4H5FA

Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine, form 1
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
QSAVEAIKQKGKLVVATSPDYAPFEFQSLVDGKNQVVGADIDMAQAIADELGVKLEILSMSFDNVLTSLQTGKADLAVAGISATDERKEVFDFSIPYYENKISFLVHKADVEKYKDLTSLESANIAAQKGTVPESMVKEQLPKAQLTSLTNMGEAVNELQAGKIDAVHMDEPVALSYAAKNAGLAVATVSLKMKDGDANAVALRKNSDDLKEVVDKVIQKLKDEGTYQSYLEKAASLTEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 1
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter,
total genus 79
structure length 240
sequence length 240
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5fA02
3UN6A 2D3IA 3H6VA 3H4ZA 1GR2A 2PX1A 3JV9A 3BFTA 3CSBA 3C4MA 1XVYA 4GFRA 3HV1A 5CMMA 4GLIA 3MVYA 4GWOA 5EHSA 1MXVA 1P1NA 1AL3A 2O6AA 4F3SA 1DMBA 2A5SA 4U23A 1FTOA 1QJMA 2XXYA 2UVHA 4ZDMA 3QUJA 4Z0IA 1XVXA 3LC8A 4BDNA 3IOVA 4KR5A 2VGQA 1LAFE 4AQ4A 2B3BA 4JWYA 2XD2A 2PYYA 4YKJA 2H98A 1RYXA 4KD5A 2PBWA 1WODA 2Q9TA 4ELOA 3FV2A 3QK6A 3TPAA 3A3UA 2Q88A 1OLAA 1J1NA 1LBCA 3MWBA 1NNFA 3U8QA 2ZNTA 3TTRA 1P1QA 4TLMB 3VFJA 5FTIA 2O68A 2QJEA 1FTMA 1YCJA 2XXPA 3EHSA 2ONKE 1JEVA 3IL1B 3M3LA 2Z8FA 4RJZA 3VVFA 1UQWA 2VOZA 4IO2A 1N3WA 4QFLA 4QFKA 3U72A 4LA9A 5AA1A 3TZAA 3T96B 3H6WA 1HSLA 1XHYA 3LR1A 5ICTA 4RXLA 5AA2B 4DCYA 3IORA 1T0KA 1IXCA 2Z23A 1IIWA 1N84A 5I58B 2V3TA 1Y3QA 1N76A 2O84X 3HPIA 4R75A 4F22A 2F34A 2I4CA 2I58A 2HFBA 1DPPA 3QIMA 4F31B 3PPOA 3IJOB 4DCXA 2QPQA 4I9DA 1AMFA 4MLVA 2NVUB 3LUYA 3W9WA 2QL3A 1H43A 1SI0A 3UIFA 1B46A 1O63A 4H8IA 5BUUA 5ITPA 2H5YA 3K0VA 4FE8A 3V89B 1MXUA 2QMXA 3UK4A 1MY3A 3R6UA 3LBSA 4ONYA 3VLWA 2V3QA 4DXUA 4OYVA 3MZ1A 2Y7WA 4IO6A 4NWDA 3K1NA 3G3JA 1I6QA 3T22A 3I3VA 3V5AA 1BTJA 4YKPA 5JK4A 1MG1A 2THIA 3FXQA 2GFEA 3I5OA 2HZLA 4QRZA 4PFUA 3FVGA 3V83A 5TPAA 