4GW6A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
144
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 49
structure length 144
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gw6A00
2GBZA 4CF1A 1BI4B 2GUIA 2B6AA 3F73A 3DOKA 1RBVA 2KZMA 4B9UA 4ICLA 2B4JA 4DMNA 1SUQA 5KGWA 3RMDA 1R0AA 4HCBA 3U3GA 4OGEA 1J5OA 1BCMA 3LP2A 4FJXA 4E7LA 4DTNA 1LWFA 3HXMA 4KB1A 3OYCA 3OYBA 1L3TA 4ELUA 1F21A 4Z4CA 4Y1DA 4CFAA 1VSLA 5KGXA 1RBUA 2DFHA 3ISNC 1ASVA 1S6PA 1XC9A 2G8FA 4B9TA 2QK9A 4IFVA 2D0BA 1JLQA 5CZ1A 1S9GA 4BDZA 3KLHA 1D5AA 1GOBA 3LAKA 2LSNA 4R5PA 4FLXA 3ULDA 4FLTA 4O55A 1JLBA 3I8DA 1WAFA 3IAYA 2YNHA 3NF9A 3OYAA 4DSEA 3S3NA 4F3TA 4CHOA 4B9NA 3AA4A 1U48A 3OY9A 5D3GA 2AJQA 3QEWA 4NCBA 3K5LA 4FJGA 1CXQA 1NK7A 2HHXA 4BWJA 4CJKA 1LW0A 3AO3A 4NCGA 3QIPA 4CJPA 3VA3A 4JRQA 1SKWA 3QLHA 1N6QA 2B5JA 3NF8A 5FROA 3PO4A 4FYDA 1CLQA 1B92A 2D0CA 2D5RA 3T1AA 1BIUA 1N5YA 2F96A 3MXJA 3OS1A 4M42A 1C0UA 4FM0A 4CK2A 1VSHA 3PX0A 3ITHA 3MEDA 1B9FA 4FZXC 3P83D 5HROA 2DFEA 1BCOA 1NKBA 3V9UA 3NHGA 4ZHRA 4YNQA 3NF6A 3ZT0A 3MAQA 3NCIA 1Q9YA 1VK0A 1X9SA 1RTHA 4B9MA 1VSFA 3SPZA 3HSTB 3MEEA 4AHCA 3NAEA 1EKEA 4ELVA 3THVA 1VRTA 3C6TA 3PX4A 3V9WA 4FLUA 3V4IA 2ITGA 2W42A 3VQ6A 4KTQA 2FBXA 3DI6A 3K5NA 3DLGA 2KQ2A 4FJHA 3O3FA 4JRPA 1HQUA 3VQPA 4G1QA 1T05A 3KD5E 1RDDA 1XHZA 1KFSA 2G8IA 1C6VA 3AVBA 1TL1A 4QCLA 1WSFA 4ZTJA 1RBSA 3LAMA 3ZSQA 3ZSVA 3LZJA 4OLBA 1NOZA 1GOAA 3NFAA 4LY7A 4PUOA 4DS4A 4BDYA 5FRMA 3M8PA 1YVUA 2FBTA 2DTUA 4Z4FA 4FJ5A 2PZSA 3OYNA 5HRPA 4QAGA 3HVRA 1KFDA 4BE1A 3V9XA 3L2VA 3AA3A 1FKOA 1WSJA 4M3WA 1RTIA 1VSMA 1DTQA 1D9DA 3OYMA 1NK9A 2X6SA 4AHTA 3OJSA 3RTVA 4O5BA 5HRNA 3DRRA 3AVAA 3CYMA 3CFOA 4HUEA 1JL1A 1Y97A 3LP0A 3OVNA 3QNOA 1U4BA 4CJTA 1RTDA 5HRRA 4OKJA 2ZQBA 4N47A 1XI1A 1C0MA 4KHUA 1VSJA 4CHYA 3P1GA 4DQQA 2F8SA 5EU7A 4OVLA 1C1BA 4DSIA 1EX4A 2OZMA 3OS0A 3LPUA 3LP1A 3C6UA 3PUFA 4I7FA 3VQDA 4CFDA 1HYZA 3NDKA 3V81A 2Z1IA 4B08A 3S9HA 4J2BA 5HBMA 1QTMA 4DU3A 1T03A 4RW8A 3ZSOA 2OYQA 3WNHA 5J2QA 2VWKA 3DMJA 1J53A 5DMRA 4B8AB 1FK9A 1G15A 4CGDA 1S1UA 1YT3A 4CGIA 5C25A 1SL2A 5DK5A 