4HEGA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants r8q complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKQPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hegA00
3UPJA 5P8SA 3O9FA 5P77A 3PWMA 4Y50A 1MRWA 3KA2A 5P4NA 5P65A 2I4WA 1T7KA 3OOTA 2A1EA 3QP0A 2RMPA 5OZ8A 2QU2A 3VLBA 4Y3WA 5P5IA 2ZYEA 2ASIA 4Y3MA 6UPJA 5P3BA 2OHMA 3Q5HA 5P1EA 2ER9E 2HIZA 2WEDA 3K5DA 1IZEA 2VJ9A 5P81A 5EZZA 3HBOA 4FM6A 4LP9A 2PSUA 3OUBA 4BELA 2FGUA 3VV8A 3S56A 3VUCA 1GVTA 4GJCA 3K5CA 2OHRA 4EJ8A 1SDVA 2O4NA 3O9CA 2FS4A 3ER3E 1B6LA 1K2CA 3UQRA 5OZAA 4NPUA 5P3CA 4Y3EA 4DQCA 3KFSA 4Y9WA 3FSMA 5I70A 3RTNA 2ER7E 4LBTA 2F8GA 5P55A 5P3HA 4A4QA 5P7MA 1FMBA 3M9FA 5P24A 2R3TA 4Y54A 1BXQA 3Q6YA 4XX3A 5CONA 5P7NA 1KJ7A 3I6OA 5P7XA 1XE6A 4ZSMA 5P7WA 3TTPA 5P2MA 4ZIPA 3TPRA 1SBGA 3L5EA 4Y5AA 4GYEA 5DQ5A 3OU4A 5P8VA 4Y57A 5ISKA 4Q1XA 1LYBB 3EKPA 3TOGA 4F76A 1EPNE 3RTHA 4F74A 5P3ZA 4DJUA 4ER2E 4Y3TA 2P83A 2O4KA 4Y36A 1FQ5A 3A2OA 4Y3HA 2Q55A 1D4IA 3KYRA 2QNQA 4B0QA 2IGYA 2UXZA 5P5UA 3UQPA 5ENKA 3CIDA 3ZKGA 4DJPA 4J5JA 1Z8CA 4Y3NA 1K1TA 5P57A 4Q1NA 4Y3ZA 5P42A 2FDEA 4JOOA 2F3EA 1XDHA 4EP2A 2BB9A 5P60A 1QBUA 5P5NA 5P5FA 2VNMA 3NWXA 5P3KA 1SDUA 5KR0A 5P64A 4J54A 5P0LA 5P1CA 1ODXA 5P1QA 3Q4BA 5P0FA 4RLDA 5P6BA 5P8DA 3KF0A 4Y47A 1HVIA 5P5LA 3TNEA 2OAHA 1U8GA 2J9JB 2OHTA 3OHHA 5P66A 4GIDA 4B70A 1ENTE 3BXSA 3S85A 5P1BA 5P2GA 4Y4WA 5P7ZA 3UDRA 5P6PA 2Q64A 3OUDA 5P6CA 4FCOA 5P3FA 2MIPA 4TRZA 3SFCA 3LZVA 4YE3A 4Y5BA 5P0HA 3NWQA 5P1RA 1W5VA 5P3DA 5P2KA 4GB2A 3PCWA 1RNEA 3TL9A 5T4SA 3I2LA 5OZUA 4B1CA 1EC2A 3MSKA 5P0VA 4ZPEA 4XXSA 2QI5A 5P7IA 1K6CA 3JVYA 1T7IA 3O9HA 5KR8A 5COKA 2Q5KA 2AQUA 1BWAA 4DJRA 4YDFA 3GI6A 5P5BA 5P74A 1FG8C 2AZ8A 5DQ1A 5P0SA 3BVBA 3N4LA 4AUCA 3ZPUA 3QRVA 5P8FA 3LPIA 3SA6A 1IBQA 5P2AA 1HIHA 2IKUA 4Q1YA 2Z54A 2ZJHA 5P6EA 5P3MA 4GJ5A 5OZFA 5P41A 4K8SA 5EZXA 1D4SA 4YOAA 5P2QA 9HVPA 2WF2A 1W6HA 3NLSA 1GNNA 1J71A 3BGBA 2ZE1A 1IZHA 3TOHA 5P5TA 