4HE9A

Crystal structure of hiv-1 protease mutants i54m complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFMKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4he9A00
1EPPE 3OUDA 2QI6A 4Y5CA 5P32A 2OHKA 3GGVA 3SAAA 3KN0A 3O9DA 1EC3A 1IZEA 5P0KA 1YM4A 3I7EA 3L3AA 1SH9A 2JJIA 4FRIA 5P5RA 1ODWA 3PMYA 5OZIA 1HVSA 1K6PA 5P5WA 4Y3GA 3HAWA 3MXEA 4J54A 4N00A 3S2OA 2OAHA 3KMXA 3S45A 1LS5A 5P80A 4CPXA 1FFFC 3UF3A 4DPFA 3QAAA 2VNNA 1G2KA 4ER4E 1HIVA 4WY1A 3NLSA 5P66A 3OUDB 3O99A 1SGZA 4B72A 3APRE 5AHAA 2G26A 4I11A 5P2NA 2HS1A 5P4QA 5UPJA 4H3GA 2AVVA 4Q1WA 3EXOA 5P57A 2VIZA 3QVCA 1UH8A 4Y5EA 2R5QA 5P7EA 1EC1A 5OZPA 3RU1A 2CEJA 3PVKA 5P8AA 1HTEA 2HIZA 2NNPA 5P74A 4FSLA 2FNTA 2V16C 4R92A 1SIVA 2PWRA 2QZLA 5OZRA 3R4BA 4YCYA 2QAKA 1BV7A 5P83A 5P59A 2ZJJA 3KFNA 2ANLA 3DUYA 4Y5NA 4QGIA 2OHSA 1BWAA 5P7MA 5OZ4A 4YDFA 2QI0A 3KA2A 1IDAA 5P1ZA 1GVXA 2APRA 1EPLE 5ENKA 3HD8A 2AOGA 5P4FA 4YD4A 3OHFA 5P4NA 3LZUA 1FIVA 3PEPA 3PCWA 4DJXA 4PZXA 5OYXA 3UQRA 2ZHTA 5P29A 4A6CA 3WSJA 2AVSA 5OZNA 5OYYA 3PBDA 2V10C 1F7AA 1W50A 3TPJA 3PSGA 5FIVA 2IGXA 2WF4A 5P6AA 3CKTA 3K5GA 2AOIA 4JOOA 5P02A 1LYAB 5P5KA 3S53A 5P6SA 4CPTA 5P5ZA 5P35A 5P2ZA 4Y4DA 2IDWA 9HVPA 4FS4A 5BS4A 1BBSA 4CPSA 2P3DA 3D91A 2I4DA 3UDQA 4Y48A 5P4BA 4GIDA 2P3CA 1IVPA 1ZLFA 4I0IA 5P3LA 5P26A 5P0BA 5P47A 1MESA 5P2FA 4DI2A 2P3BA 1APWE 4RZ1A 4Y3SA 2H6TA 2QD6A 3O9IA 5EZXA 4JECA 3OQFA 2WHHA 5OZ8A 5OZTA 2UY0A 4GJ8A 4ZSQA 5I70A 5P6PA 2HC0A 4RYCA 5P3YA 2AOJA 5P13A 5P4JA 5P8SA 5P3EA 1ZPAA 2BBBA 3NXNA 5P42A 5P0NA 3S54A 2G24A 2OHNA 4Y53A 5KQZA 4AUCA 5P7NA 3NXEA 5IVSA 1EBZA 5P1XA 2NPHA 1MT8A 2B42A 2Q3KA 2ER9E 4DQGA 3LIXA 4EQJA 5OZ1A 5P1BA 5P5SA 4HZTA 3KFSA 5P45A 3QVIA 3UQXA 5KQXA 1UPJA 3PI0A 1EC2A 4Z2ZA 