4GYEA

Mdr 769 hiv-1 protease in complex with reduced p1f
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Ligand modifications to reduce the relative resistance of multi-drug resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2012-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gyeA00
4Y36A 3LZSA 1IZIA 5P57A 5P4VA 4Y3XA 2P8HA 4J54A 4CPRA 3PSUA 3TOGA 4Y4BA 3IA9A 3HZCA 3FNTA 1D4SA 2G21A 3QRSA 3ECGA 4RYCA 4FM7A 5BWYA 1RV7A 2G20A 5P0BA 3EXOA 3T11A 3O9AA 3UDMA 3LPIA 5P1EA 4LXAA 5I3YA 3EBZA 1IDAA 5HE4A 2AZBA 1ZSFA 5HDUA 5P58A 3WZ7A 4FL8A 1AAQA 3ZKSA 4I12A 1FFIC 1NPAA 3UDKA 3RVIA 3RTNA 5FIVA 2PYMA 5P8HA 5P3IA 3NDUA 3TPLA 1IDBA 3K1WA 5P2ZA 5P12A 3G6ZA 2ZHSA 3BGBA 4YD4A 1Z8CA 2VIYA 2VA5A 2VA6A 5P41A 4DQBA 3HAWA 4Y3FA 4H1EA 1PSAA 2PK5A 3SKGA 5P3GA 1W6IA 3VV8A 3UHLA 5AH8A 3D3TA 1MESA 2ZJJA 3OUDA 2P3CA 5P7FA 5COOA 1K6VA 3VF7A 2ZDZA 2IENA 3APPA 2FGVA 5ISKA 2SAMA 4Y3RA 5P40A 5OZDA 1HVRA 3D1ZA 5P5OA 4OC6A 3BUGA 3KFNA 3PBDA 2OHPA 5P37A 3QI1A 2B42A 4EP3A 4RVJA 5P14A 2AOJA 3VYFA 3I6OA 4EXHA 2PSVA 4OC6B 3OTYA 5P8SA 3CIDA 3DM6A 4BEKA 5P8AA 5OZWA 5P0RA 1U8GA 3URLA 3LIQA 2OHLA 3KDBA 5I3WA 4Y3SA 5P3BA 4D88A 2WKZA 1FQ4A 5CLMA 4R91A 2VNNA 5IE1A 2PYNA 4UPJA 5OYYA 4YCYA 1T7JA 5HDXA 3OUBA 4H3GA 5DQCA 5P5RA 2XYEA 1J71A 2QD6A 5BS4A 2PMAA 4Y44A 4M8XA 5P46A 4YD5A 3KT2A 5SY2A 1W51A 5P4SA 5P18A 3QROA 3TPJA 1GKTA 1WBMA 5P22A 4OBFA 3S7MA 2V0ZC 5KQYA 3EKQA 3CICA 3CKRA 4EJDA 3FNUA 5P6IA 5P16A 1GVWA 5CONA 1PPLE 5OYVA 3GI6A 5OZKA 3HD8A 4QJ6A 5COPA 5OZLA 3VG1A 1LS5A 4H3IA 4Y5LA 3S2OA 3UFNA 2R3TA 5P2KA 5P3AA 1ODYA 4NJUA 3HVGA 1BIMA 2AVSA 3OTSA 7UPJA 4YOBA 2I4VA 5OZNA 2BBBA 1TSQA 1ZAPA 5P1MA 1LF4A 3BXRA 5OYSA 3O9BA 3KT5A 3PLLA 4KE1A 5P7EA 2R9BA 1HEFE 3EM4A 2IRZA 4J17A 3HLOA 3FKTA 4DJYA 5P55A 3KFRA 5OZ4A 4EHCA 3WB4A 4B77A 4J0PA 2AOHA 3NWQA 