4KTZA 3HM9A 3S3MA 1J9AA 3OYJA 2BE2A 1HNVA 1JLAA 1HYVA 4GMJB 2RF2A 4MQ3A 4E89A 2OA8A 1LAWA 5K14A 3NH0A 3DLRA 4W5RA 1T8EA 3HPOA 1EETA 1VSDA 1BHLA 1U45A 2XHBA 4DTXA 3TABA 4DTPA 1NJWA 1BI4A 1Z26A 4LD0A 2HHVA 4DFMA 2HW3A 2JLEA 3RRGA 1SL0A 4CERA 4KPYA 4Q0BA 1NKCA 3RR7A 1J54A 2WONA 4CJEA 4FXDA 4DSLA 3L2WA 3HVTA 4E19A 4FZYA 2HNDA 3HP6A 2HNYA 3I0RA 3HJFA 3CM5A 4M3RA 3LWMA 3TANA 1IKVA 4HHTA 3NH1A 2VG5A 2ATQA 3NBPA 1RT4A 1JLFA 3NE6A 3ZT4A 1ASUA 4WE1A 1TV6A 3OYKA 4HUGA 2E4LA 4UQGA 3CQ8A 3TWHA 2O4IA 4FLWA 4RW7A 2XO7A 4F8RA 4AHSA 2JGUA 4CJFA 3G10A 1JL2A 4CFBA 4B9SA 1X9MA 1RT1A 4OKKA 4E1NA 3U6FA 4CJSA 1QSLA 4DTMA 4Y1CA 1RDBA 1TAQA 4DS5A 2Z1HA 4DU4A 1VRUA 2E6MA 3B6PA 3VQ7A 1BQMA 3NGZA 1LW2A 4OLAA 3QEXA 4KKOA 3ZT2A 3L2QA 2G8WA 1ZBIA 1RDAA 4EZ6A 3TAEA 2RKIA 4C8LA 2BDPA 4DSJA 2HHSA 4CJUA 1KLNA 3KTQA 1XHXA 1DLOA 4M3XA 2YNIA 3LPTA 4CHPA 1KTQA 3WNGA 3QEVA 4DTUA 3AVCA 4FJJA 4HCCA 1RT3A 4KV8A 3SYZA 3LALA 3LDSA 4M3ZA 1RNHA 3VQ5A 1U49A 3SQ2A 3CG7A 4CEFA 1UWBA 3MXIA 1UA0A 4KAZA 2P51A 3F9KA 3JSMA 1IH7A 4NCAA 4CESA 3ZSZA 3RMCA 3LANA 2O4GA 4H4MA 2OPRA 3AVLA 1B9DA 3MEGA 4E7JA 2F8TA 2YKMA 3NF7A 2QKKA 3OYIA 1TVRA 1UA1A 4IBNA 1WN7A 1SV5A 3OYLA 3AO5A 4LSLA 5T7BA 3KK2A 2YNFA 3KLFA 1NJXA 2E6LA 1IG9A 4DQIA 1ZBHA 3RRHA 2OZSA 4OKEA 4CHNA 4XIUA 3K59A 4N41A 1RCHA 2NUBA 2Q3SA 3HO1A 5I3UA 1A5XA 1RT7A 1KSPA 3QO9A 4O0IA 3O3GA 4LH5A 5J2PA 3K5OA 1RT5A 3EY1A 3DLKA 1QE1A 3SPYA 3ZSYA 4IKFA 4EP4A 4FJ7A 4DTOA 1RT2A 4CGJA 1FKPA 3PX6A 3I0SA 2QKBA 4CJQA 3L2RA 3SUPA 4FK0A 3QEPA 4ZTFA 3MXMA 1U04A 2OPPA 2HHQA 1JLEA 4LSNA 3SUQA 4W5QA 5KRSA 1IKYA 3HK2A 4DFJA 1CZBA 2IC3A 4RW9A 2G8UA 3UIQA 2A1SA 1EP4A 4IFYA 4HVJA 2X78A 4GW6A 4O0JA 3L8BA 4DFPA 2PY5A 1S1TA 5CY4A 2G8HA 4BWMA 4M45A 3RR8A 3TAPA 4K8XA 1HRHA 2OPSA 3T19A 2BANA 3QNNA 1CXUA 3HYFA 4M3YA 3VN5A 1RTJA 1C1CA 4KHYA 2YKNA 3SCXA 4DSKA 1Q9XA 2KFNA 1HMVA 3CFPA 1RDCA 1RBTA 3VQQA 3AVNA 4DLGA 1S9EA 4FJKA 3L3VA 4E7KA 3SUNA 4FVMA 2EHGA 2BGGA 4CJ3A 2X74A 3OYGA 1TKDA 2HHTA 2OPQA 2YHBA 5C24A 4FCYA 1BISA 1WLJA 3KIOA 2R7YA 4H4OA 4TSXA 4CK3A 2VG6A 3QERA 3TI0A 1NK0A 3G0ZA 4N76A 4FZZA 