4GXSB

Ligand binding domain of glua2 (ampa/glutamate receptor) bound to (-)-kaitocephalin
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structure of (-)-kaitocephalin bound to the ligand binding domain of the (S)-alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA)/glutamate receptor, GluA2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 85
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gxsB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gxsB02
2O69A 1QUIA 3K2DA 4YAHX 3IAZA 2XD2A 3CFXA 2CZLA 3FZVA 3UGWA 3CSBA 3GLBA 5K2YA 3BFUA 4DXUA 1B0HA 4AB5A 3OENA 3A09A 3PGFA 2V25A 1DTZA 4R9FA 2GRVA 4OMBA 5FHMA 3HPIA 1M5CA 3KSJA 2XXQA 3TTKA 1MXYA 5JEIA 3WAEA 2ABHA 1LAFE 1MXZA 4R75A 1ZLQA 3G3GA 2ZNUA 5H8NA 1ZKBA 2ONSA 3KGCA 1MQDA 3K1PA 4MBPA 3TTNA 1LAGE 1MPCA 3CFLA 3TCGA 3KJ7A 1JW4A 1SYHA 4OVJA 1P1UA 2ZYNA 3CFZA 4F3SA 2DE3A 5ITPA 5J1DA 4OEUA 2ZNTA 1B3LA 4GWOA 3KOSA 5ISUA 4P11A 3USDA 3LR1A 1FQEA 4OWDA 2ESNA 3RN8A 4GRKA 3AXFA 3OEKA 1H45A 1DSNA 3IB0A 3IORA 3TCFA 1POTA 3N6UA 4BDQA 3LC8A 1B3HA 4LP2B 4H8JA 4RK2A 4YU0A 2Y7PA 3MP6A 2DVCA 4OFOA 3KFMA 3I3VA 4M4GA 1FQCA 3RT6B 2WKYA 2RCBA 3S2VA 3MJNA 1JEUA 4HW8A 2O84X 2Z8FA 5AA1A 1R9QA 3T9UA 5I84A 3MBPA 4KHZE 3VXCA 1VFEA 4MLQA 4LATA 3FJMA 1N3WA 1JVYA 2REJA 3RPWA 5M2VA 1IXCA 3FXQA 3H4ZA 4ZEKA 2Y7KA 1CE2A 2IA4A 4H5FA 3RGYA 1XVXA 4ZZEA 4OFJA 4N07A 3FASA 3O9PA 4QFOA 1P1OA 3L6HA 3PUYE 3QIMA 1NH8A 3K4UA 3N26A 2Q88A 2QS1A 4E0WA 1MH3A 5FTIA 5CMKA 4IO7A 2O51A 4JSOA 4R2FA 1FTKA 4RPOA 1VE4A 4IB2A 4U1ZA 4OFLA 2XXPA 2H5YA 4C1UA 4KQPA 4LZ8A 1SW5A 1FTMA 1ZBMA 3O6GA 1M5FA 3QXMA 2I0BA 5I58A 1VR5A 1LB9A 2O68A 5DTBA 2ZYMA 3T9VA 1MQJA 4POWA 4ZEFA 3KJTA 1IXGA 3VE1B 5H8HA 2VOZA 4DLDA 1R9LA 1JNFA 