; 4NB4 A; 2VWJ A; 2VGM A; 3NH2 A; 4OLB A; 4JN4 A; 3V9U A; 4DQI A; 1S6P A; 2A42 A; 3RR7 A; 1RBT A; 2YV0 X; 4LSN A; 1JLF A; 4OKJ A; 3NDK A; 3WNF A; 2FF3 B; 3AVK A; 1WLJ A; 2G8H A; 1BU6 O; 2YJE A; 5EU7 A; 4FJL A; 1NOZ A; 3EKS A; 4GV3 A; 4IOC L; 3EZW A; 5BRE A; 4Y1D A; 2G8F A; 4KTZ A; 4RW7 A; 2E2O A; 2NUB A; 3C6H A; 3CQY A; 3TAP A; 4CZE A; 3CET A; 4CER A; 4JK9 A; 3CMA N; 2F8T A; 3DJC A; 1VQ9 N; 1WSE A; 2G8U A; 2O8C A; 3SI6 A; 1ATN A; 3NF9 A; 4LF4 K; 4M3R A; 4DF8 A; 4CJ4 A; 3AVN A; 1MDU B; 3VQ5 A; 4UQG A; 3NVM A; 3BDP A; 4JKE A; 4C1N K; 3DLR A; 3DOL A; 4I9Q A; 1SL0 A; 3HO1 A; 4CF8 A; 4JI0 K; 3ATV A; 4JI5 K; 1RT1 A; 3CJ1 A; 4H03 B; 4LF7 K; 3KVG A; 4Y0W A; 3M5R A; 3O9T A; 4O8U A; 2HBM A; 3VEO A; 3OY9 A; 4RCH A; 4LF8 K; 4BDY A; 5GAD P; 4LF9 K; 3A0I X; 1C1C A; 1NKB A; 1WB9 A; 4C8K A; 2HVI A; 1VSD A; 1RT2 A; 3MAQ A; 3BZK A; 4B1W B; 3LAM A; 1BUP A; 1VHX A; 4BC5 A; 5M1P A; 3CC7 N; 1BOT O; 4Z4E A; 4YY3 K; 2P9K A; 2O8E B; 2WOM A; 4IFV A; 2P9N A; 1TKT A; 4BRF A; 3RRH A; 1NM1 A; 1S5J A; 1WAF A; 4NYF A; 1JXE A; 3UKU A; 1NGH A; 4OX9 K; 4JI1 K; 5HP1 A; 3CFO A; 3TR8 A; 2FBX A; 2BGG A; 4Z4C A; 1IKX A; 4QS7 A; 5DK5 A; 3FZM A; 4FLT A; 2NRT A; 4CEA A; 4AHV A; 4CZK A; 3WXI A; 1NJY A; 4DF4 A; 1BI4 B; 2XY7 A; 4UY8 O; 2AP1 A; 3G10 A; 5AQZ A; 5BPL A; 4FYD A; 4EP5 A; 1HJR A; 4ELT A; 4AHR A; 3M8S A; 1U48 A; 4CJF A; 2NRR A; 4I2P A; 4FJ5 A; 3DLG A; 4DV4 K; 1Z6R A; 3LL3 A; 3KD1 E; 4CIE A; 4OVL A; 1RFQ A; 3ZCM A; 3SUN A; 2UU9 K; 3O4W A; 2YI1 A; 2HMI A; 2P9U B; 4DQQ A; 4LD0 A; 3A5M C; 5JVH L; 2I5J A; 4DQ8 A; 2OZS A; 4CHZ A; 5HBM A; 1NK7 A; 4DV6 K; 3K2P A; 3VF4 A; 3FLC O; 3HPG A; 4BGB A; 4JYA K; 4KBO A; 2YNI A; 3SAG A; 3D7E O; 4QAG A; 2ZD1 A; 1KFS A; 2KZZ A; 2WON A; 4H4M A; 4YFU A; 1U4B A; 2HHH K; 3NH1 A; 4U7B A; 3DOK A; 2O8F A; 4EHU A; 5F1X A; 3TSU A; 2DY4 A; 4HCC A; 4CJQ A; 1Q81 O; 1QVF M; 3ZT4 A; 5EVZ A; 3VQQ A; 5E41 A; 4BWJ A; 2H3G X; 4CJR A; 4FLV A; 2OPP A; 5GIO A; 1T6D A; 3DLH A; 1KAX A; 3I56 N; 1YJ9 