4H5GA

Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine, form 2
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
QSAVEAIKQKGKLVVATSPDYAPFEFQSLVDGKNQVVGADIDMAQAIADELGVKLEILSMSFDNVLTSLQTGKADLAVAGISATDERKEVFDFSIPYYENKISFLVHKADVEKYKDLTSLESANIAAQKGTVPESMVKEQLPKAQLTSLTNMGEAVNELQAGKIDAVHMDEPVALSYAAKNAGLAVATVSLKMKDGDANAVALRKNSDDLKEVVDKVIQKLKDEGTYQSYLEKAASLTEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 2
rcsb
molecule keywords Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter,
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 84
structure length 240
sequence length 240
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5gA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5gA02
3PPRA 3H4ZA 3DP8A 1P1QA 2HAUA 3K01A 3C36A 4PETA 1VR5A 3QYTA 1DTZA 2ZNSA 2XX8A 1RYXA 3RT6B 3KGCA 3KN8A 4OERA 2I58A 4BDMA 3CI8A 3T9HB 5JEIA 5KZTA 1II5A 2V25A 1FCKA 3HSTA 5TPAB 3KZGA 1MXVA 4NMYA 5H8NA 1GVCA 1DTGA 3RNNA 4QHQA 2OK2A 3IO4A 4HCYA 2NVUB 1H44A 1AH5A 5I84A 1B51A 1O64A 4NF6A 4EQBA 4MLVA 4PP0A 4ESWA 1QKBA 1SI1A 3OMBA 3FXQA 1KWHA 3TTLA 5H8QB 3C31A 4R6KA 4IO2A 2ZNUA 4LQ2A 3OO7A 3TTNA 2DVCA 3MP6A 4JSDA 1SW5A 2ZNTA 3UK4A 4IY6A 1AL3A 4OHNA 1H76A 4ZZAA 1FQBA 4KCDA 3TTMA 4H1XA 1Y4CA 3QUFA 4G8NA 2QMXA 1B5IA 4IO4A 4TOZA 1Z7NE 3PUZE 1MXWA 1YCJA 4G68C 2R71A 3PV0E 3PD9A 3S9MC 1ZU0A 2X7QA 4X9TA 5EYFA 1MG1A 4L17A 4M4GA 4IO6A 4IGRA 1WODA 3MC2A 3PPPA 3LR1A 4N6PA 1B4HA 4NF5B 5CBRA 2RC7A 2O7UA 1Y3NA 1S7YA 4P11A 1SDXA 4XKNA 2O1MA 2I0CA 3GBBA 1FTOA 1MPCA 3USDA 3V5AA 3LSWA 3KG2A 2HZLA 4MLQA 3O29A 5H8FB 3UP9A 3DP6A 4G68A 4G2ZA 4NF6B 2NXOA 1H3DA 4KR5A 3VE1B 4YMAA 1SYHA 3ONMA 3SDFA 4H5FA 1JQFA 4ZE9A 1YTVA 2G93A 1USYH 1P1OA 4ELRA 1A55A 2F35A 1XT8A 3SEXA 2F8DA 3IB0A 4RXLA 1PEBA 5BWJA 4AB6A 1A54A 