4H3JA

Structure of bace bound to 2-fluoro-5-(5-(2-imino-3-methyl-4-oxo-6-phenyloctahydro-1h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl)thiophen-2-yl)benzonitrile
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3jA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3jA02
2BB9A 4GJ7A 1B6LA 4KB9A 5P0FA 1E80E 1G6LA 2BKSA 5P6BA 5P1BA 5E5KA 3SFCA 4XX3A 4OBKA 4RVXA 4RROA 5P0YA 1SIPA 4EXGA 4FAEA 1AXAA 2QZKA 1FG6C 2OHRA 3ZKSA 3B80A 5P0QA 4OBZB 1F7AA 1MSNA 4Y3PA 4AA8A 3QP0A 4NJTA 4R93A 4Y6MA 1CPIA 3OUAA 3AIDA 1T6EX 3EL0A 3EKVA 5HDXA 4L1AA 5P0VA 3RSXA 5P38A 4M8YA 3T3CA 1FB7A 2NTRA 3EL4A 4Y3NA 5OZFA 4Y51A 4Y9WA 1MSMA 3DCRA 1SGUA 3ER5E 5P7BA 5P2MA 2HIZA 5P66A 1YTIA 4L1AB 5OZPA 4XX4A 3TKWA 2Z54A 5KQFA 5P5SA 3NUJA 3G72A 1YG9A 2AOJA 3QRMA 4LC7A 5P8OA 5P5IA 4S1GA 2Q54A 3VYFA 5J25A 1HRNA 3T11A 3OUDA 3NDTA 4EQJA 4NKKA 5P3YA 4DI2A 3R1GB 1RPIA 2G20A 3PGIA 5P20A 3DOXA 4RLDA 1D4KA 1SH9A 5JG1A 2OHNA 2WKZA 5DR4A 3OUDB 2ZJHA 5P2TA 3EKWA 2FDEA 5P29A 5P34A 1SDUA 3Q70A 1ZPKA 5P4IA 1BDQA 4ZLSA 5P22A 5SY2A 1HVLA 2JJJA 5P7MA 5P45A 4Y54A 2QU2A 4PZWA 5COOA 5OZMA 5P2XA 1MRXA 3INDA 5P7NA 1ER8E 3IA9A 5OZ8A 4CPSA 3MXDA 3IXJA 3KN0A 4TRZA 4A6CA 5P4YA 5P15A 1BV9A 4QJ8A 5P10A 4EHCA 5P3TA 5P4TA 4A4QA 2ER6E 5P0TA 3OY4A 3S43A 5P8IA 3KDBA 3UDMA 1PFZA 3K5GA 1E82E 5P8JA 5P7YA 4APRE 2JJIA 5P7OA 2QNPA 3C9XA 3Q4BA 4BFDA 3VG1A 1ODYA 4YCTA 3WZ6A 2V12C 3S43B 3UDQA 2Q55A 3HD8A 3K4VC 1MT8A 5ENKA 3OGPA 4ZSQA 3TPPA 4B00A 5ER2E 2QI4A 2OHUA 2R8NA 5P02A 5P2JA 4Y58A 3K5FA 1EPPE 3EKXA 5P84A 2I4VA 3L5EA 5OZXA 2VJ6A 1EBYA 2QHZA 5HU0A 1TQFA 2G94A 4OBFA 5P4UA 3OXCA 2RMPA 3U71A 4AUCA 1MEUA 4GJ8A 5OZTA 1Z8CA 2IEOA 4PPHA 2AVSA 5P8MA 1SMEA 1BV7A 5OZLA 2ASIA 5P04A 3M9FA 4HVPA 2PSVA 2O4LA 3S2OA 4Y5LA 3GGXA 5P53A 