1HVLA 1SDUA 3NU4A 5P7BA 1EPNE 5P02A 4JPEA 5P8TA 3BHEA 3EL4A 1TQFA 5P3SA 5P50A 4K8SA 5P75A 5EZZA 3KFPA 5P15A 3D91A 4R92A 4DVFA 4I11A 1EAGA 2ZE1A 2BQVA 2OF0A 1W5XA 4QGIA 3INEA 1KJ7A 5P0ZA 5P8GA 5P06A 5P27A 4Q1YA 5P4WA 1SGUA 5JODA 5P0MA 5OYTA 1EPME 5P3CA 2JE4A 3SO9A 5P7MA 4RRNA 3NDTA 5OZ3A 5DR0A 4I1CA 4APRE 3C9XA 5P0HA 2FNSA 5P6MA 3CIBA 3UDRA 1QBTA 1YTGA 5DQ2A 5P3TA 5OZ9A 2I4XA 3B80A 3U7SA 5P0LA 5P65A 5APRE 4GJ7A 1Q9PA 2ER9E 3LPJA 1FMXA 3LPKA 4DJUA 3BVBA 4J5JA 1A8KA 4PEPA 4RCEA 3K5GA 1ZPKA 4FS4A 5P71A 1G0VA 3TTPA 4BELA 5P1FA 3OXVA 5P28A 2AOCA 2ER6E 4EJ8A 4NPUA 1FG8C 5P8PA 4DJXA 5P42A 2QI1A 3IAWA 5P5ZA 2AODA 3KMXA 4YCKA 4QJ2A 5AHBA 4J0VA 2QU3A 5P05A 5P5UA 4B1DA 4K4QA 2R8NA 2A4FA 1MT9A 3SM2A 4TVGA 5P2XA 5P5JA 8HVPA 3D20A 4JPCA 4Y3NA 4AZYA 4YD3A 4DFGA 5P5PA 3EM6A 4Y4EA 5P1PA 1HVCA 1LEEA 4Y5PA 1A94A 3QP0A 4FAFA 2IGXA 2ZJMA 2FDEA 3PI5A 5P6CA 2HC0A 5P4IA 1W6HA 1T6EX 4FRIA 4MC9A 5P6ZA 5OYXA 5OZ1A 3ZPUA 6FIVA 3URJA 1YG9A 2VS2A 3PM4A 2WL0A 4TVHA 1UH8A 5P5FA 3DOXA 1ZBGA 2QD8A 2Q5KA 2NXMA 5P81A 4DQFA 5KQXA 5P47A 3TPRA 4EQJA 2HPEA 3L5DA 4I0JA 5P4KA 5PEPA 1TSUA 3OU1A 5IVRA 3MSJA 5P26A 1C6XA 2JXRA 5P51A 4CP7A 2Z54A 1NSOA 2I4WA 5P5VA 5I3XA 1NPVA 2O4KA 3LNKA 3WB5A 1BDLA 3OU1B 4CPTA 1M0BA 3PLDA 4PPHA 4PYVA 2ZHVA 5P7NA 3WZ6A 3JVYA 2G24A 5P4PA 1K2CA 2WEZA 2NXLA 4U7QA 3UFLA 4DPFA 5P77A 3BXSA 2ANLA 3S8IA 5P0UA 3TL9A 2MIPA 1EEDP 3KA2A 3PI0A 5ENKA 4CPQA 4Z2ZA 4L7JA 3RTMA 2BB9A 5P68A 5P3UA 2IQGA 3BUFA 3A2OA 4M8YA 5P6OA 2QI0A 5P1RA 1D4HA 2ZGAA 3T7XA 3VYEA 3OGPA 1KZKA 1LYBA 1BXOA 1MERA 5OZFA 5P2JA 4F73A 3IVIA 4XXSA 2V12C 5P5CA 5P2AA 2H6SA 5JG1A 5HD0A 5OZMA 1LYBB 1B6LA 2OHMA 3O9LA 2QMDA 4GJ8A 5T4SA 2P3BA 5P25A 1D4YA 1XDHA 2PWRA 3PSYA 4Y4ZA 3T7QA 4DH6A 3FV3A 2J9JA 1FB7A 1MT7A 2QP8A 3MWSA 5P8JA 2P3BB 1UPJA 4Y4AA 3TPPA 1LV1A 5E5JA 2J9JB 5P2RA 