4GWOA

Crystal structure of ligand binding domain of lysr family member,cysb in complex with sulfate from salmonella typhimurium lt2
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of ligand binding domain of LysR family member,CysB in complex with sulfate from Salmonella typhimurium LT2
rcsb
molecule tags Gene regulation
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
total genus 72
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gwoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gwoA02
3TMGA 3BFTA 3T96B 1P1OA 3TFLA 5M2VA 1MY0A 3TYHA 1P1WA 4GL0A 5CMKA 4HTGA 2DWJA 4YMAA 1B3FA 1M5FA 1EZ9A 4IO7A 1USYE 1MY3A 3H6WA 4YMBA 5ICQA 3T9XB 1J1NA 4R9FA 5ISUA 3QYTA 2QMWA 1H76A 2YJPA 3GXAA 3LSXA 1MG1A 3O97A 1MXYA 4F3GA 4EQBA 1FQAA 1LGBC 5DEXB 3USDA 1Y3PA 2WKYA 5L8DA 4GIZA 4PFYA 1YPNA 1B4HA 1B0HA 4NF6B 3KN8A 3RT6B 4ZZAA 2HZKA 3OO7A 3KGCA 4QSCA 5KDTB 1NFTA 2YPNA 1A54A 4RY1A 1SW4A 4G77A 1BKAA 4JSOA 3S9LC 3PPPA 3MUQA 4O3BA 2NWJA 1LAFE 3OEKA 5AA3A 1DSNA 3G7WA 5AA2A 4G8MA 4OESA 3TUSA 3GBBA 3O6GA 4MLQA 1Y1ZA 5L9OA 1JQFA 3S2VA 2AIXA 2D21A 4IB2A 2A5TA 1POTA 4MH5A 4GQOA 3K6WA 4LA9A 3MVYA 4OYVA 1B40A 4Q0CA 2QL3A 3W9VA 3PD8A 2HAVA 4YKPA 3CI8A 1FQEA 4G8NA 2VD2A 1VFDA 2QRYA 3C9HA 2A5SA 3RGYA 1RKMA 5K2XA 2Q2CA 1GGGA 5EHSA 1POY1 2DS9A 4OWDA 1R6ZA 1NH8A 1B3HA 1Z7ME 2NXOA 4M4GA 4IY6A 3HHGA 3G3KA 1FQBA 1A40A 2I3VA 3H6TA 5AA2B 4O3AA 3GLBA 2O51A 3C33A 1B9JA 2BJJX 4ZECA 1ZJLA 1Q35A 4XKRA 3UA8A 4OQOA 4DIGA 5HM4B 1ZBMA 3V8XB 2XXYA 4QHQA 4NF4B 4TLLB 4MF3A 4YZZA 1DTZA 1ZLQA 4QFNA 2FA7A 5I57B 1B3LA 3RTWB 1UTHA 4LQ5A 1TFDA 3AXFA 3H4ZA 4NTLA 1B5JA 1DOTA 2GH9A 4BDNA 3PUWE 4NF8A 3TAJA 2VD3A 3O28A 2Z23A 2OCUA 4DCYA 2REGA 2DVCA 1YCJA 3K02A 4OEVA 5IAIA 1MPBA 