3AUPA 5P4NA 1YT9A 1K1TA 4J0PA 3SM2A 5P6NA 4Q1XA 4K8SA 3KYRA 5P8SA 2ZHSA 4DJUA 5P59A 1AZ5A 4CKUA 1HVHA 3BRAA 5P7DA 1IDBA 3DUYA 4WTUA 5P6SA 3TOFA 5P2ZA 4EWOA 2F3FA 1ODXA 5BRYA 3MSKA 2FXEA 2V16C 5P5OA 5OYQA 5P2UA 4OBGA 2IS0A 5P6MA 1KJGA 4CPQA 3OQ7A 3LZVA 4K9HA 5P1AA 4PHVA 3PRSA 3LPJA 1GVWA 1K6PA 5P14A 2AOGA 3I25A 5P4AA 1BVGA 5P3MA 2XYEA 5P6OA 4X7IA 4YE3A 5P1GA 1YTJA 4RVIA 2B8LA 1K2BA 2R5QA 5OZJA 5DQ2A 5P16A 2I4XA 2IGYA 5P63A 2FNSA 4J5JA 5OZRA 4FRJA 3PBDA 3FSMA 1A94A 1LF2A 3Q5HA 1IZEA 2ZJLA 3TNEA 3LZSA 4L7HA 4Y38A 5P8CA 1SMRA 2QD7A 5P5EA 3KFRA 4QLHA 1BDRA 1BILA 5P62A 4I1CA 1N49A 3L59A 2I0DA 5CONA 5IVTA 4DUSA 5P3HA 4B72A 5P4RA 3SM1A 2P8HA 5P3IA 3SLZA 4J0YA 4Y50A 4K4QA 3QRVA 5P1VA 2F8GA 3EM6A 5P41A 1HVKA 5P7JA 2A4FA 3G6ZA 4EQ0A 2WEBA 5HD0A 5P8VA 3UFNA 5P5HA 5OZ6A 3ZKNA 4RCEA 5P3UA 5IVRA 4N00A 5OZOA 2Q5KA 3LNKA 5OYTA 1LS5A 4Z22A 2I4QA 5ISKA 3QI1A 4J1EA 3IGBA 3TOGA 2I4UA 4AA9A 3VSXA 2FDDA 5P7FA 5HCTA 4B70A 5KOSA 1HPXA 4Q1WA 4B1CA 5P49A 4J1HA 1K2CA 1SDTA 2P3DA 5P58A 5SXNA 2QI3A 5OZHA 2FIVA 1KJFA 4R95A 1A30A 1NH0A 2I4DA 3SA3A 5P2EA 3ZKIA 5P7VA 3EM4A 3IVIA 5P6KA 3D1YA 2F80A 5I3WA 4FRKA 4YHQA 2BQVA 5OZEA 5P08A 5P1MA 3SA5A 1ZJ7A 5P3SA 1BIMA 4ZPFA 3T7XA 1C6XA 5OYYA 5P35A 3NU6A 4FRSA 1D4JA 4MC2A 5OZQA 2G69A 3CKRA 5AGZA 5P8QA 3I2LA 2MIPA 1PPKE 4DJYA 2QZWA 3T7PA 1ZSRA 1MTBA 1QS8A 2F81A 4Y4EA 6APRE 4RCFA 5P6GA 4M8XA 4H3IA 3NU9A 4Y48A 5P4JA 5P8UA 4ZSPA 1OHRA 4I0JA 2QI5A 1A8KA 3SAAA 1DIFA 1E81E 2WHHA 2IKUA 1OD1A 4TRYA 5P2CA 5KQZA 4J1IA 4RGHA 3CKPA 4LXKA 5P0AA 2WF1A 2FDPA 5P3RA 5P77A 1XDHA 5AHBA 4ER2E 3GI0A 1GNOA 5IVSA 4FS4A 3BVAA 2OHSA 4OBJA 1B6JA 3PM4A 3OTSA 1IDAA 1XE5A 3OU1B 3D1XA 2H6TA 5P5RA 2ANLA 1JLDA 1AJXA 3SPKA 4FLGA 3GI6A 1D4IA 5P0HA 4YA8A 5P75A 4MC9A 2ZHRA 3KFNA 