3EM3A 1K6TA 1Z1HA 1XE6A 5P8IA 4DJVA 5P3KA 2WF3A 5P79A 1SIVA 3IXJA 3PWMA 5P7YA 2CENA 2WF4A 2AZCA 1A9MA 4JP9A 2RMPA 5P1KA 5P1NA 3VV6A 4RGHA 2FIVA 3LINA 4NJTA 2APRA 2NMZA 3DJKA 5P1YA 4B72A 2PSUA 1FQ7A 4I8WA 4Y5NA 1HWRA 5HCOA 5OZUA 4CPUA 4J1CA 5P7TA 4Y3PA 4D85A 4Q1NA 1RQ9A 3AIDA 3UDNA 1B6MA 5P4YA 4NPTA 1ODWA 5P62A 1HVSA 5OZBA 9HVPA 1QRPE 4Y38A 3ZLQA 1GVUA 1YM4A 3QRMA 5P0PA 4R8YA 2IL2A 3KFSA 1HTFA 4EJLA 5P4TA 5P7VA 3UDYA 2J9KA 4MC1A 1BILA 1YTIA 2BKSA 4Y5BA 2HS1A 3K5CA 2AOEA 2G1NA 3NDXA 3PCWA 1IVPA 3ZKNA 1AJVA 2PWCA 3NYGA 1FFFC 5OZ7A 2HAHA 4LXKA 3EL5A 4DQCA 5P13A 3MSKA 4FRKA 5P82A 5OYRA 1G35A 3FSMA 4DJQA 3OXXA 5P8MA 2G1YA 3NU6A 2WF0A 1K1UA 4I0ZA 3S56A 5P8FA 5P1HA 1EC0A 1HSIA 3DK1A 3UPJA 5P5MA 3INDA 1PSNA 3HDKA 1HOSA 2BPWA 2QU2A 4EPJA 4HLAA 1QS8A 2R38A 5P1DA 1SDVA 5P1XA 1FQ8A 2P3DA 3RU1A 5P5NA 5P0IA 1LF2A 2HS2A 3SQFA 5DGUA 1SBGA 1SH9A 4WY6A 1GNNA 3QVCA 5P72A 4Y3LA 5DQ5A 1GVVA 3ZKXA 4DQEA 4OBDA 3VLBA 3O9GA 3TLHA 4ER4E 3PGIA 3PRSA 1B6JA 4IVSA 5P1QA 5P3DA 5P2UA 2AZ9A 1A30A 1E81E 4APEA 4HE9A 2NXDA 4B1CA 4Y39A 3L58A 5P5WA 5P7XA 2R5QA 3OUDB 1FQ5A 3H0BA 5P6EA 3GGUA 4Y5GA 2F80A 2G94A 3UDJA 4RYGA 3OQFA 5P1IA 4U7VA 1HXWA 4R95A 4Y3GA 3PWRA 4EJKA 4A6BA 5KOQA 2XYFA 5P2YA 5P03A 5P4MA 2ZJIA 4Y5EA 5HDVA 5P8OA 5P36A 3APRE 2RENA 3H5BA 2NNPA 5P85A 5P80A 1FF0C 1C6YA 1BV7A 5P4EA 4AUCA 4B05A 5P2VA 5P6AA 4YCTA 5P3FA 3ZKMA 2WF2A 5P24A 3OWNA 3I7EA 5P1WA 1MTRA 5P6SA 1A8GA 2P3AA 4L7HA 3TKWA 2V11C 3S43A 3U71A 1BAIA 5C9BA 4L6BA 1FKNA 1QDMA 4U8WA 1ER8E 3S43B 4ER1E 2AIDA 4HDFA 4GJDA 3EL0A 6APRE 5P08A 4J1KA 1HRNA 2AVQA 4Y3QA 4GJ6A 5P31A 4FSEA 2PSGA 5P8KA 5OZVA 3JVWA 4FRJA 5P6XA 4FSLA 3UDQA 1APWE 3ZKGA 1YX9A 4FAEA 4DJOA 1E80E 4RCFA 3TOFA 2RKFA 4Y3AA 3OOZA 1SP5A 5P1UA 1GNOA 1YTHA 5P5XA 2PQZA 5P3QA 3O99A 1D4JA 3PMYA 5P2HA 5P4JA 4GZFA 2OHTA 1LYWA 4Y4DA 