2QRYA 3EQ1A 1NMUA 3E4RA 2I49A 2HAVA 4U1ZA 4QSCA 2QS1A 4DXUA 1OVTA 2D5WA 4K3FA 2OCUA 4H65A 2KLFA 5F7VA 4F1YA 4THIA 3G3KA 3TUSA 4GQOA 3PUVE 3RY3A 2AIXA 4P0IA 5LOMA 1Y4TA 3TPAA 3KOSA 1B7UA 3SEYA 4EF2A 3MUQA 3G7WA 1JVXA 5I59B 2QL3A 1MQJA 5AA2A 3OEMA 2ONRA 3IO6A 4ISUA 1MRPA 4WEDA 2V84A 3IJOB 1ZBMA 5JTYB 3QSLA 1SD3A 2VD3A 1HSJA 4U23A 3WAFA 3ZS6A 1PB9A 2VOZA 4GXSB 1UQWA 1Y1ZA 3TCFA 4G8MA 3LSFB 4AQ4A 3E9XA 4WKMA 2X7PA 2XX9A 4DLDA 2RINA 4ESXA 3Q27A 4G68B 3PMXA 3FD3A 2GH9A 4R9GA 3GXAA 3CVGA 2O51A 1B3GA 3IB2A 3O6HA 1I6BA 2DXRA 3RQTA 3PPNA 1FW0A 3MVWA 1FTMA 1QUJA 1US4A 1T0KA 1AOVA 3H03A 1GR2A 1JW1A 3C33A 3C9HA 2E1SA 1R9LA 3RTWB 2F34A 2QS4A 1LGBC 1Y1MA 1QKAA 1JNFA 3IJXB 3SETA 3S9NC 3K02A 2XD2A 3OO9A 4FECA 4POXA 2F6PA 1FQCA 1FTJA 1NH8A 3MZ9A 1N7XA 5I2KA 2V3QA 5AA4B 3ZSFA 4YB7A 2H25A 3K4UA 3DELB 3JYRA 3VVFA 4YKJA 2B65A 4OENA 4MH5A 5IAIA 3CG1A 5AA2B 4WXJA 1URDA 1NFTA 3PUYE 5TU0A 3VVDA 3IK6B 3MP1A 2H98A 2XXYA 1ATGA 2O69A 5CMBA 4PFTA 1HSEA 5CBSA 1BTJA 4F3BA 1Y9UA 4OFJA 4FAJA 3K6WA 3PGFA 3W9WA 2F7CA 1MQIA 4F2QA 4EXKA 1LLSA 2ZYMA 3Q25A 4OTEA 3G3FA 3VDFA 3UA8A 3N26A 3PD8A 3TEPA 3FJGA 5DEXA 4LONB 4QFOA 5I57A 4OWDA 4WEPA 2Y7KA 3FV1A 3PUXE 3O9PA 2ONKE 2AL4A 3K6VA 1N3XA 1EU8A 3ILTB 1LAFE 2LAOA 2ZMBA 1PB8A 2NOOA 1SI0A 4OEVA 1MQHA 4E0XA 4GLIA 1NNTA 1SW2A 2UVJA 3VXCA 1GV8A 3BFUA 4OFLA 2Q88A 1B5HA 5I58B 4LQ5A 5B70A 4Q30B 1R1NA 2DSFA 4ZEBA 1MDQA 2Q2CA 3H6VA 1BIYA 1D9VA 2XHDA 1N04A 4I9DA 2P2AA 1L5TA 3PMVA 4ZZEA 3DP4A 3SEVA 3O2AA 5I2NA 3EHTA 3OSQA 1Q1KA 4N07A 3FZVA 2RCAA 5FHNA 1UTBA 4QFPA 1B3FA 3T9UA 3BFTA 1B9JA 3RT8A 3MVYA 2ESNA 4QFNA 3S2VA 1QUIA 3G3JA 4OQOA 2DQVA 5KCJA 3OEKA 4KI0E 5K2YA 4NEDA 3QAXA 1MY1A 4LA9A 3MWBA 5L9OA 5A5XB 2Z22A 3SEWA 2O1LA 2I4BA 4G4PA 2NUVA 2OWTA 1FQFA 1LFHA 5DEXB 2FNCA 4HS7A 