4GWOA

Crystal structure of ligand binding domain of lysr family member,cysb in complex with sulfate from salmonella typhimurium lt2
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
b'EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of ligand binding domain of LysR family member,CysB in complex with sulfate from Salmonella typhimurium LT2
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Gene regulation
total genus 72
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gwoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gwoA02
2Q9TA 1N7WA 3MP6A 4BDRA 1JETA 4F29A 1B7HA 3SEYA 3C34A 1EH3A 5AA2A 2HCAA 3PPOA 3SEVA 2DWHA 2LAOA 4P0IA 3KEIA 3Q29A 4G4PA 2ZYMA 4MLVA 2AYSA 4ESWA 3UORA 1LAXA 3HV1A 1S50A 4I9DA 5KDTB 3FD3A 4OQOA 1Z7ME 1MM7A 2ZYOA 2H9BA 4LUBA 1B3GA 1LFHA 1QVSA 1DTGA 3PUWE 1MQJA 3FIRA 2O69A 5I57A 4AB5A 2ABHA 2OZZA 3EPEA 3FV1A 5AA1A 5H8HA 3R7XA 2X7PA 3ODBA 4ZEDA 2THIA 3H7MA 2AL4A 4FEDA 4TLLB 3LSLA 5H8NA 2XXVA 3O97A 3BFTA 3TTLA 2AL5A 1NMUA 4QFLA 5AA2B 3CSGA 1MQIA 1TXFA 2ALUA 3LC8A 2QRYA 4ZDMA 2RC8A 1QKBA 1URGA 5TU0A 3HPIA 3M3FA 1MPCA 1BKAA 3TMGA 1MRPA 2D21A 3TTKA 3SESA 3U1OA 2HEUA 4NF5A 4O3CA 2X26A 1FQAA 3TQWA 2FYIA 2DXRA 1UTHA 3TTNA 1LCTA 2DOJA 1MY3A 1HSLA 5DEXA 3BFUA 1H44A 3OO7A 1UTBB 3T96B 4KYSA 2O84X 1LAFE 2P2AA 1B40A 4X48A 5I57B 4GWOA 3C9HA 2DYXA 1B1HA 3K4UA 2BJJX 3RY3A 5TPAB 5F7VA 1N04A 1Z7NE 4LATA 4U21A 4MLQA 4H1XA 2HXWA 3M3KA 1LFGA 4U1ZA 4IO2A 2D5WA 4DXCA 2XXYA 3TCHA 4KCDA 3QIMA 3E9XA 4R72A 3CFXA 3RN8A 3C31A 2QL3A 4P11A 4R6KA 4LA9A 4ZEBA 4PP0A 2F6PA 2VP1A 4U23A 3O28A 1PB8A 3PPPA 2DE4A 1B3LA 4NF5B 4OENA 4PFWA 1Y4TA 1P1NA 4JXIA 4F3BA 2Y7IA 3VE1B 4Z7EA 3B6QA 3IX1A 1I6BA 2XXTA 5JTYA 3CFZA 3OO6A 3TPAA 1JEVA 2DVZA 1AH5A 1B58A 2F6GA 1ZBMA 2YJPA 1MY0A 1JNFA 1URDA 4RPOA 5CBRA 1S7YA 5I59B 3IORA 1SW2A 2QS3A 5DVJA 4ZS9A 1B4ZA 1XVYA 2GHAA 3QXMA 1EZ9A 2ONRA 3RLFE 3MQ9A 3IR1A 3P7IA 3S9LC 1B7ZA 3FVOA 4NEDA 3B6TA 1EZOA 4MF3A 3HCQA 4X9TA 