4H9HA

Radiation damage study of lysozyme - 0.98 mgy
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Insights into the mechanism of X-ray-induced disulfide-bond cleavage in lysozyme crystals based on EPR, optical absorption and X-ray diffraction studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 53
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4h9hA00
4NWEA 1LSPA 5LIOA 5AMYA 3W6DA 1YAMA 2WARA 4W96A 4LFPA 1BVKC 4WLXA 5IHGA 1NKHA 5B05A 4LT0A 4B0DA 4DD0A 1EQ5A 2ZWBA 4OOOA 1XEJA 1LZYA 5A3ZA 4GN4A 4NG8A 5FDJA 4BS7A 3TMVA 1LZTA 1UCOA 1YL1X 1LZEA 1DKKA 3CT0A 1HFXA 1WTNA 3B6LA 2A7FA 1JKDA 3LYOA 1G7IC 2D4IA 1GF3A 3LN2A 4UWVA 4HPEA 1LZSA 4G4BA 4NGWA 1ALCA 1G7HC 1LSEA 1LSFA 2RSCA 2YBNA 2Z2FA 3LYMA 4H90A 3SP3A 3MGWA 4G9SA 1LJEA 4LYBA 3VWOA 1KXWA 1GF7A 4HTQA 2F30A 1GFRA 1GBXA 5LVJA 1IWVA 153LA 3G3BB 4KPMA 5LYMA 5K7OA 3WUAA 3IWRA 1LMQA 1LZCA 4CFOA 3A8ZA 1EL1A 1J1OY 1FN5A 1LZ4A 1GFHA 1WQOA 1IP6A 2ZYPA 3P64A 4IASA 3N9CA 3HBEX 5KXYA 8LYZA 4YEMA 1GF5A 2DQJY 2ZQ4A 1NDMC 2ZNXY 4RLMA 3WPKA 1XEIA 2I25L 5DN5A 1CKHA 5I4XA 1JPOA 1LMAA 1LYSA 1LAAA 1LSMA 1RI8B 5HMVA 4DWXA 2CJLA 5KXTA 4XN6A 3A3QA 1BWHA 1LSNA 1A4VA 3A92A 1IWUA 1HEOA 5FELA 1IY4A 1LZ6A 1J1XY 1LZBA 1IORA 1I20A 3AZ4A 4H9BA 4DD1A 1GF6A 4AXTA 1FBIX 1LJJA 1NDGC 4DYGA 1DXJA 1REMA 5KXNA 1CNSA 3WU9A 1PS5A 1XGQC 4R6CA 1JIYA 1EQEA 3WU7A 1SQ2L 2BQGA 1CJ8A 1RJCB 4LT2A 4IATA 1TEWA 2BQJA 3P4ZA 4NGLA 5KXOA 2BQMA 3W6BA 5KXLA 1GF0A 1BHZA 1F6SA 4YOPA 4HJYA 2LZ2A 1GB9A 1T6VL 1BB7A 1GBYA 1LHJA 2BQAA 2BQDA 4DD9A 1E8LA 1INUA 2DQGY 3P66A 3WXTA 1IR9A 2G4PA 4CFPA 2BAAA 3QY4A 1DQJC 1LPIA 1VDSA 2Z18A 4H1PA 2HUBA 3WW6A 5LYTA 4NHTA 1JHLA 3RNXA 1VFBC 1WQNA 1UIBA 3TXHA 5C6JA 3TXKA 2BQCA 4OW1A 3CSRA 2MEHA 1NBYC 1GE1A 4H9EA 4UWUA 3ULRA 5C6IA 1QIOA 4WO6A 1OUCA 1F10A 1GXXA 1F6RA 1YIKA 4PRQA 1G7MC 3A3RX 1GB5A 4NGJA 4II8A 2FBBA 1B5VA 2DQEY 3ZEKA 4DDBA 1VEDA 1KIQC 3D9AC 2BQOA 4G4CA 2LHMA 4EMNA 1HMKA 2DQAA 4LGKA 1JJ3A 1B5UA 4E3UA 3B0KA 1WVUA 3WVXA 3AYQA 1OUAA 4NGKA 4J7VA 1C10A 1LTMA 1VAUA 1UICA 3LYZA 1H6MA 