1E5OE 5P44A 3UDKA 2NPHA 5OYUA 4FGXA 5OZ3A 3VSXA 2AZCA 4RROA 4FM8A 4GJAA 5P0OA 2A4FA 2ER6E 3T6IA 5P2TA 5F00A 5P89A 2PH6A 3DM6A 4Y4AA 3EXOA 3OU1B 2FGVA 2PSGA 2ZJKA 4XKXA 1HSHA 3O9AA 1FGCC 5OZNA 2ZJIA 1UH8A 1FQ8A 1B5FB 3NSHA 3PJ6A 2P3AA 1EPOE 1EPQE 1HVJA 5P30A 5P3JA 5BRYA 4LHHA 5OZPA 5P1OA 1ODYA 3I25A 5DGWA 5P7AA 3TH9A 3SM1A 1CPIA 3QI1A 2IS0A 5P6HA 5P2HA 4YHQA 3PBZA 4YCKA 5P8LA 5P8HA 7UPJA 2VNNA 4PZXA 2APRA 4ZSRA 1MUIA 2QI1A 1XN3A 2CENA 4GJ6A 5P16A 3S54A 5P5KA 5P0QA 4RRSA 5P34A 5KOSA 4CPSA 4AA9A 1PPLE 2IEOA 2F81A 1LV1A 4RYCA 4HEGA 3OXVA 5P1VA 3TKGA 1FB7A 2IQGA 1TQFA 5OZZA 3LIQA 2B42A 5IE1A 3K5FA 5OZ6A 4CP7A 5HD0A 1KJHA 5P40A 5P4GA 5P7UA 4J0TA 5P72A 1NPVA 4CMSA 1HPVA 3VF7A 4X7IA 2FDDA 5P49A 5P27A 5SXNA 3UDQA 5HU0A 2IGXA 4NJUA 1LF4A 5OZIA 2I4VA 3SO9A 3WZ8A 4IVTA 2B7FA 2V12C 4RYGA 2ZGAA 3S2OA 4K4RA 1T3RA 2AVQA 3PI0A 4R5NA 3K4VC 2IENA 4WY1A 5HCTA 1FF0C 5P7RA 2G94A 3OXXA 2QK5A 1B6MA 2QZKA 1FQ7A 5I3XA 5P46A 5P2VA 4Y3JA 4FRSA 3HVPA 3EKWA 3UDPA 3QS1A 4OBGA 5P38A 3EL9A 4Y35A 2V00A 2ZJLA 3GI0A 4Y5LA 3N3IA 1AM5A 3SA7A 1M4HA 3VCMA 2AVOA 1EAGA 1B6PA 1DPJA 1BV7A 5P8NA 2BKSA 3LZUA 4YOBA 4QLHA 1LS5A 4Y45A 5P87A 5P45A 5P4XA 1HPXA 4D88A 4ZLSA 1HTEA 1ODWA 5P3OA 3KN0A 1BXOA 2QCIA 2HS1A 2AVSA 1RQ9A 3PHVA 2QNNA 5P6RA 2HPFA 4I0DA 1AXAA 5P6WA 3ZKQA 1AZ5A 4QJ7A 5P1LA 1B5FA 1YG9A 1TSUA 3WB4A 5P1HA 5IVRA 5DPZA 2QZWA 4J0PA 4ZPFA 3SKFA 2F3FA 5P70A 3IVHA 4OBDA 5HVPA 3DJKA 4PEPA 5DR4A 3UF3A 4Y5MA 4FS4A 5P4ZA 4OBZA 2VJ7A 3C9XA 1APUE 2R5QA 3HAUA 4OBKA 3OQKA 1MT9A 3NXEA 5P29A 1ZBGA 3UDHA 1D4KA 4Y3PA 2FXEA 1YTIA 4YDGA 4BFBA 1M0BA 5P4BA 3I7EA 1ZLFA 4KUPA 5OZ9A 1D4HA 2R9BA 4KB9A 2PYMA 4MC9A 4FRJA 4PHVA 3LPJA 5P1DA 1BVGA 2QZLA 4LXMA 4LAPA 5OZQA 5OYXA 3ZKNA 4DJYA 4QJ9A 4Y3DA 4FAEA 5AH8A 3LITA 4Y3XA 2RSPA 1SMRA 4M8YA 5P4PA 3T3CA 5P4LA 3S8IA 1HTFA 4DV9A 1ER8E 5OZ7A 2H6SA 3QN8A 3NDXA 4L7HA 1QDMA 3DK1A 5P50A 1BAIA 5JFPA 2AOCA 2BKTA 4JPEA 3OAGB 4YCTA 1W5WA 5P2EA 3PI5A 1F7AA 5P5OA 