4H5GA

Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine, form 2
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
QSAVEAIKQKGKLVVATSPDYAPFEFQSLVDGKNQVVGADIDMAQAIADELGVKLEILSMSFDNVLTSLQTGKADLAVAGISATDERKEVFDFSIPYYENKISFLVHKADVEKYKDLTSLESANIAAQKGTVPESMVKEQLPKAQLTSLTNMGEAVNELQAGKIDAVHMDEPVALSYAAKNAGLAVATVSLKMKDGDANAVALRKNSDDLKEVVDKVIQKLKDEGTYQSYLEKAASLTEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 2
rcsb
molecule keywords Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter,
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule tags Transport protein
total genus 84
structure length 240
sequence length 240
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5gA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5gA02
4KYDA 3TUSA 2O7UA 3EPEA 3BFTA 1MXUA 1Y3PA 3R26A 4G2ZA 2I3WA 3TTMA 2VD3A 4ELRA 3PPRA 3H6WA 4UACA 3G3FA 4GL8A 1Y9UA 4H8JA 1T0KA 5ELVA 1TFAA 3OO8A 1B3EA 5EYFA 1IXIA 1EZOA 4I62A 5I59A 2UXAA 2DQVA 3C4MA 3ODBA 2DXYA 1ATGA 3VXBA 4WXJA 4Q30B 3CFZA 1XVYA 1GV8A 4LZ7A 5AA2A 1URDA 4LZ8A 2REGA 1Y1MA 1SW2A 3IB0A 3T66A 4ND9A 1JEUA 1LBBA 3JZJA 1JETA 4RXLA 5AA4A 5L9OA 5I57A 2Z8DA 4JWOA 3RT6B 1S9TA 1D4NA 3SESA 1BKAA 1B5IA 3W9VA 5TP9A 2I49A 1ELJA 3EQ1A 3RNNA 2O68A 2OZZA 1MM6A 1N76A 5I58A 2FA7A 3T93B 1IITA 3VV5A 4TLMB 5BWJA 3PPQA 2R9JA 3T22A 3WAFA 1HSEA 4QFPA 1ZTYA 3O66A 2RC9A 1PEBA 2QS3A 5ITPA 4QFOA 3KN8A 2NOOA 4YB5A 1DTZA 2ZXTA 1A7LA 3ZKLA 2GHBA 4GRKA 3UIFA 3U1OA 1B40A 1O64A 5BUUA 4RK2A 1MG1A 5H8QA 4NMYA 5ISUA 4O3CA 4NF6B 4I1DA 2F7CA 2Q2CA 4MF3A 1EZ9A 5AA2D 3FZVA 1NNFA 2Z23A 2PVUA 4XKPA 3OENA 3O29A 5I59B 1LFGA 2UVJA 4PP0A 2RCAA 3PD8A 4YKJA 4PFYA 2BJJX 1BTJA 1MPCA 2V93A 4EQBA 3I5OA 5DTBA 2HAUA 1Y3NA 1B3HA 3KFMA 4JDFA 2PYYA 4GLIA 4G68B 2AIXA 3A09A 4EXLA 3K1PA 1OVBA 