3ILUB 4NF8A 3MPKA 3K6UA 4JWOA 5I57B 4KHZE 4HCWA 3HPIA 3EPEA 3O66A 4GOTA 4YMBA 4IO3A 2AL5A 1MDP1 4O3BA 2XXUA 1P99A 3U92A 1USYE 3OENA 2P1SA 4RPOA 5K2XA 3R6UA 3O97A 1LB9A 1Y20A 1P1UA 2PT1A 4C1UA 2IA4A 1Y3PA 1UIUA 1FQEA 1M5EA 3W9VA 4EF1A 2W7YA 3R7XA 3KJ7A 4POWA 3CRBA 2DWJA 2GHAA 3M3LA 3RPWA 4F29A 3E3KA 5F1QA 1MQGA 3PPOA 3W15C 4KQPA 2Q8JA 5I2NB 4EQ9A 1NKXA 3M3KA 3FVOA 4C1TA 1B3EA 2H9BA 4U22A 2OJTA 4RPNA 5KCJB 4JWYA 3C35A 2XX7A 1IIWA 1Q35A 2IEEA 1ZKBA 4PFUA 2QSXA 4FEDA 4DZ1A 2D21A 2Y7RA 1DSNA 4JBZA 1LCTA 2RKMA 3PPQA 3CG3A 2VGQA 4NF8B 3IR1A 3ZKLA 4FEBA 1NNFA 1TFAA 5H8NB 3K1NA 2HZKA 4LZ5A 4BDOA 2RCBA 5FHOA 2UVGA 4EDPA 1XC1A 1ZTYA 4YB6A 1MY3A 1LAGE 4U21A 1DPEA 1URGA 5DVIA 4KYEA 3K6XA 1B52A 2PBWA 1R9QA 3ODBA 4YKIA 3BKIB 1B3LA 1LBCA 3H6WA 2QS3A 4GL8A 1GTKA 1OQHA 3F11A 3IB1A 2Q89A 1POTA 2FYIA 5DT6A 2F5XA 4H8JA 3H3GA 4YB5A 4KCCA 3IL1B 2PT2A 1P1WA 4RYAA 4F31B 3KBRA 4NTLA 4UA8A 3B6TA 4LUBA 4ELQA 4QF9A 3P7IA 5HBCA 3CIJA 3QUJA 2R6GE 4RY1A 3SKPA 4DDDA 3FUZA 1Y3QA 1IUDA 4FJPA 3UIFA 1IZ1A 4DXCA 1URSA 4QRZA 1PDAA 2Q2AA 1VE4A 1HSLA 3D4CA 5ELVA 3C32A 4PE5B 1A99A 1B58A 5KDTA 5CM6A 3MJNA 3T93B 5DTBA 5ISUA 3DLNA 1M5CA 5AA3A 3CFZA 1QJMA 3N6UA 4EUOA 1MY4A 2B3FA 1QW0A 4BDQA 4XKPA 4I1DA 1ANFA 5EHMA 5BUUA 4JXIA 3G3HA 3WAEA 3A3UA 4NF4A 1LFGA 1I6QA 1EZPA 3U72A 3Q26A 3EN3A 3KFMA 4R72A 2V3UA 4Z7EA 2D3IA 3MVZA 4YU0A 3D4GA 2R9JA 4X1BA 3FXUA 4EXLA 3O28A 3C34A 2I3WA 2UVHA 2F78A 3T9XB 4FATA 2DP8A 4F18A 1LB8A 2ANJA 1IITA 2PX1A 3FVKA 5B7DA 4MBPA 3FVGA 1NL5A 2YJPA 3TFLA 2HCAA 5AA1A 3U8QA 5ICQA 2F36A 3MW0A 1OMPA 4RK9A 1UTHA 1XVYA 3HCQA 4FIMA 4KYDA 1RYOA 3OO6A 1XVXA 3U93A 2O7IA 3TQLA 1RKMA 2Z8EA 3VV5A 1TFDA 2CMOA 4QFLA 4MFIA 2H4IA 3RGYA 1DOTA 5L9SA 1MQDA 2I3VA 2HEUA 1MM7A 3KN3A 1OQGA 3B7DA 4ZDMA 1LAXA 4ELOA 1B32A 1NNKA 