4GXSB

Ligand binding domain of glua2 (ampa/glutamate receptor) bound to (-)-kaitocephalin
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
b'KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structure of (-)-kaitocephalin bound to the ligand binding domain of the (S)-alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA)/glutamate receptor, GluA2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 85
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gxsB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gxsB02
1DTZA 3IOUA 2DE3A 3KJ7A 1FW0A 5CMKA 1ZIUA 2R9JA 4C1UA 3HHGA 1Z7NE 3H03A 2RF1A 4R9GA 4THIA 2XD2A 4GF8A 2Q2AA 4IGRA 2XXYA 4MBPA 4H65A 4ZS9A 4R72A 4YZZA 1FQAA 1GV8A 4BDMA 3SEUA 4HS7A 4KCCA 2AL4A 3TTNA 2RINA 4F1YA 2ZYOA 4KFQA 4BDRA 1TFDA 2O51A 4BDLA 2CMOA 5KZTA 1GVCA 1MY3A 2F6GA 5I56A 1Z7ME 1N76A 1M5BA 3H6TA 4OVJA 1POY1 5FHMA 3TQLA 3MPLA 3FD3A 4RY1A 1UIUA 1IXIA 4PFWA 2OLBA 4WXJA 1LCTA 1XS5A 3GLBA 2Y7IA 2ZNUA 2Z22A 3FVOA 4X48A 4EQ7A 1VFEA 1Y3QA 3RPWA 1Y3PA 4NE4A 2RCAA 5DTBA 1D4NA 3CFXA 3SEXA 3R26A 3RLFE 3UN6A 3HPIA 1LB9A 1B5HA 4L17A 4NF6A 4FJPA 3O29A 2RC8A 4PQJA 3JYRA 4KD5A 3G3IA 4ND9A 2VGQA 4R73A 3TZAA 5F1QA 1IXHA 4ZEIA 3PU5A 4H0WA 1NKXA 3U1OA 2NVUB 2PMSA 1B4HA 3EHSA 1SW4A 5AA4A 4FEDA 3RUMA 1UIVA 5JTYB 4OYVA 2D5WA 3FV2A 1P1NA 3MWBA 4DE8A 1B4ZA 3FJMA 3K01A 5I57B 5CI5A 1XVYA 1PEBA 4LZ5A 5I2NB 3O28A 5H8NA 2Z8EA 2QL3A 3OENA 1POTA 1US4A 1AOVA 1T0KA 3QSLA 4NTLA 3BBRA 3PGFA 4QSDA 1RYXA 1D9YA 3KEIA 1LB8A 3T66A 4QHQA 1Y4TA 2G93A 4KCDA 4GD5A 2XXTA 2W7YA 3U72A 2HQ0A 1SD3A 1DSNA 1LAHE 3RQTA 4Q8RA 3K6WA 3Q29A 3TTRA 2XXQA 1SYIA 2XXVA 4X9TA 2Z8FA 3BFUA 4R2BA 3IOWA 4Q5TA 1SI0A 3MZ9A 3CG3A 4N07A 4OQOA 4Q0CA 4FAJA 2O1MA 3IJXB 3R6UA 