4XJBA 1YAQA 1W08A 1XGTC 3GXKA 1TAYA 3AZ7A 1IOSA 2YDGA 1YROA 4XJGA 3HBDA 5I54A 1CKGA 1GB0A 1QDRA 4ZEEA 1HSWA 3AGGG 4R0FA 1BWJA 4WLYA 1BVXA 4WM5A 5APDA 1OUGA 1IP4A 4FDYA 2W1LA 1NHEA 2DQIY 1YANA 1UIAA 2BLYA 4WOAA 1JKBA 2EPEA 3K3TA 4ETDA 1GFTA 5KXKA 2ZNWY 1RE2A 2H5ZA 2IHLA 1HENA 193LA 3ATOA 3W3EA 2DQDY 2XTHA 1DZBX 4L41A 1HC0A 4HSFA 1YQVY 3OK0A 5F81A 5L9JA 3AW6A 4MCKA 3TMUA 1NF5A 208LA 1IR8A 4NHPA 4ETEA 4Z41A 1IR7A 1B7OA 1G7LC 1TCYA 1Z55A 3AZ5A 4HP0A 1DI4A 1LOZA 1LHLA 1GB6A 1VATA 1AT6A 1QTKA 1GF9A 1JUGA 4PGJB 5A3EA 1LZ9A 1REYA 4ET8A 1IWWA 2B5ZA 3CT5A 4LYMA 4NGOA 3WPLA 4WO9A 4ZIXA 3EO5A 3RT5X 132LA 1DI3A 1HEMA 3GXRA 5FSTA 1LSGA 1LMTA 7LYZA 2CWIA 1QQYA 3P65A 4HV2A 1B7MA 3AZ6A 5KXRA 2D4JA 3TXJA 4NIJA 4D9ZA 1LCNA 1WQQA 3WVYA 3WW5A 4NHSA 1OUDA 1LSBA 3TXGA 3A95A 3T36A 1LSZA 3W6FA 2H9KA 4CGEA 4LYCA 3T6UA 3E3DA 1I56A 1WTMA 4PRUA 3RU5A 4H9CA 1LHHA 5KXWA 4ML7A 2X0AA 1LHKA 1AM7A 1GBOA 1RCMA 1QTEA 2AUBA 2BLXA 3HFMY 4RLNA 1JTTL 9LYZA 4WG1A 1YKYX 3CSQA 2EIZC 1LJGA 2DQFC 2F4AA 1B5WA 1IEEA 5B59A 1GBSA 1FLQA 4TUNA 4AGAA 1DPWA 1MELL 3M3UA 4MR1A 1B7NA 1QUSA 1REZA 1XGPC 4N1EI 3WPJA 4RW1A 1ZV5L 2XBSA 1LHIA 4WM3A 1CJ7A 1F0WA 1JITA 1SLYA 1V7TA 4GCBA 4PJ2C 1LYYA 4I0CA 4NEBA 2FYDA 4J1AA 3F6ZA 1HFZA 4DD2A 1LKRA 4QGZA 2CGIA 3ATNA 2HEBA 1YAOA 2W1MA 4PPOA 1HSXA 4H91A 1C7PA 1NBZC 4WM1A 1GF4A 1IY3A 2C8PA 3AW7A 2LYMA 2XBRA 4WLDA 4KT3A 4A7DA 4BAPA 1XGRC 4TSCA 4RDSA 1KXYA 1HERA 1JSEA 2Z19A 3N9AA 4OOTA 3TXBA 5HLLA 5LINA 1LMCA 3A34A 4GLAA 2FYCA 3B0OA 3WL2A 4KXIA 1IWZA 1JTOL 1ZVYB 1JKAA 2LYZA 2LZTA 2YBHA 1IC4Y 1LZNA 2G4NA 1JWRA 2Z2EA 4Z3MA 1LSDA 1LJHA 5DN4A 3EXDA 2XJWA 4C5FA 2Z12A 1JTPL 2HEAA 3A91A 1B7SA 1IP5A 2IFFY 5ILCA 5LAFA 1IP3A 1CJ9A 2ZIKA 5LXWA 1VDPA 4ETAA 1HEQA 4GN3A 1LJNA 1BB5A 3WXUA 3A96A 4TX7A 1FLYA 1GE2A 5D5FA 1FDLY 2YBMA 5APCA 4ETBA 134LA 2MEEA 2H9JA 1VDTA 2ZILA 4H94A 3AJNA 1C46A 4H8XA 1YKXX 4WM6A 1GFVA 1IP7A 3A93A 4YENA 1LJFA 3B0IA 1YAPA 4H9FA 5I4WA 5FHWA 1B7RA 1FLWA 5EBHA 1GWDA 1A2YC 4GCCA 4BADA 2D4KA 3A94A 1XEKA 1NQIA 5DLAA 1GF8A 1G7JC 3TMWA 