3DJKA 4HDPA 5P49A 2ZGAA 5OZQA 3RTMA 2P83A 5P0FA 5KR1A 5AHCA 1MUIA 2B7FA 5APRE 5P27A 3WZ7A 5P2IA 4FM8A 7UPJA 3TPLA 2G27A 3R0YA 4HDFA 4XX3A 2JXRA 1TW7A 3GI5A 2NNKA 3SABA 2AOHA 4I0DA 2WF1A 1K6CA 2G1RA 1PSAA 3SPKA 2XYFA 2F3FA 3IN3A 5AH6A 5P8DA 5HCOA 5OZXA 4Y5AA 4OBZB 3PSUA 1FQ4A 3OTSA 1EEDP 5P16A 4D83A 5KR2A 2O4PA 1FKNA 3PHVA 4Y3PA 2VA5A 2NXLA 1QS8A 3UCBA 5P79A 4EP2A 5P64A 2QHYA 1RV7A 3EKVA 4DJYA 5P5EA 1RL8A 2BPYA 1KJ4A 4ER1E 5P6YA 1BAIA 2QNQA 3G6ZA 5P2UA 5P6ZA 4Y3NA 3KM4A 1HEFE 2IRZA 5DR0A 4L7HA 2FDEA 2PYMA 3EKYA 5IE1A 2I1AA 3BGBA 4Y4EA 5P3QA 1W6IA 3O9AA 3TNEA 4GJAA 1D4KA 3ZMGA 2IGYA 3I8WA 1XL5A 5P05A 3VYDA 4Y51A 5P07A 4B05A 4J0TA 2P4JA 4Y57A 2PMAA 4TVHA 4K8SA 1ER8E 1PROA 1MPPA 3EL0A 4FAEA 3OU4A 5P7RA 2BPWA 1LF2A 1T7JA 5I3YA 3NR6A 5ENMA 3VYFA 3TTPA 3UDMA 2WEAA 5OZGA 2HPEA 4GJBA 4DQEA 4EQ0A 3A2OA 3SFCA 4Y3FA 3ST5A 2PSUA 4FM6A 6UPJA 2V13A 4MC9A 3CIBA 1YX9A 3CKPA 3DV1A 5AH9A 4DVFA 1BDQA 2O4KA 3BUFA 2Q55A 4Q1XA 5P7JA 5P4WA 5P4RA 4ER2E 4Y38A 2RMPA 2J9JA 5P3TA 5P7WA 1LF3A 3Q4BA 5KAOA 5P20A 5P3BA 5P0QA 5OZAA 5P3GA 5P6TA 4DFGA 5P7HA 5OZEA 2FLEA 3O9CA 4DJRA 4EJLA 5P70A 2ZJLA 4H3FA 4Y4XA 5P31A 3HZCA 5P8PA 3PGIA 3OXVA 5OZOA 5P6XA 3VF7A 4Y35A 4Y9WA 4OBGA 2H6SA 3OADA 2HPFA 2QHCA 5P03A 1BXQA 1HSGA 1HVKA 1ZP8A 3UQWA 5P5UA 5P5FA 1G35A 8HVPA 1EPNE 3S43B 1ZAPA 2F81A 2Q11A 2ZJMA 2SAMA 5P0VA 4J1CA 5P4CA 1HTGA 3IXOA 4E43A 4EJ8A 5OZ5A 5P2AA 5P68A 1MTBA 3VSXA 5P69A 2VA7A 2VJ9A 2XYEA 5P4KA 5P1AA 1D4SA 5OZUA 3NDTA 4PZWA 5P4IA 2QZXA 2IEOA 4L1AA 3TOHA 1RQ9A 2IS0A 5P43A 5P4GA 2F80A 5P8GA 3EM3A 3HVGA 2IL2A 2AVOA 5P1PA 5OZ0A 4RVIA 3FV3A 1KJFA 2O4LA 1ODYA 2QMGA 1EBKC 3OUAA 3QRVA 5OZBA 4YCKA 2V0ZC 1B6PA 3S8IA 5P0PA 2WECA 4TRYA 5P6IA 1XN3A 3MWSA 3GI4A 4XXSA 5E5JA 3EM4A 