3SEVA 5I59A 2ZMBA 3MZBA 4OWDA 2VD2A 2X7PA 3TUSA 4C1TA 3V89B 1B58A 4N6PA 5EHMA 3FZVA 4U4SA 1A7LA 4PP0A 3TPAA 1B3LA 3FJ7A 3KBRA 4OZ9A 4EF2A 3TELA 2IA4A 4POWA 5IAIA 2ONRA 5I84A 3ILTB 3M3LA 3UGWA 1MY2A 3TCGA 1MQJA 4IO4A 1NFTA 5H8QB 3IK6B 2BJJX 3IR1A 4AQ4A 5K2YA 3TTLA 3SKPA 1JNFA 1B2HA 5AA2B 4YICA 4FATA 4P0IA 4QRZA 2H9BA 2XXUA 4ONYA 4F31B 1M5EA 4JDFA 4P11A 1LBCA 4U2RA 2HAUA 4FE8A 3VFJA 1ZU0A 3I3VA 2F7BA 4F1UA 5AA1A 4LZ7A 3KG2A 3D4GA 1MG1A 4DCYA 2F97A 3L6HA 3B6TA 2Y7WA 3THIA 4JWYA 4YB5A 3VXCA 5CRYA 3MVWA 1MM7A 1P99A 1N7XA 2DE4A 4RA1A 1JW5A 2DWHA 1A8EA 1MPCA 3M3FA 2R6GE 1QW0A 4KR5A 1MXVA 1VSOA 4R6KA 3CI8A 3TTMA 4FECA 3U93A 1ZTYA 5FHOA 1Y20A 3MZ1A 2G29A 2RKMA 3C36A 1SBPA 3MPKA 1FTOA 5HPQA 1QUIA 1IQ7A 1JW1A 3MJNA 4M4GA 4TLLB 3U92A 3TODA 3G3KA 1DPEA 1MQDA 4LP2B 3CFLA 3RT6B 4KHZE 2H4IA 5KDTB 2ZYNA 2E0SA 3TYHA 3VE1B 3EF7A 1XT8A 3GBAA 5K2XA 3S9LC 2ABHA 4YAHX 4ESWA 5KCJB 4GL0A 5B7DA 2RCBA 2I0BA 1JVXA 2GFEA 2IEEA 1MDQA 2I4CA 1YAEA 3W9VA 1JEUA 4IO6A 3WAEA 4JSDA 4F39A 3VDFA 2B65A 3K0VA 4MF3A 1HSEA 3HN0A 4H8JA 4YMAA 3TKDA 1Y3NA 4PE5B 2FNCA 2GH9A 4RK2A 3IO6A 4G68A 1MM6A 3OSRA 3A3CA 3IOTA 5AA3A 3JV9A 3OOAA 2I4BA 4QSEA 4DXCA 3H6UA 1N0TA 4JWOA 1QUJA 3DP6A 2UVGA 1PB8A 4OEUA 3KN3A 1B0HA 3H3GA 4GL8A 3VLUA 3W15C 4DDDA 3IL1B 2QS4A 4MFIA 4EUOA 2XXHA 1MXUA 2VHAA 3MQ9A 3KSJA 3O66A 4YKKA 2QS2A 3MW0A 2QS3A 3MP6A 1NL5A 3FGSA 4I1DA 4DIGA 4R6YA 2XXXA 1MS7A 1LAGE 2M8CA 1Y1MA 1DTGA 3KOSA 1IXGA 2HFBA 1LBBA 3UK4A 5A5XA 4F3PA 1H43A 1IUDA 1H44A 3ZS6A 3M8UA 3OELA 5DEXA 3CR9A 3IJOB 3KZGA 3QIMA 3AXFA 2PYYA 2F78A 1MXWA 4KYEA 3L6GA 1VR5A 2GRVA 1CE2A 3H4ZA 2O6AA 1DMBA 4JBZA 3Q28A 5I56B 3V83A 1JVYA 2NUVA 1HSJA 2D21A 3MBPA 3KGCA 2QSXA 3S2VA 4Z7EA 4QF9A 4R9FA 1B6HA 4ELPA 4IB2A 2X7QA 5TPAA 