4H5GA

Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine, form 2
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
QSAVEAIKQKGKLVVATSPDYAPFEFQSLVDGKNQVVGADIDMAQAIADELGVKLEILSMSFDNVLTSLQTGKADLAVAGISATDERKEVFDFSIPYYENKISFLVHKADVEKYKDLTSLESANIAAQKGTVPESMVKEQLPKAQLTSLTNMGEAVNELQAGKIDAVHMDEPVALSYAAKNAGLAVATVSLKMKDGDANAVALRKNSDDLKEVVDKVIQKLKDEGTYQSYLEKAASLTEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 2
rcsb
molecule keywords Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter,
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 84
structure length 240
sequence length 240
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5gA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5gA02
3V5AA 3PMXA 4Z0IA 1NNKA 2F6PA 5AE4A 3KOSA 3FJ7A 2UVGA 1BTJA 1QKAA 4ONYA 5DVIA 4JBZA 2PYYA 2GHAA 5CI5A 3IOWA 3S4UA 4ZZEA 5ISUA 5L8DA 4Q0CA 4POWA 1MM6A 2F5XA 3KSJA 2QRYA 3O29A 3OD7A 3LSFB 1LFIA 2GHBA 3KGCA 5L9SA 1USYH 3Q29A 3JYRA 1MQDA 1NH7A 5AA3A 3IB2A 4PFTA 1B5HA 1F9BA 4KYDA 3I5OA 1EZ9A 3QYTA 3E9XA 1JW4A 2A5SA 3PMWA 3RQTA 3SEWA 4R2FA 2FA7A 1DTZA 4QSCA 3S9EA 1ATGA 3DP4A 2R9JA 1Y3QA 3IB1A 3PPQA 1DMBA 5F7VA 5H8FA 2Y7PA 3CR9A 4MLVA 1VSOA 3C9HA 2A5TA 1FQFA 4RPOA 4FE8A 5L9MA 5TPAA 3KG2A 1J1NA 5H8QB 3D4GA 3K6VA 4QFPA 2RC8A 4KPTA 1IXHA 3DELB 3TODA 1URGA 5I59A 5KCJB 5DEXA 3TTMA 5K2YA 1QUJA 3LC8A 4ELOA 4U21A 3KN8A 4IY5A 4MF3A 4JWYA 1OQHA 2NXOA 4DCXA 3LBSA 1IQ7A 3N6UA 3T9VA 3T9UA 2DWJA 3IOTA 4P0IA 1USYE 1PB9A 3SEXA 1NNFA 4H65A 4GVOA 2VD2A 3RTWB 4R9FA 2E1SA 4Q8RA 4PFWA 3SEYA 4G68A 1OVTA 2PBWA 3CRBA 4ZEFA 4Q30B 1N76A 4PP0A 1QUIA 3O28A 4G8NA 4WEPA 1SBPA 2DSFA 3HSTA 2Y84A 1FQEA 3IL1B 3TTRA 4ELRA 1EH3A 4OXVA 5JTYA 3U94A 2I49A 1MH3A 4R6KA 2Q9TA 1LLSA 3VVEA 2DP8A 3FVNA 4RK2A 4DE8A 4KYSA 2QMWA 