4HDPA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants i50v complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hdpA00
3N3IA 5CLMA 3U7SA 3SKFA 5P73A 3KF0A 5P3RA 1ZAPA 3EM3A 4Y5AA 4NPTA 3SM2A 5COKA 5P8QA 5IS4A 1W5VA 4GMIA 5DR1A 5P4YA 5P4NA 1C6YA 5P8OA 1U8GA 1HEFE 3VCMA 1LF4A 3S2OA 5P6XA 4Y39A 2O4KA 2PWRA 2XYEA 1YX9A 5BWYA 5P8LA 2AIDA 5AH9A 3OK9A 4CPQA 5P0IA 4B1CA 3ZKXA 3S53A 2ER0E 3UCBA 5OZ3A 5I3VA 5P7OA 3OU4B 2QD6A 3BGCA 4Y3DA 3SAAA 5P2OA 5HCTA 1IZIA 5KR8A 2IKUA 1MEUA 2WF0A 5P8EA 3TPLA 3RTNA 1LYBB 3I25A 5P4CA 5EZXA 4QJ8A 4Q1WA 5KOSA 1EBZA 5P70A 3K4VC 3KM4A 2R5PA 5P7HA 5P2WA 2IDWA 5OZEA 4YD3A 2I0AA 5P02A 1AXAA 4Y3AA 3TH9A 1EPLE 3NU5A 4L7GA 4Y5NA 2PK6A 2BPWA 1EBWA 1K2BA 5P0AA 2ZHTA 2QNPA 5P7EA 5P7MA 3LIYA 1K6TA 5P4LA 1W5WA 4BEKA 3K4VA 1IIQA 5P7IA 5P0RA 5P3HA 4EJLA 3NYGA 5HCOA 3JW2A 3Q5HA 3LZUA 4B1EA 1G0VA 3BUGA 3PWMA 4QGIA 4B72A 3PMUA 1SMRA 4OC6B 5P1RA 5P3DA 5ER2E 5P4MA 1HXBA 1BILA 5P46A 4Y35A 3ZPUA 1KJGA 3OXCA 4D8CA 2G1YA 4FM6A 2QZLA 3O9FA 4EJKA 5P4XA 2I4WA 5P0CA 3APRE 3EXOA 2JXRA 4Y3WA 5C9BA 5P5TA 4TRYA 4DQBA 4L6BA 3PCZA 2XYFA 4I0DA 1APWE 2A4FA 5P7PA 1BIMA 3INHA 4CPXA 5P45A 5P24A 3PJ6A 2R8NA 5P7AA 3UDQA 3MSKA 4ZE6A 2PSVA 4RGHA 4MC6A 5P7BA 4KE1A 5P4KA 5P2DA 4B77A 3INFA 3QPJA 4YCKA 4AUCA 5P4HA 4YD7A 1SP5A 2QHYA 2QZKA 1ZTZA 4PYVA 1GVTA 3KT5A 5P4PA 2VS2A 2PMAA 2QHCA 4J55A 5DQCA 4Y51A 5P12A 5ENMA 3SFCA 2VNMA 4LHHA 5P3IA 5TOLA 4YD4A 3EBZA 4Y4JA 2Q64A 4Z4XA 4YD6A 1HXWA 3EKYA 5P0TA 4H3JA 3PMYA 2QP8A 3RVIA 1MRXA 2HB3A 5P18A 1FF0C 5P8MA 2ER7E 3SA5A 1GVXA 3L38A 4Y3HA 1PPME 5P6ZA 1E82E 4FCOA 3M9FA 5P3XA 3KFSA 3BGBA 3UQXA 5SY2A 2OHUA 5P38A 4M8YA 4RVXA 4TRZA 3IVHA 5P5SA 1NSOA 5P2FA 2RMPA 4TVGA 5P1DA 2Q15A 4FM7A 5P80A 5P86A 