4OFLA 4QF9A 4JSOA 4F19A 3FVKA 2I49A 4P11A 1NH7A 3K1MA 3CIJA 2RCBA 4G68C 1Y9UA 2XXHA 2QRYA 3B7DA 3T9HB 4AB6A 1MPCA 3ILTB 1B05A 3RY3A 4GQOA 1UTBA 1R6ZA 4R6HA 4OEUA 4F1UA 3OEKA 4DXBA 1JVYA 3DP8A 4KCDA 1LB9A 4K3FA 3FJGA 1ZLQA 2QS1A 1B5IA 3GBBA 3UGWA 3K6WA 1FTKA 4DLDA 1B9JA 2NUVA 5FHOA 2DSFA 4RNSA 1FQCA 1DSNA 4G8HA 1H44A 4BLAA 3THIA 4NWCA 2V25A 1GV8A 4DXCA 2HCAA 4G2ZA 1JQFA 3D4CA 4OWDA 3TTKA 3K6UA 2X7PA 3B6WA 3UP9A 4HCYA 1PB7A 4OXVA 5CMKA 3C33A 1LSTA 2D21A 1B4HA 1HSEA 5FTHA 5K2YA 1OQHA 2HAVA 3E9XA 1OIBA 1Y4CA 3TDJA 4U4SA 3WAEA 2VD2A 4XXUA 3KSXA 4WKMA 3SEVA 3TKDA 4NF8A 4ZEIA 5J1DA 2R9JA 2Q89A 5FHMA 3HHFA 3SESA 3E3KA 3MVZA 3RTWB 4WXJA 5B7DA 3T66A 3BFUA 4LUBA 1PB9A 3CRBA 5ICQA 3VDFA 4OFOA 4YZZA 5F1QA 1BKAA 3BBRA 4ZE9A 4JDFA 3VVEA 3CVGA 5I56A 1SW5A 4Z7EA 3O97A 4X1DA 3KJ7A 3CG3A 4R6YA 3PMVA 3K6VA 1IEJA 2W7YA 2AYSA 4EXKA 2DXYA 3MZ9A 1EH3A 4RPOA 3KOTA 3G3GA 1MQDA 2OBGA 2VHAA 3ILUB 3OENA 4GOTA 4MLQA 2XXTA 4PP0A 3RN8A 4Q0CA 4XKPA 3PUXE 1D9YA 3W15C 4XKQA 2OK2A 4ZE8A 5TP9A 3C34A 5KCJA 3QYTA 1DPEA 2YJPA 3R26A 4EQ7A 4G4PA 3RNNA 2DWHA 1ANFA 1Y4TA 1B32A 1I69A 1B51A 1SVXB 2H99A 3T93B 4NE4A 1UTBB 3TAJA 2LAOA 2OWSA 5EHMA 1D4NA 4X1BA 2Z22A 5DEXA 2NWJA 3SETA 1PBPA 1LFIA 3JZJA 3ONMA 1JW5A 3N26A 4DE8A 3ODBA 3A3CA 4EXLA 4LZ8A 2XXVA 3PU5A 4GXSB 1JW1A 1LLSA 4IGRA 1SW1A 4BDMA 2ZNUA 4QSEA 5IAIA 4E0WA 2UXAA 1JW4A 2P1SA 1MQJA 2XXWA 4OEVA 2P2AA 5DVIA 4POWA 3FATA 1FQAA 2ZNSA 4OESA 3O29A 3PUZE 1B0LA 2I0CA 3PUVE 4DZ1A 1M5DA 3PV0E 3PPQA 1WVJA 1POTA 3MBPA 3MP1A 2IA4A 4U22A 1B6HA 4AB5A 1ZTYA 3O6IA 4U4XA 1B3LA 2Y84A 4U21A 4HW8A 4NF8B 4LP2B 1LBBA 4JB7A 5TU0A 4FEBA 1QUJA 3CFZA 4XKNA 1US4A 1EU8A 4KYSA 4X48A 2R71A 1MRPA 1Q35A 2OJTA 4LQ5A 4N07A 3USDA 3K1PA 1MM7A 3DP4A 5AA3A 2F6GA 4GVOA 5I56B 