4H8YA

Radiation damage study of lysozyme- 0.14 mgy
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Insights into the mechanism of X-ray-induced disulfide-bond cleavage in lysozyme crystals based on EPR, optical absorption and X-ray diffraction studies.
pubmed doi rcsb
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4h8yA00
1DKJA 3P65A 4H93A 4MR1A 4YM8A 2Z18A 1WQMA 3ATNA 3B72A 3WMKA 3GXKA 4NGIA 4NGZA 2D6BA 133LA 2Z12A 1IOSA 3TXIA 4ETAA 3BKHA 5F9UA 2EIZC 1RJCB 3RW8A 4NHSA 1JHLA 4B49A 1GE3A 1JKBA 4NGJA 1GXV2 4WM6A 4HTNA 4WLXA 1F0WA 4D9ZA 3WUAA 3ULRA 2EPEA 3AB6A 1WQRA 2DQHY 4NFVA 8LYZA 5HLLA 1G7LC 1LHHA 2YBIA 4KXIA 2XJWA 1UIHA 3D3DA 1I20A 1W08A 1GAYA 2HTXA 2LYMA 1GFTA 208LA 1JTTL 4CGEA 4ETDA 2YBHA 4HV2A 1OUGA 4EOFA 1LSZA 1CKDA 4PJ2C 1B7SA 1CJ8A 3AZ7A 5FCPA 1BHZA 1LSPA 3AZ6A 5HMJA 5KKJA 1JTPL 2Z38A 1GB8A 1T6VL 1IO5A 1LSBA 1BQLY 4LYMA 2MEIA 1C45A 1IP5A 4J1AA 1LZSA 3TXJA 5I53A 4BAFA 5KY1A 1NMMA 2I6ZA 1ZVYB 1LZ9A 207LA 3EBAB 3LYOA 2ZYCA 4WM2A 1I56A 5F9XA 2BQCA 4ZIXA 1G7IC 1LMAA 2YBJA 4H94A 5KXLA 1VEDA 1B7RA 5HNCA 2D4KA 1OUJA 2VB1A 2X0AA 3LN2A 1BB7A 1D0LA 4Z46A 5KXOA 1XGTC 2Z19A 1IX0A 4NGLA 9LYZA 4M4OA 4OOOA 2PC2A 1HFZA 1LAAA 2BQJA 4N9RA 1FKQA 2DKVA 2I25L 4GCCA 5KJ9A 1LHIA 2ZILA 1DZBX 4TSBA 3B0KA 1LJKA 1IP1A 1CKGA 4U3XB 4C5FA 1KXYA 3P66A 1FDLY 1QUTA 5LINA 4LFXA 1BVKC 4OWCA 3VWOA 3WVXA 1QIOA 3GXRA 2HECA 4IASA 4DD2A 4HPEA 1UIFA 2Z2EA 3AW6A 4WG7A 1HEPA 5DM9A 4I0CA 1AZFA 4HJYA 2Z2FA 1GFRA 4H91A 1LJGA 3ZVQB 1VATA 1IWZA 1NBZC 1HNLA 4H1PA 3FE0A 1LSCA 5B06A 5KXWA 1GFAA 1EQ5A 3D9AC 3A6BY 3F6ZA 1HERA 3BKVA 1YILA 5KXKA 2LYOA 1DQJC 5B1GA 1EQ4A 1GE1A 1LMNA 5KXZA 1GB2A 4G4HA 3FI7A 5KKIA 2HUBA 1IP6A 3EXDA 2Q0MX 2HEEA 1HMLA 4GLVA 5LAGA 4N8ZA 2GV0A 1B5WA 1LZNA 1VDTA 1H87A 5EBHA 1IWWA 4NGYA 1GAZA 1YANA 1DKKA 3B0OA 1LSFA 1SQ2L 4EMNA 1UCOA 3LZTA 