4D89A 4ZLSA 4Y3YA 3EKWA 4B1DA 3D1XA 3UDJA 5P5NA 4L1AB 3FSMA 2OHLA 1OEWA 2O40A 5P5HA 1YTHA 3UFNA 3OHHA 4LL3A 5P3IA 5P3OA 1HVLA 5IVRA 5DGWA 5P71A 3NUJA 2WEZA 1MT9A 1EPRE 5OZZA 4FIVA 1Z1RA 1EBYA 1BWBA 4HEGA 2IKUA 4ZSPA 4Y3RA 5P7TA 1ME6A 1XDHA 4LP9A 5P65A 2G22A 5P6RA 1G0VA 4Y56A 5P28A 3PLDA 4R93A 4RGHA 2B60A 4Y50A 1AJVA 4IVTA 5P5XA 4FAFA 5P7XA 4YOAA 4K4QA 3TKWA 3INFA 4Y39A 2Q64A 3IXJA 5P89A 1W5XA 1HPSA 3UTLA 3INEA 3SO9A 4Y43A 5DPZA 5P5IA 4Y4ZA 3RSXA 3ZOVA 2PSGA 5P6UA 4LBTA 5P3SA 5P4PA 4A6BA 5P6NA 2HAHA 2I0AA 5P2RA 3SA5A 2G1OA 3EMYA 5P2GA 5P00A 4I8ZA 4QJ8A 3PCZA 1GVUA 3Q6YA 4CP7A 1BDLA 5OYZA 4J1FA 1DP5A 4BEKA 1AXAA 2B8LA 4DQCA 4Y4GA 3S56A 3VF5A 4COEA 3QIHA 4Y3MA 4Y3QA 2QD7A 2NMYA 4AA8A 4YA8A 2WEBA 3VV8A 1BXOA 4NJVA 4BFDA 5P1GA 1FB7A 5P3XA 3HDKA 1B6MA 3QRSA 3DK1A 3LIQA 3VCMA 4B00A 3O9LA 1Q9PA 4Y3HA 3EM6A 2RKGA 2J9KA 5P1EA 2FMBA 4RCEA 5I3XA 5P3PA 3ZKSA 1HVIA 4Y5PA 4LXMA 1FEJC 2P3AA 4TRZA 3UDYA 3NU6A 1HVRA 3UDNA 5P8NA 3I2LA 1LEEA 1DIFA 4HE9A 5P1HA 2QMPA 5P7IA 5AH8A 3Q70A 1K2BA 1NPAA 5P6VA 2F3KA 5OZWA 5P84A 2AVMA 3DV5A 4LHHA 1MEUA 4Z50A 3QROA 5P5LA 2QU2A 3SA7A 5SXNA 3O9LB 3BUGA 5P85A 4DQBA 2NTRA 5P2JA 1LYAA 3IVHA 5P73A 1FFIC 4LXKA 2HB3A 4DJPA 3IN4A 1SDUA 4ZSRA 2IQGA 5P53A 5P2EA 5DGUA 3FKTA 1FG8C 4LC7A 1BDRA 2PSVA 5OYQA 5SY2A 5P6QA 3OAGA 3QRMA 2AZ8A 5P55A 3ZKIA 1E81E 4OBKA 1MRWA 3EC0A 3UDRA 4QLHA 1CMSA 5OZSA 3HVPA 5I3WA 1AM5A 5P1QA 3L38A 3SACA 2QD8A 5P39A 4NJTA 5KR0A 1LYWB 5P2QA 1FGCC 1F34A 2WF2A 5DQ5A 5P2BA 3ER3E 5P06A 1Z1HA 4I8WA 3U71A 4DV9A 3VF3A 5P5BA 1TCXA 3KDBA 1DPJA 1MT7A 3OAGB 5DQ2A 4APRE 5DR1A 1AVFA 2B7ZA 1PPME 3WZ6A 2UPJA 3BXRA 3VV7A 5OZCA 3TPRA 4F74A 2V11C 3BVBA 3Q3TA 3ZPSA 4OD9A 5DQ4A 4Y4BA 3VV6A 4DJVA 4YE3A 1C6YA 2QI7A 1A9MA 3K5DA 