1MDP1 1N3XA 4ISUA 3V89B 2Z8FA 4I1DA 2XXIA 2XXPA 3T22A 2Y84A 2QS4A 3QUFA 3R6UA 4DCYA 1QW0A 5ICQA 3LR1A 1GVCA 3K02A 4OYVA 4LONB 3VDFA 3G3GA 2WKYA 1RKMA 4OVJA 5BWJA 4GD5A 5JTYB 1YTVA 2F97A 4G68A 5FHMA 2ZNUA 1B51A 1MQHA 3RT6B 3A3UA 1FQCA 2G29A 4N6PA 1AOVA 4FEBA 4LZ5A 2UVHA 3HHFA 4M4GA 3KOSA 1TT1A 5I2NA 3O6GA 2FA7A 1M5DA 2W7YA 1LB8A 3WAFA 1BIYA 3SDFA 2XD2A 4KCCA 2F5XA 3O6HA 2O1MA 5AA4A 3CIJA 4DIGA 1HSJA 1B0LA 4KHZE 5DTBA 1VR5A 4OESA 4UA8A 3N94A 4R6YA 1R9QA 3RTWB 3GZGA 1D9YA 3VLWA 3KFMA 3MW0A 4IB2A 4IY6A 4NE4A 5FHOA 1B32A 4WXJA 2DQVA 2QS2A 3T9VA 2UVJA 4N13A 3DP6A 1IXHA 4OZ9A 1MY2A 5KCJA 4G68B 3UGWA 3H6WA 3OENA 2HZLA 1B0HA 2B3FA 4JSOA 1MG1A 3S2VA 4NF6A 3IO4A 2RCBA 4H8IA 3GBAA 2ONKE 2F78A 1IZ1A 1N0TA 1US4A 3S9EA 3IL1B 4OMBA 2V93A 4F31B 2I6EA 5I2KA 4GVOA 5AA4B 2F35A 3W9WA 5ITOA 3H4ZA 4JWOA 3N6UA 4QFKA 3QAXA 4Z0IA 4JDFA 1JW4A 5CMBA 2I3VA 3KGCA 4YAHX 1J1NA 3SEUA 3KOTA 2QSXA 3CG3A 4F1VA 4GXSB 3IK6B 3K6VA 5CC2A 2V3QA 3K1NA 3S9MC 5KCJB 5KDTA 5L9MA 5EHMA 1P1QA 3WAEA 3G3KA 3K6UA 2F7AA 3UN6A 1Y3QA 1MPDA 2OCUA 2UXAA 3N26A 1B46A 4RXLA 2RINA 2Z22A 3VFJA 2F34A 4YKJA 3Q27A 1TWYA 4U2RA 4F18A 4OFOA 3V83A 3EHUA 4WEPA 1JVXA 2XHDA 4R2BA 4QF9A 1BP5A 3PMXA 4GXAA 5I2KB 2O51A 2UVGA 2D3IA 3FXQA 5DT6A 1FTKA 3H3GA 3PMVA 2ZYKA 2V3TA 5I58B 1MS7A 2HZKA 4KFQA 4U4XA 2PT1A 3FV2A 4NF4A 1B2HA 1OVBA 2DE3A 2QPQA 1M5FA 4RYAA 1RYXA 1AL3A 1QUKA 2DWIA 3RPWA 4G8NA 4KR5A 1NKXA 1IXCA 5BUUA 1OIBA 1ANFA 1XVXA 4XXUA 4BDQA 4RY1A 3Q26A 1SDXA 5I56B 3MVXA 1OQGA 5FTIA 3CRBA 3VXCA 1B6HA 1Y20A 2I0BA 1I6AA 4F22A 1ZU0A 3ZKLA 5H8FA 1ATGA 1AMFA 4YB6A 2V84A 2AIXA 1UTBA 3GXAA 2VHAA 1URSA 2QJEA 2YPNA 1B3EA 3A09A 4E0XA 4F3PA 4UACA 3CFLA 3O66A 1A8FA 2M8CA 2Q2AA 2Y7KA 3UP9A 4JBZA 5TPAA 1MH3A 4JB7A 3SEXA 2G93A 4OXVA 3MWBA 2PMSA 5CMKA 1QKAA 3TTRA 2B65A 3ILTB 3IOWA 4NF4B 3U93A 3OO9A 1ZIUA 2OJTA 3DELB 4DXBA 4MBPA 3RGYA 3MJNA 4C1TA 5AE4A 4WKMA 3D4CA 3U8QA 5CM6A 2H4IA 3FJMA 3O2AA 3ZSFA 3MVZA 1LCFA 2DP8A 2DS9A 4PFYA 2ZNTA 