3D91A 3DV1A 4Y4GA 3KMXA 5P37A 4CPTA 5COKA 2QD6A 3L5BA 3U7SA 2AVMA 4ZSMA 5P5MA 2B60A 3JVWA 3VV6A 1BDLA 2AODA 2FGUA 2BPVA 1UH8A 1W5WA 2PSGA 5P5BA 5P3QA 3PSYA 1GNNA 2I4WA 1EPLE 1KJHA 1IZHA 2XFKA 5P6WA 3O9LA 2FNTA 5P50A 3OXWA 4U7VA 1E5OE 3L58A 3OGQA 7HVPA 4Y3EA 3PEPA 3FIVA 4HZTA 5P52A 2QI6A 1W5YA 1QRPE 1M43A 5P5CA 3KFPA 2APRA 5P74A 3GGUA 3NDWA 5P44A 3NWXA 4CPWA 5P8LA 2A1EA 4I8ZA 3UQWA 1HEGE 5I70A 2Z4OA 3QAAA 2QI1A 1ENTE 5DR8A 2VIJA 3BUFA 4Z50A 5OZNA 3PI5A 5P1UA 5P6TA 2FGVA 2ZDZA 4EXHA 2HM1A 2P3AA 5F00A 5AHCA 3CYXA 5P3CA 3UQUA 4Y3JA 5P12A 4U7QA 5P57A 3VF5A 2QZLA 5SZ9A 2Q3KA 1BWAA 3HBOA 3TL9A 4J0VA 2ZHUA 5P4SA 5P0NA 5HCOA 4YBFA 5P05A 2RKGA 2RENA 3INHA 1EPNE 3VYDA 5P87A 2WF0A 5OZYA 2OHPA 3R4BA 4K4RA 2QD8A 4Y4AA 2H6SA 5P0XA 5OZ5A 5P0UA 2O4NA 5P3KA 3RTNA 5P8EA 2PYMA 3UPJA 4I0HA 1HOSA 4ZIPA 4DQEA 2XFIA 1ODWA 1ME6A 4Y3ZA 1HPSA 1FF0C 5P0EA 5C9DA 4EYRA 4Y5MA 3PMUA 2AIDA 2VS2A 4Y3YA 1MUIA 2NXMA 4IVTA 4XKXA 3LHGA 4Y4ZA 3ZKQA 2Q15A 2R38A 3QBHA 5P1DA 1MT9A 4PZXA 4Y47A 5P2DA 2NMYA 1IBQA 5OZ3A 5P64A 5P4DA 2HPEA 2XFJA 3IN4A 5P8RA 3RU1A 1K6TA 1ZLFA 4YOAA 4GIDA 2WEDA 3QBFA 1FMUA 1LYBB 1DP5A 2FS4A 2Q11A 1APUE 5AH6A 5OZ1A 3PVKA 3VSWA 5P2BA 5P2KA 1HXBA 2G22A 4Y44A 1BXOA 5P81A 5P7RA 3BC4A 3SA8A 4CPXA 4F74A 3OQAA 3OHHA 4FSEA 5HDZA 4QGIA 1HSIA 5P07A 5P5KA 3FKTA 3UDNA 3H0BA 1W50A 3GW5A 3PHVA 4J0ZA 4EJKA 4CMSA 5P4ZA 4YD4A 4HDFA 1B6PA 5ER1E 2BBBA 4Y35A 3OQKA 5P3VA 3HLOA 3ZOVA 4JECA 5P5JA 2FMBA 4L6BA 3BGBA 4QJ7A 5DQ5A 5P2AA 2HB2A 5P40A 4I11A 2AZ9A 5HE5A 1EC2A 1WBMA 2ER9E 5P1YA 3WB4A 1CMSA 4KUPA 5I3VA 5TOLA 5P18A 1HVSA 2WEZA 4Y4TA 2ER0E 2AOFA 4I10A 3KDCA 1XN3A 3VV8A 2SAMA 1DAZC 3DV5A 2F3KA 5OYZA 5P4MA 5UPJA 3ZMGA 2VA6A 2BKTA 3I7EA 4TVHA 2V13A 5P48A 5PEPA 5P28A 5P6YA 1XL2A 1RL8A 5P3GA 1D4HA 