N; 3QIO A; 1Y97 A; 1NWK A; 1XNR K; 3M1F A; 4CEE A; 3PY8 A; 4R5P A; 4L3Q A; 4B1Y B; 1NK6 A; 2RN2 A; 5AFU A; 2ASP A; 3OJS A; 4YDU A; 4K8X A; 3IRX A; 3GG4 A; 2ASO A; 3E9O A; 1VQO N; 4MFB A; 4A61 A; 4WFB L; 4DTO A; 4U67 L; 5C42 A; 4M3Y A; 1H1V A; 1VSH A; 4FWN A; 3L6Q A; 2CH6 A; 3WNG A; 1ZBU A; 4JEP A; 3SLC A; 4C23 A; 4FJM A; 4F2R A; 1QE1 A; 4PA1 A; 2ZF5 O; 4KKO A; 2HOE A; 1RTH A; 2O8E A; 3O4Q A; 1HNX K; 3RTV A; 3NAE A; 1DGK N; 1WUA A; 5BN9 A; 5C24 A; 4NO7 A; 1Q86 O; 1SKR A; 4FXD A; 2LSN A; 3CCR N; 4CED A; 1GLL O; 4CJK A; 4NCB A; 4LY7 A; 2D0P A; 3GBT A; 3GE1 A; 3C6A A; 2ITM A; 4CZL A; 2ASM A; 4A2B A; 4JI3 K; 4PKH A; 5FPE A; 4BE1 A; 4GV9 A; 1U2V A; 4CFD A; 2IDO A; 2I7P A; 2F8S A; 1EXQ A; 1ATS A; 1S22 A; 2GWJ A; 1GLE G; 3MWT A; 1EET A; 3DI6 A; 2F4V K; 4FZY A; 4JAX A; 1XNQ K; 3R3L A; 3OYD A; 4I6M B; 4C1N I; 4WCE L; 4HTU A; 2ZWH A; 3ALY A; 3ZX2 A; 3TAB A; 4ZHR A; 1C0G A; 4H5W A; 3BGR A; 4DUZ K; 4DV3 K; 2VG5 A; 3H3N O; 3L2U A; 3THY B; 3VEN A; 2D0A A; 4FPA A; 2Z1H A; 4ILG B; 5SWM A; 3KLG A; 3R1X A; 2YKN A; 3VQ6 A; 4FLY A; 1JJ2 M; 4CJL A; 3MMV A; 1K9M O; 3VN5 A; 1OVQ A; 4C8N A; 3ATU A; 1V4S A; 4N5S A; 4DWI A; 3HPH A; 3THX B; 4O5B A; 3QEX A; 3EE9 A; 2IAJ A; 4DUY K; 2EX3 A; 3O4N A; 4E89 A; 5CHI A; 3TAF A; 1JKH A; 1U6Z A; 2BH1 A; 4BWM A; 3OJU A; 2QTD A; 2P9I B; 5FDL A; 4MO4 A; 4C8M A; 3EE8 A; 3JAM O; 1R59 O; 4X62 K; 1HR0 K; 1C0M A; 4QS9 A; 5FRM A; 5J2Q A; 1RTD A; 4TSX A; 1U45 A; 3MEC A; 4FL9 A; 5LY3 A; 3FZL A; 4NCG A; 2P9S B; 3P5J A; 1J5O A; 5AZJ B; 1KSP A; 3OYE A; 3KLF A; 3O08 A; 4BDZ A; 3DM2 A; 3DRP A; 3SV4 A; 4CIF A; 4IDH A; 3DXK B; 4HVJ A; 2ITG A; 2IVP A; 3TAM A; 1NGE A; 2OYQ A; 3VQD A; 3QO9 A; 2P9L B; 1BIU A; 4A5A A; 3LDN A; 4CVN E; 5MLC Q; 1X9J A; 2EWS A; 3PX4 A; 1ILY A; 1KVA A; 3IG1 A; 4WF9 L; 2IVN A; 3SUP A; 4PY5 A; 4ZTF A; 3DXM B; 3WNE A; 2NRH A; 3AA5 X; 4ELV A; 3CCJ N; 4LF5 K; 3SUO A; 3AVM A; 3E01 A; 2HBK A; 2QW9 A; 4CZJ A; 4DLG A; 1S6Q A; 2F96 A; 4IFE A; 5IWA K; 3VTH A; 1RTI