1O64A 3TPAA 3MPLA 2ONKE 1NFTA 3RQTA 4H6DA 5CI5A 1URGA 2XXIA 1MY3A 2I4BA 1MQIA 2O7UA 1NKXA 1M5DA 1PBQA 3PUZE 1AIVA 3CSGA 4GL8A 1OQGA 2BJJX 2RC9A 3MZ1A 3GXAA 3LSLA 3K6WA 4FAJA 4DXCA 3CVGA 4JDFA 2F36A 1US5A 3S9EA 1US4A 1B0LA 4EF2A 1SBPA 3FVGA 3K1MA 5L9SA 3D4CA 1DPPA 1LBCA 1GVCA 1BP5A 4XIGQ 3C4MA 3O6HA 3C32A 2UVJA 3U94A 4OENA 5I58B 1SDXA 4MF3A 1IZ1A 2V3TA 2Q89A 3OOAA 1SI0A 3ONMA 2KLFA 4QFKA 1PB7A 3N6TA 2R9JA 3BKIB 1URSA 4U1OA 5H8HB 3UIFA 1B52A 1Z7ME 1FTLA 1B4ZA 2H4IA 5CMCA 1Y20A 3FV2A 4THIA 2Z8EA 3VVDA 3H7MA 1WVJA 3D4GA 2NOOA 3W9VA 4LZ5A 2NVUB 3OEMA 1OLAA 2FYIA 3VLWA 2UXAA 5DT6A 1P1NA 3DM0A 3C35A 2HAUA 3PMWA 4G8HA 2F7BA 4DE8A 1DTGA 1ANFA 5CC2A 4JBZA 4XTCQ 4KCDA 1N84A 3PPNA 4KPTA 1MY1A 4NF4A 1PBPA 1PC3A 1USYE 4GF8A 3SEVA 1QUJA 1Y1MA 2UYEA 1IIWA 3PD9A 3E13X 3IO4A 4X1DA 4GIZA 4C1TA 4PFWA 3C9HA 4OQOA 3PUXE 5CMMA 1MY2A 1I6AA 1MDP1 4QSDA 1HSEA 2PMSA 4YKKA 3Q27A 4P0IA 4R72A 1KWHA 1N7WA 1VFDA 2F34A 4LUBA 4WEPA 1EH3A 1MXVA 3KBRA 4M1VA 4F39A 3P7IA 3TUSA 4ECFA 2E0SA 1B1HA 1MXUA 4HCYA 3IOUA 1MS7A 2QJEA 3PD8A 1QW0A 4I1DA 2Z23A 4NF4B 4OXVA 3FXRA 3GBBA 4YZZA 1IXHA 3U72A 3UK4A 3CG3A 5L9OA 3G3HA 2XXYA 2I6EA 3N94A 2Y7RA 1B7UA 1HSLA 4IY5A 4OZ9A 2DQVA 3ILTB 4U4SA 1B9JA 4GLIA 2F6PA 2RC7A 3LBSA 5KCJA 1UTHA 2Q8JA 4X9TA 1ZJLA 4PFTA 2XX9A 1Y3QA 4JWYA 2R71A 4IO4A 4BDOA 4F18A 4JB7A 4JWOA 1H76A 1Y9UA 4YMAA 3FVOA 3THIA 3B6TA 3T96B 4EQBA 3O66A 2ZNSA 2O7IA 1SW1A 1B5HA 4PFYA 2HCAA 4QFNA 1GV8A 1OMPA 2ZYOA 4XKQA 3I6VA 1ZTYA 4ZDMA 1H43A 2NWJA 1JETA 4YB7A 3IOWA 4E0XA 2AIXA 4YB5A 1JVXA 2Z8DA 1IITA 3G3FA 1URDA 4ND9A 5KCJB 1UTHB 4NWCA 1FTJA 4R73A 3TEPA 4DCYA 2DP8A 4NE4A 4QFLA 3RTWB 3MVYA 2XHDA 4OTEA 3TAJA 3O29A 4I8CA 2B65A 4FEBA 4FE8A 3BFTA 5FHOA 1I6QA 3HHGA 4EXLA 2DE4A 