1A55A 2UYEA 3U92A 4GXAA 3LSFB 1N7WA 3RLFE 3G3IA 3KG2A 5H8SA 3OO9A 4RA1A 3S2VA 3CG1A 1LAGE 2DVCA 1JETA 4PETA 4F2OA 4YKIA 4NF5A 3FIRA 3W9VA 2DE3A 2UVIA 1TXFA 3EN3A 3IB0A 3C35A 1OVBA 3BKIB 4BDQA 3KN7A 1S50A 5CI5A 4LVQA 4YAHX 3HO7A 5ELVA 3S4UA 3IR1A 3VE1B 4NF6A 4GL0A 3QXMA 1IUDA 4XIGQ 5TP9B 3KZGA 5KCJB 1ZIUA 4ZZEA 3RTFB 4WEDA 3F11A 5ITOA 2UVJA 5DVJA 3TCGA 4OZ9A 3OELA 1P1OA 1Y20A 5DEXB 2RC9A 3UORA 5DVFA 2IEEA 2O1MA 2O7IA 4F18A 1B3EA 4H6DA 4MFIA 4OVJA 1Y3PA 2OLBA 3S9NC 1MXYA 4GL8A 3N5LA 1M5FA 3MAMA 3SEUA 3MP8A 1JEUA 3QSLA 3B6QA 2PMSA 3MJNA 1A8EA 4ESWA 1Z7NE 5H8QA 4YB6A 1ZJLA 2V84A 5AA2D 5JTYA 3VV5A 1QKAA 3A09A 4TLLB 3DM0A 3N94A 2ANJA 3ECRA 4TQUQ 1NNPA 1XT8A 3FUZA 2VD3A 3OSQA 4H0WA 3H7MA 2XX8A 4GF8A 1F9BA 1O7TA 3VXBA 2GRVA 5HPQA 1Y3NA 5DYHA 4XKRA 1R9QA 3FVNA 2OCUA 4QFOA 2GHAA 4JWOA 4OERA 4YB5A 3GZGA 1XC1A 2VP1A 3VXCA 5B70A 3IOWA 3PPNA 2ESNA 3PPPA 4F39A 4PFWA 3KEIA 4PFYA 5I84A 1ATGA 1LB8A 4JSDA 3MVWA 4GRKA 3FXRA 2HEUA 4FORA 1ELJA 1DTZA 2UVGA 5CBRA 4IO4A 2H4IA 4LQ2A 3TUSA 4KQPA 1B58A 4ZZAA 1QUIA 3LSLA 3FXUA 4ELPA 4LATA 4NF5B 1II5A 5H8NA 2XHDA 3O6GA 3SEWA 2ONSA 1RKMA 3DLNA 4M4GA 5I57A 1B1HA 4P0GA 3Q27A 1L5TA 4NF6B 5DTBA 3CI8A 1OQGA 4NEDA 4R6KA 3Q29A 2Y7RA 4F29A 1Y1MA 2PT2A 3OD7A 1B40A 4KHZE 3EQ1A 3GBAA 4I1DA 2QMWA 3Q25A 2WKYA 1IXGA 5K2XA 1OLCA 2FYIA 1LAXA 1SDXA 1OVTA 1P99A 2ZYOA 3MC2A 4G8MA 4I8CA 3OSRA 1VE4A 1MQIA 1MS7A 3K6XA 5IKBA 1P1WA 1MPDA 5AA4A 1H45A 1UTHA 1NH8A 3OXNA 4R2FA 3SEYA 2I3VA 1D3KA 3KFMA 4ZECA 1FCKA 3KBRA 1EZOA 2YLNA 2BJJX 4ELRA 4ZEBA 2Q2AA 4C1UA 5H8QB 3C31A 5HM4B 3GXAA 3K00A 4HCWA 5L9MA 2AIXA 5JTYB 3EPEA 4U1OA 4R9GA 4OTEA 1N04A 3PUWE 2I6EA 4KCCA 3VLVA 1DOTA 1LCFA 5DT6A 5H8HB 4LONB 3K01A 3U93A 3M3KA 3G7WA 3FJMA 2D5WA 2X26A 3K4UA 4FEDA 1NL5A 1B5JA 