2HVIA 2IDOA 4JLHA 4KFBA 3V1OA 3M8SA 1NK4A 3RMBA 2HVHA 1Z25A 1L3SA 3HPGA 4KHNA 4FW1A 2IOCA 3QEIA 1TKTA 1UOCA 4FK4A 1TL3A 3WNFA 3PY8A 1MU2A 4Z0UA 4FJLA 4CGHA 3LZIA 4FJNA 3HP9A 4Z4HA 3VQBA 3NH2A 1JLCA 3L3UA 4PY5A 4FJIA 3M8RA 1SL1A 4RW6A 4FLZA 4Z4IA 3S3OA 4DLEA 1S5JA 3KKRA 3QIOA 5J2MA 3U3YA 4CF9A 1JXEA 1S1WA 4FM1A 3VQ4A 4DFKA 3WNEA 3TARA 1ZBFA 4I9QA 5FDLA 1NJZA 3RMAA 4FJ8A 1TKZA 1BQNA 1O1WA 4NYNA 4LH4A 4EZ9A 2HHUA 3KK1A 2IS3A 3D0PA 2VG7A 3T3FA 3SV3A 3SV4A 3SQ1A 3IS9A 3ZSWA 3O4QA 4CEBA 5E41A 4IG0A 4FJMA 4KHQA 4CJ4A 2KW4A 3JYTA 1LAVA 3IRXA 3AO1A 4PA1A 2XRIA 5HP1A 1QSYA 3NGYA 4CIFA 5I42A 4DWIA 1D8YA 2Z1JA 3AVMA 1FXXA 4CF8A 1ZYQA 4OGCA 4E7IA 4OJRA 4F2SA 1S6QA 2G8KA 5CYMA 3DLEA 2DY4A 1WNSA 4RW4A 3IG1A 4DTJA 3NGIA 3C94A 3V9ZA 4I2QA 3SNNA 1HJRA 1X9WA 3VQ8A 1WAJA 4AHVA 3TAQA 1WSIA 4AILC 4BE0A 1EXQA 2XY7A 4CEAA 3AO2A 1NK8A 4KI4A 4CCHA 4AH9A 2HHWA 4AHRA 3PO5A 3AVGA 3SZ2A 3SQ0A 2YNGA 4KTWA 1IKWA 4E1MA 2FBVA 4FLYA 3ZCMA 3OS2A 3AA2A 1L3UA 1VSIA 3BGRA 4CIGA 4EP5A 1ZBLA 4FJ9A 4Z4GA 4CHQA 4J2EA 3CFRA 4DTSA 1W9HA 4KHSA 3O3HA 2G8VA 5KTQA 3HPHA 4L8RB 3B6OA 2FBYA 4ID5A 4CE9A 3SQ4A 4Z4EA 3FFIA 3L2UA 5SWMA 5HRSA 2WOMA 3DLHA 2FC0A 3D45A 4CIEA 2KZZA 3KD1E 4BE2A 3VQ9A 4M41A 4DSFA 1JXBA 2RN2A 3AO4A 1HPZA 1BGXT 1LWCA 1YTUA 4H8KA 4DQSA 4IG3A 1NJYA 3DOLA 4M3TA 4C8OA 1BIZA 4B3OA 1QQCA 3EZ5A 2Y1JA 1LV5A 1KCFA 4DU1A 2Y1IA 1KRPA 3MECA 4AHUA 1UAXA 5JS1A 1NK6A 1RILA 4CJVA 3KLGA 3DLBA 4W5OA 1Q8IA 1KVAA 2KFZA 4CEEA 3LWLA 3TR8A 1ITGA 4DTRA 4O4GA 3SUOA 3C95A 1TK8A 1VSKA 1S1VA 4O44A 3CM6A 2D0AA 4FLVA 3VQAA 2PYJA 1IO2A 3HT3A 4B9VA 2HB5A 4CGGA 1TK5A 4J2DA 2VWJA 3EYZA 4KB0A 3VQEA 4PQUA 2DFFA 5CYQA 2P5GA 3RWUA 4K8ZA 4HTUA 1RBRA 4CEOA 4CECA 1JKHA 3PV8A 4HUFA 2PYLA 4MFBA 4J2AA 3AV9A 3DRSA 3ZSRA 2XY5A 3H08A 3SI6A 5FRNA 4KO0A 4B9LA 5KI6A 4CJWA 1WSEA 4KREA 2P1JA 3K5MA 4CJ5A 5C42A 3AA5X 3AVKA 3A2FA 3LP3A 5JS2A 1D9FA 2XY8A 4N56A 2A1RA 1T7PA 1QS4A 4E0DA 3SJJA 2HMIA 5J1EA 3BDPA 3ASMA 1NOYA 4BDPA 1HQEA 1QHTA 1C0TA 1VSEA 1A5WA 2YHAA 4C8KA 3DM2A 2IAJA 1RT6A 1KVBA 4IDKA 1X1PA 3V1QA 3K58A 1A5VA 2QXFA 4NYFA 4PWDA 2KTQA 