1IVMA 2YSSC 4QY9A 1GE0A 4B4EA 5ILCA 4B4IA 1FLWA 1HHLA 1JKDA 1FLUA 1UIAA 5APFA 4WM4A 1AT6A 1GWDA 4LT3A 5LYZA 2C8PA 1GFKA 1UIDA 3TMWA 1BB4A 4L41A 5II3A 1PS5A 1LHMA 1D6PA 1C7PA 1REXA 1WTMA 1AT5A 2D91A 3CSRA 4QDNA 4UWVA 1QQYA 2CWIA 2DQFC 1C10A 2LYZA 1LKRA 3ATOA 4AGAA 1REYA 4ETCA 1MLCE 5K7OA 5I4XA 3P4ZA 4NGOA 5E4PA 4XJDA 1LYZA 2DQIY 3N9EA 3AZ5A 4WO6A 3K3TA 3QY4A 1D0MA 4LT1A 5I4WA 4HPIA 4H8XA 4CFPA 3CSQA 1AKIA 4GN4A 3TMXA 4OWAA 5LVGA 2YDGA 1UC0A 1RFPA 2A7FA 2YBNA 2BQFA 2B5ZA 1B7PA 1RCMA 1F6RA 1W6ZA 5D5CA 4WLTA 2YBLA 1FN5A 1WVUA 3ZEKA 1OUBA 4GN3A 4NHQA 1BVXA 1HELA 2BQLA 3WVYA 4ET8A 1GBXA 4MSTA 5LIOA 3OJPA 5B05A 194LA 4UWNA 2BQBA 4KL7A 135LA 1G7HC 1NBYC 1QDTA 3TXGA 1OP9B 2AUBA 1NF5A 3WPKA 4NHPA 5LYMA 2HEAA 4H9EA 3TMUA 1LJJA 3A94A 1LHKA 2MEHA 1BB6A 1OUDA 2ZIJA 3CB7A 4G49A 5L3IA 3WL2A 1GDXA 4LYTA 3TXBA 1V7SA 3KAMA 1IIZA 1OUAA 2DQDY 1MELL 3A67Y 3T6UA 1SLYA 1BWIA 2BPUA 4PRUA 1GEVA 1GPQC 6LYTA 1FBIX 2NWDX 4CJ2A 3WYHA 1E8LA 1C46A 4WL7A 1T3PA 4RDSA 2HEDA 3HBHA 3AGGG 4O34A 1LSDA 4NGWA 1RE2A 3A93A 5LVHA 3A96A 1NKHA 4XJFA 5HNLA 2F30A 2LZTA 4OWBA 4YEOA 1LJFA 1WQPA 2EQLA 2D4JA 4KT3A 4TUNA 4GCEA 2A7DA 3A90A 1B7QA 1CNSA 1JKCA 3SP3A 2BLYA 1DPWA 4H8ZA 2FYCA 3AW7A 4ET9A 4GCDA 3AGIA 2DBTA 3HBEX 1Z55A 1B7NA 153LA 1LJEA 3A3QA 1HENA 3LHMA 1UUZC 1IWTA 5KXSA 2DQJY 1B5UA 4LT2A 1IY3A 1YQVY 3A6CY 1GBYA 3AJNA 1IP2A 3A34A 4H9HA 1LZYA 4PHIA 5C6JA 3IJVA 1VAUA 1JWRA 4WL6A 1KXWA 3WPJA 1LYYA 4OWEA 1OUHA 5KXTA 3LYMA 4LYZA 1WVVA 3RNXA 3W6FA 5KXXA 1IOCA 4XJIA 2YVBA 4R0FA 3TXDA 1GF6A 3TXFA 2W1YA 4IATA 4RW2A 154LA 2Z39A 1KXXA 5KXMA 4E3UA 1GE2A 3MGWA 1OQMA 4CFOA 1VDQA 5JENB 1PZYA 4DDCA 5M1YA 1UA6Y 1LZ6A 1WQQA 1HMKA 1JITA 4NSGA 3TXHA 1LMTA 2CGIA 1GB0A 1GFUA 3A92A 1P2CC 1XEIA 2Y8PA 1XGRC 2IFFY 4NWHA 4WOAA 5DN4A 5LVJA 1EQEA 1GF4A 1YKZX 2XBSA 1UIEA 5LVIA 4B1AA 4BS7A 4J7VA 5LYTA 1BWJA 