4YB5A 4H5GA 3FJGA 3N5LA 5H8FB 3KN3A 2DWJA 4H67A 3R26A 3VXBA 2IEEA 4U4SA 3TCFA 4KYEA 2O7IA 1SI0A 3MC2A 1NNKA 5AA2D 1NL5A 4EQ9A 3LSWA 3UA8A 3TEPA 4XKQA 5IAIA 5I59A 1R6ZA 4GL0A 1DMBA 3KSJA 3FXUA 4NWCA 3OSRA 2O6AA 4GRKA 3QSLA 5K2YA 2OWTA 1F9BA 3I5OA 1MXZA 1D3KA 2GFEA 1XC1A 1Q35A 2QMXA 1DSNA 3OXNA 1P1UA 3OMBA 3C32A 3KN7A 3HO7A 1NNPA 2I49A 1BTJA 1OLAA 4X1BA 4RK2A 1MQGA 3T9UA 2P1SA 4OEVA 3K2DA 1WODA 5HM4B 3OELA 4NMYA 3VLUA 1IXIA 4OHNA 4NWDA 1KWHA 1YPNA 4R9GA 4HCWA 3PUYE 1A7LA 1A40A 2I4CA 1A8EA 2REGA 1EZPA 3TKDA 2R71A 2GHBA 1PB9A 3PV0E 3AXFA 2YLNA 4FECA 4LZ7A 3EQ1A 4JWXA 2RCAA 2GRVA 2NXOA 5M2VA 2F8DA 1NH7A 1OMPA 3IJXB 3H6VA 3PPNA 1N84A 4AB6A 1S9TA 5L9SA 2I58A 2XX8A 3FVNA 2XXRA 4IO7A 3PGFA 4F19A 2XXQA 1PB7A 3JV9A 3O9PA 5B7DA 3TQLA 4TLMB 3W15C 4EXKA 4C0RA 1DTZA 2UVIA 3E3KA 4RNSA 5K2XA 4ONYA 3EHTA 4YKPA 3MVWA 3SERA 1LLSA 1FQFA 2VGQA 1O64A 4EUOA 2Y7PA 4YMAA 4IY5A 4C1UA 3USDA 2RKMA 1OVTA 3V8XB 3FVGA 1N3WA 3MPKA 5CRYA 2UYEA 3SETA 3TODA 4BDMA 4QSEA 3G3FA 1SYHA 1D9VA 3BBRA 3S9NC 1BLFA 4E0WA 4F1YA 4HW8A 3Q28A 2E0SA 4QFOA 3DM0A 2H5YA 3MP1A 4PQJA 4M1VA 5CMMA 1FCKA 2I0CA 3DP4A 4OERA 4FJPA 4GQOA 3K1PA 4F3SA 4HTGA 2RF1A 2FNCA 1FTJA 3FGSA 3F11A 2F36A 3KJTA 4KI0E 1O7TA 4F39A 2DSFA 3RUMA 4GLIA 4R9FA 1M5CA 3IAZA 4ELPA 2HAUA 4YMBA 4ZEFA 1GV8A 3MP8A 3EF7A 4PE5B 3SEWA 4OEUA 3UK4A 1MXUA 5ICTA 2NOOA 1NNFA 1POTA 1FTOA 1TFAA 3GLBA 3DLNA 1QUJA 5CI5A 1ZJLA 4XKNA 2I3WA 4F2OA 4X1DA 3EN3A 4QFNA 4R6HA 3IB1A 4Q5TA 5KZTA 2NUVA 4ZECA 2Q2CA 3K00A 3PU5A 4R73A 3T9XB 4F1UA 1VFDA 5ISUA 1M5EA 1ELJA 1SW1A 4QSDA 3IB0A 1VFEA 2B3BA 2PX1A 4MH5A 3HSTA 4AQ4A 5I58A 1A55A 1B7UA 1SW5A 3FASA 2ZNSA 5TP9B 3OO8A 3U94A 3TDJA 4O3AA 4YZZA 1RYOA 5J1DA 2DXYA 1N7XA 3V5AA 4NTLA 4YKKA 3OD7A 2XX9A 1YCJA 4GF8A 2Y7WA 4G8MA 3IOVA 1CE2A 4I8CA 5HBCA 1SVXB 2Q88A 5JEIA 1Y1ZA 4ZE9A 1Y3PA 5I56A 2R6GE 5B70A 3JZJA 3THIA 2ESNA 1D4NA 2O1LA 3C33A 2F7CA 1PEBA 3H6UA 3TCGA 3LUYA 3M3LA 4IO5A 1GGGA 4ZEKA 1QULA 3B6WA 3QUJA 3O6IA 3K6WA 