5P5CA 3GW5A 5P22A 4RYCA 4DQHA 4QJ6A 1D4LA 4FRKA 5DR7A 5P03A 3GGAA 1KJFA 4H1EA 4Y36A 5P59A 4RZ1A 1AAQA 3QBHA 3I7EA 2WEBA 3VSWA 5P6VA 5P6QA 2IQGA 3JVWA 2BB9A 5P17A 3OAGA 5P44A 2AOGA 3ZKSA 4Y3RA 1HTGA 4J0VA 3BHEA 5P0SA 5P7DA 5P50A 3MSLA 2J9KA 1HTEA 2AOHA 2P3BB 2V12C 4GJ5A 1YT9A 5P3CA 3K5DA 3QP0A 1SBGA 5P1IA 2BPXA 1B5FA 4Y5KA 1TQFA 3BXSA 3BUHA 1BDLA 5P05A 5P3MA 3O9BA 4I0ZA 3IGBA 1IVQA 4Y3EA 2ZE1A 4H3GA 2UXZA 3NUJA 5P6CA 5P6PA 5DR4A 1FG8C 1FQ5A 3NLSA 4Y3JA 3PBDA 5DGWA 5P3AA 5OZ9A 5P77A 4FRJA 2QMGA 3OUBA 5OZUA 2VJ7A 4Z2ZA 2BPVA 2G69A 5P0BA 1NPVA 1FB7A 3SA9A 5OZZA 5OZGA 3SA8A 2QD8A 5P7FA 3O9LA 2P8HA 4DQGA 3HBOA 3OUCA 1XE5A 1QBUA 3PB5A 1MTRA 3WZ6A 3O9DA 5P1SA 2WF3A 3U71A 4A6CA 4GJ8A 4YCTA 1FQ6A 5OZ2A 2IGXA 1ZLFA 3NDXA 1HTFA 2OHNA 5OYWA 1WBMA 1OEXA 5P1GA 5P8DA 4OBGA 3NWQA 5OYXA 3JVYA 3IVIA 1M43A 1ZPAA 5P51A 4Y5EA 3DUYA 3FNSA 2RSPA 4DVFA 4IVSA 2HM1A 3NXNA 1ODYA 1PSOE 3LNKA 3PSYA 2R3TA 4I8WA 3HD8A 4QJ7A 4CPTA 5P7QA 5KR1A 1F34A 5OYSA 5P6JA 4Y3GA 4Y4BA 4Y56A 1HOSA 1HSGA 5P8NA 1HVKA 4Y3TA 2I4QA 5DR0A 3K5CA 5OZXA 4HE9A 1QRPE 5P8UA 2QU3A 5P52A 3FV3A 2AZCA 2FIVA 5HDZA 3OTYA 3ZKGA 1SIPA 2QAKA 4I0GA 5P4JA 3OOZA 3KYRA 1KJ7A 3VG1A 4KB9A 5OZOA 5P6UA 5P5LA 1FEJC 5P1LA 2AVVA 2BPZA 4Z22A 2IEOA 1YTJA 1ZJ7A 4RROA 2QZWA 4WTUA 4DPIA 3TNEA 1D4HA 4OD9B 5IVQA 2RENA 4DQEA 2VA7A 2P83A 2JJJA 5OZCA 2HB4A 3OGPA 4ZPGA 1HEGE 4K9HA 2WL0A 5P5EA 4I8ZA 1YTHA 5P1XA 1EPPE 3LZYA 4Y9WA 1MIQA 3OQFA 4DJXA 5B18A 2ASIA 5P1BA 3L5EA 3L3AA 2JJIA 4OBZA 1SDVA 3EC0A 5P8RA 5P36A 1AIDA 3O9GA 1EC0A 5P2LA 5P1OA 3OQ7A 5P5JA 5P2KA 1K6CA 1XN2A 1DIFA 5OZ5A 3LPIA 2WEAA 4DJRA 2VIYA 5P4GA 5P75A 3ZKQA 4PPHA 4Y6MA 4Y4WA 3VYEA 3OUDA 2F3FA 5P14A 3DCRA 3EKPA 3UDRA 1T7KA 5P3WA 3CKRA 3ZPTA 4DV9A 1HPSA 