4OFLA 4N13A 1SW1A 3HPIA 4NF5B 4OFJA 1URSA 2I4CA 3TKDA 3GLBA 4EDPA 1MY1A 1MY4A 2P2AA 2O51A 4RY1A 3MVYA 2QS4A 1IIWA 4QSEA 3RPWA 3EQ1A 3LR1A 1IXGA 3K00A 3MPKA 4HW8A 3EHUA 3H7MA 1TWYA 3FUZA 2Y7RA 4EQ9A 4FAJA 4ZEBA 3L6GA 3KZGA 4OTEA 5H8NA 3T66A 3FVOA 4DXUA 1LBBA 2HZKA 4I8CA 3PPNA 3Q27A 4MLQA 1M5DA 2I0CA 3E3KA 3SETA 2ABHA 3MC2A 3GBBA 4XXUA 3TCGA 4R73A 3RTFB 3N26A 3SKPA 1YCJA 5M2VA 4EXLA 1QVSA 1N0TA 2XXPA 1L5TA 2R71A 1Y20A 3G7WA 5I57B 2XXQA 4FJPA 3HN0A 3C31A 3QSLA 2H4IA 3A3CA 2RINA 1ZIUA 2IEEA 2XD2A 1H76A 4IO5A 4PETA 3C4MA 4RPNA 4KCCA 4OYVA 1TFDA 3MZBA 5B7DA 4LONB 2ZNSA 1LCFA 4G8HA 3QK6A 1R9LA 2DXYA 1ZTYA 4PQJA 1S7YA 4FEDA 4EF1A 5JK4A 4R72A 1OQGA 4YAHX 5I84A 2OLBA 2XXXA 4ZECA 1ANFA 2RKMA 4KHZE 4X1BA 1S9TA 4KD5A 2OWTA 1B3HA 3V89B 4LVQA 3PD9A 4F2OA 3MAMA 1NNTA 3CFXA 2QS2A 3MJNA 3R26A 4R9GA 2WKYA 3H3GA 3G3KA 4F2QA 3IOUA 3SERA 3LUYA 4NE4A 3H4ZA 4GD5A 4DLDA 3IOVA 1XT8A 2F6GA 2AIXA 1GTKA 1MXYA 2DYXA 4JDFA 1B3LA 3PUWE 1XOCA 2VHAA 4X9TA 4ELPA 3JV9A 1I6QA 2XXUA 3GBAA 1MDQA 4FIMA 4DXCA 1N3WA 4H8IA 3KN7A 3O2AA 4QF9A 4Q5TA 2RC7A 1PDAA 2PT2A 2XHDA 1AL3A 4AQ4A 2KLFA 4QHQA 3O97A 2RF1A 4OFOA 3B6WA 2I3VA 3VE1B 5CMCA 2Y7IA 1I6AA 1DPPA 3CSBA 4H0WA 4EUOA 4H1XA 3UN6A 3DM0A 3MWBA 4NF4B 4YU0A 4GL0A 3H6UA 1POY1 4BLAA 4LZ8A 2H9BA 3PPOA 1KWHA 3MVWA 1MPCA 3OENA 5EYFA 3QIMA 3EN3A 2LAOA 1D3KA 3KOTA 1H45A 5TU0A 4C1TA 3IJXB 1BLFA 1MM7A 4BDNA 1LBCA 1YAEA 4QSDA 3FASA 1QKBA 1HSJA 2X7PA 2YLNA 4MFIA 1NKXA 3F11A 1O63A 5ITPA 1BKAA 4YB6A 3R6UA 3RUMA 5KDTA 1M5FA 2I4BA 3OSQA 2QSXA 2HEUA 3ILTB 1VE4A 2AL5A 1H44A 3UIFA 1IXCA 5FTHA 2V84A 2ZYOA 1LAXA 3H06B 1FQBA 2XX7A 3S2VA 4THIA 1MH4A 2GH9A 1OLCA 2REGA 4IGTA 3K6UA 3K1PA 2DE4A 1IEJA 3EPEA 5I2NB 4XKRA 4GIZA 3V83A 1I6BA 2UVIA 1A55A 4O3AA 3IX1A 4RXLA 2QL3A 2PMSA 1IXIA 1LCTA 