1QSWA 5C6LA 5FEKA 2ZIJA 1LJ3A 194LA 1D0MA 3WYHA 2A7DA 5B1FA 1AZFA 1YKZX 4N8ZA 3TXFA 2HEEA 2CDSA 207LA 1B5YA 3G3AB 1DPXA 3M18B 2F4GA 3WU8A 5LA5A 1AKIA 1GPQC 2Y8PA 3BKVA 4GLVA 1HEWA 3LHMA 4YEOA 1CJ6A 3TXIA 1OUJA 5APFA 4NSGA 1HELA 4NG1A 1B2KA 5HNCA 2DQHY 2C8OA 1C08C 3AGHA 2F2NA 5KXZA 2YVBA 5LAGA 4FJRA 135LA 1HHLA 1UIEA 4MSTA 1W6ZA 4H9AA 1ZMYL 4TWSA 2GV0A 4W94A 1V7SA 4LT3A 4DDAA 3ZVQA 1D6PA 1FKVA 1JSFA 1B0DA 1REXA 3A6CY 1UACY 4NY5A 3KAMA 4N0JA 1N4FA 4OWEA 1WQPA 1JISA 1LJIA 5KKJA 4BAFA 4B4IA 1D0LA 2Z38A 1GBZA 1GFKA 5II3A 1JJ1A 3FE0A 4B4JA 1KXXA 2MECA 4X3BA 1CKDA 2NWDX 3WUMA 6LYTA 5B07A 2I6ZA 4J0LA 3BKHA 4GCEA 4NHIA 2BQIA 3WMKA 3LZ2A 2G4QA 1GFEA 1UIDA 3CQLA 4IJ4A 1GE4A 2HEFA 3A90A 2VB1A 1GHLA 5B06A 5L3HA 1IX0A 4DDCA 1LJKA 2D6BA 2DQCY 3AGIA 1BB4A 4WMGA 3RZ4A 1BB6A 1D6QA 1LJ4A 4XJHA 4HJVA 1WQRA 1JEFA 5HMJA 1HMLA 1XGUC 1LHMA 4HJZA 1OP9B 5LVGA 5T3FA 3W6EA 3A67Y 5E9RA 4J1BA 4N1CC 2MEIA 4NSIA 5HNLA 2EKSC 1B5ZA 4YF2A 2I26L 3RW8A 3P68A 1YILA 1GFGA 3N9EA 3J4GA 4B4EA 1BQLY 4P2EA 1LZRA 1IIZA 4H9IA 1O23A 1OUBA 2MEGA 3J6KA 1H87A 4OWBA 5DM9A 2Z37A 1D9UA 5HQ1A 5L3IA 4LYTA 4H93A 2MEFA 2HTXA 3CSZA 3CT1A 4I8SA 1IP2A 4DD3A 1LZ8A 1TDYA 1HNLA 1GB8A 2PC2A 1I1ZA 4H9HA 3TXEA 1FKQA 1UA6Y 5D5CA 5KJ9A 3OJPA 1FLUA 1JJ0A 4GCFA 5LVKA 4M4OA 2DKVA 1LMNA 1NMMA 5IELA 4WLTA 1WVVA 1HFYA 4WM2A 1XSFA 1GXV2 1J1PY 2ZYCA 5KY1A 1LZAA 4LFXA 1GD6A 1B7LA 1OUIA 1QDTA 3TMXA 4WL6A 1VDQA 1GEZA 1OUEA 1GFAA 1LYZA 4M6DA 1DI5A 4LT1A 4LZTA 4KL7A 4N9RA 2N5ZA 4HTNA 1KIRC 4U3XB 4ZFPA 1IWTA 2BQKA 5JENB 1PZYA 4H92A 4DT3A 3LYTA 1GB2A 4Z46A 4H8ZA 3IJUA 3ZVQB 4PHIA 1LZGA 1B7PA 1OUHA 4OWHA 1UBZA 2ZQ3A 4YM8A 1OQMA 3HBHA 4G4HA 4XJIA 1CKFA 5F9UA 3WH1A 5DL9A 4N5RA 6LYZA 1B9OA 2Q0MX 4NGVA 4WM4A 1DKJA 1D0KA 1B7QA 5F9XA 4DC4A 1UIGA 4LYOA 2BQNA 1GB3A 3B72A 4GCDA 4TSBA 5LYZA 2BQLA 5I4YA 1GDXA 1BGIA 1IOCA 4NFVA 2DBTA 4NHQA 4OWAA 5LA8A 1GAZA 2YBLA 3WULA 1C43A 4WL7A 1GEVA 3FI7A 5KXSA 1GAYA 133LA 3QNGA 1UUZC 4NSHA 4XADA 5APEA 2MEDA 3EMSA 154LA 1LMPA 2D91A 4NGZA 2FBDA 4XENA 1IOTA 2BQEA 1HF4A 1IVMA 1KIPC 