5P8TA 1TZSA 3PSGA 5HVPA 1DMPA 5P6JA 3OAGB 2VNNA 5P2NA 1YX9A 1APWE 1EAGA 3S45A 2HB3A 3WZ7A 5OZBA 5P82A 2RSPA 2V10C 3WSJA 5I3XA 4YBIA 1YTGA 3OUBA 3S56A 1FQ4A 4I8WA 4U8WA 5P3NA 2VNMA 2NR6A 4NPTA 1D4SA 2J9JA 4R92A 3RTMA 4H3FA 2HS1A 3ZLQA 2R3TA 2WF3A 3Q6YA 4Y5CA 4JP9A 4YCKA 5P0ZA 1DPJA 5P2FA 2VA5A 4B05A 4Y5NA 2I1AA 4DV9A 4D88A 2J9JB 2OAHA 2V0ZC 3UDRA 3NXNA 3UQPA 5P2SA 4HEGA 4FAFA 1BWBA 5P5TA 2NMZA 4Y39A 2ZHVA 1FGCC 5P6UA 3PCWA 5P70A 5JFUA 4H3JA 4DJXA 5P00A 2R5PA 4GJBA 2UXZA 5P32A 5P60A 1FMBA 5KR8A 3O9FA 2IL2A 5OZ9A 1GKTA 1IVQA 6FIVA 2ZJNA 3OUCA 4B1EA 3SACA 4FE6A 5P3EA 1APVE 4FRIA 5OZUA 2AZ8A 5P5FA 5P65A 2ZYEA 4CP7A 4I12A 1TW7A 2JXRA 3NR6A 3GI4A 3NU4A 3S7MA 1MESA 2AOCA 4KE0A 5P31A 5P4XA 5P86A 5P2LA 5P1KA 2BJUA 1IZIA 2HAHA 4HDBA 3EL5A 3OK9A 5EZXA 4A6BA 5I3YA 2R43A 3CYWA 5IVQA 2AOHA 5OZ7A 1NPVA 2QNQA 4DQFA 5P4QA 3URIA 1XE6A 2QHCA 4EJDA 5P4VA 5DGUA 2QMDA 5P3OA 5P5NA 1GNMA 3UQRA 5P5WA 3BXRA 4PEPA 1SGZA 3GGAA 1TSUA 3L38A 3FX5A 5P54A 1EEDP 4OBDA 3EL9A 5P1NA 3UDJA 5P09A 4GB2A 5P6PA 4TVGA 3SA6A 5P8AA 3KDDA 4Y53A 3OU4B 5IE1A 3OHFA 5P3DA 1MIQA 1YM4A 1KZKA 1C6ZA 3APRE 3BXSA 5P1TA 3QRSA 5DR7A 1EBKC 5KR0A 5OYUA 1K1UA 5P0WA 2HS2A 1CZIE 4EJ8A 3ECGA 2AZBA 4Y3XA 3FNUA 4J17A 5CLMA 3DM6A 1M4HA 4Y37A 4Y4BA 5P2HA 4RVJA 4JPEA 5P6QA 4OC6B 5BWYA 5P30A 5P47A 3LIZA 5P17A 2AOEA 3LPKA 1KJ7A 5KQXA 5P1WA 2CEJA 5P4FA 5P4OA 4BFBA 4DQBA 5P3AA 1F34A 3UDKA 1UH7A 5HE7A 2B42A 4HDPA 4J1KA 2BPWA 5P0OA 2IENA 4YD3A 1HSGA 4Y3HA 1GVTA 5P61A 5P56A 1TCXA 3NDUA 3BHEA 2OHKA 1EBZA 3BUHA 1J71A 4J55A 5OZVA 1OEWA 3PMYA 5DR0A 2R9BA 4APEA 1HTGA 2P3BA 4MC6A 4RRSA 3PWMA 5OYSA 1Z1RA 3Q3TA 1A9MA 5AHAA 1B6MA 3SO9A 1QBSA 5OZAA 2OHTA 4Y56A 5P7UA 4FM7A 3HVGA 1FQ7A 3OXVA 5P88A 5P1QA 4YOBA 5P6VA 4Y4XA 1BAIA 4L7JA 2P3BB 2QHYA 