1GGGA 4R6KA 1MRPA 1LBBA 2I48A 4X1BA 2F7AA 4LZ7A 1LFHA 2RKMA 1O7TA 4RNSA 2PT2A 3OXNA 3H3GA 4H0WA 3TFLA 2RC8A 4KCCA 4UACA 3TQWA 4OHNA 4XKRA 2GHAA 1EZOA 4Q30B 4KYEA 1A8FA 1A7LA 1IUDA 4OYVA 1S9TA 4POXA 3V8XB 3CI8A 1USYH 5CRYA 1NH7A 4N13A 4U4XA 4IO2A 1FTOA 4ELPA 5TPAA 1MXXA 3K02A 5LOMA 1MM7A 1NNKA 4Q5TA 1IQ7A 4R6HA 4ZECA 3QUJA 2Z22A 2V3UA 2DVZA 2PX1A 3T66A 3K6UA 3EN3A 3M3LA 3Q28A 4ONYA 4Q0CA 2V93A 4KI0E 5L8DA 1FW0A 4DDDA 1LFGA 1B5JA 2H98A 3CRBA 1TWYA 3MVXA 3QK6A 4WKMA 3VV5A 1JEVA 3SESA 1BLFA 2QS2A 4AQ4A 3JZJA 1MDQA 2UVIA 3H6VA 4FEDA 4LONB 4H5GA 2XXWA 3HCQA 2P0SA 3MWBA 3DP6A 2XXHA 5DVIA 2ONRA 1PDAA 1PB8A 2R6GE 2GFEA 2UVHA 3OMBA 4EDPA 3MUQA 5TPAB 4ZE8A 4F2QA 3IR1A 4RJZA 3VXBA 4EUOA 2UVGA 3MW0A 3KOTA 4ELRA 1BTJA 3RNNA 3K0VA 3G3IA 4EXKA 1IEJA 3QUFA 2QS4A 2XX7A 1D9YA 3LSWA 1ZIUA 3EHTA 4RYAA 1CB6A 3SDFA 3Q26A 5HPQA 3OO7A 4NF5A 4YKJA 1LAXA 3VLUA 1XS5A 3F11A 1B05A 4FJPA 1I69A 4DZ1A 1PB9A 1SVXB 2ZMBA 1A40A 5I59A 1Y3PA 4GL0A 5ITOA 4JXIA 1ELJA 1F9BA 4PE5B 2HZLA 1O63A 3LSFB 3I5OA 3H03A 3MQ9A 3H06B 3OD7A 1R1NA 3IB1A 2HQ0A 2Q2CA 2XD3A 4PETA 5DEXA 1D4NA 1J1NA 1M5BA 5H8QA 1NNTA 1MXWA 1NMUA 1S7YA 3K01A 4IO3A 3PUVE 4RPNA 1LGBC 5CM6A 4NF5B 1T0KA 2OLBA 2AL5A 4EQ9A 4G8NA 4LA9A 3OELA 5F1QA 4BDRA 4ZS9A 3SEYA 2DWHA 3C33A 4I9DA 3EHSA 5AE4A 3DP4A 5I59B 2DXRA 3DP8A 1SD3A 2OK2A 4Z0IA 3SEXA 5TP9A 2AYSA 1EU8A 3M8UA 3MC2A 4C0RA 2YJPA 3FJGA 4O3BA 4AB6A 1P99A 4MH5A 4NF8A 4FATA 3Q25A 1SQYA 4F19A 1LCTA 4OETA 3WAFA 2YPNA 2OWSA 3W15C 3VVEA 2NXOA 5DEXB 3K6XA 3O6IA 2Q9TA 4YICA 3IO6A 3C34A 3DELB 5H8QB 4X48A 2H99A 4YB6A 1IXIA 5AA4A 2F6GA 4XKNA 4G68A 4WEDA 3PMVA 1QVSA 1UIUA 3RUMA 2RINA 3PMXA 1DMBA 5HM4B 1B1XA 2Y7IA 2I0CA 3E9XA 2P2AA 2G93A 3PV0E 3MP1A 2I3WA 1MY0A 1AL3A 1HSJA 