1TT1A 4ZEKA 1GTKA 1VFDA 1PBPA 2XXPA 1QUKA 3O2AA 1USYE 1AH5A 1LCFA 3F11A 1BIYA 3T9XB 4TQUQ 4R2FA 3TDJA 4NF6B 4IY5A 3FXRA 4HW8A 4FIMA 2KLFA 4M1VA 1OLAA 2DYXA 3O6HA 3H6VA 2HZLA 3SEYA 4DZ1A 1QULA 4PFUA 5HM4B 3VXBA 3K02A 5IKBA 5L8DA 4KI0E 3I5OA 3MP8A 4OEVA 5AA4B 3RNNA 5H8HA 2XX9A 4O3BA 2ZYMA 1TWYA 1S9TA 1NH8A 3LSXA 3HV1A 1YCJA 3KSXA 1B1HA 2DWAA 3PUYE 3CFZA 3HO7A 5DVFA 4EXKA 1DOTA 5H8NB 1YTVA 5TU0A 3G3FA 3TTKA 1B3GA 2VD3A 2Y84A 3U8QA 3FV1A 4YB6A 5JK4A 3T9VA 4XKNA 3FVNA 3KN8A 4RNSA 3T9HB 4JSOA 4OFLA 1MPDA 1B51A 1GGGA 3IAZA 4E0WA 4OETA 4UACA 2I6EA 2PT1A 4XKQA 3PPRA 3G3GA 3W9WA 2HZKA 4K3FA 3ZSFA 1LFGA 1MY1A 1SI1A 4KYDA 3H7MA 2V25A 4G2ZA 2DXRA 1QJMA 3K6XA 2V3QA 3P7IA 1MXXA 1NH7A 3O97A 5I59B 3A3UA 1QKAA 5TP9A 1L5TA 4ELRA 2Y7PA 1LFIA 3D4CA 4MLVA 1I6AA 4YB7A 4IGTA 4XTCQ 1B0LA 1A8FA 1OQGA 4HCWA 4GXSB 5CC2A 1URGA 4TLMB 2AYSA 3OEMA 1MXZA 4FEBA 4BLAA 1B1XA 1FTLA 2Q9TA 1N3XA 3LSFB 5LOMA 4OXVA 2XXRA 3FATA 4NWCA 2F7AA 1IIWA 1MXYA 1SQYA 3A09A 2E1SA 3PUWE 2I3WA 1MRPA 2DQVA 1SW5A 2A5TA 3K1PA 4G77A 4G68C 4TOZA 4ISUA 2DOJA 2A5SA 4YKPA 1MQIA 3VVFA 1B7HA 1MY4A 1Y4CA 1S50A 1HSLA 2YJPA 1IITA 4WEPA 1D3KA 4ZEFA 1N04A 3PPOA 4GQOA 2D3IA 1P1QA 2REGA 2OJTA 1B9JA 3OO8A 3B6QA 2Q2CA 1I6BA 5I2KA 5L9MA 1A54A 4O3CA 2YLNA 4H8IA 1ZLQA 2UVIA 4GLIA 1LSTA 1N3WA 1BLFA 1OVBA 3Q27A 1O63A 4KQPA 1B52A 2F7CA 1OIBA 5L9OA 5I58A 1R9LA 2F36A 4E0XA 2AIXA 4NF5A 3RGYA 3C33A 2H98A 4JXIA 4U21A 3PMWA 2FYIA 2Z23A 3ILUB 3U94A 2ZNTA 1ANFA 4XKPA 2F34A 1UTHA 4C0RA 1B5JA 4GXAA 1B3EA 1Q1KA 3SEWA 4NF4A 4XKRA 3KFMA 4LQ5A 5JEIA 3QK6A 2DS9A 3G3JA 3FASA 4XXUA 4U4XA 1SDXA 1UTBA 5FTHA 3CVGA 1ZKBA 4IO5A 3HSTA 4ELOA 1N84A 3N5LA 4U1OA 4O3AA 2GHBA 1S7YA 3MAMA 1B7UA 3FXUA 1B5IA 2UVJA 3PMXA 4NF8A 3O6GA 3I6VA 1WDNA 1ZBMA 