1B51A 4GLIA 2O1LA 5HPQA 1I69A 1SW5A 3KSXA 2XHDA 4IO5A 2Y7PA 2B3FA 1DPEA 3MZ9A 2RF1A 4EUOA 2F6GA 1NL5A 4GWOA 5AA2D 3D4GA 1Y4TA 3H3GA 3VLVA 5FHNA 3T9HB 1S9TA 4X1BA 4GF8A 1IIWA 5I2KA 1OLCA 3WAFA 1B32A 3FJMA 5AA4A 3FIRA 3GZGA 1A7LA 1D9VA 4R6YA 2ZXTA 1SI1A 4WKMA 2AYSA 1TXFA 3JV9A 1LB9A 4YKJA 4JWYA 1LAHE 2DXRA 1IZ1A 1FCKA 4POWA 3PMVA 2XXHA 3IOVA 4HS7A 2QJEA 2D3IA 2RC7A 2QS3A 1CB6A 3FXUA 3PU5A 3MP8A 4PFUA 4K3FA 5J1DA 1QUJA 4GXSB 3IO6A 5DTBA 4WXJA 2V3UA 2Y7WA 2KLFA 1P1NA 1EZPA 3R26A 3KJ7A 3DELB 5ITOA 4F19A 3VVDA 1WVJA 5K2YA 1YAEA 2Y84A 4H0WA 5I2KB 1B05A 3K6UA 2DE2A 3C4MA 3OXNA 1ZKBA 3N5LA 1A99A 3ILTB 3QUFA 4OERA 4F1VA 3THIA 4ECFA 3PD9A 5I2NA 3DM0A 2I0CA 1FW0A 5JEIA 4KCDA 3TKDA 3N6TA 4BLAA 2Z8EA 3HV1A 3KN3A 4WEDA 4LUBA 4GXAA 4GRKA 4JWOA 3PGFA 1PDAA 2ZYOA 3FXRA 4KYSA 3VLWA 3VV5A 5H8HA 5ELVA 1Y1MA 3ZSFA 3Q29A 2PBWA 5AE4A 2UXAA 3U72A 3HHFA 1H44A 1HSLA 2DSFA 4XIGQ 1ANFA 1PC3A 2ZYKA 4LZ8A 4FORA 1MY2A 3PPOA 3OSQA 4HCWA 1LFGA 1OVBA 2HCAA 1FTKA 3N94A 2HFBA 1PB8A 5DVJA 4P0GA 4MFIA 2XXQA 1N84A 1B7HA 3K0VA 1MQDA 1GR2A 2LAOA 2W7YA 3F11A 4Z0IA 1FTLA 1OMPA 4LP2B 3FV2A 1JNFA 3E3KA 4EXLA 3CFZA 5KCJA 2CZLA 3LR1A 1OQHA 1TFAA 1OVTA 3PPNA 1B46A 4ZE9A 2DE3A 4ISUA 4OFOA 1B7UA 1MXXA 5H8HB 1UIVA 2DOJA 4ZS9A 4IY5A 1YTVA 5CM6A 2QMXA 4U2RA 3PMWA 2REJA 1XHYA 4IO3A 3N6UA 4F18A 4N13A 2DWAA 2X26A 3UN6A 3VVFA 4FIMA 3ODBA 4ND9A 1BLFA 2O7IA 3SERA 2VP1A 3MPLA 1MRPA 2XD2A 3FUZA 1QULA 3C32A 2X7PA 2I4BA 1QUKA 3M3LA 3O2AA 3CSBA 1SI0A 2F7AA 5I56A 1B3GA 3TTKA 4XKNA 3TCHA 3K6VA 5H8FA 3I6VA 1LCFA 1NKXA 2H9BA 5L9MA 3FJGA 1Y20A 5FHMA 3G3IA 5KCJB 3O6HA 1MS7A 4RA1A 3LSWA 3FVGA 1NMUA 1PBPA 2F7CA 4OEUA 2O84X 2H98A 1NH7A 3K1MA 4OZ9A 3RN8A 2XX7A 2ZNUA 3CRBA 4I8CA 5A5XB 5EHMA 1P99A 2UVHA 3IOUA 