2P0SA 3JZJA 4O3CA 1H45A 4OESA 1MM6A 1B5JA 4G77A 1MXXA 5KDTB 1LCFA 5TP9A 1S9TA 4GIZA 4U1OA 3FVNA 3TDJA 1LFIA 2RF1A 5J1DA 1OLAA 3QIMA 4YZZA 1JW5A 2I0BA 5FTHA 4F1UA 2AYSA 4NF4B 3N94A 4ZEKA 4QFKA 4ZEDA 1AMFA 4Q5TA 2B3BA 3GLBA 2HXWA 4R6HA 5DYHA 1VFEA 3H6UA 1S50A 3FJMA 3M3FA 3N6TA 1AIVA 4XKRA 1ZJLA 3TTKA 1F9BA 2BJJX 4PFYA 4BDLA 1UTHB 4KPTA 2ZYNA 2GFEA 3B6WA 3THIA 2XXWA 1B0HA 1J1NA 3MP8A 5I2KB 2DWIA 1QUKA 3QK6A 1IXCA 3VLWA 5L8DA 2HFBA 4H0WA 1B2HA 4OMBA 4ZS9A 2ZXTA 3C4MA 3TQWA 4U2RA 4GL0A 3E13X 1JETA 2ONSA 3AXFA 1LBBA 5CMKA 4DCXA 2X26A 4JWXA 2PVUA 5L9MA 2DE2A 3LSLA 1QULA 4FORA 1TXFA 4IO7A 5TP9B 3PUWE 3MPLA 4U4XA 5H8HA 1IXHA 4NWCA 3V8XB 4F39A 4GWOA 4GFRA 1WDNA 3TZAA 1ZIUA 3K00A 4E0WA 4GXAA 1JW4A 3V83A 4NF5A 1US5A 3QXMA 3HHGA 3LUYA 1H43A 4LATA 1POY1 3RN8A 3UORA 1EZOA 2DS9A 3TKDA 2A5TA 1B7ZA 2H99A 2G29A 2Q9TA 3I5OA 3CSBA 2VHAA 4R74A 4KD5A 3S9EA 3H6TA 5ITOA 3MZ1A 5H8FA 3HHFA 2VD2A 1R6ZA 3EHSA 1Z7ME 4QSEA 4R73A 5M2VA 2XXRA 4ND9A 3K1MA 1FTKA 4C0RA 4HTGA 5FTIA 4IGTA 1TT1A 4OZ9A 2HQ0A 1B1HA 1DMBA 1UTBB 4YAHX 2UYFA 1SVXB 1YAEA 3CSGA 2ZYKA 3BBRA 1A8EA 1B7HA 5H8HB 3OOAA 1XOCA 3T96B 2CZLA 3EHUA 1MPBA 1N84A 4BDRA 1I6AA 1B46A 1OIBA 3GZGA 3KSJA 4GRKA 3IOWA 2A5SA 4GF8A 2WKYA 5CRYA 1UIVA 2Y7WA 4X48A 1BKAA 1JVYA 1TWYA 2I4CA 3IOUA 3A3CA 5I59A 1MY2A 2I48A 4ELPA 2H5YA 1N3WA 1IEJA 1SW4A 3VLUA 1MXUA 4Z0IA 2Z23A 1B3HA 1XHYA 1LSTA 2DWAA 3U94A 5JTYA 2O68A 1MH4A 3TYHA 3R26A 2ABHA 4OEUA 2Z8DA 2A5TB 4ZEFA 1A8FA 3PMWA 3IX1A 2OBGA 2O6AA 4M1VA 1JEVA 4Q8RA 1B1XA 3GBAA 1NH7A 3MZBA 1B6HA 4I8CA 4R2FA 4YKPA 1YPNA 3T66A 5H8SA 4F22A 3A09A 1OLCA 2YLNA 3MQ9A 3L6HA 4UACA 4DCYA 2RC8A 1VFDA 4F3SA 2XXTA 1B4ZA 4H5GA 1B05A 1NNPA 4OFOA 3U1OA 4RJZA 1XS5A 2F7AA 1N0TA 4ZECA 1CE2A 3HV1A 3OO8A 4H8IA 3N5LA 3TAJA 3TMGA 3LSXA 2GRVA 5I56A 