1MERA 3CKRA 2Q15A 3OTSA 4EJLA 5OYSA 1G6LA 5OZXA 5P4FA 5P51A 1IZIA 3ZKMA 3RSXA 5P5GA 3IAWA 2Q11A 3OXCA 3IXOA 4X2LA 5P4DA 1A8GA 5P8JA 1W5XA 4DQFA 5P4RA 5P69A 3KDCA 5P5QA 2PH8A 4YA8A 1BWBA 4L7GA 1GVVA 4J1EA 1T7JA 1DIFA 3CKPA 1KJ4A 4OBHA 5OYTA 1SH9A 4CPXA 5P61A 1IDAA 2V16C 3FX5A 3T7QA 4APEA 1K6TA 4Y4XA 3GGVA 4Y3LA 2BPWA 2XFJA 3IN4A 3NYGA 4HVPA 2QI0A 5P2SA 2ZHRA 2OHQA 5P4YA 3ZOVA 2VIYA 3ZMGA 4GJ8A 1KJFA 4YD6A 1EPRE 5P4QA 4Y3QA 5OZ0A 4K4PA 4Y3AA 5DQ2A 5B18A 1FLHA 3ZPSA 1FFFC 1K6VA 5P0RA 1GNMA 4RVJA 4PZWA 5E5JA 2FIVA 1GKTA 4OBJA 5P8AA 5P6UA 2J9KA 3EKYA 1MT8A 5P3EA 3UQUA 1UPJA 1EBWA 4FLGA 3EBZA 3O9EA 2PWRA 1TZSA 3D20A 5P4AA 3BUHA 3O9DA 3OQFA 5P0JA 3HD8A 5P6AA 5I3WA 5P1GA 4RVXA 4Y5CA 5P4IA 5P09A 5P3NA 2O4PA 5P2NA 3MWSA 5OZRA 1QRPE 2I4QA 4N00A 5P5EA 3NU3A 2ZJMA 5P3YA 3WSJA 2WF1A 5DQCA 5P0MA 5P2CA 5OZCA 2H6TA 3QROA 3NDWA 2BPZA 2ZDZA 1EEDP 1APVE 3EL0A 1MEUA 4DJWA 5OZKA 3B7VA 2XYFA 3HLOA 3DCKA 5P5SA 3SA8A 5OZ1A 1HVCA 5P73A 3GGUA 1XL5A 2HS2A 4FIVA 3T11A 3R4BA 4I11A 4U8WA 3IXKA 5P5AA 5P5YA 5P0ZA 4XX4A 4YD3A 1YM2A 2PC0A 4EJDA 4E43A 5P7GA 3H0BA 3LPKA 3SACA 2QMPA 4Y53A 3DCRA 4Y38A 1APWE 5P52A 4J17A 3SA5A 5APRE 4KE1A 4D8CA 4YCYA 5J25A 5P8IA 4DQEA 5ER1E 2ZHSA 5P1WA 3PSGA 5ENMA 3K5GA 2QHYA 3R0WA 5HDXA 4Y4TA 1OHRA 4ER1E 4B72A 2R8NA 5P2ZA 4CPRA 1ZP8A 1FMXA 2JYSA 3PCZA 5KR1A 3BVAA 3HVGA 5P0GA 4M8XA 2ANLA 4NJVA 2BPXA 3O9LB 1IZDA 2QD7A 5P4MA 5P8RA 5P8BA 5P2WA 5AGZA 4TVGA 4ZSPA 2IDWA 1EBZA 3EKTA 3LHGA 5P5DA 3OQAA 4HE9A 2G20A 5P6NA 4DQHA 4EWOA 5OZJA 2BPYA 1SGUA 3ZKXA 3U7SA 4B1DA 5P5MA 5OZHA 3OADB 1C6XA 4LC7A 4I0EA 2WKZA 5KQXA 4DH6A 2QAKA 1TSQA 3DOXA 1WBKA 1HOSA 1A9MA 3K4VA 1EPME 4OC6B 4FAFA 4Y3FA 5P0EA 2PQZA 5JG1A 3PMUA 3NXNA 5P56A 2CEJA 3URIA 5P6DA 1PROA 1D4YA 1YX9A 2QI3A 5P6JA 4EXGA 5P7YA 5P43A 5P3RA 5P05A 3EMYA 3KT2A 4KE0A 3PSUA 4D83A 2IL2A 2VIJA 3KFRA 1DAZC 1LYBA 3R1GB 5P37A 5P31A 4JP9A 2AOHA 3VV7A 4YD4A 5P23A 2HB4A 1NSOA 2FNSA 4Y4JA 3NR6A 4FL8A 5P5JA 1HTRB 