1HVIA 3O9IA 3B7VA 1LZQA 2IGYA 5P84A 1EC1A 1MIQA 5P8LA 1APTE 1LYWB 1DPJA 2FDPA 1FMUA 5P59A 3LZVA 2PC0A 4H3FA 5P4BA 2V13A 3QIHA 1XN3A 4GJ9A 2V00A 3OHFA 3PJ6A 5DR4A 2AOFA 4Y56A 5P4ZA 3UQPA 1FIVA 5P2MA 3G72A 5P33A 1T7IA 5P8NA 1CMSA 5OZZA 1JLDA 2RSPA 1BDRA 5KR2A 4YBFA 4DUSA 4B0QA 4I0EA 5COKA 5JFPA 5F01A 5P04A 5OZQA 4DQGA 5P1OA 4B1EA 5P49A 5HE7A 2WEAA 4HVPA 2AOGA 1WBKA 3NR6A 2WEDA 3NU5A 1MPPA 1GVTA 3BRAA 2B8LA 2FS4A 2QMFA 5P2GA 5AHAA 5P34A 3VSXA 4F76A 1T7KA 5P87A 3IGBA 5DR8A 2ZJLA 5P29A 3GGXA 4E43A 4J0ZA 4OBHA 2B7FA 4Y35A 1TW7A 3GW5A 5P8DA 2Q64A 3EKPA 2WEBA 5OYZA 1IVQA 4J1EA 1IZDA 1OHRA 5P7CA 2VNMA 5P7KA 1W5VA 3I2LA 3Q5HA 3HBOA 5SZ9A 1FQ6A 4I10A 1AXAA 2P83A 2WHHA 2VKMA 4RZ1A 3SA7A 4KUPA 4MC2A 3QRVA 3PWWA 4XKXA 4LBTA 5P54A 1SMEA 5IVSA 5P30A 5P8BA 4XX4A 3OAGA 2BPZA 2NR6A 2VIZA 3LIXA 4LXMA 2QI3A 5ENMA 5HU0A 3S85A 5P5YA 3M9FA 5P0EA 5P0OA 5B18A 5P52A 4A4QA 5P6RA 3INHA 3OAGB 1EPLE 5P00A 3LZUA 2FXEA 5P6BA 5DPZA 1EBKC 3HVPA 3S53A 3NU3A 2QNPA 3IVHA 1XN2A 5P48A 3K5DA 3TOHA 4NKKA 5P8QA 5P83A 4Y3HA 5EZXA 3CKTA 3OHHA 3PBZA 1META 1RPIA 1T3RA 4OBZA 5HVPA 5P1VA 5OZOA 4I0HA 1OD1A 5P3YA 2B7ZA 5ER2E 5P2IA 5P43A 2ZJKA 3UCBA 1KJ4A 4EWOA 5P2FA 1GNMA 5P4DA 1TCWA 5BRYA 5OZIA 5P35A 2O4PA 1M4HA 5P3OA 3R0WA 5P66A 1NH0A 2FXDA 4ZSRA 2OHSA 2QI7A 2OHUA 3OQKA 3EKYA 4FCOA 5P3NA 1GVXA 3FNSA 4ACUA 3K4VC 5KOSA 5P0KA 5P32A 1ZLFA 1ZP8A 5P4HA 1DMPA 4ZLSA 5ER1E 4J55A 4FE6A 4OBKA 3OY4A 3ZPTA 1AZ5A 2BKTA 3T3CA 3VCMA 3L5BA 4ZEAA 2ZJHA 5OZRA 1APUE 4LP9A 2QZWA 5P7IA 1C70A 2Q55A 3VYDA 2FNTA 1W5WA 2F3KA 2VJ6A 5P1BA 5P2QA 4NJVA 5P3WA 5AH9A 3BUHA 1F7AA 1MRWA 4Y47A 1MSNA 2CEJA 5IVQA 3EMYA 1UH9A 5OZYA 4RVIA 5P4LA 5DR3A 3OXCA 1EBWA 1HPOA 4GMIA 2OHKA 3F9QA 4Y57A 3EL9A 5P7PA 2G1OA 3S7LA 1EC3A 4KE0A 3T7PA 1LYAA 1EPPE 1DP5A 2IS0A 5P5QA 2QCIA 4Y37A 4Y3TA 1SGZA 4YDFA 3O9LB 1FMBA 