1MXZA 3V89B 3E4RA 1ATGA 4QRZA 4G68A 2V3QA 1MPDA 4R75A 2V93A 4ELQA 2F8DA 4OXVA 5I59A 4R6HA 1B1HA 4KR5A 3TCFA 2AL4A 3R7XA 4GOTA 1URSA 1ELJA 2H25A 3K1PA 3K6XA 1HSEA 5I56B 4F22A 1IITA 4M1VA 2RCBA 4R6KA 5H8FB 4XKQA 5L9SA 3QAXA 4E0XA 1LFHA 4F29A 4RK2A 2Z8DA 3ONMA 2Y7IA 3LBSA 2O6AA 4EF1A 2DXYA 1WDNA 3O6IA 4R9GA 3Q27A 4NF4A 4TQUQ 3VLUA 2Y7RA 2XX9A 5I57A 1MY1A 1VFEA 5FTIA 1FQFA 3A3CA 3M3FA 4ELOA 4JDFA 3MP1A 4X9TA 3KJTA 4G68B 1B6HA 5F1QA 2H99A 2I58A 3MC2A 5CMBA 3IL1B 1KWHA 5I59B 4MLVA 1D4NA 3U93A 1XOCA 4YKIA 2X7QA 3S9MC 1SDXA 2P1SA 4XKPA 1MQIA 3G3HA 4H65A 4G8HA 1S50A 5ICTA 3K1NA 3PUVE 4XTCQ 2Q9TA 3QK6A 4F39A 1I6BA 3EHUA 2UYEA 2I6EA 2F35A 3LSLA 1D3KA 3T22A 5JTYB 1XS5A 3SEXA 4KI0E 1A8EA 2PX1A 3C34A 4H67A 1USYH 1AIVA 3EF7A 1XVXA 4Q8RA 3TQLA 1O7TA 1B58A 4EF2A 3MWBA 1UTBA 2YLNA 1B2HA 2DWIA 4ZEDA 2B65A 1IUDA 3IO4A 2F97A 2Q89A 3OENA 2I0BA 5DVFA 4LZ5A 1RYOA 5TP9A 5H8QB 3MVWA 3RPWA 4FAJA 1RYXA 4BDLA 1LB8A 1L5TA 4QFKA 1QVSA 3UK4A 4NWCA 1NNKA 2Q8JA 4KCCA 2V25A 3MPKA 2OLBA 3DLNA 2ZNSA 2HXWA 1FQDA 1URGA 1MY4A 4G2ZA 4LVQA 2ABHA 2VOZA 4THIA 5CBSA 2HEUA 2F34A 2DWHA 1XVYA 4ZEIA 4PFWA 1O63A 4NMYA 3SDFA 2NOOA 1A8FA 3FV1A 2M8CA 2UVGA 3HSTA 1R9QA 3OOAA 3U8QA 1UTBB 4OENA 3IB2A 1BP5A 2ONRA 2E0SA 2PYYA 3ILUB 3PPRA 1JVYA 3T9UA 1M5DA 1MXUA 2RINA 3FATA 2ZNTA 2AL5A 3LC8A 1QUIA 2QPQA 4AB5A 2VGQA 3DP4A 5TP9B 1AOVA 4H8JA 3FVNA 4ZZEA 1JVXA 2PVUA 1VR5A 4I9DA 2HQ0A 1XC1A 1B1XA 3SEUA 4U23A 1D9YA 3TZAA 4FE8A 1R9LA 4OTEA 4PFTA 4C1UA 3M8UA 4U1OA 4DXBA 3EPEA 3O66A 4PP0A 3ZS6A 1DTGA 1XT8A 1FTJA 5CC2A 3CVGA 4YB5A 1SVXB 4GFRA 2O68A 2O7UA 4IGRA 4OFLA 5DVIA 3KSJA 5FTHA 4PQJA 5BWJA 4KPTA 1Y3QA 2V3TA 4X48A 1ZMGA 1B4ZA 4DE8A 3HPIA 3T66A 4U4SA 4FEDA 4FATA 3G3JA 2P0SA 5EYFA 4R73A 1B3EA 4XXUA 