5P7DA 3L59A 1FIVA 5ER2E 3FKTA 4Y3GA 2I0DA 1W50A 5P76A 3VFAA 1RV7A 3LIVA 1IVQA 2VIZA 1LYWB 3DV5A 1HVSA 3OK9A 5P00A 1CMSA 3H5BA 4HZTA 1T6EX 4I0HA 4I0ZA 4Y58A 4Y5KA 5P07A 3EC0A 5P3GA 1FEJC 4JECA 2BJUA 4F75A 5P03A 1ME6A 4YD5A 4AZYA 5P54A 1LF3A 3INHA 1NPAA 5OZGA 5P68A 3QRSA 1HEGE 2J9JA 2R5PA 3TPJA 2G27A 5P1PA 2WJOA 1AIDA 3APRE 1OEWA 2CEMA 1FQ6A 2OHLA 5P4SA 5P1FA 1D4LA 5P3XA 1T6GA 2G21A 2VIEA 2VJ6A 5SZ9A 1IIQA 3BGCA 3ZLQA 5JODA 2WF4A 4EYRA 1VIJA 3EL1A 3OTYA 3AUPA 5P2RA 2PMAA 4Y4BA 5ISJA 5P5RA 5P0KA 5P13A 2OHNA 5OZLA 5HE4A 3O9LA 1E81E 3MXEA 5P36A 1HRNA 3Q3TA 1LF2A 2VS2A 2G26A 5P0PA 4CPUA 4A6BA 1QS8A 5OZBA 1XL2A 2QMFA 5P47A 2NXLA 3HAWA 2AIDA 1Q9PA 3B80A 5P32A 3T7PA 5P6YA 4EQ0A 4CPQA 2SAMA 4ZEAA 3OGQA 5KQFA 3UQWA 1EC1A 1FMUA 1NPWA 2FXDA 1BBSA 2F80A 5P48A 4S1GA 1BVEA 4WTUA 4GJBA 4FSLA 4J1FA 4D85A 3SAAA 3WZ7A 1MTBA 4CPWA 1SP5A 4L1AB 3HZCA 2JJIA 2OHUA 3PRSA 3L3AA 4TVHA 5I3VA 3SPKA 3UDNA 4H1EA 2NMYA 1PSOE 3O9BA 5DR0A 3BUGA 5P0BA 1HIIA 3CIBA 5HTZA 3OU1A 5P04A 3SKGA 1HIVA 3GGXA 4B1EA 3LZSA 3KFNA 1OD1A 5P6GA 1PPME 3OHFA 2VA7A 3LIXA 4YBIA 5P7EA 2QNPA 2G22A 2I4XA 4DPIA 1UH7A 3VSWA 5KAOA 5I3YA 4TRWA 2XFIA 5P85A 5P4CA 1EC0A 4GMIA 3LINA 5OZ5A 1MSMA 2PSVA 5P25A 3OUAA 3OWNA 3INFA 3KDBA 2VA5A 1KJGA 2EWYA 1DP5A 1MIQA 3IXJA 4CKUA 5C9DA 3DV1A 5P78A 2WEZA 5OZWA 3S45A 1G35A 5P3VA 5P4EA 1LYAB 1MVPA 5HU1A 4Z22A 3INEA 3L58A 4Z2ZA 3EKXA 2AZBA 3INDA 5P0XA 2VA6A 3JW2A 5P58A 5P33A 2R43A 3VFBA 3FNUA 4HA5A 5P5VA 2G1YA 5HCOA 3KDDA 4QJ2A 2AOIA 4ZSQA 2QD8A 4UPJA 2P3CA 5HDZA 3BC4A 4A6CA 1HVKA 5AH9A 1HXWA 2NR6A 3RU1A 4ACUA 1MPPA 5P8MA 1SDTA 5FIVA 5P2DA 3RSVA 5HE7A 2NXDA 3G72A 4LXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UPJ A;  5P8S A;  3O9F A;  5P77 A;  3PWM A;  4Y50 A;  1MRW A;  3KA2 A;  5P4N A;  5P65 A;  2I4W A;  1T7K A;  3OOT A;  2A1E A;  3QP0 A;  2RMP A;  5OZ8 A;  2QU2 A;  3VLB A;  4Y3W A;  5P5I A;  2ZYE A;  2ASI A;  4Y3M A;  6UPJ A;  5P3B A;  2OHM A;  3Q5H A;  