4KYSA 4FORA 1OLCA 3HHFA 2X7QA 3H6UA 4IY6A 5TP9B 1FQDA 2D5WA 3B6QA 5IKBA 1B32A 2I4CA 5ICQA 4IO6A 3MZ9A 3PPQA 1AH5A 3PPOA 3IB2A 4NF8B 1AMFA 1S50A 1MPBA 3A3CA 2PT1A 2VP1A 4OEVA 5EHMA 3LUYA 2D21A 1LLSA 5I2NA 3V5AA 1EZPA 3FD3A 3ILUB 3BBRA 4LVQA 3M3FA 4DXBA 5AA4B 3B6WA 4G68B 1YTVA 2PBWA 2IEEA 4F3GA 2XXRA 2X26A 3TTRA 3E3KA 2V84A 3TDJA 1Q35A 3UORA 5DVFA 4LQ2A 1QULA 2VHAA 3SKPA 4F22A 4HCWA 3U93A 1I6BA 2A5SA 3V89B 2Q2AA 3IJOB 3S9NC 3Q29A 4XKPA 3KZGA 1B51A 5I2KA 3PU5A 1DOTA 1B58A 1M5EA 2I58A 3T9HB 4BDLA 3ZKKA 4JWXA 1B3FA 1P1QA 3LSXA 4F2OA 5FHNA 2VD2A 5I2NB 4KD5A 5AA2A 2QPQA 4P0GA 1JW1A 4MFIA 1N04A 3TTMA 5F7VA 3DLNA 5KDTA 2F97A 2FNCA 2P1SA 1GTKA 3T22A 3N5LA 3FJ7A 5K2XA 1MPDA 4YKIA 1MQHA 4KR5A 4KYDA 4TOZA 3U8QA 1PEBA 1UQWA 3K1NA 1N3XA 2UYFA 3KN7A 5AA2D 1N0TA 3ODBA 3IK6B 2E1SA 2DWIA 1FQAA 2RF1A 2DXYA 4U21A 5I2KB 4R9GA 4F3BA 1FCKA 3IX1A 5ICTA 2Y84A 3FXUA 2OCUA 2NUVA 4RXLA 2M8CA 4KFQA 1UIVA 1NNFA 2QMWA 5AA2B 4NMYA 1ATGA 3ZSFA 3L6GA 5KDTB 2DS9A 2PYYA 4R74A 3TZAA 4FECA 1OIBA 5I57A 1POY1 2LAOA 2XXUA 1SW4A 5H8SA 4DCXA 4I62A 3UN6A 3EF7A 2O1LA 2QL3A 4LQ5A 1WODA 4G77A 1BKAA 4IGRA 1SYIA 3KN8A 1RYOA 4RA1A 3V83A 4ISUA 5EHSA 3TTLA 1JW5A 3GBAA 5BUUA 3JV9A 3H6WA 1P1WA 3A3UA 4U2RA 4TLLB 5H8NB 4PP0A 2G29A 1SI1A 4F29A 1YPNA 4QRZA 2VD3A 3ZKLA 5B70A 2XXXA 1QKAA 3FATA 1YAEA 1L5TA 4N6PA 3GZGA 3TCHA 2OZZA 1ZMGA 2A5TA 3ZS6A 1B46A 1B6HA 3VLVA 3MVWA 3W9WA 3U92A 2F78A 5I57B 1LSTA 4TQUQ 1D3KA 2O1MA 3TKDA 3OSQA 3TODA 2OJTA 1R6ZA 2QS3A 3M3KA 1JQFA 1YCJA 3JYRA 5CBSA 4FIMA 2QMXA 4H67A 4ZEDA 3G7WA 3K00A 4L17A 1DPEA 1EZ9A 2GH9A 3S4UA 4BLAA 1B5IA 1NNPA 3TMGA 2HXWA 1N76A 5TU0A 1OQHA 5BWJA 3OO8A 1OVBA 4DIGA 2I3VA 4QHQA 1XOCA 4PQJA 4U23A 3SERA 5KZTA 2REGA 4UA8A 3KG2A 3ECRA 3EQ1A 