1LB8A 2XXTA 2DWIA 4F22A 2DQVA 3H6TA 3VLVA 5EHSA 4ISUA 3MP6A 4XKNA 1FTJA 2F35A 1B46A 5BWJA 4IO7A 2HQ0A 3ZKLA 4U4XA 2O6AA 2H98A 4U23A 1DPEA 2H25A 2DE2A 2F78A 5B70A 3VV5A 4OWDA 2IA4A 1FTKA 1DTGA 3HHGA 3LSXA 4GFRA 3IJOB 1Q35A 4DDDA 3LSLA 2VP1A 4RA1A 4YKPA 3FATA 1T0KA 4G77A 4KCDA 2O84X 3Q26A 1FW0A 3WAFA 5K2XA 4NF5A 1MDP1 1PBPA 2Q2AA 1OLAA 1OIBA 3CIJA 4LATA 4C1UA 5DVJA 1MY2A 3USDA 4KI0E 2RCAA 1A54A 3IORA 4YICA 3PUYE 2QMXA 1QULA 3ODBA 4JWXA 1AMFA 1TT1A 4H5GA 3IK6B 1TXFA 4F18A 1GR2A 2XXVA 2ZYNA 3C35A 3MP8A 3BBRA 4IGRA 3ONMA 4NMYA 1UTBA 1P1WA 4ZDMA 1N84A 1PBQA 3MVXA 5AA2D 2H5YA 3IAZA 4O3CA 1HSEA 3N5LA 2FYIA 3PPPA 3FV2A 1A8EA 4YKJA 4NF6B 1A99A 4GWOA 1MS7A 5LOMA 1QW0A 4KFQA 2OJTA 1UTHA 3I6VA 1FQAA 3OSRA 4ZS9A 5FHOA 2O68A 3MW0A 3MUQA 3VDFA 1ELJA 4XIGQ 5DT6A 4OETA 1N04A 1B5JA 3T9HB 4FATA 1N3XA 1MXZA 3TELA 1LFGA 2ZYMA 4IO2A 3O9PA 3R7XA 1BIYA 3RT8A 4IO3A 4N07A 1JEVA 1NH8A 4HTGA 4QFOA 3C33A 1JW5A 3FXUA 4GRKA 1B6HA 2ONSA 3OEKA 5CMBA 3IO4A 5ICTA 1Z7NE 2G29A 4KYEA 1EU8A 5H8FB 4HCYA 5EHMA 3MQ9A 4JSDA 2ONKE 3CG1A 4F3BA 5AA1A 2I3WA 3W9WA 2UYFA 1B7ZA 1JETA 1LSTA 1XC1A 3L6HA 3CSGA 1LGBC 3C36A 4TLLB 2I6EA 1PB7A 1IITA 1A40A 4F1YA 1O64A 3T96B 4I9DA 3HCQA 5I59B 1AOVA 1B58A 2F7CA 3O6HA 4YMAA 2Z8EA 4F29A 4NEDA 3UA8A 3DP8A 4U1ZA 2GRVA 1LAGE 4NF4A 3U93A 3MPLA 3RY3A 1JW1A 1P1QA 3UORA 2DVCA 4ZEDA 1CE2A 3C34A 5H8HA 4BDLA 2YPNA 2UYEA 2G93A 2W7YA 1BP5A 3FV1A 3VXCA 3DP6A 4P11A 4RYAA 3S9LC 3S9NC 1MXXA 1B3GA 2V3QA 1Y9UA 4I1DA 1SQYA 1JEUA 2ALUA 4F1VA 1IUDA 2I0BA 3K2DA 1GV8A 3FVGA 1Z7ME 2XXIA 2THIA 3OELA 4OESA 2Q2CA 2XXHA 4BDOA 3ZS6A 4U22A 3B7DA 1M5CA 5I2KB 3UP9A 3WAEA 3PU5A 2HCAA 1UIUA 3IR1A 5CBRA 3FGSA 5A5XB 3SEUA 3CVGA 5BUUA 1ZKBA 1MY3A 3A3UA 1R1NA 2P0SA 4X1DA 3PV0E 4NF8B 2DS9A 1TFAA 4GQOA 1MG1A 5I2NA 1B5IA 3KJTA 