3D1YA 4Y6MA 2QHCA 3VSWA 3SA3A 3K4VA 3OU3A 1LYAB 2Q11A 3MXEA 2NMYA 4GB2A 1C6ZA 4Z4XA 5P4CA 1G2KA 3CYXA 4KB9A 2I4QA 2Q3KA 4Q1XA 2QMGA 1SIPA 1BWAA 5P7WA 3O9DA 2QK5A 3UQRA 3GGAA 3NUOA 5P6DA 4Y53A 4K4RA 1FLHA 3FX5A 2HM1A 3PVKA 1BBSA 1HPVA 2O4SA 5OZPA 5P5SA 5OZ0A 1KJGA 4ZPFA 3KMYA 3SA6A 1ENTE 2QD7A 3L59A 3ZL7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y36 A;  3LZS A;  1IZI A;  5P57 A;  5P4V A;  4Y3X A;  2P8H A;  4J54 A;  4CPR A;  3PSU A;  3TOG A;  4Y4B A;  3IA9 A;  3HZC A;  3FNT A;  1D4S A;  2G21 A;  3QRS A;  3ECG A;  4RYC A;  4FM7 A;  5BWY A;  1RV7 A;  2G20 A;  5P0B A;  3EXO A;  3T11 A;  3O9A A;  3UDM A;  3LPI A;  5P1E A;  4LXA A;  5I3Y A;  3EBZ A;  1IDA A;  5HE4 A;  2AZB A;  1ZSF A;  5HDU A;  5P58 A;  3WZ7 A;  4FL8 A;  1AAQ A;  3ZKS A;  4I12 A;  1FFI C;  1NPA A;  3UDK A;  3RVI A;  3RTN A;  5FIV A;  2PYM A;  5P8H A;  5P3I A;  3NDU A;  3TPL A;  1IDB A;  3K1W A;  5P2Z A;  5P12 A;  3G6Z A;  2ZHS A;  3BGB A;  4YD4 A;  1Z8C A;  2VIY A;  2VA5 A;  2VA6 A;  5P41 A;  4DQB A;  3HAW A;  4Y3F A;  4H1E A;  1PSA A;  2PK5 A;  3SKG A;  5P3G A;  1W6I A;  3VV8 A;  3UHL A;  5AH8 A;  3D3T A;  1MES A;  2ZJJ A;  3OUD A;  2P3C A;  5P7F A;  5COO A;  1K6V A;  3VF7 A;  2ZDZ A;  2IEN A;  3APP A;  2FGV A;  5ISK A;  2SAM A;  4Y3R A;  5P40 A;  5OZD A;  1HVR A;  3D1Z A;  5P5O A;  4OC6 A;  3BUG A;  3KFN A;  3PBD A;  2OHP A;  5P37 A;  3QI1 A;  2B42 A;  4EP3 A;  4RVJ A;  5P14 A;  2AOJ A;  3VYF A;  3I6O A;  4EXH A;  2PSV A;  4OC6 B;  3OTY A;  5P8S A;  3CID A;  3DM6 A;  4BEK A;  5P8A A;  5OZW A;  5P0R A;  1U8G A;  3URL A;  3LIQ A;  2OHL A;  3KDB A;  5I3W A;  4Y3S A;  5P3B A;  4D88 A;  2WKZ A;  1FQ4 A;  5CLM A;  4R91 A;  2VNN A;  5IE1 A;  2PYN A;  4UPJ A;  5OYY A;  4YCY A;  1T7J A;  5HDX A;  3OUB A;  4H3G A;  5DQC A;  5P5R A;  2XYE A;  1J71 