1LZ5A 2YSSC 4LYZA 4RW2A 3QE8A 3WUNA 4CJ2A 1MLCE 5I53A 1B5XA 1TBYA 2HEDA 4NGIA 4CHXA 2HU1A 1RFPA 1LKSA 2YBIA 1BWIA 4C3WA 1LSCA 1C45A 3IJVA 1QSAA 1JKCA 2Z39A 4H8YA 2MEAA 3EBAB 4ET9A 1LSAA 4NSJA 2EQLA 4UWNA 2W1YA 2BQFA 2BQHA 4HTKA 4NGYA 5ILFA 3LZTA 5LVHA 1OUFA 3D3DA 1GE0A 4QDNA 4DD7A 4QY9A 4OWCA 1GFUA 1UIFA 1UIHA 5F16A 4B49A 4XJDA 4XYYA 1LYOA 2YBJA 1LSYA 2HU3A 1IP1A 4NWHA 5IDDA 5KXMA 3TXDA 1IO5A 3CB7A 4ANRA 1P2CC 3A6BY 1IWXA 4HV1A 2HECA 1EQ4A 5FCPA 5KXXA 1CKCA 2MEBA 1AT5A 5F14A 1LMOA 3AB6A 1NWGA 1XFPL 4G49A 5KXPA 1GDWA 5LVIA 5M1YA 2LYOA 4TTDA 1GE3A 5B1GA 1BB3A 2BPUA 5I5QA 4WG7A 1GBWA 1WQMA 4QEQA 5E4PA 1GFJA 1LZDA 4HPIA 1IWYA 1HEPA 3W6AA 5J7CA 2BQBA 1T3PA 1IOQA 1UC0A 5KKIA 1IC7Y 4B1AA 1QUTA 2W1XA 4GN5C 1ZVHL 4XJFA 3W6CA 1IC5Y 4Z98A 4EOFA 1YL0X 4O34A 1LZ1A 4ETCA 1GB7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSPA 1L64A 5B05A 1L94A 192LA 2ZWBA 1XEJA 1LZYA 5FDJA 4BS7A 175LA 1LZEA 1QT3A 1HFXA 3HT9A 2A7FA 3LYOA 1CV3A 3LN2A 1LZSA 1L22A 1G7HC 3LYMA 1LSEA 3SN6R 2RSCA 4I7OA 3MGWA 1LJEA 4HTQA 1GFRA 5LVJA 3G3BB 4KPMA 3IWRA 1LMQA 1LZCA 1J1OY 5KXYA 1IP6A 3WPKA 1CKHA 1LMAA 1LAAA 1L00A 1C64A 170LA 4XN6A 3CDVA 4W52A 114LA 1L37A 4PJZA 1PS5A 1XGQC 4R6CA 1EQEA 2BQGA 3V2YA 4GRVA 1RJCB 2F2QA 2BQJA 5KXOA 2BQMA 4HJYA 2LZ2A 1GB9A 2LC9A 1T6VL 4DD9A 2DQGY 3P66A 1IR9A 1D3JA 4H1PA 2HUBA 5LYTA 4ARLA 2B6ZA 2MEHA 4ARQB 102LA 1C69A 1GB5A 4NGJA 2DQEY 1T8FA 1C6QA 1L44A 2LHMA 2DQAA 4GBRB 3AYQA 4NGKA 1LTMA 1VAUA 1UICA 4IAPA 1SWZA 1C66A 1YAQA 3GXKA 3F9LA 4XJGA 3HBDA 1QDRA 1C65A 1CU2A 139LA 2W1LA 1L58A 1NHEA 1P2LA 1YANA 1UIAA 3K3TA 4DJHA 3DMXA 5KXKA 2IHLA 3W3EA 156LA 3FI5A 4HSFA 107LA 218LA 5L9JA 3AW6A 3TMUA 208LA 1C6GA 1QTVA 1DI4A 1GF9A 1KW7A 4PGJB 4ET8A 1L83A 1IWWA 4NGOA 1P56A 1L66A 3GXRA 1LMTA 246LA 1QQYA 4LZMA 2D4JA 3TXJA 1L60A 3WVYA 1L21A 1OUDA 3T36A 4LYCA 3E3DA 1I56A 1L68A 5KXWA 1GBOA 1LWGA 1RCMA 2BLXA 4RLNA 4I7QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NWE A;  1LSP A;  5LIO A;  5AMY A;  3W6D A;  1YAM A;  2WAR A;  4W96 A;  4LFP A;  1BVK