2HQ0A 3K1MA 5CRYA 2DWJA 3TQWA 1EZPA 1US5A 1VFDA 5TU0A 5ITOA 2DOJA 3KSJA 1LFHA 5I57B 3UA8A 4H5FA 2XD2A 4U4SA 4U23A 3EHUA 3M8UA 3QYTA 4OERA 3KJ7A 3SEUA 4OTEA 4KYSA 3P7IA 4ZEDA 5I58B 4U1OA 1CE2A 4M4GA 3FXRA 4R2FA 1Z7NE 3RGYA 2Y7RA 3PV0E 4K3FA 3QK6A 4G77A 4TLLB 1VE4A 2H5YA 3IAZA 1UIUA 4IO2A 3TYHA 3OSQA 3O6IA 4GXSB 1P1UA 4GFRA 4OVJA 1LAFE 1SYIA 4F39A 1VR5A 3TELA 3DP8A 3FVKA 5F1QA 3KOSA 4YKPA 2Y7IA 4R9GA 5H8QB 5FTIA 4PFWA 5H8FB 1SW1A 3TODA 3C9HA 4XXUA 3VVEA 4C0RA 3H7MA 3TQLA 1FQEA 4HCWA 3U93A 2M8CA 2QS4A 4IGTA 3T96B 1M5BA 3VVDA 1YCJA 1Q35A 2F6PA 1B6HA 1I6BA 4YZZA 4EF2A 2IEEA 1B1HA 4E0WA 2H4IA 1FQCA 5CMMA 4FJPA 4ZZEA 3N5LA 3HV1A 2HFBA 3RLFE 3T9XB 4F22A 5CM6A 4F2OA 1S7YA 2DVZA 2XXIA 4FEBA 2QMXA 4MH5A 4QFLA 1IZ1A 1LBCA 1EH3A 1R6ZA 1SDXA 1N04A 1USYH 4FAJA 1ANFA 3CR9A 3H06B 3PGFA 5JEIA 4PETA 3F11A 4KHZE 1N7XA 1M5FA 4YKKA 4HCYA 4H5GA 2QS1A 2KLFA 2UYEA 1A8EA 3E9XA 1H3DA 4LATA 3K0VA 3PUYE 2DWHA 1LCFA 2PT2A 1B52A 2OK2A 3EN3A 4NF8A 4ELOA 1SI1A 2NVUB 4PE5B 4LVQA 4IO5A 3KBRA 3C34A 5CMBA 3K1NA 1MY2A 1MXZA 5I2KB 1QUJA 3H3GA 3GBBA 2DE4A 3MZBA 4ZEBA 4E0XA 2OWTA 3S4UA 2W7YA 5CBRA 1Y3QA 4LQ2A 1DSNA 3V5AA 4YMBA 3PMWA 3H6VA 1HSJA 4ESWA 1MH3A 2HEUA 4NF5B 3IO6A 1US4A 2H98A 3O6HA 5CI5A 3TFLA 4FATA 1GR2A 2FYIA 2DXRA 3T9VA 1AMFA 1ZU0A 3HCQA 4FIMA 3A3CA 1P99A 2O6AA 4X1DA 2ALUA 3UN6A 2O84X 1A40A 3LUYA 5I84A 2I6EA 3SERA 3FV2A 1B5HA 2I3VA 3ZSFA 3RTWB 2RCBA 1B3LA 3LR1A 4H8IA 1LGBC 3TEPA 4DDDA 1IEJA 3CFLA 1GTKA 5HM4B 2V3UA 2Q9TA 1I6AA 3TDJA 4Z7EA 5FHNA 2Q88A 4R6YA 1NFTA 1RYOA 2ZNTA 4I9DA 3PPPA 4F29A 3VFJA 3I6VA 2B3BA 3VLWA 3SETA 2DE3A 3QUFA 2YPNA 3K00A 4WKMA 2Y7KA 3OXNA 3SDFA 5H8HB 3FGSA 1N3WA 3U92A 2I4BA 3VDFA 4RYAA 3BFUA 4N13A 2YJPA 3GLBA 3C35A 4OXVA 3TTKA 1M5DA 3MVWA 5CMKA 3TAJA 3K4UA 3FXQA 1MRPA 4IO6A 5IAIA 4OYVA 