3VLVA 1GR2A 3OOAA 4R2FA 3MPLA 1LGBC 1H43A 1FQDA 3MVYA 3TUSA 4IGTA 2ZXTA 1OQHA 3T9HB 2Q8JA 1B1XA 4YKIA 4ZZAA 4IO6A 3PUVE 3PD8A 1SD3A 5EYFA 1B5IA 4Q0CA 5HPQA 1B05A 1LAHE 2ANJA 3KBRA 1ZMGA 4IGRA 3VVDA 2QMWA 4KPTA 3FUZA 2HFBA 3ECRA 2O68A 1FQEA 1WDNA 2V3UA 1JEUA 3TTMA 2O7UA 1R9LA 5AA3A 3M8UA 4G77A 4GOTA 2VD3A 2E1SA 3VVEA 2PBWA 1MDQA 2H98A 4BLAA 4GFRA 1IEJA 2GH9A 4LQ2A 4DLDA 1PC3A 4XKPA 2IA4A 4QHQA 4EF1A 4HCYA 5DVIA 1GTKA 1CB6A 1B3FA 3PUZE 1LBCA 3B7DA 1MM6A 3RNNA 1VSOA 3CVGA 5CBSA 5FTHA 4BDNA 3TZAA 4K3FA 4GL8A 1FW0A 5FHNA 4H5FA 3IOTA 2Y7RA 1XS5A 4QSCA 1IIWA 2H99A 1OLCA 3FZVA 3KSXA 3CSBA 3K01A 1P1OA 3MZBA 3K6XA 4QRZA 3LSXA 4LP2B 3N6TA 3EHSA 1JVYA 3L6HA 3HN0A 4RJZA 4F2QA 1MXWA 1ZLQA 2VOZA 4POXA 1FTLA 1DOTA 3MAMA 4OETA 1DPPA 3PPQA 1LAGE 3FXRA 3G7WA 3MZ9A 1MH4A 4G8HA 2KLFA 3CR9A 4DDDA 1WVJA 3E13X 1H45A 1US5A 1N76A 4MFIA 4PFTA 3TFLA 4EQ7A 4U22A 3Q25A 3RTFB 3ZS6A 1MY1A 5H8QA 5A5XA 3KZGA 5H8HB 3C35A 3W9VA 3BKIB 2Z8EA 5JK4A 4KD5A 2XXHA 1Y1MA 4PETA 3TELA 5H8NB 1ZKBA 1PDAA 3T93B 2F7BA 1SBPA 2ONSA 4OFJA 1IXGA 2ZMBA 1L5TA 4JSDA 1B9JA 4LQ5A 5H8SA 3D4GA 1NFTA 4EF2A 2HAVA 3L6GA 4DXUA 1MXXA 4KQPA 4OFLA 4GIZA 1HSEA 3ZKKA 2PVUA 1PBPA 3S4UA 2VD2A 1USYE 3VV5A 3G3HA 5CMCA 3GBBA 3KG2A 1LFIA 1UTHB 1YAEA 1LB9A 5DEXB 3C4MA 4WEDA 2Z23A 1MXVA 1SYIA 1SW4A 1A54A 5F1QA 4FE8A 4G2ZA 5H8QB 2H25A 4ECFA 5A5XB 1II5A 1P99A 4TOZA 3CI8A 3PPRA 1FQBA 1MPBA 1UIUA 3LBSA 4RPNA 1NH8A 4DZ1A 3JYRA 4IO4A 4O3BA 4Q30B 3LSFB 1XOCA 1P1WA 3QYTA 1MQDA 3TAJA 3QK6A 2NWJA 3HHGA 4ND9A 1B5HA 1IITA 4EDPA 1Y9UA 2OWSA 4FORA 4PFUA 2X7QA 1LSTA 3KJ7A 2XX7A 5ELVA 3TYHA 2OBGA 4FAJA 2OLBA 1Y4CA 3I3VA 3OEKA 2CZLA 3KN8A 2OK2A 1XHYA 2V25A 3T66A 5DYHA 1UQWA 2I48A 3MZ1A 1JW1A 2XXWA 4G68C 4ELOA 4YB7A 3FATA 3IB2A 5I84A 1DPEA 2NVUB 2P0SA 4EQBA 1H3DA 5ITPA 2RC9A 3FJ7A 2PYYA 1Q1KA 1JQFA 1IQ7A 5L9OA 3H6TA 4U1OA 4YICA 4OTEA 1O63A 4DE8A 2REJA 3G3IA 1SQYA 3PD9A 3ILUB 2I4BA 4ELQA 3OSQA 4RK9A 2Z8DA 4ESXA 2QS1A 4IO3A 4BDOA 4XTCQ 5TP9A 4FIMA 