1UQWA 4G68B 4Q30B 4QFKA 2HAVA 1PB9A 2H5YA 3K1MA 1VE4A 5B70A 3DM0A 4EDPA 1PC3A 2DSFA 3CRBA 3FVGA 4EQ9A 1B40A 1XC1A 4WKMA 2VP1A 3C4MA 3IORA 1NNPA 1P1UA 2HXWA 1R6ZA 1H76A 4RYAA 5ITPA 1JQFA 3GXAA 4IO2A 3MVZA 4BDNA 3R7XA 4ZZAA 3N94A 1SVXB 2I0CA 4PFTA 4KYSA 4DCXA 5CMMA 1URDA 2X26A 3VLWA 1PB7A 3ECRA 2ZXTA 2O69A 1URSA 5ISUA 1BTJA 5A5XB 4DXUA 3V5AA 4RK9A 2QPQA 3TMGA 3C31A 4ZE9A 3B6WA 5DEXB 3PUZE 2H99A 3B7DA 2OBGA 4QFNA 2NOOA 2V3TA 3TAJA 3Q25A 4R75A 4PFYA 3DP4A 4X1DA 2DXYA 3GZGA 4YKIA 1FQEA 4G8NA 1P1WA 3S9MC 3VVEA 4F3GA 4QFOA 2H25A 4LONB 5FHNA 1PBQA 4GRKA 1TXFA 4H5FA 4NEDA 4ZZEA 1YPNA 3FUZA 3K00A 3LUYA 3PD9A 2V3UA 1IXCA 3N6UA 2QJEA 2O7IA 5TPAB 2OWTA 3K2DA 1R9QA 4LVQA 4GVOA 4H1XA 1J1NA 4NMYA 1MH4A 3PUVE 3LSWA 2YPNA 4OFJA 1JEVA 3DP8A 4NWDA 3G3HA 3K6UA 1SW1A 3E13X 4QFLA 2O68A 2Z8DA 1EZ9A 2I49A 4QSCA 2GHAA 2NWJA 4RXLA 4F29A 5H8HB 3FIRA 5BWJA 1DPPA 4Z0IA 1EZPA 2Y7KA 3K4UA 3LC8A 3PMVA 2XXIA 1B05A 4LATA 4HCYA 1ATGA 2PX1A 1P1OA 3KOTA 1IZ1A 5HBCA 3RTWB 2THIA 3TQWA 5H8FA 2B3BA 1IEJA 3USDA 3BFTA 5BUUA 2I58A 4OENA 5AE4A 1OQHA 3LR1A 1I69A 2CZLA 2OK2A 3VVDA 1O64A 3UIFA 4ZEBA 1LLSA 3HHFA 4R6HA 5ITOA 2XX7A 3OO7A 1H45A 1MY0A 3UORA 3SERA 3TCHA 3TFLA 1US5A 2REJA 2QS1A 1FQCA 4R74A 3DLNA 3S9EA 3SESA 2Q88A 2ANJA 3C32A 2FA7A 5F7VA 2XD3A 3OEKA 5TP9B 3HCQA 2ONSA 1EH3A 3FVKA 1CB6A 2ZNSA 3QAXA 1JW4A 5ELVA 2PVUA 5EHSA 3LBSA 3M3KA 1USYH 4U1ZA 3G7WA 2B3FA 3K1NA 4U23A 5ICQA 4GIZA 4JB7A 4I62A 1M5DA 4MH5A 2Q89A 3PD8A 4ZE8A 4F2QA 1QVSA 1FQFA 2A5TB 1LFHA 3T9UA 4F3BA 1B7ZA 3MP1A 3EQ1A 4RPOA 3V8XB 4DLDA 3MUQA 4GWOA 1SYHA 2DVZA 2O7UA 2P2AA 5CMBA 2DWIA 1B32A 3IO4A 3GBBA 3TCFA 4YMBA 2V84A 5L9SA 2P0SA 3PUXE 2DE2A 2QMWA 1LAXA 3E3KA 5JTYA 1RYOA 3UA8A 5I2KB 1I6QA 2F6PA 5DYHA 1A55A 1SW2A 