A;  2QD6 A;  5BS4 A;  2PMA A;  4Y44 A;  4M8X A;  5P46 A;  4YD5 A;  3KT2 A;  5SY2 A;  1W51 A;  5P4S A;  5P18 A;  3QRO A;  3TPJ A;  1GKT A;  1WBM A;  5P22 A;  4OBF A;  3S7M A;  2V0Z C;  5KQY A;  3EKQ A;  3CIC A;  3CKR A;  4EJD A;  3FNU A;  5P6I A;  5P16 A;  1GVW A;  5CON A;  1PPL E;  5OYV A;  3GI6 A;  5OZK A;  3HD8 A;  4QJ6 A;  5COP A;  5OZL A;  3VG1 A;  1LS5 A;  4H3I A;  4Y5L A;  3S2O A;  3UFN A;  2R3T A;  5P2K A;  5P3A A;  1ODY A;  4NJU A;  3HVG A;  1BIM A;  2AVS A;  3OTS A;  7UPJ A;  4YOB A;  2I4V A;  5OZN A;  2BBB A;  1TSQ A;  1ZAP A;  5P1M A;  1LF4 A;  3BXR A;  5OYS A;  3O9B A;  3KT5 A;  3PLL A;  4KE1 A;  5P7E A;  2R9B A;  1HEF E;  3EM4 A;  2IRZ A;  4J17 A;  3HLO A;  3FKT A;  4DJY A;  5P55 A;  3KFR A;  5OZ4 A;  4EHC A;  3WB4 A;  4B77 A;  4J0P A;  2AOH A;  3NWQ A;  1HVL A;  1SDU A;  3NU4 A;  5P7B A;  1EPN E;  5P02 A;  4JPE A;  5P8T A;  3BHE A;  3EL4 A;  1TQF A;  5P3S A;  5P50 A;  4K8S A;  5P75 A;  5EZZ A;  3KFP A;  5P15 A;  3D91 A;  4R92 A;  4DVF A;  4I11 A;  1EAG A;  2ZE1 A;  2BQV A;  2OF0 A;  1W5X A;  4QGI A;  3INE A;  1KJ7 A;  5P0Z A;  5P8G A;  5P06 A;  5P27 A;  4Q1Y A;  5P4W A;  1SGU A;  5JOD A;  5P0M A;  5OYT A;  1EPM E;  5P3C A;  2JE4 A;  3SO9 A;  5P7M A;  4RRN A;  3NDT A;  5OZ3 A;  5DR0 A;  4I1C A;  4APR E;  3C9X A;  5P0H A;  2FNS A;  5P6M A;  3CIB A;  3UDR A;  1QBT A;  1YTG A;  5DQ2 A;  5P3T A;  5OZ9 A;  2I4X A;  3B80 A;  3U7S A;  5P0L A;  5P65 A;  5APR E;  4GJ7 A;  1Q9P A;  2ER9 E;  3LPJ A;  1FMX A;  3LPK A;  4DJU A;  3BVB A;  4J5J A;  1A8K A;  4PEP A;  4RCE A;  3K5G A;  1ZPK A;  4FS4 A;  5P71 A;  1G0V A;  3TTP A;  4BEL A;  5P1F A;  3OXV A;  5P28 A;  2AOC A;  2ER6 E;  4EJ8 A;  4NPU A;  1FG8 C;  5P8P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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