4FAFA 5P3FA 2BKTA 3KDDA 2O4SA 3VEUA 4DJUA 1NPWA 2ZJIA 5AH8A 3KFRA 1LZQA 4YE3A 3DOXA 5P10A 3WB4A 4K4QA 4LP9A 1YTIA 1J71A 3BXRA 4ZPEA 5JODA 1T6GA 4Y5CA 1BWBA 4J1EA 3TOHA 5P5QA 2NXDA 5HE5A 4CPSA 5DGUA 3QRSA 5P5GA 2QK5A 1LYWA 1RPIA 3HAUA 3OGQA 2PYNA 4PHVA 5OZTA 1D4JA 3EKXA 2ZJMA 5HU0A 5P8IA 5P07A 2J9JB 5JFUA 5P6YA 2OHLA 4Y41A 4J0YA 4NPUA 3VFAA 1XS7D 3QIHA 3PCWA 1GVUA 3ST5A 3O9CA 2VKMA 2G1SA 3OU3A 2IL2A 3UQPA 5COPA 1TSUA 1SH9A 1M0BA 2OHQA 4AA8A 4Y5BA 4BFDA 3EKVA 5P08A 3UQUA 1RV7A 1FLHA 5P8GA 1RNEA 1RL8A 4XXSA 5P74A 4B70A 1D4IA 5P2RA 5P0UA 4OC6A 5P71A 2HC0A 4J5JA 1K6VA 5P3LA 5P6EA 3WB5A 4FE6A 1BDQA 1SDUA 5P1QA 1SGUA 1D4KA 4L1AA 5OYUA 3DV5A 2V0ZC 4ZPFA 4EJ8A 1QDMA 3U6AA 2MIPA 4K8SA 2R38A 1FQ8A 5OZ7A 3UDKA 4Q1NA 1HWRA 3ER5E 2AVSA 3HW1A 4R5NA 5OZIA 1XDHA 5P1VA 5P7RA 5P68A 5P6RA 5DR3A 1T6EX 3CICA 5HDXA 2ZHUA 3MSJA 1YM2A 3KMYA 5SXNA 1FMXA 5P62A 3NDTA 1AJXA 5P6DA 1F7AA 5P1ZA 4HA5A 3URIA 4QLHA 3BVAA 3FSMA 4Y4XA 5KQZA 5P1AA 4B05A 5OZPA 3FIVA 2FS4A 5P53A 3SACA 2WHHA 4CPUA 1QBTA 3NDWA 3D20A 3D1XA 3WSJA 5HE7A 2OHSA 1YM4A 4RCFA 5P8VA 3GGUA 5P0KA 4LL3A 3IXKA 3PLLA 5P20A 4J0ZA 4B1DA 4RCDA 5P8KA 5P6BA 1EC1A 3LIZA 1M4HA 3RTHA 4QJ9A 3OWNA 3VLAA 4J1IA 2V00A 1LYAB 1IZHA 5P7WA 4XKXA 3HVGA 3T7XA 3UDJA 1FKNA 3T3CA 2PK5A 3UF3A 1MERA 5P39A 3F9QA 4FM8A 5F01A 5P0ZA 4Y38A 4GJBA 5P06A 5P8HA 1BV7A 1FQ4A 1MTBA 2XFKA 5P3UA 4JP9A 3PWWA 3OU1A 3QS1A 4EP3A 4K4PA 2ER6E 3PEPA 4CPRA 2ZGAA 5P47A 4X7IA 4HZTA 2FMBA 5P0EA 2OHMA 5P25A 4R92A 4UPJA 5P00A 2QMDA 5P4SA 3WZ8A 4CP7A 2F81A 2B7ZA 4H3FA 5APRE 3RTMA 1META 4Q1XA 5P1PA 5P23A 3LIVA 5P2BA 3ZLQA 4JOOA 1T7JA 2PSGA 5P0JA 4FSEA 3N4LA 3TKWA 4RLDA 3HLOA 2P3BA 5P5VA 3PSUA 3ZMGA 5P63A 4Y47A 3SM1A 1HPVA 1FFIC 5HDVA 5DQ4A 3S7MA 