5P1RA 4TRWA 5DR7A 2BPXA 5P1FA 5P5AA 1D4JA 1GVTA 4CMSA 4I10A 1TSUA 3PRSA 3SKFA 5P58A 4LXAA 3PWRA 1HVCA 3S7LA 5P1YA 3VLBA 4BELA 3GGUA 1FQ7A 5CLMA 4L7JA 5HE7A 1LYBA 5P5MA 5COKA 4MC2A 5P17A 4OD9B 4X7IA 2VJ6A 2PC0A 1GNMA 4OBZA 3DOXA 4EYRA 2CENA 2OHRA 2PK5A 4IVSA 1WKRA 4RROA 5P0UA 3CICA 3TL9A 3FX5A 5P51A 3LZVA 5COOA 5JG1A 4Q1YA 3KFPA 1K6VA 1HIHA 2Z54A 5P0LA 1MTRA 4S1GA 1HBVA 3NWQA 4J17A 3T11A 1QBRA 4RCDA 1PPKE 1ZTZA 3KMYA 1LYBB 3QPJA 5P48A 5P14A 1AAQA 5P0RA 3OU1B 5I3VA 2QI3A 1GNNA 1YTJA 3FNTA 2FXEA 4J0VA 3LNKA 5P0TA 1NH0A 3OUBA 1APVE 2FNSA 2FGUA 5OYSA 2RSPA 2FDDA 5P52A 2XFIA 5P2TA 1B5FA 1D4YA 2O4NA 2I0DA 3N4LA 4LAPA 3NWXA 2AZCA 1YTGA 4B1CA 5P2KA 2RENA 4J0YA 3AIDA 2ZHUA 2QP8A 2FXDA 5P2SA 5P0DA 5P0XA 3ZKXA 2RKFA 5IVTA 2BJUA 5F00A 3KF0A 5HTZA 2AOCA 5P04A 5OZ7A 3EKTA 1YG9A 2AOEA 5P2YA 3VFBA 5P76A 3RTNA 2G69A 3TH9A 5P8EA 2ER0E 3OGQA 3LITA 4I0ZA 1D4LA 4ZEAA 5HDUA 3SKGA 5P8IA 1B5FB 5P8CA 3IAWA 1GNOA 3CYXA 3BRAA 5P78A 2G1YA 2IKOA 1SMEA 2HB2A 4CKUA 4EPJA 1K6TA 5P8MA 4Y5BA 4Y45A 1MVPA 5AGZA 4B70A 3C9XA 1GVVA 5P4TA 3VFAA 7HVPA 2QI4A 1ZBGA 5P2MA 5OZDA 3HLOA 4AZYA 1J71A 4AA9A 4J1HA 1DW6C 4EJKA 4ZSMA 5P0IA 4OBHA 5P10A 5P7DA 5P5OA 3FNSA 3MSLA 5P1UA 2NXMA 2OHUA 3INHA 1FQ6A 4OBDA 4Y3LA 3S43A 1ZSFA 4R91A 5COPA 3RSVA 3D1ZA 5OZ2A 5P34A 2QZWA 5P8JA 3L59A 4PYVA 5P0OA 4HLAA 3I6OA 5P5PA 1OEXA 3F9QA 2BQVA 1M0BA 5P0CA 3SLZA 5P4VA 4DJQA 1TQFA 4GMIA 2ZJKA 1HTRB 1E82E 2ASIA 4L6BA 1PSOE 4EXHA 2BB9A 1FG6C 5P6JA 3S85A 1W51A 2VIJA 5JODA 2PWCA 5P6WA 1MIQA 4FRKA 2QI1A 5P8LA 5P8UA 4EP3A 5IVQA 5P7UA 5P87A 5HDXA 1M4HA 4NPUA 5OZ3A 1JLDA 1MRXA 5P7AA 1RPIA 4Y3JA 5P41A 5P0YA 5P2WA 2R43A 5P8VA 3M9FA 2A1EA 5P3UA 4FRJA 4GJDA 2AVQA 3SA6A 5P3VA 3MSJA 3BXSA 2G1SA 1C6XA 3K5FA 3OTYA 5C9DA 