A; 4FJI A; 1IV0 A; 4WQ4 A; 2BUP A; 4M3U A; 4LFB K; 3HM9 A; 3C94 A; 3SBG A; 2IC3 A; 4R79 A; 4FK4 A; 3QER A; 2E1Z A; 5HRS A; 4DTM A; 3W3D A; 1VSK A; 4BRG A; 2VG6 A; 4K42 A; 2FBV A; 3K58 A; 4FWO A; 5CZ2 A; 4F2S A; 4CGH A; 3ID8 A; 3NF8 A; 3SK3 A; 4YOU A; 2WBN A; 5JLH A; 3KKS A; 3RMC A; 3HVR A; 4M3Z A; 5CYM A; 4AH9 A; 4H0V B; 3C6T A; 1EO1 A; 1SL2 A; 4IEI A; 4B9M A; 5BR9 A; 5KTQ A; 3UIQ A; 4F3T A; 2YKM A; 2O4G A; 3TAE A; 3K59 A; 3NGI A; 1VQL N; 1CLQ A; 5LMU K; 1X9S A; 4W5Q A; 1HNI A; 2P51 A; 2YNF A; 4CK2 A; 3A8Y A; 2D1K A; 2PZS A; 4OJR A; 5KGW A; 4A57 A; 2NRV A; 4O0I A; 4BRI A; 3THY A; 3QET A; 4LH5 A; 3SJJ A; 4IO8 A; 4KRF A; 1UAX A; 3KWG A; 3LAK A; 2V51 B; 1HMV A; 3A2F A; 3AA2 A; 4KH5 A; 3THX A; 1S1W A; 3F73 A; 3C7N B; 4CBX A; 1XHZ A; 4DSJ A; 1WAJ A; 1BQM A; 3BF1 A; 1QQM A; 2X74 A; 2O8C B; 4WQ5 C; 3VGL A; 4HUG A; 1M90 O; 4LFA K; 4BR7 A; 2W40 A; 1XMQ K; 3VGK A; 3WQU A; 4FOE A; 1VSI A; 2UYT A; 4DR1 K; 1FJG K; 1JLE A; 2P9I A; 1YI2 N; 4E7H A; 3IFR A; 3TWH A; 2Z1G A; 3PIP L; 3OYM A; 3CJ7 A; 2QEX N; 2FSJ A; 3O6W A; 1HQE A; 2E2P A; 4BR5 A; 4IKF A; 1MA9 B; 3V1R A; 4JI6 K; 5AZJ A; 5AQI A; 2KZM A; 4CFC A; 3I8B A; 1N8R O; 5KI6 A; 4FM1 A; 2F9T A; 4JHD A; 2NZT A; 3NF6 A; 4G9Z A; 1IKW A; 3DXK A; 3ZET A; 4KO0 A; 3L2R A; 1CXQ A; 1RT5 A; 3KLE A; 3LP3 A; 3F9K A; 3AY9 A; 5CR4 A; 2P9L A; 3LDS A; 3PIO L; 4PWD A; 3BEX A; 4B8A B; 3I0S A; 4B1V A; 1QSS A; 2Q97 A; 1NBW A; 3HVT A; 4CBU A; 4N41 A; 4OGE A; 3DXM A; 4I2Q A; 2GTD A; 4QS8 A; 4FK0 A; 2HHV A; 1JL1 A; 2OTJ N; 1EQY A; 1Q9X A; 4A5B A; 1C1A A; 4DS4 A; 2JWL A; 3O80 A; 1FKP A; 1QS4 A; 2CH5 A; 2ZJP L; 4EIA A; 4E7J A; 4FW2 A; 1Q8I A; 3DWL A; 4CFA A; 3OHR A; 1NK9 A; 2OCE A; 2WTU A; 1ZBH A; 1QSL A; 4AHC A; 1RT3 A; 5HOO A; 3NCI A; 3BY5 A; 1OH8 A; 4CJU A; 3OYH A; 4WYB A; 1UWB A; 4OPA A; 1NKE A; 2E2Q A; 4BRO A; 2P9P A; 3H1V X; 1MWK A; 3LWL A; 1UOC A; 3VPZ A; 2OAN A; 1QVG M; 3QFU A; 1U04 A; 3M8P A; 3HK2 A; 2QXL A; 3AO5 A; 4IJN A; 3CER A; 4W5T A; 4GMJ B; 1IG8 