2QS2A 1PEBA 1NNPA 3MVXA 3K00A 4GL8A 5IKBA 5AA1A 2UVIA 2Q88A 2OJTA 2HZLA 3CG3A 1MQGA 4FEBA 1Y4CA 3PUZE 2B3BA 4Q30B 4F31B 1SBPA 4DDDA 1SYHA 3TTLA 4F2OA 3VE1B 3TEPA 4F3SA 4F3PA 3SKPA 1MM7A 3EHTA 2OWSA 3OEMA 2NVUB 3K01A 2Z8FA 1NNTA 2XXVA 4OFJA 2I48A 3I5OA 3H06B 1QJMA 1VE4A 2FYIA 4YU0A 1ZTYA 1AMFA 1MDQA 3SETA 5HBCA 3U92A 1P1UA 3SESA 3IAZA 5I58B 3OELA 3LSFB 4RK9A 2XXPA 3IOWA 3KZGA 2QS4A 3VFJA 2PT1A 4PE5B 3PV0E 4ZEFA 4RPOA 1IQ7A 3BBRA 1O64A 4IO4A 5H8SA 3RNNA 3B6WA 4IO6A 3L6GA 1OLAA 2GHBA 4R2FA 5CMCA 3U94A 3TELA 1MPCA 1LAXA 2PT2A 1EH3A 5A5XA 5H8NB 1A55A 4ELPA 1MDP1 3G3FA 3PUXE 3FZVA 3W9WA 3LUYA 3HN0A 4GVOA 4RXLA 1JW1A 3PUYE 4LATA 1Q1KA 1UQWA 4X1DA 2DYXA 4AB6A 4EDPA 1LBCA 3KG2A 3EN3A 3Q28A 3KEIA 4GD5A 2XXWA 1OIBA 4ONYA 3FGSA 5CBRA 2XXIA 3U1OA 1AL3A 1B0LA 3QIMA 2IEEA 2F78A 1LLSA 3BKIB 1F9BA 4EQ9A 3OSRA 4R2BA 1Y9UA 3RT8A 2ZMBA 1P1QA 2DVZA 2RKMA 2XXTA 4HW8A 3IJXB 1SW2A 4OVJA 2GRVA 3SEWA 4JBZA 3L6HA 3O9PA 1Y3NA 1HSJA 3UGWA 3C35A 3H6VA 1N04A 3UIFA 1N3WA 1JETA 3B7DA 4YKKA 1UIUA 3DP6A 2GFEA 3FVKA 4PETA 3N26A 1MQHA 1MQJA 4YB6A 4QFOA 4ZE8A 5JTYA 3B6TA 3R6UA 4OETA 3OO8A 3D4CA 4ESWA 5TPAA 1MM6A 2F5XA 3IOTA 3TODA 2V84A 5TU0A 3SEYA 1WODA 3FD3A 1DMBA 4G68C 4TLMB 5FHOA 3I3VA 1JEVA 3RLFE 2OZZA 2H5YA 4RPNA 3VDFA 1LSTA 1QKAA 3A3UA 3MZ1A 3DP8A 1LCTA 2RCAA 4I62A 2UYFA 1I6QA 3K2DA 2PMSA 4LONB 5H8QA 1FTOA 2XD3A 1QW0A 2DE4A 3EQ1A 5DT6A 3T93B 4JWXA 4IGTA 4QFPA 3BFUA 3JZJA 3QSLA 5ITPA 4TOZA 3O29A 1GVCA 1B5HA 4U4XA 4H6DA 3IK6B 1R1NA 2ALUA 1AH5A 1URDA 1B5IA 4G4PA 5TPAB 2IA4A 4JXIA 3KBRA 4KYDA 2D5WA 1ZU0A 4U21A 4OMBA 2A5TB 4QSDA 3UP9A 4Q5TA 3CG1A 1TWYA 3TTRA 2G29A 1JEUA 4KFQA 3S9EA 4BDOA 3QUJA 1T0KA 5CRYA 3MP6A 3CFXA 4C1TA 1IXHA 2I3WA 4QSEA 3FJ7A 4ZDMA 1JW5A 1US5A 3KN7A 