2NXOA 2ZYMA 3TTLA 3OOAA 2KLFA 4KFQA 1PEBA 5I2NA 1QULA 2XXRA 3IK6B 4EF1A 4FATA 4KPTA 3VLUA 3DP6A 2F35A 4KI0E 4O3AA 4M1VA 4OHNA 3RQTA 3N6TA 4I62A 3DELB 3TODA 4LZ5A 3Q26A 4H1XA 4U1ZA 4H5FA 5H8FA 2Y7KA 4PE5B 5I59B 3EHUA 3TCHA 4C0RA 1TFDA 4O3CA 1EZ9A 4ELQA 1ZMGA 3RT8A 1US5A 2M8CA 2DOJA 1MXZA 2F7BA 5H8NB 4ND9A 1IITA 1B3HA 4Q30B 1IXIA 3ZS6A 3D4GA 3U1OA 4YICA 2HZKA 3CSGA 4ZS9A 5I57B 1A54A 2XXUA 4H67A 4OMBA 1NFTA 2G29A 4U2RA 4QFNA 2Q2CA 3K02A 1LCTA 4IO5A 4YU0A 4THIA 1SW4A 2B65A 2HAUA 3KGCA 3LSWA 1B3FA 4HTGA 4POXA 1GGGA 1MY1A 1B7ZA 2Y7IA 4FECA 4IO7A 4YB7A 3T9VA 2RKMA 5AA4B 3O66A 1UTHB 1MY4A 4EQBA 1RYOA 2F97A 4F3BA 2DYXA 3O6HA 2ABHA 2ZXTA 1EZPA 4N6PA 5BWJA 1MXXA 3CR9A 2RC8A 5CC2A 4R73A 3H03A 4NTLA 3MQ9A 4BDRA 3ZSFA 1GVCA 1NNKA 2I48A 3IAZA 1YAEA 3FVOA 4R72A 4X9TA 1B4ZA 3FD3A 3PPRA 2I4BA 4ESXA 3OEMA 4L17A 2V3UA 3O9PA 3TQLA 3C32A 3QUFA 3TEPA 2OWTA 1B52A 1AH5A 3PMWA 3KJTA 2DS9A 3PMXA 1O64A 1QKBA 3IX1A 4PFTA 4IY5A 5I2KA 2F6PA 4KYEA 1FQEA 4IGTA 5CRYA 2XXIA 4YKKA 2X7QA 4C1TA 5I2NB 4GIZA 3M3FA 1URGA 3SKPA 2F36A 1SQYA 3IOUA 1D9VA 3S9EA 1N3XA 1B1XA 1PB8A 2ZMBA 3H6UA 4RY1A 2RCAA 2Y7PA 3OO6A 2REJA 3G3FA 1SYIA 4YMAA 3CFXA 1BLFA 1OMPA 1FQDA 2XXQA 4H65A 4FIMA 4LZ7A 3TFLA 1JVXA 3ZKKA 5AE4A 4G68A 3OO8A 2QSXA 5L9OA 1TWYA 1ZBMA 4UACA 2XX7A 5H8FB 2GHBA 1I6BA 2AL4A 1R9LA 2F8DA 3G3HA 1N7XA 3KOSA 4N13A 3C36A 1A40A 2DXRA 3EF7A 3H06B 3IB1A 3PUYE 4JWXA 1NNTA 3KN3A 5L8DA 1GTKA 2QS2A 4IO3A 4QSDA 3MW0A 1SI1A 4KYDA 1AIVA 4JBZA 3MP6A 2XX9A 2I3WA 5EYFA 1S9TA 1FW0A 1Y1ZA 1MQHA 1LFHA 3VVDA 2QS3A 2RINA 2B3FA 2NOOA 4FAJA 3IB2A 4ECFA 4JXIA 5CMCA 1AOVA 4F2QA 4ZEDA 4ZEFA 2A5TB 4QFPA 3RT6B 1QVSA 1R1NA 4ISUA 3B6TA 5H8HA 3Q28A 1QUKA 3RPWA 5CBSA 1UIVA 1QW0A 2G93A 4HS7A 3PGFA 4OENA 4BDOA 5F7VA 4FJPA 1MDP1 