3B6LA 3OK0A 5FDJA 1YKXX 1HEOA 7LYZA 1EL1A 3A91A 132LA 2XBRA 1IWYA 4TWSA 1LSGA 4HV1A 3W6BA 3A3RX 4ZEEA 1IY4A 4H9AA 5HQ1A 1YAMA 1IC7Y 1I1ZA 1GBOA 4ZFPA 4HTQA 1LZCA 1LCNA 1UBZA 1YAOA 4XYYA 4YENA 4XADA 1GF9A 4WLYA 1GHLA 5LVKA 2CDSA 5T3FA 5AMYA 3RT5X 5FELA 2I26L 1ZMYL 1LZBA 4A7DA 4W96A 1DI3A 5HMVA 4X3BA 1IR9A 1LMQA 1OUCA 2LHMA 3EMSA 2BQOA 2MEDA 4DC4A 1XEKA 2H5ZA 5DL9A 2W1LA 4TTDA 1YROA 3P64A 4N5RA 1XFPL 3J6KA 1LZRA 4XN6A 4NEBA 4NSJA 3HFMY 4G4BA 1GBZA 1LPIA 3LZ2A 1BWHA 5E9RA 1JUGA 1GF8A 2ZNWY 4CHXA 2MEAA 1B0DA 2MEGA 1N4FA 2FBBA 1JPOA 1JSFA 5FHWA 3W6EA 3WUMA 1LSEA 3W6DA 2ZNXY 4HJZA 5IHGA 5F81A 1V7TA 4LYCA 4DD1A 1IP4A 4BADA 4KPMA 4XENA 1LKSA 1XSFA 4ETBA 1DPXA 1GXXA 2BQNA 1LYOA 3WU7A 5IDDA 1LYSA 4YOPA 3ZVQA 1GFGA 4H92A 5F14A 3TXKA 5ILFA 1LMOA 1TEWA 4NHIA 5KXNA 2IHLA 3W6CA 4ETEA 1DI4A 4XJGA 3CT5A 4ANRA 4DDBA 4QGZA 2MEBA 3WPLA 1GFVA 4G9SA 1BGIA 2G4PA 2F4GA 1D6QA 1JJ1A 3LYTA 3WXTA 1J1XY 1LJHA 3E3DA 4IJ4A 3WXUA 4DT3A 1XGQC 1B2KA 1IWVA 3QE8A 1JEFA 3CSZA 1LZ8A 4YEMA 4RLNA 1FLYA 1OUIA 4RLMA 4H9CA 2BQIA 4WMGA 1C08C 3IJUA 1IWUA 1LZ4A 1DXJA 2WARA 1CJ7A 4TSCA 4WG1A 5FSTA 1JJ0A 4GLAA 1UIBA 5I5QA 2LZ2A 3EO5A 1REZA 1YAQA 2CJLA 4HSFA 1C43A 1HEWA 1WQOA 3CT1A 1IR8A 1GF7A 1VDSA 1XGUC 3WULA 2HEBA 2MEFA 4WLDA 5B07A 4H90A 1KIPC 5L9JA 1DI5A 3M3UA 4HP0A 1JSEA 2D4IA 1G7MC 4NY5A 1ZV5L 4XJBA 1B7MA 1B5VA 1CJ6A 1F10A 1LSMA 1QTEA 1UIGA 3M18B 1HEQA 4H8YA 4LYOA 5DLAA 4M6DA 2F4AA 1HF4A 1LHJA 1A2YC 4N1CC 5APEA 1B5XA 4NHTA 5J7CA 3N9AA 1LOZA 4C3WA 1UICA 4NWEA 4PPOA 1FLQA 1G7JC 2BQGA 2BQHA 4TX7A 2H9KA 2DQGY 5APCA 1CKFA 1GF3A 1IR7A 2BAAA 1IOTA 2BQDA 2ZQ4A 2MEEA 3WU9A 1VFBC 1NQIA 1IC4Y 1LTMA 1B9OA 4PRQA 6LYZA 1HEMA 1QDRA 5I4YA 1WQNA 5KXYA 3RU5A 3AGHA 1LJIA 1LZ5A 4NG1A 4LT0A 1IOQA 1LZEA 1HSXA 2DQCY 2ZWBA 4R6CA 4DDAA 4J0LA 1WTNA 3WU8A 1UACY 1IP3A 3AYQA 3IWRA 3A8ZA 1GEZA 4H9FA 