4I12A 3VF5A 8HVPA 5AHAA 3SABA 1ENTE 5FIVA 3BUFA 4OBHA 5P0PA 3OHFA 5P6WA 4NJUA 3OADA 2AOEA 4F74A 3UQRA 3TPPA 2ZHSA 3EL1A 2WF4A 3B80A 3H0BA 3O99A 3APPA 2F80A 5P0FA 1HVRA 4Q5MA 3UPJA 3ZKNA 4HVPA 1HVHA 5P7JA 4U7VA 4OBKA 4DJPA 3NWXA 5P2XA 1QBSA 5OYRA 2FXEA 5P3VA 3H5BA 5DPZA 4Y44A 5P31A 4I1CA 2HPFA 1HBVA 1BXQA 1W6IA 1EPQE 5P66A 2VIEA 3EM6A 1B11A 4YHQA 5P09A 3EL4A 3UQWA 2BQVA 5P7XA 5P2HA 3LINA 5KR2A 1PSAA 4Y5GA 5AHBA 4ZIPA 3ZL7A 3S7LA 5P4EA 3OOTA 1BAIA 1BBSA 4I0JA 4DJVA 2QNQA 1W5XA 2VNNA 5P0YA 4Y43A 1FFFC 3VLBA 3QI1A 3DV1A 5P5RA 5P2VA 1N49A 2VJ6A 3R0WA 4GJ7A 4H3IA 1MRWA 2ZHRA 4X2LA 3T7QA 5P6KA 1PROA 3S56A 3FX5A 4J54A 3OXWA 5HE4A 1G2KA 4YOBA 3PBZA 1MUIA 1FGCC 2PC0A 3NSHA 2AVMA 4DJQA 1LEEA 2WF2A 3AUPA 5AHCA 5P2TA 3L5CA 3NUOA 3EL9A 2WEDA 1SMEA 5P67A 2APRA 1WBKA 4S1GA 1HIVA 2ZJKA 5P81A 5ISJA 1HVIA 1UH9A 4HDPA 5P6AA 3TOFA 1B6KA 4FRIA 4ER1E 4OD9A 1GKTA 2BPYA 5P55A 4Y3YA 2F3EA 5KR0A 2VIZA 3EKWA 5PEPA 5P27A 1EAGA 1MSMA 5P88A 2FDDA 5C9FA 5OZ0A 5P2NA 1KZKA 5P4QA 5KQYA 2O4LA 2AOIA 5P3GA 2QI1A 1GNNA 4D83A 2P4JA 4J17A 1EBKC 4LXAA 5P7ZA 5P4DA 3T11A 4Y58A 4Y5PA 2V11C 4J0PA 5P16A 2WJOA 5P6FA 3VV8A 1EPOE 1HTRB 2QI0A 2XFJA 1EEDP 3PVKA 5P1UA 4A4QA 3AIDA 4AA9A 2G20A 5I3XA 1FQXA 3IN3A 4Y3NA 4F75A 4Y3ZA 3BRAA 3S43A 5P40A 5IVTA 2V10C 4NJSA 2OHPA 3QRMA 3KA2A 3R0YA 1C70A 1B6PA 1ZP8A 5P2JA 4RCEA 3TPRA 1GVVA 5P7CA 2CENA 1DPJA 3S85A 2AOCA 2IRZA 1LS5A 2NPHA 1IZDA 2ZHVA 2A1EA 3OUAA 1CMSA 5OYZA 3MXDA 5P5PA 4HDBA 5OZKA 1BVEA 5P78A 7HVPA 1K2CA 3TL9A 4GJ9A 5P6TA 3VV7A 5OZNA 5P2ZA 3CKTA 1A9MA 5P33A 1MT9A 1HSHA 3TLHA 3OAGB 2G26A 4I0EA 5ENKA 3VF3A 4Y4GA 4LBTA 5P8AA 1ME6A 5F00A 1LF2A 5P1FA 5HTZA 1TCXA 5COOA 1BVGA 5P65A 5SY3A 5P3YA 3SO9A 3PGIA 4B78A 1CZIE 4YA8A 1C6ZA 5P32A 