5DVJA 4OETA 1LB8A 4L17A 5KCJA 1B7ZA 3IX1A 3IOWA 1NKXA 4DXCA 1Y4TA 4QFKA 1MY1A 4IO7A 3G3JA 2F7BA 2CMOA 3MPLA 1N0TA 3CG3A 1YTVA 1SW5A 4U1ZA 2DSFA 1NNPA 4H1XA 1B05A 4QSCA 5H8NB 1D3KA 4YMAA 3S9NC 4OWDA 3QSLA 1L5TA 2NXOA 1I6QA 4M1VA 4POXA 2A5TA 3H6TA 2RC7A 4OMBA 4F31B 3VXCA 4Q5TA 2D5WA 2HCAA 3SKPA 5AA1A 3RTFB 1WVJA 3AXFA 2ZYMA 1OVTA 1I69A 2XXQA 4H6DA 3HO7A 2F78A 4BLAA 4JBZA 3B6QA 1MY0A 5B7DA 1EU8A 4F3BA 2XX7A 4HS7A 1MDP1 2RF1A 3LSLA 5L9SA 4JSDA 1N7WA 2DE2A 3FJ7A 4IB2A 1QUIA 3LSWA 1TXFA 2Z8FA 4H0WA 3UK4A 2XD3A 5L9MA 4U2RA 1MY4A 3KN3A 1IXCA 4X48A 1LAGE 1IIWA 4AQ4A 3QXMA 1IXGA 5A5XA 2Q8JA 2V25A 3G3HA 4XIGQ 5H8SA 3HHGA 2VHAA 4G68C 1A99A 1Z7ME 5K2XA 1XVXA 2D3IA 4Z0IA 1DMBA 3R7XA 3IJOB 3LSFB 3WAEA 4GOTA 1YAEA 3FVNA 3N94A 2I0CA 3U8QA 1UTBA 3O6GA 4G8MA 1QW0A 3FXUA 3PMXA 4OFJA 3VLVA 3IORA 1MY3A 3LC8A 5KCJB 4U22A 4R75A 2UVGA 5AA2B 3N26A 1Y1ZA 2X7PA 2UVIA 1M5EA 2HZKA 1O63A 3O9PA 3IOVA 1QKAA 5AA4B 5CC2A 2F6GA 3EHSA 4EQ7A 3L6GA 3SEVA 3B7DA 4JSOA 3QIMA 2A5TB 5TP9B 4KQPA 1FW0A 2GRVA 4RY1A 5FHOA 4QSEA 3H4ZA 3DELB 1D9YA 4F1YA 4ZZAA 1B0HA 2WKYA 4OEVA 1OQHA 1TWYA 1NH8A 1LAXA 1SYHA 3MZ1A 4NWCA 5FTHA 1QKBA 4PFTA 1AOVA 1SI0A 5KZTA 2ANJA 1LB9A 3O97A 2OBGA 3M3KA 2O1MA 4TOZA 3VVFA 4BDLA 5A5XB 4OZ9A 1RYXA 4KCCA 1FTLA 1POTA 3IOUA 3EHTA 1NNTA 3S9MC 4FECA 4KYEA 1PBPA 1UIVA 1JW4A 3GXAA 5B70A 2ONSA 2O7IA 4POWA 1JQFA 2OJTA 2XXPA 5JK4A 1ZMGA 1S50A 1UTBB 4GF8A 4OHNA 3TZAA 1MXWA 1ZBMA 2XHDA 1SBPA 2AL5A 1D9VA 2F8DA 2GHAA 5M2VA 4IY5A 1SQYA 1FTMA 2PMSA 4EXKA 2A5SA 4Q8RA 2UVHA 4MBPA 1KWHA 3TTNA 4QSDA 3CIJA 4WEDA 1NMUA 3G3GA 2XX9A 4F1UA 3D4GA 3MAMA 3PPOA 2LAOA 4AB6A 3W15C 1LLSA 4NEDA 5JTYA 2OLBA 3BBRA 1PB8A 4F3SA 2XXHA 3OO9A 2ESNA 3VE1B 1B1XA 4C1UA 1MDQA 4BDNA 2VOZA 4F3PA 3K6XA 3CSBA 5EHSA 4XKNA 1UTHA 2VD2A 1Y20A 3KGCA 