5IELA 2FBDA 2MECA 2DQAA 1H6MA 1O23A 4BAPA 1QTKA 1KIQC 2YBMA 4DD0A 1IORA 1GFHA 3W6AA 1OUFA 4XJHA 1BB3A 1CJ9A 2C8OA 1HSWA 1LZDA 4LZTA 5C6LA 1IEEA 1XEJA 1QSAA 2W1XA 4NGVA 3WUNA 3RZ4A 1GB7A 4B4JA 4PGJB 1QSWA 4DWXA 1D0KA 1GBSA 1OUEA 4N1EI 4DD7A 5A3ZA 2BQMA 2BQEA 1HC0A 1LZAA 2BQAA 3J4GA 4GN5C 5I54A 5KXRA 1GE4A 1TCYA 1TAYA 1NDGC 3WW5A 3A95A 1IC5Y 4NSIA 1GB6A 4FDYA 4NG8A 4Z3MA 4UWUA 1GBWA 1JTOL 1IP7A 1KIRC 2BLXA 1JISA 4I8SA 1NHEA 5LA5A 1LZTA 4J1BA 1FKVA 4H9BA 1D9UA 2ZQ3A 2RSCA 5KXPA 4WO9A 1JKAA 3G3BB 4MCKA 5C6IA 1J1PY 3CQLA 1LSYA 2XTHA 2HU3A 2G4NA 3B0IA 4AXTA 1GB3A 1TBYA 3T36A 4NGKA 2HU1A 4QEQA 1GF5A 1ZVHL 3N9CA 1XGPC 1YL0X 3CT0A 1BB5A 5FEKA 2H9JA 4WM3A 1CKCA 5F16A 1B7OA 1LZ1A 2DQEY 4LGKA 1ALCA 3P68A 4OOTA 1LMCA 1GB9A 4P2EA 4Z98A 3WH1A 1GFEA 1LMPA 1NDMC 1QUSA 1LSAA 4NSHA 1INUA 4OWHA 1GF0A 1B5YA 1IWXA 5L3HA 4ML7A 1YIKA 1JJ3A 4HTKA 5D5FA 4DD9A 1B7LA 3AZ4A 1HFYA 1VDPA 1LHLA 1YAPA 2HEFA 1LJNA 1F6SA 4YF2A 1LJ3A 1GD6A 4GCBA 4B0DA 4NIJA 2F2NA 4Z41A 4WM5A 5LAFA 1GB5A 4H9IA 3LYZA 4RW1A 4N0JA 3W3EA 1YKYX 4W94A 1HFXA 1A4VA 2BQKA 2W1MA 1GDWA 1GFJA 4II8A 3TMVA 5B1FA 1REMA 1TDYA 5LA8A 5LXWA 1AM7A 1CKHA 1RI8B 5APDA 2N5ZA 4LYBA 3WW6A 4LFPA 5DN5A 4DD3A 3TXEA 4DYGA 2Z37A 134LA 3HBDA 3QNGA 1B5ZA 5A3EA 4G4CA 4GCFA 193LA 1JIYA 1LSNA 1J1OY 1LZGA 2ZIKA 1LJ4A 2G4QA 4OW1A 3G3AB 4FJRA 2FYDA 4WM1A 1YL1X 2EKSC 4HJVA 1NWGA 5B59A 2ZYPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DKJA 4H93A 119LA 3GXKA 4NGIA 3TXIA 133LA 234LA 1L71A 4HTNA 2OU9A 3C7YA 1WQRA 2DQHY 4KXIA 1C6CA 1UIHA 1I20A 1W08A 1GAYA 4DAJA 4CGEA 2YBHA 4HV2A 1QSQA 1B7SA 1CJ8A 146LA 5KKJA 2Z38A 4LYMA 3QAKA 1IP5A 1LZSA 5KY1A 1SX2A 3EBAB 3LYOA 1L61A 4WM2A 1I56A 3DNAA 5F9XA 4ZIXA 1LMAA 1B6IA 1B7RA 2D4KA 1OUJA 1D0LA 5KXOA 1KS3A 1XGTC 4OOOA 1HFZA 1C64A 1LAAA 4N9RA 3NY8A 1G0MA 2ZILA 4TSBA 1L97A 1QUTA 5LINA 4LFXA 