3K1PA 4OVJA 3UGWA 5IKBA 4R75A 3M8UA 3K0VA 1A7LA 3CR9A 3FV2A 4OXVA 5ICTA 4U4SA 1M5DA 4XTCQ 5AA4A 2XXXA 3FJ7A 1ELJA 1GGGA 2Y84A 2XXPA 3ZKKA 1MPDA 2RC9A 4GD5A 5DVJA 2XXVA 4RA1A 2DE3A 4KFQA 2I6EA 4BDNA 3MVXA 2UXAA 4H6DA 2F6GA 4XKQA 3TCHA 1PB7A 3IOVA 4G8HA 4HW8A 4GVOA 3KOTA 3RUMA 2O84X 2XXHA 5JK4A 2PMSA 1IQ7A 5DVFA 5EHSA 2OZZA 3V89B 5ITPA 1SQYA 3H7MA 1VSOA 4O3AA 3FIRA 3K2DA 1BLFA 3O6IA 4H67A 3LBSA 3SESA 3IORA 3TTRA 1WVJA 3SERA 2GHBA 4IY5A 4YKKA 1B0LA 1MY0A 3ECRA 2NWJA 2XD3A 3S4UA 3OSRA 1PBQA 3B6QA 4XXUA 1MH3A 2DVZA 1PC3A 3VXBA 4JB7A 5AA2D 3OELA 4R9FA 4F3GA 3VVEA 5I56B 3TELA 4F2OA 2OWSA 2OLBA 3MBPA 4TQUQ 4LZ7A 4EQ7A 5I58A 2DYXA 1D4NA 3PU5A 2ZYOA 1P1NA 3TODA 3IAZA 4LVQA 1D3KA 2DOJA 1OVBA 4AB5A 3KSXA 4YICA 4KYSA 4XIGQ 1PBPA 1B40A 2THIA 5FHMA 5HPQA 1FQDA 3OXNA 2XXQA 4P0GA 2M8CA 3Q29A 2UYEA 4LP2B 4ECFA 4ZE8A 4QSDA 5HM4B 4DXBA 1FQAA 3FASA 1LAHE 2YPNA 3UN6A 4IO5A 4ONYA 3VLVA 1EH3A 3TCGA 2DWHA 3L6GA 5CMMA 3RLFE 3KN7A 3HN0A 2ALUA 3EF7A 2QMWA 4F19A 3S9LC 4IB2A 1CB6A 1QVSA 3FATA 2REGA 5A5XA 4N13A 4PQJA 4F1VA 3CFLA 3CFXA 3I6VA 3HO7A 3RTFB 4DIGA 2Y7PA 4NE4A 1SBPA 2F97A 1DPPA 3IOTA 4I62A 3KEIA 1I69A 1MXYA 3T9VA 1SW1A 2XXIA 5TPAA 2PYYA 4R6YA 1IXGA 2DXYA 5AE4A 2QJEA 3SEUA 3T22A 4F3PA 4Q0CA 1A40A 3DM0A 2V93A 2VP1A 2UVIA 4ZEIA 2DE4A 1ZMGA 3VFJA 4RNSA 4OYVA 5H8QA 4DE8A 3I3VA 2Z8FA 1SYIA 3O6GA 4MF3A 2REJA 3G3GA 3FGSA 1FTLA 4R2BA 4NWDA 4LZ8A 5CI5A 1BP5A 4OETA 3JV9A 2QPQA 3FXRA 4RK2A 1O7TA 1N7WA 4PFWA 1IXIA 3Q28A 4JSOA 1N76A 1O63A 2F7BA 5CMCA 3OD7A 4FE8A 4JDFA 1D9YA 4TLLB 3KJTA 3G3IA 5CC2A 3MAMA 3H06B 2E0SA 4X1DA 4BLAA 1JEUA 3LC8A 2Y7IA 2QS2A 1MS7A 1ZLQA 2V3TA 4TLMB 1MXZA 1EZ9A 2FA7A 1M5BA 1M5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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