1UIVA 1RYOA 2VD3A 2Z8FA 3CFLA 1Y1ZA 4E0XA 2OZZA 3W15C 3HO7A 4U4SA 3K1NA 2AL4A 1LB9A 5FHNA 4TQUQ 4ZZAA 4Z7EA 1GVCA 2XX8A 5H8NB 3I3VA 4XKPA 1ZMGA 2V25A 3KEIA 3TTLA 1RYXA 2F7BA 1B7HA 5AA4B 1A7LA 5CMKA 4U1OA 4O3BA 1FCKA 2B65A 2F36A 4HS7A 1B0LA 1A8FA 1XVYA 4RNSA 4OMBA 4LZ7A 4G8MA 4RK9A 1NL5A 2M8CA 4GXSB 1FTOA 3M8UA 1FTMA 1M5EA 1B3FA 1MY0A 5AA2B 4F39A 1ZJLA 4XTCQ 1II5A 4IB2A 3HV1A 1N7XA 2V3TA 4H67A 3RGYA 3PUZE 1PB8A 3M3FA 4G68C 5H8QA 2NOOA 3C32A 3M3LA 2ESNA 2GFEA 3PD8A 4YKIA 1S50A 1EZPA 4DCYA 4OEVA 1MPBA 4P0GA 1NMUA 2V3UA 2I48A 5KCJA 4NWCA 2D5WA 4EQBA 3MP1A 1B52A 2VOZA 4R6HA 3FXQA 3VLWA 2DXRA 3UGWA 1SW5A 4JWOA 2F8DA 1MXUA 4X48A 4PFUA 1VR5A 3PUXE 1B05A 2FNCA 3TQLA 2O1LA 1P99A 4QFNA 3SESA 4ZE8A 2R6GE 3FJMA 1B40A 3U92A 2DWHA 1HSLA 4YB7A 2RC9A 1NNPA 2HXWA 3ZSFA 4M1VA 1SI1A 3TMGA 2O7UA 1Y3NA 1Y4TA 1EZOA 1URDA 3IO6A 2ONRA 2Y7WA 3U8QA 4NF6A 4JSOA 5DYHA 1H43A 3FJGA 2HAVA 5IAIA 3BFTA 1B0HA 4JXIA 3G3HA 4MBPA 1MQHA 4DIGA 2O69A 4U2RA 3D4CA 4GOTA 3G3JA 4EQ7A 1WDNA 5I56B 1B7UA 3K02A 4PFYA 5KZTA 4E0WA 2QS3A 5IKBA 2DOJA 4WKMA 1P1UA 5TP9B 2DE3A 4UACA 5CMMA 3TTKA 2UVHA 1POTA 1B51A 2O1MA 3KBRA 3PUVE 3ECRA 3K1MA 3MBPA 4ESXA 4H8JA 4H6DA 3A09A 1MPDA 3U1OA 2B3FA 1XS5A 1ZU0A 4ZEKA 3K6WA 5J1DA 2REJA 1B9JA 5KDTB 4TLMB 3P7IA 4LQ2A 4F3GA 3CI8A 1P1NA 2H99A 2RCBA 5I58B 4IO4A 4QRZA 4TOZA 1JVYA 3W9VA 1DOTA 3KN3A 2O7IA 3S9MC 4AB6A 3N6TA 5CM6A 3RN8A 3TUSA 2I58A 4OHNA 3FVKA 3EHTA 3TAJA 1DSNA 1AIVA 2OCUA 3K0VA 5CC2A 4OEUA 1Y3PA 2HZLA 4YZZA 3IB0A 4OZ9A 3G3IA 4FECA 2ZYKA 2QS1A 4C0RA 4F3PA 5I57A 1B4HA 2UVJA 4PE5B 1SVXB 4NWDA 3K01A 5DVFA 1OMPA 4H5FA 4EXKA 1O7TA 3T22A 3PPRA 3QXMA 4IO6A 4F31B 2Q8JA 5ELVA 3RLFE 2B3BA 1FQCA 3N94A 4WEDA 1D9VA 1Y1MA 3GXAA 3OO8A 1B4ZA 3B6TA 2HAUA 3TCHA 5L9OA 5HPQA 2DVZA 1MXWA 1R9QA 2Z23A 5I2KA 