4ZE8A 3C36A 4TQUQ 1EU8A 4H0WA 1FTMA 4RA1A 4ELRA 4P0GA 1USYH 2HQ0A 4POWA 3H03A 1QJMA 1PBQA 1I69A 3E4RA 4F3GA 1JW5A 4NF8A 1LBBA 3U92A 4EXLA 4BDLA 4R75A 3SKPA 4ZZEA 1TFDA 3OEMA 4THIA 4L17A 2PT2A 1B5JA 1XT8A 1I6QA 1R1NA 4R74A 1Y3NA 2DVCA 2XXXA 4XKRA 4N07A 4YU0A 3U72A 4H8JA 1MXYA 1B52A 4H6DA 4OWDA 2A5TA 1UIVA 1SI1A 2DWAA 2DE2A 4H65A 4LZ8A 2CMOA 5I2NB 2XXUA 4QFPA 5LOMA 3MUQA 3FVKA 1B3HA 2Q89A 1POY1 3CG1A 1T0KA 2A5SA 5L8DA 3K0VA 1H76A 4LVQA 2UYFA 4Q8RA 2XD3A 1A99A 1VE4A 3IOUA 4XIGQ 3DP8A 4NF8B 4KYDA 2R9JA 3O29A 1AIVA 3IO6A 4FATA 4I62A 3PUXE 1ZTYA 1IUDA 5IKBA 3I6VA 1NNTA 4HS7A 3G3JA 1B4HA 2ZYNA 3VVFA 2RC7A 3K1MA 3A3CA 3PMWA 3ONMA 3RQTA 3MBPA 2A5TB 4JWYA 4NF6B 5DVFA 1QUIA 1M5BA 1MY4A 5EHSA 4DCXA 3IJOB 3H06B 4ZEIA 3RT8A 3UIFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q9TA 1N7WA 3MP6A 4BDRA 1JETA 4F29A 4NX1A 1B7HA 3BIHA 3SEYA 3C34A 1EH3A 5AA2A 2HCAA 3PPOA 2WBBA 4MIJA 3SEVA 2DWHA 2HHMA 2LAOA 1FBPA 4P0IA 1FPEA 3KEIA 3Q29A 4G4PA 2ZYMA 4MLVA 2AYSA 4ESWA 3UORA 1LAXA 1FBEA 3HV1A 1S50A 4I9DA 5KDTB 3FD3A 4OQOA 1Z7ME 1MM7A 2ZYOA 2H9BA 4LUBA 1B3GA 1LFHA 1QVSA 1DTGA 3PUWE 1MQJA 3FIRA 1FPJA 2P3NA 2O69A 5I57A 4AB5A 2ABHA 2OZZA 3EPEA 1KZ8A 3FV1A 5AA1A 5H8HA 3R7XA 2X7PA 3ODBA 4ZEDA 2THIA 3H7MA 2AL4A 4FEDA 4TLLB 3LSLA 5H8NA 2XXVA 3O97A 3BFTA 3TTLA 2AL5A 1NMUA 4QFLA 1IMEA 5AA2B 3CSGA 1LBXA 1MQIA 1TXFA 2ALUA 3LC8A 2QRYA 4ZDMA 2RC8A 1QKBA 1URGA 5TU0A 3HPIA 3M3FA 5I5PA 1MPCA 1BKAA 3TMGA 1MRPA 2D21A 3TTKA 1LBZA 3SESA 3U1OA 2HEUA 4H45A 2VPOA 4NF5A 4O3CA 2X26A 2FVZA 1FQAA 3TQWA 3QMFA 2FYIA 4P1EA 2DXRA 1UTHA 3TTNA 1LCTA 2DOJA 1MY3A 1HSLA 5ET8A 1FPIA 5DEXA 3BFUA 1H44A 3OO7A 1UTBB 3T96B 4KYSA 2O84X 1LAFE 2P2AA 1B40A 4O7MA 2B4LA 4X48A 5I57B 4GWOA 3C9HA 2DYXA 1B1HA 3K4UA 2BJJX 3RY3A 4I40A 5TPAB 5F7VA 1N04A 1Z7NE 4PF6A 4LATA 4NGUA 4U21A 4MLQA 4H1XA 2QVRA 2HXWA 3M3KA 1LFGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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