5P1E A;  2ER9 E;  2HIZ A;  2WED A;  3K5D A;  1IZE A;  2VJ9 A;  5P81 A;  5EZZ A;  3HBO A;  4FM6 A;  4LP9 A;  2PSU A;  3OUB A;  4BEL A;  2FGU A;  3VV8 A;  3S56 A;  3VUC A;  1GVT A;  4GJC A;  3K5C A;  2OHR A;  4EJ8 A;  1SDV A;  2O4N A;  3O9C A;  2FS4 A;  3ER3 E;  1B6L A;  1K2C A;  3UQR A;  5OZA A;  4NPU A;  5P3C A;  4Y3E A;  4DQC A;  3KFS A;  4Y9W A;  3FSM A;  5I70 A;  3RTN A;  2ER7 E;  4LBT A;  2F8G A;  5P55 A;  5P3H A;  4A4Q A;  5P7M A;  1FMB A;  3M9F A;  5P24 A;  2R3T A;  4Y54 A;  1BXQ A;  3Q6Y A;  4XX3 A;  5CON A;  5P7N A;  1KJ7 A;  3I6O A;  5P7X A;  1XE6 A;  4ZSM A;  5P7W A;  3TTP A;  5P2M A;  4ZIP A;  3TPR A;  1SBG A;  3L5E A;  4Y5A A;  4GYE A;  5DQ5 A;  3OU4 A;  5P8V A;  4Y57 A;  5ISK A;  4Q1X A;  1LYB B;  3EKP A;  3TOG A;  4F76 A;  1EPN E;  3RTH A;  4F74 A;  5P3Z A;  4DJU A;  4ER2 E;  4Y3T A;  2P83 A;  2O4K A;  4Y36 A;  1FQ5 A;  3A2O A;  4Y3H A;  2Q55 A;  1D4I A;  3KYR A;  2QNQ A;  4B0Q A;  2IGY A;  2UXZ A;  5P5U A;  3UQP A;  5ENK A;  3CID A;  3ZKG A;  4DJP A;  4J5J A;  1Z8C A;  4Y3N A;  1K1T A;  5P57 A;  4Q1N A;  4Y3Z A;  5P42 A;  2FDE A;  4JOO A;  2F3E A;  1XDH A;  4EP2 A;  2BB9 A;  5P60 A;  1QBU A;  5P5N A;  5P5F A;  2VNM A;  3NWX A;  5P3K A;  1SDU A;  5KR0 A;  5P64 A;  4J54 A;  5P0L A;  5P1C A;  1ODX A;  5P1Q A;  3Q4B A;  5P0F A;  4RLD A;  5P6B A;  5P8D A;  3KF0 A;  4Y47 A;  1HVI A;  5P5L A;  3TNE A;  2OAH A;  1U8G A;  2J9J B;  2OHT A;  3OHH A;  5P66 A;  4GID A;  4B70 A;  1ENT E;  3BXS A;  3S85 A;  5P1B A;  5P2G A;  4Y4W A;  5P7Z A;  3UDR A;  5P6P A;  2Q64 A;  3OUD A;  5P6C A;  4FCO A;  5P3F A;  2MIP A;  4TRZ A;  3SFC A;  3LZV A;  4YE3 A;  4Y5B A;  5P0H A;  3NWQ A;  5P1R A;  1W5V A;  5P3D A;  5P2K A;  4GB2 A;  3PCW A;  1RNE A;  3TL9 A;  5T4S A;  3I2L A;  5OZU A;  4B1C A;  1EC2 A;  3MSK A;  5P0V A;  4ZPE A;  4XXS A;  2QI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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