2F78A 4NF4A 1BIYA 2V93A 5JEIA 1XS5A 1SD3A 3TTMA 3MZBA 2DWJA 1URSA 3P7IA 3IJXB 1IXHA 1USYE 3H3GA 1IZ1A 5A5XA 1PC3A 1FQBA 3T9UA 3E13X 1M5CA 4RYAA 4OETA 2YPNA 3IOTA 1B2HA 2DE4A 1MPBA 1M5EA 1H3DA 2FA7A 3O2AA 5FHNA 5KDTA 1FQFA 3SDFA 4H8JA 5I59A 3TTNA 1USYH 4OQOA 2R6GE 2F5XA 1MDQA 1A99A 2QS4A 2I0BA 3GLBA 3M8UA 5KZTA 5I2KB 4R2BA 2Z8EA 3G3KA 2AL5A 4F3GA 3TYHA 1N0TA 2DP8A 3HN0A 3AXFA 1MY0A 3I6VA 3K2DA 4EUOA 1B5HA 1B7HA 3FGSA 3KN8A 2ZYKA 4RK2A 3FV1A 1A8FA 4G68B 2H25A 1URDA 2RC7A 2O51A 4XTCQ 4ZEKA 1JNFA 3MVXA 4EF2A 4EQ9A 4MF3A 4TOZA 3CFLA 1A7LA 1CE2A 1POY1 1DTGA 3QAXA 1KWHA 2CZLA 1M5BA 2H9BA 4F1YA 2ZYNA 5M2VA 2E1SA 1Z7ME 3FZVA 4RPNA 1VR5A 4O3BA 2XD3A 3EHTA 2DVZA 1WDNA 1PDAA 5ISUA 1Q1KA 3S9MC 3U94A 3WAFA 4EDPA 4DDDA 2PVUA 3PD9A 4GD5A 2UYFA 2DWAA 3MPLA 4QHQA 2ONRA 1SYHA 1MY2A 1CB6A 1I6AA 4F3PA 2ALUA 1NMUA 3JYRA 1NKXA 4MBPA 2RF1A 1MH3A 2E0SA 1P1UA 3L6GA 1LFGA 1S7YA 3FASA 4NF4B 3IO6A 4H5GA 2DE2A 1MXWA 2Q8JA 4P0IA 5CMBA 4Q5TA 3TELA 4DIGA 3T9XB 4BDLA 1LAHE 3MUQA 2REGA 3S9LC 1MM6A 1YTVA 4PQJA 2OZZA 5A5XB 1H76A 4YMBA 1IQ7A 3TCFA 1VSOA 4QSCA 4Q8RA 4IB2A 4R74A 1LGBC 5TPAB 4RK9A 1UIUA 1XOCA 5KDTB 3RUMA 3L6HA 3OO7A 1TFAA 3R7XA 3LSXA 3KSJA 4G77A 1BP5A 2F7CA 1ZU0A 2O1LA 1SBPA 3SERA 2GH9A 1FTLA 1B3GA 4UA8A 4WEPA 3O28A 3HHGA 1HSJA 4F1VA 2P0SA 1B0HA 5AA2A 2PT1A 3IO4A 3E4RA 4MH5A 1VFEA 3ZKLA 1TT1A 1MH4A 5I58A 3PD8A 4G8NA 4NMYA 2F7AA 3HSTA 1ZKBA 3V8XB 4IY6A 4R9FA 1FTJA 3MPKA 1B7UA 2HXWA 2FNCA 3FJ7A 1PBQA 2O7UA 3C9HA 1VFDA 3UA8A 1MQGA 2A5TA 3HCQA 2HQ0A 2O69A 1SW2A 2XXXA 4E0XA 1YPNA 5L9SA 2DWIA 3RGYA 4OFJA 3H6TA 3SEXA 3TQWA 3TMGA 2Z8DA 5HBCA 3N6UA 2CMOA 2DQVA 3OMBA 5LOMA 5CM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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