5HLFA 2ETJA 2P5OA 4FM2A 4OPJA 4CFCA 3ZSXA 4E3SA 3V6DA 3VQCA 2IGIA 3VA0A 1CZ9A 4N5SA 1JLGA 4QOZB 3K2PA 4W5NA 2XY6A 1L5UA 3QETA 1XWLA 4CF2A 1IKXA 3KKSA 4FK2A 2EX3A 1KLMA 2YV0X 4CJLA 5CZ2A 5KRTA 3OYFA 4F2RA 3V9SA 1I39A 3OYEA 1HYSA 3OYHA 2GV9A 3DRPA 2HNZA 3ZT3A 1REVA 1TK0A 3O4NA 1LWEA 5SZTA 3HL8A 3AVJA 4CF0A 4W5TA 1L3VA 4CEZA 4CJRA 4KI6A 3K57A 4GVMA 1K6YA 3AVIA 1I3AA 1YTAA 3AVHA 4DQRA 1NK5A 4KRFA 4M3UA 3KJVA 4CEQA 1QSSA 4KHWA 1HNIA 3KLIA 4CGFA 4JS4A 3DYAA 1BL3A 1WSGA 4OPKA 3M8QA 3AVFA 1DTTA 1WSHA 4FW2A 4ELTA 1KVCA 1TGOA 4I9LA 4DF8A 1SKSA 1C1AA 1W0HA 2ZE2A 3TAGA 4CHZA 1SKRA 4BACA 3QESA 4B8CA 1NKEA 3OJUA 2I5JA 2RPIA 4E7HA 4JS5A 4YFUA 5J2NA 4DQPA 1GOCA 2ZD1A 4CEDA 4C8MA 4RG8A 3P5JA 1S1XA 4F3OA 4I2PA 3E01A 4DF4A 1U47A 1TKXA 2X6NA 3TAMA 1ZBUA 4Q5VA 1ASWA 3ALYA 3V1RA 4C8NA 3ZT1A 3OYDA 2Z1GA 3KLEA 3QINA 4ID1A 4CK1A 3TAFA 1TAUA 3KK3A 4DG1A 4F4KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXMB 2FSKA 5F0XA 4ICLA 2B4JA 4HCBA 5KGWA 1R0AA 5BR9A 1J5OA 1BOTO 4X65K 4E7LA 4DTNA 1LWFA 2DPNA 3CJ7A 4FL9A 3OYBA 4KB1A 1F21A 5BPNA 4Y1DA 4JN4A 4CFAA 1RBUA 3ISNC 1S6PA 1GLAG 2G8FA 2H3GX 3KLHA 3GG4A 1D5AA 3LAKA 4LF9K 2LSNA 1YITN 4FLXA 4B3TK 4F3TA 2V7YA 3AA4A 5CHIA 4BC4A 4FPBA 3QEWA 3WXIA 1CXQA 3VA3A 3AO3A 4CJPA 3QIPA 1N6QA 4JI8K 2D0OA 4FWPA 1BIUA 4PL8A 1N5YA 1VQ8N 1CZAN 3OS1A 4FM0A 4CK2A 3PX0A 3ITHA 1B9FA 5HROA 3V9UA 1OVYA 2Q2RA 3E9PA 4ZHRA 3NF6A 4YNQA 4ILJA 3MAQA 2OTJN 4WQ4A 1Q9YA 1RTHA 4FWOA 3SPZA 2GEMA 3BZKA 4BRIA 4WQ4C 3NAEA 4ELVA 3THVA 1X9JA 3C6TA 2ITGA 4WFBL 3VQ6A 4KTQA 4DV7K 2HSTA 3K5NA 2KQ2A 4JRPA 3UKUA 3BZCA 1XHZA 1KFSA 5AR0A 4YHHK 3ZSVA 3LZJA 1GOAA 4DS4A 4BDYA 2E2OA 2QWOA 4U67L 4FJ5A 2PZSA 2WFBA 1KFDA 3V9XA 3L2VA 1MDUB 4IEIA 3MWTA 1D9DA 2CGLA 4HUEA 4F9OA 4GV3A 3LP0A 4CJTA 1YJWN 3LDOA 2ZQBA 4OKJA 1XI1A 1HKCA 4DSIA 1C1BA 3ZX0A 2QTDA 4LFCK 4YY3K 3C6UA 3GOIA 3VQDA 3S9HA 4J2BA 4B08A 2FSNA 1JJ2M 2P9IB 5J2QA 5DMRA 1J53A 4C1NK 1G15A 1YT3A 5C25A 1SL2A 1Q7YO 5AQYA 1J9AA 2BE2A 1HNVA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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