2G20A 4NPTA 4QJ6A 1IBQA 1HXWA 1QDMA 5P5QA 5OYUA 3U6AA 1UH9A 2PH6A 1DMPA 3G72A 3CIDA 3MXDA 4GJ6A 5P4OA 4YD7A 4DJOA 3NDXA 5SZ9A 3R1GB 3L5DA 4EXGA 1A8KA 3NU4A 4DJWA 3OQKA 1FLHA 1IZIA 4OBJA 5P1LA 3OQDA 5P0JA 1HXBA 3R2FA 1KJ7A 4OBFA 4CPWA 3VYEA 5ISJA 4I0JA 3LZYA 4EWOA 4GYEA 3HBOA 1TSQA 5P6LA 1APUE 3TKGA 4NJSA 2PQZA 1EBWA 4F75A 5DQ1A 2V12C 5P5DA 3LIVA 4HA5A 4KE0A 5P5CA 5P1WA 3UDHA 3OQ7A 5P0GA 4R5NA 3OWNA 4QJAA 2NMZA 5P0ZA 4FLGA 5KOQA 4FE6A 1E5OE 4BFBA 5P4LA 4GJ9A 2ER6E 5DR3A 4Y3EA 3PLLA 1W6HA 4NJUA 4I0HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPP E;  3OUD A;  2QI6 A;  4Y5C A;  5P32 A;  2OHK A;  3GGV A;  3SAA A;  3KN0 A;  3O9D A;  1EC3 A;  1IZE A;  5P0K A;  1YM4 A;  3I7E A;  3L3A A;  1SH9 A;  2JJI A;  4FRI A;  5P5R A;  1ODW A;  3PMY A;  5OZI A;  1HVS A;  1K6P A;  5P5W A;  4Y3G A;  3HAW A;  3MXE A;  4J54 A;  4N00 A;  3S2O A;  2OAH A;  3KMX A;  3S45 A;  1LS5 A;  5P80 A;  4CPX A;  1FFF C;  3UF3 A;  4DPF A;  3QAA A;  2VNN A;  1G2K A;  4ER4 E;  1HIV A;  4WY1 A;  3NLS A;  5P66 A;  3OUD B;  3O99 A;  1SGZ A;  4B72 A;  3APR E;  5AHA A;  2G26 A;  4I11 A;  5P2N A;  2HS1 A;  5P4Q A;  5UPJ A;  4H3G A;  2AVV A;  4Q1W A;  3EXO A;  5P57 A;  2VIZ A;  3QVC A;  1UH8 A;  4Y5E A;  2R5Q A;  5P7E A;  1EC1 A;  5OZP A;  3RU1 A;  2CEJ A;  3PVK A;  5P8A A;  1HTE A;  2HIZ A;  2NNP A;  5P74 A;  4FSL A;  2FNT A;  2V16 C;  4R92 A;  1SIV A;  2PWR A;  2QZL A;  5OZR A;  3R4B A;  4YCY A;  2QAK A;  1BV7 A;  5P83 A;  5P59 A;  2ZJJ A;  3KFN A;  2ANL A;  3DUY A;  4Y5N A;  4QGI A;  2OHS A;  1BWA A;  5P7M A;  5OZ4 A;  4YDF A;  2QI0 A;  3KA2 A;  1IDA A;  5P1Z A;  1GVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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