1VFDA 1QJMA 1CB6A 2QPQA 1Y4CA 3V8XB 4F1UA 4G4PA 3KFMA 5A5XA 5CRYA 1SW2A 3RNNA 3ILUB 4I62A 1B32A 1WVJA 4NF8A 3OMBA 4YB5A 3O6IA 2A5TB 4R75A 3HHFA 3H03A 2UXAA 1JNFA 4AB5A 4POXA 2HFBA 5TPAB 3GZGA 3H6WA 4ELQA 1UQWA 5JEIA 2QJEA 3TFLA 2DWAA 4F3SA 2CZLA 4HCWA 4EF2A 2OWSA 4MH5A 3CFZA 3E4RA 2Z22A 2PX1A 4ZE9A 1LFHA 5DEXB 2OK2A 4LUBA 2PT1A 4BDMA 3ZKKA 1RKMA 3THIA 5H8SA 1US4A 3EF7A 1UTBB 2YJPA 3MZ9A 4KQPA 1AH5A 1NFTA 2Q89A 3KJ7A 3G3GA 5AA4A 4RJZA 5F1QA 5HBCA 3FIRA 2ZXTA 2Z8DA 3T9XB 3BKIB 1D4NA 1MXVA 2D21A 1B2HA 1WODA 1JVXA 3OOAA 3PGFA 1MQJA 1JQFA 3TEPA 5DTBA 1MRPA 1ZLQA 2ZMBA 4OENA 4GL8A 4R2BA 1GGGA 3QAXA 4G68B 5AA2A 4BDRA 2XD3A 3O66A 2AYSA 1UTHB 1SD3A 4LA9A 3VXBA 5FHMA 4YKKA 4ECFA 4LQ5A 1FQDA 5ITOA 4GF8A 4QFKA 3VLUA 5JTYB 3LSWA 1H3DA 2F34A 2ZNTA 1SI0A 2Y7KA 2ZNUA 1D9YA 1ZBMA 3O6GA 4UA8A 1N7WA 4BDQA 2XXRA 3FXRA 1VFEA 3CG3A 2Q88A 3VVDA 4IY6A 3KSXA 4OQOA 3VFJA 3OO7A 3TZAA 3JZJA 3OO6A 1US5A 3K6XA 1B1XA 1YPNA 3TDJA 3MZ1A 2CMOA 1SYIA 1SDXA 2XX9A 3OXNA 2X26A 1I69A 4M4GA 2OBGA 3Q28A 3FD3A 4FEBA 3UK4A 3AXFA 4F19A 3MVZA 3RT6B 3G3FA 4ESWA 2X7QA 3SDFA 4QFLA 4GLIA 3QUFA 3FZVA 5CBSA 4LP2B 1Q1KA 3Q25A 4R74A 3VVFA 2XXWA 2ANJA 5I56A 2F97A 1B1HA 4ZEIA 5FTIA 1B3EA 1R6ZA 4LZ5A 3TPAA 3TTNA 2E0SA 5H8HB 1XVXA 5HM4B 4N6PA 1OVBA 3EHSA 3B6QA 2P1SA 5TP9A 3OO9A 2NUVA 1SYHA 4KR5A 1LAFE 1FTLA 4L17A 3TYHA 3K4UA 4FORA 4ND9A 4DZ1A 2VGQA 4JB7A 2D3IA 3QUJA 4WXJA 2NVUB 3PMVA 4XKQA 1PEBA 5ICQA 3M3KA 1SW4A 4YMBA 3SEVA 1QUKA 3E13X 4G2ZA 1MQGA 5I58A 1PC3A 2BJJX 1XHYA 4GXAA 3DLNA 1M5BA 3T93B 1YTVA 1P1OA 4NTLA 4DXBA 4K3FA 1LAHE 4R6YA 2XXYA 4OVJA 3H6VA 3BFUA 3OEMA 4OERA 2V93A 1MQIA 2PVUA 3U72A 3TQWA 3TCFA 1IZ1A 2F7AA 2NWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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