4R2BA 1VSOA 3QAXA 2A5TB 4XXUA 5A5XA 4ZEIA 5JK4A 4OERA 1A8EA 4G68C 1B4HA 3OO6A 2F35A 3RTFB 2HEUA 3CIJA 3G3JA 3IOVA 3O97A 2RCAA 2DYXA 4G2ZA 1B7ZA 3KSXA 3FV1A 3T9XB 3HV1A 3MAMA 3U1OA 3MP8A 3PPRA 4F31B 1A55A 5DYHA 4RK9A 3PUWE 4NF6A 3SEWA 5I56A 3IL1B 3IOTA 2VGQA 3HO7A 4R6YA 1B2HA 2F7CA 1BIYA 5L9MA 4F1YA 4QFPA 4G4PA 2DSFA 4GD5A 3UP9A 1XVYA 2X7PA 4G8MA 1QUKA 2PVUA 4GXSB 1XC1A 4ELQA 1TT1A 3FGSA 3RLFE 2I49A 4RY1A 3H6TA 5JTYA 1LB8A 2OBGA 3TELA 1XHYA 1XT8A 3B7DA 3E4RA 2DWJA 2H25A 3R6UA 5A5XB 1RKMA 4YKPA 2THIA 2HAVA 1FQBA 1LCFA 3O2AA 1A54A 4HS7A 3O28A 3MPKA 4QSCA 1TXFA 4ZE9A 5ELVA 2DOJA 2XX8A 3FVNA 4NF6B 5I56B 2OWTA 1QKBA 1GR2A 2FA7A 3EPEA 2YLNA 4OESA 2F8DA 3QYTA 3MZBA 4MLVA 1FQFA 2Y7WA 3K6VA 3VFJA 4GFRA 1UTBA 1MM6A 2AL4A 3OO9A 2ANJA 2GHBA 5FTHA 5CBRA 2DWAA 5JTYB 2QRYA 1SW2A 1D9VA 3KN3A 3C31A 3IJXB 3CG1A 3QSLA 1Q1KA 2W7YA 5HBCA 4EF1A 2XXVA 4EQ7A 1MG1A 4ZEBA 2H9BA 3RT8A 1Y1ZA 1A99A 3FUZA 1WDNA 2DE2A 4TLMB 3T93B 3G3KA 1NL5A 4WXJA 4K3FA 5EYFA 4JSDA 3PPPA 4O3CA 2HZKA 1TFDA 1QJMA 1Z7NE 4F3PA 1MH4A 4IO5A 4Q8RA 4ELOA 4ESXA 4NEDA 1B7HA 1B3GA 1RYXA 1II5A 2ALUA 4NTLA 3R7XA 1H3DA 1B40A 3R26A 3S9LC 3FVKA 4GQOA 3FIRA 4O3AA 5H8FA 1UTBB 5DVJA 3SETA 4YMBA 3TQLA 4PFUA 3VVFA 3EHUA 3CR9A 2O6AA 4Z7EA 3SEUA 3HSTA 4F1UA 3KEIA 2QSXA 1MY4A 3OSRA 4U22A 4IGTA 4HTGA 5B7DA 1H44A 1MQGA 2ZYKA 5CMBA 1Y3NA 5AA3A 3S9MC 1OVTA 1Y4TA 1AOVA 2D3IA 4QF9A 4ESWA 1LFIA 3RY3A 4F1VA 4GOTA 2B3BA 4BDMA 2ZXTA 2B3FA 5IAIA 1LAHE 4H8IA 2CMOA 4H1XA 3HN0A 2XXTA 3C36A 4GVOA 1N7XA 4NWDA 1B3EA 2F5XA 2V3QA 4ZZAA 3VDFA 4H65A 1TFAA 5H8FB 3TYHA 1Y4CA 3MVZA 4GXAA 1ZU0A 4QSEA 2HFBA 3UA8A 4BDNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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