A; 2D0O A; 5TKY A; 4FPB A; 4GVE A; 4N76 A; 5AZI A; 1BWF O; 5EOY A; 1TYQ B; 4FLW A; 2Z1J A; 3IS9 A; 1IBK K; 3S3N A; 3T1Y K; 1RTJ A; 5J1E A; 3U9Z A; 1J53 A; 4PQU A; 1DKG D; 3E1Y A; 1G99 A; 3O8M A; 3ZX3 A; 3E9P A; 1TV6 A; 2ZGZ A; 3PUF A; 4A62 A; 2QWR A; 3CXC M; 1GLC G; 2Q36 A; 4CGG A; 4DV5 K; 1UA0 A; 4ILH A; 3V81 A; 3AAQ A; 1HPZ A; 1Q18 A; 4H5R A; 4XH1 A; 2Q31 A; 2Z1I A; 1NK8 A; 1RBU A; 4HTL A; 5T7B A; 2O8F B; 1CZA N; 3A5N C; 3TU5 A; 3NE6 A; 3U6F A; 3CCM N; 1LW2 A; 4K25 A; 3R9P A; 3C7N A; 3CCL N; 4CE9 A; 1JLQ A; 4AHU A; 3D2E A; 3O3F A; 5C2D A; 1X3N A; 2JGU A; 4ISF A; 4AM7 A; 3C95 A; 1JLA A; 1VSF A; 3MEG A; 3VQ9 A; 5BRD A; 4HUF A; 3VES A; 1QQO A; 1WSF A; 3O5B A; 1ASW A; 1NK4 A; 3CCV N; 1V4T A; 3CYM A; 1DTT A; 3AVC A; 4BRN A; 5JMV A; 2G8K A; 5AQF A; 3C6U A; 4MLH A; 4BR4 A; 2VGN A; 3THW A; 1T8E A; 4KTQ A; 4FJ7 A; 3ZT2 A; 3CPE A; 2YHX A; 4PKI A; 1RDB A; 3OYA A; 5M1Q A; 2EHG A; 4IJA A; 4MLE A; 1QZ6 A; 3ENB A; 2E4L A; 3FFI A; 1KAZ A; 4HUE A; 1Q82 O; 1N6Q A; 3RRG A; 1NGG A; 2OPS A; 1WSG A; 4E19 A; 1SAZ A; 2GWK A; 3WT0 A; 2XY8 A; 2ZJQ L; 4CEQ A; 5HRN A; 4N47 A; 5TKW A; 5SZT A; 5LMN K; 2XY5 A; 3OVN A; 1X9M A; 2G8I A; 3LDP A; 3MCA B; 4DU4 A; 2YCH A; 3HZ6 A; 1TAU A; 3L2W A; 4CF1 A; 2HBL A; 3JS6 A; 2KHO A; 2E5L K; 4DV7 K; 3PO5 A; 4O4G A; 1SKW A; 3H1Q A; 4JS5 A; 1QTM A; 2D0C A; 2OTL N; 4FWK A; 1SQK A; 3I8D A; 2O8D B; 2HHX A; 3KZB A; 3W0L A; 1U2V B; 1N34 K; 2Q2R A; 3HST B; 2KLA A; 3SBT A; 3OYF A; 1XWL A; 3MN6 A; 2HMP A; 2VCP A; 3AVG A; 3IKM A; 1S3X A; 1IBM K; 1L5U A; 5AJ3 K; 4B9L A; 5I9E B; 3CJA A; 3PV8 A; 1LCU A; 1VSE A; 3V9X A; 4RW8 A; 4OLA A; 5KQD A; 3P83 D; 4IO9 L; 1TYQ A; 1ASV A; 3OYB A; 1EP4 A; 2F9W A; 3O1B A; 3EN9 A; 1K8K B; 3HRG A; 5LL6 Z; 3V4I A; 4FWR A; 4GKJ K; 1LWC A; 1J6Z A; 1S1U A; 3NH0 A; 4FWS A; 5AQS A; 2NRZ A; 4FLZ A; 3TAN A; 1JCG A; 2QKB A; 3CJ9 A; 4O44 A; 1VQK N; 4CBW A; 3SPY A; 3L3V A; 4BVO A; 3SNN A; 1R0A A; 4B9N A; 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