4RA1A 2QS2A 1FCKA 1HSLA 2F36A 1B7HA 3FV1A 3PUWE 3QAXA 5FHMA 5I2NA 3OOAA 3K01A 1MQHA 1SVXB 1XHYA 3Q25A 4JWXA 4HTGA 2DS9A 4EDPA 2O1LA 2H25A 3TKDA 3RUMA 2QMWA 4R9FA 2D21A 3HSTA 3R6UA 3OELA 1MXYA 4KI0E 2XX8A 4DLDA 5ICQA 1XS5A 3B6TA 4YICA 5TPAA 2QSXA 1PBQA 4IGRA 1JVXA 1URSA 3KSXA 2ZYOA 3CI8A 3JYRA 4ZEIA 4TQUQ 2G93A 4ZDMA 4ZEFA 3U94A 3CFXA 3IO4A 2QJEA 2X26A 4FEDA 1OLCA 4H67A 3MW0A 1J1NA 3MP6A 2V3QA 4KR5A 3MC2A 4MLVA 4R2BA 2QL3A 3N6UA 3L6HA 4AB5A 3RN8A 3RY3A 4GVOA 3LBSA 1FTOA 3OO7A 2B3FA 4DCYA 4ZE8A 3IOTA 3SEXA 4P0IA 1B51A 2XXUA 4PFUA 1LCTA 1A54A 5DVIA 4KFQA 2RKMA 2NUVA 1WODA 4WEPA 3TCFA 4F2QA 3VLUA 3GBAA 1FTJA 4OFLA 2AL4A 1URGA 2F7AA 4ESXA 2ZMBA 5JTYB 2HAVA 1POY1 1PDAA 4G8NA 4NE4A 1B5JA 3LSXA 1VFEA 3MP8A 4GXAA 4OEUA 3IJXB 3N6TA 4QHQA 4GIZA 5J1DA 3MBPA 3K2DA 1MQJA 1Y4CA 3PUZE 3E13X 5I2NB 4NF8B 2VGQA 2XXTA 4DCXA 4NF6A 1BIYA 3TMGA 3PMVA 3ONMA 3Q28A 3ILTB 2Z22A 2Q2AA 3C31A 2F97A 1IXHA 3OD7A 2ZYKA 4RK9A 1DPPA 1LFIA 1ZJLA 1B9JA 4ZS9A 1P1QA 4DXBA 3OO6A 5DT6A 4IY6A 1FQFA 3MUQA 2XXWA 3G3KA 5TPAB 4NWDA 1R9QA 2ONKE 1AL3A 4IO3A 1PB7A 1AH5A 1MXVA 3PD9A 2XXYA 1IQ7A 4MFIA 1QULA 1GVCA 4G68A 4DZ1A 1NNKA 1NH7A 3A3UA 3FVOA 2P0SA 2VP1A 3FIRA 4ECFA 2G29A 2F5XA 3TCGA 3EF7A 3DP6A 3SEYA 4QRZA 4I8CA 1N3XA 3CG1A 1YPNA 2UYFA 2HXWA 2DVCA 5L8DA 3IL1B 1LSTA 4LA9A 3UGWA 1FQAA 1BP5A 1SD3A 4LQ5A 2ONRA 3FASA 4QFNA 3RPWA 3THIA 4P11A 4QF9A 4P0GA 2DWAA 3FVGA 1MM7A 1UQWA 4XKRA 4DXUA 3OMBA 4PQJA 2H9BA 4LZ5A 2CZLA 3TPAA 4DIGA 2Y7WA 2P2AA 3E3KA 4XTCQ 1R1NA 3CSGA 3SEWA 1GGGA 3UP9A 3IR1A 1B4HA 2DP8A 3K6VA 4ZEKA 4LUBA 2GH9A 4U4XA 4OFOA 4R6HA 5KDTA 2ZNUA 1H44A 2Y7PA 1H45A 2ZNSA 4R73A 3KJTA 5HBCA 2PBWA 4OENA 5H8FA 4G4PA 5EHMA 1OMPA 3FATA 3FD3A 2F35A 3CRBA 4KPTA 4UA8A 3MVZA 3UORA 3IB2A 1B3GA 1JW1A 4RPOA 3D4CA 1H43A 3PPNA 1MXXA 4RJZA 