3OU1A 4GJAA 3VFBA 2ZHTA 3EL1A 3URLA 5JFPA 1LYAA 1RNEA 4D83A 1WBKA 3U6AA 1HVIA 1HTEA 3LIVA 5P6LA 1NPAA 1GVUA 3OXXA 4DQHA 5P5XA 2AQUA 1AM5A 3EXOA 3FNTA 2IDWA 1LYAB 3I6OA 3NDXA 2PQZA 3VEUA 4DQCA 3O9EA 5P1XA 1FLHA 3EC0A 1KJ4A 3VF3A 1EC3A 4YD6A 5P5GA 3OOTA 4GJ6A 3WB5A 2PC0A 5P1OA 1ZAPA 4I0EA 5OYRA 2R3WA 1FQ6A 1EPRE 5P8PA 5P0CA 5P0BA 5P7AA 3QROA 5P7KA 5HDUA 3NUOA 1HTFA 5P3ZA 4I0FA 3D3TA 3O9BA 2PK5A 4R5NA 3TTPA 2QNNA 4Y3FA 5P6EA 4PYVA 3N3IA 5P1ZA 1A8GA 3T6IA 3VYEA 5P7GA 1ZTZA 1HIVA 3O9CA 5P6DA 5IS4A 5P1LA 4XXSA 2QMGA 5P8NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BB9 A;  4GJ7 A;  1B6L A;  4KB9 A;  5P0F A;  1E80 E;  1G6L A;  2BKS A;  5P6B A;  5P1B A;  5E5K A;  3SFC A;  4XX3 A;  4OBK A;  4RVX A;  4RRO A;  5P0Y A;  1SIP A;  4EXG A;  4FAE A;  1AXA A;  2QZK A;  1FG6 C;  2OHR A;  3ZKS A;  3B80 A;  5P0Q A;  4OBZ B;  1F7A A;  1MSN A;  4Y3P A;  4AA8 A;  3QP0 A;  4NJT A;  4R93 A;  4Y6M A;  1CPI A;  3OUA A;  3AID A;  1T6E X;  3EL0 A;  3EKV A;  5HDX A;  4L1A A;  5P0V A;  3RSX A;  5P38 A;  4M8Y A;  3T3C A;  1FB7 A;  2NTR A;  3EL4 A;  4Y3N A;  5OZF A;  4Y51 A;  4Y9W A;  1MSM A;  3DCR A;  1SGU A;  3ER5 E;  5P7B A;  5P2M A;  2HIZ A;  5P66 A;  1YTI A;  4L1A B;  5OZP A;  4XX4 A;  3TKW A;  2Z54 A;  5KQF A;  5P5S A;  3NUJ A;  3G72 A;  1YG9 A;  2AOJ A;  3QRM A;  4LC7 A;  5P8O A;  5P5I A;  4S1G A;  2Q54 A;  3VYF A;  5J25 A;  1HRN A;  3T11 A;  3OUD A;  3NDT A;  4EQJ A;  4NKK A;  5P3Y A;  4DI2 A;  3R1G B;  1RPI A;  2G20 A;  3PGI A;  5P20 A;  3DOX A;  4RLD A;  1D4K A;  1SH9 A;  5JG1 A;  2OHN A;  2WKZ A;  5DR4 A;  3OUD B;  2ZJH A;  5P2T A;  3EKW A;  2FDE A;  5P29 A;  5P34 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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