4GYEA 3PI0A 3PRSA 3LPJA 3RU1A 2ZJHA 5P1TA 3VF7A 5P2MA 1SDTA 5P3BA 4R91A 3EL0A 1BDRA 2SAMA 1APTE 3QROA 2Q11A 2QI5A 3ECGA 5P1MA 4CPWA 3UFNA 5P30A 4IVTA 3VSXA 5P8TA 4EPJA 2UY0A 3SA6A 5P6SA 3C9XA 5P72A 2I1AA 1BWAA 3O9LB 2VA6A 2ZJNA 1XL2A 5P2QA 1YTGA 4APRE 4FIVA 4COEA 4DH6A 3Q4BA 3D1ZA 2WF1A 3BC4A 4GZFA 1ODXA 3R4BA 2QU2A 2FDPA 1E81E 2FGVA 2ZJLA 3DJKA 5P5UA 4GJDA 4J1FA 3EL5A 3IXOA 2CEMA 4ACXA 2G21A 3OU4A 5OZ1A 3NU3A 3UDMA 1NH0A 4TVHA 5P8SA 1LYBA 4ZSQA 5P79A 1FQ7A 5P5NA 3K1WA 3HVPA 3LHGA 2QI7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N3I A;  5CLM A;  3U7S A;  3SKF A;  5P73 A;  3KF0 A;  5P3R A;  1ZAP A;  3EM3 A;  4Y5A A;  4NPT A;  3SM2 A;  5COK A;  5P8Q A;  5IS4 A;  1W5V A;  4GMI A;  5DR1 A;  5P4Y A;  5P4N A;  1C6Y A;  5P8O A;  1U8G A;  1HEF E;  3VCM A;  1LF4 A;  3S2O A;  5P6X A;  4Y39 A;  2O4K A;  2PWR A;  2XYE A;  1YX9 A;  5BWY A;  5P8L A;  2AID A;  5AH9 A;  3OK9 A;  4CPQ A;  5P0I A;  4B1C A;  3ZKX A;  3S53 A;  2ER0 E;  3UCB A;  5OZ3 A;  5I3V A;  5P7O A;  3OU4 B;  2QD6 A;  3BGC A;  4Y3D A;  3SAA A;  5P2O A;  5HCT A;  1IZI A;  5KR8 A;  2IKU A;  1MEU A;  2WF0 A;  5P8E A;  3TPL A;  3RTN A;  1LYB B;  3I25 A;  5P4C A;  5EZX A;  4QJ8 A;  4Q1W A;  5KOS A;  1EBZ A;  5P70 A;  3K4V C;  3KM4 A;  2R5P A;  5P7H A;  5P2W A;  2IDW A;  5OZE A;  4YD3 A;  2I0A A;  5P02 A;  1AXA A;  4Y3A A;  3TH9 A;  1EPL E;  3NU5 A;  4L7G A;  4Y5N A;  2PK6 A;  2BPW A;  1EBW A;  1K2B A;  5P0A A;  2ZHT A;  2QNP A;  5P7E A;  5P7M A;  3LIY A;  1K6T A;  5P4L A;  1W5W A;  4BEK A;  3K4V A;  1IIQ A;  5P7I A;  5P0R A;  5P3H A;  4EJL A;  3NYG A;  5HCO A;  3JW2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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