3IX1A 3TTNA 1BIYA 3P7IA 3IJOB 1S7YA 2RC8A 1IXGA 4E0WA 4P11A 4YAHX 2P2AA 1MH4A 1M5BA 3MW0A 3C36A 3KOSA 5I84A 2H4IA 3S9NC 3SEVA 1N76A 4POXA 3CR9A 1PB7A 4YICA 4FECA 4KQPA 4YB7A 4JB7A 2XXUA 2ONKE 3VXBA 3WAEA 4EQ7A 3VXCA 5DYHA 4ZEKA 1MXVA 1H45A 4OHNA 1N0TA 1MH3A 1GV8A 3ZKKA 2Y7KA 4R74A 4NEDA 4BDQA 4MBPA 2CMOA 3ZKLA 4RYAA 1UTHB 4ZEBA 3C31A 5F7VA 3IB0A 4DZ1A 4NF8B 4KYEA 5CMMA 2ANJA 2XXRA 3VVEA 3GBAA 1TT1A 2DQVA 1EU8A 3HO7A 4ESXA 5B70A 4N6PA 4O3CA 1H3DA 4H5GA 2THIA 1SD3A 3A09A 2OWTA 1FTMA 3IR1A 4RJZA 1QKBA 1SQYA 3PMXA 5CI5A 4EXKA 2G93A 3H6UA 3OMBA 2XX8A 4U1ZA 3RUMA 5BUUA 3OD7A 3CIJA 5LOMA 3MAMA 2O69A 4R72A 1ZIUA 2ZYMA 3K4UA 1IXCA 1M5CA 3CSGA 4IO2A 3JYRA 3UORA 1US4A 3KOTA 1II5A 4QFLA 3MVZA 3V5AA 4F2QA 3E9XA 3T9VA 4KD5A 3MBPA 2I4CA 3TPAA 4BDMA 4F1UA 1N7XA 3H7MA 4JSDA 3EHSA 4BDRA 5I58A 5AA4B 1CE2A 4FJPA 1LFIA 4N07A 2O1MA 3MQ9A 3TTMA 4UACA 4H1XA 2QS1A 3HCQA 4UA8A 1IEJA 2OBGA 3TQWA 4H5FA 4NE4A 3FXQA 1EZOA 1OQGA 3G3GA 3V83A 4LQ2A 5JK4A 3CFLA 2F36A 5H8NA 1I6AA 1M5EA 3Q25A 1FQCA 2OK2A 1B52A 3W15C 4KHZE 2XXXA 4HCYA 4NF5A 4AQ4A 2E1SA 3OO6A 1N3XA 3IB1A 1DPPA 3RY3A 2QSXA 2NUVA 2Z22A 1PBQA 2ONSA 3H03A 3E13X 1SW1A 2RC9A 3QXMA 2ZYNA 4F3BA 2UVJA 4H8IA 2R71A 3RTFB 1NNFA 3TCGA 1JW4A 3MJNA 3OO9A 4LZ7A 4ELRA 4L17A 1VSOA 3MZBA 1MXWA 3S4UA 5I2NB 4Z7EA 4RNSA 1B7ZA 4QF9A 3KFMA 2Q2AA 4F1YA 2R6GE 4DLDA 1SYIA 2R9JA 2GHAA 3Q26A 5B7DA 3FVOA 2FNCA 4U22A 2DP8A 2ESNA 4NWDA 3TDJA 2HAUA 5DEXA 4DXUA 4NF5B 2I49A 5KZTA 4WEPA 3ECRA 1LAGE 3FASA 4DXCA 4NF6A 2VHAA 1IXIA 1BTJA 3RQTA 1PB9A 3PPQA 4P0IA 5KDTA 3M3KA 3B6QA 1GTKA 2F7BA 3IORA 1LBBA 1Z7NE 4DCXA 4C0RA 4I1DA 2F6PA 1H43A 1N7WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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