4U21A 4EF1A 2ABHA 1OLAA 1VSOA 1OQGA 3C33A 4IO4A 4RPNA 4EUOA 3ECRA 4OESA 1QJMA 3BKIB 3GZGA 1MQDA 3MZ9A 4YAHX 2O69A 4FE8A 1O7TA 5ICTA 3CVGA 1JW5A 4Q0CA 1RKMA 3MPKA 4N07A 3S2VA 2IA4A 3PUVE 3IK6B 1R9LA 1A8FA 2XXRA 4BDOA 3HPIA 4ISUA 4YB6A 4FORA 3USDA 2OWSA 2B65A 1B46A 4THIA 3M3FA 4GQOA 2O51A 3U72A 3K02A 3Q29A 2Q89A 3RQTA 1DOTA 2REJA 1JEVA 3MP1A 4F18A 4F19A 3FJMA 3DM0A 5AA3A 4JB7A 3TTLA 5I2KA 3C36A 4GWOA 2DYXA 2F34A 4KD5A 4BDRA 3MWBA 2I48A 1M5CA 3RT8A 4O3AA 4RNSA 4G8HA 4GD5A 1QUKA 5I56A 3MJNA 4NTLA 4YU0A 1XC1A 3OSRA 5KDTB 3MQ9A 4NF5A 4LP2B 1B4ZA 3ILUB 3G7WA 1MPDA 3H03A 1FQDA 4OQOA 2PX1A 3T9HB 2GFEA 4R72A 2I58A 2XXXA 3I3VA 1N84A 1B58A 2OCUA 3FUZA 4R74A 4JWYA 1ZKBA 5AE4A 2HZLA 2DWIA 1TFDA 2XXVA 3K6UA 2RINA 4GL0A 2AYSA 5DEXA 2E1SA 3PUXE 3ZKKA 4EQ9A 4NF4A 1FTKA 5HPQA 1ZLQA 2RC8A 3OEKA 3DLNA 2ZYNA 2PT1A 1AIVA 1B0LA 3S9EA 1A55A 3G3IA 4DE8A 1USYE 5DYHA 1FQBA 1ZIUA 1MH4A 2X7QA 2P1SA 3QUJA 1P1WA 1SW4A 1H76A 5K2YA 1B3FA 2H99A 3MVYA 2QRYA 5F7VA 1Q1KA 5H8HA 3TCHA 1IUDA 1MPBA 1MQIA 4ZE9A 3ZS6A 3E4RA 2V84A 1B7UA 2R71A 1MQGA 2THIA 1NL5A 1DPEA 3KZGA 1PB9A 4BDMA 1F9BA 1B2HA 4H65A 4XKQA 4LONB 3S9LC 2YLNA 2QPQA 3M3LA 3TTRA 4ONYA 5I56B 1CB6A 5CMCA 2NWJA 3K6WA 3O28A 4O3BA 1P1OA 4YKIA 3JV9A 4BDQA 3KG2A 3OEMA 1OIBA 2Y84A 4C1TA 4F1VA 4YB7A 3KEIA 5CBSA 3O2AA 1DTGA 1XT8A 1II5A 2FNCA 1XOCA 1WDNA 5H8NA 1LAHE 3B6WA 4MLQA 5IKBA 5DVFA 4ELQA 1JVYA 1PC3A 4HW8A 1JNFA 4X9TA 4JXIA 3T9UA 3H6UA 2Z8EA 2R6GE 3IB1A 3W9WA 4ELPA 3HHFA 1MS7A 3KOTA 1BLFA 5DEXB 4R6KA 3V8XB 4X1BA 4F3GA 3PU5A 3DP4A 4NF4B 4ZECA 1TT1A 3KN7A 4N6PA 5LOMA 3Q27A 3HN0A 3Q26A 2I4CA 4KCDA 3FJGA 2E0SA 1QVSA 1UTHB 3C32A 3V83A 1B32A 3V89B 2V3TA 3MVXA 2I0BA 1P1NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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