3VWOA 2HECA 4WG7A 3CDQA 4H91A 3ZVQB 1P37A 2B7XA 1NBZC 123LA 1L93A 4W54A 1L98A 3A6BY 166LA 1C6LA 5B1GA 1QTDA 3FI7A 1OWZA 2Q0MX 3OE6A 3GUIA 4GLVA 1CTWA 2GV0A 4N8ZA 2ANVA 2B6XA 4ARPA 1H87A 1CU3A 1GAZA 118LA 1DKKA 3B0OA 1L22A 1SQ2L 4EMNA 1IVMA 5ILCA 1FLWA 3C83A 1UIAA 4WM4A 115LA 4L41A 3DN8A 4QDNA 1REXA 3WPLA 2D91A 4W52A 1C10A 4AGAA 3ATOA 1REYA 3N9EA 3AZ5A 3K3TA 250LA 3QY4A 1D0MA 108LA 4CFPA 1C6AA 163LA 112LA 3CSQA 1AKIA 2HUKA 3DN4A 2A7FA 1LYFA 1JTMA 1RCMA 2YBLA 1FN5A 3C8QA 3WVYA 4ET8A 2BQLA 1L77A 2BQBA 1QDTA 3HDFA 1LHKA 1BB6A 1L50A 1OUDA 1L00A 1XJTA 2DQDY 1OUAA 2BPUA 2RH1A 1GPQC 171LA 4CJ2A 4WL7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DKJ A;  3P65 A;  4H93 A;  4MR1 A;  4YM8 A;  2Z18 A;  1WQM A;  3ATN A;  3B72 A;  3WMK A;  3GXK A;  4NGI A;  4NGZ A;  2D6B A;  133L A;  2Z12 A;  1IOS A;  3TXI A;  4ETA A;  3BKH A;  5F9U A;  2EIZ C;  1RJC B;  3RW8 A;  4NHS A;  1JHL A;  4B49 A;  1GE3 A;  1JKB A;  4NGJ A;  1GXV 2;  4WM6 A;  4HTN A;  4WLX A;  1F0W A;  4D9Z A;  3WUA A;  3ULR A;  2EPE A;  3AB6 A;  1WQR A;  2DQH Y;  4NFV A;  8LYZ A;  5HLL A;  1G7L C;  1LHH A;  2YBI A;  4KXI A;  2XJW A;  1UIH A;  3D3D A;  1I20 A;  1W08 A;  1GAY A;  2HTX A;  2LYM A;  1GFT A;  208L A;  1JTT L;  4CGE A;  4ETD A;  2YBH A;  4HV2 A;  1OUG A;  4EOF A;  1LSZ A;  1CKD A;  4PJ2 C;  1B7S A;  1CJ8 A;  3AZ7 A;  5FCP A;  1BHZ A;  1LSP A;  3AZ6 A;  5HMJ A;  5KKJ A;  1JTP L;  2Z38 A;  1GB8 A;  1T6V L;  1IO5 A;  1LSB A;  1BQL Y;  4LYM A;  2MEI A;  1C45 A;  1IP5 A;  4J1A A;  1LZS A;  3TXJ A;  5I53 A;  4BAF A;  5KY1 A;  1NMM A;  2I6Z A;  1ZVY B;  1LZ9 A;  207L A;  3EBA B;  3LYO A;  2ZYC A;  4WM2 A;  1I56 A;  5F9X A;  2BQC A;  4ZIX A;  1G7I C;  1LMA A;  2YBJ A;  4H94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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