C;  4WLX A;  5IHG A;  1NKH A;  5B05 A;  4LT0 A;  4B0D A;  4DD0 A;  1EQ5 A;  2ZWB A;  4OOO A;  1XEJ A;  1LZY A;  5A3Z A;  4GN4 A;  4NG8 A;  5FDJ A;  4BS7 A;  3TMV A;  1LZT A;  1UCO A;  1YL1 X;  1LZE A;  1DKK A;  3CT0 A;  1HFX A;  1WTN A;  3B6L A;  2A7F A;  1JKD A;  3LYO A;  1G7I C;  2D4I A;  1GF3 A;  3LN2 A;  4UWV A;  4HPE A;  1LZS A;  4G4B A;  4NGW A;  1ALC A;  1G7H C;  1LSE A;  1LSF A;  2RSC A;  2YBN A;  2Z2F A;  3LYM A;  4H90 A;  3SP3 A;  3MGW A;  4G9S A;  1LJE A;  4LYB A;  3VWO A;  1KXW A;  1GF7 A;  4HTQ A;  2F30 A;  1GFR A;  1GBX A;  5LVJ A;  1IWV A;  153L A;  3G3B B;  4KPM A;  5LYM A;  5K7O A;  3WUA A;  3IWR A;  1LMQ A;  1LZC A;  4CFO A;  3A8Z A;  1EL1 A;  1J1O Y;  1FN5 A;  1LZ4 A;  1GFH A;  1WQO A;  1IP6 A;  2ZYP A;  3P64 A;  4IAS A;  3N9C A;  3HBE X;  5KXY A;  8LYZ A;  4YEM A;  1GF5 A;  2DQJ Y;  2ZQ4 A;  1NDM C;  2ZNX Y;  4RLM A;  3WPK A;  1XEI A;  2I25 L;  5DN5 A;  1CKH A;  5I4X A;  1JPO A;  1LMA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5IEL A;  1LZA A;  1QUG A;  1GD6 A;  1OUE A;  1GFA A;  1LYG A;  4LT1 A;  4LZT A;  3L2X A;  4N9R A;  1KIR C;  1P46 A;  2BQK A;  1PZY A;  2B74 A;  4PHI A;  1LZG A;  173L A;  4W55 A;  103L A;  2ZQ3 A;  3SB7 A;  4YM8 A;  1WTH A;  3WH1 A;  6LYZ A;  2F32 A;  137L A;  5F9X A;  1D0K A;  1L51 A;  1OVH A;  1OV5 A;  4GCD A;  3B72 A;  1LLH A;  1IOC A;  4NFV A;  2DBT A;  133L A;  4W54 A;  1DYF A;  1UUZ C;  4XAD A;  3EMS A;  2FBD A;  1L0J A;  2Q9E A;  163L A;  1D3M A;  190L A;  2O7A A;  2YBI A;  4C3W A;  1LPY A;  2BQH A;  2QB0 B;  259L A;  3D3D A;  1GE0 A;  4DD7 A;  1GFU A;  4YXC A;  241L A;  4XYY A;  1LYO A;  131L A;  2YBJ A;  4ARP A;  3TXD A;  231L A;  1IO5 A;  4ANR A;  1P2C C;  2HEC A;  1EQ4 A;  5FCP A;  1CKC A;  2MEB A;  5F14 A;  4G49 A;  5KXP A;  5I5Q A;  1QSQ A;  4WG7 A;  4HPI A;  1IWY A;  3W6A A;  3SB6 A;  5J7C A;  2BQB A;  1T3P A;  4GN5 C;  4DQ5 A;  3HWL A;  1LZ1 A;  1GB7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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