3EHUA 2P1SA 3CIJA 5I57A 2V93A 2WKYA 3IOVA 5CBRA 5I2NA 4EF1A 2ONKE 2ALUA 2F5XA 1ELJA 3T96B 4OHNA 1B3HA 5I58B 3QUJA 1MQHA 4H6DA 3UP9A 1Y1ZA 3WAFA 1GR2A 3O6IA 1OLCA 3RN8A 2Q8JA 5AA2D 3DELB 3C9HA 3PV0E 4OESA 4NF5B 3OO9A 3H06B 1RKMA 2AL5A 4ZECA 2XXWA 5H8SA 2RC7A 1FCKA 4OMBA 1QKBA 1Y9UA 3RTFB 1AMFA 1A99A 3EHTA 4G8MA 4GOTA 5FTIA 5CM6A 1MQGA 5CMCA 4OTEA 1UTHB 1XOCA 1N7WA 3VLVA 2VOZA 1M5FA 1ZMGA 4P0GA 3Q26A 4BDOA 2ESNA 4NF4B 1BP5A 4LZ8A 4DXBA 1NNFA 2Y7RA 1UTBB 1M5CA 1TFAA 2OCUA 3C34A 1R1NA 4LQ2A 2O84X 5J1DA 1EU8A 3QYTA 2PT2A 4F1VA 2I48A 4NF8B 1ZJLA 5H8QA 4OFOA 2HEUA 1B3FA 4PETA 1XHYA 3ZKLA 4F19A 2UYEA 3MVYA 4H5GA 1OMPA 2NXOA 3E4RA 5AA2A 3CSGA 1NMUA 1KWHA 3PPPA 1XVXA 4POXA 2XX8A 3PPNA 1AL3A 5DT6A 2I3VA 5DVIA 4EXLA 3S4UA 4N13A 1NNKA 3MVXA 1LGBC 4I9DA 3N6TA 1MPBA 4IO7A 4JWXA 1LAFE 4MLQA 4UA8A 1FTJA 3VV5A 3KJTA 4EQBA 3IX1A 4IY6A 4ZDMA 3S9NC 2LAOA 4GFRA 4ESXA 1FTMA 4F3SA 4G4PA 2XHDA 3OSQA 4G8HA 2DVCA 3N26A 2HCAA 4AB6A 4XIGQ 4LA9A 3CG1A 4BDQA 3IB2A 4FORA 3KN7A 3OXNA 2PBWA 3SETA 3QXMA 3ODBA 1WVJA 3C35A 2F35A 2DWJA 3RT8A 3OD7A 4RJZA 3EPEA 3H6WA 5CBSA 2R71A 2ZYKA 1Q35A 3JZJA 4OERA 1H3DA 4H67A 4F2OA 2F8DA 1PDAA 1F9BA 2QRYA 3K6VA 2UXAA 4HTGA 4WEDA 3RY3A 1FTKA 1BKAA 3OO6A 4ELQA 5KDTA 3E9XA 1NNTA 3MC2A 1AIVA 3FJGA 1OVTA 4YU0A 3O9PA 3QUFA 4F18A 4QFPA 4KPTA 5KCJA 3OMBA 5EYFA 3CSBA 3T22A 3BKIB 1JETA 1FQDA 2UYFA 4RPNA 4X1BA 3EN3A 4ZEDA 2QMXA 1O7TA 2RC9A 5DVJA 3IB1A 4ECFA 1WODA 5ICTA 4AB5A 4YKJA 5M2VA 3ZKKA 1EZOA 2O1LA 1A40A 3FXQA 3IB0A 1FQBA 1MDP1 2UVHA 3ONMA 3LSLA 4F22A 3TEPA 1B46A 3PPQA 4U22A 4LUBA 1II5A 1MH3A 3SDFA 1D9VA 5H8FB 2DP8A 3T93B 4I8CA 2OZZA 2OWSA 4IO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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